与mfem官方仓库同步，编译和链接成功

.gitignore

@@ -424,3 +424,8 @@ pkg.gitcommit
 
 # Jupyter Notebook Checkpoints
 .ipynb_checkpoints
+
+.idea/
+cmake-build-debug/
+install*/
+build*/

config/defaults.cmake

@@ -175,9 +175,14 @@ set(Threads_LIB_VARS CMAKE_THREAD_LIBS_INIT)
 # The ScaLAPACK library, required by STRUMPACK
 set(ScaLAPACK_DIR "${MFEM_DIR}/../scalapack-2.0.2/lib/cmake/scalapack-2.0.2"
     CACHE PATH "Path to the configuration file scalapack-config.cmake")
-set(ScaLAPACK_TARGET_NAMES scalapack)
+#set(ScaLAPACK_TARGET_NAMES scalapack)
+message("======> ScaLAPACK_TARGET_NAMES: ${ScaLAPACK_TARGET_NAMES}, in defaults.cmake")
 # set(ScaLAPACK_TARGET_FORCE)
 # set(ScaLAPACK_IMPORT_CONFIG DEBUG)
+set(ScaLAPACK_FOUND "" CACHE BOOL "")  # https://github.com/mfem/mfem/issues/3558
+set(ScaLAPACK_INCLUDE_DIRS "")
+set(ScaLAPACK_LIBRARIES "")
+message("------> scalapack info: ${ScaLAPACK_DIR}, ${ScaLAPACK_FOUND}, ${ScaLAPACK_INCLUDE_DIRS}, ${ScaLAPACK_LIBRARIES}")
 
 set(Ginkgo_DIR "${MFEM_DIR}/../ginkgo" CACHE PATH "Path to the Ginkgo library.")
 

install_4.4.sh

@@ -0,0 +1,112 @@
+#!/bin/bash
+#set -x
+# 在脚本所在当前路径下运行此脚本即可编译、安装mfem-4.4。如果已经安装，自动退出。
+# 本脚本会在当前路径下建立build目录和安装目录，build路径为./cmake-build-debug, install路径为./install
+
+# 所有安装包的顶层目录
+TOPDIR="/home/fanronghong/env4pkgs"
+
+# 系统及硬件信息
+systype=$(uname -s)
+cputype=$(uname -m | sed "s/\\ /_/g")
+cpucount=$(nproc --all)
+echo "${systype}, ${cputype}, ${cpucount}"
+
+SHELL_PATH_NAME="$(realpath "$0")"  # 本脚本所在的路径及名称
+SHELL_NAME="${SHELL_PATH_NAME##*/}" # 本脚本名称
+SHELL_PATH="${SHELL_PATH_NAME%/*}"  # 本脚本路径
+CURDIR=$SHELL_PATH
+
+
+MPIDIR="${TOPDIR}/mpich/install"
+cmake="${TOPDIR}/cmake/install/bin/cmake"
+ctest="${TOPDIR}/cmake/install/bin/ctest"
+HYPRE_DIR="${TOPDIR}/hypre/install"
+METIS_DIR="${TOPDIR}/metis/install"
+PARMETIS_DIR="${TOPDIR}/parmetis/install"
+SUPERLU_DIST_DIR="${TOPDIR}/superlu_dist/install"
+MUMPS_DIR="${TOPDIR}/mumps/install"
+ScaLAPACK_DIR="${TOPDIR}/scalapack/scalapack-2.0.2"
+BlasLapack_Lib="-L${TOPDIR}/lapack/install/lib -lblas -llapack"
+PETSC_DIR="${TOPDIR}/petsc/petsc-3.15.0"
+PETSC_ARCH=arch-linux-c-debug
+
+
+BUILDDIR="${CURDIR}/cmake-build-debug"
+INSTALLDIR="${CURDIR}/install"
+if [ "$(ls -A ${INSTALLDIR} | wc -l)" -ne 0 ]; then #判断安装目录是否为空(包括include/, lib/, share/等)
+  echo "mfem 4.4 already installed at: ${INSTALLDIR}"
+  exit 0
+fi
+# 删除build目录重建
+rm -rf ${BUILDDIR} ${INSTALLDIR} 
+mkdir ${BUILDDIR} 
+
+cd ${BUILDDIR} || exit 1
+
+## 动态库(有问题)
+#${cmake} ${CURDIR} \
+#      -DCMAKE_BUILD_TYPE=DEBUG \
+#      -DBUILD_SHARED_LIBS=ON \
+#      -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=${INSTALLDIR} \
+#      -DMFEM_USE_MPI=ON -DMPIEXEC_EXECUTABLE=${MPIDIR}/bin/mpiexec -DMPICXX=${MPIDIR}/bin/mpicxx \
+#      -DMFEM_ENABLE_TESTING=ON -DMFEM_ENABLE_EXAMPLES=ON -DMFEM_ENABLE_MINIAPPS=ON \
+#      -DMFEM_USE_LAPACK=ON -DLAPACK_LIBRARIES=${TOPDIR}/lapack/install/lib/liblapack.a -DBLAS_LIBRARIES=${TOPDIR}/lapack/install/lib/libblas.a \
+#      -DHYPRE_DIR=${HYPRE_DIR} \
+#      -DMETIS_DIR=${METIS_DIR} \
+#      -DParMETIS_DIR=${PARMETIS_DIR} \
+#      -DMFEM_USE_SUPERLU=ON -DMFEM_USE_SUPERLU5=OFF -DSuperLUDist_DIR=${SUPERLU_DIST_DIR} \
+#      -DScaLAPACK_FOUND=TRUE -DScaLAPACK_DIR=${ScaLAPACK_DIR} -DScaLAPACK_LIBRARIES=${ScaLAPACK_DIR}/libscalapack.a \
+#      -DMFEM_USE_MUMPS=ON -DMUMPS_DIR=${MUMPS_DIR} \
+#      -DMFEM_USE_PETSC=ON -DPETSC_DIR=${PETSC_DIR} -DPETSC_ARCH=arch-linux-c-debug \
+#      || exit 1
+
+# 静态库
+${cmake} ${CURDIR} \
+      -DCMAKE_BUILD_TYPE=DEBUG \
+      -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=${INSTALLDIR} \
+      -DMFEM_USE_MPI=ON -DMPIEXEC_EXECUTABLE=${MPIDIR}/bin/mpiexec -DMPICXX=${MPIDIR}/bin/mpicxx \
+      -DMFEM_ENABLE_TESTING=ON -DMFEM_ENABLE_EXAMPLES=ON -DMFEM_ENABLE_MINIAPPS=ON \
+      -DHYPRE_DIR=${HYPRE_DIR} \
+      -DMETIS_DIR=${METIS_DIR} \
+      -DParMETIS_DIR=${PARMETIS_DIR} \
+      -DScaLAPACK_FOUND=TRUE -DScaLAPACK_DIR=${ScaLAPACK_DIR} -DScaLAPACK_LIBRARIES=${ScaLAPACK_DIR}/libscalapack.a \
+      -DMFEM_USE_MUMPS=ON -DMUMPS_DIR=${MUMPS_DIR} \
+      -DMFEM_USE_PETSC=ON -DPETSC_DIR=${PETSC_DIR} -DPETSC_ARCH=arch-linux-c-debug \
+      || exit 1
+
+#      -DMFEM_USE_MUMPS=ON -DMUMPS_DIR=${MUMPS_DIR} \
+#      -DScaLAPACK_DIR={ScaLAPACK_DIR} -DScaLAPACK_FOUND=TRUE -DScaLAPACK_INCLUDE_DIRS="" -DScaLAPACK_LIBRARIES="{ScaLAPACK_DIR}/libscalapack.a" -DScaLAPACK_TARGET_NAMES="scalapack" \
+
+# 上面的 -D<variable> 参数都可以在 ./config/defaults.cmake 中的 option(...) 或者 set(...) 找到默认值.
+# 怎么使用自己安装的MPI而不是系统的MPI? MPIEXEC_EXECUTABLE 指定了自己安装的mpi的路径下面的mpiexec, 由这个可执行文件的路径可以推断出MPI的安装路径: 通过 find_package(MPI REQUIRED). 具体可以参考cmake的安装路径下面的share/cmake-3.17/Modules中的FindMPI.cmake
+# 为啥使用hypre只需 -DHYPRE_DIR=${HYPRE_DIR}(metis也是), 而使用mumps需要 -DMFEM_USE_MUMPS=ON -DMUMPS_DIR=${MUMPS_DIR} ? 请查看 ./config/defaults.cmake.
+# mumps需要scalapack, 而scalapack需要在defaults.cmake中指定scalapack-config.cmake的路径. 但是安装完scalapack之后没有这个文件!!!
+
+
+echo "============================================"
+echo "Configure done. Continue compile: yes or no?"
+echo "============================================"
+read compile 
+if [ $compile = no ] ; then
+    exit 0
+fi
+
+make -j ${cpucount}
+
+# 编译examples
+cd ${BUILDDIR}/examples || exit 1
+make -j ${cpucount}
+# 编译unittest
+cd ${BUILDDIR}/tests || exit 1
+make -j ${cpucount}
+# 编译miniapps
+cd ${BUILDDIR}/miniapps || exit 1
+make -j ${cpucount}
+# 编译完上述3个目录下的测试算例之后，下面进行测试
+cd ${BUILDDIR} || exit 1
+${ctest} -E "superlu" # 跳过测试算例名称中含有superlu字符串的算例，太慢了。
+
+## 不需要安装
+#mkdir ${INSTALLDIR}
+#make install