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.eggs
######################
# Logs and databases #
######################
*\.log
.DS_Store
####################
# Eclipse metadata_path #
####################
\.project
\.pydevproject
\.settings/
#############
# vim files #
#############
*\.swp
*~
\#*\#
#################
# pycharm files #
#################
\.idea
##########################
# Python complied source #
##########################
*\.pyc
*\.pyo
build/
dist/
doc/_build/
MacSyFinder.egg-info/
###########################
# coverage files
##########################
htmlcov/
.coverage
!/.github/workflows/.coverage
coverage_html/
###################################
# MacsyFinder results directories #
###################################
log*
test/datatest/DEF_svg/
macsypy/*_svg
macsyfinder-*/
####################
# MacSyFinder data #
####################
data/
sandbox/
!/tests/data
!/macsypy/data
######################################
# Singularity/Apptainer def and simg #
######################################
Singularity/
##############################
# MacsyFinder generated file #
##############################
MANIFEST
uninstall.cfg
uninstall_files
macsyfinder.egg-info/
*\.idx
#############
# nextflow #
#############
.nextflow/
.nextflow.log*
work/
########
# ruff #
########
.ruff_cache/
#########
# stuff #
#########
.ipynb_checkpoints
benchmark/
Conda/
Sandbox/
perf/
score_analysis/