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Colocar esse arquivo no gitignore não vai fazer com que ele pare de ser trackeado pelo Git. Para ele parar de ser trackeado, ele deveria ser adicionado a gitignore e removido do repositório (o que não é bom, já que esse arquivo deve servir de base para todos que clonarem o repositório).
O que vc pode fazer é usar esse comando:
git update-index --assume-unchanged WebContent/WEB-INF/classes/hibernate.cfg.xml
Isso faz com que o versionador considere esse arquivo sempre como não alterado. Se algum dia houve a necessidade de atualizá-lo, basta usar o comando:
$ git update-index --no-assume-unchanged WebContent/WEB-INF/classes/hibernate.cfg.
xml
Atualizar gitignore para não submeter arquivo de configuração do hibernate
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