-
Notifications
You must be signed in to change notification settings - Fork 7
/
Copy pathCara Kerja.txt
58 lines (47 loc) · 2.08 KB
/
Cara Kerja.txt
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
##Using Vina forcefield####
Validasi dengan menggunakan Re-Docking
#Pengaturan PATH
1. Instalasi Mgl tools 1.5.6 cari python.exe di foldernya dan jadikan path
2. Installasi ADFR Versi windows jadikan path yaitu /bin karena ada autogrid4
#Pemisahan ligand dan protein menggunakan Biovia Discovery Studio
1. Pisahkan Protein, buang air dan liganndya
2. Pisahkan ligand, buang protein, air
#Preparasi Protein autodock tools
1. Dipisahkan air dan ligannya terlebih dahulu menggunakan Biovia Discovery Studio
2. Klik File Read Molecules cari protein.pdb
3. Dilakukan penambahan Hidrogen dengan Edit-Add Hidrogen-All
4. Edit tambahkan muatan gasteiger
5. Edit-Hidrogen Merge Non Polar
6. Grid-Macromolecules-Choose
7. save protein.pdbqt
#Preparasi Ligand autodock tools
1. Klik File Read Molecules cari ligand.pdb
2. Dilakukan penambahan Hidrogen dengan Edit-Add Hidrogen-All
3. Edit tambahkan muatan gasteiger
4. Edit-Hidrogen Merge Non Polar
5. Ligand-Input-choose
6. Pilih ligand.pdb
7. ligand-Toorsion tree-detect root
8. ligand-output-save as ligand.pdbqt
### Perintah di terminal untuk mengetahui Grid Box menggunakan Autogrid Windows
python.exe prepare_gpf.py -l 4ieh_ligand.pdbqt -r 4ieh_protein.pdbqt -y
autogrid4 -p 4ieh_protein.gpf -l 4ieh_protein.glg
### Perintah di terminal untuk mengetahui Grid Box menggunakan Autogrid Linux
pythonsh prepare_gpf.py -l 4ieh_ligand.pdbqt -r 4ieh_protein.pdbqt -y
## Buat File GridBoxnya
1. Buka file dengan 4ieh_protein.gpf
2. Catat npts 41 40 40 sebagai size x, y, z
3. Catat gridcenter -0.004 -0.187 0.078 sebagai center x, y, z
4. Buat file grid.txt didalamnya tertulis :
center_x = -0.004
center_y = -0.187
center_z = 0.078
size_x = 40
size_y = 40
size_z = 40
### Untuk Docking senyawa Uji Curcumin menggunakan Vina forcefield
1. vina --receptor 4ieh_protein.pdbqt --ligand 4ieh_ligand.pdbqt --config grid.txt --exhaustiveness=8 --out 4ieh_ligand_vina_out.pdbqt > results.txt
2. vina_split --input 4ieh_ligand_vina_out.pdbqt
#Perhitungan RMSD
1. conda activate
2. obrms -f 4ieh_ligand.pdbqt 4ieh_ligand_vina_out.pdbqt