HeaRT: Health Record Timeliner

臨床医学テキスト時系列可視化システム

電子カルテ等の臨床医学テキストに記載された医療情報を時系列（タイムライン）形式で可視化します．

Docker での起動

Docker Compose 環境があればローカルで直ちにアプリを起動できます．

$ sudo docker compose up

以下にブラウザでアクセスします．

http://localhost:8080/prism-heart

手動インストール

動作には、以下が必要です。

• python 3.8+
• npm

javascript ライブラリのインストール

app.py の１つ下のフォルダに移動します

cd static

npm コマンドで javascript をインストールします

npm install

python の仮想環境をインストール

以下のようなコマンドで入っている python のバージョンをチェックします。
環境に合わせて実施してください。

python3.8 -version

なるべく python3.8 以上を使用してください。(python3.6 でも動作するとは思います。)

もし、入っていない場合は、インストールします。

python のコマンドが python3.8 だとしたら、 以下のコマンドで python の仮想環境を作成します。 １度作成すれば次回からは省略します。

python3.8 -m venv myvenv

python の仮想環境に入ります。

source ./myvenv/bin/activate

python の仮想環境に入ると

(myvenv) のような文字がプロンプトの前に表示されます。

ソースの requirements.txt がある位置までフォルダを移動して ライブラリのインストール

pip install --upgrade pip
pip install -r requirements.txt

サービスを起動

python 仮想環境下にて、以下のコマンドで Web サービスを起動

python app.py

以下にブラウザでアクセスします。

http://127.0.0.1:5000/

ただし、本番環境で使用する場合は、uWSGI 等を使用してください。

データ

data フォルダに動作を確認している json が入っています。

設定ファイル

static/js/heart.config.js

下記の部分で，最初に本アプリを開いた時に表示される時系列を変更できます

// コメントアウトにすると正気状態では空でスタート
var InitalFileJson="sample_input-3.json";

色等も heart.config.js で変更します。

API の URL は app.py の 15 行目あたりで指定しています。

API_URL = 'https://aoi.naist.jp/heart-api'

アップロードされたファイルは、app.py で指定しています。

UPLOAD_FOLDER = './uploads'

また，一部の URL はデプロイ環境に合わせて変える必要があります．

• static/js/heart.js
  • upload 処理のリンク先 /upload を修正する（例: http://hostname.org/subpath にこのアプリをデプロイしている場合， /subpath/upload にする必要がある）
  • input 処理 /heart-api を JaMIE の URL（上記 API_URL と同じもの）に変える

開発者

株式会社シルク・ラボラトリ

ライセンス

MIT