Commande : sh RNA_pipeline.sh
- Le script télécharge les différents fichiers et index le chromosome (ne prend pas beaucoup de temps)
- Résultats dans results/table_comptage_read_for_R.table
Commande : sh variant.sh
- ATTENTION : nécessite un dossier human_genome/ contenant le chromosome 18 indexé et un dossier fastq contenant les fastq
- Le script télécharge le fichier d'annotation
- Résultats dans output/gene_variant_list.txt