Version 3.0.0 from develop (#64)

* Broadsea 3.0 merge into develop (#52)

* Initial commit of adding SSL to traefik and Solr

* Added Ares profile, using forked version

* Added profiles, support for git-based webapi and atlas builds

* Fixed WebAPI from git. Began security env variable sections. Added docker arch variable.

* Fixed yml error

* Added AD section

* Added more security provider env vars, some cleanup

* Added volume for cacerts (LDAPS)

* Removed original config-local

* Added security provider enabled entries, default values for sec items

* New README, removed extraneous db specific WebAPI stuff, organized .env into sections

* Fixed md issue in readme

* Added ldaps item to readme

* Clarification on ssl in readme

* Added OMOP vocab and phoebe loading services. With updated readme

* Workaround for if cacerts file isn't present

* Removed tmpfs assignment from postgres-load

* Fixes for phoebe unzip, clarity on vocab and phoebe vars

* Added vocab cpt conversion option based on if env var is fulfilled

* Added Ares data folder env and updated README

* Using new MAVEN_PARAMS in webapi from git. Renamed SOLR_ENDPOINT.

* Added dynamic splash page, ares entry, changed routes for content and hades. Added env var for certs folder.

* Updated hades and atlasdb to amd64 arch

* Added restart attribute to solr vocab

* Fixes #62, images were blocked due to content security policy meta tag

* Fixes div show/hide by removing extra quotes

* Updated Ares copy

* Tweak to hades config for backslash issue. Updated Mac Silicon language in readme

* Added .jar to gitignore

.env

@@ -1 +1,234 @@
-BROADSEA_HOST=127.0.0.1
+############################################################################################################################################################
+# Section 1:
+# Broadsea Host
+############################################################################################################################################################
+DOCKER_ARCH="linux/amd64" # change this to linux/arm64 if using Mac Silicon, otherwise keep as-is
+BROADSEA_HOST="127.0.0.1" # change to your host URL (without the http part)
+HTTP_TYPE="http" # if using https, you need to add the crt and key files to the ./certs folder
+BROADSEA_CERTS_FOLDER="./certs" 
+
+############################################################################################################################################################
+# Section 2: 
+# Atlas GUI configuration
+############################################################################################################################################################
+
+ATLAS_INSTANCE_NAME="Broadsea"
+ATLAS_COHORT_COMPARISON_RESULTS_ENABLED="false"
+ATLAS_USER_AUTH_ENABLED="false" # set to true if using security, but ensure you fill out the WebAPI/Atlas security sections below
+ATLAS_PLP_RESULTS_ENABLED="false"
+
+############################################################################################################################################################
+# Section 3: 
+# WebAPI Database configuration
+############################################################################################################################################################
+
+# Keep as-is if using Broadsea to launch the WebAPI postgres, replace if using an external postgres instance
+WEBAPI_DATASOURCE_URL="jdbc:postgresql://broadsea-atlasdb:5432/postgres"
+WEBAPI_DATASOURCE_USERNAME="postgres"
+WEBAPI_DATASOURCE_PASSWORD="mypass"
+WEBAPI_DATASOURCE_OHDSI_SCHEMA="webapi"
+
+############################################################################################################################################################
+# Section 4: 
+# Atlas security provider configuration 
+############################################################################################################################################################
+
+# Only modify if you are enabling security!
+
+ATLAS_SECURITY_PROVIDER_TYPE="none" # ad, ldap, kerberos, openid, cas, oauth, iap, basic
+ATLAS_SECURITY_PROVIDER_NAME="none" # What to call the provider in the Atlas GUI (e.g. "OHDSI Active Directory")
+ATLAS_SECURITY_ICON="fa-cubes" # font-awesome icon name
+ATLAS_SECURITY_USE_FORM="false" # set to true for most security providers
+ATLAS_SECURITY_USE_AJAX="false" # set to true for most security providers except CAS
+
+############################################################################################################################################################
+# Section 5: 
+# WebAPI security configuration
+############################################################################################################################################################
+
+WEBAPI_SECURITY_PROVIDER="DisabledSecurity" # Change to AtlasRegularSecurity
+
+# choose one, set it to enabled, and replace with appropriate values
+
+# Basic
+SECURITY_AUTH_JDBC_ENABLED="false"
+SECURITY_DB_DATASOURCE_SCHEMA=""
+SECURITY_DB_DATASOURCE_URL=""
+SECURITY_DB_DATASOURCE_DRIVERCLASSNAME=""
+SECURITY_DB_DATASOURCE_USERNAME=""
+SECURITY_DB_DATASOURCE_PASSWORD=""
+
+# LDAP
+SECURITY_AUTH_LDAP_ENABLED="false"
+SECURITY_LDAP_DN="cn={0},dc=example,dc=org"
+SECURITY_LDAP_URL="ldap://localhost:389"
+SECURITY_LDAP_BASEDN=
+SECURITY_LDAP_SYSTEM_USERNAME=
+SECURITY_LDAP_SYSTEM_PASSWORD=
+SECURITY_LDAP_SEARCHSTRING="(&(objectClass=person)(CN={0}))"
+SECURITY_LDAP_USERMAPPING_DISPLAYNAMEATTR="displayname"
+SECURITY_LDAP_USERMAPPING_FIRSTNAMEATTR="givenName"
+SECURITY_LDAP_USERMAPPING_MIDDLENAMEATTR="initials"
+SECURITY_LDAP_USERMAPPING_LASTNAMEATTR="sn"
+SECURITY_LDAP_USERMAPPING_USERNAMEATTR="cn"
+SECURITY_LDAP_USERIMPORT_USERNAMEATTR="cn"
+SECURITY_LDAP_USERIMPORT_LOGINATTR="uid"
+SECURITY_LDAP_SEARCHBASE="CN=Users,DC=example,DC=org"
+
+# AD
+SECURITY_AUTH_AD_ENABLED="false"
+SECURITY_AD_URL=
+SECURITY_AD_SEARCHBASE="CN=Users,DC=example,DC=org"
+SECURITY_AD_PRINCIPALSUFFIX=
+SECURITY_AD_SYSTEM_USERNAME=
+SECURITY_AD_SYSTEM_PASSWORD=
+SECURITY_AD_SEARCHFILTER="(&(objectClass=person)(cn=%s))"
+SECURITY_AD_IGNORE_PARTIAL_RESULT_EXCEPTION="true"
+SECURITY_AD_RESULT_COUNT_LIMIT="30000"
+SECURITY_AD_DEFAULT_IMPORT_GROUP="public"
+SECURITY_AD_SEARCHSTRING="(&(objectClass=person)(userPrincipalName=%s))"
+SECURITY_AD_USERMAPPING_DISPLAYNAMEATTR="displayName"
+SECURITY_AD_USERMAPPING_FIRSTNAMEATTR="givenname"
+SECURITY_AD_USERMAPPING_MIDDLENAMEATTR="initials"
+SECURITY_AD_USERMAPPING_LASTNAMEATTR="sn"
+SECURITY_AD_USERMAPPING_USERNAMEATTR="sAMAccountName"
+SECURITY_AD_USERIMPORT_LOGINATTR="sAMAccountName"
+SECURITY_AD_USERIMPORT_USERNAMEATTR="cn"
+
+# Kerberos
+SECURITY_AUTH_KERBEROS_ENABLED="false"
+SECURITY_KERBEROS_SPN=
+SECURITY_KERBEROS_KEYTABPATH=
+
+# OAuth
+SECURITY_OAUTH_CALLBACK_UI="http://localhost/Atlas/#/welcome"
+SECURITY_OAUTH_CALLBACK_API="http://localhost:8080/WebAPI/user/oauth/callback"
+SECURITY_OAUTH_CALLBACK_URLRESOLVER="query"
+SECURITY_AUTH_GOOGLE_ENABLED="false"
+SECURITY_OAUTH_GOOGLE_APIKEY=
+SECURITY_OAUTH_GOOGLE_APISECRET=
+SECURITY_AUTH_FACEBOOK_ENABLED="false"
+SECURITY_OAUTH_FACEBOOK_APIKEY=
+SECURITY_OAUTH_FACEBOOK_APISECRET=
+SECURITY_AUTH_GITHUB_ENABLED="false"
+SECURITY_OAUTH_GITHUB_APIKEY=
+SECURITY_OAUTH_GITHUB_APISECRET=
+
+# OpenID
+SECURITY_AUTH_OPENID_ENABLED="false"
+SECURITY_OID_CLIENTID=
+SECURITY_OID_APISECRET=
+SECURITY_OID_URL=
+SECURITY_OID_LOGOUTURL=
+SECURITY_OID_EXTRASCOPES=
+SECURITY_OID_REDIRECTURL="http://localhost/index.html#/welcome/"
+
+# CAS
+SECURITY_AUTH_CAS_ENABLED="false"
+WEBAPI_SECURITY_CAS_SERVER=""
+
+# IAP
+SECURITY_AUTH_GOOGLEIAP_ENABLED="false"
+SECURITY_GOOGLEIAP_CLOUDPROJECTID=""
+SECURITY_GOOGLEIAP_BACKENDSERVICEID=""
+SECURITY_GOOGLE_ACCESSTOKEN_ENABLED="false"
+
+# SAML
+SECURITY_SAML_ENABLED="false"
+SECURITY_SAML_ENTITYID=""
+SECURITY_SAML_IDPMETADATALOCATION=""
+SECURITY_SAML_KEYMANAGER_KEYSTOREFILE=""
+SECURITY_SAML_KEYMANAGER_STOREPASSWORD=""
+SECURITY_SAML_KEYMANAGER_DEFAULTKEY=""
+SECURITY_SAML_KEYMANAGER_PASSWORDS_ARACHNENETWORK=""
+SECURITY_SAML_METADATALOCATION=""
+SECURITY_SAML_CALLBACKURL=""
+SECURITY_SAML_SLOURL=""
+SECURITY_SAML_MAXIMUMAUTHENTICATIONLIFETIME="60"
+
+############################################################################################################################################################
+# Section 6:
+# Building Atlas or WebAPI from Git
+############################################################################################################################################################
+
+# if building Atlas from git rather than docker hub image
+ATLAS_GITHUB_URL="https://github.com/OHDSI/Atlas.git#rc-2.13.0"
+
+# if building WebAPI from git rather than docker hub image
+WEBAPI_GITHUB_URL="https://github.com/OHDSI/WebAPI.git#rc-2.13.0"
+
+############################################################################################################################################################
+# Section 7:
+# SOLR Vocab (optional)
+############################################################################################################################################################
+
+# keep as-is if using Broadsea to launch SOLR OMOP Vocabulary, otherwise replace with external SOLR OMOP Vocabulary endpoint
+SOLR_VOCAB_ENDPOINT="http://broadsea-solr-vocab:8983/solr"
+
+# if using Broadsea to launch SOLR, fill these out to build the vocab core
+VOCAB_VERSION="v5.0_23-JAN-23" # replace spaces with underscores
+VOCAB_JDBC_DRIVER_PATH="org.postgresql.Driver"
+VOCAB_JDBC_URL="jdbc:postgresql://broadsea-atlasdb:5432/postgres"
+VOCAB_JDBC_USER="postgres"
+VOCAB_JDBC_PASSWORD="mypass"
+VOCAB_JDBC_FILE_NAME="postgresql-42.5.0.jar" # this needs to be added to the Broadsea folder root
+VOCAB_DATABASE_SCHEMA="vocab"
+
+############################################################################################################################################################
+# Section 8:
+# HADES credentials to use in RStudio
+############################################################################################################################################################
+
+HADES_USER="ohdsi"
+HADES_PASSWORD="mypass"
+
+
+############################################################################################################################################################
+# Section 9:
+# Postgres and UMLS credentials for loading OMOP Vocab files into Postgres schema
+############################################################################################################################################################
+
+VOCAB_PG_HOST="broadsea-atlasdb" # the host name by itself (without db name)
+VOCAB_PG_DATABASE="postgres"
+VOCAB_PG_SCHEMA="omop_vocab"
+VOCAB_PG_USER="postgres"
+VOCAB_PG_PASSWORD="mypass"
+
+# IMPORTANT: If CPT4 conversion needed, use API KEY from UMLS account profile: https://uts.nlm.nih.gov/uts/profile
+UMLS_API_KEY= # if CPT4 conversion not needed, leave as empty
+
+############################################################################################################################################################
+# Section 10:
+# Postgres credentials for loading Phoebe file for Atlas 2.12+ Concept Recommendations into Postgres hosted OMOP Vocabulary schema
+############################################################################################################################################################
+
+# Should be an existing OMOP Vocabulary schema, you will need to make it the default Vocabulary source in Atlas
+
+PHOEBE_PG_HOST="broadsea-atlasdb" # the host name by itself (without db name)
+PHOEBE_PG_DATABASE="postgres"
+PHOEBE_PG_SCHEMA="omop_vocab"
+PHOEBE_PG_USER="postgres"
+PHOEBE_PG_PASSWORD="mypass"
+
+
+############################################################################################################################################################
+# Section 11:
+# Ares Data Folder config
+############################################################################################################################################################
+
+# change to the Ares data folder on your host
+
+ARES_DATA_FOLDER="./ares_data"
+
+
+############################################################################################################################################################
+# Section 12:
+# Broadsea Content Page config
+############################################################################################################################################################
+
+# divs with links to apps
+# either "show" to include on the page or "none" to hide it
+
+CONTENT_ARES_DISPLAY="show"
+CONTENT_ATLAS_DISPLAY="show"
+CONTENT_HADES_DISPLAY="show"

.gitignore

@@ -1 +1,4 @@
 .DS_Store
+omop_vocab/files
+.env_local
+*.jar