update files

Xacfran · Mar 6, 2024 · 76c8baf · 76c8baf
1 parent e17c95a
commit 76c8baf
Show file tree

Hide file tree

Showing 33 changed files with 3,580 additions and 37 deletions.
diff --git a/analisis_data.qmd b/analisis_data.qmd
@@ -261,7 +261,7 @@ El *p*-value = 0.002837017, quiere decir que hay muy baja probabilidad de que la
 Este método de reducción dimensional incluye el análisis de valores propios (eigenvalues) y vectores propios (eigenvectors) de una matriz de covarianza o correlación. Sin embargo, para los propósitos de este curso aprenderás los conceptos básicos y necesarios para realizar este análisis multivariado.
 Te recomiendo que hagas una lectura a fondo de este tema utilizando la bibliografía que puedes encontrar en [-@sec-est-basica-fuentes], si quieres utilizar este método para publicaciones científicas.
 
-Por lo pronto, empieza instalando los paquetes necesarios para esta sección e importando otro archivo hipotético de un segundo análisis de sangre.
+Por lo pronto, empieza instalando los paquetes necesarios para esta sección e importando otro archivo hipotético de un segundo análisis de sangre que puedes descargara desde [aquí](https://mega.nz/folder/VwVQEbJK#lxYXI88_90s6hUihhwNXgg).
 
 ```{r eval=FALSE}
 library(factoextra)

diff --git a/areas_vida_1.qmd b/areas_vida_1.qmd
@@ -18,7 +18,7 @@ source("_common.R")
 
 # Áreas de vida Parte I {#sec-areas-vida-1}
 
-La estimación de áreas de vida es una parte fundamental en el estudio de la Ecología de animales. Si bien existen diversos métodos por los cuales se pueden estimar dichas áreas, en este módulo intermedio del curso solo nos enfocaremos en pocos mediante el uso de los paquetes más populares en la rama de la Ecología Espacial.
+La estimación de áreas de vida es una parte fundamental en el estudio de la ecología y etología de los animales, y el artículo científico de @silva_autocorrelation-informed_2022  . Si bien existen diversos métodos por los cuales se pueden estimar dichas áreas, en este módulo intermedio del curso solo nos enfocaremos en pocos mediante el uso de los paquetes más populares en la rama de la Ecología Espacial.
 adehabitatHR
 El paquete adeHabitatHR es parte de un conjunto de paquetes (como lo es dplyr o ggplot2 de tidyverse) dentro de adehabitat, el cual ha sido dividido en cuatro paquetes diferentes, empleados para distintos objetivos.  adeHabitatHR funciona en conjunto con el paquete sp, ya que este último provee de una clase de datos que puede ser leída por adeHabitatHR, los puntos espaciales o spatial points.
 

diff --git a/datos_telemetricos.qmd b/datos_telemetricos.qmd
@@ -11,8 +11,57 @@ editor_options:
     canonical: true
 theme: cosmo
 ---
-# Datos telemétricos {#sec-datos-telemetricos}
+# Datos de telemetría satelital {#sec-datos-telemetricos}
 
+
+La estimación de áreas de vida es una parte fundamental en el estudio de la ecología y etología de los animales, y el artículo científico de @silva_autocorrelation-informed_2022 realiza una revisión detallada al respecto . Si bien existen diversos métodos por los cuales se pueden estimar dichas áreas, en este módulo intermedio del curso solo nos enfocaremos en pocos mediante el uso de los paquetes más populares en la rama de la Ecología Espacial.
+
+
+## adehabitatHR
+El paquete adeHabitatHR es parte de un conjunto de paquetes (como lo es dplyr o ggplot2 de tidyverse) dentro de adehabitat, el cual ha sido dividido en cuatro paquetes diferentes, empleados para distintos objetivos.  adeHabitatHR funciona en conjunto con el paquete sp, ya que este último provee de una clase de datos que puede ser leída por adeHabitatHR, los puntos espaciales o spatial points.
+
+En el año 2023, los paquetes sp, raster y rgdal, que en su momento fueron la base sobre los cuales se creaban otros paquetes para el estudio espacial, fueron deprecados y reemplazados por sf y terra. Sin embargo, los ante mencionados aún pueden ser descargados y utilizados, aunque se recomienda la transición hacia los nuevos paquetes.
+Además, los paquetes rgdal y raster también se utilizarán en esta introducción a los métodos de estimación de áreas de vida, por lo que tendrán que ser instalados antes de dar inicio con los ejercicios.
+
+## Preparación y análisis de datos
+Es de suma importancia que estos pasos sean realizados de manera correcta, ya que cualquier error en la importación y limpieza de los datos nos puede traer grandes errores.
+A manera de ejercicio, he cambiado el formato del archivo original de MigratoryZebra.csv, tomado del curso Landscape and Analysis Modeling de The University of Tulsa, al que pueden acceder gratuitamente para profundizar más en los temas que trataremos en estas clases.
+Es siempre aconsejable tener una mirada general de nuestros datos antes de leerlos como objetos en R, ya que se debe utilizar la función adecuada para su lectura así que empecemos abriendo el archivo zebras.csv en un archivo de texto y miremos algunas características, como los separadores de columnas y los indicadores de decimales.
+Podemos ver que las columnas están separadas por un punto y coma “;”, y que los decimales se indican mediante una coma “,”.
+
+```{r eval = FALSE}
+# Intenta leer el archivo con las siguientes funciones y mira cuales son las características de estos objetos mediante summary() y str()
+
+data1 <- read.csv("zebras.csv")
+data2 <- read.csv2("zebras.csv")
+data3 <- read.table("zebras.csv", header = TRUE, na.strings = "NA",  sep=";")
+```
+
+Ahora activa el paquete readr (también parte de tidyverse) e intenta leer los datos mediante la función read_csv2()
+
+```{r include=FALSE}
+data <- read_csv2("docs/datos/zebras.csv")
+```
+```{r eval = FALSE}
+data <- read_csv2("zebras.csv")
+summary (data)
+str(data)
+```
+
+Extrae algunas columnas de interés para la clase de hoy y asignales un nombre más fácil de escribir.
+
+```{r}
+zebra <- data[, c("event-id", "individual-local-identifier",
+                "location-long", "location-lat", "study-local-timestamp")]
+
+zebra <- zebra %>%
+              rename(id = "event-id", identifier = "individual-local-identifier",
+              long = "location-long",
+              lat = "location-lat",
+              timestamp = "study-local-timestamp")
+```
+
+## ?????
 ```{r}
 #| include: false
 source("_common.R")

diff --git a/datos_telemetricos_files/execute-results/html.json b/datos_telemetricos_files/execute-results/html.json
@@ -0,0 +1,15 @@
+{
+  "hash": "7c3c0eabb04d567d6521813b69c9ef91",
+  "result": {
+    "engine": "knitr",
+    "markdown": "---\nformat:\n  html:\n    toc: true\n    toc-title: \"Contenidos\"\n    toc-expand: 1\n    code-overflow: wrap\neditor_options:\n  markdown:\n    wrap: sentence\n    canonical: true\ntheme: cosmo\n---\n\n# Datos telemétricos {#sec-datos-telemetricos}\n\n\n\n\n![Estamos trabajando en este tutorial](docs/Figures/under_constrution_bear1.jpeg \"Title: An elephant\")\n\n",
+    "supporting": [],
+    "filters": [
+      "rmarkdown/pagebreak.lua"
+    ],
+    "includes": {},
+    "engineDependencies": {},
+    "preserve": {},
+    "postProcess": true
+  }
+}
diff --git a/docs/analisis_data.html b/docs/analisis_data.html
diff --git a/docs/analisis_data_files/figure-html/unnamed-chunk-10-1.png b/docs/analisis_data_files/figure-html/unnamed-chunk-10-1.png
diff --git a/docs/analisis_data_files/figure-html/unnamed-chunk-12-1.png b/docs/analisis_data_files/figure-html/unnamed-chunk-12-1.png
diff --git a/docs/analisis_data_files/figure-html/unnamed-chunk-13-1.png b/docs/analisis_data_files/figure-html/unnamed-chunk-13-1.png
diff --git a/docs/analisis_data_files/figure-html/unnamed-chunk-15-1.png b/docs/analisis_data_files/figure-html/unnamed-chunk-15-1.png
diff --git a/docs/analisis_data_files/figure-html/unnamed-chunk-15-2.png b/docs/analisis_data_files/figure-html/unnamed-chunk-15-2.png
diff --git a/docs/analisis_data_files/figure-html/unnamed-chunk-20-1.png b/docs/analisis_data_files/figure-html/unnamed-chunk-20-1.png
diff --git a/docs/analisis_data_files/figure-html/unnamed-chunk-21-1.png b/docs/analisis_data_files/figure-html/unnamed-chunk-21-1.png
diff --git a/docs/analisis_data_files/figure-html/unnamed-chunk-24-1.png b/docs/analisis_data_files/figure-html/unnamed-chunk-24-1.png
diff --git a/docs/analisis_data_files/figure-html/unnamed-chunk-25-1.png b/docs/analisis_data_files/figure-html/unnamed-chunk-25-1.png
diff --git a/docs/analisis_data_files/figure-html/unnamed-chunk-27-1.png b/docs/analisis_data_files/figure-html/unnamed-chunk-27-1.png
diff --git a/docs/analisis_data_files/figure-html/unnamed-chunk-31-1.png b/docs/analisis_data_files/figure-html/unnamed-chunk-31-1.png
diff --git a/docs/analisis_data_files/figure-html/unnamed-chunk-32-1.png b/docs/analisis_data_files/figure-html/unnamed-chunk-32-1.png
diff --git a/docs/areas_vida_1.html b/docs/areas_vida_1.html
@@ -54,7 +54,27 @@
 @media screen {
 pre > code.sourceCode > span > a:first-child::before { text-decoration: underline; }
 }
-</style>
+/* CSS for citations */
+div.csl-bib-body { }
+div.csl-entry {
+  clear: both;
+  margin-bottom: 0em;
+}
+.hanging-indent div.csl-entry {
+  margin-left:2em;
+  text-indent:-2em;
+}
+div.csl-left-margin {
+  min-width:2em;
+  float:left;
+}
+div.csl-right-inline {
+  margin-left:2em;
+  padding-left:1em;
+}
+div.csl-indent {
+  margin-left: 2em;
+}</style>
 
 
 <script src="site_libs/quarto-nav/quarto-nav.js"></script>
@@ -171,7 +191,7 @@
         <li class="sidebar-item">
   <div class="sidebar-item-container"> 
   <a href="./datos_telemetricos.html" class="sidebar-item-text sidebar-link">
- <span class="menu-text"><span class="chapter-number">3</span>&nbsp; <span class="chapter-title">Datos telemétricos</span></span></a>
+ <span class="menu-text"><span class="chapter-number">3</span>&nbsp; <span class="chapter-title">Datos de telemetría satelital</span></span></a>
   </div>
 </li>
         <li class="sidebar-item">
@@ -189,7 +209,7 @@
         <li class="sidebar-item">
   <div class="sidebar-item-container"> 
   <a href="./references.html" class="sidebar-item-text sidebar-link">
- <span class="menu-text">References</span></a>
+ <span class="menu-text">Literatura citada</span></a>
   </div>
 </li>
     </ul>
@@ -228,7 +248,7 @@ <h1 class="title"><span id="sec-areas-vida-1" class="quarto-section-identifier">
 </header>
 
 
-<p>La estimación de áreas de vida es una parte fundamental en el estudio de la Ecología de animales. Si bien existen diversos métodos por los cuales se pueden estimar dichas áreas, en este módulo intermedio del curso solo nos enfocaremos en pocos mediante el uso de los paquetes más populares en la rama de la Ecología Espacial. adehabitatHR El paquete adeHabitatHR es parte de un conjunto de paquetes (como lo es dplyr o ggplot2 de tidyverse) dentro de adehabitat, el cual ha sido dividido en cuatro paquetes diferentes, empleados para distintos objetivos. adeHabitatHR funciona en conjunto con el paquete sp, ya que este último provee de una clase de datos que puede ser leída por adeHabitatHR, los puntos espaciales o spatial points.</p>
+<p>La estimación de áreas de vida es una parte fundamental en el estudio de la ecología y etología de los animales, y el artículo científico de <span class="citation" data-cites="silva_autocorrelation-informed_2022">Silva et al. (<a href="references.html#ref-silva_autocorrelation-informed_2022" role="doc-biblioref">2022</a>)</span> . Si bien existen diversos métodos por los cuales se pueden estimar dichas áreas, en este módulo intermedio del curso solo nos enfocaremos en pocos mediante el uso de los paquetes más populares en la rama de la Ecología Espacial. adehabitatHR El paquete adeHabitatHR es parte de un conjunto de paquetes (como lo es dplyr o ggplot2 de tidyverse) dentro de adehabitat, el cual ha sido dividido en cuatro paquetes diferentes, empleados para distintos objetivos. adeHabitatHR funciona en conjunto con el paquete sp, ya que este último provee de una clase de datos que puede ser leída por adeHabitatHR, los puntos espaciales o spatial points.</p>
 <p>Además, los paquetes rgdal y raster también se utilizarán en esta introducción a los métodos de estimación de áreas de vida, por lo que tendrán que ser instalados antes de dar inicio con los ejercicios. Preparación y análisis de datos Es de suma importancia que estos pasos sean realizados de manera correcta, ya que cualquier error en la importación y limpieza de los datos nos puede traer grandes errores. A manera de ejercicio, he cambiado el formato del archivo original de MigratoryZebra.csv, tomado del curso Landscape and Analysis Modeling de The University of Tulsa, al que pueden acceder gratuitamente para profundizar más en los temas que trataremos en estas clases. Es siempre aconsejable tener una mirada general de nuestros datos antes de leerlos como objetos en R, ya que se debe utilizar la función adecuada para su lectura así que empecemos abriendo el archivo zebras.csv en un archivo de texto y miremos algunas características, como los separadores de columnas y los indicadores de decimales. Podemos ver que las columnas están separadas por un punto y coma “;”, y que los decimales se indican mediante una coma “,”.</p>
 <div class="cell">
 <div class="sourceCode cell-code" id="cb1"><pre class="sourceCode r code-with-copy"><code class="sourceCode r"><span id="cb1-1"><a href="#cb1-1" aria-hidden="true" tabindex="-1"></a><span class="co"># Intenta leer el archivo con las siguientes funciones y mira cuales son las características de estos objetos mediante summary() y str()</span></span>
@@ -264,6 +284,11 @@ <h2 data-number="4.1" class="anchored" data-anchor-id="section"><span class="hea
 </div>
 
 
+<div id="refs" class="references csl-bib-body hanging-indent" data-entry-spacing="0" role="list" style="display: none">
+<div id="ref-silva_autocorrelation-informed_2022" class="csl-entry" role="listitem">
+Silva, Inês, Christen H. Fleming, Michael J. Noonan, Jesse Alston, Cody Folta, William F. Fagan, and Justin M. Calabrese. 2022. <span>“Autocorrelation-Informed Home Range Estimation: <span>A</span> Review and Practical Guide.”</span> <em>Methods in Ecology and Evolution</em> 13 (3): 534–44. <a href="https://doi.org/10.1111/2041-210X.13786">https://doi.org/10.1111/2041-210X.13786</a>.
+</div>
+</div>
 </section>
 
 </main> <!-- /main -->
@@ -656,8 +681,8 @@ <h2 data-number="4.1" class="anchored" data-anchor-id="section"><span class="hea
 </script>
 <nav class="page-navigation">
   <div class="nav-page nav-page-previous">
-      <a href="./datos_telemetricos.html" class="pagination-link" aria-label="Datos telemétricos">
-        <i class="bi bi-arrow-left-short"></i> <span class="nav-page-text"><span class="chapter-number">3</span>&nbsp; <span class="chapter-title">Datos telemétricos</span></span>
+      <a href="./datos_telemetricos.html" class="pagination-link" aria-label="Datos de telemetría satelital">
+        <i class="bi bi-arrow-left-short"></i> <span class="nav-page-text"><span class="chapter-number">3</span>&nbsp; <span class="chapter-title">Datos de telemetría satelital</span></span>
       </a>          
   </div>
   <div class="nav-page nav-page-next">

diff --git a/docs/datos_telemetricos.html b/docs/datos_telemetricos.html
@@ -98,7 +98,8 @@
     <div class="pt-lg-2 mt-2 text-left sidebar-header">
     <div class="sidebar-title mb-0 py-0">
       <a href="./">Introducción a la Telemetría de Grandes Mamíferos</a> 
-        <div class="sidebar-tools-main">
+        <div class="sidebar-tools-main tools-wide">
+    <a href="https://osoandino.org/" title="Fundación Oso Andino" class="quarto-navigation-tool px-1" aria-label="Fundación Oso Andino"><i class="bi bi-globe"></i></a>
     <a href="https://github.com/Xacfran/intro_telemetry_r" title="Source Code" class="quarto-navigation-tool px-1" aria-label="Source Code"><i class="bi bi-github"></i></a>
   <a href="" class="quarto-reader-toggle quarto-navigation-tool px-1" onclick="window.quartoToggleReader(); return false;" title="Toggle reader mode">
   <div class="quarto-reader-toggle-btn">
@@ -154,7 +155,7 @@
         <li class="sidebar-item">
   <div class="sidebar-item-container"> 
   <a href="./references.html" class="sidebar-item-text sidebar-link">
- <span class="menu-text">References</span></a>
+ <span class="menu-text">Literatura citada</span></a>
   </div>
 </li>
     </ul>
@@ -600,7 +601,7 @@ <h1 class="title"><span id="sec-datos-telemetricos" class="quarto-section-identi
 <footer class="footer">
   <div class="nav-footer">
     <div class="nav-footer-left">
-<p>Este tutorial fue escrito por Francisco X. Castellanos en <a href="https://quarto.org/">Quarto</a>.</p>
+<p>Escrito por <a href="https://xacfran.github.io/digital-resume/">FXC</a> en <a href="https://quarto.org/">Quarto</a>.</p>
 </div>   
     <div class="nav-footer-center">
       &nbsp;

diff --git a/docs/index.html b/docs/index.html
@@ -154,7 +154,7 @@
         <li class="sidebar-item">
   <div class="sidebar-item-container"> 
   <a href="./references.html" class="sidebar-item-text sidebar-link">
- <span class="menu-text">References</span></a>
+ <span class="menu-text">Literatura citada</span></a>
   </div>
 </li>
     </ul>

diff --git a/docs/intro.html b/docs/intro.html
@@ -191,7 +191,7 @@
         <li class="sidebar-item">
   <div class="sidebar-item-container"> 
   <a href="./references.html" class="sidebar-item-text sidebar-link">
- <span class="menu-text">References</span></a>
+ <span class="menu-text">Literatura citada</span></a>
   </div>
 </li>
     </ul>

diff --git a/docs/references.html b/docs/references.html
@@ -7,7 +7,7 @@
 <meta name="viewport" content="width=device-width, initial-scale=1.0, user-scalable=yes">
 
 
-<title>Introducción a la Telemetría de Grandes Mamíferos - References</title>
+<title>Introducción a la Telemetría de Grandes Mamíferos - Literatura citada</title>
 <style>
 code{white-space: pre-wrap;}
 span.smallcaps{font-variant: small-caps;}
@@ -100,7 +100,7 @@
       <button type="button" class="quarto-btn-toggle btn" data-bs-toggle="collapse" data-bs-target=".quarto-sidebar-collapse-item" aria-controls="quarto-sidebar" aria-expanded="false" aria-label="Toggle sidebar navigation" onclick="if (window.quartoToggleHeadroom) { window.quartoToggleHeadroom(); }">
         <i class="bi bi-layout-text-sidebar-reverse"></i>
       </button>
-        <nav class="quarto-page-breadcrumbs" aria-label="breadcrumb"><ol class="breadcrumb"><li class="breadcrumb-item"><a href="./references.html">References</a></li></ol></nav>
+        <nav class="quarto-page-breadcrumbs" aria-label="breadcrumb"><ol class="breadcrumb"><li class="breadcrumb-item"><a href="./references.html">Literatura citada</a></li></ol></nav>
         <a class="flex-grow-1" role="button" data-bs-toggle="collapse" data-bs-target=".quarto-sidebar-collapse-item" aria-controls="quarto-sidebar" aria-expanded="false" aria-label="Toggle sidebar navigation" onclick="if (window.quartoToggleHeadroom) { window.quartoToggleHeadroom(); }">      
         </a>
       <button type="button" class="btn quarto-search-button" aria-label="" onclick="window.quartoOpenSearch();">
@@ -173,7 +173,7 @@
         <li class="sidebar-item">
   <div class="sidebar-item-container"> 
   <a href="./references.html" class="sidebar-item-text sidebar-link active">
- <span class="menu-text">References</span></a>
+ <span class="menu-text">Literatura citada</span></a>
   </div>
 </li>
     </ul>
@@ -189,7 +189,7 @@
 
 <header id="title-block-header" class="quarto-title-block default">
 <div class="quarto-title">
-<h1 class="title">References</h1>
+<h1 class="title">Literatura citada</h1>
 </div>
 
 
@@ -206,8 +206,14 @@ <h1 class="title">References</h1>
 </header>
 
 
-<div id="refs" role="list" style="display: none">
-
+<div id="refs" class="references csl-bib-body hanging-indent" data-entry-spacing="0" role="list">
+<div id="ref-silva_autocorrelation-informed_2022" class="csl-entry" role="listitem">
+Silva, Inês, Christen H. Fleming, Michael J. Noonan, Jesse Alston, Cody
+Folta, William F. Fagan, and Justin M. Calabrese. 2022.
+<span>“Autocorrelation-Informed Home Range Estimation: <span>A</span>
+Review and Practical Guide.”</span> <em>Methods in Ecology and
+Evolution</em> 13 (3): 534–44. <a href="https://doi.org/10.1111/2041-210X.13786">https://doi.org/10.1111/2041-210X.13786</a>.
+</div>
 </div>