몇가지 질문: IntAUC() 등

[mante111]

1. tblNCA에서 iAUC랑 R2ADJ항을 넣으면 오류가뜨는데 왜 그런지 모르겠습니다.
2. NonCompart에 여러가지 함수가 있다고했는데 글에서는 AUC만 설명되어있는데 이것만 알면 되나요??
3. tibble이라는 명령어가 어떤건지 잘모르겠습니다.

[shanmdphd]

tblNCA에서 iAUC랑 R2ADJ항을 넣으면 오류가뜨는데 왜 그런지 모르겠습니다.

iAUC는 interval AUC의 약자로 구간의 AUC를 구하는 것입니다. 예를 들면 0-24시간까지 자료가 있을 때, 0-12시간까지의 AUC를 구하고 싶을때 사용합니다. 오류 나는 코드를 올려주면 검토하겠습니다.
R2ADJ의 오류 나는 코드를 역시 올려주십시오.

NonCompart에 여러가지 함수가 있다고했는데 글에서는 AUC만 설명되어있는데 이것만 알면 되나요??

AUC뿐만 아니라 clearance, volume of distribution, MRT 등이 tblNCA 함수를 통해 계산됩니다. 이것들은 AUC가 계산되고 비교적 간단한 연산으로 구할 수 있는 것이라 따로 함수로 구현 안되있는 것입니다. AUC를 계산하는 함수가 비교적 복잡하고 스크립트 line 수가 길어져 독립된 함수로 구현되어 있습니다. NonCompart::sNCA라고 커맨드 창에 입력하면 다른 파라메터들의 보다 자세한 연산 방법을 볼 수 있습니다.

tibble이라는 명령어가 어떤건지 잘모르겠습니다.

tibble은 data.frame과 거의 유사한 형태인데 몇가지 잇점이 있어, 사용하는 자료 형식입니다. tidyverse라고 하는 데이터과학 패키지에서 지원하는 기능입니다. 자세한 사항은 https://tibble.tidyverse.org/ 에서 확인 가능합니다.

[mante111]

Indometh_nca <- tblNCA(Indometh, "Subject", "time", "conc", 
                       dose=25, adm ="Bolus", dur=0.5, 
                       concUnit="mg/L", R2ADJ=0.5)

tblNCA(Theoph, "Subject", "Time", "conc", dose=320, iAUC=AAuc)

IntAUC(Theoph[Theoph$Subject==1,"Time"], 
       Theoph[Theoph$Subject==1, "conc"], 
       Dose=320, iAUC=AAuc)

AAUC는 아래와 같이 정의 했습니다.

AAuc <- data.frame(Name=c("Auc_0-12", "Auc_12-24"), Start = c(0, 0), End = c(12, 24))

이렇게 3개의 코드에서 사용되지 않은 변수가 있다라는 오류가 떴습니다.

[shanmdphd]

코드 공유해주셔서 감사합니다. 일부 오자를 수정하였습니다. AAUC -> AAuc, c(name) -> Name=c(, start -> Start

1번 코드는 문제 없이 실행됩니다.
2번 코드에서 현재 버전의 NonCompart::tblNCA() 함수에는 iAUC argument가 지원되지 않습니다. 다음주에 공개될 0.4.6 버전에서는 이러한 기능이 지원될 것입니다. 이를 바탕으로 책의 내용도 적절히 수정하겠습니다.

# NonCompart version 0.4.5
tblNCA(concData, key = "Subject", colTime = "Time", colConc = "conc", dose = 0, 
       adm = "Extravascular", dur = 0, doseUnit = "mg", timeUnit = "h", 
       concUnit = "ug/L", down = "Linear", R2ADJ = 0.9, MW = 0)

3번 코드에서 역시 Dose, iAUC argument는 NonCompart::IntAUC() 함수로 존재하지 않습니다. t1, t2, 그리고 sNCA 결과를 argument로 제시해 주어야 할 것입니다. 아래는 ?NonCompart::IntAUC 실행 후 Examples 코드입니다.

Res = sNCA(Theoph[Theoph$Subject==1,"Time"], 
           Theoph[Theoph$Subject==1, "conc"], 
           dose=320, concUnit="mg/L")
IntAUC(Theoph[Theoph$Subject==1, "Time"], 
       Theoph[Theoph$Subject==1, "conc"], 
       t1=0.5, t2=11, Res)

---

NonCompart 0.4.6에서 tblNCA에 iAUC를 사용하게 되면서 사용자 편의성의 큰 개선이 있을 것 같습니다. 지금은 우선 기존의 코드 Examples를 참고해서 이해하는데 목적을 두시면 좋을 것 같습니다.

[mante111]

1. 아래의 두 코드가 어떤의미인지 모르겠습니다.

• 첫번째 코드

특히 PPORRES가 무엇을 의미하는지 모르겠습니다.

left_join(as_tibble(Theoph_nca) %>% 
            gather(PPTESTCD, PPORRES, -Subject),
          tibble(PPTESTCD = attributes(Theoph_nca)$names,
                 UNIT = attributes(Theoph_nca)$units)) %>% 
  arrange(PPTESTCD)

• 두번째 코드

특히 function(dataset)과 glue는 무엇이고 paste의 대상이 되는 문자열은 무엇인지 모르겠습니다.

txtNCA2 <- function(dataset){
  dataset %>% 
    as_tibble() %>% 
    group_by(Subject) %>% 
    summarise(res = c(ID = glue::glue('ID={unique(Subject)}\n\n'),
                     txtNCA(Time, 
                           conc, 
                           dose=320, 
                           doseUnit="mg", 
                           concUnit="mg/L", 
                           timeUnit="h")) %>% paste(collapse = '\n')) %>%
    .$res %>%
    paste(collapse = '\n\n\n\n\n\n')

2. 이 링크의 8장을 보고 있는데 처음보는 명령어가 많아서 전반적으로 이해가 되지 않습니다.

링크

3. 샤이니엡을 통해서 시뮬레이션을 할수 있다고 나와있는데 이걸로 무엇을 하는지 모르겠습니다.

[mante111]

1. 아래의 parameter가 무엇을 뜻하는지 모르겠습니다.

• AUC_pBack_Ext_obs and AUC_pBack_Ext_pred
• AUClower_upper
• Rsq, Rsq_adjusted and Corr_XY
• AUCINF_obs_D

이거 이외에도 여러 약동학 parameter를 배웠는데 그것이 무엇을 뜻하는지는 알겠는데 어디에 사용할지 어떤의의를 가지는지를 모르겠습니다.

2. tblNCA의 R2ADJ항의 의미를 모르겠습니다.

[mante111]

용어에 대해 질문이 있어 글올립니다.

1. 모델링이랑 시뮬레이션이라는 용어가 나오는데 정확히 어떤 과정인지 궁금합니다.
2. 아래의 용어들이 궁금합니다.
   • GHB
   • ASCPT
   • TMDD
   • LLOq
   • CV
   • sad PK(정확하진 않은데 이런 느낌의 단어였습니다.)
   • data set 만드는거에 대한 이야기나 나왔는데 data set 만드는게 그렇게 어려운일인가요?? 제 생각엔 엄청 어려울거 같진 않은데 오늘 문맥상으로는 할수 있냐고 많이 묻더라고요