Еще одна структура веб приложений... Которая была выверена "потом и кровью" и имеет достаточный уровень распределения.

Файловая структура

Файловая структура предназначена для упорядоченного и логичного хранения файлов. Приведенная структура обязательна для соблюдения и корректной работы системы/приложения.

/: корневой каталог
    - /bin: (binaries) бинарные/исполняемые файлы. 
    - /configs: конфигурационные файлы
    - /dumps: файлы резервных копий
    - /resources: файлы пользовательских ресурсов (изображения, стили и прочие файлы)
    - /runtime: переменные/изменяемые файлы
        - /log: файлы логов
        - /cache: файлы кеша
    - /src: (source) исходные файлы приложения/системы
    - /tests: файлы тестирования

В каждой папке присутствует свой README файл, который вносит разъяснения по выбранной директории, а также может хранить дополнительную файловую структуру.

Пояснения к .gitignore

В YAWAS лучше всего будет исключить следующие файла из git:

• Все возможные папки IDE: idea, .vscode, nbproject и другие
• Папку runtime, так как в ней хранятся временные файлы (кеш, логи и прочие)

Возможно, вам потребуется исключить папку dumps и некоторые файлы настроек из configs, но это уже остается на ваше усмотрение. Из папки tests следует исключить отчеты или всю папку целиком.

Пояснения к composer.json

Для более корректной работы и мапинга namespace в секции autoload следует прописать:

"autoload": {
    "psr-4": {
        "app\\": "src/",
    }
},

Это необходимо, чтобы все классы в src/* имели начальный namespace app. Например, теперь контроллеры могут иметь такой namespace: app\presentation\controllers.