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Détection de maladies pulmonaires (dont COVID) à partir de radiographies du thorax : deep learning, réseaux de neurones convolutionnels, interprétabilité GRAD-CAM

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tgazagnes/PulmoScan

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Pulmoscan

Répertoire du projet Radios Pulmonaires dans le cadre du bootcamp Datascientest.

Cliquer sur ce lien pour acceder à la présentation Streamlit

Equipe projet : Steve Costalat, Nicolas Gorgol, Thibaut Gazagnes

Project Organization

├── LICENSE
├── README.md          <- The top-level README for developers using this project.

├── requirements.txt   <- The requirements file for reproducing the analysis environment, e.g.
│                         generated with `pip freeze > requirements.txt`

├── data               ######       LES .ZIP et les Images NE SONT PAS STOCKEE SUR CE GITHUB
|   ├── raw            le fichier RAW info.txt contient les infos sur la composition et les origines des données brutes.
│   │                  ~/notebook/1.0-steve-data-exploration et 1.0-Thibault-data-exploration, s'appuient sur ce jeu
│   │
│   ├── preprocess     <- un fichier Preprocessing_1.zip contenant toutes les images transformées en images masquées de 256*256, 
│   │                  en mode 'Grayscale' a été géneré avec le programme suivant: ~/src/2.0-Thibault-Preprocessing.py
│   │
│   ├── split_balanced <- un fichier TestTrain. zip a été crée avec le programme  ~/src/1.0-Steve-BalanceNSplit.py.
│   │                  il contient 4304 images masquées équilibré sur 4 classes dans un jeu TRAIN
│   │                  il contient 4304 images masquées équilibré sur 4 classes dans un jeu TEST
│   │
│   └── reduites    <- jeux de donnée des images masquée reduites à leur distribution d'intensité avec: ~/src/1.0-Steve-Reduce-BalanceNSplit.py
│        └── Train_Intensite_H.json   <- Jeu d'entrainement equilibrées sur deux classes de 6458 images reduites 
│        └── Test_Intensite_H.json   <- Jeu d'entrainement equilibrées sur deux classes de 6458 images reduites 
│
├── notebooks          
|   └── 1.0-steve-data-exploration  
|   └── 1.0 Thibaut data exploration                   
│   └── Approche directe
│   │   └──  1.0 Nicolas directe Exp 1.0   <-  Notebook d'evaluation d'un modèle quelconque type le net
│   │    └──  1.0 Nicolas directe exp 1.5   <-  Notebook de determination des meilleurs hyperparamètres pour modele le net
│   │    └──  1.0 Nicolas directe Exp 2-3   <-  Notebook d'evaluation de modèle de Transfert learning
│   │    └──  1.0 Thibault directe Exp 4.1  <-  Notebook d'evaluation de modèle de Transfert learning avec réentrainement et optimisatioon
│   │    └──  1.0 Steve directe Exp 4.16    <-  Notebook d'evaluation de modèle de Transfert learning Resnet152v2 avec réentrainement  
│   │
│   └── Approche réduite
│        └── 1.0 Steve Réduite Exp 2.0  <-  Notebook d'evaluation d'un modèle quelconque type le net en 1D
│        └── 1.0 Steve Réduite Exp 2.5  <-  Notebook de determination de l'architecture et les hyperparamètres optimaux pour un modele Le net 1D   
│        └── 1.0 Steve Réduite Exp 3.0  <-  Notebook d'evaluation du modèle optimales type le net en 1D    
│
├── references         <- Data dictionaries, manuals, links, and all other explanatory materials.
│
├── reports            <- The reports that you'll make during this project as PDF
│   └── figures        <- Generated graphics and figures to be used in reporting
│

│
├── src                <- Source code for use in this project.
│   ├── 2.0 Thibault Preprocessing       <- Source code pour l'application du preprocessing sur l'intégralité du jeu de données brute
│   ├── 1.0 Steve BalanceNSplit          <- Source code pour la création des jeux TRAIN et TEST equilibrés
│   ├── 1.0 Steve Reduce-BalanceNSplit          <- Source code pour la création des jeux TRAIN et TEST equilibrés│pour l'approche REDUITE


│   ├──
│   ├── visualization  <- Scripts to create exploratory and results oriented visualizations
│   │   └── visualize.py

Project based on the cookiecutter data science project template. #cookiecutterdatascience

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Détection de maladies pulmonaires (dont COVID) à partir de radiographies du thorax : deep learning, réseaux de neurones convolutionnels, interprétabilité GRAD-CAM

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