Poincare maps recover continuous hierarchies in single-cell data.
POC: Anna Klimovskaia ([email protected])
python3.7 anaconda (sklearn, numpy, pandas, scipy) seaborn
Pytorch: https://pytorch.org/get-started/locally/
python main.py --dset ToggleSwitch --batchsize -1 --cuda 1 --knn 15 --gamma 2.0 --sigma 1.0 --pca 0 --root root
python main.py --dset MyeloidProgenitors --batchsize -1 --cuda 1 --knn 30 --gamma 2.0 --sigma 2.0 --pca 0 --root root
python main.py --dset krumsiek11_blobs --batchsize -1 --cuda 1 --knn 30 --gamma 2.0 --sigma 1.0 --pca 20 --root root
python main.py --dset Olsson --batchsize -1 --cuda 1 --knn 15 --gamma 2.0 --sigma 1.0 --pca 20 --root HSPC-1
python main.py --dset Paul --batchsize -1 --cuda 1 --knn 15 --gamma 2.0 --sigma 1.0 --pca 20 --root root
python main.py --dset Moignard2015 --batchsize -1 --cuda 1 --knn 30 --gamma 1.0 --sigma 2.0 --pca 0 --root PS
python main.py --dset Planaria --batchsize -1 --cuda 1 --knn 15 --gamma 2.0 --sigma 2.0 --pca 0 --root neoblast\ 1
python main.py --dset MyeloidProgenitors --batchsize -1 --cuda 1 --knn 30 --gamma 2.0 --sigma 2.0 --pca 0 --root root
python main.py --dset Olsson --batchsize -1 --cuda 1 --knn 15 --gamma 2.0 --sigma 1.0 --pca 20 --root HSPC-1
python main.py --dset Planaria --batchsize -1 --cuda 1 --knn 15 --gamma 2.0 --sigma 2.0 --pca 0 --root neoblast\ 1python decoder.py --dset Planaria --cuda 1 --method poincare
python decoder.py --dset Planaria --cuda 1 --method UMAP
python decoder.py --dset Planaria --cuda 1 --method ForceAtlas2Folder datasets contains datasets used in the study.
Folder results contains Poincaré map coordinates.
Folder decoder contains weights of the pretrained decoder network.
Folder predictions contains coordinates of sampled (interpolated) points.
Folder benchmarks contains visualization of benchmark embeddings.
PoincareMaps is Attribution-NonCommercial 4.0 International licensed, as found in the LICENSE file.