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Bonjour Pierrick
Merci pour la présentation de ton outil de matching pour les spectres MS.
Si j'ai bien compris, il s'agit d'utiliser les m/z des variables de la table "Variable Metadata" et de les comparer une à une avec tous les m/z d'une bibliothèque de référence.
Je vois deux usages à cet outil :
L'annotation de variables dans une matrice précédemment annotée.
L'annotation d'une matrice jamais annotée.
Pour le premier cas, en l'état actuel, l'outil est complètement satisfaisant avec une base in-house ad hoc en combinant m/z et Rt.
Dans le deuxième cas, il me semblerait intéressant d'utiliser l'information du temps de rétention des variables du fichier.
Si je prends l'exemple d'un métabolite inconnu associé aux variables M100T1000 et M200T1002.
Si je cherche successivement pour la variable M100T1000 et M200T1002, les spectres proposés seront moins pertinents que si je cherche pour les deux variables M100T1000 et M200T1002 en même temps.
Il reste à trouver le bon critère pour associer les variables ce qui permettrait de faire une recherche sur un pseudo-spectre et non pas sur un m/z unique. Un coefficient de corrélation pourrait être ce critère.
Je suis disponible pour en discuter plus en détail si nécessaire.
A bientôt
Stéphane
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Une idée de Stéphane Bernillon, INRA Bordeaux :
Bonjour Pierrick
Merci pour la présentation de ton outil de matching pour les spectres MS.
Si j'ai bien compris, il s'agit d'utiliser les m/z des variables de la table "Variable Metadata" et de les comparer une à une avec tous les m/z d'une bibliothèque de référence.
Je vois deux usages à cet outil :
Pour le premier cas, en l'état actuel, l'outil est complètement satisfaisant avec une base in-house ad hoc en combinant m/z et Rt.
Dans le deuxième cas, il me semblerait intéressant d'utiliser l'information du temps de rétention des variables du fichier.
Si je prends l'exemple d'un métabolite inconnu associé aux variables M100T1000 et M200T1002.
Si je cherche successivement pour la variable M100T1000 et M200T1002, les spectres proposés seront moins pertinents que si je cherche pour les deux variables M100T1000 et M200T1002 en même temps.
Il reste à trouver le bon critère pour associer les variables ce qui permettrait de faire une recherche sur un pseudo-spectre et non pas sur un m/z unique. Un coefficient de corrélation pourrait être ce critère.
Je suis disponible pour en discuter plus en détail si nécessaire.
A bientôt
Stéphane
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