bioinfo_test

Bem-vindo ao Teste de Bioinformática

Este teste teve por objetivo criar uma API que irá retorne o(s) fenótipo(s) de um determinado gene ou lista de genes

Getting Started

Essas instruções fornecerão uma cópia do projeto em funcionamento em sua máquina local para fins de desenvolvimento e teste.

Pré-requisitos

Para instalar e executar o software você precisa:

Python 3
PostgreSQL

Instalando

Uma série passo a passo de exemplos que lhe dizem o que fazer para executar a API

O primeiro passo será criar um ambiente isolado para Python 3 no projeto (consulte o seguinte link para mais informações http://python-guide-pt-br.readthedocs.io/en/latest/dev/virtualenvs/ ).Isto é importante para criar uma pasta que contenha todos os executáveis necessários para usar os pacotes que o projeto precisa. Para instalar os 'requirements' do projeto use o seguinte comando

pip install -r requirements.txt

O segundo passo consiste em executar o crawler para popular a base de dados da aplicação. Para isso, primeiro abra o arquivo crawler.py e configure as informações do seu banco PostgreSQL, conforme mostrado a seguir:

user = 'postgres'
password = 'root'
host = 'localhost'
port = '5432'

Depois execute o arquivo com o seguinte comando

python ./crawler.py 

O próximo passo será a configuração da API. Abra o aquivo settings.py dentro da pasta bioinfo_api/bioinfo_api e altere as informações do banco de dados (OBS: o NAME deve ser 'bioinfo_rodrigo') como do exemplo a seguir

DATABASES = {
'default': {
...
'NAME': 'bioinfo_rodrigo',
'USER': 'postgres',
'PASSWORD': 'root',
'HOST': 'localhost',
'PORT': '5432',
}
}

Finalmente, entre no diretório bioinfo_api/ e inicie o servidor com o comando a seguir

python manage.py runserver

Se tudo deu certo até aqui, você estará pronto para testar a aplicação! aparecerá no terminal o nome do servidor onde poderá acessar por um browser web como mostrado no exemplo a seguir

http://127.0.0.1:8000/phenotypes/?gene=['ATR','GLI3']
http://127.0.0.1:8000/genes/
http://127.0.0.1:8000/genes/1

sugestão: para testes poderá também utilizar o seguinte plugin https://www.getpostman.com/

Executando os testes

Abaixo serão descritos os métodos disponíveis.

Phenotypes

Retorna o(s) fenótipo(s) de um determinado gene ou lista de genes.

• URL /phenotypes/?gene=['ATR','GLI3']

• Method:

GET

• URL Params

Required:

gene=[list]

• Data Params

None

• Success Response:

• Code: 200
  Content: [ { "hpo": "HP:0001459", "phenotype": "1-3 toe syndactyly", "gene": "GLI3", "gene_id": "2737" }, { "hpo": "HP:0010713", "phenotype": "1-5 toe syndactyly", "gene": "GLI3", "gene_id": "2737" }, { "hpo": "HP:0000878", "phenotype": "11 pairs of ribs", "gene": "ATR", "gene_id": "545" }, { "hpo": "HP:0006097", "phenotype": "3-4 finger syndactyly", "gene": "GLI3", "gene_id": "2737" }, { "hpo": "HP:0010866", "phenotype": "Abdominal wall defect", "gene": "GLI3", "gene_id": "2737" } ]

• Error Response:

• Code: 404 NOT FOUND
  Content: { error : "User doesn't exist" }

OR

• Code: 401 UNAUTHORIZED
  Content: { error : "You are unauthorized to make this request." }

Genes

Exibe uma lista de genes e permite a criação de um novo gene.

• URL /genes/

• Method:

GET | POST

• URL Params

Required:

None

• Data Params

hpo=[alphanumeric] phenotype=[alphanumeric] gene=[alphanumeric] gene_id=[alphanumeric]

• Success Response:

• Code: 200
  Content: { "count": 1123107, "next": "http://127.0.0.1:8000/genes/?limit=5&offset=15", "previous": "http://127.0.0.1:8000/genes/?limit=5&offset=5", "results": [ { "hpo": "HP:0010708", "phenotype": "1-5 finger syndactyly", "gene": "LMBR1", "gene_id": "64327" }, { "hpo": "HP:0010713", "phenotype": "1-5 toe syndactyly", "gene": "GLI3", "gene_id": "2737" }, { "hpo": "HP:0000878", "phenotype": "11 pairs of ribs", "gene": "ATR", "gene_id": "545" }, { "hpo": "HP:0000878", "phenotype": "11 pairs of ribs", "gene": "SKI", "gene_id": "6497" }, { "hpo": "HP:0000878", "phenotype": "11 pairs of ribs", "gene": "SOX2", "gene_id": "6657" } ] }

• Error Response:

• Code: 404 NOT FOUND
  Content: { error : "User doesn't exist" }

OR

• Code: 401 UNAUTHORIZED
  Content: { error : "You are unauthorized to make this request." }

Gene Detail View

Permite visualizar, editar e deletar um gene

• URL /genes/:id

• Method:

GET | PUT | DELETE

• URL Params

Required:

id=[integer]

• Data Params

hpo=[alphanumeric] phenotype=[alphanumeric] gene=[alphanumeric] gene_id=[alphanumeric]

• Success Response:

• Code: 200
  Content: { "hpo": "HP:0001459", "phenotype": "1-3 toe syndactyly", "gene": "GLI3", "gene_id": "2737" }

• Error Response:

• Code: 404 NOT FOUND
  Content: { error : "User doesn't exist" }

OR

• Code: 401 UNAUTHORIZED
  Content: { error : "You are unauthorized to make this request." }

Autor

• Rodrigo de Souza Reis - (https://www.linkedin.com/in/rodrigosourei/)

Construido com

• Django - The Web framework for perfectionists with deadlines
• Django REST framework - A powerful and flexible toolkit for building Web APIs