Skip to content

Latest commit

 

History

History
261 lines (171 loc) · 13.6 KB

README-zh.md

File metadata and controls

261 lines (171 loc) · 13.6 KB

MolSimulX

English | 中文

分子(Molecular)模拟(Simulation)探索(EXploration)

欢迎star和fork！

意见、建议和问题？欢迎提交issues和PRs！

咨询、指导和分子模拟解决方案？欢迎私信！

概况

本项目包含利用分子模拟手段研究物质的软件、工具、脚本、教程、案例和项目，旨在提供高效的分子模拟、数据分析/可视化、报告生成流程，打造分享分子模拟技巧和科研经验的开放平台。

ilmdtoolkit

MolSimulX

搭建工作平台

操作系统

推荐使用 Mac OS, Ubuntu Os 等其他 Linux 类操作系统。在 Windows OS 中，可以安装 WSL Ubuntu 获得在Windows系统中使用Ubuntu子系统的功能。

  • 参考 use_wsl_ubuntu.md 快速了解 WSL Ubuntu 子系统的安装及在 vscode 中的启动(如下图所示)
  • 详细内容参考这里了解如何在Windows系统中安装 WSL Ubuntu 子系统和这里了解如何在 vscode 启动 wsl Ubuntu 作为工作平台(如下图所示)

wsl_in_vscode

安装软件/工具包

  • 安装前

    • 大多数软件/工具包将通过在终端/Terminal中输入命令行/commandline安装

      • 在 Mac Os 中，参考这里了解 Mac Terminal
      • 在 Ubuntu Os 中，参考这里了解 Ubuntu Terminal
      • 在 WSL Ubuntu 中, 可以在 vscode 中启动 WSL Ubuntu，通过菜单栏打开 Ubuntu Terminal

    • 终端配置文件 (profile file)

      • 配置文件保存终端的环境设置
      • 对于 bash shell (终端通常默认的解释器)
        • Mac 的终端配置文件为~/.bash_profile
        • Ubuntu 的终端配置文件为~/.bashrc
        • ~ 表示用户主目录(user’s home directory)
      • 对于 zsh shell (推荐使用oh-my-zsh)
        • 终端配置文件为~/.zshrc

    • 修改配置文件后，重新打开终端或运行下列命令使修改生效

      • source ~/.bash_profile or
      • source ~/.bashrc or
      • source ~/.zshrc

  • 安装编译工具

    • gcc/g++
      • brew install gcc # for Mac
      • sudo apt install build-essential # for Ubuntu
      • gcc --version # test
    • make
      • brew install make # for Mac
      • sudo apt install make # for Ununtu
      • make --version # test
    • cmake
      • brew install cmake # for Mac
      • sudo apt install cmake # for Ununtu
      • cmake --version # test

  • git

    • 安装 git
      • brew install git # for Mac
      • sudo apt-get install git # for Ubuntu
    • 参考 use_git.md 了解 git 的基本使用方法
    • 参考这里了解更多 git 的细节和使用

  • MolSimulX

    • 获取 MolSimulX
      • cd some_folder
      • git clone https://gitee.com/yliu3803/MolSimulX.git # 克隆仓库到本地
    • 更新 MolSimulX
      • cd MolSimulX # 进入主仓库目录
      • git pull # 更新主仓库

  • python 和 python packages

    • 安装 miniconda (轻量级 conda 安装包) 或 anaconda (包含大量 python packages)

    • 通过 conda 安装 pyhton packages

      conda install numpy pandas scipy matplotlib # 数据分析

      conda install -c plotly plotly # 可视化

      conda install -c conda-forge seaborn bokeh # 可视化

      conda install nodejs # 插件

      conda install -c conda-forge MDanalysis MDAnalysisTests nglview # MD轨迹分析和可视化

      conda install -c conda-forge freud fresnel # MD轨迹分析和可视化

      conda install -c conda-forge pythreejs # 可视化插件 pip install plato-draw # 粒子体系可视化

      pip install wulffpack # 晶体颗粒Wulff构造

      pip install ase # 模拟软件，可构造各种分子/晶体结构

      注：各安装包可通过pip或conda安装，详细安装说明参见相应的官方说明文档。

  • fftool 和 fftoolx

    • 该工具已包含在 preprocess 文件夹
    • 在终端配置文件中添加 export PATH=<path_to_fftool>:$PATH
    • 参考 use_fftool.md 了解fftool的基本使用方法
    • fftoolx添加了一些新的功能：
      • 更多的元素种类
      • 添加‘-noguess’选项，关闭fftool重新分析分子链接信息
      • 二面角(dihedral)支持quadratic类型

  • packmol

    • 该工具已包含在 preprocess 文件夹
    • 解压文件并编译
      • tar zxvf packmol.tar.gz
      • cd packmol
      • make
    • 在终端配置文件中添加 export PATH=<path_to_fftool>:$PATH

  • lammps

  • vmd

数据处理平台

jupyterlab 是一个基于 Web 的，集合笔记、代码和数据的交互式开发环境。

jupyterlab

  • 安装 jupyterlab

    • conda install jupyterlab

  • 参考 use_jupyerlab.ipynb 了解 jupyterlab 的基本使用方法

其他推荐

内容

preprocess # 预处理

该文件夹包含了模拟预处理工具和文件，如分子结构/力场文件、初始结构生成工具和脚本。

  • clandp 文件夹包含了由 Padua Group 提供的多种离子液体结构文件和力场文件

  • molecules 包含了常见分子的结构文件和力场文件

  • ions包含了一些离子的结构文件和力场文件

  • metals包含了一些金属的LJ力场参数

  • fftool 文件夹包含了 fftool 的源文件，与 packmol 一起可以利用分子的结构/力场文件生成用于分子模拟的初始结构和文件

  • packmol.tar.gz 包含了 packmol 的源文件

on-the-fly # 即时处理

该文件夹包含结合分子模拟软件，在模拟中即时处理数据，实现特殊模拟功能（如伞型抽样、向前流抽样等）的工具和脚本。

postprocess # 后处理

该文件夹包含对分子模拟结果分析/可视化和报告生成的工具和软件，主要基于 python 和 markdown 等工具。

use_ # 基本使用

该系列文件/文件夹包含各种软件/工具包的基本安装/使用方法

example_ # 案例

该系列文件/文件夹包含一些简单的模拟和数据分析案例。

project_ # 项目

该系列文件夹包含小项目代码。

发表论文

2022

2011-2021 (部分)