From d54f7944a6c0e91c4e3cd9f410cb72172d4b8fc6 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Zilong-Li Date: Sat, 21 Dec 2024 08:44:53 +0100 Subject: [PATCH] reduce size of sub-directory --- DESCRIPTION | 2 +- NEWS.md | 6 + configure | 2 +- configure.win | 2 +- src/htslib-1.21/test/annot-tsv/dst.1.txt | 3 - src/htslib-1.21/test/annot-tsv/dst.10.txt | 4 - src/htslib-1.21/test/annot-tsv/dst.11.txt | 5 - src/htslib-1.21/test/annot-tsv/dst.12.txt | 5 - src/htslib-1.21/test/annot-tsv/dst.2.txt | 2 - src/htslib-1.21/test/annot-tsv/dst.3.txt | 3 - src/htslib-1.21/test/annot-tsv/dst.4.txt | 3 - src/htslib-1.21/test/annot-tsv/dst.5.txt | 2 - src/htslib-1.21/test/annot-tsv/dst.6.txt | 6 - src/htslib-1.21/test/annot-tsv/dst.7.txt | 4 - src/htslib-1.21/test/annot-tsv/dst.8.txt | 2 - src/htslib-1.21/test/annot-tsv/dst.9.txt | 4 - src/htslib-1.21/test/annot-tsv/out.1.1.txt | 3 - src/htslib-1.21/test/annot-tsv/out.1.2.txt | 3 - src/htslib-1.21/test/annot-tsv/out.1.3.txt | 3 - 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"Li", , "zilong.dk@gmail.com", role = c("aut", "cre"), comment = c(ORCID = "0000-0001-5859-2078")), diff --git a/NEWS.md b/NEWS.md index b85b6e0..65f061d 100644 --- a/NEWS.md +++ b/NEWS.md @@ -1,3 +1,9 @@ +# vcfppR 0.7.0 +* fix parsing BCF when subsetting sample ids and the genomic region at the same time +* fix `vcfcomp` with `stats="nrc"` when the input vectors have different length +* use the latest version of htslib v1.21 +* reduce the size of installation + # vcfppR 0.6.0 * upgrade `vcfpp.h` to v0.6.0 * new API `vcfreader$setRegion` diff --git a/configure b/configure index 4911ee7..0f6f65d 100755 --- a/configure +++ b/configure @@ -13,5 +13,5 @@ cd $HTSLIB_DIR --without-libdeflate \ CFLAGS="-O2 -fPIC" -make +make libhts.a diff --git a/configure.win b/configure.win index a173558..88ff72a 100755 --- a/configure.win +++ b/configure.win @@ -9,5 +9,5 @@ cd $HTSLIB_DIR --without-libdeflate \ CFLAGS="-O2 -fPIC" -make +make libhts.a diff --git a/src/htslib-1.21/test/annot-tsv/dst.1.txt b/src/htslib-1.21/test/annot-tsv/dst.1.txt deleted file mode 100644 index 01bc0c1..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/annot-tsv/dst.1.txt +++ /dev/null @@ -1,3 +0,0 @@ -#chr beg end smpl -1 14 15 A -1 35 35 A diff --git a/src/htslib-1.21/test/annot-tsv/dst.10.txt b/src/htslib-1.21/test/annot-tsv/dst.10.txt deleted file mode 100644 index 81ae796..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/annot-tsv/dst.10.txt +++ /dev/null @@ -1,4 +0,0 @@ -#chr beg end smpl -1 10 20 A -1 30 40 A -1 50 60 A diff --git a/src/htslib-1.21/test/annot-tsv/dst.11.txt b/src/htslib-1.21/test/annot-tsv/dst.11.txt deleted file mode 100644 index c54ad15..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/annot-tsv/dst.11.txt +++ /dev/null @@ -1,5 +0,0 @@ -#ignore me -#chr beg end smpl -1 10 20 A -1 30 40 A -1 50 60 A diff --git a/src/htslib-1.21/test/annot-tsv/dst.12.txt b/src/htslib-1.21/test/annot-tsv/dst.12.txt deleted file mode 100644 index 9b26b79..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/annot-tsv/dst.12.txt +++ /dev/null @@ -1,5 +0,0 @@ -#ignore me -#chr,beg,end,smpl -1,10,20,A -1,30,40,A -1,50,60,A diff --git a/src/htslib-1.21/test/annot-tsv/dst.2.txt b/src/htslib-1.21/test/annot-tsv/dst.2.txt deleted file mode 100644 index 07c0c19..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/annot-tsv/dst.2.txt +++ /dev/null @@ -1,2 +0,0 @@ -1 14 15 A -1 35 35 A diff --git a/src/htslib-1.21/test/annot-tsv/dst.3.txt b/src/htslib-1.21/test/annot-tsv/dst.3.txt deleted file mode 100644 index c9cd9f0..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/annot-tsv/dst.3.txt +++ /dev/null @@ -1,3 +0,0 @@ -#chr beg end smpl -1 14 15 A -1 35 45 A diff --git a/src/htslib-1.21/test/annot-tsv/dst.4.txt b/src/htslib-1.21/test/annot-tsv/dst.4.txt deleted file mode 100644 index f32b8e5..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/annot-tsv/dst.4.txt +++ /dev/null @@ -1,3 +0,0 @@ -DDDP345139 1 30 300000 -DDDP345139 2 5 500 -DDDP345139 4 5 500 diff --git a/src/htslib-1.21/test/annot-tsv/dst.5.txt b/src/htslib-1.21/test/annot-tsv/dst.5.txt deleted file mode 100644 index ca70afe..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/annot-tsv/dst.5.txt +++ /dev/null @@ -1,2 +0,0 @@ -DDDP345139 1 16248083 39465389 -DDDP345139 2 40225646 44153100 diff --git a/src/htslib-1.21/test/annot-tsv/dst.6.txt b/src/htslib-1.21/test/annot-tsv/dst.6.txt deleted file mode 100644 index 9e12390..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/annot-tsv/dst.6.txt +++ /dev/null @@ -1,6 +0,0 @@ -1 100 -1 200 -1 300 -1 400 -1 500 -1 600 diff --git a/src/htslib-1.21/test/annot-tsv/dst.7.txt b/src/htslib-1.21/test/annot-tsv/dst.7.txt deleted file mode 100644 index 7cd2c1d..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/annot-tsv/dst.7.txt +++ /dev/null @@ -1,4 +0,0 @@ -#chr pos -1 100 -1 300 -1 500 diff --git a/src/htslib-1.21/test/annot-tsv/dst.8.txt b/src/htslib-1.21/test/annot-tsv/dst.8.txt deleted file mode 100644 index 8d4026f..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/annot-tsv/dst.8.txt +++ /dev/null @@ -1,2 +0,0 @@ -#chr start end assembly mean_ratio inheritance sample -2 111293958 113181927 hg19 sampleA diff --git a/src/htslib-1.21/test/annot-tsv/dst.9.txt b/src/htslib-1.21/test/annot-tsv/dst.9.txt deleted file mode 100644 index 3aaf35d..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/annot-tsv/dst.9.txt +++ /dev/null @@ -1,4 +0,0 @@ -#chr beg end -1 1000 4000 -1 5000 6000 -1 7000 8000 diff --git a/src/htslib-1.21/test/annot-tsv/out.1.1.txt b/src/htslib-1.21/test/annot-tsv/out.1.1.txt deleted file mode 100644 index 3681f38..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/annot-tsv/out.1.1.txt +++ /dev/null @@ -1,3 +0,0 @@ -#[1]chr [2]beg [3]end [4]smpl [5]overlap -1 14 15 A A,B,A -1 35 35 A A diff --git a/src/htslib-1.21/test/annot-tsv/out.1.2.txt b/src/htslib-1.21/test/annot-tsv/out.1.2.txt deleted file mode 100644 index b0adf22..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/annot-tsv/out.1.2.txt +++ /dev/null @@ -1,3 +0,0 @@ -#[1]chr [2]beg [3]end [4]smpl [5]overlap -1 14 15 A A,B -1 35 35 A A diff --git a/src/htslib-1.21/test/annot-tsv/out.1.3.txt b/src/htslib-1.21/test/annot-tsv/out.1.3.txt deleted file mode 100644 index 7786bda..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/annot-tsv/out.1.3.txt +++ /dev/null @@ -1,3 +0,0 @@ -#[1]chr [2]beg [3]end [4]smpl [5]overlap [6]value -1 14 15 A A,B value -1 35 35 A A value diff --git a/src/htslib-1.21/test/annot-tsv/out.1.4.txt b/src/htslib-1.21/test/annot-tsv/out.1.4.txt deleted file mode 100644 index b0adf22..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/annot-tsv/out.1.4.txt +++ /dev/null @@ -1,3 +0,0 @@ -#[1]chr [2]beg [3]end [4]smpl [5]overlap -1 14 15 A A,B -1 35 35 A A diff --git a/src/htslib-1.21/test/annot-tsv/out.1.5.txt b/src/htslib-1.21/test/annot-tsv/out.1.5.txt deleted file mode 100644 index de703ff..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/annot-tsv/out.1.5.txt +++ /dev/null @@ -1,3 +0,0 @@ -#[1]chr [2]beg [3]end [4]smpl [5]overlap -1 14 15 A A -1 35 35 A . diff --git a/src/htslib-1.21/test/annot-tsv/out.1.6.txt b/src/htslib-1.21/test/annot-tsv/out.1.6.txt deleted file mode 100644 index b0adf22..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/annot-tsv/out.1.6.txt +++ /dev/null @@ -1,3 +0,0 @@ -#[1]chr [2]beg [3]end [4]smpl [5]overlap -1 14 15 A A,B -1 35 35 A A diff --git a/src/htslib-1.21/test/annot-tsv/out.10.1.txt b/src/htslib-1.21/test/annot-tsv/out.10.1.txt deleted file mode 100644 index be70105..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/annot-tsv/out.10.1.txt +++ /dev/null @@ -1,4 +0,0 @@ -#[1]chr [2]beg [3]end [4]smpl -1 10 20 A -1 30 40 B -1 50 60 A diff --git a/src/htslib-1.21/test/annot-tsv/out.10.2.txt b/src/htslib-1.21/test/annot-tsv/out.10.2.txt deleted file mode 100644 index 154b761..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/annot-tsv/out.10.2.txt +++ /dev/null @@ -1,3 +0,0 @@ -#[1]chr [2]beg [3]end [4]smpl -1 10 20 A -1 30 40 A diff --git a/src/htslib-1.21/test/annot-tsv/out.10.3.txt b/src/htslib-1.21/test/annot-tsv/out.10.3.txt deleted file mode 100644 index be2b806..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/annot-tsv/out.10.3.txt +++ /dev/null @@ -1,2 +0,0 @@ -#[1]chr [2]beg [3]end [4]smpl -1 50 60 A diff --git a/src/htslib-1.21/test/annot-tsv/out.10.4.txt b/src/htslib-1.21/test/annot-tsv/out.10.4.txt deleted file mode 100644 index a74c951..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/annot-tsv/out.10.4.txt +++ /dev/null @@ -1,4 +0,0 @@ -#[1]chr [2]beg [3]end [4]smpl -1 10 20 A -1 30 40 A -1 50 60 A diff --git a/src/htslib-1.21/test/annot-tsv/out.10.5.txt b/src/htslib-1.21/test/annot-tsv/out.10.5.txt deleted file mode 100644 index 4a0bd88..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/annot-tsv/out.10.5.txt +++ /dev/null @@ -1,2 +0,0 @@ -#[1]chr [2]beg [3]end [4]smpl -1 10 20 A diff --git a/src/htslib-1.21/test/annot-tsv/out.10.6.txt b/src/htslib-1.21/test/annot-tsv/out.10.6.txt deleted file mode 100644 index 973bf3f..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/annot-tsv/out.10.6.txt +++ /dev/null @@ -1,3 +0,0 @@ -#[1]chr [2]beg [3]end [4]smpl -1 30 40 A -1 50 60 A diff --git a/src/htslib-1.21/test/annot-tsv/out.11.1.txt b/src/htslib-1.21/test/annot-tsv/out.11.1.txt deleted file mode 100644 index 3de1f68..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/annot-tsv/out.11.1.txt +++ /dev/null @@ -1,3 +0,0 @@ -1 10 20 A A -1 30 40 A B -1 50 60 A . diff --git a/src/htslib-1.21/test/annot-tsv/out.11.2.txt b/src/htslib-1.21/test/annot-tsv/out.11.2.txt deleted file mode 100644 index a863f4e..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/annot-tsv/out.11.2.txt +++ /dev/null @@ -1,4 +0,0 @@ -#[1]chr [2]beg [3]end [4]smpl [5]src_smpl -1 10 20 A A -1 30 40 A B -1 50 60 A . diff --git a/src/htslib-1.21/test/annot-tsv/out.11.3.txt b/src/htslib-1.21/test/annot-tsv/out.11.3.txt deleted file mode 100644 index 7a37130..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/annot-tsv/out.11.3.txt +++ /dev/null @@ -1,4 +0,0 @@ -#chr beg end smpl src_smpl -1 10 20 A A -1 30 40 A B -1 50 60 A . diff --git a/src/htslib-1.21/test/annot-tsv/out.12.1.txt b/src/htslib-1.21/test/annot-tsv/out.12.1.txt deleted file mode 100644 index 7b6d0e9..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/annot-tsv/out.12.1.txt +++ /dev/null @@ -1,3 +0,0 @@ -1,10,20,A,A -1,30,40,A,B -1,50,60,A,. diff --git 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Ml:B:C,230,204,179,153,128,6,159,240,215 -r2 0 I 4 0 3S33M * 0 0 AGCTCTCCAGAGTCGNACGCCATYCGCGCGCCACCA DF?GCH88.EG8.7@E9G8A?H9.:C?8,@,,9F@A Mm:Z:C+m,2,2,1,4,1;C+h,6,7;N+n,15,2; Ml:B:C,128,153,179,204,230,159,6,215,240 -r3 0 I 11 0 10S20M6S * 0 0 AGCTCTCCAGAGTCGNACGCCATYCGCGCGCCACCA DF?GCH88.EG8.7@E9G8A?H9.:C?8,@,,9F@A Mm:Z:C+mh,2,2,0,0,4,1;N+n,15,2; Ml:B:C,128,0,153,0,0,159,179,0,204,0,230,6,215,240 MN:f:36 diff --git a/src/htslib-1.21/test/base_mods/MM-MNp.sam b/src/htslib-1.21/test/base_mods/MM-MNp.sam deleted file mode 100644 index 7bdca0f..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/base_mods/MM-MNp.sam +++ /dev/null @@ -1,5 +0,0 @@ -@SQ SN:I LN:999 -r1 0 I 1 0 36M * 0 0 AGCTCTCCAGAGTCGNACGCCATYCGCGCGCCACCA DF?GCH88.EG8.7@E9G8A?H9.:C?8,@,,9F@A Mm:Z:C+m,2,2,1,4,1;C+h,6,7;N+n,15,2; Ml:B:C,128,153,179,204,230,159,6,215,240 MN:i:36 -r1- 16 I 1 0 36M * 0 0 AGCTCTCCAGAGTCGNACGCCATYCGCGCGCCACCA DF?GCH88.EG8.7@E9G8A?H9.:C?8,@,,9F@A Mm:Z:G-m,0,1,4,1,2;G-h,0,7;N-n,17,2; Ml:B:C,230,204,179,153,128,6,159,240,215 -r2 0 I 4 0 3S33M * 0 0 AGCTCTCCAGAGTCGNACGCCATYCGCGCGCCACCA DF?GCH88.EG8.7@E9G8A?H9.:C?8,@,,9F@A Mm:Z:C+m,2,2,1,4,1;C+h,6,7;N+n,15,2; Ml:B:C,128,153,179,204,230,159,6,215,240 -r3 0 I 11 0 10S20M6S * 0 0 AGCTCTCCAGAGTCGNACGCCATYCGCGCGCCACCA DF?GCH88.EG8.7@E9G8A?H9.:C?8,@,,9F@A Mm:Z:C+mh,2,2,0,0,4,1;N+n,15,2; Ml:B:C,128,0,153,0,0,159,179,0,204,0,230,6,215,240 MN:i:36 diff --git a/src/htslib-1.21/test/base_mods/MM-bounds+.sam b/src/htslib-1.21/test/base_mods/MM-bounds+.sam deleted file mode 100644 index 03a112d..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/base_mods/MM-bounds+.sam +++ /dev/null @@ -1,2 +0,0 @@ -@SQ SN:I LN:999 -r1 0 I 1 0 36M * 0 0 AGCTCTCCAGAGTCGNACGCCATYCGCGCGCCACCA DF?GCH88.EG8.7@E9G8A?H9.:C?8,@,,9F@A Mm:Z:C+m,2,2,1,4,1,0;C+h,6,7;N+n,15,2; Ml:B:C,128,153,179,204,230,0,159,6,215,240 diff --git a/src/htslib-1.21/test/base_mods/MM-bounds-.sam b/src/htslib-1.21/test/base_mods/MM-bounds-.sam deleted file mode 100644 index 3f54798..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/base_mods/MM-bounds-.sam +++ /dev/null @@ -1,2 +0,0 @@ -@SQ SN:I LN:999 -r1- 16 I 1 0 36M * 0 0 AGCTCTCCAGAGTCGNACGCCATYCGCGCGCCACCA DF?GCH88.EG8.7@E9G8A?H9.:C?8,@,,9F@A Mm:Z:G-m,0,1,4,1,2,2;G-h,0,7;N-n,17,2; Ml:B:C,230,204,179,153,128,0,6,159,240,215 diff --git a/src/htslib-1.21/test/base_mods/MM-chebi.out b/src/htslib-1.21/test/base_mods/MM-chebi.out deleted file mode 100644 index 89970dd..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/base_mods/MM-chebi.out +++ /dev/null @@ -1,48 +0,0 @@ -0 A -1 G -2 C -3 T -4 C -5 T -6 C C+m102 -7 C -8 A -9 G -10 A -11 G -12 T -13 C -14 G -15 N N+n212 -16 A -17 C C+m128 -18 G -19 C C+(76792)161 -20 C C+m153 -21 A -22 T -23 Y -24 C -25 G -26 C -27 G -28 C -29 G -30 C -31 C C+m179 -32 A -33 C -34 C C+m204 C+(76792)33 -35 A ---- -Present: m. #-76792. n. -6 C C+m102 -15 N N+n212 -17 C C+m128 -19 C C+(76792)161 -20 C C+m153 -31 C C+m179 -34 C C+m204 C+(76792)33 - -=== - diff --git a/src/htslib-1.21/test/base_mods/MM-chebi.sam b/src/htslib-1.21/test/base_mods/MM-chebi.sam deleted file mode 100644 index 475a7d5..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/base_mods/MM-chebi.sam +++ /dev/null @@ -1,2 +0,0 @@ -@CO Separate m, h and N modifications -* 0 * 0 0 * * 0 0 AGCTCTCCAGAGTCGNACGCCATYCGCGCGCCACCA * Mm:Z:C+m,2,2,1,4,1;C+76792,6,7;N+n,15; Ml:B:C,102,128,153,179,204,161,33,212 diff --git a/src/htslib-1.21/test/base_mods/MM-double.out b/src/htslib-1.21/test/base_mods/MM-double.out deleted file mode 100644 index 431dfff..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/base_mods/MM-double.out +++ /dev/null @@ -1,48 +0,0 @@ -0 A -1 G G-m115 -2 G -3 A -4 T -5 C -6 T -7 C C+m128 -8 T -9 A -10 G -11 C -12 G G-m141 -13 G G-m166 G+o102 -14 A -15 T -16 C -17 G -18 G -19 C -20 G -21 G -22 G G-m192 -23 G -24 G -25 A -26 T -27 A -28 T -29 G -30 C C+m153 -31 C C+m179 -32 A -33 T -34 A -35 T ---- -Present: m. m. o. -1 G G-m115 -7 C C+m128 -12 G G-m141 -13 G G-m166 G+o102 -22 G G-m192 -30 C C+m153 -31 C C+m179 - -=== - diff --git a/src/htslib-1.21/test/base_mods/MM-double.sam b/src/htslib-1.21/test/base_mods/MM-double.sam deleted file mode 100644 index 608516f..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/base_mods/MM-double.sam +++ /dev/null @@ -1,3 +0,0 @@ -@CO Modifications called on both strands of the same record, -@CO including potentially at the same location simultaneously. -* 0 * 0 0 * * 0 0 AGGATCTCTAGCGGATCGGCGGGGGATATGCCATAT * Mm:Z:C+m,1,3,0;G-m,0,2,0,4;G+o,4; Ml:B:C,128,153,179,115,141,166,192,102 diff --git a/src/htslib-1.21/test/base_mods/MM-explicit-f.out b/src/htslib-1.21/test/base_mods/MM-explicit-f.out deleted file mode 100644 index 0f7326c..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/base_mods/MM-explicit-f.out +++ /dev/null @@ -1,111 +0,0 @@ -0 A -1 T -2 C -3 A -4 T -5 C -6 A -7 T -8 T -9 C C+m200 C+h10 -10 C C+m50 C+h170 -11 T -12 A -13 C -14 C C+m160 C+h20 -15 G -16 C -17 T -18 A -19 T -20 A -21 G -22 C -23 C -24 T ---- -Present: m. h. -9 C C+m200 C+h10 -10 C C+m50 C+h170 -14 C C+m160 C+h20 - -=== - -0 A -1 T -2 C C+m# C+h# -3 A -4 T -5 C C+m# C+h# -6 A -7 T -8 T -9 C C+m200 C+h10 -10 C C+m50 C+h170 -11 T -12 A -13 C C+m10 C+h5 -14 C C+m160 C+h20 -15 G -16 C C+m10 C+h5 -17 T -18 A -19 T -20 A -21 G -22 C C+m# C+h# -23 C C+m# C+h# -24 T ---- -Present: m? h? -2 C C+m# C+h# -5 C C+m# C+h# -9 C C+m200 C+h10 -10 C C+m50 C+h170 -13 C C+m10 C+h5 -14 C C+m160 C+h20 -16 C C+m10 C+h5 -22 C C+m# C+h# -23 C C+m# C+h# - -=== - -0 A -1 T -2 C C+h# -3 A -4 T -5 C C+h# -6 A -7 T -8 T -9 C C+m200 C+h10 -10 C C+h170 -11 T -12 A -13 C C+h5 -14 C C+m160 C+h20 -15 G -16 C C+h5 -17 T -18 A -19 T -20 A -21 G -22 C C+h# -23 C C+h# -24 T ---- -Present: m. h? -2 C C+h# -5 C C+h# -9 C C+m200 C+h10 -10 C C+h170 -13 C C+h5 -14 C C+m160 C+h20 -16 C C+h5 -22 C C+h# -23 C C+h# - -=== - diff --git a/src/htslib-1.21/test/base_mods/MM-explicit-x.out b/src/htslib-1.21/test/base_mods/MM-explicit-x.out deleted file mode 100644 index 8acfbf2..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/base_mods/MM-explicit-x.out +++ /dev/null @@ -1,103 +0,0 @@ -0 A -1 T -2 C -3 A -4 T -5 C -6 A -7 T -8 T -9 C C+m.200 C+h.10 -10 C C+m.50 C+h.170 -11 T -12 A -13 C -14 C C+m.160 C+h.20 -15 G -16 C -17 T -18 A -19 T -20 A -21 G -22 C -23 C -24 T ---- -Present: m. h. -9 C C+m200 C+h10 -10 C C+m50 C+h170 -14 C C+m160 C+h20 - -=== - -0 A -1 T -2 C -3 A -4 T -5 C -6 A -7 T -8 T -9 C C+m?200 C+h?10 -10 C C+m?50 C+h?170 -11 T -12 A -13 C C+m?10 C+h?5 -14 C C+m?160 C+h?20 -15 G -16 C C+m?10 C+h?5 -17 T -18 A -19 T -20 A -21 G -22 C -23 C -24 T ---- -Present: m? h? -9 C C+m200 C+h10 -10 C C+m50 C+h170 -13 C C+m10 C+h5 -14 C C+m160 C+h20 -16 C C+m10 C+h5 - -=== - -0 A -1 T -2 C -3 A -4 T -5 C -6 A -7 T -8 T -9 C C+m.200 C+h?10 -10 C C+h?170 -11 T -12 A -13 C C+h?5 -14 C C+m.160 C+h?20 -15 G -16 C C+h?5 -17 T -18 A -19 T -20 A -21 G -22 C -23 C -24 T ---- -Present: m. h? -9 C C+m200 C+h10 -10 C C+h170 -13 C C+h5 -14 C C+m160 C+h20 -16 C C+h5 - -=== - diff --git a/src/htslib-1.21/test/base_mods/MM-explicit.out b/src/htslib-1.21/test/base_mods/MM-explicit.out deleted file mode 100644 index 0f3701f..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/base_mods/MM-explicit.out +++ /dev/null @@ -1,103 +0,0 @@ -0 A -1 T -2 C -3 A -4 T -5 C -6 A -7 T -8 T -9 C C+m200 C+h10 -10 C C+m50 C+h170 -11 T -12 A -13 C -14 C C+m160 C+h20 -15 G -16 C -17 T -18 A -19 T -20 A -21 G -22 C -23 C -24 T ---- -Present: m. h. -9 C C+m200 C+h10 -10 C C+m50 C+h170 -14 C C+m160 C+h20 - -=== - -0 A -1 T -2 C -3 A -4 T -5 C -6 A -7 T -8 T -9 C C+m200 C+h10 -10 C C+m50 C+h170 -11 T -12 A -13 C C+m10 C+h5 -14 C C+m160 C+h20 -15 G -16 C C+m10 C+h5 -17 T -18 A -19 T -20 A -21 G -22 C -23 C -24 T ---- -Present: m? h? -9 C C+m200 C+h10 -10 C C+m50 C+h170 -13 C C+m10 C+h5 -14 C C+m160 C+h20 -16 C C+m10 C+h5 - -=== - -0 A -1 T -2 C -3 A -4 T -5 C -6 A -7 T -8 T -9 C C+m200 C+h10 -10 C C+h170 -11 T -12 A -13 C C+h5 -14 C C+m160 C+h20 -15 G -16 C C+h5 -17 T -18 A -19 T -20 A -21 G -22 C -23 C -24 T ---- -Present: m. h? -9 C C+m200 C+h10 -10 C C+h170 -13 C C+h5 -14 C C+m160 C+h20 -16 C C+h5 - -=== - diff --git a/src/htslib-1.21/test/base_mods/MM-explicit.sam b/src/htslib-1.21/test/base_mods/MM-explicit.sam deleted file mode 100644 index c230a9d..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/base_mods/MM-explicit.sam +++ /dev/null @@ -1,27 +0,0 @@ -@CO Testing explicit vs implicit base modifications. -@CO This covers the case where a lack of a signal could be either -@CO implicitly assumed to be no-mod (default) or assumed to be -@CO unchecked and require an explicit statement to indicate it was -@CO looked at and no base modification was observed. -@CO -@CO ATCATCATTCCTACCGCTATAGCCT r1; implicit -@CO - - .. -. - -- -@CO Mm M -@CO - - .. -. - -- -@CO hH h -@CO -@CO ATCATCATTCCTACCGCTATAGCCT r2; explicit to a small region -@CO - - ?? ?? ? -- -@CO Mm mM m -@CO - - ?? ?? ? -- -@CO hH hh h -@CO -@CO ATCATCATTCCTACCGCTATAGCCT r3; mixture -@CO - - . -. - -- -@CO M M -@CO - - ?? ?? ? -- -@CO hH hh h -- -@CO -r1 0 * 0 0 * * 0 0 ATCATCATTCCTACCGCTATAGCCT * Mm:Z:C+mh,2,0,1; Ml:B:C,200,10,50,170,160,20 -r2 0 * 0 0 * * 0 0 ATCATCATTCCTACCGCTATAGCCT * Mm:Z:C+mh?,2,0,0,0,0; Ml:B:C,200,10,50,170,10,5,160,20,10,5 -r3 0 * 0 0 * * 0 0 ATCATCATTCCTACCGCTATAGCCT * Mm:Z:C+m.,2,2;C+h?,2,0,0,0,0; Ml:B:C,200,160,10,170,5,20,5 diff --git a/src/htslib-1.21/test/base_mods/MM-multi.out b/src/htslib-1.21/test/base_mods/MM-multi.out deleted file mode 100644 index 41054a7..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/base_mods/MM-multi.out +++ /dev/null @@ -1,97 +0,0 @@ -0 A -1 G -2 C -3 T -4 C -5 T -6 C C+m128 -7 C -8 A -9 G -10 A -11 G -12 T -13 C -14 G -15 N N+n215 -16 A -17 C C+m153 -18 G N+n240 -19 C C+h159 -20 C C+m179 -21 A -22 T -23 Y -24 C -25 G -26 C -27 G -28 C -29 G -30 C -31 C C+m204 -32 A -33 C -34 C C+m230 C+h6 -35 A ---- -Present: m. h. n. -6 C C+m128 -15 N N+n215 -17 C C+m153 -18 G N+n240 -19 C C+h159 -20 C C+m179 -31 C C+m204 -34 C C+m230 C+h6 - -=== - -0 A -1 G -2 C -3 T -4 C -5 T -6 C C+m77 C+h159 -7 C -8 A -9 G -10 A -11 G -12 T -13 C -14 G -15 N N+n240 -16 A -17 C C+m103 C+h133 -18 G -19 C C+m128 C+h108 -20 C C+m154 C+h82 -21 A -22 T -23 Y -24 C -25 G -26 C -27 G -28 C -29 G -30 C -31 C C+m179 C+h57 -32 A -33 C -34 C C+m204 C+h31 -35 A ---- -Present: m. h. n. -6 C C+m77 C+h159 -15 N N+n240 -17 C C+m103 C+h133 -19 C C+m128 C+h108 -20 C C+m154 C+h82 -31 C C+m179 C+h57 -34 C C+m204 C+h31 - -=== - diff --git a/src/htslib-1.21/test/base_mods/MM-multi.sam b/src/htslib-1.21/test/base_mods/MM-multi.sam deleted file mode 100644 index ac2831b..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/base_mods/MM-multi.sam +++ /dev/null @@ -1,7 +0,0 @@ -@CO Testing multiple m, h and N modifications on the same read. -@CO r1 has them separated out. -@CO r2 has them combined together, for example as produced by -@CO a joint basecaller which assigns probabilities to all -@CO trained events simultaneously. -r1 0 * 0 0 * * 0 0 AGCTCTCCAGAGTCGNACGCCATYCGCGCGCCACCA * Mm:Z:C+m,2,2,1,4,1;C+h,6,7;N+n,15,2; Ml:B:C,128,153,179,204,230,159,6,215,240 MN:i:36 -r2 0 * 0 0 * * 0 0 AGCTCTCCAGAGTCGNACGCCATYCGCGCGCCACCA * Mm:Z:C+mh,2,2,0,0,4,1;N+n,15; Ml:B:C,77,159,103,133,128,108,154,82,179,57,204,31,240 diff --git a/src/htslib-1.21/test/base_mods/MM-not-all-modded.out b/src/htslib-1.21/test/base_mods/MM-not-all-modded.out deleted file mode 100644 index 64fc847..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/base_mods/MM-not-all-modded.out +++ /dev/null @@ -1,180 +0,0 @@ -0 A -1 G -2 C -3 T -4 C -5 T -6 C C+m128 -7 C -8 A -9 G -10 A -11 G -12 T -13 C -14 G -15 N N+n215 -16 A -17 C C+m153 -18 G N+n240 -19 C C+h159 -20 C C+m179 -21 A -22 T -23 Y -24 C -25 G -26 C -27 G -28 C -29 G -30 C -31 C C+m204 -32 A -33 C -34 C C+m230 C+h6 -35 A ---- -Present: m. h. n. -6 C C+m128 -15 N N+n215 -17 C C+m153 -18 G N+n240 -19 C C+h159 -20 C C+m179 -31 C C+m204 -34 C C+m230 C+h6 - -=== - -0 A -1 G -2 C -3 T -4 C -5 T -6 C -7 C -8 A -9 G -10 A -11 G -12 T -13 C -14 G -15 N -16 A -17 C -18 G -19 C -20 C -21 A -22 T -23 Y -24 C -25 G -26 C -27 G -28 C -29 G -30 C -31 C -32 A -33 C -34 C -35 A ---- -Present: - -=== - -0 A -1 G -2 C -3 T -4 C -5 T -6 C C+m128 -7 C -8 A -9 G -10 A -11 G -12 T -13 C -14 G -15 N N+n215 -16 A -17 C C+m153 -18 G N+n240 -19 C C+h159 -20 C C+m179 -21 A -22 T -23 Y -24 C -25 G -26 C -27 G -28 C -29 G -30 C -31 C C+m204 -32 A -33 C -34 C C+m230 C+h6 -35 A ---- -Present: m. h. n. -6 C C+m128 -15 N N+n215 -17 C C+m153 -18 G N+n240 -19 C C+h159 -20 C C+m179 -31 C C+m204 -34 C C+m230 C+h6 - -=== - -0 A -1 G -2 C -3 T -4 C -5 T -6 C -7 C -8 A -9 G -10 A -11 G -12 T -13 C -14 G -15 N -16 A -17 C -18 G -19 C -20 C -21 A -22 T -23 Y -24 C -25 G -26 C -27 G -28 C -29 G -30 C -31 C -32 A -33 C -34 C -35 A ---- -Present: - -=== - diff --git a/src/htslib-1.21/test/base_mods/MM-not-all-modded.sam b/src/htslib-1.21/test/base_mods/MM-not-all-modded.sam deleted file mode 100644 index 0858c76..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/base_mods/MM-not-all-modded.sam +++ /dev/null @@ -1,5 +0,0 @@ -@SQ SN:I LN:999 -r1 0 I 1 0 36M * 0 0 AGCTCTCCAGAGTCGNACGCCATYCGCGCGCCACCA DF?GCH88.EG8.7@E9G8A?H9.:C?8,@,,9F@A Mm:Z:C+m,2,2,1,4,1;C+h,6,7;N+n,15,2; Ml:B:C,128,153,179,204,230,159,6,215,240 -r1b 0 I 1 0 36M * 0 0 AGCTCTCCAGAGTCGNACGCCATYCGCGCGCCACCA DF?GCH88.EG8.7@E9G8A?H9.:C?8,@,,9F@A -r2 0 I 4 0 3S33M * 0 0 AGCTCTCCAGAGTCGNACGCCATYCGCGCGCCACCA DF?GCH88.EG8.7@E9G8A?H9.:C?8,@,,9F@A Mm:Z:C+m,2,2,1,4,1;C+h,6,7;N+n,15,2; Ml:B:C,128,153,179,204,230,159,6,215,240 -r2b 0 I 4 0 3S33M * 0 0 AGCTCTCCAGAGTCGNACGCCATYCGCGCGCCACCA DF?GCH88.EG8.7@E9G8A?H9.:C?8,@,,9F@A diff --git a/src/htslib-1.21/test/base_mods/MM-orient.sam b/src/htslib-1.21/test/base_mods/MM-orient.sam deleted file mode 100644 index 363e7c2..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/base_mods/MM-orient.sam +++ /dev/null @@ -1,6 +0,0 @@ -@CO Testing mods on top and bottom strand, but also in -@CO original vs reverse-complemented orientation -top-fwd 0 * 0 0 * * 0 0 AGGATCTCTAGCGGATCGGCGGGGGATATGCCATAT * Mm:Z:C+m,1,3,0; Ml:B:C,128,153,179 -top-rev 16 * 0 0 * * 0 0 ATATGGCATATCCCCCGCCGATCCGCTAGAGATCCT * Mm:Z:C+m,1,3,0; Ml:B:C,128,153,179 -bot-fwd 0 * 0 0 * * 0 0 AGGATCTCTAGCGGATCGGCGGGGGATATGCCATAT * Mm:Z:G-m,0,0,4,3; Ml:B:C,115,141,166,192 -bot-rev 16 * 0 0 * * 0 0 ATATGGCATATCCCCCGCCGATCCGCTAGAGATCCT * Mm:Z:G-m,0,0,4,3; Ml:B:C,115,141,166,192 diff --git a/src/htslib-1.21/test/base_mods/MM-pileup.out b/src/htslib-1.21/test/base_mods/MM-pileup.out deleted file mode 100644 index 8c603d6..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/base_mods/MM-pileup.out +++ /dev/null @@ -1,36 +0,0 @@ -I 0 AA DD -I 1 GG FF -I 2 CC ?? -I 3 TTT GGG -I 4 CCC CCC -I 5 TTT HHH -I 6 C[+m128]C[-m128]C[+m128] 888 -I 7 CCC 888 -I 8 AAA ... -I 9 GGG EEE -I 10 AAAA GGGG -I 11 GGGG 8888 -I 12 TTTT .... -I 13 CCCC 7777 -I 14 GGGG @@@@ -I 15 N[+n215]N[-n215]N[+n215]N[+n215] EEEE -I 16 AAAA 9999 -I 17 C[+m153]C[-m153]C[+m153]C[+m153+h0] GGGG -I 18 G[+n240]G[-n240]G[+n240]G[+n240] 8888 -I 19 C[+h159]C[-h159]C[+h159]C[+m0+h159] AAAA -I 20 C[+m179]C[-m179]C[+m179]C[+m179+h0] ???? -I 21 AAAA HHHH -I 22 TTTT 9999 -I 23 YYYY .... -I 24 CCCC :::: -I 25 GGGG CCCC -I 26 CCCC ???? -I 27 GGGG 8888 -I 28 CCCC ,,,, -I 29 GGGG @@@@ -I 30 CCC ,,, -I 31 C[+m204]C[-m204]C[+m204] ,,, -I 32 AAA 999 -I 33 CCC FFF -I 34 C[+m230+h6]C[-m230-h6]C[+m230+h6] @@@ -I 35 AAA AAA diff --git a/src/htslib-1.21/test/base_mods/MM-pileup.sam b/src/htslib-1.21/test/base_mods/MM-pileup.sam deleted file mode 100644 index 0021c72..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/base_mods/MM-pileup.sam +++ /dev/null @@ -1,5 +0,0 @@ -@SQ SN:I LN:999 -r1 0 I 1 0 36M * 0 0 AGCTCTCCAGAGTCGNACGCCATYCGCGCGCCACCA DF?GCH88.EG8.7@E9G8A?H9.:C?8,@,,9F@A Mm:Z:C+m,2,2,1,4,1;C+h,6,7;N+n,15,2; Ml:B:C,128,153,179,204,230,159,6,215,240 -r1- 16 I 1 0 36M * 0 0 AGCTCTCCAGAGTCGNACGCCATYCGCGCGCCACCA DF?GCH88.EG8.7@E9G8A?H9.:C?8,@,,9F@A Mm:Z:G-m,0,1,4,1,2;G-h,0,7;N-n,17,2; Ml:B:C,230,204,179,153,128,6,159,240,215 -r2 0 I 4 0 3S33M * 0 0 AGCTCTCCAGAGTCGNACGCCATYCGCGCGCCACCA DF?GCH88.EG8.7@E9G8A?H9.:C?8,@,,9F@A Mm:Z:C+m,2,2,1,4,1;C+h,6,7;N+n,15,2; Ml:B:C,128,153,179,204,230,159,6,215,240 -r3 0 I 11 0 10S20M6S * 0 0 AGCTCTCCAGAGTCGNACGCCATYCGCGCGCCACCA DF?GCH88.EG8.7@E9G8A?H9.:C?8,@,,9F@A Mm:Z:C+mh,2,2,0,0,4,1;N+n,15,2; Ml:B:C,128,0,153,0,0,159,179,0,204,0,230,6,215,240 diff --git a/src/htslib-1.21/test/base_mods/MM-pileup2.out b/src/htslib-1.21/test/base_mods/MM-pileup2.out deleted file mode 100644 index 51e6973..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/base_mods/MM-pileup2.out +++ /dev/null @@ -1,36 +0,0 @@ -I 0 AA D~ -I 1 GG F~ -I 2 CC ?~ -I 3 TT G~ -I 4 CC C~ -I 5 TT H~ -I 6 C[+m128]C[+m77+h159] 8~ -I 7 CC 8~ -I 8 AA .~ -I 9 GG E~ -I 10 AA G~ -I 11 GG 8~ -I 12 TT .~ -I 13 CC 7~ -I 14 GG @~ -I 15 NN[+n240] E~ -I 16 AA 9~ -I 17 C[+m153]C[+m103+h133] G~ -I 18 GG 8~ -I 19 C[+(76792)159]C[+m128+h108] A~ -I 20 C[+m179]C[+m154+h82] ?~ -I 21 AA H~ -I 22 TT 9~ -I 23 YY .~ -I 24 CC :~ -I 25 GG C~ -I 26 CC ?~ -I 27 GG 8~ -I 28 CC ,~ -I 29 GG @~ -I 30 CC ,~ -I 31 C[+m204]C[+m179+h57] ,~ -I 32 AA 9~ -I 33 CC F~ -I 34 C[+m230+(76792)6]C[+m204+h31] @~ -I 35 AA A~ diff --git a/src/htslib-1.21/test/base_mods/MM-pileup2.sam b/src/htslib-1.21/test/base_mods/MM-pileup2.sam deleted file mode 100644 index 7aa9ab3..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/base_mods/MM-pileup2.sam +++ /dev/null @@ -1,4 +0,0 @@ -@CO With added CHeBI codes and mod-code combining. -@SQ SN:I LN:999 -r1 0 I 1 0 36M * 0 0 AGCTCTCCAGAGTCGNACGCCATYCGCGCGCCACCA DF?GCH88.EG8.7@E9G8A?H9.:C?8,@,,9F@A Mm:Z:C+m,2,2,1,4,1;C+76792,6,7; Ml:B:C,128,153,179,204,230,159,6 -r2 0 I 1 0 36M * 0 0 AGCTCTCCAGAGTCGNACGCCATYCGCGCGCCACCA * Mm:Z:C+mh,2,2,0,0,4,1;N+n,15; Ml:B:C,77,159,103,133,128,108,154,82,179,57,204,31,240 diff --git a/src/htslib-1.21/test/base_mods/base-mods.sh b/src/htslib-1.21/test/base_mods/base-mods.sh deleted file mode 100755 index f3f3ca4..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/base_mods/base-mods.sh +++ /dev/null @@ -1,35 +0,0 @@ -#!/bin/sh -# -# Copyright (C) 2020 Genome Research Ltd. -# -# Author: James Bonfield -# -# Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy -# of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal -# in the Software without restriction, including without limitation the rights -# to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell -# copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is -# furnished to do so, subject to the following conditions: -# -# The above copyright notice and this permission notice shall be included in -# all copies or substantial portions of the Software. -# -# THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR -# IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY, -# FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL -# THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER -# LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING -# FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER -# DEALINGS IN THE SOFTWARE. - -# Load in the test driver -. ../simple_test_driver.sh - -echo "Testing base-modifications..." - -test_mod="../test_mod" -pileup_mod="../pileup_mod" - -test_driver $@ - -exit $? diff --git a/src/htslib-1.21/test/base_mods/base-mods.tst b/src/htslib-1.21/test/base_mods/base-mods.tst deleted file mode 100644 index 5899c80..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/base_mods/base-mods.tst +++ /dev/null @@ -1,63 +0,0 @@ -# Copyright (C) 2020, 2023 Genome Research Ltd. -# -# Author: James Bonfield -# -# Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy -# of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal -# in the Software without restriction, including without limitation the rights -# to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell -# copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is -# furnished to do so, subject to the following conditions: -# -# The above copyright notice and this permission notice shall be included in -# all copies or substantial portions of the Software. -# -# THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR -# IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY, -# FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL -# THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER -# LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING -# FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER -# DEALINGS IN THE SOFTWARE. - -# First field: -# INIT = initialisation, not counted in testing -# P = expected to pass -# N = expected to return non-zero -# F = expected to fail - -# Second field: -# Filename of expected output - -# Third onwards; command to execute. $fmt is replaced by the current file -# format, ie sam, bam or cram. $samtools is a pointer to the desired -# samtools binary. This can be useful for testing older versions. - -# Test files from SAM spec -P MM-chebi.out $test_mod MM-chebi.sam -P MM-double.out $test_mod MM-double.sam -P MM-multi.out $test_mod MM-multi.sam -P MM-explicit.out $test_mod MM-explicit.sam -P MM-explicit-x.out $test_mod -x MM-explicit.sam - -# Report bases outside the explicitly called ranges, so we could exclude -# these in any depth based consensus analysis and only gather statistics -# for sites known to be have been scanned. -P MM-explicit-f.out $test_mod -f 1 MM-explicit.sam - -# Ensure state gets reset correctly between reads -P MM-not-all-modded.out $test_mod MM-not-all-modded.sam - -# Pileup testing -P MM-pileup.out $pileup_mod < MM-pileup.sam -P MM-pileup2.out $pileup_mod < MM-pileup2.sam - -# Validation testing. We just care about exit status here, but the -# test data is a copy of MM-pileup.sam so that suffices too. -P MM-pileup.out $pileup_mod < MM-MNp.sam -N MM-pileup.out $pileup_mod < MM-MNf1.sam -N MM-pileup.out $pileup_mod < MM-MNf2.sam -N MM-pileup.out $test_mod < MM-MNf1.sam -N MM-pileup.out $test_mod < MM-MNf2.sam -N MM-pileup.out $test_mod < MM-bounds+.sam -N MM-pileup.out $test_mod < MM-bounds-.sam diff --git a/src/htslib-1.21/test/bcf-sr/merge.noidx.a.vcf b/src/htslib-1.21/test/bcf-sr/merge.noidx.a.vcf deleted file mode 100644 index fa8f04a..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/bcf-sr/merge.noidx.a.vcf +++ /dev/null @@ -1,12 +0,0 @@ -##fileformat=VCFv4.3 -##FORMAT= -##contig= -##contig= -##contig= -##contig= -##reference=file:///lustre/scratch105/projects/g1k/ref/main_project/human_g1k_v37.fasta -#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT A -1 3000150 . C T . . . GT 0/0 -2 3000150 . C T . . . GT 0/0 -3 3000150 . C T . . . GT 0/0 -4 3000150 . C T . . . GT 0/0 diff --git a/src/htslib-1.21/test/bcf-sr/merge.noidx.abc.expected.out b/src/htslib-1.21/test/bcf-sr/merge.noidx.abc.expected.out deleted file mode 100644 index ef12e62..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/bcf-sr/merge.noidx.abc.expected.out +++ /dev/null @@ -1,8 +0,0 @@ -1:3000150 T T T -1:3000151 - T T -2:3000150 T T T -2:3000151 - T T -3:3000150 T T T -3:3000151 - T T -4:3000150 T T T -4:3000151 - T T diff --git a/src/htslib-1.21/test/bcf-sr/merge.noidx.b.vcf b/src/htslib-1.21/test/bcf-sr/merge.noidx.b.vcf deleted file mode 100644 index 0741bab..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/bcf-sr/merge.noidx.b.vcf +++ /dev/null @@ -1,16 +0,0 @@ -##fileformat=VCFv4.3 -##FORMAT= -##contig= -##contig= -##contig= -##contig= -##reference=file:///lustre/scratch105/projects/g1k/ref/main_project/human_g1k_v37.fasta -#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT B -1 3000150 . C T . . . GT 0/1 -1 3000151 . C T . . . GT 0/1 -2 3000150 . C T . . . GT 0/1 -2 3000151 . C T . . . GT 0/1 -3 3000150 . C T . . . GT 0/1 -3 3000151 . C T . . . GT 0/1 -4 3000150 . C T . . . GT 0/1 -4 3000151 . C T . . . GT 0/1 diff --git a/src/htslib-1.21/test/bcf-sr/merge.noidx.c.vcf b/src/htslib-1.21/test/bcf-sr/merge.noidx.c.vcf deleted file mode 100644 index fcfbbcb..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/bcf-sr/merge.noidx.c.vcf +++ /dev/null @@ -1,16 +0,0 @@ -##fileformat=VCFv4.3 -##FORMAT= -##contig= -##contig= -##contig= -##contig= -##reference=file:///lustre/scratch105/projects/g1k/ref/main_project/human_g1k_v37.fasta -#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT C -1 3000150 . C T . . . GT 1/1 -1 3000151 . C T . . . GT 1/1 -2 3000150 . C T . . . GT 1/1 -2 3000151 . C T . . . GT 1/1 -3 3000150 . C T . . . GT 1/1 -3 3000151 . C T . . . GT 1/1 -4 3000150 . C T . . . GT 1/1 -4 3000151 . C T . . . GT 1/1 diff --git a/src/htslib-1.21/test/bcf-sr/merge.noidx.hdr_order.vcf b/src/htslib-1.21/test/bcf-sr/merge.noidx.hdr_order.vcf deleted file mode 100644 index d4c0a9e..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/bcf-sr/merge.noidx.hdr_order.vcf +++ /dev/null @@ -1,12 +0,0 @@ -##fileformat=VCFv4.3 -##FORMAT= -##contig= -##contig= -##contig= -##contig= -##reference=file:///lustre/scratch105/projects/g1k/ref/main_project/human_g1k_v37.fasta -#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT A -1 3000150 . C T . . . GT 0/0 -2 3000150 . C T . . . GT 0/0 -3 3000150 . C T . . . GT 0/0 -4 3000150 . C T . . . GT 0/0 diff --git a/src/htslib-1.21/test/bcf-sr/merge.noidx.rec_order.vcf b/src/htslib-1.21/test/bcf-sr/merge.noidx.rec_order.vcf deleted file mode 100644 index 679f971..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/bcf-sr/merge.noidx.rec_order.vcf +++ /dev/null @@ -1,12 +0,0 @@ -##fileformat=VCFv4.3 -##FORMAT= -##contig= -##contig= -##contig= -##contig= -##reference=file:///lustre/scratch105/projects/g1k/ref/main_project/human_g1k_v37.fasta -#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT A -1 3000150 . C T . . . GT 0/0 -3 3000150 . C T . . . GT 0/0 -2 3000150 . C T . . . GT 0/0 -4 3000150 . C T . . . GT 0/0 diff --git a/src/htslib-1.21/test/bcf-sr/weird-chr-names.1.out b/src/htslib-1.21/test/bcf-sr/weird-chr-names.1.out deleted file mode 100644 index 5705c75..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/bcf-sr/weird-chr-names.1.out +++ /dev/null @@ -1,9 +0,0 @@ -##fileformat=VCFv4.3 -##FILTER= -##reference=ref.fa -##contig= -##contig= -##contig= -#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO -1 1 . 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C T . . . diff --git a/src/htslib-1.21/test/bcf-sr/weird-chr-names.4.out b/src/htslib-1.21/test/bcf-sr/weird-chr-names.4.out deleted file mode 100644 index 0d9e274..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/bcf-sr/weird-chr-names.4.out +++ /dev/null @@ -1,8 +0,0 @@ -##fileformat=VCFv4.3 -##FILTER= -##reference=ref.fa -##contig= -##contig= -##contig= -#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO -1:1 1 . C T . . . diff --git a/src/htslib-1.21/test/bcf-sr/weird-chr-names.5.out b/src/htslib-1.21/test/bcf-sr/weird-chr-names.5.out deleted file mode 100644 index 6cb41e1..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/bcf-sr/weird-chr-names.5.out +++ /dev/null @@ -1,9 +0,0 @@ -##fileformat=VCFv4.3 -##FILTER= -##reference=ref.fa -##contig= -##contig= -##contig= -#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO -1:1-1 1 . C T . . . -1:1-1 2 . C T . . . diff --git a/src/htslib-1.21/test/bcf-sr/weird-chr-names.6.out b/src/htslib-1.21/test/bcf-sr/weird-chr-names.6.out deleted file mode 100644 index a707ed8..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/bcf-sr/weird-chr-names.6.out +++ /dev/null @@ -1,8 +0,0 @@ -##fileformat=VCFv4.3 -##FILTER= -##reference=ref.fa -##contig= -##contig= -##contig= -#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO -1:1-1 1 . C T . . . diff --git a/src/htslib-1.21/test/bcf-sr/weird-chr-names.vcf b/src/htslib-1.21/test/bcf-sr/weird-chr-names.vcf deleted file mode 100644 index c367be4..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/bcf-sr/weird-chr-names.vcf +++ /dev/null @@ -1,12 +0,0 @@ -##fileformat=VCFv4.3 -##reference=ref.fa -##contig= -##contig= -##contig= -#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO -1 1 . C T . . . -1 2 . C T . . . -1:1 1 . C T . . . -1:1 2 . C T . . . -1:1-1 1 . C T . . . -1:1-1 2 . C T . . . diff --git a/src/htslib-1.21/test/bgzf_boundaries/bgzf_boundaries1.bam b/src/htslib-1.21/test/bgzf_boundaries/bgzf_boundaries1.bam deleted file mode 100644 index 264e22fade451667e7402884dc87870e2fae86c6..0000000000000000000000000000000000000000 GIT binary patch literal 0 HcmV?d00001 literal 432 zcmb2|=3rp}f&Xj_PR>jWaSV(O4Ez5(Ir=in14SKz1382Jteic9{C)j{{e4~IJvn{+ ztPBkdEG-NSxEO&-c!3yMo}nXypF!%8$2orD|AzvQTyRj3ftjhXrGcKIiKV%Pv855i2B3N&pwtAQ zkCYmnlp2L#$Vo$xAY#G?6_u2gl@yiam6U;yG!WtL%oyS8%o^e6 n%n;%4%;*@L{4N5BBSWG>LmB*vZH2!A-H#q<(hSTXAAjWaSV(O4Ez5(Ir=in14SKz1382Jteic9{C)j{{e4~IJvn{+ ztPBkdEG-NSxEO&-c!3yMo}nXypF!%8$2C-DCj^w5 z0Q8Ykqmxpj5DYnK2ogk0_<+2koVcQ#qJq47(y$FM#ex4+d!lW{{7;006j}Pw4;v diff --git a/src/htslib-1.21/test/bgzf_boundaries/bgzf_boundaries3.bam b/src/htslib-1.21/test/bgzf_boundaries/bgzf_boundaries3.bam deleted file mode 100644 index 328a274518ca22ced4adc0c7e5e01bfdd9359743..0000000000000000000000000000000000000000 GIT binary patch literal 0 HcmV?d00001 literal 897 zcmb2|=3rp}f&Xj_PR>jWaSV(O4Ez5(Ir=in14SKz1382Jteic9{C)j{{e4~IJvn{+ ztPBkdEG-NSxEO&-c!3yMo}nXypF!%8$2ajNAN<-~n7pFP2&T2W3>L0(>2Sy4$@SxHgp z+9%(9JgViDlz|WqtjaQW;86`%2VpE)d~*u5RY$lxGe-D2v;KbmdNm%iBmA5hBK(~h y9fOnKMFb~nhH~0sQ?1It$jjWG7QEn4BOw|X=Vh9$)iciG8h{%G4P4kr7&TUm18hAGh<`; v+je~tGZtxi24h1*Lq>)tzdk+(S&42qP`fEB6T`HZCi_^iNJ}$-421vyAfp}T diff --git a/src/htslib-1.21/test/bgziptest.txt.gz.gzi b/src/htslib-1.21/test/bgziptest.txt.gz.gzi deleted file mode 100644 index 3bc450e0162faa88d44c042022084a0402ac140a..0000000000000000000000000000000000000000 GIT binary patch literal 0 HcmV?d00001 literal 88 lcmZQ&fB;!2%?PEfp)@m;j)Kx`P`V0Ab3y5uP?{e~0{}+Y0qy_* diff --git a/src/htslib-1.21/test/c1#bounds.sam b/src/htslib-1.21/test/c1#bounds.sam deleted file mode 100644 index 181dbe0..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/c1#bounds.sam +++ /dev/null @@ -1,4 +0,0 @@ -@SQ SN:c1 LN:10 -s0 0 c1 1 0 10M * 0 0 AACCGCGGTT ********** -s1 0 c1 2 0 10M * 0 0 ACCGCGGTTC ********** -s2 0 c1 3 0 10M * 0 0 CCGCGGTTCG ********** diff --git a/src/htslib-1.21/test/c1#clip.sam b/src/htslib-1.21/test/c1#clip.sam deleted file mode 100644 index fd073f0..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/c1#clip.sam +++ /dev/null @@ -1,8 +0,0 @@ -@SQ SN:c1 LN:10 -s0a 0 c1 1 0 10M * 0 0 AACCGCGGTT ********** -s0A 0 c1 1 0 3M4N3M * 0 0 AACGTT ****** -s0b 0 c1 2 0 1S8M1S * 0 0 AACCGCGGTT ********** -s0B 0 c1 2 0 1H8M1H * 0 0 ACCGCGGT ******** -s0c 0 c1 3 0 2S6M2S * 0 0 AACCGCGGTT ********** -s0c 0 c1 3 0 2S3M2I3M2S * 0 0 AACCGNNCGGTT ************ -s0C 0 c1 3 0 2H6M2H * 0 0 CCGCGG ****** diff --git a/src/htslib-1.21/test/c1#noseq.sam b/src/htslib-1.21/test/c1#noseq.sam deleted file mode 100644 index fda58c2..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/c1#noseq.sam +++ /dev/null @@ -1,10 +0,0 @@ -@SQ SN:c1 LN:10 -sq1 0 c1 1 0 10M * 0 0 AACCGCGGTT ********** MD:Z:10 NM:i:0 -sQ1 0 c1 1 0 10M * 0 0 AACCGCGGTT * MD:Z:10 NM:i:0 -SQ1 0 c1 1 0 10M * 0 0 * * MD:Z:10 NM:i:0 -sq2 0 c1 1 0 4M1D5M * 0 0 AACCCGGTT ********* MD:Z:4^G5 NM:i:1 -sQ2 0 c1 1 0 4M1D5M * 0 0 AACCCGGTT * MD:Z:4^G5 NM:i:1 -SQ2 0 c1 1 0 4M1D5M * 0 0 * * MD:Z:4^G5 NM:i:1 -sq3 4 c1 1 0 * * 0 0 AACCCGGTT ********* -sQ3 4 c1 1 0 * * 0 0 AACCCGGTT * -SQ3 4 c1 1 0 * * 0 0 * * diff --git a/src/htslib-1.21/test/c1#pad1.sam b/src/htslib-1.21/test/c1#pad1.sam deleted file mode 100644 index 54f7a11..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/c1#pad1.sam +++ /dev/null @@ -1,10 +0,0 @@ -@SQ SN:c1 LN:10 -s0a 0 c1 1 0 10M * 0 0 AACCGCGGTT * -s0b 0 c1 1 0 10M * 0 0 AACCGCGGTT * -s0c 0 c1 1 0 10M * 0 0 AACCGCGGTT * -s1 0 c1 1 0 5M6I5M * 0 0 AACCGGTTAACCGGTT * -s2 0 c1 1 0 5M1P4I1P5M * 0 0 AACCGTTAACGGTT * -s3 0 c1 1 0 5M3I3P5M * 0 0 AACCGGTTCGGTT * -s4 0 c1 1 0 5M3P3I5M * 0 0 AACCGAACCGGTT * -s5 0 c1 1 0 4M1D2P2I2P1D4M * 0 0 AACCTAGGTT * -s6 0 c1 1 0 2M3D6I3D2M * 0 0 AAGTTAACTT * diff --git a/src/htslib-1.21/test/c1#pad2.sam b/src/htslib-1.21/test/c1#pad2.sam deleted file mode 100644 index 66da374..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/c1#pad2.sam +++ /dev/null @@ -1,14 +0,0 @@ -@SQ SN:c1 LN:10 -s0a 0 c1 1 0 10M * 0 0 AACCGCGGTT * -s0b 0 c1 1 0 10M * 0 0 AACCGCGGTT * -s0c 0 c1 1 0 10M * 0 0 AACCGCGGTT * -s0d 0 c1 1 0 10M * 0 0 AACCGCGGTT * -s1 0 c1 1 0 5M6I5M * 0 0 AACCGGTTAACCGGTT * -s2 0 c1 1 0 5M1P4I1P5M * 0 0 AACCGTTAACGGTT * -s3 0 c1 1 0 5M3I3P5M * 0 0 AACCGGTTCGGTT * -s4 0 c1 1 0 5M3P3I5M * 0 0 AACCGAACCGGTT * -s5 0 c1 1 0 4M1D2P2I2P1D4M * 0 0 AACCTAGGTT * -s6 0 c1 1 0 2M3D6I3D2M * 0 0 AAGTTAACTT * -s7 0 c1 1 0 4M2D4M * 0 0 AACCGGTT * -s8 0 c1 1 0 5D2P2I2P5D * 0 0 TA * -s9 0 c1 5 0 1M2P2I2P * 0 0 GTA * diff --git a/src/htslib-1.21/test/c1#pad3.sam b/src/htslib-1.21/test/c1#pad3.sam deleted file mode 100644 index c77da85..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/c1#pad3.sam +++ /dev/null @@ -1,14 +0,0 @@ -@SQ SN:c1 LN:10 -@RG ID:p.sam SM:unknown LB:p.sam -s0a 0 c1 6 0 5I6P5M * 0 0 AACCGCGGTT * RG:Z:p.sam -s0b 0 c1 6 0 5I6P5M * 0 0 AACCGCGGTT * RG:Z:p.sam -s0c 0 c1 6 0 5I6P5M * 0 0 AACCGCGGTT * RG:Z:p.sam -s0d 0 c1 6 0 5I6P5M * 0 0 AACCGCGGTT * RG:Z:p.sam -s1 0 c1 6 0 11I5M * 0 0 AACCGGTTAACCGGTT * RG:Z:p.sam -s2 0 c1 6 0 5I1P4I1P5M * 0 0 AACCGTTAACGGTT * RG:Z:p.sam -s3 0 c1 6 0 8I3P5M * 0 0 AACCGGTTCGGTT * RG:Z:p.sam -s4 0 c1 6 0 5I3P3I5M * 0 0 AACCGAACCGGTT * RG:Z:p.sam -s5 0 c1 6 0 4I3P2I2P1D4M * 0 0 AACCTAGGTT * RG:Z:p.sam -s6 0 c1 6 0 2I3P6I3D2M * 0 0 AAGTTAACTT * RG:Z:p.sam -s7 0 c1 6 0 4I7P1D4M * 0 0 AACCGGTT * RG:Z:p.sam -s8 0 c1 6 0 7P2I2P * 0 0 TA !! 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zY|6Ua*v-ID+Zc6+g^__l9?i~bhRq2M3}I~kif#&LS&#f*$e=P0Wa|co69OScMK6Ew zvrh}Ct#mlk=AJKPcGk>6aY9>)!m}fbZ=SkvfMIqW`vL*s5PN;bzq{OaoJ~;6X%ncku+I; diff --git a/src/htslib-1.21/test/colons.bam.bai b/src/htslib-1.21/test/colons.bam.bai deleted file mode 100644 index 71dbd1a8959fbaca13aa8fe0624624d4c87ef80d..0000000000000000000000000000000000000000 GIT binary patch literal 0 HcmV?d00001 literal 424 zcmZwC%ME}a5CqU!4;ElYc*A -# -# Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy -# of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal -# in the Software without restriction, including without limitation the rights -# to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell -# copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is -# furnished to do so, subject to the following conditions: -# -# The above copyright notice and this permission notice shall be included in -# all copies or substantial portions of the Software. -# -# THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR -# IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY, -# FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL -# THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER -# LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING -# FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER -# DEALINGS IN THE SOFTWARE. - -# Compares two SAM files to report differences. -# Optionally can skip header or ignore specific types of diff. - -use strict; -use warnings; -use Getopt::Long; - -my %opts; -GetOptions(\%opts, 'noqual', 'noaux', 'notemplate', 'unknownrg', 'nomd', 'partialmd=i', 'template-1', 'noflag', 'Baux'); - -my ($fn1, $fn2) = @ARGV; -open(my $fd1, "<", $fn1) || die $!; -open(my $fd2, "<", $fn2) || die $!; - -# Headers -my ($c1,$c2)=(1,1); -my (@hd1, @hd2, $ln1, $ln2); -while (<$fd1>) { - if (/^@/) { - push(@hd1, $_); - } else { - $ln1 = $_; - last; - } - $c1++; -} - -while (<$fd2>) { - if (/^@/) { - push(@hd2, $_); - } else { - $ln2 = $_; - last; - } - $c2++; -} - -# FIXME: to do -#print "@hd1\n"; -#print "@hd2\n"; - -# Compare lines -while ($ln1 && $ln2) { - $ln1 =~ s/\015?\012/\n/; - $ln2 =~ s/\015?\012/\n/; - chomp($ln1); - chomp($ln2); - - # Java CRAM adds RG:Z:UNKNOWN when the read-group is absent - if (exists $opts{unknownrg}) { - $ln1 =~ s/\tRG:Z:UNKNOWN//; - $ln2 =~ s/\tRG:Z:UNKNOWN//; - } - - if (exists $opts{nomd}) { - $ln1 =~ s/\tMD:Z:[A-Z0-9^]*//; - $ln2 =~ s/\tMD:Z:[A-Z0-9^]*//; - $ln1 =~ s/\tNM:i:\d+//; - $ln2 =~ s/\tNM:i:\d+//; - } - - # Validate MD and NM only if partialmd & 'file' set, otherwise - # discard it. Ie: - # - # 1: if file 1 has NM/MD keep in file 2, otherwise discard from file2 - # 2: if file 2 has NM/MD keep in file 1, otherwise discard from file1 - # 3: if file 1 and file 2 both have NM/MD keep, otherwise discard. - if (exists $opts{partialmd}) { - if ($opts{partialmd} & 2) { - $ln1 =~ s/\tNM:i:\d+// unless ($ln2 =~ /\tNM:i:\d+/); - $ln1 =~ s/\tMD:Z:[A-Z0-9^]*// unless ($ln2 =~ /\tMD:Z:[A-Z0-9^]*/); - } - if ($opts{partialmd} & 1) { - $ln2 =~ s/\tNM:i:\d+// unless ($ln1 =~ /\tNM:i:\d+/); - $ln2 =~ s/\tMD:Z:[A-Z0-9^]*// unless ($ln1 =~ /\tMD:Z:[A-Z0-9^]*/); - } - } - - my @ln1 = split("\t", $ln1); - my @ln2 = split("\t", $ln2); - - # Fix BWA bug: unmapped data should have no alignments - if ($ln1[1] & 4) { $ln1[4] = 0; $ln1[5] = "*"; } - if ($ln2[1] & 4) { $ln2[4] = 0; $ln2[5] = "*"; } - - # Canonicalise floating point numbers - map {s/^(..):f:(.*)/{"$1:f:".($2+0)}/e} @ln1[11..$#ln1]; - map {s/^(..):f:(.*)/{"$1:f:".($2+0)}/e} @ln2[11..$#ln2]; - - - if (exists $opts{Baux}) { - # Turn ??:H: into ??:B:c, so we can compare - # Cramtools.jar vs htslib encodings. Probably doable with (un)pack - map {s/^(..):H:(.*)/{join(",", "$1:B:C", map {hex $_} $2=~m:..:g)}/e} @ln1[11..$#ln1]; - map {s/^(..):H:(.*)/{join(",", "$1:B:C", map {hex $_} $2=~m:..:g)}/e} @ln2[11..$#ln2]; - - # Canonicalise ??:B:? data series to be unsigned - map {s/^(..):B:c(,?)(.*)/{"$1:B:C$2".join(",",map {($_+256)&255} split(",",$3))}/e} @ln1[11..$#ln1]; - map {s/^(..):B:c(,?)(.*)/{"$1:B:C$2".join(",",map {($_+256)&255} split(",",$3))}/e} @ln2[11..$#ln2]; - - map {s/^(..):B:s(,?)(.*)/{"$1:B:S$2".join(",",map {($_+65536)&65535} split(",",$3))}/e} @ln1[11..$#ln1]; - map {s/^(..):B:s(,?)(.*)/{"$1:B:S$2".join(",",map {($_+65536)&65535} split(",",$3))}/e} @ln2[11..$#ln2]; - - map {s/^(..):B:i(,?)(.*)/{"$1:B:I$2".join(",",map {$_<0? ($_+4294967296) : $_} split(",",$3))}/e} @ln1[11..$#ln1]; - map {s/^(..):B:i(,?)(.*)/{"$1:B:I$2".join(",",map {$_<0? ($_+4294967296) : $_} split(",",$3))}/e} @ln2[11..$#ln2]; - } - - # Rationalise order of auxiliary fields - if (exists $opts{noaux}) { - @ln1 = @ln1[0..10]; - @ln2 = @ln2[0..10]; - } else { - #my @a=@ln1[11..$#ln1];print "<<<@a>>>\n"; - @ln1[11..$#ln1] = sort @ln1[11..$#ln1]; - @ln2[11..$#ln2] = sort @ln2[11..$#ln2]; - } - - if (exists $opts{noqual}) { - $ln1[10] = "*"; - $ln2[10] = "*"; - } - - if (exists $opts{notemplate}) { - @ln1[6..8] = qw/* 0 0/; - @ln2[6..8] = qw/* 0 0/; - } - - if (exists $opts{noflag}) { - $ln1[1] = 0; $ln2[1] = 0; - } - - if (exists $opts{'template-1'}) { - if (abs($ln1[8] - $ln2[8]) == 1) { - $ln1[8] = $ln2[8]; - } - } - - # Cram doesn't uppercase the reference - $ln1[9] = uc($ln1[9]); - $ln2[9] = uc($ln2[9]); - - # Cram will populate a sequence string that starts as "*" - $ln2[9] = "*" if ($ln1[9] eq "*"); - - # Fix 0 cigar fields - $ln1[5] =~ s/(\D|^)0\D/$1/g; - $ln1[5] =~ s/^$/*/g; - $ln2[5] =~ s/(\D|^)0\D/$1/g; - $ln2[5] =~ s/^$/*/g; - - # Fix 10M10M cigar to 20M - $ln1[5] =~ s/(\d+)(\D)(\d+)(\2)/$1+$3.$2/e; - $ln2[5] =~ s/(\d+)(\D)(\d+)(\2)/$1+$3.$2/e; - - if ("@ln1" ne "@ln2") { - print "Diff at lines $fn1:$c1, $fn2:$c2\n"; - my @s1 = split("","@ln1"); - my @s2 = split("","@ln2"); - my $ptr = ""; - for (my $i=0; $i < $#s1; $i++) { - if ($s1[$i] eq $s2[$i]) { - $ptr .= "-"; - } else { - last; - } - } - print "1\t@ln1\n2\t@ln2\n\t$ptr^\n\n"; - exit(1); - } - - $ln1 = <$fd1>; - $ln2 = <$fd2>; - - $c1++; $c2++; -} - -if (defined($ln1)) { - print "EOF on $fn1\n"; - exit(1); -} - -if (defined($ln2)) { - print "EOF on $fn2\n"; - exit(1); -} - -close($fd1); -close($fd2); - -exit(0); diff --git a/src/htslib-1.21/test/cross_validate.sh b/src/htslib-1.21/test/cross_validate.sh deleted file mode 100755 index 04704f6..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/cross_validate.sh +++ /dev/null @@ -1,145 +0,0 @@ -#!/bin/sh - -# Copyright (C) 2015, 2018 Genome Research Ltd. -# -# Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy -# of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal -# in the Software without restriction, including without limitation the rights -# to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell -# copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is -# furnished to do so, subject to the following conditions: -# -# The above copyright notice and this permission notice shall be included in -# all copies or substantial portions of the Software. -# -# THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR -# IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY, -# FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL -# THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER -# LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING -# FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER -# DEALINGS IN THE SOFTWARE. -# -# ----------------------------------------------------------------------------- -# Author: James Bonfield. -# -# This cross validation script is designed to run the htslib test_view -# and cramtools.jar CRAM implementations to test compatibility between -# implementations. -# -# The test set may contain many dubious and ambiguous SAM cases, such as -# single base reads (is that quality "*" really meaning Q9 or no quality?). -# Some of these may fail one or the other implementations and be acceptable -# in the short-term, so to spot more important regressions we can tag -# specific cases as being known-pass or known-fail. -# ----------------------------------------------------------------------------- -# - -vers=3.0 - -cramtools_jar=$HOME/work/cram/cramtools/cramtools-$vers.jar - -test_view="./test_view -o VERSION=$vers" - -cramtools="/software/bin/java -Xmx4000m -jar $cramtools_jar" -cramtools="/software/bin/java -Xmx4000m -jar $cramtools_jar" - -run_out() { - out=$1; shift - echo "$@ > $out" - $@ > $out -} - -run() { - echo "$@" - $@ -} - - -sam_to_Ccram() { - run_out _tmp.cram $test_view -C -t $1 $2 - #run_out _tmp.cram $HOME/io_lib/trunk/build.seq3/progs/scramble -r $1 -O CRAM $2 - if [ $? != 0 ] - then - crash=`expr $crash + 1` - false - fi -} - -Ccram_to_sam() { - run_out _tmp.sam $test_view -i REFERENCE=$1 _tmp.cram - #run_out _tmp.sam $HOME/io_lib/trunk/build.seq3/progs/scramble -r $1 _tmp.cram - - if [ $? != 0 ] - then - crash=`expr $crash + 1` - false - fi -} - -sam_to_Jcram() { - run $cramtools cram -R $1 -I $2 -O _tmp.cram -n -Q --capture-all-tags - if [ $? != 0 ] - then - crash=`expr $crash + 1` - false - fi -} - -Jcram_to_sam() { - run $cramtools bam -R $1 -I _tmp.cram -O _tmp.sam - - if [ $? != 0 ] - then - crash=`expr $crash + 1` - false - fi -} - -compare_sam() { - #run ./compare_sam.pl $i _tmp.sam -nomd -notemplate -unknownrg -Baux - run ./compare_sam.pl $i _tmp.sam -nomd -Baux - if [ $? != 0 ] - then - fails=`expr $fails + 1` - false - fi -} - -trials=0 -fails=0 -crash=0 - -files=`ls -1 *#*.sam` - -# Restrict to known workers from SAM->CRAM->CRAM in cramtools -#files="auxf#values.sam c1#bounds.sam c1#noseq.sam c1#pad1.sam c1#pad2.sam c1#pad3.sam c1#unknown.sam ce#1.sam ce#2.sam ce#5b.sam ce#large_seq.sam ce#tag_depadded.sam ce#tag_padded.sam ce#unmap.sam ce#unmap1.sam ce#unmap2.sam xx#large_aux.sam xx#large_aux2.sam xx#pair.sam xx#rg.sam xx#unsorted.sam" - -for i in $files -do - r=`echo $i | sed 's/#.*/.fa/'` - echo "=== $i" - - # C to C - trials=`expr $trials + 1` - sam_to_Ccram $r $i && Ccram_to_sam $r && compare_sam $i _tmp.sam - - # Java to Java - trials=`expr $trials + 1` - sam_to_Jcram $r $i && Jcram_to_sam $r && compare_sam $i _tmp.sam - - # C to Java - trials=`expr $trials + 1` - sam_to_Ccram $r $i && Jcram_to_sam $r && compare_sam $i _tmp.sam - - # Java to C - trials=`expr $trials + 1` - sam_to_Jcram $r $i && Ccram_to_sam $r && compare_sam $i _tmp.sam -done - -# Overcounts failures as an early fail can lead to 1 or 2 more fails. -echo "" -echo ============ -echo No. tests: $trials -echo No. diffs: $fails -echo No. crash: $crash diff --git a/src/htslib-1.21/test/emptyfile b/src/htslib-1.21/test/emptyfile deleted file mode 100644 index e69de29..0000000 diff --git a/src/htslib-1.21/test/faidx/ce.1.expected.fa b/src/htslib-1.21/test/faidx/ce.1.expected.fa deleted file mode 100644 index d606105..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/faidx/ce.1.expected.fa +++ /dev/null @@ -1,8 +0,0 @@ ->CHROMOSOME_I:5001-5125 length: 125 -AACTGGTTCAAAAACAAAAATTTTTTAAACTGTACAAACTGTCCAAAAAT -TCGTCGTAAATCGACACACCCTTCTCATTTTTTCAAAATTTTAATTGTTT -TCGAATGTTTTTTTTGCAGAATAAT ->CHROMOSOME_X:101-225 length: 125 -GCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGC -CTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCT -AAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTA diff --git a/src/htslib-1.21/test/faidx/faidx.1.expected.fa b/src/htslib-1.21/test/faidx/faidx.1.expected.fa deleted file mode 100644 index d14656e..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/faidx/faidx.1.expected.fa +++ /dev/null @@ -1,6 +0,0 @@ ->trailingblank2:28-33 length: 6 -GGGCCC ->trailingblank3:4-5 length: 2 -TA ->bar:4-5 length: 2 -TA diff --git a/src/htslib-1.21/test/faidx/faidx.fa b/src/htslib-1.21/test/faidx/faidx.fa deleted file mode 100644 index 0c936ef..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/faidx/faidx.fa +++ /dev/null @@ -1,21 +0,0 @@ -> -ATGC ->trailingblank1 -AAATTTGGGCCC -TTTGGGCCCAAA -GGGCCCAAA - ->trailingblank2 with last dna line the same length -AAATTTGGGCCCAAATTTGGGCCC -TTTGGGCCCAAATTTGGGCCCAAA -GGGCCCAAATTTGGGCCCAAATTT - ->trailingblank3 with cr-lf style line endings -ACGT -A - -> foo -TGCATG -CA -> bar description -TTTTAAAA diff --git a/src/htslib-1.21/test/faidx/faidx.fa.expected.fai b/src/htslib-1.21/test/faidx/faidx.fa.expected.fai deleted file mode 100644 index b4d1aff..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/faidx/faidx.fa.expected.fai +++ /dev/null @@ -1,6 +0,0 @@ - 4 2 4 5 -trailingblank1 33 23 12 13 -trailingblank2 72 111 24 25 -trailingblank3 5 234 4 6 -foo 8 252 6 7 -bar 8 280 8 9 diff --git a/src/htslib-1.21/test/faidx/faidx.tst b/src/htslib-1.21/test/faidx/faidx.tst deleted file mode 100644 index b6bd7ca..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/faidx/faidx.tst +++ /dev/null @@ -1,74 +0,0 @@ -# Copyright (C) 2022 Genome Research Ltd. -# -# Author: Robert Davies -# -# Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy -# of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal -# in the Software without restriction, including without limitation the rights -# to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell -# copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is -# furnished to do so, subject to the following conditions: -# -# The above copyright notice and this permission notice shall be included in -# all copies or substantial portions of the Software. -# -# THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR -# IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY, -# FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL -# THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER -# LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING -# FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER -# DEALINGS IN THE SOFTWARE. - -# First field: -# INIT = initialisation, not counted in testing -# P = expected to pass (zero return; expected output matches, if present) -# N = expected to return non-zero -# F = expected to fail -# -# Second field (P/N/F only): -# Filename of expected output. If '.', output is not checked -# -# Rest: -# Command to execute. $bgzip and $test_faidx are replaced with the path to -# bgzip and test_faidx. - -# Index fasta -P . $test_faidx -i faidx.fa -f faidx.fa.tmp.fai -e faidx.fa.expected.fai - -# Test various functions on the fasta index -P . $test_faidx -i faidx.fa -f faidx.fa.tmp.fai -t fai_line_length -e 24 trailingblank2 -P . $test_faidx -i faidx.fa -f faidx.fa.tmp.fai -t faidx_has_seq -e 1 foo -P . $test_faidx -i faidx.fa -f faidx.fa.tmp.fai -t faidx_has_seq -e 0 absent -P . $test_faidx -i faidx.fa -f faidx.fa.tmp.fai -t faidx_iseq -e trailingblank3 3 -P . $test_faidx -i faidx.fa -f faidx.fa.tmp.fai -t faidx_seq_len -e 33 trailingblank1 -P . $test_faidx -i faidx.fa -f faidx.fa.tmp.fai -t faidx_seq_len64 -e 72 trailingblank2 - -# Index fastq -P . $test_faidx -i fastqs.fq -f fastqs.fq.tmp.fai -e fastqs.fq.expected.fai - -# Test various functions on the fastq index -P . $test_faidx -i fastqs.fq -f fastqs.fq.tmp.fai -Q -t fai_line_length -e 63 FAKE0005_3 -P . $test_faidx -i fastqs.fq -f fastqs.fq.tmp.fai -Q -t fai_line_length -e 144 SRR014849.203935_3 -P . $test_faidx -i fastqs.fq -f fastqs.fq.tmp.fai -t faidx_has_seq -e 1 SRR014849.203935_3 -P . $test_faidx -i fastqs.fq -f fastqs.fq.tmp.fai -t faidx_has_seq -e 0 absent -P . $test_faidx -i fastqs.fq -f fastqs.fq.tmp.fai -t faidx_iseq -e FAKE0005_1 0 -P . $test_faidx -i fastqs.fq -f fastqs.fq.tmp.fai -t faidx_seq_len -e 453 FSRRS4401CM938_1 -P . $test_faidx -i fastqs.fq -f fastqs.fq.tmp.fai -t faidx_seq_len64 -e 309 FSRRS4401AOV6A_4 - -# Fasta retrieval tests -P faidx.1.expected.fa $test_faidx -i faidx.fa -f faidx.fa.tmp.fai trailingblank2:28-33 trailingblank3:4-5 bar:4-5 -P faidx.1.expected.fa $test_faidx -i faidx.fa -f faidx.fa.tmp.fai -t fai_fetch trailingblank2:28-33 trailingblank3:4-5 bar:4-5 -P faidx.1.expected.fa $test_faidx -i faidx.fa -f faidx.fa.tmp.fai -t faidx_fetch_seq64 trailingblank2:28-33 trailingblank3:4-5 bar:4-5 -P faidx.1.expected.fa $test_faidx -i faidx.fa -f faidx.fa.tmp.fai -t fai_adjust_region trailingblank2:28-33 trailingblank3:4-5 bar:4-5 - -# Fastq retrieval tests -P fastqs.1.expected.fq $test_faidx -i fastqs.fq -f fastqs.fq.tmp.fai -Q FAKE0006_1:4-12 FSRRS4401BE7HA_1:81-120 FAKE0010_2 SRR014849.50939_3:71-90 -P fastqs.1.expected.fq $test_faidx -i fastqs.fq -f fastqs.fq.tmp.fai -Q -t fai_fetch FAKE0006_1:4-12 FSRRS4401BE7HA_1:81-120 FAKE0010_2 SRR014849.50939_3:71-90 -P fastqs.1.expected.fq $test_faidx -i fastqs.fq -f fastqs.fq.tmp.fai -Q -t faidx_fetch_seq64 FAKE0006_1:4-12 FSRRS4401BE7HA_1:81-120 FAKE0010_2 SRR014849.50939_3:71-90 -P fastqs.2.expected.fa $test_faidx -i fastqs.fq -f fastqs.fq.tmp.fai FAKE0006_1:4-12 FSRRS4401BE7HA_1:81-120 FAKE0010_2 SRR014849.50939_3:71-90 - -# Indexing and retrieval on bgzip compressed fasta -INIT $bgzip -c < ../ce.fa > ce.fa.tmp.gz -P . $test_faidx -i ce.fa.tmp.gz -f ce.fa.tmp.gz.fai -g ce.fa.tmp.gz.gzi -e ../ce.fa.fai -P ce.1.expected.fa $test_faidx -i ce.fa.tmp.gz -f ce.fa.tmp.gz.fai -g ce.fa.tmp.gz.gzi CHROMOSOME_I:5001-5125 CHROMOSOME_X:101-225 diff --git a/src/htslib-1.21/test/faidx/fastqs.1.expected.fq b/src/htslib-1.21/test/faidx/fastqs.1.expected.fq deleted file mode 100644 index 7293938..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/faidx/fastqs.1.expected.fq +++ /dev/null @@ -1,16 +0,0 @@ -@FAKE0006_1:4-12 length: 9 -TGCATGCAT -+ -{zyxwvuts -@FSRRS4401BE7HA_1:81-120 length: 40 -GCCCGTTTGTCGATATTTGtatttaaagtaatccgtcaca -+ -c^^^YRPOSNVU\YTMMMSMRKKKRUUNNNNS[`aa```\ -@FAKE0010_2 length: 30 -gatcrywsmkhbvdnGATCRYWSMKHBVDN -+ -I?5+I?5+I?5+I?5+I?5+I?5+I?5+I? -@SRR014849.50939_3:71-90 length: 20 -CAATAAATCAATACATAAAA -+ -\aZ\d`OY[aY[[\[[e`WP diff --git a/src/htslib-1.21/test/faidx/fastqs.2.expected.fa b/src/htslib-1.21/test/faidx/fastqs.2.expected.fa deleted file mode 100644 index 9b67d15..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/faidx/fastqs.2.expected.fa +++ /dev/null @@ -1,8 +0,0 @@ ->FAKE0006_1:4-12 length: 9 -TGCATGCAT ->FSRRS4401BE7HA_1:81-120 length: 40 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b/src/htslib-1.21/test/faidx/fastqs.fq.expected.fai deleted file mode 100644 index 77ba04a..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/faidx/fastqs.fq.expected.fai +++ /dev/null @@ -1,105 +0,0 @@ -FAKE0005_1 63 85 63 64 151 -FAKE0006_1 63 300 63 64 366 -FAKE0005_2 63 515 63 64 581 -FAKE0006_2 63 730 63 64 796 -FAKE0005_3 63 945 63 64 1011 -FAKE0006_3 63 1160 63 64 1226 -FAKE0005_4 63 1375 63 64 1441 -FAKE0006_4 63 1590 63 64 1656 -FSRRS4401BE7HA_1 395 1823 395 396 2221 -FSRRS4401BRRTC_1 145 2720 145 146 2868 -FSRRS4401B64ST_1 382 3118 382 383 3503 -FSRRS4401EJ0YH_1 381 3990 381 382 4374 -FSRRS4401BK0IB_1 507 4860 507 508 5370 -FSRRS4401ARCCB_1 258 5982 258 259 6243 -FSRRS4401CM938_1 453 6606 453 454 7062 -FSRRS4401EQLIK_1 411 7620 411 412 8034 -FSRRS4401AOV6A_1 309 8550 309 310 8862 -FSRRS4401EG0ZW_1 424 9276 424 425 9703 -FSRRS4401BE7HA_2 395 10231 395 396 10629 -FSRRS4401BRRTC_2 145 11128 145 146 11276 -FSRRS4401B64ST_2 382 11526 382 383 11911 -FSRRS4401EJ0YH_2 381 12398 381 382 12782 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131 132 48129 -SRR014849.203935_3 144 48307 144 145 48454 diff --git a/src/htslib-1.21/test/faidx/test-faidx.sh b/src/htslib-1.21/test/faidx/test-faidx.sh deleted file mode 100755 index ae501e0..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/faidx/test-faidx.sh +++ /dev/null @@ -1,35 +0,0 @@ -#!/bin/sh -# -# Copyright (C) 2022 Genome Research Ltd. -# -# Author: Robert Davies -# -# Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy -# of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal -# in the Software without restriction, including without limitation the rights -# to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell -# copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is -# furnished to do so, subject to the following conditions: -# -# The above copyright notice and this permission notice shall be included in -# all copies or substantial portions of the Software. -# -# THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR -# IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY, -# FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL -# THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER -# LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING -# FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER -# DEALINGS IN THE SOFTWARE. - -# Load in the test driver -. ../simple_test_driver.sh - -echo "Testing faidx..." - -bgzip="../../bgzip" -test_faidx="../test_faidx" - -test_driver $@ - -exit $? diff --git a/src/htslib-1.21/test/fastq/fastq.tst b/src/htslib-1.21/test/fastq/fastq.tst deleted file mode 100644 index 3b5fd9f..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/fastq/fastq.tst +++ /dev/null @@ -1,116 +0,0 @@ -# Copyright (C) 2020 Genome Research Ltd. -# -# Author: James Bonfield -# -# Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy -# of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal -# in the Software without restriction, including without limitation the rights -# to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell -# copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is -# furnished to do so, subject to the following conditions: -# -# The above copyright notice and this permission notice shall be included in -# all copies or substantial portions of the Software. -# -# THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR -# IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY, -# FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL -# THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER -# LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING -# FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER -# DEALINGS IN THE SOFTWARE. - -# First field: -# INIT = initialisation, not counted in testing -# P = expected to pass (zero return; expected output matches, if present) -# N = expected to return non-zero -# F = expected to fail -# -# Second field (P/N/F only): -# Filename of expected output. If '.', output is not checked -# -# Rest: -# Command to execute. $pileup is replaced with the path to the pileup test -# program - -# -------------------- -# Reading - -# Minimal -P minimal.sam $tview minimal.fq -P minimal-q.sam $tview minimal.fa - -# Multi-line FASTQ -P multiline.sam $tview multiline.fq -P multiline-q.sam $tview multiline.fa - -# FASTQ with a very long header line -P longline.sam $tview -i fastq_aux longline.fq - -# Single file, unpaired data, with / without aux tags -P single_noaux.sam $tview single.fq -P single_noaux-q.sam $tview single.fa -P single_aux.sam $tview -i fastq_aux single.fq -P single_aux-q.sam $tview -i fastq_aux single.fa - -# Single file, interleaved paired data, no aux -P inter_noaux.sam $tview interleaved.fq -P inter_noaux-q.sam $tview interleaved.fa - -# Single file, interleaved paired data, with aux -P inter_aux.sam $tview -i fastq_aux interleaved.fq -P inter_aux-q.sam $tview -i fastq_aux interleaved.fa - -# Single file, interleaved paired data, using CASAVA -P inter_casava.sam $tview -i fastq_casava interleaved_casava.fq -P inter_casavaOX.sam $tview -i fastq_barcode=OX -i fastq_casava interleaved_casava.fq -P inter_casava-q.sam $tview -i fastq_casava interleaved_casava.fa -P inter_casavaOX-q.sam $tview -i fastq_barcode=OX -i fastq_casava interleaved_casava.fa - -# CASAVA with filtering -P filter_casava.sam $tview -i fastq_casava filter_casava.fq -P filter_casava-q.sam $tview -i fastq_casava filter_casava.fa - -# Paired data is mainly tested by the Samtools test harness. -# Basically though it's just reading two files and relying on either -# this code or explicit overloading of READ1/READ2. -# We simply test here we can read r1 and r2 as separate files -P r1.sam $tview -i fastq_aux r1.fq -P r2.sam $tview -i fastq_aux r2.fq -P r1-q.sam $tview -i fastq_aux r1.fa -P r2-q.sam $tview -i fastq_aux r2.fa - -# Simple tests for the FASTQ_NAME2 option. -P name2.sam $tview -i fastq_name2 name2.fq -P name2-q.sam $tview -i fastq_name2 name2.fa - -# -------------------- -# Writing - -# Minimal -P minimal.fq $tview -f minimal.sam -P minimal.fa $tview -F minimal.sam - -# Single file with unpaired data plus aux tags -P single.fq $tview -f -o fastq_aux single_aux.sam -P single.fa $tview -F -o fastq_aux single_aux.sam - -# Single file, interleaved paired data, with aux and /rnum -P interleaved.fq $tview -f -o fastq_aux -o fastq_rnum inter_aux.sam -P interleaved.fa $tview -F -o fastq_aux -o fastq_rnum inter_aux.sam - -# CASAVA with interleaved data -P interleaved_casava.fq $tview -f -o fastq_casava inter_casava.sam -P interleaved_casava.fq $tview -f -o fastq_barcode=OX -o fastq_casava inter_casavaOX.sam -P interleaved_casava.fa $tview -F -o fastq_casava inter_casava.sam -P interleaved_casava.fa $tview -F -o fastq_barcode=OX -o fastq_casava inter_casavaOX.sam - -# CASAVA with filtering -P filter_casava.fq $tview -f -o fastq_casava filter_casava.sam -P filter_casava.fa $tview -F -o fastq_casava filter_casava.sam - -# Paired data -P r1.fq $tview -f -o fastq_aux -o fastq_rnum r1.sam -P r2.fq $tview -f -o fastq_aux -o fastq_rnum r2.sam -P r1.fa $tview -F -o fastq_aux -o fastq_rnum r1.sam -P r2.fa $tview -F -o fastq_aux -o fastq_rnum r2.sam diff --git a/src/htslib-1.21/test/fastq/filter_casava-q.sam b/src/htslib-1.21/test/fastq/filter_casava-q.sam deleted file mode 100644 index 6d7a2ea..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/fastq/filter_casava-q.sam +++ /dev/null @@ -1,4 +0,0 @@ -HS25_09827:2:1201:1505:59795#49 77 * 0 0 * * 0 0 CCGTTAGAGCATTTGTTGAAAATGCTTTCCTTGCTCCATGTGATGACTCTGGTGCCCTTGTCAAAAGCCAGCTGGGCCTATTCGTGTGGGTCTGTTTCTG * BC:Z:NGTCTATC -HS25_09827:2:1201:1505:59795#49 141 * 0 0 * * 0 0 AAGGAAAGAAGGGAGGGAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAAGTAGGAAGAATTCATCTACCCAATT * BC:Z:NGTCTATC -HS25_09827:2:1201:1559:70726#49 589 * 0 0 * * 0 0 TTGTTAAAATGACCATACCCAAAGTGATCTACAGACTCAATACAATTTCTATTGAAATACCAATCACACTCTTCACAGAACTAGAAAAACAGTTCTAAAA * BC:Z:NGTCTATC -HS25_09827:2:1201:1559:70726#49 653 * 0 0 * * 0 0 TTTTCTTTTATTAATTTTATACTTACATTTAAGTCTTTATTCCATTTTGAGTCAATGTTTGTATATGATGAGAGATAGGGGTCTAGTTTCATACTTCTAC * BC:Z:NGTCTATC diff --git a/src/htslib-1.21/test/fastq/filter_casava.fa b/src/htslib-1.21/test/fastq/filter_casava.fa deleted file mode 100644 index ba58034..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/fastq/filter_casava.fa +++ /dev/null @@ -1,8 +0,0 @@ ->HS25_09827:2:1201:1505:59795#49 1:N:0:NGTCTATC -CCGTTAGAGCATTTGTTGAAAATGCTTTCCTTGCTCCATGTGATGACTCTGGTGCCCTTGTCAAAAGCCAGCTGGGCCTATTCGTGTGGGTCTGTTTCTG ->HS25_09827:2:1201:1505:59795#49 2:N:0:NGTCTATC -AAGGAAAGAAGGGAGGGAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAAGTAGGAAGAATTCATCTACCCAATT ->HS25_09827:2:1201:1559:70726#49 1:Y:0:NGTCTATC -TTGTTAAAATGACCATACCCAAAGTGATCTACAGACTCAATACAATTTCTATTGAAATACCAATCACACTCTTCACAGAACTAGAAAAACAGTTCTAAAA ->HS25_09827:2:1201:1559:70726#49 2:Y:0:NGTCTATC -TTTTCTTTTATTAATTTTATACTTACATTTAAGTCTTTATTCCATTTTGAGTCAATGTTTGTATATGATGAGAGATAGGGGTCTAGTTTCATACTTCTAC diff --git a/src/htslib-1.21/test/fastq/filter_casava.fq b/src/htslib-1.21/test/fastq/filter_casava.fq deleted file mode 100644 index adb1913..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/fastq/filter_casava.fq +++ /dev/null @@ -1,16 +0,0 @@ -@HS25_09827:2:1201:1505:59795#49 1:N:0:NGTCTATC -CCGTTAGAGCATTTGTTGAAAATGCTTTCCTTGCTCCATGTGATGACTCTGGTGCCCTTGTCAAAAGCCAGCTGGGCCTATTCGTGTGGGTCTGTTTCTG -+ -CABCFGDEEFFEFHGHGGFFGDIGIJFIFHHGHEIFGHBCGHDIFBE9GIAICGGICFIBFGGHGDGGGHE?GIGDFGGHEGIEJG>;FGDCHFEFBHAGCGACF7CJI8HBIIEFGFEBG?DCGA?ACFGGI=BEDG?EFEHFFFEHFD?HG+DFH>FFHGFBFE4F@I3HF@>A5F?GFHEFCFHGGGHEJEAJE -@HS25_09827:2:1201:1559:70726#49 2:Y:0:NGTCTATC -TTTTCTTTTATTAATTTTATACTTACATTTAAGTCTTTATTCCATTTTGAGTCAATGTTTGTATATGATGAGAGATAGGGGTCTAGTTTCATACTTCTAC -+ -;CBCEFDHDGFGHDGDIGEF@EJIIGEEIECGFHGFHGGGHHHHGGKIFFEHGEGHFIEFFHHGDHHGJEGF?FBHFFGCHHFFII>GCFCFFGGCEBF? diff --git a/src/htslib-1.21/test/fastq/filter_casava.sam b/src/htslib-1.21/test/fastq/filter_casava.sam deleted file mode 100644 index 9a27853..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/fastq/filter_casava.sam +++ /dev/null @@ -1,4 +0,0 @@ -HS25_09827:2:1201:1505:59795#49 77 * 0 0 * * 0 0 CCGTTAGAGCATTTGTTGAAAATGCTTTCCTTGCTCCATGTGATGACTCTGGTGCCCTTGTCAAAAGCCAGCTGGGCCTATTCGTGTGGGTCTGTTTCTG CABCFGDEEFFEFHGHGGFFGDIGIJFIFHHGHEIFGHBCGHDIFBE9GIAICGGICFIBFGGHGDGGGHE?GIGDFGGHEGIEJG>;FGDCHFEFBHAGCGACF7CJI8HBIIEFGFEBG?DCGA?ACFGGI=BEDG?EFEHFFFEHFD?HG+DFH>FFHGFBFE4F@I3HF@>A5F?GFHEFCFHGGGHEJEAJE BC:Z:NGTCTATC -HS25_09827:2:1201:1559:70726#49 653 * 0 0 * * 0 0 TTTTCTTTTATTAATTTTATACTTACATTTAAGTCTTTATTCCATTTTGAGTCAATGTTTGTATATGATGAGAGATAGGGGTCTAGTTTCATACTTCTAC ;CBCEFDHDGFGHDGDIGEF@EJIIGEEIECGFHGFHGGGHHHHGGKIFFEHGEGHFIEFFHHGDHHGJEGF?FBHFFGCHHFFII>GCFCFFGGCEBF? 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-1,10 +0,0 @@ ->HS25_09827:2:1201:1505:59795#49 RG:Z:1#49 -CCGTTAGAGCATTTGTTGAAAATGCTTTCCTTGCTCCATGTGATGACTCTGGTGCCCTTGTCAAAAGCCAGCTGGGCCTATTCGTGTGGGTCTGTTTCTG ->HS25_09827:2:1201:1559:70726#49 RG:Z:1#49 -TTGTTAAAATGACCATACCCAAAGTGATCTACAGACTCAATACAATTTCTATTGAAATACCAATCACACTCTTCACAGAACTAGAAAAACAGTTCTAAAA ->HS25_09827:2:1201:1564:39627#49 RG:Z:1#49 -ACGCGGCAATCCAATGTGTGAGTTGAGAAGCGGTGAGGAGGGAATCCTAATTTTATGAGCAGGTCAGGACCGTGGGAGATACCTGACACCTGAGATGGTA ->HS25_09827:2:1201:1565:91731#49 RG:Z:1#49 -GACATGCCATAACATTCATGTTTTATGTGTACAAGTCAATGAATTTTAGTATATTTACAGAGTTGTATGACTGTCTCCACAATCTAATTTTAGGTTTCCA ->HS25_09827:2:1201:1624:69925#49 RG:Z:1#49 -GCCAGCCTCCTTCTCAATGGTCTTTTTAAACATTATATGAAAACCAGACATTTACATTTGATTTCTTTTTCAATACTATACAGTTCTAAGAGAAAAAACA diff --git a/src/htslib-1.21/test/fastq/single.fq b/src/htslib-1.21/test/fastq/single.fq deleted file mode 100644 index c6ad15d..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/fastq/single.fq +++ /dev/null @@ -1,20 +0,0 @@ -@HS25_09827:2:1201:1505:59795#49 RG:Z:1#49 -CCGTTAGAGCATTTGTTGAAAATGCTTTCCTTGCTCCATGTGATGACTCTGGTGCCCTTGTCAAAAGCCAGCTGGGCCTATTCGTGTGGGTCTGTTTCTG -+ -CABCFGDEEFFEFHGHGGFFGDIGIJFIFHHGHEIFGHBCGHDIFBE9GIAICGGICFIBFGGHGDGGGHE?GIGDFGGHEGIEJG>;FGEFCFHGGGHEJEAJE -@HS25_09827:2:1201:1564:39627#49 RG:Z:1#49 -ACGCGGCAATCCAATGTGTGAGTTGAGAAGCGGTGAGGAGGGAATCCTAATTTTATGAGCAGGTCAGGACCGTGGGAGATACCTGACACCTGAGATGGTA -+ -BACCFGBFGFHGGJGHGGFEGHIGIJHFEH:HHEHGHHBGGH9IAGHGFHIFJFFAFGIFDIGHKEIGF,CGD66?7EFI5EEG>EGGGGD5=HH6E -@HS25_09827:2:1201:1565:91731#49 RG:Z:1#49 -GACATGCCATAACATTCATGTTTTATGTGTACAAGTCAATGAATTTTAGTATATTTACAGAGTTGTATGACTGTCTCCACAATCTAATTTTAGGTTTCCA -+ -CABFFGFFJFHEGEGJGGDG?FIGHHHBGHHHGIIGHGHGGHDGHFHIDFCIKEGIFHGGII9HFFGGGEEIGGEEHGGEEGDEHFH>FGGGGHAFAHGE -@HS25_09827:2:1201:1624:69925#49 RG:Z:1#49 -GCCAGCCTCCTTCTCAATGGTCTTTTTAAACATTATATGAAAACCAGACATTTACATTTGATTTCTTTTTCAATACTATACAGTTCTAAGAGAAAAAACA -+ -CABEFGFGIFGGGJGHGGFH?FDHGHDHGHEHHJCGHHFHDHDHFGHIGHIFFHGHFGGGI9GHF@IGGH;FICGEFEIHGGIEEFC:DEGGGBDJHHFF diff --git a/src/htslib-1.21/test/fastq/single_aux-q.sam b/src/htslib-1.21/test/fastq/single_aux-q.sam deleted file mode 100644 index 68af8bc..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/fastq/single_aux-q.sam +++ /dev/null @@ -1,5 +0,0 @@ -HS25_09827:2:1201:1505:59795#49 4 * 0 0 * * 0 0 CCGTTAGAGCATTTGTTGAAAATGCTTTCCTTGCTCCATGTGATGACTCTGGTGCCCTTGTCAAAAGCCAGCTGGGCCTATTCGTGTGGGTCTGTTTCTG * RG:Z:1#49 -HS25_09827:2:1201:1559:70726#49 4 * 0 0 * * 0 0 TTGTTAAAATGACCATACCCAAAGTGATCTACAGACTCAATACAATTTCTATTGAAATACCAATCACACTCTTCACAGAACTAGAAAAACAGTTCTAAAA * RG:Z:1#49 -HS25_09827:2:1201:1564:39627#49 4 * 0 0 * * 0 0 ACGCGGCAATCCAATGTGTGAGTTGAGAAGCGGTGAGGAGGGAATCCTAATTTTATGAGCAGGTCAGGACCGTGGGAGATACCTGACACCTGAGATGGTA * RG:Z:1#49 -HS25_09827:2:1201:1565:91731#49 4 * 0 0 * * 0 0 GACATGCCATAACATTCATGTTTTATGTGTACAAGTCAATGAATTTTAGTATATTTACAGAGTTGTATGACTGTCTCCACAATCTAATTTTAGGTTTCCA * RG:Z:1#49 -HS25_09827:2:1201:1624:69925#49 4 * 0 0 * * 0 0 GCCAGCCTCCTTCTCAATGGTCTTTTTAAACATTATATGAAAACCAGACATTTACATTTGATTTCTTTTTCAATACTATACAGTTCTAAGAGAAAAAACA * RG:Z:1#49 diff --git a/src/htslib-1.21/test/fastq/single_aux.sam b/src/htslib-1.21/test/fastq/single_aux.sam deleted file mode 100644 index bfe355e..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/fastq/single_aux.sam +++ /dev/null @@ -1,5 +0,0 @@ -HS25_09827:2:1201:1505:59795#49 4 * 0 0 * * 0 0 CCGTTAGAGCATTTGTTGAAAATGCTTTCCTTGCTCCATGTGATGACTCTGGTGCCCTTGTCAAAAGCCAGCTGGGCCTATTCGTGTGGGTCTGTTTCTG CABCFGDEEFFEFHGHGGFFGDIGIJFIFHHGHEIFGHBCGHDIFBE9GIAICGGICFIBFGGHGDGGGHE?GIGDFGGHEGIEJG>;FGEFCFHGGGHEJEAJE RG:Z:1#49 -HS25_09827:2:1201:1564:39627#49 4 * 0 0 * * 0 0 ACGCGGCAATCCAATGTGTGAGTTGAGAAGCGGTGAGGAGGGAATCCTAATTTTATGAGCAGGTCAGGACCGTGGGAGATACCTGACACCTGAGATGGTA BACCFGBFGFHGGJGHGGFEGHIGIJHFEH:HHEHGHHBGGH9IAGHGFHIFJFFAFGIFDIGHKEIGF,CGD66?7EFI5EEG>EGGGGD5=HH6E RG:Z:1#49 -HS25_09827:2:1201:1565:91731#49 4 * 0 0 * * 0 0 GACATGCCATAACATTCATGTTTTATGTGTACAAGTCAATGAATTTTAGTATATTTACAGAGTTGTATGACTGTCTCCACAATCTAATTTTAGGTTTCCA CABFFGFFJFHEGEGJGGDG?FIGHHHBGHHHGIIGHGHGGHDGHFHIDFCIKEGIFHGGII9HFFGGGEEIGGEEHGGEEGDEHFH>FGGGGHAFAHGE RG:Z:1#49 -HS25_09827:2:1201:1624:69925#49 4 * 0 0 * * 0 0 GCCAGCCTCCTTCTCAATGGTCTTTTTAAACATTATATGAAAACCAGACATTTACATTTGATTTCTTTTTCAATACTATACAGTTCTAAGAGAAAAAACA CABEFGFGIFGGGJGHGGFH?FDHGHDHGHEHHJCGHHFHDHDHFGHIGHIFFHGHFGGGI9GHF@IGGH;FICGEFEIHGGIEEFC:DEGGGBDJHHFF RG:Z:1#49 diff --git a/src/htslib-1.21/test/fastq/single_noaux-q.sam b/src/htslib-1.21/test/fastq/single_noaux-q.sam deleted file mode 100644 index 24542c6..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/fastq/single_noaux-q.sam +++ /dev/null @@ -1,5 +0,0 @@ -HS25_09827:2:1201:1505:59795#49 4 * 0 0 * * 0 0 CCGTTAGAGCATTTGTTGAAAATGCTTTCCTTGCTCCATGTGATGACTCTGGTGCCCTTGTCAAAAGCCAGCTGGGCCTATTCGTGTGGGTCTGTTTCTG * -HS25_09827:2:1201:1559:70726#49 4 * 0 0 * * 0 0 TTGTTAAAATGACCATACCCAAAGTGATCTACAGACTCAATACAATTTCTATTGAAATACCAATCACACTCTTCACAGAACTAGAAAAACAGTTCTAAAA * -HS25_09827:2:1201:1564:39627#49 4 * 0 0 * * 0 0 ACGCGGCAATCCAATGTGTGAGTTGAGAAGCGGTGAGGAGGGAATCCTAATTTTATGAGCAGGTCAGGACCGTGGGAGATACCTGACACCTGAGATGGTA * -HS25_09827:2:1201:1565:91731#49 4 * 0 0 * * 0 0 GACATGCCATAACATTCATGTTTTATGTGTACAAGTCAATGAATTTTAGTATATTTACAGAGTTGTATGACTGTCTCCACAATCTAATTTTAGGTTTCCA * -HS25_09827:2:1201:1624:69925#49 4 * 0 0 * * 0 0 GCCAGCCTCCTTCTCAATGGTCTTTTTAAACATTATATGAAAACCAGACATTTACATTTGATTTCTTTTTCAATACTATACAGTTCTAAGAGAAAAAACA * diff --git a/src/htslib-1.21/test/fastq/single_noaux.sam b/src/htslib-1.21/test/fastq/single_noaux.sam deleted file mode 100644 index 9a98989..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/fastq/single_noaux.sam +++ /dev/null @@ -1,5 +0,0 @@ -HS25_09827:2:1201:1505:59795#49 4 * 0 0 * * 0 0 CCGTTAGAGCATTTGTTGAAAATGCTTTCCTTGCTCCATGTGATGACTCTGGTGCCCTTGTCAAAAGCCAGCTGGGCCTATTCGTGTGGGTCTGTTTCTG CABCFGDEEFFEFHGHGGFFGDIGIJFIFHHGHEIFGHBCGHDIFBE9GIAICGGICFIBFGGHGDGGGHE?GIGDFGGHEGIEJG>;FGEFCFHGGGHEJEAJE -HS25_09827:2:1201:1564:39627#49 4 * 0 0 * * 0 0 ACGCGGCAATCCAATGTGTGAGTTGAGAAGCGGTGAGGAGGGAATCCTAATTTTATGAGCAGGTCAGGACCGTGGGAGATACCTGACACCTGAGATGGTA BACCFGBFGFHGGJGHGGFEGHIGIJHFEH:HHEHGHHBGGH9IAGHGFHIFJFFAFGIFDIGHKEIGF,CGD66?7EFI5EEG>EGGGGD5=HH6E -HS25_09827:2:1201:1565:91731#49 4 * 0 0 * * 0 0 GACATGCCATAACATTCATGTTTTATGTGTACAAGTCAATGAATTTTAGTATATTTACAGAGTTGTATGACTGTCTCCACAATCTAATTTTAGGTTTCCA CABFFGFFJFHEGEGJGGDG?FIGHHHBGHHHGIIGHGHGGHDGHFHIDFCIKEGIFHGGII9HFFGGGEEIGGEEHGGEEGDEHFH>FGGGGHAFAHGE -HS25_09827:2:1201:1624:69925#49 4 * 0 0 * * 0 0 GCCAGCCTCCTTCTCAATGGTCTTTTTAAACATTATATGAAAACCAGACATTTACATTTGATTTCTTTTTCAATACTATACAGTTCTAAGAGAAAAAACA CABEFGFGIFGGGJGHGGFH?FDHGHDHGHEHHJCGHHFHDHDHFGHIGHIFFHGHFGGGI9GHF@IGGH;FICGEFEIHGGIEEFC:DEGGGBDJHHFF diff --git a/src/htslib-1.21/test/fastq/test-fastq.sh b/src/htslib-1.21/test/fastq/test-fastq.sh deleted file mode 100755 index d1f7719..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/fastq/test-fastq.sh +++ /dev/null @@ -1,32 +0,0 @@ -#!/bin/sh -# -# Copyright (C) 2020 Genome Research Ltd. -# -# Author: James Bonfield -# -# Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy -# of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal -# in the Software without restriction, including without limitation the rights -# to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell -# copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is -# furnished to do so, subject to the following conditions: -# -# The above copyright notice and this permission notice shall be included in -# all copies or substantial portions of the Software. -# -# THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR -# IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY, -# FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL -# THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER -# LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING -# FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER -# DEALINGS IN THE SOFTWARE. - -. ../simple_test_driver.sh - -echo "Testing fastq support" - -# Eg set TEST_PRECMD=valgrind -tview="${TEST_PRECMD} ../test_view" -test_driver fastq.tst -exit $? diff --git a/src/htslib-1.21/test/fastqs_README.txt b/src/htslib-1.21/test/fastqs_README.txt deleted file mode 100644 index f0c6c26..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/fastqs_README.txt +++ /dev/null @@ -1,109 +0,0 @@ -This README file describes the FASTQ example files provided as supplementary -information to the open-access publication: - -P.J.A. Cock, C.J. Fields, N. Goto, M.L. Heuer and P.M. Rice (2009). The Sanger -FASTQ file format for sequences with quality scores, and the Solexa/Illumina -FASTQ variants. - -These files are provided freely and we encourage anyone writing a FASTQ parser -to use them as part of your test suite. Permission is granted to freely -distribute and modify the files. We request (but do not insist) that this -README file is included, or at least a reference to the above paper. Please -cite the above paper if appropriate. We also request (but do not insist) that -the example files are not modified, in order that they may serve as a common -reference. - -Invalid FASTQ files -=================== - -The archive contains the following sample FASTQ files with names of the form -error_NAME.fastq, which all contain errors and should be rejected (if parsed -as any of the three FASTQ variants): - -error_diff_ids.fastq -error_double_qual.fastq -error_double_seq.fastq -error_long_qual.fastq -error_no_qual.fastq -error_qual_del.fastq -error_qual_escape.fastq -error_qual_null.fastq -error_qual_space.fastq -error_qual_tab.fastq -error_qual_unit_sep.fastq -error_qual_vtab.fastq -error_short_qual.fastq -error_spaces.fastq -error_tabs.fastq -error_trunc_at_seq.fastq -error_trunc_at_plus.fastq -error_trunc_at_qual.fastq -error_trunc_in_title.fastq -error_trunc_in_seq.fastq -error_trunc_in_plus.fastq -error_trunc_in_qual.fastq - -Of these, those with names error_qual_XXX.fastq would be valid except for the -inclusion of spaces or non-printing ASCII characters outside the range allowed -in the quality string. The files named error_trunc_XXX.fastq would be valid -but for being truncated (e.g. simulating a partial copy over the network). - -The special cases of FASTQ files which would be valid as one variant, but not -another, are covered below. - -Valid FASTQ -=========== - -The archive contains the following valid sample FASTQ input files for testing: - -longreads_original_sanger.fastq -wrapping_original_sanger.fastq -illumina_full_range_original_illumina.fastq -sanger_full_range_original_sanger.fastq -solexa_full_range_original_solexa.fastq -misc_dna_original_sanger.fastq -misc_rna_original_sanger.fastq - -These all have the form NAME_original_FORMAT.fastq, where NAME is a prefix for -that example, and FORMAT is one of sanger, solexa or illumina indicating which -FASTQ variant that example is using. There are three matching files called -NAME_as_FORMAT.fastq showing how the original file should be converted into -each of the three FASTQ variants. These converted files are standardised not -to use line wrapping (so each record has exactly four lines), and omit the -optional repetition of the read titles on the plus line. - -The file longreads_original_sanger.fastq is based on real Roche 454 reads from -the Sanger Institute for the the potato cyst nematodes Globodera pallida. Ten -of the reads have been presented as FASTQ records, wrapping the sequence and -the quality lines at 80 characters. This means some of the quality lines start -with "@" or "+" characters, which may cause problems with naive parsers. Also -note that the sequence is mixed case (with upper case denoting the trimmed -region), and furthermore the free format title lines are over 100 characters -and encode assorted read information (and are repeated on the "+" lines). - -The wrapping_original_sanger.fastq is based on three real reads from the NCBI -Short Read Archive, but has been carefully edited to use line wrapping for the -quality lines (but not the sequence lines) such that the due to the occurrence -of "@" and "+" on alternating lines, the file may be misinterpreted by a -simplistic parser. While this is therefore a very artificial example, it -remains a valid FASTQ file, and is useful for testing purposes. - -The sanger_full_range_original_sanger.fastq file uses PHRED scores from 0 to -93 inclusive, covering ASCII characters from 33 (!) to 126 (~). This means it -cannot be treated as a Solexa or Illumina 1.3+ FASTQ file, and attempting to -parse it as such should raise an error. - -The solexa_full_range_original_solexa.fastq file uses Solexa scores from -5 to -62 inclusive, covering ASCII characters from 59 (;) to 126 (~). This means it -cannot be treated as a Illumina 1.3+ FASTQ file, and attempting to parse it as -such should raise an error. On the basis of the quality characters, the file -would also qualify as a valid Sanger FASTQ file. - -The illumina_full_range_original_illumina.fastq file uses PHRED scores from 0 -to 62 inclusive, covering ASCII characters from 64 (@) to 126 (~). On the -basis of the quality characters, the file would also qualify as a valid Sanger -or Solexa FASTQ file. - -The misc_dna_original_sanger.fastq and misc_rna_original_sanger.fastq files -are artificial reads using the full range of IUPAC DNA or RNA letters, -including ambiguous character codes, and both cases. diff --git a/src/htslib-1.21/test/fieldarith.c b/src/htslib-1.21/test/fieldarith.c deleted file mode 100644 index 5a46b3e..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/fieldarith.c +++ /dev/null @@ -1,74 +0,0 @@ -/* test/fieldarith.c -- CIGAR field arithmetic test suite. - - Copyright (C) 2013-2014 Genome Research Ltd. - - Author: John Marshall - -Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy -of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal -in the Software without restriction, including without limitation the rights -to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell -copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is -furnished to do so, subject to the following conditions: - -The above copyright notice and this permission notice shall be included in -all copies or substantial portions of the Software. - -THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR -IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY, -FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL -THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER -LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING -FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER -DEALINGS IN THE SOFTWARE. */ - -#include - -#include - -#include "../htslib/sam.h" - -int ntests = 0; -int nfailures = 0; - -void check(const bam1_t *aln, const char *testname, const char *tag, int value) -{ - int32_t refvalue; - uint8_t *aux = bam_aux_get(aln, tag); - if (!aux) return; - ntests++; - refvalue = bam_aux2i(aux); - if (value != refvalue) { - fprintf(stderr, "%s FAIL for %s: computed %d != %d expected\n", - testname, bam_get_qname(aln), value, refvalue); - nfailures++; - } -} - -int main(int argc, char **argv) -{ - sam_hdr_t *header; - bam1_t *aln = bam_init1(); - int i; - - for (i = 1; i < argc; i++) { - samFile *in = sam_open(argv[i], "r"); - if (in == NULL) { perror(argv[1]); return 1; } - - header = sam_hdr_read(in); - while (sam_read1(in, header, aln) >= 0) { - check(aln, "cigar2qlen", "XQ", - bam_cigar2qlen(aln->core.n_cigar, bam_get_cigar(aln))); - check(aln, "cigar2rlen", "XR", - bam_cigar2rlen(aln->core.n_cigar, bam_get_cigar(aln))); - check(aln, "endpos", "XE", bam_endpos(aln)); - } - - sam_hdr_destroy(header); - sam_close(in); - } - - bam_destroy1(aln); - - return (nfailures > 0); -} diff --git a/src/htslib-1.21/test/fieldarith.sam b/src/htslib-1.21/test/fieldarith.sam deleted file mode 100644 index 60eeca8..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/fieldarith.sam +++ /dev/null @@ -1,15 +0,0 @@ -@SQ SN:one LN:1000 -@SQ SN:two LN:500 -@CO For each SAM record that has each listed aux field, performs these tests: -@CO XQ is the expected result for bam_cigar2qlen() -@CO XR is the expected result for bam_cigar2rlen() -@CO XE is the expected result for bam_endpos() -@CO (Note that these are all zero-based, while POS is one-based in SAM) -r1 0 one 50 20 8M * 0 0 ATGCATGC qqqqqqqq XQ:i:8 XR:i:8 XE:i:57 -r2 0 one 100 20 50M * 0 0 ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCAT qqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqq XQ:i:50 XR:i:50 XE:i:149 -unmapped 5 two 200 0 * = 200 0 ATGCATGC qqqqqqqq XQ:i:0 XR:i:0 XE:i:200 -hascigar 5 two 200 0 6M2S = 200 0 ATGCATGC qqqqqqqq XQ:i:8 XR:i:6 XE:i:200 -s1 0 one 300 20 2M * 0 0 AT qq XQ:i:2 XR:i:2 XE:i:301 -su1 4 * 0 0 * * 0 0 AT qq XQ:i:0 XR:i:0 XE:i:0 -su2 5 two 400 0 * = 400 0 AT qq XQ:i:0 XR:i:0 XE:i:400 -su3 4 one 500 0 2M * 0 0 AT qq XQ:i:2 XR:i:2 XE:i:500 diff --git a/src/htslib-1.21/test/formatcols.vcf b/src/htslib-1.21/test/formatcols.vcf deleted file mode 100644 index 6bbdb3a..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/formatcols.vcf +++ /dev/null @@ -1,6 +0,0 @@ -##fileformat=VCFv4.3 -##FILTER= -##contig= -##FORMAT= -#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT S1 S² S3 -1 100 a A T . . . S a bbbbbbb ccccccccc diff --git a/src/htslib-1.21/test/formatmissing-out.vcf b/src/htslib-1.21/test/formatmissing-out.vcf deleted file mode 100644 index dd8d5bb..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/formatmissing-out.vcf +++ /dev/null @@ -1,6 +0,0 @@ -##fileformat=VCFv4.3 -##FILTER= -##contig= -##FORMAT= -#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT S1 S2 S3 -1 100 a A T . . . . . . . diff --git a/src/htslib-1.21/test/formatmissing.vcf b/src/htslib-1.21/test/formatmissing.vcf deleted file mode 100644 index dd8d5bb..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/formatmissing.vcf +++ /dev/null @@ -1,6 +0,0 @@ -##fileformat=VCFv4.3 -##FILTER= -##contig= -##FORMAT= -#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT S1 S2 S3 -1 100 a A T . . . . . . . diff --git a/src/htslib-1.21/test/fuzz/hts_open_fuzzer.c b/src/htslib-1.21/test/fuzz/hts_open_fuzzer.c deleted file mode 100644 index 2818eb1..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/fuzz/hts_open_fuzzer.c +++ /dev/null @@ -1,213 +0,0 @@ -/* test/fuzz/hts_open_fuzzer.c -- Fuzz driver for hts_open. - - Copyright (C) 2018 Google LLC. - Copyright (C) 2019-2020, 2023 Genome Research Ltd. - - Author: Markus Kusano - -Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy -of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal -in the Software without restriction, including without limitation the rights -to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell -copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is -furnished to do so, subject to the following conditions: - -The above copyright notice and this permission notice shall be included in -all copies or substantial portions of the Software. - -THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR -IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY, -FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL -THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER -LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING -FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER -DEALINGS IN THE SOFTWARE. */ - -#include - -#include -#include -#include -#include -#include -#include - -#include "../../htslib/hfile.h" -#include "../../htslib/hts.h" -#include "../../htslib/sam.h" -#include "../../htslib/vcf.h" - -static void hts_close_or_abort(htsFile* file) { - if (hts_close(file) != 0) { - abort(); - } -} - -static void view_sam(const uint8_t *data, size_t size, char *mode, - int close_abort) { - uint8_t *copy = malloc(size); - if (copy == NULL) { - abort(); - } - memcpy(copy, data, size); - - hFILE *memfile = hopen("mem:", "rb:", copy, size); - if (memfile == NULL) { - free(copy); - return; - } - - htsFile *in = hts_hopen(memfile, "data", "rb"); - if (in == NULL) { - if (hclose(memfile) != 0) - abort(); - return; - } - - samFile *out = sam_open("/dev/null", mode); - if (!out) - abort(); - -#ifdef FUZZ_FAI - // Not critical if this doesn't work, but can test more if - // we're in the right location. - // - // We can't rely on what the pwd is for the OSS-fuzz so we don't enable - // this by default. - if (hts_set_fai_filename(out, "../c2.fa") < 0) { - static int warned = 0; - if (!warned) { - warned = 1; - fprintf(stderr, "Warning couldn't find the c2.fa file\n"); - } - } -#endif - - sam_hdr_t *hdr = sam_hdr_read(in); - if (hdr == NULL) { - if (close_abort) - hts_close_or_abort(out); - else - hts_close(out); - hts_close(in); - return; - } - - // This will force the header to be parsed. - (void) sam_hdr_count_lines(hdr, "SQ"); - - if (sam_hdr_write(out, hdr) != 0) - goto err; - - bam1_t *b = bam_init1(); - if (b == NULL) - goto err; - - while (sam_read1(in, hdr, b) >= 0) { - if (sam_write1(out, hdr, b) < 0) - break; - } - bam_destroy1(b); - - err: - sam_hdr_destroy(hdr); - if (close_abort) - hts_close_or_abort(out); - else - hts_close(out); - hts_close(in); -} - -static void view_vcf(const uint8_t *data, size_t size, char *mode) { - uint8_t *copy = malloc(size); - if (copy == NULL) { - abort(); - } - memcpy(copy, data, size); - - hFILE *memfile = hopen("mem:", "rb:", copy, size); - if (memfile == NULL) { - free(copy); - return; - } - - htsFile *in = hts_hopen(memfile, "data", "rb"); - if (in == NULL) { - if (hclose(memfile) != 0) - abort(); - return; - } - - vcfFile *out = vcf_open("/dev/null", mode); - if (!out) - abort(); - - bcf_hdr_t *hdr = bcf_hdr_read(in); - if (hdr == NULL) { - hts_close_or_abort(out); - hts_close(in); - return; - } - - if (bcf_hdr_write(out, hdr) != 0) - goto err; - - bcf1_t *rec = bcf_init(); - if (rec == NULL) - goto err; - - while (bcf_read(in, hdr, rec) >= 0) { - if (bcf_write(out, hdr, rec) < 0) - break; - } - bcf_destroy(rec); - - err: - bcf_hdr_destroy(hdr); - hts_close_or_abort(out); - hts_close(in); -} - -int LLVMFuzzerTestOneInput(const uint8_t *data, size_t size) { - // Only data as a mem file purely for purposes of determining format - hFILE *memfile; - uint8_t *copy = malloc(size); - if (copy == NULL) { - abort(); - } - memcpy(copy, data, size); - // hopen does not take ownership of `copy`, but hts_hopen does. - memfile = hopen("mem:", "rb:", copy, size); - if (memfile == NULL) { - free(copy); - return 0; - } - - htsFile *ht_file = hts_hopen(memfile, "data", "rb"); - if (ht_file == NULL) { - if (hclose(memfile) != 0) { - abort(); - } - return 0; - } - int ftype = ht_file->format.category; - hts_close(ht_file); - - // Now repeat a read-write loop multiple times per input, testing - // encoding in all output formats. - // (Although we could just ignore ftype and do all 5 for all inputs) - switch (ftype) { - case sequence_data: - view_sam(data, size, "w", 1); // SAM - view_sam(data, size, "wb", 1); // BAM - view_sam(data, size, "wc", 0); // CRAM - break; - case variant_data: - view_vcf(data, size, "w"); // VCF - view_vcf(data, size, "wb"); // BCF - break; - default: - break; - } - return 0; -} diff --git a/src/htslib-1.21/test/header_syms.pl b/src/htslib-1.21/test/header_syms.pl deleted file mode 100755 index a8d4a88..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/header_syms.pl +++ /dev/null @@ -1,106 +0,0 @@ -#!/usr/bin/env perl -# -# Copyright (C) 2019 Genome Research Ltd. -# -# Author: Rob Davies -# -# Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy -# of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal -# in the Software without restriction, including without limitation the rights -# to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell -# copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is -# furnished to do so, subject to the following conditions: -# -# The above copyright notice and this permission notice shall be included in -# all copies or substantial portions of the Software. -# -# THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR -# IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY, -# FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL -# THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER -# LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING -# FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER -# DEALINGS IN THE SOFTWARE. - -# Script to extract symbol names from HTSlib header files. Used to -# check the shared library for missing exports. - -# Instead of implementing a full C parser, this attempts to do the minimum -# amount it can get away with by scrubbing out most of the header text and -# then looking through the rest for function declarations. - -# Roughly equivalent Exuberant-ctags command is: -# ctags -f - -n -I HTS_RESULT_USED -I HTS_DEPRECATED+ -I HTS_FORMAT+ \ -# -I KS_ATTR_PRINTF+ -# Unfortunately this is not the default ctags on all platforms, hence this -# script. - -use strict; -use warnings; -use Getopt::Long; - -# Use this option to show the processed version of the header text -# instead of the function list. -my $show_processed = 0; - -GetOptions('show-processed' => \$show_processed); - -# List of functions to strip from the output. Currently empty, -# but this functionality is retained for potential future use. -my %ignore = map { $_ => 1 } qw( ); - -foreach my $file (@ARGV) { - extract_symbols($file, $show_processed, \%ignore); -} - -sub extract_symbols { - my ($file, $show_processed, $ignore) = @_; - - local $/ = undef; - - open(my $f, '<', $file) || die "Couldn't open $file : $!\n"; - my $text = <$f>; - $text =~ tr/\r//d; - close($f) || die "Error reading $file : $!\n"; - - # Get rid of comments - $text =~ s#/\*.*?\*/##sg; - $text =~ s#//.*$##mg; - - # Remove extern "C" brackets - $text =~ s/#ifdef\s+__cplusplus.*?#endif//sg; - - # Remove #if 0 sections - $text =~ s/^\s*#\s*if\s+0\s+.*?#\s*endif\s//msg; - - # Remove #defines - $text =~ s/\n\s*?#\s*?define\s+(?:[^\n]+\\\n)*[^\n]+//sg; - - # Remove content inside curly braces - $text =~ s/(\{(?:(?>[^{}]+)|(?1))*\})/{}/sg; - - # Get rid of typedefs - $text =~ s/typedef\s+[^;]+;//sg; - - # Get rid of some macros - $text =~ s/HTS_RESULT_USED//g; - $text =~ s/HTSLIB_EXPORT//g; - - $text =~ s/HTS_DEPRECATED\s*?\(\"[^"]+\"?\)//g; - $text =~ s/HTS_FORMAT\s*?\(.*?\)//g; - $text =~ s/KS_ATTR_PRINTF\s*?\(.*?\)//g; - - # Get rid of static inline functions - $text =~ s/static\s+inline\s+(?:\S+\s+)+?(\S+)\s*(\((?:(?>[^()]+)|(?-1))*\))\s*{}//g; - - if ($show_processed) { - print $text; - return; - } - - # Find functions and print them - while ($text =~ m/^\s+(?:\S+\s+)+?(?:\*+\s*)?(\S+)\s*(\((?:(?>[^()]+)|(?-1))*\))\s*;/msg) { - next if (exists($ignore->{$1})); - print "$1\n"; - } -} diff --git a/src/htslib-1.21/test/hfile.c b/src/htslib-1.21/test/hfile.c deleted file mode 100644 index 741cf7a..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/hfile.c +++ /dev/null @@ -1,312 +0,0 @@ -/* test/hfile.c -- Test cases for low-level input/output streams. - - Copyright (C) 2013-2014, 2016, 2018 Genome Research Ltd. - - Author: John Marshall - -Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy -of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal -in the Software without restriction, including without limitation the rights -to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell -copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is -furnished to do so, subject to the following conditions: - -The above copyright notice and this permission notice shall be included in -all copies or substantial portions of the Software. - -THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR -IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY, -FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL -THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER -LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING -FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER -DEALINGS IN THE SOFTWARE. */ - -#include - -#include -#include -#include -#include - -#include - -#include "../htslib/hfile.h" -#include "../htslib/hts_defs.h" -#include "../htslib/kstring.h" - -void HTS_FORMAT(HTS_PRINTF_FMT, 1, 2) HTS_NORETURN -fail(const char *format, ...) -{ - int err = errno; - va_list args; - va_start(args, format); - vfprintf(stderr, format, args); - va_end(args); - if (err != 0) fprintf(stderr, ": %s", strerror(err)); - fprintf(stderr, "\n"); - exit(EXIT_FAILURE); -} - -void check_offset(hFILE *f, off_t off, const char *message) -{ - off_t ret = htell(f); - if (ret < 0) fail("htell(%s)", message); - if (ret == off) return; - - fprintf(stderr, "%s offset incorrect: expected %ld but got %ld\n", - message, (long)off, (long)ret); - exit(EXIT_FAILURE); -} - -char *slurp(const char *filename) -{ - char *text; - struct stat sbuf; - size_t filesize; - FILE *f = fopen(filename, "rb"); - if (f == NULL) fail("fopen(\"%s\", \"rb\")", filename); - if (fstat(fileno(f), &sbuf) != 0) fail("fstat(\"%s\")", filename); - filesize = sbuf.st_size; - - text = (char *) malloc(filesize + 1); - if (text == NULL) fail("malloc(text)"); - - if (fread(text, 1, filesize, f) != filesize) fail("fread"); - fclose(f); - - text[filesize] = '\0'; - return text; -} - -hFILE *fin = NULL; -hFILE *fout = NULL; - -void reopen(const char *infname, const char *outfname) -{ - if (fin) { if (hclose(fin) != 0) fail("hclose(input)"); } - if (fout) { if (hclose(fout) != 0) fail("hclose(output)"); } - - fin = hopen(infname, "r"); - if (fin == NULL) fail("hopen(\"%s\")", infname); - - fout = hopen(outfname, "w"); - if (fout == NULL) fail("hopen(\"%s\")", outfname); -} - -int main(void) -{ - static const int size[] = { 1, 13, 403, 999, 30000 }; - - char buffer[40000]; - char *original; - int c, i; - ssize_t n; - off_t off; - - reopen("vcf.c", "test/hfile1.tmp"); - while ((c = hgetc(fin)) != EOF) { - if (hputc(c, fout) == EOF) fail("hputc"); - } - if (herrno(fin)) { errno = herrno(fin); fail("hgetc"); } - - reopen("test/hfile1.tmp", "test/hfile2.tmp"); - if (hpeek(fin, buffer, 50) < 0) fail("hpeek"); - while ((n = hread(fin, buffer, 17)) > 0) { - if (hwrite(fout, buffer, n) != n) fail("hwrite"); - } - if (n < 0) fail("hread"); - - reopen("test/hfile2.tmp", "test/hfile3.tmp"); - while ((n = hread(fin, buffer, sizeof buffer)) > 0) { - if (hwrite(fout, buffer, n) != n) fail("hwrite"); - if (hpeek(fin, buffer, 700) < 0) fail("hpeek"); - } - if (n < 0) fail("hread"); - - reopen("test/hfile3.tmp", "test/hfile4.tmp"); - i = 0; - off = 0; - while ((n = hread(fin, buffer, size[i++ % 5])) > 0) { - off += n; - buffer[n] = '\0'; - check_offset(fin, off, "pre-peek"); - if (hputs(buffer, fout) == EOF) fail("hputs"); - if ((n = hpeek(fin, buffer, size[(i+3) % 5])) < 0) fail("hpeek"); - check_offset(fin, off, "post-peek"); - } - if (n < 0) fail("hread"); - - reopen("test/hfile4.tmp", "test/hfile5.tmp"); - while (hgets(buffer, 80, fin) != NULL) { - size_t l = strlen(buffer); - if (l > 79) fail("hgets read %zu bytes, should be < 80", l); - if (hwrite(fout, buffer, l) != l) fail("hwrite"); - } - if (herrno(fin)) fail("hgets"); - - reopen("test/hfile5.tmp", "test/hfile6.tmp"); - n = hread(fin, buffer, 200); - if (n < 0) fail("hread"); - else if (n != 200) fail("hread only got %d", (int)n); - if (hwrite(fout, buffer, 1000) != 1000) fail("hwrite"); - check_offset(fin, 200, "input/first200"); - check_offset(fout, 1000, "output/first200"); - - if (hseek(fin, 800, SEEK_CUR) < 0) fail("hseek/cur"); - check_offset(fin, 1000, "input/seek"); - for (off = 1000; (n = hread(fin, buffer, sizeof buffer)) > 0; off += n) - if (hwrite(fout, buffer, n) != n) fail("hwrite"); - if (n < 0) fail("hread"); - check_offset(fin, off, "input/eof"); - check_offset(fout, off, "output/eof"); - - if (hseek(fin, 200, SEEK_SET) < 0) fail("hseek/set"); - if (hseek(fout, 200, SEEK_SET) < 0) fail("hseek(output)"); - check_offset(fin, 200, "input/backto200"); - check_offset(fout, 200, "output/backto200"); - n = hread(fin, buffer, 800); - if (n < 0) fail("hread"); - else if (n != 800) fail("hread only got %d", (int)n); - if (hwrite(fout, buffer, 800) != 800) fail("hwrite"); - check_offset(fin, 1000, "input/wrote800"); - check_offset(fout, 1000, "output/wrote800"); - - if (hflush(fout) == EOF) fail("hflush"); - - original = slurp("vcf.c"); - for (i = 1; i <= 6; i++) { - char *text; - snprintf(buffer, sizeof(buffer), "test/hfile%d.tmp", i); - text = slurp(buffer); - if (strcmp(original, text) != 0) { - fprintf(stderr, "%s differs from vcf.c\n", buffer); - free(text); - free(original); - return EXIT_FAILURE; - } - free(text); - } - free(original); - - if (hclose(fin) != 0) fail("hclose(input)"); - if (hclose(fout) != 0) fail("hclose(output)"); - - fout = hopen("test/hfile_chars.tmp", "w"); - if (fout == NULL) fail("hopen(\"test/hfile_chars.tmp\")"); - for (i = 0; i < 256; i++) - if (hputc(i, fout) != i) fail("chars: hputc (%d)", i); - if (hclose(fout) != 0) fail("hclose(test/hfile_chars.tmp)"); - - fin = hopen("test/hfile_chars.tmp", "r"); - if (fin == NULL) fail("hopen(\"test/hfile_chars.tmp\") for reading"); - for (i = 0; i < 256; i++) - if ((c = hgetc(fin)) != i) - fail("chars: hgetc (%d = 0x%x) returned %d = 0x%x", i, i, c, c); - if ((c = hgetc(fin)) != EOF) fail("chars: hgetc (EOF) returned %d", c); - if (hclose(fin) != 0) fail("hclose(test/hfile_chars.tmp) for reading"); - - fin = hopen("preload:test/hfile_chars.tmp", "r"); - if (fin == NULL) fail("preloading \"test/hfile_chars.tmp\" for reading"); - for (i = 0; i < 256; i++) - if ((c = hgetc(fin)) != i) - fail("preloading chars: hgetc (%d = 0x%x) returned %d = 0x%x", i, i, c, c); - if ((c = hgetc(fin)) != EOF) fail("preloading chars: hgetc (EOF) returned %d", c); - if (hclose(fin) != 0) fail("preloading hclose(test/hfile_chars.tmp) for reading"); - - char* test_string = strdup("Test string"); - fin = hopen("mem:", "r:", test_string, 12); - if (fin == NULL) fail("hopen(\"mem:\", \"r:\", ...)"); - if (hread(fin, buffer, 12) != 12) - fail("hopen('mem:', 'r') failed read"); - if(strcmp(buffer, test_string) != 0) - fail("hopen('mem:', 'r') missread '%s' != '%s'", buffer, test_string); - char* internal_buf; - size_t interval_buf_len; - if((internal_buf = hfile_mem_get_buffer(fin, &interval_buf_len)) == NULL){ - fail("hopen('mem:', 'r') failed to get internal buffer"); - } - if (hclose(fin) != 0) fail("hclose mem for reading"); - - test_string = strdup("Test string"); - fin = hopen("mem:", "wr:", test_string, 12); - if (fin == NULL) fail("hopen(\"mem:\", \"w:\", ...)"); - if (hseek(fin, -1, SEEK_END) < 0) - fail("hopen('mem:', 'wr') failed seek"); - if (hwrite(fin, " extra", 7) != 7) - fail("hopen('mem:', 'wr') failed write"); - if (hseek(fin, 0, SEEK_SET) < 0) - fail("hopen('mem:', 'wr') failed seek"); - if (hread(fin, buffer, 18) != 18) - fail("hopen('mem:', 'wr') failed read"); - if (strcmp(buffer, "Test string extra") != 0) - fail("hopen('mem:', 'wr') misswrote '%s' != '%s'", buffer, "Test string extra"); - if((internal_buf = hfile_mem_steal_buffer(fin, &interval_buf_len)) == NULL){ - fail("hopen('mem:', 'wr') failed to get internal buffer"); - } - free(internal_buf); - if (hclose(fin) != 0) fail("hclose mem for writing"); - - fin = hopen("data:,hello, world!%0A", "r"); - if (fin == NULL) fail("hopen(\"data:...\")"); - n = hread(fin, buffer, 300); - if (n < 0) fail("hread"); - buffer[n] = '\0'; - if (strcmp(buffer, "hello, world!\x0A") != 0) fail("hread result"); - if (hclose(fin) != 0) fail("hclose(\"data:...\")"); - - fin = hopen("test/emptyfile", "r"); - if (fin == NULL) fail("hopen(\"test/emptyfile\") for reading"); - if (hread(fin, buffer, 100) != 0) fail("test/emptyfile is non-empty"); - if (hclose(fin) != 0) fail("hclose(\"test/emptyfile\") for reading"); - - fin = hopen("data:,", "r"); - if (fin == NULL) fail("hopen(\"data:\") for reading"); - if (hread(fin, buffer, 100) != 0) fail("empty data: URL is non-empty"); - if (hclose(fin) != 0) fail("hclose(\"data:\") for reading"); - - fin = hopen("data:;base64," -// Wikipedia's example quote from Thomas Hobbes' Leviathan -"TWFuIGlzIGRpc3Rpbmd1aXNoZWQsIG5vdCBvbmx5IGJ5IGhpcyByZWFzb24sIGJ1dCBieSB0aGlz" -"IHNpbmd1bGFyIHBhc3Npb24gZnJvbSBvdGhlciBhbmltYWxzLCB3aGljaCBpcyBhIGx1c3Qgb2Yg" -"dGhlIG1pbmQsIHRoYXQgYnkgYSBwZXJzZXZlcmFuY2Ugb2YgZGVsaWdodCBpbiB0aGUgY29udGlu" -"dWVkIGFuZCBpbmRlZmF0aWdhYmxlIGdlbmVyYXRpb24gb2Yga25vd2xlZGdlLCBleGNlZWRzIHRo" -"ZSBzaG9ydCB2ZWhlbWVuY2Ugb2YgYW55IGNhcm5hbCBwbGVhc3VyZS4=", "r"); - if (fin == NULL) fail("hopen(\"data:;base64,...\")"); - n = hread(fin, buffer, 300); - if (n < 0) fail("hread for base64"); - buffer[n] = '\0'; - if (strcmp(buffer, "Man is distinguished, not only by his reason, but by " -"this singular passion from other animals, which is a lust of the mind, that " -"by a perseverance of delight in the continued and indefatigable generation " -"of knowledge, exceeds the short vehemence of any carnal pleasure.") != 0) - fail("hread result for base64"); - if (hclose(fin) != 0) fail("hclose(\"data:;base64,...\")"); - - kstring_t kstr = { 0, 0, NULL }; - - if (strcmp(haddextension(&kstr, "foo/bar.bam", 0, ".bai"), - "foo/bar.bam.bai") != 0) fail("haddextension foo/bar.bam[.bai]"); - if (strcmp(haddextension(&kstr, "foo/bar.bam", 1, ".bai"), - "foo/bar.bai") != 0) fail("haddextension foo/bar[.bai]"); - if (strcmp(haddextension(&kstr, "foo.bar/baz", 1, ".bai"), - "foo.bar/baz.bai") != 0) fail("haddextension foo.bar/baz[.bai]"); - if (strcmp(haddextension(&kstr, "foo#bar.bam", 0, ".bai"), - "foo#bar.bam.bai") != 0) fail("haddextension foo#bar.bam[.bai]"); - if (strcmp(haddextension(&kstr, ".bam", 1, ".bai"), - ".bai") != 0) fail("haddextension [.bai]"); - if (strcmp(haddextension(&kstr, "foo", 1, ".csi"), - "foo.csi") != 0) fail("haddextension foo[.csi]"); - - if (strcmp(haddextension(&kstr, "http://host/bar.cram?a&b&c", 0, ".crai"), - "http://host/bar.cram.crai?a&b&c") != 0) - fail("haddextension http://host/bar.cram[.crai]?a&b&c"); - - if (strcmp(haddextension(&kstr, "http://host/bar.cram#frag", 1, ".crai"), - "http://host/bar.crai#frag") != 0) - fail("haddextension http://host/bar[.crai]#frag"); - - free(ks_release(&kstr)); - - return EXIT_SUCCESS; -} diff --git a/src/htslib-1.21/test/hts_endian.c b/src/htslib-1.21/test/hts_endian.c deleted file mode 100644 index 1b8e970..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/hts_endian.c +++ /dev/null @@ -1,513 +0,0 @@ -/* test/hts_endian.c -- hts_endian.h unit tests - - Copyright (C) 2017 Genome Research Ltd. - - Author: Rob Davies -Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy -of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal -in the Software without restriction, including without limitation the rights -to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell -copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is -furnished to do so, subject to the following conditions: - -The above copyright notice and this permission notice shall be included in -all copies or substantial portions of the Software. - -THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR -IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY, -FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL -THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER -LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING -FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER -DEALINGS IN THE SOFTWARE. */ - -#include - -#include -#include -#include -#include -#include - -#include "../htslib/hts_endian.h" - -typedef struct { - uint8_t u8[2]; - uint8_t u8_unaligned[3]; - int16_t i16; - uint16_t u16; -} Test16; - -typedef struct { - uint8_t u8[4]; - uint8_t u8_unaligned[5]; - int32_t i32; - uint32_t u32; -} Test32; - -typedef struct { - uint8_t u8[8]; - uint8_t u8_unaligned[9]; - int64_t i64; - uint64_t u64; -} Test64; - -typedef struct { - uint8_t u8[4]; - uint8_t u8_unaligned[5]; - float f; -} Test_float; - -typedef struct { - uint8_t u8[8]; - uint8_t u8_unaligned[9]; - double d; -} Test_double; - -#define T16(b0, b1, sgn, unsgn) { { b0, b1 }, { 0x00, b0, b1 }, sgn, unsgn } - -Test16 tests_16_bit[] = { - T16(0x00, 0x00, 0, 0), - T16(0x01, 0x00, 1, 1), - T16(0x00, 0x01, 256, 256), - T16(0xff, 0x7f, 32767, 32767), - T16(0x00, 0x80, -32768, 32768), - T16(0xff, 0xff, -1, 65535), -}; - -#define T32(b0, b1, b2, b3, sgn, unsgn) { \ - { b0, b1, b2, b3 }, \ - { 0x00, b0, b1, b2, b3 }, \ - sgn, unsgn \ -} - -Test32 tests_32_bit[] = { - T32(0x00, 0x00, 0x00, 0x00, 0, 0), - T32(0x01, 0x00, 0x00, 0x00, 1, 1), - T32(0x00, 0x01, 0x00, 0x00, 256, 256), - T32(0x00, 0x00, 0x01, 0x00, 65536, 65536), - T32(0xff, 0xff, 0xff, 0x7f, 2147483647, 2147483647), - // Odd coding of signed result below avoids a compiler warning - // as 2147483648 can't fit in a signed 32-bit number - T32(0x00, 0x00, 0x00, 0x80, -2147483647 - 1, 2147483648U), - T32(0xff, 0xff, 0xff, 0xff, -1, 4294967295U), -}; - -#define T64(b0, b1, b2, b3, b4, b5, b6, b7, sgn, unsgn) { \ - { b0, b1, b2, b3, b4, b5, b6, b7 }, \ - { 0x00, b0, b1, b2, b3, b4, b5, b6, b7 }, \ - sgn, unsgn \ -} - - -Test64 tests_64_bit[] = { - T64(0x00, 0x00, 0x00, 0x00, 0x00, 0x00, 0x00, 0x00, 0, 0), - T64(0x01, 0x00, 0x00, 0x00, 0x00, 0x00, 0x00, 0x00, 1, 1), - T64(0x00, 0x01, 0x00, 0x00, 0x00, 0x00, 0x00, 0x00, 256, 256), - T64(0x00, 0x00, 0x01, 0x00, 0x00, 0x00, 0x00, 0x00, 65536, 65536), - T64(0x00, 0x00, 0x00, 0x00, 0x01, 0x00, 0x00, 0x00, 4294967296LL, 4294967296ULL), - T64(0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0x7f, - 9223372036854775807LL, 9223372036854775807ULL), - // Odd coding of signed result below avoids a compiler warning - // as 9223372036854775808 can't fit in a signed 64-bit number - T64(0x00, 0x00, 0x00, 0x00, 0x00, 0x00, 0x00, 0x80, - -9223372036854775807LL - 1LL, 9223372036854775808ULL), - T64(0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, - -1, 18446744073709551615ULL), -}; - -#define TF(b0, b1, b2, b3, f) { { b0, b1, b2, b3 }, { 0x00, b0, b1, b2, b3}, f } - -Test_float tests_float[] = { - TF(0x00, 0x00, 0x00, 0x00, 0.0f), - TF(0x00, 0x00, 0x80, 0x3f, 1.0f), - TF(0x00, 0x00, 0x80, 0xbf, -1.0f), - TF(0x00, 0x00, 0x20, 0x41, 10.0f), - TF(0xd0, 0x0f, 0x49, 0x40, 3.14159f), - TF(0xa8, 0x0a, 0xff, 0x66, 6.022e23f), - TF(0xcd, 0x84, 0x03, 0x13, 1.66e-27f), -}; - -#define TD(b0, b1, b2, b3, b4, b5, b6, b7, d) { \ - { b0, b1, b2, b3, b4, b5, b6, b7 }, \ - { 0x00, b0, b1, b2, b3, b4, b5, b6, b7 }, \ - d \ -} - -Test_double tests_double[] = { - TD(0x00, 0x00, 0x00, 0x00, 0x00, 0x00, 0x00, 0x00, 0.0), - TD(0x00, 0x00, 0x00, 0x00, 0x00, 0x00, 0xf0, 0x3f, 1.0), - TD(0x00, 0x00, 0x00, 0x00, 0x00, 0x00, 0xf0, 0xbf, -1.0), - TD(0x00, 0x00, 0x00, 0x00, 0x00, 0x00, 0x24, 0x40, 10.0), - TD(0x18, 0x2d, 0x44, 0x54, 0xfb, 0x21, 0x09, 0x40, 3.141592653589793), - TD(0x2b, 0x08, 0x0c, 0xd3, 0x85, 0xe1, 0xdf, 0x44, 6.022140858e23), - TD(0x55, 0xfa, 0x81, 0x74, 0xf7, 0x71, 0x60, 0x3a, 1.66053904e-27), -}; - -#define NELE(x) (sizeof(x)/sizeof(x[0])) - -static char * to_hex(uint8_t *buf, int len) { - static char str[64]; - int i, o; - - for (i = 0, o = 0; i < len; i++, o += 3) { - snprintf(str + o, sizeof(str) - o, "%02x ", buf[i]); - } - return str; -} - -static int t16_bit(int verbose) { - uint8_t buf[9]; - size_t i; - int errors = 0; - - for (i = 0; i < NELE(tests_16_bit); i++) { - uint16_t u16; - int16_t i16; - - if (verbose) { - fprintf(stderr, "%s %6"PRId16" %6"PRId16"\n", - to_hex(tests_16_bit[i].u8, 2), - tests_16_bit[i].i16, tests_16_bit[i].u16); - } - - u16 = le_to_u16(tests_16_bit[i].u8); - if (u16 != tests_16_bit[i].u16) { - fprintf(stderr, "Failed %s => %"PRIu16"; expected %"PRIu16"\n", - to_hex(tests_16_bit[i].u8, 2), u16, tests_16_bit[i].u16); - errors++; - } - - i16 = le_to_i16(tests_16_bit[i].u8); - if (i16 != tests_16_bit[i].i16) { - fprintf(stderr, "Failed %s => %"PRId16"; expected %"PRId16"\n", - to_hex(tests_16_bit[i].u8, 2), i16, tests_16_bit[i].i16); - errors++; - } - - u16 = le_to_u16(tests_16_bit[i].u8_unaligned + 1); - if (u16 != tests_16_bit[i].u16) { - fprintf(stderr, - "Failed unaligned %s => %"PRIu16"; expected %"PRIu16"\n", - to_hex(tests_16_bit[i].u8_unaligned + 1, 2), - u16, tests_16_bit[i].u16); - errors++; - } - - i16 = le_to_i16(tests_16_bit[i].u8_unaligned + 1); - if (i16 != tests_16_bit[i].i16) { - fprintf(stderr, - "Failed unaligned %s => %"PRId16"; expected %"PRId16"\n", - to_hex(tests_16_bit[i].u8_unaligned + 1, 2), - i16, tests_16_bit[i].i16); - errors++; - } - - u16_to_le(tests_16_bit[i].u16, buf); - if (memcmp(buf, tests_16_bit[i].u8, 2) != 0) { - fprintf(stderr, "Failed %"PRIu16" => %s; expected %s\n", - tests_16_bit[i].u16, - to_hex(buf, 2), to_hex(tests_16_bit[i].u8, 2)); - errors++; - } - - i16_to_le(tests_16_bit[i].i16, buf); - if (memcmp(buf, tests_16_bit[i].u8, 2) != 0) { - fprintf(stderr, "Failed %"PRId16" => %s; expected %s\n", - tests_16_bit[i].i16, - to_hex(buf, 2), to_hex(tests_16_bit[i].u8, 2)); - errors++; - } - - u16_to_le(tests_16_bit[i].u16, buf + 1); - if (memcmp(buf + 1, tests_16_bit[i].u8, 2) != 0) { - fprintf(stderr, "Failed unaligned %"PRIu16" => %s; expected %s\n", - tests_16_bit[i].u16, - to_hex(buf + 1, 2), to_hex(tests_16_bit[i].u8, 2)); - errors++; - } - - i16_to_le(tests_16_bit[i].i16, buf + 1); - if (memcmp(buf + 1, tests_16_bit[i].u8, 2) != 0) { - fprintf(stderr, "Failed unaligned %"PRId16" => %s; expected %s\n", - tests_16_bit[i].i16, - to_hex(buf + 1, 2), to_hex(tests_16_bit[i].u8, 2)); - errors++; - } - } - - return errors; -} - -static int t32_bit(int verbose) { - uint8_t buf[9]; - size_t i; - int errors = 0; - - for (i = 0; i < NELE(tests_32_bit); i++) { - uint32_t u32; - int32_t i32; - - if (verbose) { - fprintf(stderr, "%s %11"PRId32" %11"PRIu32"\n", - to_hex(tests_32_bit[i].u8, 4), - tests_32_bit[i].i32, tests_32_bit[i].u32); - } - - u32 = le_to_u32(tests_32_bit[i].u8); - if (u32 != tests_32_bit[i].u32) { - fprintf(stderr, "Failed %s => %"PRIu32"; expected %"PRIu32"\n", - to_hex(tests_32_bit[i].u8, 4), u32, tests_32_bit[i].u32); - errors++; - } - i32 = le_to_i32(tests_32_bit[i].u8); - if (i32 != tests_32_bit[i].i32) { - fprintf(stderr, "Failed %s => %"PRId32"; expected %"PRId32"\n", - to_hex(tests_32_bit[i].u8, 4), i32, tests_32_bit[i].i32); - errors++; - } - - u32 = le_to_u32(tests_32_bit[i].u8_unaligned + 1); - if (u32 != tests_32_bit[i].u32) { - fprintf(stderr, - "Failed unaligned %s => %"PRIu32"; expected %"PRIu32"\n", - to_hex(tests_32_bit[i].u8_unaligned + 1, 4), - u32, tests_32_bit[i].u32); - errors++; - } - i32 = le_to_i32(tests_32_bit[i].u8_unaligned + 1); - if (i32 != tests_32_bit[i].i32) { - fprintf(stderr, - "Failed unaligned %s => %"PRId32"; expected %"PRId32"\n", - to_hex(tests_32_bit[i].u8_unaligned + 1, 4), - i32, tests_32_bit[i].i32); - errors++; - } - - u32_to_le(tests_32_bit[i].u32, buf); - if (memcmp(buf, tests_32_bit[i].u8, 4) != 0) { - fprintf(stderr, "Failed %"PRIu32" => %s; expected %s\n", - tests_32_bit[i].u32, - to_hex(buf, 4), to_hex(tests_32_bit[i].u8, 4)); - errors++; - } - - i32_to_le(tests_32_bit[i].i32, buf); - if (memcmp(buf, tests_32_bit[i].u8, 4) != 0) { - fprintf(stderr, "Failed %"PRId32" => %s; expected %s\n", - tests_32_bit[i].i32, - to_hex(buf, 4), to_hex(tests_32_bit[i].u8, 4)); - errors++; - } - - u32_to_le(tests_32_bit[i].u32, buf + 1); - if (memcmp(buf + 1, tests_32_bit[i].u8, 4) != 0) { - fprintf(stderr, "Failed unaligned %"PRIu32" => %s; expected %s\n", - tests_32_bit[i].u32, - to_hex(buf + 1, 4), to_hex(tests_32_bit[i].u8, 4)); - errors++; - } - - i32_to_le(tests_32_bit[i].i32, buf + 1); - if (memcmp(buf + 1, tests_32_bit[i].u8, 4) != 0) { - fprintf(stderr, "Failed unaligned %"PRId32" => %s; expected %s\n", - tests_32_bit[i].i32, - to_hex(buf + 1, 4), to_hex(tests_32_bit[i].u8, 4)); - errors++; - } - } - - return errors; -} - -static int t64_bit(int verbose) { - uint8_t buf[9]; - size_t i; - int errors = 0; - - for (i = 0; i < NELE(tests_64_bit); i++) { - uint64_t u64; - int64_t i64; - - if (verbose) { - fprintf(stderr, "%s %20"PRId64" %20"PRIu64"\n", - to_hex(tests_64_bit[i].u8, 8), - tests_64_bit[i].i64, tests_64_bit[i].u64); - } - - u64 = le_to_u64(tests_64_bit[i].u8); - if (u64 != tests_64_bit[i].u64) { - fprintf(stderr, "Failed %s => %"PRIu64"; expected %"PRIu64"\n", - to_hex(tests_64_bit[i].u8, 8), u64, tests_64_bit[i].u64); 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- if (memcmp(buf, tests_64_bit[i].u8, 8) != 0) { - fprintf(stderr, "Failed %"PRId64" => %s; expected %s\n", - tests_64_bit[i].i64, - to_hex(buf, 8), to_hex(tests_64_bit[i].u8, 8)); - errors++; - } - - u64_to_le(tests_64_bit[i].u64, buf + 1); - if (memcmp(buf + 1, tests_64_bit[i].u8, 8) != 0) { - fprintf(stderr, "Failed unaligned %"PRIu64" => %s; expected %s\n", - tests_64_bit[i].u64, - to_hex(buf + 1, 8), to_hex(tests_64_bit[i].u8, 8)); - errors++; - } - - i64_to_le(tests_64_bit[i].i64, buf + 1); - if (memcmp(buf + 1, tests_64_bit[i].u8, 8) != 0) { - fprintf(stderr, "Failed unaligned %"PRId64" => %s; expected %s\n", - tests_64_bit[i].i64, - to_hex(buf + 1, 8), to_hex(tests_64_bit[i].u8, 8)); - errors++; - } - } - - return errors; -} - -int t_float(int verbose) { - uint8_t buf[9]; - size_t i; - int errors = 0; - - for (i = 0; i < NELE(tests_float); i++) { - float f; - - if (verbose) { - fprintf(stderr, "%s %g\n", - to_hex(tests_float[i].u8, 4), tests_float[i].f); - } - - f = le_to_float(tests_float[i].u8); - if (f != tests_float[i].f) { - fprintf(stderr, "Failed %s => %g; expected %g\n", - to_hex(tests_float[i].u8, 4), f, tests_float[i].f); - errors++; - } - - f = le_to_float(tests_float[i].u8_unaligned + 1); - if (f != tests_float[i].f) { - fprintf(stderr, "Failed unaligned %s => %g; expected %g\n", - to_hex(tests_float[i].u8_unaligned + 1, 4), - f, tests_float[i].f); - errors++; - } - - float_to_le(tests_float[i].f, buf); - if (memcmp(tests_float[i].u8, buf, 4) != 0) { - fprintf(stderr, "Failed %g => %s; expected %s\n", - tests_float[i].f, - to_hex(buf, 4), to_hex(tests_float[i].u8, 4)); - } - - float_to_le(tests_float[i].f, buf + 1); - if (memcmp(tests_float[i].u8, buf + 1, 4) != 0) { - fprintf(stderr, "Failed unaligned %g => %s; expected %s\n", - tests_float[i].f, - to_hex(buf + 1, 4), to_hex(tests_float[i].u8, 4)); - } - } - return errors; -} - -int t_double(int verbose) { - uint8_t buf[9]; - size_t i; - int errors = 0; - - for (i = 0; i < NELE(tests_double); i++) { - double f; - - if (verbose) { - fprintf(stderr, "%s %.15g\n", - to_hex(tests_double[i].u8, 8), tests_double[i].d); 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C <*> 0 . DP=3;I16=1,2,0,0,117,4569,0,0,180,10800,0,0,66,1490,0,0;QS=1,0;MQSB=1;MQ0F=0 PL 0,9,110 -10 3000006 . A <*> 0 . DP=3;I16=1,2,0,0,112,4190,0,0,180,10800,0,0,68,1574,0,0;QS=1,0;MQSB=1;MQ0F=0 PL 0,9,106 -10 3000007 . A <*> 0 . DP=3;I16=1,2,0,0,111,4113,0,0,180,10800,0,0,69,1611,0,0;QS=1,0;MQSB=1;MQ0F=0 PL 0,9,105 -10 3000008 . A <*> 0 . DP=3;I16=1,2,0,0,115,4417,0,0,180,10800,0,0,70,1650,0,0;QS=1,0;MQSB=1;MQ0F=0 PL 0,9,108 -10 3000009 . A <*> 0 . DP=3;I16=1,2,0,0,115,4411,0,0,180,10800,0,0,71,1691,0,0;QS=1,0;MQSB=1;MQ0F=0 PL 0,9,109 -10 3000010 . A <*> 0 . DP=3;I16=1,2,0,0,117,4569,0,0,180,10800,0,0,72,1734,0,0;QS=1,0;MQSB=1;MQ0F=0 PL 0,9,110 -10 3000011 . A <*> 0 . DP=3;I16=1,2,0,0,116,4494,0,0,180,10800,0,0,73,1779,0,0;QS=1,0;MQSB=1;MQ0F=0 PL 0,9,109 -10 3000012 . T <*> 0 . DP=3;I16=1,2,0,0,112,4190,0,0,180,10800,0,0,74,1826,0,0;QS=1,0;MQSB=1;MQ0F=0 PL 0,9,106 -10 3000013 . G <*> 0 . DP=3;I16=1,2,0,0,114,4334,0,0,180,10800,0,0,75,1875,0,0;QS=1,0;MQSB=1;MQ0F=0 PL 0,9,108 -10 3000014 . A <*> 0 . DP=3;I16=1,2,0,0,117,4577,0,0,180,10800,0,0,75,1875,0,0;QS=1,0;MQSB=1;MQ0F=0 PL 0,9,110 -10 3000015 . A <*> 0 . DP=3;I16=1,2,0,0,112,4182,0,0,180,10800,0,0,75,1875,0,0;QS=1,0;MQSB=1;MQ0F=0 PL 0,9,105 -10 3000016 . A <*> 0 . DP=3;I16=1,2,0,0,116,4490,0,0,180,10800,0,0,75,1875,0,0;QS=1,0;MQSB=1;MQ0F=0 PL 0,9,110 -10 3000017 . A <*> 0 . DP=3;I16=1,2,0,0,113,4259,0,0,180,10800,0,0,75,1875,0,0;QS=1,0;MQSB=1;MQ0F=0 PL 0,9,106 -10 3000018 . G <*> 0 . DP=3;I16=1,2,0,0,110,4042,0,0,180,10800,0,0,75,1875,0,0;QS=1,0;MQSB=1;MQ0F=0 PL 0,9,104 -10 3000019 . G <*> 0 . DP=3;I16=1,2,0,0,116,4488,0,0,180,10800,0,0,75,1875,0,0;QS=1,0;MQSB=1;MQ0F=0 PL 0,9,109 -10 3000020 . T <*> 0 . DP=3;I16=1,2,0,0,115,4409,0,0,180,10800,0,0,75,1875,0,0;QS=1,0;MQSB=1;MQ0F=0 PL 0,9,109 -10 3000021 . T <*> 0 . DP=3;I16=1,2,0,0,110,4046,0,0,180,10800,0,0,75,1875,0,0;QS=1,0;MQSB=1;MQ0F=0 PL 0,9,104 -10 3000022 . A <*> 0 . DP=3;I16=1,2,0,0,105,3713,0,0,180,10800,0,0,75,1875,0,0;QS=1,0;MQSB=1;MQ0F=0 PL 0,9,99 -10 3000023 . G <*> 0 . DP=3;I16=1,2,0,0,114,4334,0,0,180,10800,0,0,75,1875,0,0;QS=1,0;MQSB=1;MQ0F=0 PL 0,9,107 -10 3000024 . C <*> 0 . DP=3;I16=1,2,0,0,113,4267,0,0,180,10800,0,0,75,1875,0,0;QS=1,0;MQSB=1;MQ0F=0 PL 0,9,107 -10 3000025 . T <*> 0 . DP=3;I16=1,2,0,0,112,4182,0,0,180,10800,0,0,75,1875,0,0;QS=1,0;MQSB=1;MQ0F=0 PL 0,9,106 -10 3000026 . T <*> 0 . DP=3;I16=1,2,0,0,119,4725,0,0,180,10800,0,0,75,1875,0,0;QS=1,0;MQSB=1;MQ0F=0 PL 0,9,112 -10 3000027 . G <*> 0 . DP=3;I16=1,2,0,0,96,3464,0,0,180,10800,0,0,75,1875,0,0;QS=1,0;MQSB=1;MQ0F=0 PL 0,9,93 -10 3000028 . G <*> 0 . DP=3;I16=1,2,0,0,113,4277,0,0,180,10800,0,0,75,1875,0,0;QS=1,0;MQSB=1;MQ0F=0 PL 0,9,107 -10 3000029 . T <*> 0 . DP=4;I16=1,2,0,0,116,4490,0,0,180,10800,0,0,75,1875,0,0;QS=1,0;MQSB=1;MQ0F=0 PL 0,9,110 -10 3000030 . G <*> 0 . DP=4;I16=1,3,0,0,152,5778,0,0,240,14400,0,0,76,1876,0,0;QS=1,0;MQSB=1;MQ0F=0 PL 0,12,134 -10 3000031 . T <*> 0 . DP=4;I16=1,3,0,0,140,5100,0,0,240,14400,0,0,77,1879,0,0;QS=1,0;MQSB=1;MQ0F=0 PL 0,12,122 -10 3000032 . A <*> 0 . DP=4;I16=1,3,0,0,137,4965,0,0,240,14400,0,0,78,1884,0,0;QS=1,0;MQSB=1;MQ0F=0 PL 0,12,123 -10 3000033 . G <*> 0 . DP=4;I16=1,3,0,0,153,5853,0,0,240,14400,0,0,79,1891,0,0;QS=1,0;MQSB=1;MQ0F=0 PL 0,12,135 -10 3000034 . T <*> 0 . DP=4;I16=1,3,0,0,140,4998,0,0,240,14400,0,0,80,1900,0,0;QS=1,0;MQSB=1;MQ0F=0 PL 0,12,124 -10 3000035 . G <*> 0 . DP=4;I16=1,3,0,0,152,5794,0,0,240,14400,0,0,81,1911,0,0;QS=1,0;MQSB=1;MQ0F=0 PL 0,12,133 -10 3000036 . G <*> 0 . DP=4;I16=1,3,0,0,150,5628,0,0,240,14400,0,0,82,1924,0,0;QS=1,0;MQSB=1;MQ0F=0 PL 0,12,132 -10 3000037 . C <*> 0 . DP=4;I16=1,3,0,0,157,6165,0,0,240,14400,0,0,83,1939,0,0;QS=1,0;MQSB=1;MQ0F=0 PL 0,12,138 -10 3000038 . A <*> 0 . DP=4;I16=1,2,0,0,110,4034,0,0,180,10800,0,0,75,1875,0,0;QS=1,0;MQSB=1;MQ0F=0 PL 0,9,103 -10 3000039 . C <*> 0 . DP=4;I16=1,3,0,0,149,5553,0,0,240,14400,0,0,85,1975,0,0;QS=1,0;MQSB=1;MQ0F=0 PL 0,12,131 -10 3000040 . A <*> 0 . DP=4;I16=1,3,0,0,137,4767,0,0,240,14400,0,0,86,1996,0,0;QS=1,0;MQSB=1;MQ0F=0 PL 0,12,121 -10 3000041 . T <*> 0 . DP=4;I16=1,3,0,0,148,5514,0,0,240,14400,0,0,87,2019,0,0;QS=1,0;MQSB=1;MQ0F=0 PL 0,12,130 -10 3000042 . A <*> 0 . DP=4;I16=1,3,0,0,135,4599,0,0,240,14400,0,0,88,2044,0,0;QS=1,0;MQSB=1;MQ0F=0 PL 0,12,119 -10 3000043 . T <*> 0 . DP=4;I16=1,3,0,0,155,6011,0,0,240,14400,0,0,89,2071,0,0;QS=1,0;MQSB=1;MQ0F=0 PL 0,12,136 -10 3000044 . C <*> 0 . DP=4;I16=1,3,0,0,150,5646,0,0,240,14400,0,0,90,2100,0,0;QS=1,0;MQSB=1;MQ0F=0 PL 0,12,132 -10 3000045 . T <*> 0 . DP=4;I16=1,3,0,0,133,4559,0,0,240,14400,0,0,91,2131,0,0;QS=1,0;MQSB=1;MQ0F=0 PL 0,12,118 -10 3000046 . G <*> 0 . 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DP=5;I16=2,3,0,0,188,7084,0,0,300,18000,0,0,90,1888,0,0;QS=1,0;MQSB=1;MQ0F=0 PL 0,15,164 -10 3000063 . G <*> 0 . DP=5;I16=2,3,0,0,184,6802,0,0,300,18000,0,0,88,1782,0,0;QS=1,0;MQSB=1;MQ0F=0 PL 0,15,160 -10 3000064 . G <*> 0 . DP=5;I16=2,3,0,0,187,6999,0,0,300,18000,0,0,86,1684,0,0;QS=1,0;MQSB=1;MQ0F=0 PL 0,15,162 -10 3000065 . A <*> 0 . DP=5;I16=2,3,0,0,185,6865,0,0,300,18000,0,0,84,1594,0,0;QS=1,0;MQSB=1;MQ0F=0 PL 0,15,161 -10 3000066 . G A,<*> 0 . DP=5;I16=1,1,1,2,71,2525,112,4186,120,7200,180,10800,39,821,43,691;QS=0.387978,0.612022,0;VDB=0.946712;SGB=-0.511536;RPB=1;MQB=1;MQSB=1;BQB=0.5;MQ0F=0 PL 91,0,56,97,65,152 -10 3000067 . G <*> 0 . DP=5;I16=2,3,0,0,190,7224,0,0,300,18000,0,0,80,1438,0,0;QS=1,0;MQSB=1;MQ0F=0 PL 0,15,164 -10 3000068 . C <*> 0 . DP=5;I16=2,3,0,0,185,6877,0,0,300,18000,0,0,78,1372,0,0;QS=1,0;MQSB=1;MQ0F=0 PL 0,15,161 -10 3000069 . T <*> 0 . DP=5;I16=2,3,0,0,183,6715,0,0,300,18000,0,0,76,1314,0,0;QS=1,0;MQSB=1;MQ0F=0 PL 0,15,158 -10 3000070 . G <*> 0 . 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DP=5;I16=2,3,0,0,184,6784,0,0,300,18000,0,0,58,1152,0,0;QS=1,0;MQSB=1;MQ0F=0 PL 0,15,159 -10 3000079 . G <*> 0 . DP=5;I16=2,3,0,0,181,6697,0,0,300,18000,0,0,56,1174,0,0;QS=1,0;MQSB=1;MQ0F=0 PL 0,15,158 -10 3000080 . G <*> 0 . DP=4;I16=2,2,0,0,147,5435,0,0,240,14400,0,0,55,1203,0,0;QS=1,0;MQSB=1;MQ0F=0 PL 0,12,135 -10 3000081 . A <*> 0 . DP=3;I16=1,2,0,0,114,4334,0,0,180,10800,0,0,55,1237,0,0;QS=1,0;MQSB=1;MQ0F=0 PL 0,9,107 -10 3000082 . T <*> 0 . DP=3;I16=1,2,0,0,107,3841,0,0,180,10800,0,0,55,1275,0,0;QS=1,0;MQSB=1;MQ0F=0 PL 0,9,101 -10 3000083 . C <*> 0 . DP=3;I16=1,2,0,0,111,4109,0,0,180,10800,0,0,54,1266,0,0;QS=1,0;MQSB=1;MQ0F=0 PL 0,9,105 -10 3000084 . A <*> 0 . DP=3;I16=1,2,0,0,94,3054,0,0,180,10800,0,0,53,1259,0,0;QS=1,0;MQSB=1;MQ0F=0 PL 0,9,88 -10 3000085 . C <*> 0 . DP=3;I16=1,2,0,0,112,4210,0,0,180,10800,0,0,52,1254,0,0;QS=1,0;MQSB=1;MQ0F=0 PL 0,9,106 -10 3000086 . T <*> 0 . DP=3;I16=1,2,0,0,111,4145,0,0,180,10800,0,0,51,1251,0,0;QS=1,0;MQSB=1;MQ0F=0 PL 0,9,105 -10 3000087 . T <*> 0 . DP=3;I16=1,2,0,0,112,4214,0,0,180,10800,0,0,50,1250,0,0;QS=1,0;MQSB=1;MQ0F=0 PL 0,9,106 -10 3000088 . G <*> 0 . DP=2;I16=1,1,0,0,70,2450,0,0,120,7200,0,0,50,1250,0,0;QS=1,0;MQSB=1;MQ0F=0 PL 0,6,70 -10 3000089 . A <*> 0 . DP=2;I16=1,1,0,0,75,2813,0,0,120,7200,0,0,50,1250,0,0;QS=1,0;MQSB=1;MQ0F=0 PL 0,6,75 -10 3000090 . G <*> 0 . DP=2;I16=1,1,0,0,69,2385,0,0,120,7200,0,0,50,1250,0,0;QS=1,0;MQSB=1;MQ0F=0 PL 0,6,69 -10 3000091 . C <*> 0 . DP=3;I16=1,2,0,0,109,4001,0,0,180,10800,0,0,50,1250,0,0;QS=1,0;MQSB=1;MQ0F=0 PL 0,9,103 -10 3000092 . C <*> 0 . DP=3;I16=1,2,0,0,110,4058,0,0,180,10800,0,0,51,1251,0,0;QS=1,0;MQSB=1;MQ0F=0 PL 0,9,104 -10 3000093 . C <*> 0 . DP=3;I16=1,2,0,0,107,3817,0,0,180,10800,0,0,52,1254,0,0;QS=1,0;MQSB=1;MQ0F=0 PL 0,9,101 -10 3000094 . A <*> 0 . DP=3;I16=1,2,0,0,92,3026,0,0,180,10800,0,0,53,1259,0,0;QS=1,0;MQSB=1;MQ0F=0 PL 0,9,88 -10 3000095 . A <*> 0 . DP=3;I16=1,2,0,0,102,3518,0,0,180,10800,0,0,54,1266,0,0;QS=1,0;MQSB=1;MQ0F=0 PL 0,9,96 -10 3000096 . G <*> 0 . DP=3;I16=1,2,0,0,114,4332,0,0,180,10800,0,0,55,1275,0,0;QS=1,0;MQSB=1;MQ0F=0 PL 0,9,108 -10 3000097 . A <*> 0 . DP=3;I16=1,2,0,0,110,4038,0,0,180,10800,0,0,56,1286,0,0;QS=1,0;MQSB=1;MQ0F=0 PL 0,9,104 -10 3000098 . G <*> 0 . DP=3;I16=1,2,0,0,111,4109,0,0,180,10800,0,0,57,1299,0,0;QS=1,0;MQSB=1;MQ0F=0 PL 0,9,105 -10 3000099 . G <*> 0 . DP=3;I16=1,2,0,0,113,4261,0,0,180,10800,0,0,58,1314,0,0;QS=1,0;MQSB=1;MQ0F=0 PL 0,9,106 -10 3000100 . T <*> 0 . DP=3;I16=1,2,0,0,112,4230,0,0,180,10800,0,0,59,1331,0,0;QS=1,0;MQSB=1;MQ0F=0 PL 0,9,106 -10 3000101 . C <*> 0 . DP=3;I16=1,2,0,0,111,4109,0,0,180,10800,0,0,60,1350,0,0;QS=1,0;MQSB=1;MQ0F=0 PL 0,9,104 -10 3000102 . A <*> 0 . DP=3;I16=1,2,0,0,116,4488,0,0,180,10800,0,0,61,1371,0,0;QS=1,0;MQSB=1;MQ0F=0 PL 0,9,110 -10 3000103 . A <*> 0 . DP=3;I16=1,2,0,0,114,4332,0,0,180,10800,0,0,62,1394,0,0;QS=1,0;MQSB=1;MQ0F=0 PL 0,9,108 -10 3000104 . G <*> 0 . DP=3;I16=1,2,0,0,117,4565,0,0,180,10800,0,0,62,1370,0,0;QS=1,0;MQSB=1;MQ0F=0 PL 0,9,111 -10 3000105 . G <*> 0 . DP=3;I16=1,2,0,0,118,4650,0,0,180,10800,0,0,62,1350,0,0;QS=1,0;MQSB=1;MQ0F=0 PL 0,9,111 -10 3000106 . C <*> 0 . DP=3;I16=1,2,0,0,114,4370,0,0,180,10800,0,0,62,1334,0,0;QS=1,0;MQSB=1;MQ0F=0 PL 0,9,107 -10 3000107 . T <*> 0 . DP=3;I16=1,2,0,0,111,4109,0,0,180,10800,0,0,62,1322,0,0;QS=1,0;MQSB=1;MQ0F=0 PL 0,9,105 -10 3000108 . G <*> 0 . DP=3;I16=1,2,0,0,119,4721,0,0,180,10800,0,0,62,1314,0,0;QS=1,0;MQSB=1;MQ0F=0 PL 0,9,112 -10 3000109 . C <*> 0 . DP=3;I16=1,2,0,0,110,4054,0,0,180,10800,0,0,62,1310,0,0;QS=1,0;MQSB=1;MQ0F=0 PL 0,9,104 -10 3000110 . A <*> 0 . DP=3;I16=1,2,0,0,107,3821,0,0,180,10800,0,0,62,1310,0,0;QS=1,0;MQSB=1;MQ0F=0 PL 0,9,101 -10 3000111 . G <*> 0 . DP=3;I16=1,2,0,0,121,4893,0,0,180,10800,0,0,62,1314,0,0;QS=1,0;MQSB=1;MQ0F=0 PL 0,9,114 -10 3000112 . T <*> 0 . DP=3;I16=1,2,0,0,110,4034,0,0,180,10800,0,0,62,1322,0,0;QS=1,0;MQSB=1;MQ0F=0 PL 0,9,104 -10 3000113 . G <*> 0 . DP=3;I16=1,2,0,0,112,4186,0,0,180,10800,0,0,62,1334,0,0;QS=1,0;MQSB=1;MQ0F=0 PL 0,9,105 -10 3000114 . A <*> 0 . DP=3;I16=1,2,0,0,115,4409,0,0,180,10800,0,0,62,1350,0,0;QS=1,0;MQSB=1;MQ0F=0 PL 0,9,108 -10 3000115 . G <*> 0 . DP=3;I16=1,2,0,0,113,4261,0,0,180,10800,0,0,62,1370,0,0;QS=1,0;MQSB=1;MQ0F=0 PL 0,9,107 -10 3000116 . C <*> 0 . DP=3;I16=1,2,0,0,115,4417,0,0,180,10800,0,0,62,1394,0,0;QS=1,0;MQSB=1;MQ0F=0 PL 0,9,108 -10 3000117 . C <*> 0 . DP=3;I16=1,2,0,0,115,4409,0,0,180,10800,0,0,61,1371,0,0;QS=1,0;MQSB=1;MQ0F=0 PL 0,9,109 -10 3000118 . A <*> 0 . DP=3;I16=1,2,0,0,118,4642,0,0,180,10800,0,0,60,1350,0,0;QS=1,0;MQSB=1;MQ0F=0 PL 0,9,112 -10 3000119 . T <*> 0 . DP=3;I16=1,2,0,0,108,3890,0,0,180,10800,0,0,59,1331,0,0;QS=1,0;MQSB=1;MQ0F=0 PL 0,9,102 -10 3000120 . G <*> 0 . DP=3;I16=1,2,0,0,113,4259,0,0,180,10800,0,0,58,1314,0,0;QS=1,0;MQSB=1;MQ0F=0 PL 0,9,107 -10 3000121 . A <*> 0 . DP=3;I16=1,2,0,0,106,3750,0,0,180,10800,0,0,57,1299,0,0;QS=1,0;MQSB=1;MQ0F=0 PL 0,9,100 -10 3000122 . T <*> 0 . DP=3;I16=1,2,0,0,111,4109,0,0,180,10800,0,0,56,1286,0,0;QS=1,0;MQSB=1;MQ0F=0 PL 0,9,105 -10 3000123 . T <*> 0 . DP=3;I16=1,2,0,0,115,4411,0,0,180,10800,0,0,55,1275,0,0;QS=1,0;MQSB=1;MQ0F=0 PL 0,9,108 -10 3000124 . G <*> 0 . DP=3;I16=1,2,0,0,108,3890,0,0,180,10800,0,0,54,1266,0,0;QS=1,0;MQSB=1;MQ0F=0 PL 0,9,101 -10 3000125 . C <*> 0 . DP=3;I16=1,2,0,0,113,4275,0,0,180,10800,0,0,53,1259,0,0;QS=1,0;MQSB=1;MQ0F=0 PL 0,9,106 -10 3000126 . A <*> 0 . DP=3;I16=1,2,0,0,109,3977,0,0,180,10800,0,0,52,1254,0,0;QS=1,0;MQSB=1;MQ0F=0 PL 0,9,103 -10 3000127 . T <*> 0 . DP=3;I16=1,2,0,0,111,4121,0,0,180,10800,0,0,51,1251,0,0;QS=1,0;MQSB=1;MQ0F=0 PL 0,9,105 -10 3000128 . C <*> 0 . DP=3;I16=1,2,0,0,101,3489,0,0,180,10800,0,0,50,1250,0,0;QS=1,0;MQSB=1;MQ0F=0 PL 0,9,96 -10 3000129 . C <*> 0 . DP=2;I16=1,1,0,0,78,3042,0,0,120,7200,0,0,50,1250,0,0;QS=1,0;MQSB=1;MQ0F=0 PL 0,6,78 -10 3000130 . 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2018 Genome Research Ltd. -# -# Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy -# of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal -# in the Software without restriction, including without limitation the rights -# to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell -# copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is -# furnished to do so, subject to the following conditions: -# -# The above copyright notice and this permission notice shall be included in -# all copies or substantial portions of the Software. -# -# THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR -# IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY, -# FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL -# THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER -# LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING -# FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER -# DEALINGS IN THE SOFTWARE. - -use strict; -use warnings; -use File::Find; -use Getopt::Long; - -my $verbose = 0; -GetOptions('v' => \$verbose); - -my ($root) = @ARGV; -if (!$root) { - die "Usage: $0 [-v] \n"; -} -my $errors = 0; -find({ wanted => \&check, no_chdir=>1}, $root); -exit($errors ? 1 : 0); - -sub check { - # Only check C, perl and shell files - return unless (/(?:\.[ch]|\.pl|\.sh)$/); - - # Exclude htscodecs submodule - return if (/\/htscodecs\//); - - # Exclusions: - my %exclude = map { ("$root/$_", 1) } ( -'config.h', # Auto-generated -'config_vars.h', # Auto-generated -'version.h', # Auto-generated -'cram/rANS_byte.h', # "Public domain" -'os/lzma_stub.h', # "Public domain" -'os/rand.c'); # drand48 license - return if exists($exclude{$_}); - - my $remove_left = /\.[ch]$/ ? qr/\s*\*?\s*/ : qr/\s*#\s*/; - - return unless (-f $_); # Only check plain files - my $in; - if (!open($in, '<', $_)) { - print STDERR "Couldn't open $_ : $!\n"; - $errors++; - return; - } - my $count = 0; - my $copyright_found = 0; - my $license_found = ""; - my $line; - while ($count < 100 && ($line = <$in>)) { - $count++; - $line =~ s/^$remove_left//; - $line =~ s/\s+/ /g; - if ($line =~ /^Copyright\s+\([cC]\)\s+(?:19|20)\d\d[-, ]/) { - $copyright_found = 1; - } elsif ($line =~ /^Redistribution and use in source and binary forms/) { - $license_found = "BSD"; - } elsif ($line =~ /^Permission is hereby granted, free of charge/) { - $license_found = "MIT"; - } - last if ($copyright_found && $license_found); - } - if (!close($in)) { - print STDERR "Error on closing $_ : $!\n"; - $errors++; - return; - } - my $failed = (!$copyright_found || !$license_found); - if ($verbose || $failed) { - printf("$_ : %s%s\n", - $license_found ? $license_found : "no_license", - $copyright_found ? 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IN NO EVENT SHALL -# THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER -# LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING -# FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER -# DEALINGS IN THE SOFTWARE. - -use strict; -use warnings; -use File::Find; -use Getopt::Long; - -my $verbose = 0; -GetOptions('v' => \$verbose); - -my ($root) = @ARGV; -if (!$root) { - die "Usage: $0 [-v] \n"; -} -my $errors = 0; -find({ wanted => \&check, no_chdir=>1}, $root); -exit($errors ? 1 : 0); - -sub check { - # Only check C, perl and shell files - return unless (/(?:\.[ch]|\.pl|\.sh)$/); - - # Exclude htscodecs submodule - return if (/\/htscodecs\//); - - my %allow_tabs = map { ("$root/$_", 1) } ( -'kfunc.c', -'kstring.c', -'md5.c', -'htslib/khash.h', -'htslib/kseq.h', -'htslib/ksort.h', -'htslib/kstring.h', -'htslib/klist.h', -'htslib/kbitset.h', -'os/rand.c', -); - - my $check_tabs = !exists($allow_tabs{$_}); - - my $in; - if (!open($in, '<', $_)) { - print STDERR "Couldn't open $_ : $!\n"; - $errors++; - return; - } - my $tab = 0; - my $trailing = 0; - while (my $line = <$in>) { - chomp($line); - if ($check_tabs && $line =~ /\t/) { $tab = 1; } - if ($line =~ /\s$/) { $trailing = 1; } - } - if (!close($in)) { - print STDERR "Error on closing $_ : $!\n"; - $errors++; - return; - } - my $failed = ($tab || $trailing); - if ($verbose || $failed) { - my $msg = ($failed ? join(" ", - $tab ? 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permission notice shall be included -@CO in all copies or substantial portions of the Software. -@CO -@CO THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS -@CO OR IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF -@CO MERCHANTABILITY, FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. -@CO IN NO EVENT SHALL THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY -@CO CLAIM, DAMAGES OR OTHER LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, -@CO TORT OR OTHERWISE, ARISING FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE -@CO SOFTWARE OR THE USE OR OTHER DEALINGS IN THE SOFTWARE. -@CO -@CO Various I combinations -@CO Starting with I isn't handled due to the pileup ordering. -@CO The record only appears in the pileup list when the first base -@CO is placed against the reference, which is too late. -@CO -@CO 1 -@CO 1234567890123 Depadded base numbering -@CO ref TAGCTTAGCAGGT -@CO s1 AGCTTAGCAGG 11M -@CO s2 AGCT>>>CAGG 4M 3N 4M -@CO s3 >>CTTAGCA>> 2N 7M 2N -@CO qual 01234567890 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Copyright (c) 2018 Genome Research Ltd. -@CO -@CO Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining -@CO a copy of this software and associated documentation files (the -@CO "Software"), to deal in the Software without restriction, including -@CO without limitation the rights to use, copy, modify, merge, publish, -@CO distribute, sublicense, and/or sell copies of the Software, and to -@CO permit persons to whom the Software is furnished to do so, subject -@CO to the following conditions: -@CO -@CO The above copyright notice and this permission notice shall be included -@CO in all copies or substantial portions of the Software. -@CO -@CO THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS -@CO OR IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF -@CO MERCHANTABILITY, FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. -@CO IN NO EVENT SHALL THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY -@CO CLAIM, DAMAGES OR OTHER LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, -@CO TORT OR OTHERWISE, ARISING FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE -@CO SOFTWARE OR THE USE OR OTHER DEALINGS IN THE SOFTWARE. -@CO -@CO Various I combinations -@CO Starting with I isn't handled due to the pileup ordering. -@CO The record only appears in the pileup list when the first base -@CO is placed against the reference, which is too late. -@CO -@CO 1 -@CO 1234 56789 0123 Depadded base numbering -@CO ref TAGC TTAGC AGGT -@CO sD1 TAGCAA*****TTAGGT 4M 2I 5D 2I 4M -@CO sD2 TAGCA*******TAGGT 4M 1I 1P 5D 1P 1I 4M -@CO sD3 TAGC*A*****T*AGGT 4M 1P 1II 5D 1I 1P 4M -@CO sN1 TAGCAA>>>>>TTAGGT 4M 2I 5N 2I 4M -@CO sN2 TAGCA*>>>>>*TAGGT 4M 1I 1P 5N 1P 1I 4M -@CO sN3 TAGC*A>>>>>T*AGGT 4M 1P 1I 5N 1I 1P 4M -@CO qual ABCDEF GHIJKL -@CO -sD1 0 z 1 0 4M2I5D2I4M * 0 0 TAGCAATTAGGT ABCDEFGHIJKL -sD2 0 z 1 0 4M1I1P5D1P1I4M * 0 0 TAGCATAGGT ABCDEHIJKL -sD3 0 z 1 0 4M1P1I5D1I1P4M * 0 0 TAGCATAGGT ABCDFGIJKL -sN1 0 z 1 0 4M2I5N2I4M * 0 0 TAGCAATTAGGT ABCDEFGHIJKL -sN2 0 z 1 0 4M1I1P5N1P1I4M * 0 0 TAGCATAGGT ABCDEHIJKL -sN3 0 z 1 0 4M1P1I5N1I1P4M * 0 0 TAGCATAGGT ABCDFGIJKL diff --git a/src/htslib-1.21/test/mpileup/mp_P.out b/src/htslib-1.21/test/mpileup/mp_P.out deleted file mode 100644 index 003bed0..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/mpileup/mp_P.out +++ /dev/null @@ -1,10 +0,0 @@ -z 2 5 ^!A^!A^!A^!A^!A 00000 -z 3 5 GGGGG 11111 -z 4 5 CCCCC 22222 -z 5 5 TTTTT 33333 -z 6 5 TT+4(GGCC)T+4(GG**)T+4(*GC*)T+4(**CC) 44444 -z 7 5 AAAAA 55555 -z 8 5 GGGGG 66666 -z 9 5 CCCCC 77777 -z 10 5 AAAAA 88888 -z 11 5 G$G$G$G$G$ 99999 diff --git a/src/htslib-1.21/test/mpileup/mp_P.sam b/src/htslib-1.21/test/mpileup/mp_P.sam deleted file mode 100644 index 9a8c9d6..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/mpileup/mp_P.sam +++ /dev/null @@ -1,41 +0,0 @@ -@HD VN:1.6 SO:coordinate -@SQ SN:z LN:13 -@CO -@CO Copyright (c) 2018 Genome Research Ltd. -@CO -@CO Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining -@CO a copy of this software and associated documentation files (the -@CO "Software"), to deal in the Software without restriction, including -@CO without limitation the rights to use, copy, modify, merge, publish, -@CO distribute, sublicense, and/or sell copies of the Software, and to -@CO permit persons to whom the Software is furnished to do so, subject -@CO to the following conditions: -@CO -@CO The above copyright notice and this permission notice shall be included -@CO in all copies or substantial portions of the Software. -@CO -@CO THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS -@CO OR IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF -@CO MERCHANTABILITY, FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. -@CO IN NO EVENT SHALL THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY -@CO CLAIM, DAMAGES OR OTHER LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, -@CO TORT OR OTHERWISE, ARISING FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE -@CO SOFTWARE OR THE USE OR OTHER DEALINGS IN THE SOFTWARE. -@CO -@CO Various I combinations with (P)ads -@CO -@CO 1 -@CO 12345 67890 Depadded base numbering -@CO ref AGCTT AGCAG -@CO -@CO s1 AGCTT AGCAG 10M -@CO s2 AGCTTGGCCAGCAG 5M 4I 5M -@CO s3 AGCTTGG**AGCAG 5M 2I 2P 5M -@CO s4 AGCTT*GC*AGCAG 5M 1P 2I 1P 5M -@CO s5 AGCTT**CCAGCAG 5M 2P 2I 5M -@CO qual 01234ABCD56789 -s1 0 z 2 0 10M * 0 0 AGCTTAGCAG 0123456789 -s2 0 z 2 0 5M4I5M * 0 0 AGCTTGGCCAGCAG 01234ABCD56789 -s3 0 z 2 0 5M2I2P5M * 0 0 AGCTTGGAGCAG 01234AB56789 -s4 0 z 2 0 5M1P2I1P5M * 0 0 AGCTTGCAGCAG 01234BC56789 -s5 0 z 2 0 5M2P2I5M * 0 0 AGCTTCCAGCAG 01234CD56789 diff --git a/src/htslib-1.21/test/mpileup/mp_overlap1.out b/src/htslib-1.21/test/mpileup/mp_overlap1.out deleted file mode 100644 index 56d70b0..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/mpileup/mp_overlap1.out +++ /dev/null @@ -1,12 +0,0 @@ -1 100003 2 ^St^+T {! -1 100004 2 aA-5() {! -1 100005 2 a* N! -1 100006 2 g* N! -1 100007 2 c* N! -1 100008 2 a* N! -1 100009 2 c* N! -1 100010 2 aA {! -1 100011 2 cC {! -1 100012 2 aA {! -1 100013 2 gG {! -1 100014 2 a$A$ {! diff --git a/src/htslib-1.21/test/mpileup/mp_overlap1.sam b/src/htslib-1.21/test/mpileup/mp_overlap1.sam deleted file mode 100644 index 0e3d14b..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/mpileup/mp_overlap1.sam +++ /dev/null @@ -1,4 +0,0 @@ -@HD VN:1.5 SO:coordinate -@SQ SN:1 LN:249250621 -r1 147 1 100003 50 12M * 0 0 TAAGCACACAGA ZZZZZZZZZZZZ -r1 99 1 100003 10 2M5D5M * 0 0 TAACAGA BBBBBBB diff --git a/src/htslib-1.21/test/mpileup/mp_overlap2.out b/src/htslib-1.21/test/mpileup/mp_overlap2.out deleted file mode 100644 index 7e5af6d..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/mpileup/mp_overlap2.out +++ /dev/null @@ -1,12 +0,0 @@ -1 100003 2 ^+T^St {! -1 100004 2 A-5()a {! -1 100005 2 *a {! -1 100006 2 *g {! -1 100007 2 *c {! -1 100008 2 *a {! -1 100009 2 *c {! -1 100010 2 Aa {! -1 100011 2 Cc {! -1 100012 2 Aa {! -1 100013 2 Gg {! -1 100014 2 A$a$ {! diff --git a/src/htslib-1.21/test/mpileup/mp_overlap2.sam b/src/htslib-1.21/test/mpileup/mp_overlap2.sam deleted file mode 100644 index ba9b517..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/mpileup/mp_overlap2.sam +++ /dev/null @@ -1,4 +0,0 @@ -@HD VN:1.5 SO:coordinate -@SQ SN:1 LN:249250621 -r1 99 1 100003 10 2M5D5M * 0 0 TAACAGA BBBBBBB -r1 147 1 100003 50 12M * 0 0 TAAGCACACAGA ZZZZZZZZZZZZ diff --git a/src/htslib-1.21/test/mpileup/mpileup.tst b/src/htslib-1.21/test/mpileup/mpileup.tst deleted file mode 100644 index 534383e..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/mpileup/mpileup.tst +++ /dev/null @@ -1,78 +0,0 @@ -# Copyright (C) 2017-2018 Genome Research Ltd. -# -# Author: Robert Davies -# -# Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy -# of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal -# in the Software without restriction, including without limitation the rights -# to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell -# copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is -# furnished to do so, subject to the following conditions: -# -# The above copyright notice and this permission notice shall be included in -# all copies or substantial portions of the Software. -# -# THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR -# IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY, -# FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL -# THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER -# LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING -# FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER -# DEALINGS IN THE SOFTWARE. - -# First field: -# INIT = initialisation, not counted in testing -# P = expected to pass (zero return; expected output matches, if present) -# N = expected to return non-zero -# F = expected to fail -# -# Second field (P/N/F only): -# Filename of expected output. If '.', output is not checked -# -# Rest: -# Command to execute. $pileup is replaced with the path to the pileup test -# program - -# Deletions -P mp_D.out $pileup mp_D.sam -P mp_D.out $pileup -m mp_D.sam - -# Deletions followed by insertions -P mp_DI.out $pileup mp_DI.sam -P mp_DI.out $pileup -m mp_DI.sam - -# NB: pileup currently cannot return leading insertions. -# Test output reflects this. -# Insertions -P mp_I.out $pileup mp_I.sam -P mp_I.out $pileup -m mp_I.sam -P mp_P.out $pileup mp_P.sam -P mp_P.out $pileup -m mp_P.sam - -# Insertions followed by deletions -P mp_ID.out $pileup mp_ID.sam -P mp_ID.out $pileup -m mp_ID.sam - -# Ref skips -P mp_N.out $pileup mp_N.sam -P mp_N.out $pileup -m mp_N.sam - -# Ref skips and deletions -P mp_N2.out $pileup mp_N2.sam -P mp_N2.out $pileup -m mp_N2.sam - -# Various combinations of insertions, deletions and pads -P c1#pad1.out $pileup c1#pad1.sam -P c1#pad1.out $pileup -m c1#pad1.sam -P c1#pad2.out $pileup c1#pad2.sam -P c1#pad2.out $pileup -m c1#pad2.sam -P c1#pad3.out $pileup c1#pad3.sam -P c1#pad3.out $pileup -m c1#pad3.sam - -# Issue #852. Problem caused by alignments with entirely S/I ops in CIGAR. -P small.out $pileup -m small.bam - -# Overlap removal and the effect on quality values -P mp_overlap1.out $pileup -m mp_overlap1.sam -P mp_overlap2.out $pileup -m mp_overlap2.sam - diff --git a/src/htslib-1.21/test/mpileup/small.bam b/src/htslib-1.21/test/mpileup/small.bam deleted file mode 100644 index 94e479740716dc5d3f98cb551b8d781bdf895e44..0000000000000000000000000000000000000000 GIT binary patch literal 0 HcmV?d00001 literal 1294 zcmV+p1@ZbHiwFb&00000{{{d;LjnMD0CRHmWprg=U~uqo;SBS$GSoBRboaN)%g;;Y z4EDE5&d)DO$;?YEN#$|~4&)5>vohlJ@v|~FHRo~&a_97Pu_{XE4ED7uPRuRHN#$Y$ z8pH&|Mhstp6aXWmA8A_v001A02m}BC000301^_}s0swvljg`x9<5U#J-GR~}^Jwj6 zS||2>oO}Jab}~{DyLniHX6#tR)hIIzEmGADi&?OM6&tp7WQno{{s?xkL*g%C#~z6t z64ETnaobGOc93v#b>pL(D8KJJ-|^qt)y1Fe8*AEY?fK>XQ(WKSDh>wG=l#8594F(X zANAv8h*vTi_TpGZJ?-cBHLXh1%rJFTIeux za2aqOD9Mx+a7$4Zg5&T|guV=16)I2gt(NU_U*Jn}u68UHw3+mvwar@es5f0Z>QA+7 zdi-K`IGY_F&a`=cJlfOJ`P6+epK1rV&tFZSygEFFem_q0JlBp6)6YJg9e@3W_U00j z;({CC8LlsHgZH9j(3?bqB-+E;lKkDMqAZ1}gHp|^D01f+w-|HV)aACL+P1^NH_ZUq zJmwI^ybaM_U*Bv$B;0rrQl@P~*cT$f<$ zy!9Q42jjzdxa3`1@?J6ixngH+@tqaM+V&rBGv2m1#)Bs-po??R@?D_m;$*|P*WjMC zZDLqk{E^-;x5)PP_5&)|=7&NO(FQ@=8@v30p|2AnSzFk<>n>{%SFjy#2X+W~bZ?VV zAWP7r>9j!Dew6M-X?)AxE8O2N(f(RPOWoSiU(Run@@(=Z|3|yt(W7M0?+ubk-0LMs zJdT!@o>rNDT7oKyvdr|dEKuuOi@MHilsN=dj!GJLu)dwU@82 z!Tov@4!s;E{k`#coW${DaPDRQ(n}p25K5Us;K(wSX<$(6f?;66xF|ThWdU_JrDb_U z`iv8&W&7L}7G?Bdi!}(9z?znjK6rY|@kGN07r#O{HBbWIu_+UFo3Q5Y#*N5M>&U*G zBJI3}?hmGeXcoOiU$4<$ezO03lqcC(oX(B>3*CBL2Sd-pT;`32R^7vK#$I zMMlF((jSh-lUfl650!YhiK{HZFtWP2@$W;aFUnHCEG(7<*aAv%Y)M}PQb|uKH*_IT z3WFL-ffF2*$8dMuK!y+sUj=^GMRCugEP!IXeTQ-G0$&|qsK($R?#-jOV diff --git a/src/htslib-1.21/test/mpileup/small.out b/src/htslib-1.21/test/mpileup/small.out deleted file mode 100644 index 13f943a..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/mpileup/small.out +++ /dev/null @@ -1,322 +0,0 @@ -2 1 1 ^]T A -2 2 1 G E -2 3 1 G D -2 4 1 A @ -2 5 1 G ? -2 6 1 A ? -2 7 1 G E -2 8 1 C C -2 9 1 A B -2 10 1 C J -2 11 1 A B -2 12 1 T C -2 13 1 A A -2 14 1 A D -2 15 1 C J -2 16 1 T A -2 17 1 T A -2 18 1 G J -2 19 1 G I -2 20 1 G D -2 21 1 T @ -2 22 1 G I -2 23 1 A < -2 24 1 G J -2 25 1 A A -2 26 1 T < -2 27 1 G I -2 28 1 A ? -2 29 1 T @ -2 30 1 G K -2 31 2 A^]A BA -2 32 2 AA E< -2 33 2 AA E@ -2 34 2 TT A@ -2 35 2 GG KF -2 36 2 AA C; -2 37 2 GG K? -2 38 2 CC HF -2 39 2 AA DA -2 40 2 CC J= -2 41 2 TT FE -2 42 2 GG II -2 43 2 GG K; -2 44 2 CC I= -2 45 2 TT GE -2 46 2 TT CA -2 47 2 TT AB -2 48 2 GG 1H -2 49 2 GG :9 -2 50 2 AA =9 -2 51 2 GG FJ -2 52 2 TT AA -2 53 2 CC HH -2 54 2 AA CC -2 55 2 CC HG -2 56 2 AA C@ -2 57 2 CC HE -2 58 2 AA D> -2 59 2 GG AI -2 60 2 AA A@ -2 61 2 CC IG -2 62 2 CC 7( -2 63 2 AA -2 80 3 Aat !3) -2 81 3 Ccc !HU -2 82 3 Ccc !JP -2 83 3 Aaa !@Z -2 84 3 Ttt !3S -2 85 3 Aaa !@T -2 86 3 Aaa !=S -2 87 3 Ccc !HI -2 88 3 Acc !F9 -2 89 3 Ccc !EY -2 90 3 Ttt !<] -2 91 3 Ccc !5N -2 92 3 Tgt !-N -2 93 3 Aaa !C_ -2 94 3 Ggg !CT -2 95 3 Ttt ! -2 110 2 tt B> -2 111 2 cc JD -2 112 2 tt B@ -2 113 2 cc K; -2 114 2 aa ?C -2 115 2 gg B= -2 116 2 aa ?8 -2 117 2 cc J& -2 118 2 cc AF -2 119 2 tt B@ -2 120 2 cc J: -2 121 2 cc J> -2 122 2 cc IF -2 123 2 aa DC -2 124 2 gg H@ -2 125 2 cc I7 -2 126 2 cc IG -2 127 2 aa C7 -2 128 2 gg BB -2 129 2 aa >7 -2 130 2 aa <> -2 131 2 aa C> -2 132 2 gg F6 -2 133 2 gg F, -2 134 2 ag >0 -2 135 2 aa ?? -2 136 2 tt ?? -2 137 2 cc EB -2 138 2 t$t$ ?> -2 495 1 ^Ft E -2 496 1 t E -2 497 1 t D -2 498 1 g J -2 499 1 g L -2 500 1 c N -2 501 1 a D -2 502 1 a D -2 503 1 t F -2 504 1 t F -2 505 1 t C -2 506 1 a B -2 507 1 c N -2 508 1 a B -2 509 1 c N -2 510 1 t D -2 511 1 g L -2 512 1 t D -2 513 1 g L -2 514 1 t F -2 515 1 t B -2 516 1 a D -2 517 1 t C -2 518 1 a G -2 519 1 g J -2 520 1 c M -2 521 1 a C -2 522 1 a C -2 523 1 t B -2 524 1 a C -2 525 1 t B -2 526 1 a H -2 527 1 g L -2 528 1 t D -2 529 1 g M -2 530 1 a D -2 531 1 a D -2 532 1 a D -2 533 1 a H -2 534 1 g J -2 535 1 g J -2 536 1 g L -2 537 1 t D -2 538 1 g M -2 539 1 a C -2 540 1 t C -2 541 1 c M -2 542 1 a C -2 543 1 t D -2 544 1 t A -2 545 1 a @ -2 546 1 c L -2 547 1 c M -2 548 1 t C -2 549 1 c M -2 550 1 a C -2 551 1 a G -2 552 1 g K -2 553 1 a @ -2 554 1 c M -2 555 1 t C -2 556 1 g K -2 557 1 t E -2 558 1 t B -2 559 1 c K -2 560 1 a @ -2 561 1 c K -2 562 1 a A -2 563 1 a A -2 564 1 a @ -2 565 1 c I -2 566 1 a ? -2 567 1 c I -2 568 1 a > -2 569 1 t$ @ -2 648 1 ^gA ? -2 649 1 C F -2 650 1 G 0 -2 651 1 C D -2 652 1 A < -2 653 1 C < -2 654 1 C G -2 655 1 C > -2 656 1 T D -2 657 1 C H -2 658 1 T @ -2 659 1 A A -2 660 1 T > -2 661 1 C E -2 662 1 C : -2 663 1 C = -2 664 1 C H -2 665 1 A A -2 666 1 C F -2 667 1 A C -2 668 1 T < -2 669 1 A ? -2 670 1 A @ -2 671 1 A ? -2 672 1 T / -2 673 1 C : -2 674 1 T @ -2 675 1 A + -2 676 1 T > -2 677 1 A ? -2 678 1 C D -2 679 1 A B -2 680 1 A @ -2 681 1 C 5 -2 682 2 A^>a -2 687 2 Cc GH -2 688 2 Cc 2H -2 689 2 Cc :F -2 690 2 Tt E? -2 691 2 Cc GG -2 692 2 Tt C@ -2 693 2 Aa +? -2 694 2 Cc =G -2 695 2 Aa B@ -2 696 2 Cc FH -2 697 2 Cc J -2 701 2 Aa AA -2 702 2 Tt ?? -2 703 2 Aa 3A -2 704 2 Cc CM -2 705 2 Aa CC -2 706 2 Tt BB -2 707 2 Cc HL -2 708 2 Tt EB -2 709 2 Aa =C -2 710 2 Tt ?? -2 711 2 Aa @A -2 712 2 Cc CK -2 713 2 Aa =C -2 714 2 Aa ;A -2 715 2 Cc >K -2 716 2 Aa @@ -2 717 2 Cc 5B -2 718 2 Gg 8I -2 719 2 C$c (G -2 720 1 a = -2 721 1 c J -2 722 1 c K -2 723 1 c J -2 724 1 t A -2 725 1 c H -2 726 1 t > -2 727 1 a ? -2 728 1 c J -2 729 1 c L -2 730 1 c J -2 731 1 c L -2 732 1 a @ -2 733 1 c L -2 734 1 a B -2 735 1 t A -2 736 1 a ? -2 737 1 c C -2 738 1 g J -2 739 1 t B -2 740 1 c I -2 741 1 t @ -2 742 1 a @ -2 743 1 c J -2 744 1 a @ -2 745 1 c I -2 746 1 a B -2 747 1 a @ -2 748 1 c K -2 749 1 a @ -2 750 1 t B -2 751 1 g H -2 752 1 c H -2 753 1 a > -2 754 1 c B -2 755 1 g F -2 756 1 c$ ? diff --git a/src/htslib-1.21/test/mpileup/test-pileup.sh b/src/htslib-1.21/test/mpileup/test-pileup.sh deleted file mode 100755 index 8a83cca..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/mpileup/test-pileup.sh +++ /dev/null @@ -1,34 +0,0 @@ -#!/bin/sh -# -# Copyright (C) 2017-2018 Genome Research Ltd. -# -# Author: Robert Davies -# -# Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy -# of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal -# in the Software without restriction, including without limitation the rights -# to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell -# copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is -# furnished to do so, subject to the following conditions: -# -# The above copyright notice and this permission notice shall be included in -# all copies or substantial portions of the Software. -# -# THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR -# IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY, -# FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL -# THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER -# LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING -# FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER -# DEALINGS IN THE SOFTWARE. - -# Load in the test driver -. ../simple_test_driver.sh - -echo "Testing (m)pileup..." - -pileup="../pileup" - -test_driver $@ - -exit $? diff --git a/src/htslib-1.21/test/no_hdr_sq_1.bam b/src/htslib-1.21/test/no_hdr_sq_1.bam deleted file mode 100644 index 93d57a2d5970ebf5920282a46c4263a6f897ff07..0000000000000000000000000000000000000000 GIT binary patch literal 0 HcmV?d00001 literal 1691 zcmb2|=3rp}f&Xj_PR>jWb!?0YZ1aCQIr=hA28ud3`*Q~SSvh+I`TP0@`}?}advf~t zSs5A_SXvkuaAA=K%bObDki;t+1~M9lR)icY&{@1djO-?cjtqVVJ~Tm3h7Mr{27Yu= zh%mb1FtB1Yb0LC{fF^(dBM>t&dI~W!2r#4o+5e#cBAjfT8`pMZS}@h=Nb{|^0leT?K!W?cRZ z8}iXfOeP)rzC4N=nM}+K3>@f1Q5Yo6GG$4C%Oash5hXYh?2u5A=+JN!6qIOea+K(3 tYIGFr=x`F0=;&yY5QNA!;wy@ns8kl2*DR?|U}IpAN2`9M8Gv4b0ssmVGFkut diff --git a/src/htslib-1.21/test/no_hdr_sq_1.bam.csi b/src/htslib-1.21/test/no_hdr_sq_1.bam.csi deleted file mode 100644 index e37fc635c42d6eb558f3e94212a58cc05a25e0c1..0000000000000000000000000000000000000000 GIT binary patch literal 0 HcmV?d00001 literal 94 zcmb2|=3rp}f&Xj_PR>jWjts?o-%_3=CnO{!H86x}%ogmZlu%4Mk;B$jWhU_QXaj>! c#FLv69n1`2{i~NY05!^^nIO%;3^ET40N{QXH2?qr diff --git a/src/htslib-1.21/test/no_hdr_sq_1.expected.sam b/src/htslib-1.21/test/no_hdr_sq_1.expected.sam deleted file mode 100644 index ae05bb1..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/no_hdr_sq_1.expected.sam +++ /dev/null @@ -1,16 +0,0 @@ -@CO SN:CHROMOSOME_I LN:1009800 -@CO SN:CHROMOSOME_II LN:5000 -@CO SN:CHROMOSOME_III LN:5000 -@CO SN:CHROMOSOME_IV LN:5000 -@CO SN:CHROMOSOME_V LN:5000 -@SQ SN:CHROMOSOME_I LN:1009800 -@SQ SN:CHROMOSOME_II LN:5000 -@SQ SN:CHROMOSOME_III LN:5000 -@SQ SN:CHROMOSOME_IV LN:5000 -@SQ SN:CHROMOSOME_V LN:5000 -I 16 CHROMOSOME_I 2 1 27M1D73M * 0 0 CCTAGCCCTAACCCTAACCCTAACCCTAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAA #############################@B?8B?BA@@DDBCDDCBC@CDCDCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC XG:i:1 XM:i:5 XN:i:0 XO:i:1 XS:i:-18 AS:i:-18 YT:Z:UU -II.14978392 16 CHROMOSOME_I 2 1 27M1D73M * 0 0 CCTAGCCCTAACCCTAACCCTAACCCTAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAA #############################@B?8B?BA@@DDBCDDCBC@CDCDCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC XG:i:1 XM:i:5 XN:i:0 XO:i:1 XS:i:-18 AS:i:-18 YT:Z:UU -III 16 CHROMOSOME_I 2 1 27M1D73M * 0 0 CCTAGCCCTAACCCTAACCCTAACCCTAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAA #############################@B?8B?BA@@DDBCDDCBC@CDCDCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC XG:i:1 XM:i:5 XN:i:0 XO:i:1 XS:i:-18 AS:i:-18 YT:Z:UU -IV 16 CHROMOSOME_I 2 1 27M1D73M * 0 0 CCTAGCCCTAACCCTAACCCTAACCCTAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAA #############################@B?8B?BA@@DDBCDDCBC@CDCDCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC XG:i:1 XM:i:5 XN:i:0 XO:i:1 XS:i:-18 AS:i:-18 YT:Z:UU -V 16 CHROMOSOME_I 2 1 27M1D73M * 0 0 CCTAGCCCTAACCCTAACCCTAACCCTAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAA #############################@B?8B?BA@@DDBCDDCBC@CDCDCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC XG:i:1 XM:i:5 XN:i:0 XO:i:1 XS:i:-18 AS:i:-18 YT:Z:UU -VI 2048 CHROMOSOME_I 2 1 27M100000D73M * 0 0 ACTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCAATTATCGATTTCTGAAAAAATTATCGAATTTTCTAGAAATTTTGCAAATTTTTTCATAAAATTATCGATTTTA #############################@B?8B?BA@@DDBCDDCBC@CDCDCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC diff --git a/src/htslib-1.21/test/noroundtrip-out.vcf b/src/htslib-1.21/test/noroundtrip-out.vcf deleted file mode 100644 index 21fa160..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/noroundtrip-out.vcf +++ /dev/null @@ -1,11 +0,0 @@ -##fileformat=VCFv4.3 -##FILTER= -##contig= -##FORMAT= -##FORMAT= -#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT NA1 -3 50 . A T 0 PASS . GT 0/1 -3 60 . T C 0 PASS . GT 0/1 -3 70 . G A 0 PASS . GT 0/1 -3 80 . C G 0 PASS . GT 0/1 -3 90 . A G 0 PASS . GT:S 0/1:. diff --git a/src/htslib-1.21/test/noroundtrip.vcf b/src/htslib-1.21/test/noroundtrip.vcf deleted file mode 100644 index 61206bf..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/noroundtrip.vcf +++ /dev/null @@ -1,10 +0,0 @@ -##fileformat=VCFv4.3 -##contig= -##FORMAT= -##FORMAT= -#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT NA1 -3 50 . A T 0 PASS . GT:GT 0/1 -3 60 . T C 0 PASS . GT 0/1 -3 70 . G A 0 PASS . GT:GT 0/1:. -3 80 . C G 0 PASS . GT:GT 0/1:0/1 -3 90 . A G 0 PASS . GT:S:S 0/1 diff --git a/src/htslib-1.21/test/pileup.c b/src/htslib-1.21/test/pileup.c deleted file mode 100644 index 757b2ae..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/pileup.c +++ /dev/null @@ -1,275 +0,0 @@ -/* test/pileup.c -- simple pileup tester - - Copyright (C) 2014,2018-2019, 2024 Genome Research Ltd. - - Author: James Bonfield - -Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy -of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal -in the Software without restriction, including without limitation the rights -to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell -copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is -furnished to do so, subject to the following conditions: - -The above copyright notice and this permission notice shall be included in -all copies or substantial portions of the Software. - -THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR -IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY, -FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL -THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER -LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING -FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER -DEALINGS IN THE SOFTWARE. */ - -/* - The output from this program isn't quite the same as that from - `samtools mpileup`. It doesn't print the reference base column, - it puts brackets around insertion sequences to make them easier to spot - and it writes empty brackets after a reported deletion. - - The output from `samtools mpileup` can be converted to the same format like - this: - -samtools mpileup -B -Q 0 in.bam | perl -lane \ - 'pop(@F); - splice(@F, 2, 1); - $F[3] =~ s/\+(\d+)([ACGTN]+)/sprintf("+%d(%s)%s",$1,substr($2,0,$1),substr($2,$1))/ieg; - $F[3] =~ s/\-(\d+)([ACGTN]+)/sprintf("-%d()%s",$1,substr($2,$1))/ieg; - print join("\t", @F);' - - */ - -#include - -#include -#include -#include -#include -#include - -#include "../htslib/sam.h" -#include "../htslib/kstring.h" - -#define MIN(a,b) ((a)<(b)?(a):(b)) - -typedef struct ptest_t { - const char *fname; - samFile *fp; - sam_hdr_t *fp_hdr; -} ptest_t; - -static int readaln(void *data, bam1_t *b) { - ptest_t *g = (ptest_t*)data; - int ret; - - while (1) { - ret = sam_read1(g->fp, g->fp_hdr, b); - if (ret < 0) break; - if ( b->core.flag & (BAM_FUNMAP | BAM_FSECONDARY | BAM_FQCFAIL | BAM_FDUP) ) continue; - break; - } - - return ret; -} - -static int print_pileup_seq(const bam_pileup1_t *p, int n) { - kstring_t ks = { 0, 0, NULL }; - int i; - - for (i = 0; i < n; i++, p++) { - uint8_t *seq = bam_get_seq(p->b); - int del_len, is_rev = bam_is_rev(p->b); - - if (p->is_head) - putchar('^'), putchar('!'+MIN(p->b->core.qual,93)); - - if (p->is_del) - putchar(p->is_refskip ? (is_rev ? '<' : '>') : '*'); - else { - unsigned char c = seq_nt16_str[bam_seqi(seq, p->qpos)]; - putchar(is_rev ? tolower(c) : toupper(c)); - } - - del_len = -p->indel; - if (p->indel > 0) { - int j, len = bam_plp_insertion(p, &ks, &del_len); - if (len < 0) { - perror("bam_plp_insertion"); - goto fail; - } - printf("%+d(", len); - for (j = 0; j < len; j++) - putchar(is_rev ? - tolower((uint8_t) ks.s[j]) : - toupper((uint8_t) ks.s[j])); - putchar(')'); - } - if (del_len > 0) { - printf("-%d()", del_len); - } - if (p->is_tail) - putchar('$'); - } - free(ks.s); - return 0; - - fail: - free(ks.s); - return -1; -} - -static void print_pileup_qual(const bam_pileup1_t *p, int n) { - int i; - - for (i = 0; i < n; i++, p++) { - uint8_t *qual = bam_get_qual(p->b); - uint8_t q = '~'; - if (p->qpos < p->b->core.l_qseq && - qual[p->qpos]+33 < '~') - q = qual[p->qpos]+33; - putchar(q); - } -} - -static int test_pileup(ptest_t *input) { - bam_plp_t plp = NULL; - const bam_pileup1_t *p; - int tid, pos, n = 0; - - plp = bam_plp_init(readaln, input); - if (!plp) { - perror("bam_plp_init"); - goto fail; - } - while ((p = bam_plp_auto(plp, &tid, &pos, &n)) != 0) { - if (tid < 0) break; - if (tid >= input->fp_hdr->n_targets) { - fprintf(stderr, - "bam_plp_auto returned tid %d >= header n_targets %d\n", - tid, input->fp_hdr->n_targets); - goto fail; - } - - printf("%s\t%d\t%d\t", input->fp_hdr->target_name[tid], pos+1, n); - - if (print_pileup_seq(p, n) < 0) - goto fail; - - putchar('\t'); - print_pileup_qual(p, n); - - putchar('\n'); - } - if (n < 0) { - fprintf(stderr, "bam_plp_auto failed for \"%s\"\n", input->fname); - goto fail; - } - - bam_plp_destroy(plp); - return 0; - - fail: - bam_plp_destroy(plp); - return -1; -} - -static int test_mpileup(ptest_t *input) { - bam_mplp_t iter = NULL; - const bam_pileup1_t *pileups[1] = { NULL }; - int n_plp[1] = { 0 }; - int tid, pos, n = 0; - - iter = bam_mplp_init(1, readaln, (void **) &input); - if (!iter) { - perror("bam_plp_init"); - goto fail; - } - if (bam_mplp_init_overlaps(iter) < 0) { - perror("bam_mplp_init_overlaps"); - goto fail; - } - - while ((n = bam_mplp_auto(iter, &tid, &pos, n_plp, pileups)) > 0) { - if (tid < 0) break; - if (tid >= input->fp_hdr->n_targets) { - fprintf(stderr, - "bam_mplp_auto returned tid %d >= header n_targets %d\n", - tid, input->fp_hdr->n_targets); - goto fail; - } - - printf("%s\t%d\t%d\t", input->fp_hdr->target_name[tid], pos+1, n_plp[0]); - - if (print_pileup_seq(pileups[0], n_plp[0]) < 0) - goto fail; - - putchar('\t'); - print_pileup_qual(pileups[0], n_plp[0]); - - putchar('\n'); - } - if (n < 0) { - fprintf(stderr, "bam_plp_auto failed for \"%s\"\n", input->fname); - goto fail; - } - - bam_mplp_destroy(iter); - return 0; - - fail: - bam_mplp_destroy(iter); - return -1; -} - -int main(int argc, char **argv) { - ptest_t g = { NULL, NULL, NULL }; - int use_mpileup = 0, opt; - - while ((opt = getopt(argc, argv, "m")) != -1) { - switch (opt) { - case 'm': - use_mpileup = 1; - break; - default: - fprintf(stderr, "Usage: %s [-m] \n", argv[0]); - return EXIT_FAILURE; - } - } - - if (optind >= argc) { - fprintf(stderr, "Usage: %s [-m] \n", argv[0]); - return EXIT_FAILURE; - } - - g.fname = argv[optind]; - g.fp = sam_open(g.fname, "r"); - if (!g.fp) { - fprintf(stderr, "Couldn't open \"%s\" : %s", g.fname, strerror(errno)); - goto fail; - } - g.fp_hdr = sam_hdr_read(g.fp); - if (!g.fp_hdr) { - fprintf(stderr, "Couldn't read header from \"%s\" : %s", - g.fname, strerror(errno)); - goto fail; - } - - if (use_mpileup) { - if (test_mpileup(&g) < 0) - goto fail; - } else { - if (test_pileup(&g) < 0) - goto fail; - } - - sam_hdr_destroy(g.fp_hdr); - sam_close(g.fp); - - return EXIT_SUCCESS; - - fail: - if (g.fp_hdr) sam_hdr_destroy(g.fp_hdr); - if (g.fp) sam_close(g.fp); - return EXIT_FAILURE; -} diff --git a/src/htslib-1.21/test/pileup_mod.c b/src/htslib-1.21/test/pileup_mod.c deleted file mode 100644 index d725a09..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/pileup_mod.c +++ /dev/null @@ -1,228 +0,0 @@ -/* test/pileup_mod.c -- simple pileup tester with base modifications - - Copyright (C) 2020 Genome Research Ltd. - - Author: James Bonfield - -Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy -of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal -in the Software without restriction, including without limitation the rights -to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell -copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is -furnished to do so, subject to the following conditions: - -The above copyright notice and this permission notice shall be included in -all copies or substantial portions of the Software. - -THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR -IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY, -FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL -THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER -LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING -FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER -DEALINGS IN THE SOFTWARE. */ - -#include - -#include -#include -#include -#include "../htslib/sam.h" - -typedef struct { - samFile *fp; - sam_hdr_t *h; -} plp_dat; - -static int readaln(void *data, bam1_t *b) { - plp_dat *dat = (plp_dat *)data; - return sam_read1(dat->fp, dat->h, b); -} - -#ifndef MIN -# define MIN(a,b) ((a)<(b)?(a):(b)) -#endif - -// No modification reporting. -// This is just a simple base-line for comparison against mod_pileup1 for -// performance testing. -void process_pileup(sam_hdr_t *h, const bam_pileup1_t *p, - int tid, int pos, int n) { - kstring_t s = {0,0}; - printf("%s\t%d\t", sam_hdr_tid2name(h, tid), pos); - int i; - for (i = 0; i < n; i++, p++) { - if (p->is_del) { - putchar('*'); - continue; - } - - uint8_t *seq = bam_get_seq(p->b); - uint8_t *qual = bam_get_qual(p->b); - unsigned char c = seq_nt16_str[bam_seqi(seq, p->qpos)]; - putchar(c); - kputc(MIN('~','!'+qual[p->qpos]), &s); - } - putchar('\t'); - puts(s.l ? s.s : ""); - - free(s.s); -} - -// Initialise and destroy the base modifier state data. This is called -// as each new read is added or removed from the pileups. -int pileup_cd_create(void *data, const bam1_t *b, bam_pileup_cd *cd) { - hts_base_mod_state *m = hts_base_mod_state_alloc(); - if (bam_parse_basemod(b, m) < 0) { - hts_base_mod_state_free(m); - return -1; - } - cd->p = m; - return 0; -} - -int pileup_cd_destroy(void *data, const bam1_t *b, bam_pileup_cd *cd) { - hts_base_mod_state_free(cd->p); - return 0; -} - -// Report a line of pileup, including base modifications inline with -// the sequence (including qualities), as [...] -void process_mod_pileup1(sam_hdr_t *h, const bam_pileup1_t *p, - int tid, int pos, int n) { - kstring_t s = {0,0}; - printf("%s\t%d\t", sam_hdr_tid2name(h, tid), pos); - int i; - for (i = 0; i < n; i++, p++) { - if (p->is_del) { - putchar('*'); - continue; - } - - uint8_t *seq = bam_get_seq(p->b); - uint8_t *qual = bam_get_qual(p->b); - unsigned char c = seq_nt16_str[bam_seqi(seq, p->qpos)]; - putchar(c); - kputc(MIN('~','!'+qual[p->qpos]), &s); - - // Simple mod detection; assumes at most 5 mods - hts_base_mod_state *m = p->cd.p; - hts_base_mod mod[5]; - int nm; - if ((nm = bam_mods_at_qpos(p->b, p->qpos, m, mod, 5)) > 0) { - int j; - putchar('['); - for (j = 0; j < nm && j < 5; j++) { - if (mod[j].modified_base < 0) - // ChEBI - printf("%c(%d)%d", "+-"[mod[j].strand], - -mod[j].modified_base, mod[j].qual); - else - printf("%c%c%d", "+-"[mod[j].strand], - mod[j].modified_base, mod[j].qual); - } - putchar(']'); - } - } - putchar('\t'); - puts(s.l ? s.s : ""); - - free(s.s); -} - -// Report a line of pileup, including base modifications. -// This replaces the base with the mod call (NB this can be confusing -// as both C and G can map to m depending on orientation). -// It also reports qualities in the QUAl column, remapped to -// phred scale as only one single mod is supported and hence extreme -// unlikely probabilities shouldn't be reported (although we don't -// scan to pick the highest). -void process_mod_pileup2(sam_hdr_t *h, const bam_pileup1_t *p, - int tid, int pos, int n) { - kstring_t s = {0,0}; - printf("%s\t%d\t%d\t", sam_hdr_tid2name(h, tid), pos, n); - int i; - for (i = 0; i < n; i++, p++) { - if (p->is_del) { - putchar('*'); - continue; - } - - uint8_t *seq = bam_get_seq(p->b); - uint8_t *qual = bam_get_qual(p->b); - unsigned char c = seq_nt16_str[bam_seqi(seq, p->qpos)]; - - // Simple mod detection; assumes at most 2 non-ChEBI mods - hts_base_mod_state *m = p->cd.p; - int n, is_rev = bam_is_rev(p->b); - hts_base_mod mod; - char base; - uint8_t q = qual[p->qpos]; - if ((n = bam_mods_at_qpos(p->b, p->qpos, m, &mod, 1)) > 0) { - base = mod.modified_base; - // base mod as phred scale - q = -10 * log10(1-((mod.qual+0.5)/256)) + 0.5; - } else { - base = c; - } - - // Case is inappropriate here as some mods (eg "a") are lc. - // So we dim/bold them instead using ANSI escape codes. - // It's a test script, so I'm not going to care about curses. - if (is_rev) { - printf("\033[2m%c\033[0m", base); - } else { - printf("\033[1m%c\033[0m", base); - } - kputc(MIN('~','!'+q), &s); - } - putchar('\t'); - puts(s.l ? s.s : ""); - - free(s.s); -} - -int main(int argc, char **argv) { - int compact = 0; - while (argc > 1 && strcmp(argv[1], "-c") == 0) { - compact++; - argc--; - argv++; - } - - samFile *in = sam_open(argc > 1 ? argv[1] : "-", "r"); - bam1_t *b = bam_init1(); - sam_hdr_t *h = sam_hdr_read(in); - - // Pileup iterator with constructor/destructor to parse base mod tags - plp_dat dat = { - .fp = in, - .h = h, - }; - bam_plp_t iter = bam_plp_init(readaln, &dat); - bam_plp_constructor(iter, pileup_cd_create); - bam_plp_destructor(iter, pileup_cd_destroy); - - const bam_pileup1_t *p; - int tid, pos, n = 0; - while ((p = bam_plp_auto(iter, &tid, &pos, &n)) != 0) { - switch (compact) { - case 0: - process_mod_pileup1(h, p, tid, pos, n); - break; - case 1: - process_mod_pileup2(h, p, tid, pos, n); - break; - default: - process_pileup(h, p, tid, pos, n); - break; - } - } - bam_plp_destroy(iter); - - sam_close(in); - bam_destroy1(b); - sam_hdr_destroy(h); - - return n != 0; -} diff --git a/src/htslib-1.21/test/plugins-dlhts.c b/src/htslib-1.21/test/plugins-dlhts.c deleted file mode 100644 index 33f432f..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/plugins-dlhts.c +++ /dev/null @@ -1,186 +0,0 @@ -/* test/plugins-dlhts.c -- Test plugins with dynamically loaded libhts. - - Copyright (C) 2020 University of Glasgow. - - Author: John Marshall - -Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy -of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal -in the Software without restriction, including without limitation the rights -to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell -copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is -furnished to do so, subject to the following conditions: - -The above copyright notice and this permission notice shall be included in -all copies or substantial portions of the Software. - -THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR -IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY, -FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL -THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER -LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING -FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER -DEALINGS IN THE SOFTWARE. */ - -#include - -#include -#include - -#if defined _WIN32 || defined __CYGWIN__ || defined __MSYS__ -#define SKIP "running on Windows" -#elif !defined ENABLE_PLUGINS -#define SKIP "plugins being disabled" -#endif - -#ifndef SKIP - -#include -#include -#include -#include -#include - -#ifndef EPROTONOSUPPORT -#define EPROTONOSUPPORT ENOSYS -#endif - -void *sym(void *htslib, const char *name) -{ - void *ptr = dlsym(htslib, name); - if (ptr == NULL) { - fprintf(stderr, "Can't find symbol \"%s\": %s\n", name, dlerror()); - exit(EXIT_FAILURE); - } - return ptr; -} - -typedef void void_func(void); -void_func *func(void *htslib, const char *name) { - void_func *fptr; - *(void **) &fptr = sym(htslib, name); - return fptr; -} - -int errors = 0; -int verbose = 0; - -struct hFILE; -typedef struct hFILE *hopen_func(const char *fname, const char *mode, ...); -typedef void hclose_abruptly_func(struct hFILE *fp); - -hopen_func *hopen_p; -hclose_abruptly_func *hclose_abruptly_p; - -void test_hopen(const char *fname, int expected) -{ - struct hFILE *fp = hopen_p(fname, "r"); - if (fp) { - hclose_abruptly_p(fp); - fprintf(stderr, "Opening \"%s\" actually succeeded\n", fname); - errors++; - return; - } - - int supported = (errno != EPROTONOSUPPORT); - if (supported != expected) { - fprintf(stderr, "Opening \"%s\" failed badly: %s\n", fname, strerror(errno)); - errors++; - } - else if (verbose) - printf("Opening \"%s\" produces %s\n", fname, strerror(errno)); -} - -void verbose_log(const char *message) -{ - fflush(stderr); - if (verbose) puts(message); - fflush(stdout); -} - -int main(int argc, char **argv) -{ - int dlflags = RTLD_NOW; - int skip = 0; - int c; - - while ((c = getopt(argc, argv, "glv")) >= 0) - switch (c) { - case 'g': dlflags |= RTLD_GLOBAL; break; - case 'l': dlflags |= RTLD_LOCAL; break; - case 'v': verbose++; break; - } - - if (optind >= argc) { - fprintf(stderr, "Usage: plugins-dlhts [-glv] LIBHTSFILE\n"); - return EXIT_FAILURE; - } - - void *htslib = dlopen(argv[optind], dlflags); - if (htslib == NULL) { - fprintf(stderr, "Can't dlopen \"%s\": %s\n", argv[optind], dlerror()); - return EXIT_FAILURE; - } - - if (verbose) { - int *hts_verbosep = sym(htslib, "hts_verbose"); - *hts_verbosep += verbose; - - typedef const char *cstr_func(void); - printf("Loaded HTSlib %s\n", ((cstr_func *) func(htslib, "hts_version"))()); - } - - hopen_p = (hopen_func *) func(htslib, "hopen"); - hclose_abruptly_p = (hclose_abruptly_func *) func(htslib, "hclose_abruptly"); - - test_hopen("bad-scheme:unsupported", 0); - -#ifdef __APPLE__ - /* Skip -l tests as we don't link plugins back to libhts on macOS, as this - would conflict with a statically linked libhts.a on this platform. */ - skip = (dlflags & RTLD_LOCAL) != 0; -#endif - - if (! skip) { -#ifdef HAVE_LIBCURL - test_hopen("https://localhost:99999/invalid_port", 1); -#endif -#ifdef ENABLE_GCS - test_hopen("gs:invalid", 1); -#endif -#ifdef ENABLE_S3 - test_hopen("s3:invalid", 1); -#endif - } - else - verbose_log("Skipping most tests"); - - verbose_log("Calling hts_lib_shutdown()"); - (func(htslib, "hts_lib_shutdown"))(); - - verbose_log("Calling dlclose(htslib)"); - if (dlclose(htslib) < 0) { - fprintf(stderr, "Can't dlclose \"%s\": %s\n", argv[optind], dlerror()); - errors++; - } - - verbose_log("Returning from main()"); - - if (errors > 0) { - printf("FAILED: %d errors\n", errors); - return EXIT_FAILURE; - } - - if (verbose) printf("All tests passed\n"); - return EXIT_SUCCESS; -} - -#else - -int main(void) -{ - printf("Tests skipped due to " SKIP "\n"); - return EXIT_SUCCESS; -} - -#endif diff --git a/src/htslib-1.21/test/range.bam b/src/htslib-1.21/test/range.bam deleted file mode 100644 index 5cb42709613cef79ed180dae3da792ce86763c28..0000000000000000000000000000000000000000 GIT binary patch literal 0 HcmV?d00001 literal 13337 zcmV+!H0H}6iwFb&00000{{{d;LjnNy0dY#@SZ z0b3y4HJwv55w`*MJNTx)hPB%RkWDg^%zW*9S@X}j9~CctzD$zgY=X86gZm6sOXD6M z4*tux<`jCv@&lSr3`VQm%=3Ix%oiiH+89iMVW?*nRyAnBX+5gP_~V+4#=Bk3P=0SD zaH^z2leHm$X$CCAum&*Qcn=r=RfUlxFaprxS7bYmr*hC>u>NS6s;ul$Kr+ zB{fsQ-L_n4Xycs)!2@@ zM7(9Wkhn+y8o{HLoGB{2b6i-$EX5Mq+uf4v&LtvhDpd3YYvS5U+MFd;RBKN>#qnk= z#c9%Z#(6a!+E`_9K`@LX1Hxs)1$Qn6%&q++T6O((bcbedzXr5g{9ktsiCJHwasH2{ zS&?S*^w{jv?3i*$vqL&K?Y|FP=*K3_o;K66Y#USxT^}FqF`W9pPp7?CNs_#7=lMG% zKR(|jZ?0fV-zCZ2HGRU@KW{sF<$V_JI{5YycFA=gegS*W=wprp001A02m}BC00030 z1^_}s0ssXvwS8-hBw2P=_B^_Kx~h66Vq&Ty-+6D`d*f!$jH%4Z%*v|ucqg(GIuP#2E^LC3lbn>WMdFWSVSn+4ltH53qr_%z1XaI3W?V*Y^^N*00J3-z_Nv~e}E9O zEZGMB*mybLxe--e6;ajQ)k{rxb>*W<6JMRj_nmX@iI3mv@W&6o-06%CKHG3P{_j`Zg4Sp^C%xwL+!;{tW=yY*9JDM#|XD93B@#$)IJezlZk>2XlyS|-%QecCv zuw|Lrjr77W*m%<1awT|f(8Jjq^#?k|$>8mIn7(Jo4$9Pp48yT%5`XbgbeV0=7P-_)MQGfK|;lo=W 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IN NO EVENT SHALL -THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER -LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING -FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER -DEALINGS IN THE SOFTWARE. */ - -#include - -#include -#include -#include -#include -#include -#include -#include -#include -#include -#include - -// Suppress message for faidx_fetch_nseq(), which we're intentionally testing -#include "../htslib/hts_defs.h" -#undef HTS_DEPRECATED -#define HTS_DEPRECATED(message) - -#include "../htslib/sam.h" -#include "../htslib/faidx.h" -#include "../htslib/khash.h" -#include "../htslib/hts_log.h" - -KHASH_SET_INIT_STR(keep) -typedef khash_t(keep) *keephash_t; - -#ifndef HTS_VERSION -#error HTS_VERSION not defined -#endif -#if HTS_VERSION < 100900 -#error HTS_VERSION comparison incorrect -#endif - -int status; - -static void HTS_FORMAT(HTS_PRINTF_FMT, 1, 2) fail(const char *fmt, ...) -{ - va_list args; - - fprintf(stderr, "Failed: "); - va_start(args, fmt); - vfprintf(stderr, fmt, args); - va_end(args); - fprintf(stderr, "\n"); - - status = EXIT_FAILURE; -} - -#define VERIFY(test, message) if (!(test)) { \ - fail("%s: %s", __func__, (message)); \ - goto cleanup; \ -} - -uint8_t *check_bam_aux_get(const bam1_t *aln, const char *tag, char type) -{ - uint8_t *p = bam_aux_get(aln, tag); - if (p) { - if (*p == type) return p; - else fail("%s field of type '%c', expected '%c'", tag, *p, type); - } - else fail("can't find %s field", tag); - - return NULL; -} - -static void check_aux_count(const bam1_t *aln, int expected, const char *what) -{ - const uint8_t *itr; - int n = 0; - for (itr = bam_aux_first(aln); itr; itr = bam_aux_next(aln, itr)) n++; - if (n != expected) - fail("%s has %d aux fields, expected %d", what, n, expected); -} - -static void check_int_B_array(bam1_t *aln, char *tag, - uint32_t nvals, int64_t *vals) { - uint8_t *p; - if ((p = check_bam_aux_get(aln, tag, 'B')) != NULL) { - uint32_t i; - - if (bam_auxB_len(p) != nvals) - fail("Wrong length reported for %s field, got %u, expected %u", - tag, bam_auxB_len(p), nvals); - - for (i = 0; i < nvals; i++) { - if (bam_auxB2i(p, i) != vals[i]) { - fail("Wrong value from bam_auxB2i for %s field index %u, " - "got %"PRId64" expected %"PRId64, - tag, i, bam_auxB2i(p, i), vals[i]); - } - if (bam_auxB2f(p, i) != (double) vals[i]) { - fail("Wrong value from bam_auxB2f for %s field index %u, " - "got %f expected %f", - tag, i, bam_auxB2f(p, i), (double) vals[i]); - } - } - } -} - -#define PI 3.141592653589793 -#define E 2.718281828459045 -#define HELLO "Hello, world!" -#define NEW_HELLO "Yo, dude" -#define NEW_HELLO2 "Bonjour, tout le monde" -#define BEEF "DEADBEEF" - -#define str(x) #x -#define xstr(x) str(x) - -#define NELE(x) (sizeof(x)/sizeof(x[0])) - -static int test_update_int(bam1_t *aln, - const char target_id[2], int64_t target_val, - char expected_type, - const char next_id[2], int64_t next_val, - char next_type) { - uint8_t *p; - - // Try updating target - if (bam_aux_update_int(aln, target_id, target_val) < 0) { - fail("update %.2s tag", target_id); - return -1; - } - - // Check it's there and has the right type and value - p = bam_aux_get(aln, target_id); - if (!p) { - fail("find %.2s tag", target_id); - return -1; - } - if (*p != expected_type || bam_aux2i(p) != target_val) { - fail("%.2s field is %c:%"PRId64"; expected %c:%"PRId64, - target_id, *p, bam_aux2i(p), expected_type, target_val); - return -1; - } - - // If given, check that the next tag hasn't been clobbered by the - // update above. - if (!*next_id) return 0; - p = bam_aux_get(aln, next_id); - if (!p) { - fail("find %.2s tag after updating %.2s", next_id, target_id); - return -1; - } - if (*p != next_type || bam_aux2i(p) != next_val) { - fail("after updating %.2s to %"PRId64":" - " %.2s field is %c:%"PRId64"; expected %c:%"PRId64, - target_id, target_val, - next_id, *p, bam_aux2i(p), next_type, next_val); - return -1; - } - return 0; -} - -#define CHECK_ARRAY_VALS(T, GET_VAL, FMT1, FMT2) do { \ - T * vals = (T *) data; \ - uint32_t i; \ - for (i = 0; i < nitems; i++) { \ - if (GET_VAL(p, i) != vals[i]) { \ - fail("Wrong value from %s for %.2s field index %u, " \ - "got %" FMT1 " expected %" FMT2, \ - xstr(GET_VAL), target_id, i, GET_VAL(p, i), vals[i]); \ - return -1; \ - } \ - } \ -} while (0) - -static int test_update_array(bam1_t *aln, const char target_id[2], - uint8_t type, uint32_t nitems, void *data, - const char next_id[2], int64_t next_val, - char next_type) -{ - uint8_t *p; - - // Try updating target - if (bam_aux_update_array(aln, target_id, type, nitems, data) < 0) { - fail("update %2.s tag", target_id); - return -1; - } - - // Check values - p = bam_aux_get(aln, target_id); - if (!p) { - fail("find %.2s tag", target_id); - return -1; - } - switch (type) { - case 'c': - CHECK_ARRAY_VALS(int8_t, bam_auxB2i, PRId64, PRId8); break; - case 'C': - CHECK_ARRAY_VALS(uint8_t, bam_auxB2i, PRId64, PRIu8); break; - case 's': - CHECK_ARRAY_VALS(int16_t, bam_auxB2i, PRId64, PRId16); break; - case 'S': - CHECK_ARRAY_VALS(uint16_t, bam_auxB2i, PRId64, PRIu16); break; - case 'i': - CHECK_ARRAY_VALS(int32_t, bam_auxB2i, PRId64, PRId32); break; - case 'I': - CHECK_ARRAY_VALS(uint32_t, bam_auxB2i, PRId64, PRIu32); break; - case 'f': - CHECK_ARRAY_VALS(float, bam_auxB2f, "e", "e"); break; - } - - // If given, check that the next tag hasn't been clobbered by the - // update above. - if (!*next_id) return 0; - p = bam_aux_get(aln, next_id); - if (!p) { - fail("find %.2s tag after updating %.2s", next_id, target_id); - return -1; - } - if (*p != next_type || bam_aux2i(p) != next_val) { - fail("after updating %.2s:" - " %.2s field is %c:%"PRId64"; expected %c:%"PRId64, - target_id, next_id, *p, bam_aux2i(p), next_type, next_val); - return -1; - } - - return 0; -} - -// This function uses bam_hdr_t etc as a check ensuring the legacy typedef -// and functions continue to compile successfully. -static int aux_fields1(void) -{ - static const char sam[] = "data:," -"@SQ\tSN:one\tLN:1000\n" -"@SQ\tSN:two\tLN:500\n" -"r1\t0\tone\t500\t20\t8M\t*\t0\t0\tATGCATGC\tqqqqqqqq\tXA:A:k\tXi:i:37\tXf:f:" xstr(PI) "\tXd:d:" xstr(E) "\tXZ:Z:" HELLO "\tXH:H:" BEEF "\tXB:B:c,-2,0,+2\tB0:B:i,-2147483648,-1,0,1,2147483647\tB1:B:I,0,1,2147483648,4294967295\tB2:B:s,-32768,-1,0,1,32767\tB3:B:S,0,1,32768,65535\tB4:B:c,-128,-1,0,1,127\tB5:B:C,0,1,127,255\tBf:B:f,-3.14159,2.71828\tZZ:i:1000000\tF2:d:2.46801\tY1:i:-2147483648\tY2:i:-2147483647\tY3:i:-1\tY4:i:0\tY5:i:1\tY6:i:2147483647\tY7:i:2147483648\tY8:i:4294967295\n" -"r2\t0x8D\t*\t0\t0\t*\t*\t0\t0\tATGC\tqqqq\n" -; - - // Canonical form of the alignment records above, as output by sam_format1() - static const char r1[] = "r1\t0\tone\t500\t20\t8M\t*\t0\t0\tATGCATGC\tqqqqqqqq\tXi:i:37\tXf:f:3.14159\tXd:d:2.71828\tXZ:Z:" NEW_HELLO "\tXH:H:" BEEF "\tXB:B:c,-2,0,2\tB0:B:i,-2147483648,-1,0,1,2147483647\tB1:B:I,0,1,2147483648,4294967295\tB2:B:s,-32768,-1,0,1,32767\tB3:B:S,0,1,32768,65535\tB4:B:c,-128,-1,0,1,127\tB5:B:C,0,1,127,255\tBf:B:f,-3.14159,2.71828\tZZ:i:1000000\tF2:f:9.8765\tY1:i:-2147483648\tY2:i:-2147483647\tY3:i:-1\tY4:i:0\tY5:i:1\tY6:i:2147483647\tY7:i:2147483648\tY8:i:4294967295\tN0:i:-1234\tN1:i:1234\tN2:i:-2\tN3:i:3\tF1:f:4.5678\tN4:B:S,65535,32768,1,0\tN5:i:4242\tZa:Z:" HELLO "\tZb:Z:" NEW_HELLO2; - static const char r2[] = "r2\t141\t*\t0\t0\t*\t*\t0\t0\tATGC\tqqqq"; - - samFile *in = sam_open(sam, "r"); - bam_hdr_t *header = sam_hdr_read(in); - bam1_t *aln = bam_init1(); - uint8_t *p; - kstring_t ks = { 0, 0, NULL }; - int64_t b0vals[5] = { -2147483648LL,-1,0,1,2147483647LL }; // i - int64_t b1vals[4] = { 0,1,2147483648LL,4294967295LL }; // I - int64_t b2vals[5] = { -32768,-1,0,1,32767 }; // s - int64_t b3vals[4] = { 0,1,32768,65535 }; // S - int64_t b4vals[5] = { -128,-1,0,1,127 }; // c - int64_t b5vals[4] = { 0,1,127,255 }; // C - // NB: Floats not doubles below! - // See https://randomascii.wordpress.com/2012/06/26/doubles-are-not-floats-so-dont-compare-them/ - float bfvals[2] = { -3.14159f, 2.71828f }; - - int8_t n4v1[] = { -128, -64, -32, -16, -8, -4, -2, -1, - 0, 1, 2, 4, 8, 16, 32, 64, 127 }; - uint32_t n4v2[] = { 0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 1234, 5678, 1U << 31, 0 }; - int16_t n4v3[] = { -32768, -1, 0, 1, 32767 }; - float n4v4[] = { 0, 1, 2, 10, 20, 30, 1.5, -2.5 }; - uint8_t n4v5[] = { 0, 255 }; - int32_t n4v6[] = { -2147483647 - 1, 10, -1, 0, 1, 2147483647 }; - uint16_t n4v7[] = { 65535, 32768, 1, 0 }; - - int32_t ival = -1234; - uint32_t uval = 1234; - float f1 = 4.5678; - float f2 = 9.8765; - const char *hose = "OOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOO"; - - size_t nvals, i; - - if (sam_read1(in, header, aln) >= 0) { - if ((p = check_bam_aux_get(aln, "XA", 'A')) && bam_aux2A(p) != 'k') - fail("XA field is '%c', expected 'k'", bam_aux2A(p)); - - check_aux_count(aln, 24, "Original record"); - - bam_aux_del(aln,p); - if (bam_aux_get(aln,"XA")) - fail("XA field was not deleted"); - - check_aux_count(aln, 23, "Record post-XA-deletion"); - - p = bam_aux_get(aln, "Y2"); - if (p == NULL || strncmp(bam_aux_tag(p), "Y2", 2) != 0 || bam_aux_type(p) != 'i') - fail("bam_aux_get() missed Y2 field"); - - p = bam_aux_next(aln, p); - if (p == NULL || strncmp(bam_aux_tag(p), "Y3", 2) != 0 || bam_aux_type(p) != 'c') - fail("bam_aux_next() missed Y3 field"); - - p = bam_aux_get(aln, "Y8"); - if (p == NULL || strncmp(bam_aux_tag(p), "Y8", 2) != 0 || bam_aux_type(p) != 'I') - fail("bam_aux_get() missed Y8 field"); - - p = bam_aux_next(aln, p); - if (p != NULL || errno != ENOENT) - fail("bam_aux_next missed the end of fields"); - - if ((p = check_bam_aux_get(aln, "Xi", 'C')) && bam_aux2i(p) != 37) - fail("Xi field is %"PRId64", expected 37", bam_aux2i(p)); - - if ((p = check_bam_aux_get(aln, "Xf", 'f')) && fabs(bam_aux2f(p) - PI) > 1E-6) - fail("Xf field is %.12f, expected pi", bam_aux2f(p)); - - if ((p = check_bam_aux_get(aln, "Xd", 'd')) && fabs(bam_aux2f(p) - E) > 1E-6) - fail("Xf field is %.12f, expected e", bam_aux2f(p)); - - if ((p = check_bam_aux_get(aln, "XZ", 'Z')) && strcmp(bam_aux2Z(p), HELLO) != 0) - fail("XZ field is \"%s\", expected \"%s\"", bam_aux2Z(p), HELLO); - - bam_aux_update_str(aln,"XZ",strlen(NEW_HELLO)+1,NEW_HELLO); - if ((p = check_bam_aux_get(aln, "XZ", 'Z')) && strcmp(bam_aux2Z(p), NEW_HELLO) != 0) - fail("XZ field is \"%s\", expected \"%s\"", bam_aux2Z(p), NEW_HELLO); - if (!check_bam_aux_get(aln, "XH", 'H')) - fail("bam_aux_update_str(,,strlen(NEW_HELLO)+1,NEW_HELLO) corrupted XH tag"); - - bam_aux_update_str(aln,"XZ",strlen(NEW_HELLO2), NEW_HELLO2); - if ((p = check_bam_aux_get(aln, "XZ", 'Z')) && strcmp(bam_aux2Z(p), NEW_HELLO2) != 0) - fail("XZ field is \"%s\", expected \"%s\"", bam_aux2Z(p), NEW_HELLO2); - if (!check_bam_aux_get(aln, "XH", 'H')) - fail("bam_aux_update_str(,,strlen(NEW_HELLO2),NEW_HELLO2) corrupted XH tag"); - - bam_aux_update_str(aln,"XZ",-1,NEW_HELLO); - if ((p = check_bam_aux_get(aln, "XZ", 'Z')) && strcmp(bam_aux2Z(p), NEW_HELLO) != 0) - fail("XZ field is \"%s\", expected \"%s\"", bam_aux2Z(p), NEW_HELLO); - if (!check_bam_aux_get(aln, "XH", 'H')) - fail("bam_aux_update_str(,,-1,NEW_HELLO) corrupted XH tag"); - - if ((p = check_bam_aux_get(aln, "XH", 'H')) && strcmp(bam_aux2Z(p), BEEF) != 0) - fail("XH field is \"%s\", expected \"%s\"", bam_aux2Z(p), BEEF); - - if ((p = check_bam_aux_get(aln, "XB", 'B')) - && ! (memcmp(p, "Bc", 2) == 0 - && memcmp(p + 2, "\x03\x00\x00\x00\xfe\x00\x02", 7) == 0)) - fail("XB field is %c,..., expected c,-2,0,+2", p[1]); - - check_int_B_array(aln, "B0", NELE(b0vals), b0vals); - check_int_B_array(aln, "B1", NELE(b1vals), b1vals); - check_int_B_array(aln, "B2", NELE(b2vals), b2vals); - check_int_B_array(aln, "B3", NELE(b3vals), b3vals); - check_int_B_array(aln, "B4", NELE(b4vals), b4vals); - check_int_B_array(aln, "B5", NELE(b5vals), b5vals); - - nvals = NELE(bfvals); - if ((p = check_bam_aux_get(aln, "Bf", 'B')) != NULL) { - if (bam_auxB_len(p) != nvals) - fail("Wrong length reported for Bf field, got %d, expected %zd", - bam_auxB_len(p), nvals); - - for (i = 0; i < nvals; i++) { - if (bam_auxB2f(p, i) != bfvals[i]) { - fail("Wrong value from bam_auxB2f for Bf field index %zd, " - "got %f expected %f", - i, bam_auxB2f(p, i), bfvals[i]); - } - } - } - - if ((p = check_bam_aux_get(aln, "ZZ", 'I')) && bam_aux2i(p) != 1000000) - fail("ZZ field is %"PRId64", expected 1000000", bam_aux2i(p)); - - if ((p = bam_aux_get(aln, "Y1")) && bam_aux2i(p) != -2147483647-1) - fail("Y1 field is %"PRId64", expected -2^31", bam_aux2i(p)); - - if ((p = bam_aux_get(aln, "Y2")) && bam_aux2i(p) != -2147483647) - fail("Y2 field is %"PRId64", expected -2^31+1", bam_aux2i(p)); - - if ((p = bam_aux_get(aln, "Y3")) && bam_aux2i(p) != -1) - fail("Y3 field is %"PRId64", expected -1", bam_aux2i(p)); - - if ((p = bam_aux_get(aln, "Y4")) && bam_aux2i(p) != 0) - fail("Y4 field is %"PRId64", expected 0", bam_aux2i(p)); - - if ((p = bam_aux_get(aln, "Y5")) && bam_aux2i(p) != 1) - fail("Y5 field is %"PRId64", expected 1", bam_aux2i(p)); - - if ((p = bam_aux_get(aln, "Y6")) && bam_aux2i(p) != 2147483647) - fail("Y6 field is %"PRId64", expected 2^31-1", bam_aux2i(p)); - - if ((p = bam_aux_get(aln, "Y7")) && bam_aux2i(p) != 2147483648LL) - fail("Y7 field is %"PRId64", expected 2^31", bam_aux2i(p)); - - if ((p = bam_aux_get(aln, "Y8")) && bam_aux2i(p) != 4294967295LL) - fail("Y8 field is %"PRId64", expected 2^32-1", bam_aux2i(p)); - - // Try appending some new tags - if (bam_aux_append(aln, "N0", 'i', sizeof(ival), (uint8_t *) &ival) != 0) - fail("Failed to append N0:i tag"); - - if ((p = bam_aux_get(aln, "N0")) && bam_aux2i(p) != ival) - fail("N0 field is %"PRId64", expected %d", bam_aux2i(p), ival); - - if (bam_aux_append(aln, "N1", 'I', sizeof(uval), (uint8_t *) &uval) != 0) - fail("failed to append N1:I tag"); - - if ((p = bam_aux_get(aln, "N1")) && bam_aux2i(p) != uval) - fail("N1 field is %"PRId64", expected %u", bam_aux2i(p), uval); - - // Append tags with bam_aux_update_int() - if (bam_aux_update_int(aln, "N2", -2) < 0) - fail("failed to append N2:c tag"); - - if (bam_aux_update_int(aln, "N3", 3) < 0) - fail("failed to append N3:C tag"); - - p = bam_aux_get(aln, "N2"); - if (!p) - fail("failed to retrieve N2 tag"); - else if (*p != 'c' || bam_aux2i(p) != -2) - fail("N2 field is %c:%"PRId64", expected c:-2", *p, bam_aux2i(p)); - - p = bam_aux_get(aln, "N3"); - if (!p) - fail("failed to retrieve N3 tag"); - else if (*p != 'C' || bam_aux2i(p) != 3) - fail("N3 field is %c:%"PRId64", expected C:3", *p, bam_aux2i(p)); - - // Try changing values with bam_aux_update_int() - i = test_update_int(aln, "N2", 2, 'C', "N3", 3, 'C'); - if (i == 0) test_update_int(aln, "N2", 1234, 'S', "N3", 3, 'C'); - if (i == 0) test_update_int(aln, "N2", -1, 's', "N3", 3, 'C'); - if (i == 0) test_update_int(aln, "N2", 4294967295U, 'I', "N3", 3, 'C'); - if (i == 0) test_update_int(aln, "N2", -2, 'i', "N3", 3, 'C'); - - // Append a value with bam_aux_update_float() - if (bam_aux_update_float(aln, "F1", f1) < 0) - fail("append F1:f tag"); - - p = bam_aux_get(aln, "F1"); - if (!p) - fail("retrieve F1 tag"); - else if (*p != 'f' || bam_aux2f(p) != f1) - fail("F1 field is %c:%e, expected f:%e", *p, bam_aux2f(p), f1); - - // Change a double tag to a float - if (bam_aux_update_float(aln, "F2", f2) < 0) - fail("update F2 tag"); - - p = bam_aux_get(aln, "F2"); - if (!p) - fail("retrieve F2 tag"); - else if (*p != 'f' || bam_aux2f(p) != f2) - fail("F2 field is %c:%e, expected f:%e", *p, bam_aux2f(p), f2); - - // Check the next one is intact too - p = bam_aux_get(aln, "Y1"); - if (!p) - fail("retrieve Y1 tag"); - else if (*p != 'i' && bam_aux2i(p) != -2147483647-1) - fail("Y1 field is %"PRId64", expected -2^31", bam_aux2i(p)); - - // bam_aux_update_array tests - // append a new array - i = test_update_array(aln, "N4", 'c', NELE(n4v1), n4v1, "\0\0", 0, 0); - - // Add a sentinel to check resizes work - if (i == 0) i = test_update_int(aln, "N5", 4242, 'S', "\0\0", 0, 0); - - // alter the array tag a few times - if (i == 0) - i = test_update_array(aln, "N4", 'I', NELE(n4v2), n4v2, - "N5", 4242, 'S'); - if (i == 0) - i = test_update_array(aln, "N4", 's', NELE(n4v3), n4v3, - "N5", 4242, 'S'); - if (i == 0) - i = test_update_array(aln, "N4", 'f', NELE(n4v4), n4v4, - "N5", 4242, 'S'); - if (i == 0) - i = test_update_array(aln, "N4", 'c', NELE(n4v5), n4v5, - "N5", 4242, 'S'); - if (i == 0) - i = test_update_array(aln, "N4", 'i', NELE(n4v6), n4v6, - "N5", 4242, 'S'); - if (i == 0) - i = test_update_array(aln, "N4", 'S', NELE(n4v7), n4v7, - "N5", 4242, 'S'); - - // Append a couple of strings - // First add and remove some data so that failure to NUL-terminate will - // be spotted - bam_aux_update_str(aln,"oo",strlen(hose) + 1,hose); - if ((p = check_bam_aux_get(aln, "oo", 'Z')) && strcmp(bam_aux2Z(p), hose) != 0) - fail("oo field is \"%s\", expected \"%s\"", bam_aux2Z(p), hose); - if (p) bam_aux_del(aln, p); - if (bam_aux_get(aln, "oo")) - fail("oo field wasn't deleted correctly"); - - bam_aux_update_str(aln,"Za",strlen(HELLO),HELLO); - if ((p = check_bam_aux_get(aln, "Za", 'Z')) && strcmp(bam_aux2Z(p), HELLO) != 0) - fail("Za field is \"%s\", expected \"%s\"", bam_aux2Z(p), HELLO); - - bam_aux_update_str(aln,"Zb",strlen(NEW_HELLO2)+1,NEW_HELLO2); - if ((p = check_bam_aux_get(aln, "Zb", 'Z')) && strcmp(bam_aux2Z(p), NEW_HELLO2) != 0) - fail("Zb field is \"%s\", expected \"%s\"", bam_aux2Z(p), NEW_HELLO2); - - if (sam_format1(header, aln, &ks) < 0) - fail("can't format record"); - - if (strcmp(ks.s, r1) != 0) - fail("record formatted incorrectly: \"%s\"", ks.s); - - // Test field removal APIs -- after the strcmp(..., r1) check so that - // can also check the formatting of the to-be-removed fields. - - p = bam_aux_remove(aln, check_bam_aux_get(aln, "XH", 'H')); - if (bam_aux_get(aln, "XH")) - fail("XH field was not removed"); - check_aux_count(aln, 31, "Record post-XH-removal"); - if (strncmp(bam_aux_tag(p), "XB", 2) != 0 || bam_aux_type(p) != 'B') - fail("bam_aux_remove() missed XB field"); - } - else fail("can't read record"); - - if (sam_read1(in, header, aln) >= 0) { - if (sam_format1(header, aln, &ks) < 0) - fail("can't format record r2"); - - if (aln->core.flag != 0x8D) - fail("r2 flag value is 0x%X, expected 0x8D", aln->core.flag); - - if (strcmp(ks.s, r2) != 0) - fail("record r2 formatted incorrectly: \"%s\"", ks.s); - } - else fail("can't read record r2"); - - bam_destroy1(aln); - bam_hdr_destroy(header); - sam_close(in); - free(ks.s); - - return 1; -} - -static void set_qname(void) -{ - static const char sam[] = "data:," -"@SQ\tSN:one\tLN:1000\n" -"@SQ\tSN:two\tLN:500\n" -"r1\t0\tone\t500\t20\t8M\t*\t0\t0\tATGCATGC\tqqqqqqqq\tXA:A:k\tXi:i:37\tXf:f:" xstr(PI) "\tXd:d:" xstr(E) "\tXZ:Z:" HELLO "\tXH:H:" BEEF "\tXB:B:c,-2,0,+2\tB0:B:i,-2147483648,-1,0,1,2147483647\tB1:B:I,0,1,2147483648,4294967295\tB2:B:s,-32768,-1,0,1,32767\tB3:B:S,0,1,32768,65535\tB4:B:c,-128,-1,0,1,127\tB5:B:C,0,1,127,255\tBf:B:f,-3.14159,2.71828\tZZ:i:1000000\tF2:d:2.46801\tY1:i:-2147483648\tY2:i:-2147483647\tY3:i:-1\tY4:i:0\tY5:i:1\tY6:i:2147483647\tY7:i:2147483648\tY8:i:4294967295\n" -"r22\t0x8D\t*\t0\t0\t*\t*\t0\t0\tATGC\tqqqq\n" -"r12345678\t0x8D\t*\t0\t0\t*\t*\t0\t0\tATGC\tqqqq\n" -; - - // Canonical form of the alignment records above, as output by sam_format1() - static const char r1[] = "r1\t0\tone\t500\t20\t8M\t*\t0\t0\tATGCATGC\tqqqqqqqq\tXA:A:k\tXi:i:37\tXf:f:3.14159\tXd:d:2.71828\tXZ:Z:" HELLO "\tXH:H:" BEEF "\tXB:B:c,-2,0,2\tB0:B:i,-2147483648,-1,0,1,2147483647\tB1:B:I,0,1,2147483648,4294967295\tB2:B:s,-32768,-1,0,1,32767\tB3:B:S,0,1,32768,65535\tB4:B:c,-128,-1,0,1,127\tB5:B:C,0,1,127,255\tBf:B:f,-3.14159,2.71828\tZZ:i:1000000\tF2:d:2.46801\tY1:i:-2147483648\tY2:i:-2147483647\tY3:i:-1\tY4:i:0\tY5:i:1\tY6:i:2147483647\tY7:i:2147483648\tY8:i:4294967295"; - static const char r2[] = "r234\t141\t*\t0\t0\t*\t*\t0\t0\tATGC\tqqqq"; - static const char r3[] = "xyz\t141\t*\t0\t0\t*\t*\t0\t0\tATGC\tqqqq"; - - samFile *in = sam_open(sam, "r"); - bam_hdr_t *header = sam_hdr_read(in); - bam1_t *aln = bam_init1(); - kstring_t ks = { 0, 0, NULL }; - - if (sam_read1(in, header, aln) >= 0) { - bam_set_qname(aln, "r1"); - if (sam_format1(header, aln, &ks) < 0) fail("can't format record"); - if (strcmp(ks.s, r1) != 0) fail("record formatted incorrectly:\nGot: \"%s\"\nExp: \"%s\"\n", ks.s, r1); - } - else fail("can't read record"); - - if (sam_read1(in, header, aln) >= 0) { - bam_set_qname(aln, "r234"); - if (sam_format1(header, aln, &ks) < 0) fail("can't format record"); - if (strcmp(ks.s, r2) != 0) fail("record formatted incorrectly:\nGot: \"%s\"\nExp: \"%s\"\n", ks.s, r2); - } - else fail("can't read record"); - - if (sam_read1(in, header, aln) >= 0) { - bam_set_qname(aln, "xyz"); - if (sam_format1(header, aln, &ks) < 0) fail("can't format record"); - if (strcmp(ks.s, r3) != 0) fail("record formatted incorrectly:\nGot: \"%s\"\nExp: \"%s\"\n", ks.s, r3); - } - else fail("can't read record"); - - bam_destroy1(aln); - bam_hdr_destroy(header); - sam_close(in); - free(ks.s); -} - -static void iterators1(void) -{ - hts_itr_destroy(sam_itr_queryi(NULL, HTS_IDX_REST, 0, 0)); - hts_itr_destroy(sam_itr_queryi(NULL, HTS_IDX_NONE, 0, 0)); -} - -// This function uses bam_hdr_t etc as a check ensuring the legacy typedef -// and functions continue to compile successfully. -static void copy_check_alignment(const char *infname, const char *informat, - const char *outfname, const char *outmode, const char *outref) -{ - samFile *in = sam_open(infname, "r"); - samFile *out = sam_open(outfname, outmode); - bam1_t *aln = bam_init1(); - bam_hdr_t *header = NULL; - int res; - - if (!in) { - fail("couldn't open %s", infname); - goto err; - } - if (!out) { - fail("couldn't open %s with mode %s", outfname, outmode); - goto err; - } - if (!aln) { - fail("bam_init1() failed"); - goto err; - } - - if (outref) { - if (hts_set_opt(out, CRAM_OPT_REFERENCE, outref) < 0) { - fail("setting reference %s for %s", outref, outfname); - goto err; - } - } - - header = sam_hdr_read(in); - if (!header) { - fail("reading header from %s", infname); - goto err; - } - if (sam_hdr_write(out, header) < 0) fail("writing headers to %s", outfname); - - while ((res = sam_read1(in, header, aln)) >= 0) { - int mod4 = ((intptr_t) bam_get_cigar(aln)) % 4; - if (mod4 != 0) - fail("%s CIGAR not 4-byte aligned; offset is 4k+%d for \"%s\"", - informat, mod4, bam_get_qname(aln)); - - if (sam_write1(out, header, aln) < 0) fail("writing to %s", outfname); - } - if (res < -1) { - fail("failed to read alignment from %s", infname); - } - - err: - bam_destroy1(aln); - aln = NULL; - bam_hdr_destroy(header); - header = NULL; - if (in) sam_close(in); - if (out) sam_close(out); -} - -static int check_target_names(sam_hdr_t *header, int expected_n_targets, - const char **expected_targets, - const int *expected_lengths) { - int i; - - // Check consistency of target_names array - if (!header->target_name) { - fail("target_name is NULL"); - return -1; - } - if (!header->target_len) { - fail("target_len is NULL"); - return -1; - } - if (header->n_targets != expected_n_targets) { - fail("header->n_targets (%d) != expected_n_targets (%d)", - header->n_targets, expected_n_targets); - return -1; - } - for (i = 0; i < expected_n_targets; i++) { - if (!header->target_name[i] - || strcmp(header->target_name[i], expected_targets[i]) != 0) { - fail("header->target_name[%d] (%s) != \"%s\"", - i, header->target_name[i] ? header->target_name[i] : "NULL", - expected_targets[i]); - return -1; - } - if (header->target_len[i] != expected_lengths[i]) { - fail("header->target_len[%d] (%d) != %d", - i, header->target_len[i], expected_lengths[i]); - return -1; - } - } - return 0; -} - -static void use_header_api(void) { - static const char header_text[] = "data:," - "@HD\tVN:1.4\tGO:group\tSS:coordinate:queryname\n" - "@SQ\tSN:ref0\tLN:100\n" - "@CO\tThis line below will be updated\n" - "@SQ\tSN:ref1\tLN:5001\tM5:983dalu9ue2\n" - "@SQ\tSN:ref1.5\tLN:5001\n" - "@CO\tThis line is good\n" - "@SQ\tSN:ref2\tLN:5002\n"; - - static const char rg_line[] = - { '@', 'R', 'G', '\t', 'I', 'D', ':', 'r', 'u', 'n', '1' }; - - static const char expected[] = - "@HD\tVN:1.5\tSO:coordinate\n" - "@CO\tThis line below will be updated\n" - "@SQ\tSN:ref1\tLN:5001\tM5:kja8u34a2q3\n" - "@CO\tThis line is good\n" - "@SQ\tSN:ref2\tLN:5002\n" - "@SQ\tSN:ref3\tLN:5003\n" - "@PG\tID:samtools\tPN:samtools\tVN:1.9\n" - "@RG\tID:run1\n" - "@RG\tID:run4\n"; - - static const char *expected_targets[] = { "ref1", "ref2", "ref3" }; - static const int expected_lengths[] = { 5001, 5002, 5003 }; - const int expected_n_targets = sizeof(expected_targets) / sizeof(char *); - - const char outfname[] = "test/sam_header.tmp.sam_"; - const char outmode[] = "w"; - FILE *inf = NULL; - char buffer[sizeof(expected) + 1024]; - - samFile *in = sam_open(header_text, "r"); - samFile *out = sam_open(outfname, outmode); - sam_hdr_t *header = NULL; - kstring_t ks = { 0, 0, NULL }; - size_t bytes; - int r; - const char *name; - - if (!in) { - fail("couldn't open file"); - goto err; - } - if (!out) { - fail("couldn't open %s with mode %s", outfname, outmode); - goto err; - } - - header = sam_hdr_read(in); - if (!header) { - fail("reading header from file"); - goto err; - } - r = sam_hdr_remove_tag_id(header, "HD", NULL, NULL, "GO"); - if (r != 1) { fail("sam_hdr_remove_tag_id"); goto err; } - - r = sam_hdr_update_hd(header, "VN", "1.5"); - if (r != 0) { fail("sam_hdr_update_hd"); goto err; } - - r = sam_hdr_add_line(header, "SQ", "SN", "ref3", "LN", "5003", NULL); - if (r < 0) { fail("sam_hdr_add_line"); goto err; } - - r = sam_hdr_update_line(header, "SQ", "SN", "ref1", - "M5", "kja8u34a2q3", NULL); - if (r != 0) { fail("sam_hdr_update_line SQ"); goto err; } - - r = sam_hdr_add_pg(header, "samtools", "VN", "1.9", NULL); - if (r != 0) { fail("sam_hdr_add_pg"); goto err; } - - // Test addition with no newline or trailing NUL - r = sam_hdr_add_lines(header, rg_line, sizeof(rg_line)); - if (r != 0) { fail("sam_hdr_add_lines rg_line"); goto err; } - - // Test header line removal - r = sam_hdr_add_line(header, "RG", "ID", "run2", NULL); - if (r < 0) { fail("sam_hdr_add_line"); goto err; } - - r = sam_hdr_add_line(header, "RG", "ID", "run3", NULL); - if (r < 0) { fail("sam_hdr_add_line"); goto err; } - - r = sam_hdr_add_line(header, "RG", "ID", "run4", NULL); - if (r < 0) { fail("sam_hdr_add_line"); goto err; } - - r = sam_hdr_line_index(header, "RG", "run4"); - if (r != 3) { fail("sam_hdr_line_index - run4~3"); goto err; } - - r = sam_hdr_line_index(header, "RG", "run5"); - if (r != -1) { fail("sam_hdr_line_index - run5~-1"); goto err; } - - name = sam_hdr_line_name(header, "RG", 2); - if (!name || strcmp(name, "run3")) { fail("sam_hdr_line_name - 2~run3"); goto err; } - - name = sam_hdr_line_name(header, "RG", 10); - if (name) { fail("sam_hdr_line_name - 10~NULL"); goto err; } - - r = sam_hdr_remove_line_id(header, "RG", "ID", "run2"); - if (r < 0) { fail("sam_hdr_remove_line_id"); goto err; } - - r = sam_hdr_find_tag_id(header, "RG", "ID", "run3", "ID", &ks); - if (r < 0 || !ks.s || strcmp(ks.s, "run3") != 0) { - fail("sam_hdr_find_tag_id() expected \"run3\" got \"%s\"", - r == 0 && ks.s ? ks.s : "NULL"); - goto err; - } - - r = sam_hdr_remove_line_pos(header, "RG", 1); // Removes run3 - if (r < 0) { fail("sam_hdr_remove_line_pos"); goto err; } - - r = sam_hdr_remove_line_id(header, "SQ", "SN", "ref0"); - if (r < 0) { fail("sam_hdr_remove_line_id"); goto err; } - - r = sam_hdr_remove_line_pos(header, "SQ", 1); // Removes ref1.5 - if (r < 0) { fail("sam_hdr_remove_line_pos"); goto err; } - - r = sam_hdr_find_tag_id(header, "SQ", "SN", "ref1", "M5", &ks); - if (r < 0 || !ks.s || strcmp(ks.s, "kja8u34a2q3") != 0) { - fail("sam_hdr_find_tag_id() expected \"kja8u34a2q3\" got \"%s\"", - r == 0 && ks.s ? ks.s : "NULL"); - goto err; - } - - r = sam_hdr_line_index(header, "RG", "run4"); - if (r != 1) { fail("sam_hdr_line_index - run4~1"); goto err; } - - name = sam_hdr_line_name(header, "RG", 2); - if (name) { fail("sam_hdr_line_name - 2~NULL"); goto err; } - - r = sam_hdr_remove_tag_hd(header, "SS"); - if (r < 0) { - fail("sam_hdr_remove_tag_hd"); - } - - r = sam_hdr_find_hd(header, &ks); - if (r < 0 || !ks.s || strcmp(ks.s, "@HD\tVN:1.5") != 0) { - fail("sam_hdr_find_hd() expected \"@HD\tVN:1.5\" got \"%s\"", - r == 0 && ks.s ? ks.s : "NULL"); - } - - r = sam_hdr_find_tag_hd(header, "VN", &ks); - if (r < 0 || !ks.s || strcmp(ks.s, "1.5") != 0) { - fail("sam_hdr_find_tag_hd() expected \"1.5\" got \"%s\"", - r == 0 && ks.s ? ks.s : "NULL"); - } - - r = sam_hdr_update_hd(header, "SO", "coordinate"); - if (r < 0) { - fail("sam_hdr_update_hd"); - } - - if (check_target_names(header, expected_n_targets, expected_targets, - expected_lengths) < 0) { - goto err; - } - - if ((r = sam_hdr_count_lines(header, "HD")) != 1) { - fail("incorrect HD line count - expected 1, got %d", r); - goto err; - } - if ((r = sam_hdr_count_lines(header, "SQ")) != 3) { - fail("incorrect SQ line count - expected 3, got %d", r); - goto err; - } - if ((r = sam_hdr_count_lines(header, "PG")) != 1) { - fail("incorrect PG line count - expected 1, got %d", r); - goto err; - } - if ((r = sam_hdr_count_lines(header, "RG")) != 2) { - fail("incorrect RG line count - expected 2, got %d", r); - goto err; - } - if ((r = sam_hdr_count_lines(header, "CO")) != 2) { - fail("incorrect CO line count - expected 2, got %d", r); - goto err; - } - - if (sam_hdr_write(out, header) < 0) { - fail("writing headers to \"%s\"", outfname); - goto err; - } - r = sam_close(out); - out = NULL; - if (r < 0) { - fail("close \"%s\"", outfname); - goto err; - } - - inf = fopen(outfname, "r"); - if (!inf) { - fail("Opening written header \"%s\"", outfname); - goto err; - } - bytes = fread(buffer, 1, sizeof(buffer), inf); - if (bytes != sizeof(expected) - 1 || memcmp(buffer, expected, bytes) != 0) { - fail("edited header does not match expected version"); - fprintf(stderr, - "---------- Expected:\n%.*s\n" - "++++++++++ Got:\n%.*s\n" - "====================\n", - (int) sizeof(expected), expected, - (int) bytes, buffer); - goto err; - } - - free(ks_release(&ks)); - - err: - sam_hdr_destroy(header); - header = NULL; - if (in) sam_close(in); - if (out) sam_close(out); - if (inf) fclose(inf); - free(ks_release(&ks)); -} - -static void test_header_pg_lines(void) { - static const char header_text[] = "data:," - "@HD\tVN:1.5\n" - "@PG\tID:prog1\tPN:prog1\n" - "@PG\tID:prog2\tPN:prog2\tPP:prog1\n"; - - static const char expected[] = - "@HD\tVN:1.5\n" - "@PG\tID:prog1\tPN:prog1\n" - "@PG\tID:prog2\tPN:prog2\tPP:prog1\n" - "@PG\tID:prog3\tPN:prog3\tPP:prog2\n" - "@PG\tID:prog4\tPN:prog4\tPP:prog1\n" - "@PG\tID:prog5\tPN:prog5\tPP:prog2\n" - "@PG\tID:prog6\tPN:prog6\tPP:prog3\n" - "@PG\tID:prog6.1\tPN:prog6\tPP:prog4\n" - "@PG\tID:prog6.2\tPN:prog6\tPP:prog5\n" - "@PG\tPN:prog7\tID:my_id\tPP:prog6\n"; - - samFile *in = sam_open(header_text, "r"); - sam_hdr_t *header = NULL; - const char *text = NULL; - enum htsLogLevel old_log_level; - int r; - - if (!in) { - fail("couldn't open file"); - goto err; - } - - header = sam_hdr_read(in); - if (!header) { - fail("reading header from file"); - goto err; - } - - r = sam_hdr_add_pg(header, "prog3", NULL); - if (r != 0) { fail("sam_hdr_add_pg prog3"); goto err; } - - - r = sam_hdr_add_pg(header, "prog4", "PP", "prog1", NULL); - if (r != 0) { fail("sam_hdr_add_pg prog4"); goto err; } - - r = sam_hdr_add_line(header, "PG", "ID", - "prog5", "PN", "prog5", "PP", "prog2", NULL); - if (r != 0) { fail("sam_hdr_add_line @PG ID:prog5"); goto err; } - - r = sam_hdr_add_pg(header, "prog6", NULL); - if (r != 0) { fail("sam_hdr_add_pg prog6"); goto err; } - - r = sam_hdr_add_pg(header, "prog7", "ID", "my_id", "PP", "prog6", NULL); - if (r != 0) { fail("sam_hdr_add_pg prog7"); goto err; } - - text = sam_hdr_str(header); - if (!text) { fail("sam_hdr_str"); goto err; } - - // These should fail - old_log_level = hts_get_log_level(); - hts_set_log_level(HTS_LOG_OFF); - - r = sam_hdr_add_pg(header, "prog8", "ID", "my_id", NULL); - if (r == 0) { fail("sam_hdr_add_pg prog8 (unexpected success)"); goto err; } - - r = sam_hdr_add_pg(header, "prog9", "PP", "non-existent", NULL); - if (r == 0) { fail("sam_hdr_add_pg prog9 (unexpected success)"); goto err; } - - hts_set_log_level(old_log_level); - // End failing tests - - text = sam_hdr_str(header); - if (!text || strcmp(text, expected) != 0) { - fail("edited header does not match expected version"); - fprintf(stderr, - "---------- Expected:\n%s\n" - "++++++++++ Got:\n%s\n" - "====================\n", - expected, text); - goto err; - } - - err: - sam_hdr_destroy(header); - header = NULL; - if (in) sam_close(in); - return; -} - -// Test handling of @PG PP loops -static void test_header_pg_loops(void) { - static const char *header_texts[2] = { - // Loop to self - "data:," - "@HD\tVN:1.5\n" - "@PG\tID:loop1\tPN:prog1\tPP:loop1\n", - - // circuit - "data:," - "@HD\tVN:1.5\n" - "@PG\tID:loop1\tPN:prog1\tPP:loop2\n" - "@PG\tID:loop2\tPN:prog2\tPP:loop1\n" - }; - - static const char *expected[2] = { - "@HD\tVN:1.5\n" - "@PG\tID:loop1\tPN:prog1\tPP:loop1\n" - "@PG\tID:new_prog\tPN:new_prog\tPP:loop1\n", - - "@HD\tVN:1.5\n" - "@PG\tID:loop1\tPN:prog1\tPP:loop2\n" - "@PG\tID:loop2\tPN:prog2\tPP:loop1\n" - "@PG\tID:new_prog\tPN:new_prog\n" - }; - - int i, r; - samFile *in = NULL; - sam_hdr_t *header = NULL; - const char *text = NULL; - enum htsLogLevel old_log_level = hts_get_log_level(); - - // Silence header loop warning - hts_set_log_level(HTS_LOG_OFF); - - for (i = 0; i < 2; i++) { - in = sam_open(header_texts[i], "r"); - if (!in) { - fail("couldn't open file for PG loop test %d", i); - goto err; - } - - header = sam_hdr_read(in); - if (!header) { - fail("reading header for PG loop test %d", i); - goto err; - } - - r = sam_hdr_add_pg(header, "new_prog", NULL); - if (r != 0) { - fail("sam_hdr_add_pg new_prog for PG loop test %d", i); - goto err; - } - - text = sam_hdr_str(header); - if (!text || strcmp(text, expected[i]) != 0) { - fail("edited header does not match expected version for PG loop test %d", i); - fprintf(stderr, - "---------- Expected:\n%s\n" - "++++++++++ Got:\n%s\n" - "====================\n", - expected[i], text); - goto err; - } - sam_hdr_destroy(header); - header = NULL; - if (in) sam_close(in); - in = NULL; - } - hts_set_log_level(old_log_level); - return; - - err: - sam_hdr_destroy(header); - header = NULL; - if (in) sam_close(in); - hts_set_log_level(old_log_level); - return; -} - -static void test_header_updates(void) { - static const char header_text[] = - "@HD\tVN:1.4\n" - "@SQ\tSN:chr1\tLN:100\n" - "@SQ\tSN:chr2\tLN:200\n" - "@SQ\tSN:chr3\tLN:300\n" - "@RG\tID:run1\n" - "@RG\tID:run2\n" - "@RG\tID:run3\n" - "@PG\tID:prog1\tPN:prog1\n"; - - static const char expected[] = - "@HD\tVN:1.4\n" - "@SQ\tSN:1\tLN:100\n" - "@SQ\tSN:chr2\tLN:2000\n" - "@SQ\tSN:chr3\tLN:300\n" - "@RG\tID:run1\tDS:hello\n" - "@RG\tID:aliquot2\n" - "@RG\tID:run3\n" - "@PG\tID:prog1\tPN:prog1\n"; - - static const char *expected_targets[] = { "1", "chr2", "chr3" }; - static const int expected_lengths[] = { 100, 2000, 300 }; - const int expected_n_targets = sizeof(expected_targets) / sizeof(char *); - - sam_hdr_t *header = sam_hdr_parse(sizeof(header_text) - 1, header_text); - const char *hdr_str; - int r, i, old_log_level; - - if (!header) { - fail("creating sam header"); - goto err; - } - - if (sam_hdr_name2tid(header, "chr1") != 0) { // Should now be unknown - fail("sam_hdr_name2tid(\"chr1\") != 0"); - goto err; - } - - r = sam_hdr_update_line(header, "SQ", "SN", "chr2", "LN", "2000", NULL); - if (r != 0) { fail("sam_hdr_update_line SQ SN chr2 LN 2000"); goto err; } - r = sam_hdr_update_line(header, "SQ", "SN", "chr1", "SN", "1", NULL); - if (r != 0) { fail("sam_hdr_update_line SQ SN chr1 SN 1"); goto err; } - r = sam_hdr_update_line(header, "RG", "ID", "run1", "DS", "hello", NULL); - if (r != 0) { fail("sam_hdr_update_line RG ID run1 DS hello"); goto err; } - r = sam_hdr_update_line(header, "RG", "ID", "run2", "ID", "aliquot2", NULL); - if (r != 0) { fail("sam_hdr_update_line RG ID run2 ID aliquot2"); goto err; } - - // These should fail - old_log_level = hts_get_log_level(); - hts_set_log_level(HTS_LOG_OFF); - - r = sam_hdr_update_line(header, "PG", "ID", "prog1", "ID", "prog2", NULL); - if (r == 0) { fail("sam_hdr_update_line PG ID prog1 ID prog2"); goto err; } - - r = sam_hdr_update_line(header, "SQ", "SN", "chr3", "SN", "chr2", NULL); - if (r == 0) { fail("sam_hdr_update_line SQ SN chr3 SN chr2"); goto err; } - - r = sam_hdr_update_line(header, "RG", "ID", "run3", "ID", "run1", NULL); - if (r == 0) { fail("sam_hdr_update_line RG ID run3 ID run1"); goto err; } - - hts_set_log_level(old_log_level); - // End failing tests - - if (check_target_names(header, expected_n_targets, expected_targets, - expected_lengths) < 0) { - goto err; - } - - for (i = 0; i < expected_n_targets; i++) { - if (sam_hdr_name2tid(header, expected_targets[i]) != i) { - fail("sam_hdr_name2tid unexpected result"); - goto err; - } - } - if (sam_hdr_name2tid(header, "chr1") != -1) { // Should now be unknown - fail("sam_hdr_name2tid(\"chr1\") != -1"); - goto err; - } - - hdr_str = sam_hdr_str(header); - if (!hdr_str || strcmp(hdr_str, expected) != 0) { - fail("edited header does not match expected version"); - fprintf(stderr, - "---------- Expected:\n%s\n" - "++++++++++ Got:\n%s\n" - "====================\n", - expected, hdr_str ? hdr_str : ""); - goto err; - } - - err: - sam_hdr_destroy(header); -} - -static void test_header_remove_lines(void) { - static const char header_text[] = - "@HD\tVN:1.4\n" - "@SQ\tSN:chr1\tLN:100\n" - "@SQ\tSN:chr2\tLN:200\n" - "@SQ\tSN:chr3\tLN:300\n" - "@RG\tID:run1\n" - "@RG\tID:run2\n" - "@RG\tID:run3\n" - "@PG\tID:prog1\tPN:prog1\n"; - - static const char expected[] = - "@HD\tVN:1.4\n" - "@SQ\tSN:chr1\tLN:100\n" - "@SQ\tSN:chr3\tLN:300\n" - "@PG\tID:prog1\tPN:prog1\n"; - - sam_hdr_t *header = sam_hdr_parse(sizeof(header_text) - 1, header_text); - keephash_t rh = kh_init(keep); - khint_t k; - const char *hdr_str; - int r = 0; - - if (!header) { - fail("creating sam header"); - goto err; - } - if (!rh) { - fail("creating keep hash table"); - goto err; - } - - kh_put(keep, rh, strdup("chr3"), &r); - if (r < 0) { fail("adding chr3 to hash table"); goto err; } - kh_put(keep, rh, strdup("chr1"), &r); - if (r < 0) { fail("adding chr1 to hash table"); goto err; } - - r = sam_hdr_remove_lines(header, "SQ", "SN", rh); - if (r != 0) { fail("sam_hdr_remove_lines SQ SN rh"); goto err; } - - r = sam_hdr_remove_lines(header, "RG", "ID", NULL); - if (r != 0) { fail("sam_hdr_remove_lines RG ID NULL"); goto err; } - - hdr_str = sam_hdr_str(header); - if (!hdr_str || strcmp(hdr_str, expected) != 0) { - fail("edited header does not match expected version"); - fprintf(stderr, - "---------- Expected:\n%s\n" - "++++++++++ Got:\n%s\n" - "====================\n", - expected, hdr_str ? hdr_str : ""); - goto err; - } - - err: - if (rh) { - for (k = 0; k < kh_end(rh); ++k) - if (kh_exist(rh, k)) free((char*)kh_key(rh, k)); - kh_destroy(keep, rh); - } - if (header) sam_hdr_destroy(header); -} - -static void check_ref_lookup(sam_hdr_t *header, const char *msg, ...) { - const char *name; - va_list args; - va_start(args, msg); - while ((name = va_arg(args, const char *)) != NULL) { - int exp = va_arg(args, int); - int tid = sam_hdr_name2tid(header, name); - if (tid != exp) - fail("%s: altname \"%s\" => %d (expected %d)", msg, name, tid, exp); - } - va_end(args); -} - -static void test_header_ref_altnames(void) { - static const char initial_header[] = - "@SQ\tSN:1\tLN:100\tAN:chr1\n" - "@SQ\tSN:chr2\tAN:2\tLN:200\n" - "@SQ\tSN:3\tLN:300\n" - "@SQ\tSN:chrMT\tLN:16569\tAN:MT,chrM,M\n"; - - sam_hdr_t *header = sam_hdr_init(); - if (header == NULL) { fail("sam_hdr_init"); return; } - - if (sam_hdr_add_lines(header, initial_header, 0) < 0) - fail("sam_hdr_add_lines() for altnames"); - - check_ref_lookup(header, "initial", - "1", 0, "chr1", 0, "2", 1, "chr2", 1, "3", 2, - "chrMT", 3, "chrM", 3, "M", 3, "fred", -1, "barney", -1, - NULL); - - if (sam_hdr_add_line(header, "SQ", "AN", "fred", "LN", "500", "SN", "barney", NULL) < 0) - fail("sam_hdr_add_line() for altnames"); - - check_ref_lookup(header, "barney added", - "1", 0, "chr1", 0, "2", 1, "chr2", 1, "3", 2, - "chrMT", 3, "chrM", 3, "M", 3, "fred", 4, "barney", 4, - NULL); - - if (sam_hdr_remove_line_id(header, "SQ", "SN", "chr2") < 0) - fail("sam_hdr_remove_line_id() for altnames"); - - check_ref_lookup(header, "chr2 removed", - "1", 0, "chr1", 0, "2", -1, "chr2", -1, "3", 1, - "chrMT", 2, "chrM", 2, "M", 2, "fred", 3, "barney", 3, - NULL); - - if (sam_hdr_remove_tag_id(header, "SQ", "SN", "1", "AN") < 0) - fail("sam_hdr_remove_tag_id() for altnames"); - - check_ref_lookup(header, "1's AN removed", - "1", 0, "chr1", -1, "CM000663", -1, "2", -1, "chr2", -1, "3", 1, - "chrMT", 2, "chrM", 2, "M", 2, "fred", 3, "barney", 3, - NULL); - - sam_hdr_destroy(header); - - static const char initial_header_duplicates[] = - "@SQ\tSN:1\tLN:100\tAN:foo,2\n" - "@SQ\tSN:2\tLN:200\tAN:bar\n" - "@SQ\tSN:3\tLN:300\tAN:baz,3\n"; - - header = sam_hdr_init(); - if (header == NULL) { fail("sam_hdr_init"); return; } - - int old_log_level = hts_get_log_level(); - hts_set_log_level(HTS_LOG_ERROR); // Silence "Duplicate entry AN:2" warning - - if (sam_hdr_add_lines(header, initial_header_duplicates, 0) < 0) - fail("sam_hdr_add_lines() for altnames with duplicates"); - - hts_set_log_level(old_log_level); - - // Check "2" is SN:2 and not AN:2 - check_ref_lookup(header, "initial_header_duplicates", - "1", 0, "foo", 0, - "2", 1, "bar", 1, - "3", 2, "baz", 2, NULL); - - if (sam_hdr_remove_tag_id(header, "SQ", "SN", "1", "AN") < 0) - fail("sam_hdr_remove_tag_id() for duplicate altnames SN:1"); - - // Check "2" still works and "foo" does not - check_ref_lookup(header, "initial_header_duplicates", - "1", 0, "foo", -1, - "2", 1, "bar", 1, - "3", 2, "baz", 2, NULL); - - if (sam_hdr_remove_tag_id(header, "SQ", "SN", "3", "AN") < 0) - fail("sam_hdr_remove_tag_id() for duplicate altnames SN:3"); - - // Check "3" still works and "baz" does not - check_ref_lookup(header, "initial_header_duplicates", - "1", 0, "foo", -1, - "2", 1, "bar", 1, - "3", 2, "baz", -1, NULL); - - sam_hdr_destroy(header); -} - -#define ABC50 "abcdefghijklmnopqrstuvwxyabcdefghijklmnopqrstuvwxy" -#define ABC250 ABC50 ABC50 ABC50 ABC50 ABC50 - -static void samrecord_layout(void) -{ - static const char qnames[] = "data:," -"@SQ\tSN:CHROMOSOME_II\tLN:5000\n" - "a\t0\tCHROMOSOME_II\t100\t10\t4M\t*\t0\t0\tATGC\tqqqq\n" - "bc\t0\tCHROMOSOME_II\t200\t10\t4M\t*\t0\t0\tATGC\tqqqq\n" - "def\t0\tCHROMOSOME_II\t300\t10\t4M\t*\t0\t0\tATGC\tqqqq\n" - "ghij\t0\tCHROMOSOME_II\t400\t10\t4M\t*\t0\t0\tATGC\tqqqq\n" -"klmno\t0\tCHROMOSOME_II\t500\t10\t4M\t*\t0\t0\tATGC\tqqqq\n" - ABC250 "\t0\tCHROMOSOME_II\t600\t10\t4M\t*\t0\t0\tATGC\tqqqq\n" - ABC250 "1\t0\tCHROMOSOME_II\t650\t10\t4M\t*\t0\t0\tATGC\tqqqq\n" - ABC250 "12\t0\tCHROMOSOME_II\t700\t10\t4M\t*\t0\t0\tATGC\tqqqq\n" - ABC250 "123\t0\tCHROMOSOME_II\t750\t10\t4M\t*\t0\t0\tATGC\tqqqq\n" - ABC250 "1234\t0\tCHROMOSOME_II\t800\t10\t4M\t*\t0\t0\tATGC\tqqqq\n" -; - - size_t bam1_t_size, bam1_t_size2; - - assert(sizeof(hts_pos_t) == 8 || sizeof(hts_pos_t) == 4); - int core_size = sizeof(hts_pos_t) == 8 ? 48 : 36; - bam1_t_size = (core_size + sizeof(int) + sizeof(char *) + sizeof(uint64_t) - + 2 * sizeof(uint32_t)); - bam1_t_size2 = bam1_t_size + 4; // Account for padding on some platforms - - if (sizeof (bam1_core_t) != core_size) - fail("sizeof bam1_core_t is %zu, expected %d", - sizeof (bam1_core_t), core_size); - - if (sizeof (bam1_t) != bam1_t_size && sizeof (bam1_t) != bam1_t_size2) - fail("sizeof bam1_t is %zu, expected either %zu or %zu", - sizeof(bam1_t), bam1_t_size, bam1_t_size2); - - copy_check_alignment(qnames, "SAM", - "test/sam_alignment.tmp.bam", "wb", NULL); - copy_check_alignment("test/sam_alignment.tmp.bam", "BAM", - "test/sam_alignment.tmp.cram", "wc", "test/ce.fa"); - copy_check_alignment("test/sam_alignment.tmp.cram", "CRAM", - "test/sam_alignment.tmp.sam_", "w", NULL); -} - -static int check_ref_lengths(const sam_hdr_t *header, - const hts_pos_t *expected_lengths, - int num_refs, const char *hdr_name) -{ - int i; - for (i = 0; i < num_refs; i++) { - hts_pos_t ln = sam_hdr_tid2len(header, i); - if (ln != expected_lengths[i]) { - fail("Wrong length for %s ref %d : " - "expected %"PRIhts_pos" got %"PRIhts_pos"\n", - hdr_name, i, expected_lengths[i], ln); - return -1; - } - } - return 0; -} - -static void check_big_ref(int parse_header) -{ - static const char sam_text[] = "data:," - "@HD\tVN:1.4\n" - "@SQ\tSN:large#1\tLN:5000000000\n" - "@SQ\tSN:small#1\tLN:100\n" - "@SQ\tSN:large#2\tLN:4611686018427387904\n" - "@SQ\tSN:small#2\tLN:1\n" - "r1\t0\tlarge#1\t4999999000\t50\t8M\t*\t0\t0\tACGTACGT\tabcdefgh\n" - "r2\t0\tsmall#1\t1\t50\t8M\t*\t0\t0\tACGTACGT\tabcdefgh\n" - "r3\t0\tlarge#2\t4611686018427387000\t50\t8M\t*\t0\t0\tACGTACGT\tabcdefgh\n" - "p1\t99\tlarge#2\t1\t50\t8M\t=\t4611686018427387895\t4611686018427387903\tACGTACGT\tabcdefgh\n" - "p1\t147\tlarge#2\t4611686018427387895\t50\t8M\t=\t1\t-4611686018427387903\tACGTACGT\tabcdefgh\n" - "r4\t0\tsmall#2\t2\t50\t8M\t*\t0\t0\tACGTACGT\tabcdefgh\n"; - const hts_pos_t expected_lengths[] = { - 5000000000LL, 100LL, 4611686018427387904LL, 1LL - }; - const int expected_tids[] = { - 0, 1, 2, 2, 2, 3 - }; - const int expected_mtid[] = { - -1, -1, -1, 2, 2, -1 - }; - const hts_pos_t expected_positions[] = { - 4999999000LL - 1, 1LL - 1, 4611686018427387000LL - 1, 1LL - 1, - 4611686018427387895LL - 1, 2LL - 1 - }; - const hts_pos_t expected_mpos[] = { - -1, -1, -1, 4611686018427387895LL - 1, 1LL - 1, -1 - }; - samFile *in = NULL, *out = NULL; - sam_hdr_t *header = NULL, *dup_header = NULL; - bam1_t *aln = bam_init1(); - const int num_refs = sizeof(expected_lengths) / sizeof(expected_lengths[0]); - const int num_align = sizeof(expected_tids) / sizeof(expected_tids[0]); - const char *outfname = "test/sam_big_ref.tmp.sam_"; - int i, r; - char buffer[sizeof(sam_text) + 1024]; - FILE *inf = NULL; - size_t bytes; - - if (!aln) { - fail("Out of memory"); - goto cleanup; - } - - in = sam_open(sam_text, "r"); - if (!in) { - fail("Opening SAM file"); - goto cleanup; - } - out = sam_open(outfname, "w"); - if (!out) { - fail("Opening output SAM file \"%s\"", outfname); - goto cleanup; - } - header = sam_hdr_read(in); - if (!header) { - fail("Reading SAM header"); - goto cleanup; - } - if (parse_header) { - // This will force the header to be parsed - if (sam_hdr_count_lines(header, "SQ") != num_refs) { - fail("Wrong number of SQ lines in header"); - goto cleanup; - } - } - if (check_ref_lengths(header, expected_lengths, num_refs, "header") < 0) - goto cleanup; - - dup_header = sam_hdr_dup(header); - if (!dup_header) { - fail("Failed to duplicate header"); - } - - if (check_ref_lengths(dup_header, expected_lengths, - num_refs, "duplicate header") < 0) - goto cleanup; - - if (sam_hdr_count_lines(dup_header, "SQ") != num_refs) { - fail("Wrong number of SQ lines in duplicate header"); - goto cleanup; - } - - if (check_ref_lengths(dup_header, expected_lengths, - num_refs, "parsed duplicate header") < 0) - goto cleanup; - - if (sam_hdr_write(out, header) < 0) { - fail("Failed to write SAM header"); - goto cleanup; - } - i = 0; - while ((r = sam_read1(in, header, aln)) >= 0) { - if (i >= num_align) { - fail("Too many alignment records.\n"); - goto cleanup; - } - if (aln->core.tid != expected_tids[i]) { - fail("Wrong tid for record %d : expected %d got %d\n", - i, expected_tids[i], aln->core.tid); - goto cleanup; - } - if (aln->core.mtid != expected_mtid[i]) { - fail("Wrong mate tid for record %d : expected %d got %d\n", - i, expected_mtid[i], aln->core.mtid); - goto cleanup; - } - if (aln->core.pos != expected_positions[i]) { - fail("Wrong position for record %d : " - "expected %"PRIhts_pos" got %"PRIhts_pos"\n", - i, expected_positions[i], aln->core.pos); - } - if (aln->core.mpos != expected_mpos[i]) { - fail("Wrong mate position for record %d : " - "expected %"PRIhts_pos" got %"PRIhts_pos"\n", - i, expected_mpos[i], aln->core.mpos); - } - if (sam_write1(out, header, aln) < 0) { - fail("Failed to write alignment record %d\n", i); - goto cleanup; - } - i++; - } - if (r < -1) { - fail("Error reading SAM alignment\n"); - goto cleanup; - } - if (i < num_align) { - fail("Not enough alignment records\n"); - goto cleanup; - } - r = sam_close(in); in = NULL; - if (r < 0) { - fail("sam_close(in)"); - goto cleanup; - } - r = sam_close(out); out = NULL; - if (r < 0) { - fail("sam_close(out)"); - goto cleanup; - } - - inf = fopen(outfname, "r"); - if (!inf) { - fail("Opening \"%s\"", outfname); - goto cleanup; - } - bytes = fread(buffer, 1, sizeof(buffer), inf); - if (bytes != sizeof(sam_text) - 7 - || memcmp(buffer, sam_text + 6, bytes - 7) != 0) { - fail("Output file does not match original version"); - fprintf(stderr, - "---------- Expected:\n%.*s\n" - "++++++++++ Got:\n%.*s\n" - "====================\n", - (int) sizeof(sam_text) - 7, sam_text + 6, - (int) bytes, buffer); - goto cleanup; - } - - cleanup: - bam_destroy1(aln); - sam_hdr_destroy(header); - sam_hdr_destroy(dup_header); - if (in) sam_close(in); - if (out) sam_close(out); - if (inf) fclose(inf); - unlink(outfname); - return; -} - -static void faidx1(const char *filename) -{ - int n, n_exp = 0, n_fq_exp = 0; - char tmpfilename[FILENAME_MAX], line[500]; - FILE *fin, *fout; - faidx_t *fai; - - fin = fopen(filename, "rb"); - if (fin == NULL) fail("can't open %s", filename); - snprintf(tmpfilename, sizeof(tmpfilename), "%s.tmp", filename); - fout = fopen(tmpfilename, "wb"); - if (fout == NULL) fail("can't create temporary %s", tmpfilename); - while (fgets(line, sizeof line, fin)) { - if (line[0] == '>') n_exp++; - if (line[0] == '+' && line[1] == '\n') n_fq_exp++; - fputs(line, fout); - } - fclose(fin); - fclose(fout); - - if (n_exp == 0 && n_fq_exp != 0) { - // probably a fastq file - n_exp = n_fq_exp; - } - - if (fai_build(tmpfilename) < 0) fail("can't index %s", tmpfilename); - fai = fai_load(tmpfilename); - if (fai == NULL) { fail("can't load faidx file %s", tmpfilename); return; } - - n = faidx_fetch_nseq(fai); - if (n != n_exp) - fail("%s: faidx_fetch_nseq returned %d, expected %d", filename, n, n_exp); - - n = faidx_nseq(fai); - if (n != n_exp) - fail("%s: faidx_nseq returned %d, expected %d", filename, n, n_exp); - - fai_destroy(fai); -} - -static void test_empty_sam_file(const char *filename) -{ - samFile *in = sam_open(filename, "r"); - if (in) { - enum htsExactFormat format = hts_get_format(in)->format; - bam1_t *aln = bam_init1(); - sam_hdr_t *header = sam_hdr_read(in); - int ret = sam_read1(in, header, aln); - - if (format != empty_format) - fail("detected %s as %d (expected empty_format)", filename, format); - if (header) - fail("sam_hdr_read() from %s should fail", filename); - if (ret >= -1) - fail("sam_read1() from %s returned %d but should fail", filename, ret); - - bam_destroy1(aln); - sam_hdr_destroy(header); - sam_close(in); - } - else fail("can't open %s to read as SAM", filename); -} - -static void test_text_file(const char *filename, int nexp) -{ - htsFile *in = hts_open(filename, "r"); - if (in) { - kstring_t str = KS_INITIALIZE; - int ret, n = 0; - while ((ret = hts_getline(in, '\n', &str)) >= 0) { - size_t len = strlen(str.s); - n++; - if (ret != len) fail("hts_getline read length %d (expected %zu)", ret, len); - } - if (ret != -1) fail("hts_getline got an error from %s", filename); - if (n != nexp) fail("hts_getline read %d lines from %s (expected %d)", n, filename, nexp); - - hts_close(in); - free(str.s); - } - else fail("can't open %s to read as text", filename); -} - -static void check_enum1(void) -{ - // bgzf_compression() returns int, but enjoys this correspondence - if (no_compression != 0) fail("no_compression is %d", no_compression); - if (gzip != 1) fail("gzip is %d", gzip); - if (bgzf != 2) fail("bgzf is %d", bgzf); -} - -static void check_cigar_tab(void) -{ - int i, n_neg = 0; - - for (i = 0; i < 256; ++i) - if (bam_cigar_table[i] < 0) n_neg++; - - if (n_neg + strlen(BAM_CIGAR_STR) != 256) - fail("bam_cigar_table has %d unset entries", n_neg); - - for (i = 0; BAM_CIGAR_STR[i]; ++i) - if (bam_cigar_table[(unsigned char) BAM_CIGAR_STR[i]] != i) - fail("bam_cigar_table['%c'] is not %d", BAM_CIGAR_STR[i], i); -} - -#define MAX_RECS 1000 -#define SEQ_LEN 100 -#define REC_LENGTH 150 // Undersized so some won't fit. - -static int generator(const char *name) -{ - FILE *f = fopen(name, "w"); - char *ref = NULL; - char qual[101]; - size_t i; - uint32_t lfsr = 0xbadcafe; - int res = -1; - - if (!f) { - fail("Couldn't open \"%s\"", name); - return -1; - } - - ref = malloc(MAX_RECS + SEQ_LEN + 1); - if (!ref) goto cleanup; - for (i = 0; i < MAX_RECS + SEQ_LEN; i++) { - // Linear-feedback shift register to make random reference - lfsr ^= lfsr << 13; - lfsr ^= lfsr >> 17; - lfsr ^= lfsr << 5; - ref[i] = "ACGT"[lfsr & 3]; - } - ref[MAX_RECS + SEQ_LEN] = '\0'; - for (i = 0; i < SEQ_LEN; i++) { - qual[i] = 'A' + (i & 0xf); - } - - if (fputs("@HD\tVN:1.4\n", f) < 0) goto cleanup; - if (fprintf(f, "@SQ\tSN:ref1\tLN:%d\n", MAX_RECS + SEQ_LEN) < 0) - goto cleanup; - for (i = 0; i < MAX_RECS; i++) { - if (fprintf(f, "read%zu\t0\tref1\t%zu\t64\t100M\t*\t0\t0\t%.*s\t%.*s\n", - i + 1, i + 1, SEQ_LEN, ref + i, SEQ_LEN, qual) < 0) - goto cleanup; - } - - if (fclose(f) == 0) - res = 0; - f = NULL; - - cleanup: - if (f) fclose(f); - free(ref); - return res; -} - -static int read_data_block(const char *in_name, samFile *fp_in, - const char *out_name, samFile *fp_out, - sam_hdr_t *header, bam1_t *recs, size_t max_recs, - uint8_t *buffer, size_t bufsz, size_t *nrecs_out) { - size_t buff_used = 0, nrecs; - uint32_t new_m_data; - int ret = -1, res = -1; - - for (nrecs = 0; nrecs < max_recs; nrecs++) { - bam_set_mempolicy(&recs[nrecs], - BAM_USER_OWNS_STRUCT|BAM_USER_OWNS_DATA); - - recs[nrecs].data = &buffer[buff_used]; - recs[nrecs].m_data = bufsz - buff_used; - - res = sam_read1(fp_in, header, &recs[nrecs]); - if (res < 0) break; // EOF or error - - if (fp_out) { - if (sam_write1(fp_out, header, &recs[nrecs]) < 0) { - nrecs++; // To return correct count - fail("sam_write1() to \"%s\"", out_name); - goto out; - } - } - - if ((bam_get_mempolicy(&recs[nrecs]) & BAM_USER_OWNS_DATA) == 0) { - continue; // Data not put in buffer - } - - new_m_data = ((uint32_t) recs[nrecs].l_data + 7) & (~7U); - if (new_m_data < recs[nrecs].m_data) recs[nrecs].m_data = new_m_data; - - buff_used += recs[nrecs].m_data; - } - if (res < -1) { - fail("sam_read1() from \"%s\" failed", in_name); - } else { - ret = 0; - } - - out: - *nrecs_out = nrecs; - return ret; -} - -static void test_parse_decimal1(long long exp, const char *str, size_t exp_consumed, int flags, const char *warning) -{ - if (warning) fprintf(stderr, "(Expect %s message for \"%s\")\n", warning, str); - - long long val = hts_parse_decimal(str, NULL, flags); - if (val != exp) fail("hts_parse_decimal(\"%s\", NULL, %d) returned %lld, expected %lld", str, flags, val, exp); - - char *end; - val = hts_parse_decimal(str, &end, flags); - if (val != exp) fail("hts_parse_decimal(\"%s\", ..., %d) returned %lld, expected %lld", str, flags, val, exp); - size_t consumed = end - str; - if (consumed != exp_consumed) fail("hts_parse_decimal(\"%s\", ..., %d) consumed %zu chars, expected %zu", str, flags, consumed, exp_consumed); -} - -static void test_parse_decimal(void) -{ - test_parse_decimal1(37, "+37", 3, 0, NULL); - test_parse_decimal1(-1001, " \t -1,001x", 9, HTS_PARSE_THOUSANDS_SEP, "trailing 'x'"); - test_parse_decimal1(LLONG_MAX, "+9223372036854775807", 20, 0, NULL); - test_parse_decimal1(LLONG_MIN, "-9,223,372,036,854,775,808", 26, HTS_PARSE_THOUSANDS_SEP, NULL); - test_parse_decimal1(1500, "1.5e3", 5, 0, NULL); - test_parse_decimal1(1500, "1.5e+3k", 6, 0, "trailing 'k'"); - test_parse_decimal1(1500000000, "1.5G", 4, 0, NULL); - test_parse_decimal1(12345, "12.345k", 7, 0, NULL); - test_parse_decimal1(12345, "12.3456k", 8, 0, "dropped fraction"); - test_parse_decimal1(0, "A", 0, 0, "invalid numeric"); - test_parse_decimal1(0, "G", 0, 0, "invalid numeric"); - test_parse_decimal1(0, " +/-", 0, 0, "invalid numeric"); - test_parse_decimal1(0, " \t -.e+9999", 0, 0, "invalid numeric"); -} - -static void test_mempolicy(void) -{ - size_t bufsz = MAX_RECS * REC_LENGTH, nrecs = 0, i; - bam1_t *recs = calloc(MAX_RECS, sizeof(bam1_t)); - uint8_t *buffer = malloc(bufsz); - const char *fname = "test/sam_alignment.tmp.sam"; - const char *bam_name = "test/sam_alignment.tmp.bam"; - const char *cram_name = "test/sam_alignment.tmp.cram"; - const char tag_text[] = - "lengthy text ... lengthy text ... lengthy text ... lengthy text ... " - "lengthy text ... lengthy text ... lengthy text ... lengthy text ... " - "lengthy text ... lengthy text ... lengthy text ... lengthy text ... " - "lengthy text ... lengthy text ... lengthy text ... lengthy text ... " - "lengthy text ... lengthy text ... lengthy text ... lengthy text ... "; - int res = 0; - samFile *fp = NULL, *bam_fp = NULL, *cram_fp = NULL; - htsFormat cram_fmt; - sam_hdr_t *header = NULL; - - if (!recs || !buffer) { - fail("Allocating buffer"); - goto cleanup; - } - - memset(&cram_fmt, 0, sizeof(cram_fmt)); - - // Make test file - if (generator(fname) < 0) - goto cleanup; - - // Open and read header - fp = sam_open(fname, "r"); - if (!fp) { - fail("sam_open(\"%s\")", fname); - goto cleanup; - } - - bam_fp = sam_open(bam_name, "wb"); - if (!fp) { - fail("sam_open(\"%s\")", bam_name); - goto cleanup; - } - - header = sam_hdr_read(fp); - if (!header) { - fail("read header from \"%s\"", fname); - goto cleanup; - } - - if (sam_hdr_write(bam_fp, header) < 0) { - fail("sam_hdr_write() to \"%s\"", bam_name); - goto cleanup; - } - - if (read_data_block(fname, fp, bam_name, bam_fp, header, recs, - MAX_RECS, buffer, bufsz, &nrecs) < 0) - goto cleanup; - - res = sam_close(bam_fp); - bam_fp = NULL; - if (res < 0) { - fail("sam_close(\"%s\")", bam_name); - goto cleanup; - } - - // Add a big tag to some records so they no longer fit in the allocated - // buffer space. - for (i = 0; i < MAX_RECS; i += 11) { - if (bam_aux_update_str(&recs[i], "ZZ", - sizeof(tag_text) - 1, tag_text) < 0) { - fail("bam_aux_update_str()"); - goto cleanup; - } - } - - // Delete all the records. bam_destroy1() should free the data - // for the ones that were expanded. - for (i = 0; i < nrecs; i++) { - bam_destroy1(&recs[i]); - } - - res = sam_close(fp); - fp = NULL; - if (res < 0) { - fail("sam_close(\"%s\")", fname); - goto cleanup; - } - - // Same test but reading BAM, writing CRAM - nrecs = 0; - sam_hdr_destroy(header); - header = NULL; - - bam_fp = sam_open(bam_name, "r"); - if (!bam_fp) { - fail("sam_open(\"%s\", \"r\")", bam_name); - goto cleanup; - } - - if (hts_parse_format(&cram_fmt, "cram,no_ref") < 0) { - fail("hts_parse_format"); - goto cleanup; - } - cram_fp = hts_open_format(cram_name, "wc", &cram_fmt); - if (!cram_fp) { - fail("hts_open_format(\"%s\", \"wc\")", cram_name); - goto cleanup; - } - - header = sam_hdr_read(bam_fp); - if (!header) { - fail("read header from \"%s\"", bam_name); - goto cleanup; - } - - if (sam_hdr_write(cram_fp, header) < 0) { - fail("sam_hdr_write() to \"%s\"", cram_name); - goto cleanup; - } - - if (read_data_block(bam_name, bam_fp, cram_name, cram_fp, header, recs, - MAX_RECS, buffer, bufsz, &nrecs) < 0) - goto cleanup; - - res = sam_close(cram_fp); - cram_fp = NULL; - if (res < 0) { - fail("sam_close(\"%s\")", cram_name); - goto cleanup; - } - - for (i = 0; i < MAX_RECS; i += 11) { - if (bam_aux_update_str(&recs[i], "ZZ", - sizeof(tag_text) - 1, tag_text) < 0) { - fail("bam_aux_update_str()"); - goto cleanup; - } - } - - for (i = 0; i < nrecs; i++) { - bam_destroy1(&recs[i]); - } - - // Now try reading the cram file - nrecs = 0; - sam_hdr_destroy(header); - header = NULL; - - cram_fp = sam_open(cram_name, "r"); - if (!cram_fp) { - fail("sam_open(\"%s\", \"r\")", cram_name); - goto cleanup; - } - - header = sam_hdr_read(cram_fp); - if (!header) { - fail("read header from \"%s\"", cram_name); - goto cleanup; - } - - if (read_data_block(cram_name, cram_fp, NULL, NULL, header, recs, - MAX_RECS, buffer, bufsz, &nrecs) < 0) - goto cleanup; - - for (i = 0; i < MAX_RECS; i += 11) { - if (bam_aux_update_str(&recs[i], "ZZ", - sizeof(tag_text) - 1, tag_text) < 0) { - fail("bam_aux_update_str()"); - goto cleanup; - } - } - - cleanup: - sam_hdr_destroy(header); - if (fp) sam_close(fp); - if (bam_fp) sam_close(bam_fp); - if (cram_fp) sam_close(cram_fp); - - for (i = 0; i < nrecs; i++) { - bam_destroy1(&recs[i]); - } - free(buffer); - free(recs); - if (cram_fmt.specific) { - hts_opt_free(cram_fmt.specific); - } -} - -static void test_bam_set1_minimal(void) -{ - int r; - bam1_t *bam = NULL; - bam = bam_init1(); - VERIFY(bam != NULL, "failed to initialize BAM struct."); - - r = bam_set1(bam, 0, NULL, BAM_FUNMAP, -1, 0, 0xff, 0, NULL, -1, 0, 0, 0, NULL, NULL, 0); - // expected number of bytes written is qname: 4, cigar: 0, sequence: 0, qual: 0, aux: 0. - VERIFY(r == 4, "call to bam_set1() failed or did not write the correct number of bytes."); - - VERIFY(bam->core.l_qname == 4, "l_qname should include terminating null and be padded to the nearest 32-bit boundary."); - VERIFY(bam->core.l_extranul == 2, "l_extranul not set correctly"); - VERIFY(strcmp(bam_get_qname(bam), "*") == 0, "qname not set correctly."); - - VERIFY(bam->core.pos == 0, "pos not set correctly."); - VERIFY(bam->core.tid == -1, "tid not set correctly."); - VERIFY(bam->core.bin == hts_reg2bin(0, 1, 14, 5), "bin not set correctly."); - VERIFY(bam->core.qual == 0xff, "mapq not set correctly."); - VERIFY(bam->core.flag == BAM_FUNMAP, "flag not set correctly."); - VERIFY(bam->core.n_cigar == 0, "n_cigar not set correctly."); - VERIFY(bam->core.mtid == -1, "mtid not set correctly."); - VERIFY(bam->core.mpos == 0, "mpos not set correctly."); - VERIFY(bam->core.isize == 0, "isize not set correctly."); - VERIFY(bam->core.l_qseq == 0, "l_seq not set correctly."); - VERIFY(bam_get_l_aux(bam) == 0, "l_aux not set correctly."); - -cleanup: - if (bam != NULL) bam_destroy1(bam); -} - -static void test_bam_set1_full(void) -{ - const char *qname = "!??AAA~~~~"; - const uint32_t cigar[] = { 6 << BAM_CIGAR_SHIFT | BAM_CMATCH, 2 << BAM_CIGAR_SHIFT | BAM_CINS, 2 << BAM_CIGAR_SHIFT | BAM_CMATCH }; - const char *seq = "TGGACTACGA"; - const char *qual = "DBBBB+=7=0"; - - int r, i; - bam1_t *bam = NULL; - bam = bam_init1(); - VERIFY(bam != NULL, "failed to initialize BAM struct."); - - r = bam_set1(bam, strlen(qname), qname, - BAM_FREVERSE, 1, 1000, 42, - sizeof(cigar) / 4, cigar, 2, 2000, 3000, - strlen(seq), seq, qual, 64); - // expected number of bytes written is qname: 12, cigar: 12, sequence: 5, qual: 10, aux: 0. - VERIFY(r == 39, "call to bam_set1() failed or did not write the correct number of bytes."); - - VERIFY(bam->core.l_qname == 12, "l_qname should include terminating null and be padded to the nearest 32-bit boundary."); - VERIFY(bam->core.l_extranul == 1, "l_extranul not set correctly"); - VERIFY(strcmp(bam_get_qname(bam), qname) == 0, "qname not set correctly."); - - VERIFY(bam->core.n_cigar == sizeof(cigar) / 4, "n_cigar not set correctly."); - VERIFY(memcmp(bam_get_cigar(bam), cigar, sizeof(cigar)) == 0, "cigar not set correctly."); - - VERIFY(bam->core.l_qseq == strlen(seq), "l_seq not set correctly."); - for (i = 0; i < strlen(seq); i++) { - VERIFY(bam_seqi(bam_get_seq(bam), i) == seq_nt16_table[(uint8_t)seq[i]], "seq not set correctly."); - } - VERIFY(memcmp(bam_get_qual(bam), qual, strlen(seq)) == 0, "qual not set correctly."); - - VERIFY(bam->core.pos == 1000, "pos not set correctly."); - VERIFY(bam->core.tid == 1, "tid not set correctly."); - VERIFY(bam->core.bin == hts_reg2bin(1000, 1010, 14, 5), "bin not set correctly."); - VERIFY(bam->core.qual == 42, "mapq not set correctly."); - VERIFY(bam->core.flag == BAM_FREVERSE, "flag not set correctly."); - VERIFY(bam->core.mtid == 2, "mtid not set correctly."); - VERIFY(bam->core.mpos == 2000, "mpos not set correctly."); - VERIFY(bam->core.isize == 3000, "isize not set correctly."); - VERIFY(bam_get_l_aux(bam) == 0, "l_aux not set correctly."); - VERIFY(bam->m_data - bam->l_data >= 64, "not enough memory allocated for aux data."); - -cleanup: - if (bam != NULL) bam_destroy1(bam); -} - -static void test_bam_set1_even_and_odd_seq_len(void) -{ - const char *seq_even = "TGGACTACGA"; - const char *seq_odd = "TGGACTACGAC"; - - int r, i; - bam1_t *bam = NULL; - bam = bam_init1(); - VERIFY(bam != NULL, "failed to initialize BAM struct."); - - r = bam_set1(bam, 0, NULL, BAM_FUNMAP, 0, 0, 0, 0, NULL, 0, 0, 0, - strlen(seq_even), seq_even, NULL, 0); - VERIFY(r >= 0, "call to bam_set1() failed."); - VERIFY(bam->core.l_qseq == strlen(seq_even), "l_seq not set correctly."); - for (i = 0; i < strlen(seq_even); i++) { - VERIFY(bam_seqi(bam_get_seq(bam), i) == seq_nt16_table[(uint8_t)seq_even[i]], "seq not set correctly."); - } - - r = bam_set1(bam, 0, NULL, BAM_FUNMAP, 0, 0, 0, 0, NULL, 0, 0, 0, - strlen(seq_odd), seq_odd, NULL, 0); - VERIFY(r >= 0, "call to bam_set1() failed."); - VERIFY(bam->core.l_qseq == strlen(seq_odd), "l_seq not set correctly."); - for (i = 0; i < strlen(seq_odd); i++) { - VERIFY(bam_seqi(bam_get_seq(bam), i) == seq_nt16_table[(uint8_t)seq_odd[i]], "seq not set correctly."); - } - -cleanup: - if (bam != NULL) bam_destroy1(bam); -} - -static void test_bam_set1_with_seq_but_no_qual(void) -{ - const char *seq = "TGGACTACGA"; - - int r, i; - bam1_t *bam = NULL; - bam = bam_init1(); - VERIFY(bam != NULL, "failed to initialize BAM struct."); - - r = bam_set1(bam, 0, NULL, - BAM_FUNMAP, 0, 0, 0, - 0, NULL, 0, 0, 0, - strlen(seq), seq, NULL, 0); - VERIFY(r >= 0, "call to bam_set1() failed."); - VERIFY(bam->core.l_qseq == strlen(seq), "l_seq not set correctly."); - for (i = 0; i < strlen(seq); i++) { - VERIFY(bam_seqi(bam_get_seq(bam), i) == seq_nt16_table[(uint8_t)seq[i]], "seq not set correctly."); - VERIFY(bam_get_qual(bam)[i] == 0xff, "qual not set correctly"); - } - -cleanup: - if (bam != NULL) bam_destroy1(bam); -} - -static void test_bam_set1_validate_qname(void) -{ - int r; - bam1_t *bam = NULL; - bam = bam_init1(); - VERIFY(bam != NULL, "failed to initialize BAM struct."); - - // qname too long - const char too_long[255] = { 'A' }; - r = bam_set1(bam, sizeof(too_long), too_long, BAM_FUNMAP, -1, 0, 0xff, 0, NULL, -1, 0, 0, 0, NULL, NULL, 0); - VERIFY(r < 0, "call to bam_set1() should have failed."); - VERIFY(errno == EINVAL, "errno should be set."); - -cleanup: - if (bam != NULL) bam_destroy1(bam); -} - -static void test_bam_set1_validate_seq(void) -{ - int r; - bam1_t *bam = NULL; - bam = bam_init1(); - VERIFY(bam != NULL, "failed to initialize BAM struct."); - - // seq too long - const char *sequence = "C"; - r = bam_set1(bam, 0, NULL, BAM_FUNMAP, -1, 0, 0xff, 0, NULL, -1, 0, 0, (size_t)INT32_MAX + 1, sequence, NULL, 0); - VERIFY(r < 0, "call to bam_set1() should have failed."); - VERIFY(errno == EINVAL, "errno should be set."); - -cleanup: - if (bam != NULL) bam_destroy1(bam); -} - -static void test_bam_set1_validate_cigar(void) -{ - const uint32_t cigar[] = { 20 << BAM_CIGAR_SHIFT | BAM_CMATCH }; - const char *seq = "TGGACTACGA"; - - int r; - bam1_t *bam = NULL; - bam = bam_init1(); - VERIFY(bam != NULL, "failed to initialize BAM struct."); - - // mapped query must have a CIGAR - r = bam_set1(bam, 0, NULL, 0, -1, 0, 0xff, 0, NULL, -1, 0, 0, strlen(seq), seq, NULL, 0); - VERIFY(r < 0, "call to bam_set1() should have failed."); - VERIFY(errno == EINVAL, "errno should be set."); - - // pos + ref len from CIGAR should be <= HTS_POS_MAX - r = bam_set1(bam, 0, NULL, 0, -1, HTS_POS_MAX - 10, 0xff, sizeof(cigar) / 4, cigar, -1, 0, 0, 0, NULL, NULL, 0); - VERIFY(r < 0, "call to bam_set1() should have failed."); - VERIFY(errno == EINVAL, "errno should be set."); - - // query len from CIGAR should match the sequence length - r = bam_set1(bam, 0, NULL, 0, -1, 0, 0xff, sizeof(cigar) / 4, cigar, -1, 0, 0, strlen(seq), seq, NULL, 0); - VERIFY(r < 0, "call to bam_set1() should have failed."); - VERIFY(errno == EINVAL, "errno should be set."); - -cleanup: - if (bam != NULL) bam_destroy1(bam); -} - -static void test_bam_set1_validate_size_limits(void) -{ - const uint32_t cigar[] = { 20 << BAM_CIGAR_SHIFT | BAM_CMATCH }; - const char *seq = "TGGACTACGA"; - - int r; - bam1_t *bam = NULL; - bam = bam_init1(); - VERIFY(bam != NULL, "failed to initialize BAM struct."); - - // very long sequence. each base counts for 1/2 byte of sequence data and - // 1 byte of sequence quality data. the sum of all components may not exceed - // INT32_MAX, which is the maximum possible value that can be stored in l_data. - // In this case the 4 bytes of qname will cause it to overflow. - r = bam_set1(bam, 0, NULL, BAM_FUNMAP, -1, 0, 0xff, 0, NULL, -1, 0, 0, 2 * (size_t)INT32_MAX / 3, seq, NULL, 0); - VERIFY(r < 0, "call to bam_set1() should have failed."); - VERIFY(errno == EINVAL, "errno should be set."); - - // very long CIGAR - r = bam_set1(bam, 0, NULL, BAM_FUNMAP, -1, 0, 0xff, (size_t)INT32_MAX / 4, cigar, -1, 0, 0, 0, NULL, NULL, 0); - VERIFY(r < 0, "call to bam_set1() should have failed."); - VERIFY(errno == EINVAL, "errno should be set."); - - // very long aux - r = bam_set1(bam, 0, NULL, BAM_FUNMAP, -1, 0, 0xff, 0, NULL, -1, 0, 0, 0, NULL, NULL, INT32_MAX); - VERIFY(r < 0, "call to bam_set1() should have failed."); - VERIFY(errno == EINVAL, "errno should be set."); - -cleanup: - if (bam != NULL) bam_destroy1(bam); -} - -static void test_bam_set1_write_and_read_back(void) -{ - const char *qname = "q1"; - const uint32_t cigar[] = { 6 << BAM_CIGAR_SHIFT | BAM_CMATCH, 2 << BAM_CIGAR_SHIFT | BAM_CINS, 2 << BAM_CIGAR_SHIFT | BAM_CMATCH }; - const char *seq = "TGGACTACGA"; - const char *qual = "DBBBB+=7=0"; - const char *temp_fname = "test/test_bam_set1_write_and_read_back.tmp.bam"; - - int r; - htsFile *writer = NULL, *reader = NULL; - sam_hdr_t *w_header = NULL, *r_header = NULL; - bam1_t *w_bam = NULL, *r_bam = NULL; - kstring_t ks = KS_INITIALIZE; - - // open file for writing - writer = hts_open(temp_fname, "wb"); - VERIFY(writer != NULL, "failed to open bam file for writing."); - - // write header - w_header = bam_hdr_init(); - VERIFY(w_header != NULL, "failed to initialize bam header."); - r = sam_hdr_add_line(w_header, "SQ", "SN", "t1", "LN", "5000", NULL); - VERIFY(r == 0, "failed to add SQ header line."); - r = sam_hdr_write(writer, w_header); - VERIFY(r == 0, "failed to write bam header."); - - // write alignments - w_bam = bam_init1(); - VERIFY(w_bam != NULL, "failed to initialize BAM struct."); - r = bam_set1(w_bam, strlen(qname), qname, - BAM_FREVERSE, 0, 1000, 42, - sizeof(cigar) / 4, cigar, 0, 2000, 3000, - strlen(seq), seq, qual, 64); - VERIFY(r >= 0, "call to bam_set1() failed."); - r = sam_write1(writer, w_header, w_bam); - VERIFY(r >= 0, "failed to write alignment."); - bam_destroy1(w_bam); - - // close file - r = hts_close(writer); - VERIFY(r == 0, "failed to close bam file for writing."); - sam_hdr_destroy(w_header); - - // open file for reading - reader = hts_open(temp_fname, "rb"); - VERIFY(reader != NULL, "failed to open bam file for reading."); - - // read header - r_header = sam_hdr_read(reader); - VERIFY(r_header != NULL, "failed to read bam header."); - r = sam_hdr_find_tag_id(r_header, "SQ", NULL, NULL, "SN", &ks); - VERIFY(r == 0, "failed to read SQ/SN value"); - VERIFY(strcmp(ks_c_str(&ks), "t1") == 0, "expected reference sequence name in the header == 't1'"); - VERIFY(r_header->n_targets == 1, "expected number of reference sequences == 1"); - VERIFY(strcmp(r_header->target_name[0], "t1") == 0, "expected reference sequence name == 't1'"); - VERIFY(r_header->target_len[0] == 5000, "expected reference sequence length == 5000"); - - // read alignments - r_bam = bam_init1(); - VERIFY(r_bam != NULL, "failed to initialize BAM struct."); - r = sam_read1(reader, r_header, r_bam); - VERIFY(r >= 0, "failed to read alignment."); - VERIFY(strcmp(bam_get_qname(r_bam), qname) == 0, "qname does not match."); - VERIFY(r_bam->core.n_cigar == sizeof(cigar) / 4, "cigar length does not match."); - VERIFY(memcmp(bam_get_cigar(r_bam), cigar, sizeof(cigar)) == 0, "cigar data does not match."); - VERIFY(r_bam->core.l_qseq == strlen(seq), "sequence length does not match."); - - r = sam_read1(reader, r_header, r_bam); - VERIFY(r < 0, "expected no more alignments."); - bam_destroy1(r_bam); - - // close file - r = hts_close(reader); - VERIFY(r == 0, "failed to close bam file for reading."); - sam_hdr_destroy(r_header); - -cleanup: - ks_free(&ks); -} - -static void test_cigar_api(void) -{ - uint32_t *buf = NULL; - char *cig = "*"; - char *end; - size_t m = 0; - int n; - n = sam_parse_cigar(cig, &end, &buf, &m); - VERIFY(n == 0 && m == 0 && (end-cig) == 1, "failed to parse undefined CIGAR"); - cig = "2M3X1I10M5D"; - n = sam_parse_cigar(cig, &end, &buf, &m); - VERIFY(n == 5 && m > 0 && (end-cig) == 11, "failed to parse CIGAR string: 2M3X1I10M5D"); - n = sam_parse_cigar("722M15D187217376188323783284M67I", NULL, &buf, &m); - VERIFY(n == -1, "failed to flag CIGAR string with long op length: 722M15D187217376188323783284M67I"); - n = sam_parse_cigar("53I722MD8X", NULL, &buf, &m); - VERIFY(n == -1, "failed to flag CIGAR string with no op length: 53I722MD8X"); - -cleanup: - free(buf); -} - -int main(int argc, char **argv) -{ - int i; - - status = EXIT_SUCCESS; - - aux_fields1(); - iterators1(); - samrecord_layout(); - use_header_api(); - test_header_pg_lines(); - test_header_pg_loops(); - test_header_updates(); - test_header_remove_lines(); - test_header_ref_altnames(); - test_empty_sam_file("test/emptyfile"); - test_text_file("test/emptyfile", 0); - test_text_file("test/xx#pair.sam", 7); - test_text_file("test/xx.fa", 7); - test_text_file("test/faidx/fastqs.fq", 500); - check_enum1(); - check_cigar_tab(); - check_big_ref(0); - check_big_ref(1); - test_parse_decimal(); - test_mempolicy(); - set_qname(); - for (i = 1; i < argc; i++) faidx1(argv[i]); - - hts_set_log_level(HTS_LOG_OFF); - test_bam_set1_minimal(); - test_bam_set1_full(); - test_bam_set1_even_and_odd_seq_len(); - test_bam_set1_with_seq_but_no_qual(); - test_bam_set1_validate_qname(); - test_bam_set1_validate_seq(); - test_bam_set1_validate_cigar(); - test_bam_set1_validate_size_limits(); - test_bam_set1_write_and_read_back(); - test_cigar_api(); - - return status; -} diff --git a/src/htslib-1.21/test/sam_filter/filter.sh b/src/htslib-1.21/test/sam_filter/filter.sh deleted file mode 100755 index 575cb13..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/sam_filter/filter.sh +++ /dev/null @@ -1,34 +0,0 @@ -#!/bin/sh -# -# Copyright (C) 2020 Genome Research Ltd. -# -# Author: James Bonfield -# -# Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy -# of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal -# in the Software without restriction, including without limitation the rights -# to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell -# copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is -# furnished to do so, subject to the following conditions: -# -# The above copyright notice and this permission notice shall be included in -# all copies or substantial portions of the Software. -# -# THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR -# IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY, -# FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL -# THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER -# LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING -# FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER -# DEALINGS IN THE SOFTWARE. - -# Load in the test driver -. ../simple_test_driver.sh - -echo "Testing sam_filter..." - -tv="../test_view" - -test_driver $@ - -exit $? diff --git a/src/htslib-1.21/test/sam_filter/filter.tst b/src/htslib-1.21/test/sam_filter/filter.tst deleted file mode 100644 index e74c307..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/sam_filter/filter.tst +++ /dev/null @@ -1,59 +0,0 @@ -# Copyright (C) 2020, 2022 Genome Research Ltd. -# -# Author: James Bonfield -# -# Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy -# of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal -# in the Software without restriction, including without limitation the rights -# to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell -# copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is -# furnished to do so, subject to the following conditions: -# -# The above copyright notice and this permission notice shall be included in -# all copies or substantial portions of the Software. -# -# THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR -# IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY, -# FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL -# THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER -# LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING -# FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER -# DEALINGS IN THE SOFTWARE. - -# First field: -# INIT = initialisation, not counted in testing -# P = expected to pass (zero return; expected output matches, if present) -# N = expected to return non-zero -# F = expected to fail -# -# Second field (P/N/F only): -# Filename of expected output. If '.', output is not checked -# -# Rest: -# Command to execute. $tv is replaced with the path to test_view - -# String matches -P string1.out $tv -i 'filter=qname =~ "\.1" && cigar =~ "D"' ../ce#1000.sam -P string2.out $tv -i 'filter=rname=="CHROMOSOME_II"' ../ce#5b.sam -P string3.out $tv -i 'filter=rname=~"CHROMOSOME_II"' ../ce#5b.sam -P string4.out $tv -i 'filter=cigar=~"D"' ../ce#1000.sam -P string5.out $tv -i 'filter=seq =~ "(AT){2}"' ../ce#1000.sam -P string6.out $tv -i 'filter=library=="x"' ../xx#rg.sam -P string7.out $tv -i 'filter=library!="x"' ../xx#rg.sam - -# Integer ops -P int1.out $tv -i 'filter=pos % 23 == 11' ../ce#1000.sam | grep -E -cv '^@' -P int2.out $tv -i 'filter=qlen/(flag*mapq+pos)>5' ../ce#1000.sam | grep -E -cv '^@' - -# Aux tags -P int3.out $tv -i 'filter=[NM]>=10 || [MD]=~"A.*A.*A"' -t4 ../ce#1000.sam | grep -E -cv '^@' - -# Functions. -P func1.out $tv -i 'filter=length(seq) != qlen' ../ce#5b.sam | grep -E -cv '^@' -P func2.out $tv -i 'filter=min(qual) >= 20' ../ce#1000.sam | grep -E -cv '^@' -P func3.out $tv -i 'filter=max(qual) <= 20' ../ce#1000.sam | grep -E -cv '^@' -P func4.out $tv -i 'filter=avg(qual) >= 20 && avg(qual) <= 30' ../ce#1000.sam | grep -E -cv '^@' -P func5.out $tv -i 'filter=sclen>=20' ../realn02.sam | grep -E -v '^@' -P func6.out $tv -i 'filter=rlen<50' ../realn02.sam | grep -E -v '^@' -P func7.out $tv -i 'filter=qlen>100' ../realn02.sam | grep -E -v '^@' -P func8.out $tv -i 'filter=hclen>=4' ../c1#clip.sam | grep -E -v '^@' diff --git a/src/htslib-1.21/test/sam_filter/func1.out b/src/htslib-1.21/test/sam_filter/func1.out deleted file mode 100644 index d00491f..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/sam_filter/func1.out +++ /dev/null @@ -1 +0,0 @@ -1 diff --git a/src/htslib-1.21/test/sam_filter/func2.out b/src/htslib-1.21/test/sam_filter/func2.out deleted file mode 100644 index d81cc07..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/sam_filter/func2.out +++ /dev/null @@ -1 +0,0 @@ -42 diff --git a/src/htslib-1.21/test/sam_filter/func3.out b/src/htslib-1.21/test/sam_filter/func3.out deleted file mode 100644 index 0cfbf08..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/sam_filter/func3.out +++ /dev/null @@ -1 +0,0 @@ -2 diff --git a/src/htslib-1.21/test/sam_filter/func4.out b/src/htslib-1.21/test/sam_filter/func4.out deleted file mode 100644 index 103a99d..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/sam_filter/func4.out +++ /dev/null @@ -1 +0,0 @@ -604 diff --git a/src/htslib-1.21/test/sam_filter/func5.out b/src/htslib-1.21/test/sam_filter/func5.out deleted file mode 100644 index 6c2e2bc..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/sam_filter/func5.out +++ /dev/null @@ -1,5 +0,0 @@ -ERR013140.3521432 99 17 1 29 22S86M = 226 313 AGAGGTCCCCAACTTCTTTGCAAAGCTTCTCACCCTGTTCCTGCATAGATAATTGCATGACAATTGCCTTGTCCCTGCTGAATGTGCTCTGGGGTCTCTGGGGTCTCA @AEDGBHIIIIIFJGIKHGHIJJJEJKHJKJKGKLLIFHKLLCJJIDEFFHKHEHHJIIIDJEEEJEIKGJIHCGKHFKFE9BBDIAJAHF4?DE@I:DD48(86D=> MD:Z:86 RG:Z:rg AM:i:29 NM:i:0 SM:i:29 MQ:i:29 XT:A:M -ERR156632.12704932 163 17 1 29 36S64M = 195 293 TGGAGAAGGGGACAAGAGGTCCCCAACTTCTTTGCAAAGCTTCTCACCCTGTTCCTGCATAGATAATTGCATGACAATTGCCTTGTCCCTGCTGAATGTG BFAFGFEIGFEFHHEIDKJGHHHJIIE=@KKGGKJGIBLLMFKMDIIHJKKHFELLLKFIHMHIHHIHLKJFCHFJIJAID=JHKFGHJIHKKCH:@HD? MD:Z:64 RG:Z:rg AM:i:29 NM:i:0 SM:i:29 MQ:i:29 XT:A:M -ERR156632.9601178 99 17 1 29 62S38M = 279 377 CTATGACAGGGAGGTCATGTGCAGGCTGGAGAAGGGGACAAGAGGTCCCCAACTTCTTTGCAAAGCTTCTCACCCTGTTCCTGCATAGATAATTGCATGA DEEEIIHHKIJILKHLHIKEKHHMKLKKJGKKKKLKLFIHEKIKL=KLJLKIILHKMH9LJJJJLHLHJJKJJKMLKJD>MJKLEHIGHIH=FFCHF>BE MD:Z:38 RG:Z:rg AM:i:29 NM:i:0 SM:i:29 MQ:i:29 XT:A:M -ERR013140.13475139 99 17 2401 60 88M20S = 2680 386 AAATACAAAAAACAACTAGCCAGGCGTGGTGGTGCACACCTGTAGTCCCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGGGGAAGGACTGCTTGAGCCCAGGCGTTTGAGGCTGCTGT @CEBEEIHHHICFJIFKGHIKJHII>DBC:CE>A8C>C>7DBA=BEDDB4=9;:@=;@D@@=B@E.3?972<>6@8=>?1$0:95%5%*1=8;0%4<228% X0:i:1 X1:i:0 XC:i:88 MD:Z:88 RG:Z:rg AM:i:37 NM:i:0 SM:i:37 MQ:i:60 XT:A:U -ERR013140.23480670 133 17 3771 0 35M73S = 3771 0 TTCTCATCAATCCCTCATCTCTTATAACCATTTCGGTCCTTTCGGCCCTACAGCCACCTTGTTTATACTTGGTAAGACCCACACCACTCGCCAACTTACTCTACTCCC 8+7?5>09:),/%81,$,7<+?)+1+*+),3%5+)#%(4B%$&'%'/*@,)*%%&,%(/0%-&$$*$-,$3*.%/$:%$+.$*%&+.,.%%,%(%7(-.-',1*6%&$ XC:i:35 RG:Z:rg diff --git a/src/htslib-1.21/test/sam_filter/func6.out b/src/htslib-1.21/test/sam_filter/func6.out deleted file mode 100644 index de091ed..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/sam_filter/func6.out +++ /dev/null @@ -1,2 +0,0 @@ -ERR156632.9601178 99 17 1 29 62S38M = 279 377 CTATGACAGGGAGGTCATGTGCAGGCTGGAGAAGGGGACAAGAGGTCCCCAACTTCTTTGCAAAGCTTCTCACCCTGTTCCTGCATAGATAATTGCATGA DEEEIIHHKIJILKHLHIKEKHHMKLKKJGKKKKLKLFIHEKIKL=KLJLKIILHKMH9LJJJJLHLHJJKJJKMLKJD>MJKLEHIGHIH=FFCHF>BE MD:Z:38 RG:Z:rg AM:i:29 NM:i:0 SM:i:29 MQ:i:29 XT:A:M -ERR013140.23480670 133 17 3771 0 35M73S = 3771 0 TTCTCATCAATCCCTCATCTCTTATAACCATTTCGGTCCTTTCGGCCCTACAGCCACCTTGTTTATACTTGGTAAGACCCACACCACTCGCCAACTTACTCTACTCCC 8+7?5>09:),/%81,$,7<+?)+1+*+),3%5+)#%(4B%$&'%'/*@,)*%%&,%(/0%-&$$*$-,$3*.%/$:%$+.$*%&+.,.%%,%(%7(-.-',1*6%&$ XC:i:35 RG:Z:rg diff --git a/src/htslib-1.21/test/sam_filter/func7.out b/src/htslib-1.21/test/sam_filter/func7.out deleted file mode 100644 index 1fe2500..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/sam_filter/func7.out +++ /dev/null @@ -1,3 +0,0 @@ -ERR013140.3521432 99 17 1 29 22S86M = 226 313 AGAGGTCCCCAACTTCTTTGCAAAGCTTCTCACCCTGTTCCTGCATAGATAATTGCATGACAATTGCCTTGTCCCTGCTGAATGTGCTCTGGGGTCTCTGGGGTCTCA @AEDGBHIIIIIFJGIKHGHIJJJEJKHJKJKGKLLIFHKLLCJJIDEFFHKHEHHJIIIDJEEEJEIKGJIHCGKHFKFE9BBDIAJAHF4?DE@I:DD48(86D=> MD:Z:86 RG:Z:rg AM:i:29 NM:i:0 SM:i:29 MQ:i:29 XT:A:M -ERR013140.13475139 99 17 2401 60 88M20S = 2680 386 AAATACAAAAAACAACTAGCCAGGCGTGGTGGTGCACACCTGTAGTCCCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGGGGAAGGACTGCTTGAGCCCAGGCGTTTGAGGCTGCTGT @CEBEEIHHHICFJIFKGHIKJHII>DBC:CE>A8C>C>7DBA=BEDDB4=9;:@=;@D@@=B@E.3?972<>6@8=>?1$0:95%5%*1=8;0%4<228% X0:i:1 X1:i:0 XC:i:88 MD:Z:88 RG:Z:rg AM:i:37 NM:i:0 SM:i:37 MQ:i:60 XT:A:U -ERR013140.23480670 133 17 3771 0 35M73S = 3771 0 TTCTCATCAATCCCTCATCTCTTATAACCATTTCGGTCCTTTCGGCCCTACAGCCACCTTGTTTATACTTGGTAAGACCCACACCACTCGCCAACTTACTCTACTCCC 8+7?5>09:),/%81,$,7<+?)+1+*+),3%5+)#%(4B%$&'%'/*@,)*%%&,%(/0%-&$$*$-,$3*.%/$:%$+.$*%&+.,.%%,%(%7(-.-',1*6%&$ XC:i:35 RG:Z:rg diff --git a/src/htslib-1.21/test/sam_filter/func8.out b/src/htslib-1.21/test/sam_filter/func8.out deleted file mode 100644 index 8553866..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/sam_filter/func8.out +++ /dev/null @@ -1 +0,0 @@ -s0C 0 c1 3 0 2H6M2H * 0 0 CCGCGG ****** diff --git a/src/htslib-1.21/test/sam_filter/int1.out b/src/htslib-1.21/test/sam_filter/int1.out deleted file mode 100644 index 6529ff8..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/sam_filter/int1.out +++ /dev/null @@ -1 +0,0 @@ -98 diff --git a/src/htslib-1.21/test/sam_filter/int2.out b/src/htslib-1.21/test/sam_filter/int2.out deleted file mode 100644 index e522732..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/sam_filter/int2.out +++ /dev/null @@ -1 +0,0 @@ -38 diff --git a/src/htslib-1.21/test/sam_filter/int3.out b/src/htslib-1.21/test/sam_filter/int3.out deleted file mode 100644 index ea70ce0..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/sam_filter/int3.out +++ /dev/null @@ -1 +0,0 @@ -72 diff --git a/src/htslib-1.21/test/sam_filter/string1.out b/src/htslib-1.21/test/sam_filter/string1.out deleted file mode 100644 index 7ba8527..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/sam_filter/string1.out +++ /dev/null @@ -1,6 +0,0 @@ -@SQ SN:CHROMOSOME_I LN:1009800 -@SQ SN:CHROMOSOME_II LN:5000 -@SQ SN:CHROMOSOME_III LN:5000 -@SQ SN:CHROMOSOME_IV LN:5000 -@SQ SN:CHROMOSOME_V LN:5000 -SRR065390.14978392 16 CHROMOSOME_I 2 1 27M1D73M * 0 0 CCTAGCCCTAACCCTAACCCTAACCCTAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAA #############################@B?8B?BA@@DDBCDDCBC@CDCDCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:-18 XS:i:-18 XN:i:0 XM:i:5 XO:i:1 XG:i:1 YT:Z:UU MD:Z:4A0G5G5G5G3^A73 NM:i:6 diff --git a/src/htslib-1.21/test/sam_filter/string2.out b/src/htslib-1.21/test/sam_filter/string2.out deleted file mode 100644 index be94b07..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/sam_filter/string2.out +++ /dev/null @@ -1,6 +0,0 @@ -@SQ SN:CHROMOSOME_I LN:1009800 -@SQ SN:CHROMOSOME_II LN:5000 -@SQ SN:CHROMOSOME_III LN:5000 -@SQ SN:CHROMOSOME_IV LN:5000 -@SQ SN:CHROMOSOME_V LN:5000 -II.14978392 16 CHROMOSOME_II 2 1 27M1D73M * 0 0 CCTAGCCCTAACCCTAACCCTAACCCTAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAA #############################@B?8B?BA@@DDBCDDCBC@CDCDCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC XG:i:1 XM:i:5 XN:i:0 XO:i:1 XS:i:-18 AS:i:-18 YT:Z:UU diff --git a/src/htslib-1.21/test/sam_filter/string3.out b/src/htslib-1.21/test/sam_filter/string3.out deleted file mode 100644 index 2424115..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/sam_filter/string3.out +++ /dev/null @@ -1,7 +0,0 @@ -@SQ SN:CHROMOSOME_I LN:1009800 -@SQ SN:CHROMOSOME_II LN:5000 -@SQ SN:CHROMOSOME_III LN:5000 -@SQ SN:CHROMOSOME_IV LN:5000 -@SQ SN:CHROMOSOME_V LN:5000 -II.14978392 16 CHROMOSOME_II 2 1 27M1D73M * 0 0 CCTAGCCCTAACCCTAACCCTAACCCTAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAA #############################@B?8B?BA@@DDBCDDCBC@CDCDCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC XG:i:1 XM:i:5 XN:i:0 XO:i:1 XS:i:-18 AS:i:-18 YT:Z:UU -III 16 CHROMOSOME_III 2 1 27M1D73M * 0 0 CCTAGCCCTAACCCTAACCCTAACCCTAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAA #############################@B?8B?BA@@DDBCDDCBC@CDCDCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC XG:i:1 XM:i:5 XN:i:0 XO:i:1 XS:i:-18 AS:i:-18 YT:Z:UU diff --git a/src/htslib-1.21/test/sam_filter/string4.out b/src/htslib-1.21/test/sam_filter/string4.out deleted file mode 100644 index 386300c..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/sam_filter/string4.out +++ /dev/null @@ -1,8 +0,0 @@ -@SQ SN:CHROMOSOME_I LN:1009800 -@SQ SN:CHROMOSOME_II LN:5000 -@SQ SN:CHROMOSOME_III LN:5000 -@SQ SN:CHROMOSOME_IV LN:5000 -@SQ SN:CHROMOSOME_V LN:5000 -SRR065390.14978392 16 CHROMOSOME_I 2 1 27M1D73M * 0 0 CCTAGCCCTAACCCTAACCCTAACCCTAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAA #############################@B?8B?BA@@DDBCDDCBC@CDCDCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:-18 XS:i:-18 XN:i:0 XM:i:5 XO:i:1 XG:i:1 YT:Z:UU MD:Z:4A0G5G5G5G3^A73 NM:i:6 -SRR065390.32874267 0 CHROMOSOME_I 75 1 13M1D87M * 0 0 CTAAGCCTAAGCCAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAG DCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCBCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC@CCCCCCCCCCCCCCA>/=;=9>:/5AA############# AS:i:-8 XS:i:-8 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:1 XG:i:1 YT:Z:UU MD:Z:13^T87 NM:i:1 -SRR065390.723611 0 CHROMOSOME_I 155 1 5M1D95M * 0 0 AAGCCAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCC CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCDCCCCCCCCCCCDCCBCABCDADBACDDDBABBDB?AB@@<>;B>B?DB?=@@?@: AS:i:-8 XS:i:-8 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:1 XG:i:1 YT:Z:UU MD:Z:5^T95 NM:i:1 diff --git a/src/htslib-1.21/test/sam_filter/string5.out b/src/htslib-1.21/test/sam_filter/string5.out deleted file mode 100644 index 4be4621..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/sam_filter/string5.out +++ /dev/null @@ -1,6 +0,0 @@ -@SQ SN:CHROMOSOME_I LN:1009800 -@SQ SN:CHROMOSOME_II LN:5000 -@SQ SN:CHROMOSOME_III LN:5000 -@SQ SN:CHROMOSOME_IV LN:5000 -@SQ SN:CHROMOSOME_V LN:5000 -SRR065390.9154510 16 CHROMOSOME_I 56 0 100M * 0 0 TTCATATGGGCAGGGAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTA ##############################@B;@?>>B1?BCBBC@>CDB>B@CA@CCAC=AA>>AC;CCACCCCCCC=CCCCCCCCCCCCBCCCCCCCC AS:i:-28 XS:i:-28 XN:i:0 XM:i:14 XO:i:0 XG:i:0 YT:Z:UU MD:Z:0C0C0T1A0G0C0C0T0A0A0G0C0C0T85 NM:i:14 diff --git a/src/htslib-1.21/test/sam_filter/string6.out b/src/htslib-1.21/test/sam_filter/string6.out deleted file mode 100644 index c2766bd..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/sam_filter/string6.out +++ /dev/null @@ -1,9 +0,0 @@ -@HD VN:1.4 SO:coordinate -@SQ SN:xx LN:20 AS:? SP:? UR:? M5:bbf4de6d8497a119dda6e074521643dc -@RG ID:x1 SM:x1 -@RG ID:x2 SM:x2 LB:x PG:foo:bar PI:1111 -@PG ID:emacs PN:emacs VN:23.1.1 -@CO also test -@CO other headers -b1 16 xx 1 1 10M * 0 0 AAAAAAAAAA ********** RG:Z:x2 -b2 16 xx 11 1 10M * 0 0 TTTTTTTTTT ********** RG:Z:x2 diff --git a/src/htslib-1.21/test/sam_filter/string7.out b/src/htslib-1.21/test/sam_filter/string7.out deleted file mode 100644 index 8efe886..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/sam_filter/string7.out +++ /dev/null @@ -1,11 +0,0 @@ -@HD VN:1.4 SO:coordinate -@SQ SN:xx LN:20 AS:? SP:? UR:? M5:bbf4de6d8497a119dda6e074521643dc -@RG ID:x1 SM:x1 -@RG ID:x2 SM:x2 LB:x PG:foo:bar PI:1111 -@PG ID:emacs PN:emacs VN:23.1.1 -@CO also test -@CO other headers -a1 16 xx 1 1 10M * 0 0 AAAAAAAAAA ********** RG:Z:x1 -c1 16 xx 1 1 10M * 0 0 AAAAAAAAAA ********** -a2 16 xx 11 1 10M * 0 0 TTTTTTTTTT ********** RG:Z:x1 -c2 16 xx 11 1 10M * 0 0 TTTTTTTTTT ********** diff --git a/src/htslib-1.21/test/simple_test_driver.sh b/src/htslib-1.21/test/simple_test_driver.sh deleted file mode 100644 index 5bc020e..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/simple_test_driver.sh +++ /dev/null @@ -1,194 +0,0 @@ -#!/bin/sh -# simple_test_driver.sh -- shell functions for test scripts -# -# Copyright (C) 2017-2018 Genome Research Ltd. -# -# Author: James Bonfield -# Robert Davies -# -# Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy -# of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal -# in the Software without restriction, including without limitation the rights -# to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell -# copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is -# furnished to do so, subject to the following conditions: -# -# The above copyright notice and this permission notice shall be included in -# all copies or substantial portions of the Software. -# -# THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR -# IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY, -# FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL -# THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER -# LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING -# FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER -# DEALINGS IN THE SOFTWARE. - -# Executes a single test and compares against the expected output -run_test() { - # Expected result: pass (P) / fail (F) / nonzero exit (N) - p="$1"; shift - # File with expected output (empty or '.' if none) - e="$1"; shift - # Test result - r="P" - # Why the test failed - y="" - if [ "x$test_iter" = "x" ] - then - test_iter=1 - else - test_iter=`expr $test_iter + 1` - fi - result=`eval ${@+"$@"} 2>_err.tmp > _out.tmp` - if [ $? != 0 ] - then - if [ "$p" != "N" ] - then - # Expected zero exit code, got non-zero - r="F" - y="exit_code" - else - # Expected non-zero exit code and got it - r="P" - rm -f _out.tmp _err.tmp - fi - elif [ "$p" = "N" ] - then - # Expected non-zero exit code, but got zero - r="F" - y="exit_code" - elif [ "x$e" != "x" -a "$e" != "." ] - then - sed -n 's/.*/&/p' _out.tmp > _out.tmp2 - if cmp -s _out.tmp2 "$e" - then - # Output was as expected - r="P" - rm -f _out.tmp _out.tmp2 _err.tmp - else - # Output differed - r="F" - y="output" - rm -f _out.tmp2 - fi - else - # Expected zero exit code and got it. - r="P" - rm -f _out.tmp _err.tmp - fi - - if [ "$r" = "F" ] - then - # Test failed - case "$p" in - [PN]) - echo "FAIL : $@" - if [ "x$e" != "x" -a "$e" != "." ] - then - keep_output="FAIL-$e.${test_iter}" - else - keep_output="FAIL.${test_iter}" - fi - mv _out.tmp "${keep_output}.out" - mv _err.tmp "${keep_output}.err" - nufail=`expr $nufail + 1` - if [ "$y" = "exit_code" ] - then - if [ "$p" != "N" ] - then - echo "Got non-zero exit code" - else - echo "Got unexpected zero exit code" - fi - echo "See ${keep_output}.{out,err} for output" - else - echo "Output differed from expected result" - echo "Compare $e ${keep_output}.out" - fi - ;; - *) - echo "XFAIL: $@" - rm -f _out.tmp _err.tmp - nefail=`expr $nefail + 1` - ;; - esac - else - # Test passed - case "$p" in - "P") - echo "PASS : $@" - nepass=`expr $nepass + 1` - ;; - "N") - echo "PASS : $@ (must exit non-zero)" - nepass=`expr $nepass + 1` - ;; - *) - echo "XPASS: $@" - nupass=`expr $nupass + 1` - ;; - esac - fi -} - -# Reads in a file containing a list of tests and executes them. -# The format for the file is: -# First field: -# INIT = initialisation, not counted in testing -# P = expected to pass (zero return; expected output matches, if present) -# N = expected to return non-zero -# F = expected to fail -# -# Second field (P/N/F only): -# Filename of expected output. If '.', output is not checked -# -# Rest: -# Shell command to execute. The command is executed using `eval` so -# all normal shell substitutions will be done first. - -test_driver() { - nupass=0; nepass=0 - nufail=0; nefail=0 - - exec 9<"$1" - while read -r line <&9 - do - set -- $line - case $1 in - "#"*) # skip comments - ;; - "") # skip blank lines too - ;; - - "INIT") - shift - eval ${@+"$@"} > /dev/null - if [ $? != 0 ] - then - echo "INIT FAIL: $@" - return 1 - fi - ;; - - *) - p=$1;shift - o=$1;shift - run_test "$p" "$o" ${@+"$@"} - ;; - esac - done - exec 9<&- - - echo "" - echo "Expected passes: $nepass" - echo "Unexpected passes: $nupass" - echo "Expected failures: $nefail" - echo "Unexpected failures: $nufail" - if [ "$nupass" -gt 0 -o "$nufail" -gt 0 ] - then - return 1 - else - return 0 - fi -} diff --git a/src/htslib-1.21/test/tabix.out b/src/htslib-1.21/test/tabix.out deleted file mode 100644 index 0e61ac7..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/tabix.out +++ /dev/null @@ -1 +0,0 @@ -1 10000060 . C <*> 0 . DP=1;I16=0,1,0,0,40,1600,0,0,29,841,0,0,25,625,0,0;QS=1,0;MQ0F=0 PL 0,3,29 diff --git a/src/htslib-1.21/test/tabix/bed_file.Y.100200.out b/src/htslib-1.21/test/tabix/bed_file.Y.100200.out deleted file mode 100644 index 623b6eb..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/tabix/bed_file.Y.100200.out +++ /dev/null @@ -1 +0,0 @@ -Y 100000 100900 Y1 600 + 100000 100900 255,0,0 diff --git a/src/htslib-1.21/test/tabix/bed_file.bed b/src/htslib-1.21/test/tabix/bed_file.bed deleted file mode 100644 index 185ebf5..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/tabix/bed_file.bed +++ /dev/null @@ -1,39 +0,0 @@ -# The MIT License -# -# Copyright (c) 2017 Genome Research Ltd. -# -# Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy -# of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal -# in the Software without restriction, including without limitation the rights -# to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell -# copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is -# furnished to do so, subject to the following conditions: -# -# The above copyright notice and this permission notice shall be included in -# all copies or substantial portions of the Software. -# -# THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR -# IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY, -# FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL THE -# AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER -# LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING FROM, -# OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER DEALINGS IN -# THE SOFTWARE. -# -# Bed format information: https://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQformat.html -# -X 1000 1100 X1 500 + 1000 1100 255,0,0 -X 1200 1300 X2 500 + 1200 1300 255,0,0 -X 1400 1500 X3 500 + 1400 1500 255,0,0 -X 1600 1700 X4 500 + 1600 1700 255,0,0 -X 1800 1900 X5 500 + 1800 1900 255,0,0 -Y 100000 100900 Y1 600 + 100000 100900 255,0,0 -Y 100200 100700 Y2 600 + 100200 100700 255,0,0 -Y 100400 100500 Y3 600 + 100400 100500 255,0,0 -Y 100600 100700 Y4 600 + 100600 100700 255,0,0 -Y 100800 100900 Y5 600 + 100800 100900 255,0,0 -Z 100000 100001 Z1 600 + 100000 100001 255,0,0 -Z 100002 100003 Z2 600 + 100002 100003 255,0,0 -Z 100004 100005 Z3 600 + 100004 100005 255,0,0 -Z 100006 100007 Z4 600 + 100006 100007 255,0,0 -Z 100008 100009 Z5 600 + 100008 100009 255,0,0 diff --git a/src/htslib-1.21/test/tabix/bed_file.separate.out b/src/htslib-1.21/test/tabix/bed_file.separate.out deleted file mode 100644 index 28f8f3f..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/tabix/bed_file.separate.out +++ /dev/null @@ -1,11 +0,0 @@ -#X:1100-1400 -X 1000 1100 X1 500 + 1000 1100 255,0,0 -X 1200 1300 X2 500 + 1200 1300 255,0,0 -#Y:100000-100550 -Y 100000 100900 Y1 600 + 100000 100900 255,0,0 -Y 100200 100700 Y2 600 + 100200 100700 255,0,0 -Y 100400 100500 Y3 600 + 100400 100500 255,0,0 -#Z:100000-100005 -Z 100000 100001 Z1 600 + 100000 100001 255,0,0 -Z 100002 100003 Z2 600 + 100002 100003 255,0,0 -Z 100004 100005 Z3 600 + 100004 100005 255,0,0 diff --git a/src/htslib-1.21/test/tabix/gff_file.X.2934832.2935190.out b/src/htslib-1.21/test/tabix/gff_file.X.2934832.2935190.out deleted file mode 100644 index c22931b..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/tabix/gff_file.X.2934832.2935190.out +++ /dev/null @@ -1,4 +0,0 @@ -X Vega exon 2934816 2935190 . - . 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A T 999 PASS . diff --git a/src/htslib-1.21/test/tabix/tabix.tst b/src/htslib-1.21/test/tabix/tabix.tst deleted file mode 100644 index 316c26f..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/tabix/tabix.tst +++ /dev/null @@ -1,72 +0,0 @@ -# Copyright (C) 2017, 2024 Genome Research Ltd. -# -# Author: Robert Davies -# -# Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy -# of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal -# in the Software without restriction, including without limitation the rights -# to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell -# copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is -# furnished to do so, subject to the following conditions: -# -# The above copyright notice and this permission notice shall be included in -# all copies or substantial portions of the Software. -# -# THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR -# IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY, -# FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL -# THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER -# LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING -# FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER -# DEALINGS IN THE SOFTWARE. - -# First field: -# INIT = initialisation, not counted in testing -# P = expected to pass (zero return; expected output matches, if present) -# N = expected to return non-zero -# F = expected to fail -# -# Second field (P/N/F only): -# Filename of expected output. If '.', output is not checked -# -# Rest: -# Command to execute. $bgzip and $tabix are replaced with the path to -# bgzip and tabix. - -# TBI index on VCF -INIT $bgzip -c vcf_file.vcf > vcf_file.tbi.tmp.vcf.gz -P . $tabix -f -p vcf vcf_file.tbi.tmp.vcf.gz -P vcf_file.1.3000151.out $tabix vcf_file.tbi.tmp.vcf.gz 1:3000151-3000151 -P vcf_file.2.3199812.out $tabix vcf_file.tbi.tmp.vcf.gz 2:3199812-3199812 - -# CSI index on VCF -INIT $bgzip -c vcf_file.vcf > vcf_file.csi.tmp.vcf.gz -P . $tabix -f -C -p vcf vcf_file.csi.tmp.vcf.gz -P vcf_file.1.3000151.out $tabix vcf_file.csi.tmp.vcf.gz 1:3000151-3000151 -P vcf_file.2.3199812.out $tabix vcf_file.csi.tmp.vcf.gz 2:3199812-3199812 - -# VCF file with chromosome > 2^29-1 bases long -# TBI cannot index this file, so building the index should fail -INIT $bgzip -c large_chr.vcf > large_chr.tmp.vcf.gz -N . $tabix -f -p vcf large_chr.tmp.vcf.gz - -# CSI can handle positions > 2^29-1, so building should work -P . $tabix -f -C -p vcf large_chr.tmp.vcf.gz -P large_chr.20.1.2147483647.out $tabix large_chr.tmp.vcf.gz chr20:1-2147483647 - -# TBI index on BED -INIT $bgzip -c bed_file.bed > bed_file.tbi.tmp.bed.gz -P . $tabix -f -p bed bed_file.tbi.tmp.bed.gz -P bed_file.Y.100200.out $tabix bed_file.tbi.tmp.bed.gz Y:100200-100200 - -# TBI index on GFF3 -INIT $bgzip -c gff_file.gff > gff_file.tbi.tmp.gff.gz -P . $tabix -f -p gff gff_file.tbi.tmp.gff.gz -P gff_file.X.2934832.2935190.out $tabix gff_file.tbi.tmp.gff.gz X:2934832-2935190 - -# tabix with --separate-regions -P bed_file.separate.out $tabix --separate-regions bed_file.tbi.tmp.bed.gz X:1100-1400 Y:100000-100550 Z:100000-100005 - -# Using threads with tabix -P . $tabix -f -p bed bed_file.tbi.tmp.bed.gz -@ 2 -P vcf_file.1.3000151.out $tabix vcf_file.tbi.tmp.vcf.gz 1:3000151-3000151 --threads 2 diff --git a/src/htslib-1.21/test/tabix/test-tabix.sh b/src/htslib-1.21/test/tabix/test-tabix.sh deleted file mode 100755 index e9a5a9c..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/tabix/test-tabix.sh +++ /dev/null @@ -1,35 +0,0 @@ -#!/bin/sh -# -# Copyright (C) 2017-2018 Genome Research Ltd. -# -# Author: Robert Davies -# -# Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy -# of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal -# in the Software without restriction, including without limitation the rights -# to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell -# copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is -# furnished to do so, subject to the following conditions: -# -# The above copyright notice and this permission notice shall be included in -# all copies or substantial portions of the Software. -# -# THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR -# IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY, -# FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL -# THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER -# LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING -# FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER -# DEALINGS IN THE SOFTWARE. - -# Load in the test driver -. ../simple_test_driver.sh - -echo "Testing tabix..." - -bgzip="../../bgzip" -tabix="../../tabix" - -test_driver $@ - -exit $? diff --git a/src/htslib-1.21/test/tabix/vcf_file.1.3000151.out b/src/htslib-1.21/test/tabix/vcf_file.1.3000151.out deleted file mode 100644 index e9d5c87..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/tabix/vcf_file.1.3000151.out +++ /dev/null @@ -1 +0,0 @@ -1 3000151 . C T 59.2 PASS AN=4;AC=2 GT:DP:GQ 0/1:32:245 0/1:32:245 diff --git a/src/htslib-1.21/test/tabix/vcf_file.2.3199812.out b/src/htslib-1.21/test/tabix/vcf_file.2.3199812.out deleted file mode 100644 index be2f66e..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/tabix/vcf_file.2.3199812.out +++ /dev/null @@ -1 +0,0 @@ -2 3199812 . G GTT,GT 82.7 PASS AN=4;AC=2,2 GT:GQ:DP 1/2:322:26 1/2:322:26 diff --git a/src/htslib-1.21/test/tabix/vcf_file.bcf b/src/htslib-1.21/test/tabix/vcf_file.bcf deleted file mode 100644 index a4aafec47726dbcc1c335c27fe5810bf13e33923..0000000000000000000000000000000000000000 GIT binary patch literal 0 HcmV?d00001 literal 4485 zcma)A&2JmW9bHnC6e>=Eb>Rp|fp{&UP*YIihbSu!$_A^Yv}GVmvNVZ{Mu4#rm*O@Q zDU&N1?xjtTo_fxQa|qf)Pdx|ip@;U=Lz`3b7vv9UFU`4q?=8Q?Scb{)Y3A+Bo8Rxv zZ)T0${M`!~i=Y3^SQ}p2YTBu{>@WVk;ccbUugzH2;$kCeg^f=4G>9wjcv~0cmEzpu z;#O_jZ0=WnQma<>+=GK$HS8UCqq8{bv?~j4tL0!;9CmxoSn z&lxxS{fEi;B$U+&hy0;KeWMTJE-bz5vmdrQF?J!5C{Ie<8>I8By&7mZ_mYGXt+ffQ z>fZBc?T10#sfK59Gf}xcq2g~3RQ$x?tyU+9pPrMm9laN}qGqSlFU56l4#Z0uw6^sx_(qWY!(dI_|XN=tKou%<)j194xh zl^04i?1t^*u)+)CjeI`eI`75ZFprBMh>x4a!dm{U+xca99QX1k#rN`{+(5{GsDPhJJro$@fHTf z8%&(XTDu+{2dFS7ZU!+RbS{E!6fh6oT8?B^`gvTweGbh2L?TZ+@vKz`d&b*!bn=Vb zUhil7yLYpDy9e1?HM_sLm36mG_TJm>b~d^BvrHzNT*6s5yD?`i;T`fly-6(V?SCv= zDYU=*S8F3}@oS}L=e>DjTlR}~#-6j&cIH+(lg`-F*T1#C)#UH@C%^OE$x~NMp0ORL zuka>juk;l@`0I+rms+E-<4z~bXZ)zXTJ?Qn%)D>EU{ATJ^i*aT%r(n?$>(7nh4m!$ zBxTRoi;MQ`nq~d|@A&<#|99Aa1B=`pTa-C}_N3-!tSRO^eLt!n?Cj0^^Jd<&vv$g! z9xXg&&)rI;wBF47cKQ|!!}IH7%Z67iJI<%A-~4*;`!SXuxEO_bd0<(8!dqQiFg5FY zI8_Mcid{guj`O1lk%@ieRxEi}ZsbtH?%VQ*@DSPUP%S%90YrL&R1x{o~kr{(dr^|b|!mtST*4$S!TuL`P1%PNmFxGk3z z(v0Ey$JWPGc=gpEUa62`N^oKnfyIr)XMBDh^9MHk_tSzkjlN}FAOcm#)a-r3OK!=y zqd*`+H)b+3aO2uF#4$Iwj9JWtJK=qmWYTE-ailZvucNS+{9!udD%Uqs8!Y5kUZD=- z;dcBdU6iYq_4!C=-NWe^-`#N?``ve?!mJn#_hk1kMJtQHDHUPA$UZTymwZQQji2|; z)F$J(dGjm$^YX>M(uYuDe#s7%Qiw6dLl0}_{Uy&u$t`(kciN{e9uvq>&!--4Gy*yNhcCHATLd~x z6M%7eNFYZ&#s(lqJuU|zM?EkA>TwL6BY5{A=ej~8^o8P$cq873H{yNqzIb1}FWwXH ziTA`yABI8`jta@cQ=;_Ys@meE4`azlAK9p_@zRI8WTX#&(T2f7^2k{zUixsEjN*sS zY)cgYHPgoVLln@!+y0fo|lFY z<5_z`@zjTH;;E0ecC1nXHhJmGe-Iikebft| zN?-o-0Ei(k|A8DY|AFGAFaLQ=_*DAx9~-Oj(nl%ssr2PP+8VF;5Ihj$fzU@n;^{w+uTVVok*Ij;^PmwKKTtgN z(Izkdf#l^sP`vczKd%Blr9ZHWI`SVVUi$JM7D`9@s(;wY@$w(Y@$w%Ai&y;e9}M;J zSV$dwgyI#y{KtlfSN!rHo5S()AIS0YA1Ge&%YRIzJ~9we2VbJ}SXMmsdF+YQ2a0F>Xp5&lLK9DY9yXx-2a=cnK=IO-|44%4TX^l>ocJFtKj^=I`Of=4M9Fb= diff --git a/src/htslib-1.21/test/tabix/vcf_file.vcf b/src/htslib-1.21/test/tabix/vcf_file.vcf deleted file mode 100644 index d3cf30f..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/tabix/vcf_file.vcf +++ /dev/null @@ -1,38 +0,0 @@ -##fileformat=VCFv4.1 -##FILTER= -##INFO= -##FORMAT= -##INFO= -##FORMAT= -##FORMAT= -##FORMAT= -##FORMAT= -##FILTER= -##FILTER= -##contig= -##contig= -##contig= -##contig= -##reference=file:///lustre/scratch105/projects/g1k/ref/main_project/human_g1k_v37.fasta -##readme=AAAAAA -##readme=BBBBBB -##INFO= -##INFO= -##INFO= -##INFO= -#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT A B -1 3000150 . C T 59.2 PASS AN=4;AC=2 GT:GQ 0/1:245 0/1:245 -1 3000151 . C T 59.2 PASS AN=4;AC=2 GT:DP:GQ 0/1:32:245 0/1:32:245 -1 3062915 id3D GTTT G 12.9 q10 DP4=1,2,3,4;AN=4;AC=2;INDEL;STR=test GT:GQ:DP:GL 0/1:409:35:-20,-5,-20 0/1:409:35:-20,-5,-20 -1 3062915 idSNP G T,C 12.6 test TEST=5;DP4=1,2,3,4;AN=3;AC=1,1 GT:TT:GQ:DP:GL 0/1:0,1:409:35:-20,-5,-20,-20,-5,-20 2:0,1:409:35:-20,-5,-20 -1 3106154 . CAAA C 342 PASS AN=4;AC=2 GT:GQ:DP 0/1:245:32 0/1:245:32 -1 3106154 . C CT 59.2 PASS AN=4;AC=2 GT:GQ:DP 0/1:245:32 0/1:245:32 -1 3157410 . GA G 90.6 q10 AN=4;AC=4 GT:GQ:DP 1/1:21:21 1/1:21:21 -1 3162006 . GAA G 60.2 PASS AN=4;AC=2 GT:GQ:DP 0/1:212:22 0/1:212:22 -1 3177144 . G T 45 PASS AN=4;AC=2 GT:GQ:DP 0/0:150:30 1/1:150:30 -1 3177144 . G . 45 PASS AN=4;AC=0 GT:GQ:DP 0/0:150:30 0/0:150:30 -1 3184885 . TAAAA TA,T 61.5 PASS AN=4;AC=2,2 GT:GQ:DP 1/2:12:10 1/2:12:10 -2 3199812 . G GTT,GT 82.7 PASS AN=4;AC=2,2 GT:GQ:DP 1/2:322:26 1/2:322:26 -3 3212016 . CTT C,CT 79 PASS AN=4;AC=2,2 GT:GQ:DP 1/2:91:26 1/2:91:26 -4 3258448 . TACACACAC T . PASS AN=4;AC=2 GT:GQ:DP 0/1:325:31 0/1:325:31 -4 3258501 . C A,T,G,CA,CT,CG,CC,CAA,CAT,CAG,CAC,CTA,CTT,CTG,CTC,CGA,CGT,CGG,CGC,CCA,CCT,CCG,CCC,CAAA,CAAT,CAAG,CAAC,CATA,CATT,CATG,CATC,CAGA,CAGT,CAGG,CAGC,CACA,CACT,CACG,CACC,CTAA,CTAT,CTAG,CTAC,CTTA,CTTT,CTTG,CTTC,CTGA,CTGT,CTGG,CTGC,CTCA,CTCT,CTCG,CTCC,CGAA,CGAT,CGAG,CGAC,CGTA,CGTT,CGTG,CGTC,CGGA,CGGT,CGGG,CGGC,CGCA,CGCT,CGCG,CGCC,CCAA,CCAT,CCAG,CCAC,CCTA,CCTT,CCTG,CCTC,CCGA,CCGT,CCGG,CCGC,CCCA,CCCT,CCCG,CCCC,CAAAA,CAAAT,CAAAG,CAAAC,CAATA,CAATT,CAATG,CAATC,CAAGA,CAAGT,CAAGG,CAAGC,CAACA,CAACT,CAACG,CAACC,CATAA,CATAT,CATAG,CATAC,CATTA,CATTT,CATTG,CATTC,CATGA,CATGT,CATGG,CATGC,CATCA,CATCT,CATCG,CATCC,CAGAA,CAGAT,CAGAG,CAGAC,CAGTA,CAGTT,CAGTG,CAGTC,CAGGA,CAGGT,CAGGG,CAGGC,CAGCA,CAGCT,CAGCG,CAGCC,CACAA,CACAT,CACAG,CACAC,CACTA,CACTT,CACTG,CACTC,CACGA,CACGT,CACGG,CACGC,CACCA,CACCT,CACCG,CACCC,CTAAA,CTAAT,CTAAG,CTAAC,CTATA,CTATT,CTATG,CTATC,CTAGA,CTAGT,CTAGG,CTAGC,CTACA,CTACT,CTACG,CTACC,CTTAA,CTTAT,CTTAG,CTTAC,CTTTA,CTTTT,CTTTG,CTTTC,CTTGA,CTTGT,CTTGG,CTTGC,CTTCA,CTTCT,CTTCG,CTTCC,CTGAA,CTGAT,CTGAG,CTGAC,CTGTA,CTGTT,CTGTG,CTGTC,CTGGA,CTGGT,CTGGG,CTGGC,CTGCA,CTGCT,CTGCG,CTGCC,CTCAA,CTCAT,CTCAG,CTCAC,CTCTA,CTCTT,CTCTG,CTCTC,CTCGA,CTCGT,CTCGG,CTCGC,CTCCA,CTCCT,CTCCG,CTCCC,CGAAA,CGAAT,CGAAG,CGAAC,CGATA,CGATT,CGATG,CGATC,CGAGA,CGAGT,CGAGG,CGAGC,CGACA,CGACT,CGACG,CGACC,CGTAA,CGTAT,CGTAG,CGTAC,CGTTA,CGTTT,CGTTG,CGTTC,CGTGA,CGTGT,CGTGG,CGTGC,CGTCA,CGTCT,CGTCG,CGTCC,CGGAA,CGGAT,CGGAG,CGGAC,CGGTA,CGGTT,CGGTG,CGGTC,CGGGA,CGGGT,CGGGG,CGGGC,CGGCA,CGGCT,CGGCG,CGGCC,CGCAA,CGCAT,CGCAG,CGCAC,CGCTA,CGCTT,CGCTG,CGCTC,CGCGA,CGCGT,CGCGG,CGCGC,CGCCA,CGCCT,CGCCG,CGCCC,CCAAA,CCAAT,CCAAG,CCAAC,CCATA,CCATT,CCATG,CCATC,CCAGA,CCAGT,CCAGG,CCAGC,CCACA,CCACT,CCACG,CCACC,CCTAA,CCTAT,CCTAG,CCTAC,CCTTA,CCTTT,CCTTG,CCTTC,CCTGA,CCTGT 45 PASS AN=4;AC=2 GT 0/300 240/260 diff --git a/src/htslib-1.21/test/test-bcf-sr.c b/src/htslib-1.21/test/test-bcf-sr.c deleted file mode 100644 index 0fb5990..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/test-bcf-sr.c +++ /dev/null @@ -1,270 +0,0 @@ -/* - Copyright (C) 2017, 2020, 2023 Genome Research Ltd. - - Author: Petr Danecek - - Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy - of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal - in the Software without restriction, including without limitation the rights - to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell - copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is - furnished to do so, subject to the following conditions: - - The above copyright notice and this permission notice shall be included in - all copies or substantial portions of the Software. - - THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR - IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY, - FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL THE - AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER - LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING FROM, - OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER DEALINGS IN - THE SOFTWARE. -*/ - -/* - Test bcf synced reader allele pairing -*/ - -#include - -#include -#include -#include -#include -#include -#include -#include - -#include "../htslib/hts_defs.h" -#include "../htslib/synced_bcf_reader.h" -#include "../htslib/hts.h" -#include "../htslib/vcf.h" - -void HTS_FORMAT(HTS_PRINTF_FMT, 1, 2) HTS_NORETURN -error(const char *format, ...) -{ - va_list ap; - va_start(ap, format); - vfprintf(stderr, format, ap); - va_end(ap); - exit(EXIT_FAILURE); -} - -void HTS_NORETURN usage(int exit_code) -{ - fprintf(stderr, "Usage: test-bcf-sr [OPTIONS] vcf-list.txt\n"); - fprintf(stderr, " test-bcf-sr [OPTIONS] -args file1.bcf [...]\n"); - fprintf(stderr, "Options:\n"); - fprintf(stderr, " --args pass filenames directly in argument list\n"); - fprintf(stderr, " --no-index allow streaming\n"); - fprintf(stderr, " -o, --output output file (stdout if not set)\n"); - fprintf(stderr, " -O, --output-fmt fmt: vcf,bcf,summary\n"); - fprintf(stderr, " -p, --pair logic: snps,indels,both,snps+ref,indels+ref,both+ref,exact,some,all\n"); - fprintf(stderr, " -r, --regions comma-separated list of regions\n"); - fprintf(stderr, " -t, --targets comma-separated list of targets\n"); - fprintf(stderr, "\n"); - exit(exit_code); -} - -void write_summary_format(bcf_srs_t *sr, FILE *out) -{ - int n, i, j; - while ((n = bcf_sr_next_line(sr)) > 0) { - for (i=0; inreaders; i++) - { - if ( !bcf_sr_has_line(sr,i) ) continue; - bcf1_t *rec = bcf_sr_get_line(sr, i); - if (!rec) error("bcf_sr_get_line() unexpectedly returned NULL\n"); - fprintf(out, "%s:%"PRIhts_pos, - bcf_seqname_safe(bcf_sr_get_header(sr,i),rec),rec->pos+1); - break; - } - - for (i=0; inreaders; i++) - { - fprintf(out, "\t"); - - if ( !bcf_sr_has_line(sr,i) ) - { - fprintf(out, "%s","-"); - continue; - } - - bcf1_t *rec = bcf_sr_get_line(sr, i); - if (!rec) error("bcf_sr_get_line() unexpectedly returned NULL\n"); - fprintf(out, "%s", rec->n_allele > 1 ? rec->d.allele[1] : "."); - for (j=2; jn_allele; j++) - { - fprintf(out, ",%s", rec->d.allele[j]); - } - } - fprintf(out, "\n"); - } -} - -void write_vcf_bcf_format(bcf_srs_t *sr, bcf_hdr_t *hdr, vcfFile *vcf_out, - const char *fmt_type) -{ - int i, n; - if (bcf_hdr_write(vcf_out, hdr) != 0) - error("Couldn't write %s header\n", fmt_type); - - while ((n = bcf_sr_next_line(sr)) > 0) { - for (i=0; inreaders; i++) - { - if ( !bcf_sr_has_line(sr,i) ) continue; - bcf1_t *rec = bcf_sr_get_line(sr, i); - if (!rec) error("bcf_sr_get_line() unexpectedly returned NULL\n"); - if (vcf_write(vcf_out, hdr, rec) < 0) - error("vcf_write() failed\n"); - } - } -} - -int main(int argc, char *argv[]) -{ - static struct option loptions[] = - { - {"help",no_argument,NULL,'h'}, - {"output-fmt",required_argument,NULL,'O'}, - {"pair",required_argument,NULL,'p'}, - {"regions",required_argument,NULL,'r'}, - {"targets",required_argument,NULL,'t'}, - {"no-index",no_argument,NULL,1000}, - {"args",no_argument,NULL,1001}, - {NULL,0,NULL,0} - }; - - int c, pair = 0, use_index = 1, use_fofn = 1; - enum htsExactFormat out_fmt = text_format; // for original pos + alleles - const char *out_fn = NULL, *regions = NULL, *targets = NULL; - while ((c = getopt_long(argc, argv, "o:O:p:r:t:h", loptions, NULL)) >= 0) - { - switch (c) - { - case 'o': - out_fn = optarg; - break; - case 'O': - if (!strcasecmp(optarg, "vcf")) out_fmt = vcf; - else if (!strcasecmp(optarg, "bcf")) out_fmt = bcf; - else if (!strcasecmp(optarg, "summary")) out_fmt = text_format; - else error("Unknown output format \"%s\"\n", optarg); - break; - case 'p': - if ( !strcmp(optarg,"snps") ) pair |= BCF_SR_PAIR_SNPS; - else if ( !strcmp(optarg,"snp+ref") ) pair |= BCF_SR_PAIR_SNPS|BCF_SR_PAIR_SNP_REF; - else if ( !strcmp(optarg,"snps+ref") ) pair |= BCF_SR_PAIR_SNPS|BCF_SR_PAIR_SNP_REF; - else if ( !strcmp(optarg,"indels") ) pair |= BCF_SR_PAIR_INDELS; - else if ( !strcmp(optarg,"indel+ref") ) pair |= BCF_SR_PAIR_INDELS|BCF_SR_PAIR_INDEL_REF; - else if ( !strcmp(optarg,"indels+ref") ) pair |= BCF_SR_PAIR_INDELS|BCF_SR_PAIR_INDEL_REF; - else if ( !strcmp(optarg,"both") ) pair |= BCF_SR_PAIR_BOTH; - else if ( !strcmp(optarg,"both+ref") ) pair |= BCF_SR_PAIR_BOTH_REF; - else if ( !strcmp(optarg,"any") ) pair |= BCF_SR_PAIR_ANY; - else if ( !strcmp(optarg,"all") ) pair |= BCF_SR_PAIR_ANY; - else if ( !strcmp(optarg,"some") ) pair |= BCF_SR_PAIR_SOME; - else if ( !strcmp(optarg,"exact") ) pair = BCF_SR_PAIR_EXACT; - else error("The --pair logic \"%s\" not recognised.\n", optarg); - break; - case 'r': - regions = optarg; - break; - case 't': - targets = optarg; - break; - case 1000: - use_index = 0; - break; - case 1001: - use_fofn = 0; - break; - case 'h': - usage(EXIT_SUCCESS); - default: usage(EXIT_FAILURE); - } - } - if ( !pair ) pair = BCF_SR_PAIR_EXACT; - if ( optind == argc ) usage(EXIT_FAILURE); - - int i, nvcf; - char **vcfs = NULL; - if (use_fofn) { - vcfs = hts_readlist(argv[optind], 1, &nvcf); - if ( !vcfs ) error("Could not parse %s\n", argv[optind]); - } else { - vcfs = &argv[optind]; - nvcf = argc - optind; - } - - bcf_srs_t *sr = bcf_sr_init(); - if (!sr) error("bcf_sr_init() failed\n"); - bcf_sr_set_opt(sr, BCF_SR_PAIR_LOGIC, pair); - if (use_index) { - bcf_sr_set_opt(sr, BCF_SR_REQUIRE_IDX); - } else { - bcf_sr_set_opt(sr, BCF_SR_ALLOW_NO_IDX); - } - - if (regions) - { - if (bcf_sr_set_regions(sr, regions, 0) != 0) - error("Failed to set regions\n"); - } - - if (targets) - { - if (bcf_sr_set_targets(sr, targets, 0, 0) != 0) - error("Failed to set targets\n"); - } - - for (i=0; ierrnum)); - - if (!sr->readers || sr->nreaders < 1) - error("No readers set, even though one was added\n"); - - if (out_fmt == text_format) { - FILE *out = stdout; - if (out_fn) - { - out = fopen(out_fn, "w"); - if (!out) error("Couldn't open \"%s\" for writing: %s\n", - out_fn, strerror(errno)); - } - write_summary_format(sr, out); - if (out_fn) - { - if (fclose(out) != 0) - error("Error on closing %s : %s\n", - out_fn, strerror(errno)); - } - } else { - const char *fmt_type = out_fmt == vcf ? "VCF" : "BCF"; - - bcf_hdr_t *hdr = bcf_sr_get_header(sr, 0); - if (!hdr) error("%s output, but don't have a header\n", fmt_type); - - if (!out_fn) { out_fn = "-"; } - vcfFile *vcf_out = vcf_open(out_fn, out_fmt == vcf ? "w" : "wb"); - if (!vcf_out) error("Couldn't open \"%s\" for writing: %s\n", - out_fn, strerror(errno)); - write_vcf_bcf_format(sr, hdr, vcf_out, fmt_type); - if (vcf_close(vcf_out) != 0) - error("Error on closing \"%s\"\n", out_fn); - } - - if (sr->errnum) error("Synced reader error: %s\n", - bcf_sr_strerror(sr->errnum)); - - bcf_sr_destroy(sr); - if (use_fofn) - { - for (i=0; i Random seed\n", - " -t, --temp-dir When given, temporary files will not be removed\n", - " -v, --verbose \n", - " -h, -?, --help This help message\n", - "\n"; - exit 1; -} -sub parse_params -{ - my $opts = {}; - while (defined(my $arg=shift(@ARGV))) - { - if ( $arg eq '-t' || $arg eq '--temp-dir' ) { $$opts{keep_files}=shift(@ARGV); next } - if ( $arg eq '-v' || $arg eq '--verbose' ) { $$opts{verbose}=1; next } - if ( $arg eq '-s' || $arg eq '--seed' ) { $$opts{seed}=shift(@ARGV); next } - if ( $arg eq '-?' || $arg eq '-h' || $arg eq '--help' ) { error(); } - error("Unknown parameter \"$arg\". Run -h for help.\n"); - } - $$opts{tmp} = exists($$opts{keep_files}) ? $$opts{keep_files} : tempdir(CLEANUP=>1); - if ($^O =~ /^msys/) { - $$opts{tmp} = cygpath($$opts{tmp}); - } - if ( $$opts{keep_files} ) { cmd("mkdir -p $$opts{keep_files}"); } - if ( !exists($$opts{seed}) ) - { - $$opts{seed} = time(); - print STDERR "Random seed is $$opts{seed}\n"; - } - srand($$opts{seed}); - return $opts; -} - -sub _cmd -{ - my ($cmd) = @_; - my $kid_io; - my @out; - my $pid = open($kid_io, "-|"); - if ( !defined $pid ) { error("Cannot fork: $!"); } - if ($pid) - { - # parent - @out = <$kid_io>; - close($kid_io); - } - else - { - # child - exec('bash', '-o','pipefail','-c', $cmd) or error("Cannot execute the command [/bin/sh -o pipefail -c $cmd]: $!"); - } - return ($? >> 8, join('',@out)); -} -sub cmd -{ - my ($cmd) = @_; - my ($ret,$out) = _cmd($cmd); - if ( $ret ) { error("The command failed [$ret]: $cmd\n", $out); } - return $out; -} - -sub save_vcf -{ - my ($opts,$vars,$fname) = @_; - open(my $fh,"| $FindBin::Bin/../bgzip -c > $fname") or error("$FindBin::Bin/../bgzip -c > $fname: !"); - print $fh qq[##fileformat=VCFv4.3\n]; - print $fh qq[##FILTER=\n]; - print $fh qq[##contig=\n]; - print $fh qq[##contig=\n]; - print $fh '#'. join("\t", qw(CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO))."\n"; - for my $var (@$vars) - { - my @als = split(/,/,$var); - my @alts = (); - my $ref; - for my $al (@als) - { - my ($xref,$alt) = split(/>/,$al); - $ref = $xref; - push @alts,$alt; - } - print $fh join("\t", (1,100,'.',$ref,join(',',@alts),'.','.','.'))."\n"; - } - for my $var (@$vars) - { - my @als = split(/,/,$var); - my @alts = (); - my $ref; - for my $al (@als) - { - my ($xref,$alt) = split(/>/,$al); - $ref = $xref; - push @alts,$alt; - } - print $fh join("\t", (1,300,'.',$ref,join(',',@alts),'.','.','.'))."\n"; - } - for my $var (@$vars) - { - my @als = split(/,/,$var); - my @alts = (); - my $ref; - for my $al (@als) - { - my ($xref,$alt) = split(/>/,$al); - $ref = $xref; - push @alts,$alt; - } - print $fh join("\t", (2,100,'.',$ref,join(',',@alts),'.','.','.'))."\n"; - } - close($fh) or error("close failed: bgzip -c > $fname"); - cmd("$FindBin::Bin/../tabix -f $fname"); -} - -sub random_alt -{ - my ($ref,$is_snp) = @_; - my @acgt = qw(A C G T); - my $alt = $acgt[rand @acgt]; - if ( $ref eq $alt ) { return '.'; } # ref - if ( !$is_snp ) { $alt = $ref.$alt; } - return $alt; -} - -sub check_outputs -{ - my ($fname_bin,$fname_perl) = @_; - my %out = (); - open(my $fh,'<',$fname_bin) or error("$fname_bin: $!"); - while (my $line=<$fh>) - { - my ($pos,@vals) = split(/\t/,$line); - chomp($vals[-1]); - $vals[-1] =~ s/\r$//; - push @{$out{$pos}},join("\t",@vals); - } - close($fh) or error("close failed: $fname_bin"); - if ( keys %out != 3 ) { error("Expected 3 positions, found ",scalar keys %out,": $fname_bin\n"); } - my $n; - for my $pos (keys %out) - { - if ( !defined $n ) { $n = scalar @{$out{$pos}}; } - if ( @{$out{$pos}} != $n ) { error("Expected $n positions, found ",scalar keys %{$out{$pos}},"\n"); } - } - my @blines = @{$out{(keys %out)[0]}}; - - my @plines = (); - open($fh,'<',$fname_perl) or error("$fname_perl: $!"); - while (my $line=<$fh>) - { - chomp($line); - $line =~ s/\r$//; - push @plines,$line; - } - close($fh) or error("close failed: $fname_perl"); - if ( @blines != @plines ) { error("Different number of lines: ",scalar @blines," vs ",scalar @plines," in $fname_bin vs $fname_perl\n"); } - @blines = sort @blines; - @plines = sort @plines; - for (my $i=0; $i<@plines; $i++) - { - if ( $blines[$i] ne $plines[$i] ) - { - #error("Different lines in $fname_bin vs $fname_perl:\n\t$blines[$i].\nvs\n\t$plines[$i].\n"); - error("Different lines in $fname_bin vs $fname_perl:\n\t".join("\n\t",@blines)."\nvs\n\t".join("\n\t",@plines)."\n"); - } - } -} - -sub run_test -{ - my ($opts) = @_; - my @acgt = qw(A C G T); - my $ref = $acgt[rand @acgt]; - my @vcfs = (); - my $nvcf = 1 + int(rand(10)); - for (my $i=0; $i<$nvcf; $i++) - { - my %vars = (); - my $nvars = 1 + int(rand(6)); - for (my $j=0; $j<$nvars; $j++) - { - my $snp = int(rand(2)); - my $alt = random_alt($ref,$snp); - my $var = "$ref>$alt"; - if ( $alt ne '.' && !int(rand(5)) ) # create multiallelic site - { - my $alt2 = random_alt($ref,$snp); - if ( $alt2 ne '.' && $alt ne $alt2 ) - { - $var .= ",$ref>$alt2"; - } - } - $vars{$var} = 1; - } - my $ndup = 1 + int(rand(4)); - for (my $j=0; $j<$ndup; $j++) - { - my @keys = shuffle keys %vars; - push @vcfs, \@keys; - } - } - @vcfs = shuffle @vcfs; - open(my $fh,'>',"$$opts{tmp}/list.txt") or error("$$opts{tmp}/list.txt: $!"); - my %groups = (); - my @group_list = (); - for (my $i=0; $i<@vcfs; $i++) - { - my $vcf = $vcfs[$i]; - my $key = join(';',sort @$vcf); - if ( !exists($groups{$key}) ) - { - push @group_list,$key; - $groups{$key}{vars} = [@$vcf]; - $groups{$key}{key} = $key; - } - push @{$groups{$key}{vcfs}},$i; - save_vcf($opts,$vcf,"$$opts{tmp}/$i.vcf.gz"); - print $fh "$$opts{tmp}/$i.vcf.gz\n"; - } - close($fh); - - my @groups = (); - for my $group (@group_list) { push @groups, $groups{$group}; } - for my $logic (qw(snps indels both snps+ref indels+ref both+ref exact some all)) - #for my $logic (qw(snps)) - { - print STDERR "$FindBin::Bin/test-bcf-sr $$opts{tmp}/list.txt -p $logic > $$opts{tmp}/rmme.bin.out\n" unless !$$opts{verbose}; - cmd("$FindBin::Bin/test-bcf-sr $$opts{tmp}/list.txt -p $logic > $$opts{tmp}/rmme.bin.out"); - - open(my $fh,'>',"$$opts{tmp}/rmme.perl.out") or error("$$opts{tmp}/rmme.perl.out: $!"); - $$opts{fh} = $fh; - $$opts{logic} = $logic; - pair_lines($opts,\@groups); - close($fh) or error("close failed: $$opts{tmp}/rmme.perl.out"); - - check_outputs("$$opts{tmp}/rmme.bin.out","$$opts{tmp}/rmme.perl.out"); - } -} - -sub pair_lines -{ - my ($opts,$groups) = @_; - - #print 'groups: '.Dumper($groups); - - # get a list of all unique variants and their groups - my %vars = (); - my @var_list = (); - for (my $igrp=0; $igrp<@$groups; $igrp++) - { - my $grp = $$groups[$igrp]; - for (my $ivar=0; $ivar<@{$$grp{vars}}; $ivar++) - { - my $var = $$grp{vars}[$ivar]; - if ( !exists($vars{$var}) ) { push @var_list,$var; } # just to keep the order - push @{$vars{$var}}, { igrp=>$igrp, ivar=>$ivar, cnt=>scalar @{$$grp{vcfs}} }; - } - } - - # each variant has a list of groups that it is present in - my @vars = (); - for my $var (@var_list) { push @vars, $vars{$var}; } - - #print STDERR 'unique variants: '.Dumper(\@var_list); - # for (my $i=0; $i<@vars; $i++) - # { - # my $igrp = $vars[$i][0]{igrp}; - # my $jvar = $vars[$i][0]{ivar}; - # my $var = $$groups[$igrp]{vars}[$jvar]; - # print STDERR "$i: $var\n"; - # } - - # initialize variant sets - combinations of compatible variants across multiple reader groups - my @var_sets = (); - for (my $i=0; $i<@vars; $i++) { push @var_sets,[$i]; } - - my @bitmask = (); - my @pmatrix = (); - for (my $iset=0; $iset<@var_sets; $iset++) - { - $pmatrix[$iset] = [(0) x (scalar @$groups)]; - $bitmask[$iset] = 0; - } - my @max; - for (my $iset=0; $iset<@var_sets; $iset++) - { - my $tmp_max = 0; - for my $ivar (@{$var_sets[$iset]}) - { - my $var = $vars[$ivar]; - for my $grp (@$var) - { - my $igrp = $$grp{igrp}; - $pmatrix[$iset][$igrp] += $$grp{cnt}; - if ( $bitmask[$iset] & (1<<$igrp) ) { error("Uh!"); } - $bitmask[$iset] |= 1<<$igrp; - $tmp_max += $$grp{cnt}; - } - } - push @max, $tmp_max; - } - - # pair the lines - while ( @var_sets ) - { - my $imax = 0; - for (my $iset=1; $iset<@var_sets; $iset++) - { - if ( $max[$iset] > $max[$imax] ) { $imax = $iset; } - } - # if ( @var_sets == @vars ) { dump_pmatrix($groups,\@vars,\@var_sets,\@pmatrix,\@bitmask); } - - my $ipair = undef; - my $max_score = 0; - for (my $iset=0; $iset<@var_sets; $iset++) - { - if ( $bitmask[$imax] & $bitmask[$iset] ) { next; } # cannot merge - my $score = pairing_score($opts,$groups,\@vars,$var_sets[$imax],$var_sets[$iset]); - if ( $max_score < $score ) { $max_score = $score; $ipair = $iset; } - } - - # merge rows thus creating a new variant set - if ( defined $ipair && $ipair != $imax ) - { - $imax = merge_rows($groups,\@vars,\@var_sets,\@pmatrix,\@bitmask,\@max,$imax,$ipair); - next; - } - - output_row($opts,$groups,\@vars,\@var_sets,\@pmatrix,\@bitmask,\@max,$imax); - # dump_pmatrix($groups,\@vars,\@var_sets,\@pmatrix,\@bitmask); - } -} - -sub merge_rows -{ - my ($grps,$vars,$var_sets,$pmat,$bitmask,$max,$ivset,$jvset) = @_; - if ( $ivset > $jvset ) { my $tmp = $ivset; $ivset = $jvset; $jvset = $tmp; } - push @{$$var_sets[$ivset]}, @{$$var_sets[$jvset]}; - for (my $igrp=0; $igrp<@{$$pmat[$ivset]}; $igrp++) - { - $$pmat[$ivset][$igrp] += $$pmat[$jvset][$igrp]; - } - $$max[$ivset] += $$max[$jvset]; - $$bitmask[$ivset] |= $$bitmask[$jvset]; - splice(@$var_sets,$jvset,1); - splice(@$pmat,$jvset,1); - splice(@$bitmask,$jvset,1); - splice(@$max,$jvset,1); - return $ivset; -} - -sub output_row -{ - my ($opts,$grps,$vars,$var_sets,$pmat,$bitmask,$max,$ivset) = @_; - my $varset = $$var_sets[$ivset]; - my @tmp = (); - for my $grp (@$grps) - { - for my $vcf (@{$$grp{vcfs}}) { push @tmp, '-'; } - } - for my $idx (@$varset) - { - for my $var (@{$$vars[$idx]}) - { - my $igrp = $$var{igrp}; - my $jvar = $$var{ivar}; - my $str = $$grps[$igrp]{vars}[$jvar]; - $str =~ s/[^>]>//g; - for my $ivcf (@{$$grps[$igrp]{vcfs}}) { $tmp[$ivcf] = $str; } - } - } - print {$$opts{fh}} join("\t",@tmp)."\n"; - splice(@$var_sets,$ivset,1); - splice(@$pmat,$ivset,1); - splice(@$bitmask,$ivset,1); - splice(@$max,$ivset,1); -} - -sub dump_pmatrix -{ - my ($grps,$vars,$var_sets,$pmat,$bitmask) = @_; - for (my $ivset=0; $ivset<@$var_sets; $ivset++) - { - my $varset = $$var_sets[$ivset]; - my @tmp = (); - for my $ivar (@$varset) - { - my $igrp = $$vars[$ivar][0]{igrp}; - my $jvar = $$vars[$ivar][0]{ivar}; - push @tmp, $$grps[$igrp]{vars}[$jvar]; - } - printf STDERR "%-10s",join(',',@tmp); - for (my $igrp=0; $igrp<@{$$pmat[0]}; $igrp++) - { - print STDERR "\t$$pmat[$ivset][$igrp]"; - } - print STDERR "\n"; - } - print STDERR "\n"; -} - -sub var_type -{ - my ($vars) = @_; - my %type = (); - for my $var (split(/,/,$vars)) - { - my ($ref,$alt) = split(/>/,$var); - if ( $ref eq $alt or $alt eq '.' ) { $type{ref} = 1; } - elsif ( length($ref)==length($alt) && length($ref)==1 ) { $type{snp} = 1; } - else { $type{indel} = 1; } - } - return keys %type; -} -sub multi_is_subset -{ - my ($avar,$bvar) = @_; - my %avars = (); - my %bvars = (); - for my $var (split(/,/,$avar)) { $avars{$var} = 1; } - for my $var (split(/,/,$bvar)) { $bvars{$var} = 1; } - for my $var (keys %avars) - { - if ( exists($bvars{$var}) ) { return 1; } - } - for my $var (keys %bvars) - { - if ( exists($avars{$var}) ) { return 1; } - } - return 0; -} -sub multi_is_exact -{ - my ($avar,$bvar) = @_; - my %avars = (); - my %bvars = (); - for my $var (split(/,/,$avar)) { $avars{$var} = 1; } - for my $var (split(/,/,$bvar)) { $bvars{$var} = 1; } - for my $var (keys %avars) - { - if ( !exists($bvars{$var}) ) { return 0; } - } - for my $var (keys %bvars) - { - if ( !exists($avars{$var}) ) { return 0; } - } - return 1; -} -sub pairing_score -{ - my ($opts,$grps,$vars,$avset,$bvset) = @_; - - my $score = {}; - if ( $$opts{logic}=~/both/ or $$opts{logic}=~/snps/ or $$opts{logic}=~/all/ ) - { - $$score{snp}{snp} = 3; - if ( $$opts{logic}=~/ref/ or $$opts{logic}=~/all/ ) { $$score{snp}{ref} = 2; } - } - if ( $$opts{logic}=~/both/ or $$opts{logic}=~/indels/ or $$opts{logic}=~/all/ ) - { - $$score{indel}{indel} = 3; - if ( $$opts{logic}=~/ref/ or $$opts{logic}=~/all/ ) { $$score{indel}{ref} = 2; } - } - if ( $$opts{logic}=~/all/ ) - { - $$score{snp}{indel} = 1; - $$score{indel}{snp} = 1; - } - for my $a (keys %$score) - { - for my $b (keys %{$$score{$a}}) - { - $$score{$b}{$a} = $$score{$a}{$b}; - } - } - - my $max_int = 0xFFFFFFFF; - my $min = $max_int; - for my $ia (@$avset) - { - for my $ib (@$bvset) - { - my $avar = $$grps[ $$vars[$ia][0]{igrp} ]{vars}[ $$vars[$ia][0]{ivar} ]; - my $bvar = $$grps[ $$vars[$ib][0]{igrp} ]{vars}[ $$vars[$ib][0]{ivar} ]; - - if ( $avar eq $bvar ) { return $max_int; } - if ( $$opts{logic} eq 'exact' ) - { - if ( multi_is_exact($avar,$bvar) ) { return $max_int; } - next; - } - elsif ( multi_is_subset($avar,$bvar) ) { return $max_int; } - - my @atype = var_type($avar); - my @btype = var_type($bvar); - my $max = 0; - for my $a (@atype) - { - for my $b (@btype) - { - if ( !exists($$score{$a}{$b}) ) { next; } - if ( $max < $$score{$a}{$b} ) { $max = $$score{$a}{$b}; } - } - } - if ( !$max ) { return 0; } # some of the variants in the two groups are not compatible - if ( $min > $max ) { $min = $max; } - } - } - if ( $$opts{logic} eq 'exact' ) { return 0; } - - my $cnt = 0; - for my $ivar (@$avset,@$bvset) - { - my $var = $$vars[$ivar]; - for my $grp (@$var) - { - $cnt += $$grp{cnt}; - } - } - return (1<<(28+$min)) + $cnt; -} diff --git a/src/htslib-1.21/test/test-bcf-translate.c b/src/htslib-1.21/test/test-bcf-translate.c deleted file mode 100644 index 263e71e..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/test-bcf-translate.c +++ /dev/null @@ -1,203 +0,0 @@ -/* test/test-bcf-translate.c - - Copyright (C) 2017-2018 Genome Research Ltd. - - Author: Petr Danecek - - Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy - of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal - in the Software without restriction, including without limitation the rights - to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell - copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is - furnished to do so, subject to the following conditions: - - The above copyright notice and this permission notice shall be included in - all copies or substantial portions of the Software. - - THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR - IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY, - FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL THE - AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER - LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING FROM, - OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER DEALINGS IN - THE SOFTWARE. -*/ - -#include - -#include - -#include "../htslib/vcf.h" - -void HTS_FORMAT(HTS_PRINTF_FMT, 1, 2) error(const char *format, ...) -{ - va_list ap; - va_start(ap, format); - vfprintf(stderr, format, ap); - va_end(ap); - exit(-1); -} - -int main(int argc, char **argv) -{ - char *fname = argc>1 ? argv[1] : "/dev/null"; - htsFile *fp = hts_open(fname, "w"); - bcf_hdr_t *hdr1, *hdr2; - - hdr1 = bcf_hdr_init("w"); - hdr2 = bcf_hdr_init("w"); - - // Add two shared and two private annotations - bcf_hdr_append(hdr1, "##contig="); - bcf_hdr_append(hdr1, "##contig="); - bcf_hdr_append(hdr2, "##contig="); - bcf_hdr_append(hdr2, "##contig="); - bcf_hdr_append(hdr1, "##FILTER="); - bcf_hdr_append(hdr1, "##FILTER="); - bcf_hdr_append(hdr1, "##FILTER="); - bcf_hdr_append(hdr2, "##FILTER="); - bcf_hdr_append(hdr2, "##FILTER="); - bcf_hdr_append(hdr2, "##FILTER="); - bcf_hdr_append(hdr1, "##INFO="); - bcf_hdr_append(hdr1, "##INFO="); - bcf_hdr_append(hdr1, "##INFO="); - bcf_hdr_append(hdr2, "##INFO="); - bcf_hdr_append(hdr2, "##INFO="); - bcf_hdr_append(hdr2, "##INFO="); - bcf_hdr_append(hdr1, "##FORMAT="); - bcf_hdr_append(hdr1, "##FORMAT="); - bcf_hdr_append(hdr1, "##FORMAT="); - bcf_hdr_append(hdr2, "##FORMAT="); - bcf_hdr_append(hdr2, "##FORMAT="); - bcf_hdr_append(hdr2, "##FORMAT="); - bcf_hdr_add_sample(hdr1,"SMPL1"); - bcf_hdr_add_sample(hdr1,"SMPL2"); - bcf_hdr_add_sample(hdr2,"SMPL1"); - bcf_hdr_add_sample(hdr2,"SMPL2"); - if (bcf_hdr_sync(hdr1) < 0) error("bcf_hdr_sync(hdr1)"); - if (bcf_hdr_sync(hdr2) < 0) error("bcf_hdr_sync(hdr2)"); - - hdr2 = bcf_hdr_merge(hdr2,hdr1); - if (bcf_hdr_sync(hdr2) < 0) error("bcf_hdr_sync(hdr2) after merge"); - if ( bcf_hdr_write(fp, hdr2)!=0 ) error("Failed to write to %s\n", fname); - - bcf1_t *rec = bcf_init1(); - rec->rid = bcf_hdr_name2id(hdr1, "1"); - rec->pos = 0; - bcf_update_alleles_str(hdr1, rec, "G,A"); - int32_t tmpi[3]; - tmpi[0] = bcf_hdr_id2int(hdr1, BCF_DT_ID, "FLT1"); - tmpi[1] = bcf_hdr_id2int(hdr1, BCF_DT_ID, "FLT2"); - tmpi[2] = bcf_hdr_id2int(hdr1, BCF_DT_ID, "FLT3"); - bcf_update_filter(hdr1, rec, tmpi, 3); - tmpi[0] = 1; bcf_update_info_int32(hdr1, rec, "INF1", tmpi, 1); - tmpi[0] = 2; bcf_update_info_int32(hdr1, rec, "INF2", tmpi, 1); - tmpi[0] = 3; bcf_update_info_int32(hdr1, rec, "INF3", tmpi, 1); - tmpi[0] = tmpi[1] = 1; bcf_update_format_int32(hdr1, rec, "FMT1", tmpi, 2); - tmpi[0] = tmpi[1] = 2; bcf_update_format_int32(hdr1, rec, "FMT2", tmpi, 2); - tmpi[0] = tmpi[1] = 3; bcf_update_format_int32(hdr1, rec, "FMT3", tmpi, 2); - - bcf_remove_filter(hdr1, rec, bcf_hdr_id2int(hdr1, BCF_DT_ID, "FLT2"), 0); - bcf_update_info_int32(hdr1, rec, "INF2", NULL, 0); - bcf_update_format_int32(hdr1, rec, "FMT2", NULL, 0); - - bcf_translate(hdr2, hdr1, rec); - if ( bcf_write(fp, hdr2, rec)!=0 ) error("Failed to write to %s\n", fname); - - // Clean - bcf_destroy1(rec); - bcf_hdr_destroy(hdr1); - bcf_hdr_destroy(hdr2); - int ret; - if ( (ret=hts_close(fp)) ) - { - fprintf(stderr,"hts_close(%s): non-zero status %d\n",fname,ret); - exit(ret); - } - return 0; -} - - - - // // Create VCF header - // kstring_t str = {0,0,0}; - // bcf_hdr_add_sample(hdr, "NA00003"); - // bcf_hdr_add_sample(hdr, NULL); // to update internal structures - // bcf_hdr_write(fp, hdr); - // // Add a record - // // 20 14370 rs6054257 G A 29 PASS NS=3;DP=14;AF=0.5;DB;H2 GT:GQ:DP:HQ 0|0:48:1:51,51 1|0:48:8:51,51 1/1:43:5:.,. - // // .. CHROM - // rec->rid = bcf_hdr_name2id(hdr, "20"); - // // .. POS - // rec->pos = 14369; - // // .. ID - // bcf_update_id(hdr, rec, "rs6054257"); - // // .. REF and ALT - // bcf_update_alleles_str(hdr, rec, "G,A"); - // // .. QUAL - // rec->qual = 29; - // // .. FILTER - // int32_t tmpi = bcf_hdr_id2int(hdr, BCF_DT_ID, "PASS"); - // bcf_update_filter(hdr, rec, &tmpi, 1); - // // .. INFO - // tmpi = 3; - // bcf_update_info_int32(hdr, rec, "NS", &tmpi, 1); - // tmpi = 14; - // bcf_update_info_int32(hdr, rec, "DP", &tmpi, 1); - // float tmpf = 0.5; - // bcf_update_info_float(hdr, rec, "AF", &tmpf, 1); - // bcf_update_info_flag(hdr, rec, "DB", NULL, 1); - // bcf_update_info_flag(hdr, rec, "H2", NULL, 1); - // // .. FORMAT - // int32_t *tmpia = (int*)malloc(bcf_hdr_nsamples(hdr)*2*sizeof(int)); - // tmpia[0] = bcf_gt_phased(0); - // tmpia[1] = bcf_gt_phased(0); - // tmpia[2] = bcf_gt_phased(1); - // tmpia[3] = bcf_gt_phased(0); - // tmpia[4] = bcf_gt_unphased(1); - // tmpia[5] = bcf_gt_unphased(1); - // bcf_update_genotypes(hdr, rec, tmpia, bcf_hdr_nsamples(hdr)*2); - // tmpia[0] = 48; - // tmpia[1] = 48; - // tmpia[2] = 43; - // bcf_update_format_int32(hdr, rec, "GQ", tmpia, bcf_hdr_nsamples(hdr)); - // tmpia[0] = 1; - // tmpia[1] = 8; - // tmpia[2] = 5; - // bcf_update_format_int32(hdr, rec, "DP", tmpia, bcf_hdr_nsamples(hdr)); - // tmpia[0] = 51; - // tmpia[1] = 51; - // tmpia[2] = 51; - // tmpia[3] = 51; - // tmpia[4] = bcf_int32_missing; - // tmpia[5] = bcf_int32_missing; - // bcf_update_format_int32(hdr, rec, "HQ", tmpia, bcf_hdr_nsamples(hdr)*2); - // char *tmp_str[] = {"String1","SomeOtherString2","YetAnotherString3"}; - // bcf_update_format_string(hdr, rec, "TS", (const char**)tmp_str, 3); - // bcf_write1(fp, hdr, rec); - // // 20 1110696 . A G,T 67 . NS=2;DP=10;AF=0.333,.;AA=T;DB GT 2 1 ./. - // bcf_clear1(rec); - // rec->rid = bcf_hdr_name2id(hdr, "20"); - // rec->pos = 1110695; - // bcf_update_alleles_str(hdr, rec, "A,G,T"); - // rec->qual = 67; - // tmpi = 2; - // bcf_update_info_int32(hdr, rec, "NS", &tmpi, 1); - // tmpi = 10; - // bcf_update_info_int32(hdr, rec, "DP", &tmpi, 1); - // float *tmpfa = (float*)malloc(2*sizeof(float)); - // tmpfa[0] = 0.333; - // bcf_float_set_missing(tmpfa[1]); - // bcf_update_info_float(hdr, rec, "AF", tmpfa, 2); - // bcf_update_info_string(hdr, rec, "AA", "T"); - // bcf_update_info_flag(hdr, rec, "DB", NULL, 1); - // tmpia[0] = bcf_gt_phased(2); - // tmpia[1] = bcf_int32_vector_end; - // tmpia[2] = bcf_gt_phased(1); - // tmpia[3] = bcf_int32_vector_end; - // tmpia[4] = bcf_gt_missing; - // tmpia[5] = bcf_gt_missing; - // bcf_update_genotypes(hdr, rec, tmpia, bcf_hdr_nsamples(hdr)*2); - // bcf_write1(fp, hdr, rec); - // free(tmpia); - // free(tmpfa); diff --git a/src/htslib-1.21/test/test-bcf-translate.out b/src/htslib-1.21/test/test-bcf-translate.out deleted file mode 100644 index e021f43..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/test-bcf-translate.out +++ /dev/null @@ -1,18 +0,0 @@ -##fileformat=VCFv4.2 -##FILTER= -##contig= -##contig= -##FILTER= -##FILTER= -##FILTER= -##INFO= -##INFO= -##INFO= -##FORMAT= -##FORMAT= -##FORMAT= -##FILTER= -##INFO= -##FORMAT= -#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT SMPL1 SMPL2 -1 1 . G A 0 FLT1;FLT3 INF1=1;INF3=3 FMT1:FMT3 1:3 1:3 diff --git a/src/htslib-1.21/test/test-bcf_set_variant_type.c b/src/htslib-1.21/test/test-bcf_set_variant_type.c deleted file mode 100644 index eb12ecd..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/test-bcf_set_variant_type.c +++ /dev/null @@ -1,135 +0,0 @@ -/* test/test-bcf_set_variant_type.c -- bcf_set_variant_type test harness. - - Copyright (C) 2022 Genome Research Ltd. - - Author: Martin Pollard - -Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy -of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal -in the Software without restriction, including without limitation the rights -to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell -copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is -furnished to do so, subject to the following conditions: - -The above copyright notice and this permission notice shall be included in -all copies or substantial portions of the Software. - -THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR -IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY, -FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL -THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER -LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING -FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER -DEALINGS IN THE SOFTWARE. */ - -#include - -#include - -#include "../htslib/hts.h" -#include "../vcf.c" - -void HTS_FORMAT(HTS_PRINTF_FMT, 1, 2) error(const char *format, ...) -{ - va_list ap; - va_start(ap, format); - vfprintf(stderr, format, ap); - va_end(ap); - if (strrchr(format, '\n') == NULL) fputc('\n', stderr); - exit(-1); -} - -static void test_bcf_set_variant_type(void) -{ - // Test SNVs - bcf_variant_t var1; - bcf_set_variant_type("A", "T", &var1); - if ( var1.type != VCF_SNP) - { - error("A -> T was not detected as a SNP"); - } - - // Test INDEL - bcf_variant_t var2a; - bcf_set_variant_type("A", "AA", &var2a); - if ( var2a.type != (VCF_INDEL|VCF_INS) ) - { - error("A -> AA was not detected as an INDEL"); - } - bcf_variant_t var2b; - bcf_set_variant_type("AA", "A", &var2b); - if ( var2b.type != (VCF_INDEL|VCF_DEL) ) - { - error("AA -> A was not detected as a INDEL"); - } - - // Test breakends - bcf_variant_t var3a; - bcf_set_variant_type("N", "N]16:33625444]", &var3a); - if ( var3a.type != VCF_BND) - { - error("N]16:33625444] was not detected as a breakend"); - } - - bcf_variant_t var3b; - bcf_set_variant_type("N", "N[16:33625444[", &var3b); - if (var3b.type != VCF_BND) - { - error("N[16:33625444[ was not detected as a breakend"); - } - - bcf_variant_t var3c; - bcf_set_variant_type("N", "]16:33625444]N", &var3c); - if ( var3c.type != VCF_BND) - { - error("]16:33625444]N was not detected as a breakend"); - } - - bcf_variant_t var3d; - bcf_set_variant_type("N", "[16:33625444[N", &var3d); - if ( var3d.type != VCF_BND) - { - error("[16:33625444[N was not detected as a breakend"); - } - // Test special reference alleles - bcf_variant_t var4a; - bcf_set_variant_type("A", "", &var4a); - if ( var4a.type != VCF_REF) - { - error(" was not detected as a special reference allele"); - } - bcf_variant_t var4b; - bcf_set_variant_type("A", "<*>", &var4b); - if ( var4b.type != VCF_REF) - { - error("<*> was not detected as a special reference allele"); - } - // Test MNP - bcf_variant_t var5; - bcf_set_variant_type("AA", "TT", &var5); - if ( var5.type != VCF_MNP) - { - error("AA->TT was not detected as a MNP"); - } - // Test Overlapping allele - bcf_variant_t var6; - bcf_set_variant_type("A", "*", &var6); - if ( var6.type != VCF_OVERLAP) - { - error("A->* was not detected as an overlap"); - } - // Test . - bcf_variant_t var7; - bcf_set_variant_type("A", ".", &var7); - if ( var7.type != VCF_REF) - { - error("A->. was not detected as a special reference allele"); - } -} - -int main(int argc, char **argv) -{ - test_bcf_set_variant_type(); - return 0; -} - diff --git a/src/htslib-1.21/test/test-logging.pl b/src/htslib-1.21/test/test-logging.pl deleted file mode 100755 index 2f22560..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/test-logging.pl +++ /dev/null @@ -1,96 +0,0 @@ -#!/usr/bin/env perl -# -# Copyright (C) 2017 Genome Research Ltd. -# -# Author: Anders Kaplan -# -# Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy -# of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal -# in the Software without restriction, including without limitation the rights -# to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell -# copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is -# furnished to do so, subject to the following conditions: -# -# The above copyright notice and this permission notice shall be included in -# all copies or substantial portions of the Software. -# -# THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR -# IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY, -# FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL -# THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER -# LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING -# FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER -# DEALINGS IN THE SOFTWARE. - -use strict; - -my $log_message_count = 0; -my $file_count = 0; -my $failure_count = 0; - -sub check_log_message -{ - my ($message, $filename, $line_num) = @_; - $log_message_count++; - - unless ($message =~ /^\"([A-Z!-@]|%s)/) - { - print "$filename line $line_num:\n"; - print "Log message should begin with a capital letter: $message.\n"; - $failure_count++; - } - - if ($message =~ /\\n\"$/) - { - print "$filename line $line_num:\n"; - print "Log message should NOT end with a newline: $message.\n"; - $failure_count++; - } - - if ($message =~ /\.\"$/) - { - print "$filename line $line_num:\n"; - print "Log message should NOT end with a full stop: $message.\n"; - $failure_count++; - } -} - -sub check_file -{ - my ($filename) = @_; - $file_count++; - - open(my $fh, '<', $filename) or die "Could not open $filename."; - my $line_num = 1; - my $line = <$fh>; - while ($line) - { - if ($line =~ /hts_log_\w+\s*\(\s*(\"[^\"]*\")/) - { - unless ($line =~ /\\n\"\s*$/) # string constant continues on next line - { - check_log_message($1, $filename, $line_num); - } - } - - $line_num++; - $line = <$fh>; - } -} - -sub check_dir -{ - my ($path) = @_; - foreach my $filename (glob("$path/*.c")) - { - check_file($filename); - } -} - -check_dir(".."); -check_dir("../cram"); - -print "$file_count files scanned\n"; -print "$log_message_count log messages checked\n"; -print "$failure_count errors found\n"; -exit($failure_count > 0); diff --git a/src/htslib-1.21/test/test-parse-reg.c b/src/htslib-1.21/test/test-parse-reg.c deleted file mode 100644 index 1703723..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/test-parse-reg.c +++ /dev/null @@ -1,204 +0,0 @@ -/* - Copyright (C) 2018-2019 Genome Research Ltd. - - Author: James Bonfield - - Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy - of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal - in the Software without restriction, including without limitation the rights - to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell - copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is - furnished to do so, subject to the following conditions: - - The above copyright notice and this permission notice shall be included in - all copies or substantial portions of the Software. - - THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR - IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY, - FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL THE - AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER - LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING FROM, - OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER DEALINGS IN - THE SOFTWARE. -*/ - -/* - Test region description parser. - Usage: test-parse-reg [-c] file.bam region - test-parse-reg [-c] -m file.bam region,region... - test-parse-reg -t - - -c is chr:pos is a single base coordinate, ie chr:pos-pos, - otherwise it is chr:pos- - -m is multi-region list. - -t runs built-in tests - - ./test/test-parse-reg -c -m test/colons.bam "{chr1:100-200},{chr1}:100-200,{chr1:100-200}:100,{chr1,chr3},chr1:" -*/ - -#include -#include -#include -#include -#include -#include -#include - -#include "../htslib/hts.h" -#include "../htslib/sam.h" - -void reg_expected(sam_hdr_t *hdr, const char *reg, int flags, - char *reg_exp, int tid_exp, hts_pos_t beg_exp, hts_pos_t end_exp) { - const char *reg_out; - int tid_out = -1; - hts_pos_t beg_out = -1, end_out = -1; - - reg_out = sam_parse_region(hdr, reg, &tid_out, &beg_out, &end_out, flags); - - if ((reg_out != NULL) != (reg_exp != NULL) || - (reg_out && reg_exp && strcmp(reg_out, reg_exp) != 0) || - (reg_exp && tid_out != tid_exp) || - (reg_exp && beg_out != beg_exp) || - (reg_exp && end_out != end_exp)) { - fprintf(stderr, "Parsing \"%s\" expected return \"%s\", %d:%"PRIhts_pos"-%"PRIhts_pos", " - "but got \"%s\", %d:%"PRIhts_pos"-%"PRIhts_pos"\n", - reg, - reg_exp?reg_exp:"(null)", tid_exp, beg_exp, end_exp, - reg_out?reg_out:"(null)", tid_out, beg_out, end_out); - exit(1); - } -} - -int reg_test(char *fn) { - samFile *fp; - sam_hdr_t *hdr; - - if (!(fp = sam_open(fn, "r"))) - return 1; - - if (!(hdr = sam_hdr_read(fp))) - return 1; - - // 0 chr1 - // 1 chr1:100 - // 2 chr1:100-200 - // 3 chr2:100-200 - // 4 chr3 - // 5 chr1,chr3 - - // Check range extensions. - reg_expected(hdr, "chr1", 0, "", 0, 0, HTS_POS_MAX); - reg_expected(hdr, "chr1:50", 0, "", 0, 49, HTS_POS_MAX); - reg_expected(hdr, "chr1:50", HTS_PARSE_ONE_COORD, "", 0, 49, 50); - reg_expected(hdr, "chr1:50-100", 0, "", 0, 49, 100); - reg_expected(hdr, "chr1:50-", 0, "", 0, 49, HTS_POS_MAX); - reg_expected(hdr, "chr1:-50", 0, "", 0, 0, 50); - - // Check quoting - fprintf(stderr, "Expected error: "); - reg_expected(hdr, "chr1:100-200", 0, NULL, 0, 0, 0); // ambiguous - reg_expected(hdr, "{chr1}:100-200", 0, "", 0, 99, 200); - reg_expected(hdr, "{chr1:100-200}", 0, "", 2, 0, HTS_POS_MAX); - reg_expected(hdr, "{chr1:100-200}:100-200", 0, "", 2, 99, 200); - reg_expected(hdr, "{chr2:100-200}:100-200", 0, "", 3, 99, 200); - reg_expected(hdr, "chr2:100-200:100-200", 0, "", 3, 99, 200); - reg_expected(hdr, "chr2:100-200", 0, "", 3, 0, HTS_POS_MAX); - - // Check numerics - reg_expected(hdr, "chr3", 0, "", 4, 0, HTS_POS_MAX); - reg_expected(hdr, "chr3:", 0, "", 4, 0, HTS_POS_MAX); - reg_expected(hdr, "chr3:1000-1500", 0, "", 4, 999, 1500); - reg_expected(hdr, "chr3:1,000-1,500", 0, "", 4, 999, 1500); - reg_expected(hdr, "chr3:1k-1.5K", 0, "", 4, 999, 1500); - reg_expected(hdr, "chr3:1e3-1.5e3", 0, "", 4, 999, 1500); - reg_expected(hdr, "chr3:1e3-15e2", 0, "", 4, 999, 1500); - - // Check list mode - reg_expected(hdr, "chr1,chr3", HTS_PARSE_LIST, "chr3", 0, 0, HTS_POS_MAX); - fprintf(stderr, "Expected error: "); - reg_expected(hdr, "chr1:100-200,chr3", HTS_PARSE_LIST, NULL, 0, 0, 0); // ambiguous - reg_expected(hdr, "{chr1,chr3}", HTS_PARSE_LIST, "", 5, 0, HTS_POS_MAX); - reg_expected(hdr, "{chr1,chr3},chr1", HTS_PARSE_LIST, "chr1", 5, 0, HTS_POS_MAX); - // incorrect usage; first reg is valid (but not what user expects). - reg_expected(hdr, "chr3:1,000-1,500", HTS_PARSE_LIST | HTS_PARSE_ONE_COORD, "000-1,500", 4, 0, 1); - - // More expected failures - reg_expected(hdr, "chr2", 0, NULL, 0, 0, 0); - reg_expected(hdr, "chr1,", 0, NULL, 0, 0, 0); - fprintf(stderr, "Expected error: "); - reg_expected(hdr, "{chr1", 0, NULL, 0, 0, 0); - reg_expected(hdr, "chr1:10-10", 0, "", 0, 9, 10); // OK - reg_expected(hdr, "chr1:10-9", 0, NULL, 0, 0, 0); // Issue#353 - fprintf(stderr, "Expected error: "); - reg_expected(hdr, "chr1:x", 0, NULL, 0, 0, 0); - fprintf(stderr, "Expected error: "); - reg_expected(hdr, "chr1:1-y", 0, NULL, 0, 0, 0); - fprintf(stderr, "Expected error: "); - reg_expected(hdr, "chr1:1,chr3", 0, NULL, 0, 0, 0); - - sam_hdr_destroy(hdr); - sam_close(fp); - - exit(0); -} - -int main(int argc, char **argv) { - sam_hdr_t *hdr; - samFile *fp; - int flags = 0; - - while (argc > 1) { - if (strcmp(argv[1], "-m") == 0) { - flags |= HTS_PARSE_LIST; - argc--; argv++; - continue; - } - - if (strcmp(argv[1], "-c") == 0) { - flags |= HTS_PARSE_ONE_COORD; - argc--; argv++; - continue; - } - - // Automatic mode for test harness - if (strcmp(argv[1], "-t") == 0) - reg_test(argv[2]); - - break; - } - - // Interactive mode for debugging - if (argc != 3) { - fprintf(stderr, "Usage: test-parse-reg [-m] [-c] region[,region]...\n"); - exit(1); - } - - if (!(fp = sam_open(argv[1], "r"))) { - perror(argv[1]); - exit(1); - } - - if (!(hdr = sam_hdr_read(fp))) { - fprintf(stderr, "Couldn't read header\n"); - exit(1); - } - - const char *reg = argv[2]; - while (*reg) { - int tid; - hts_pos_t beg, end; - reg = sam_parse_region(hdr, reg, &tid, &beg, &end, flags); - if (!reg) { - fprintf(stderr, "Failed to parse region\n"); - exit(1); - } - printf("%-20s %12"PRIhts_pos" %12"PRIhts_pos"\n", - tid == -1 ? "*" : hdr->target_name[tid], - beg, end); - } - - sam_hdr_destroy(hdr); - sam_close(fp); - - return 0; -} diff --git a/src/htslib-1.21/test/test-regidx.c b/src/htslib-1.21/test/test-regidx.c deleted file mode 100644 index 4ba6237..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/test-regidx.c +++ /dev/null @@ -1,473 +0,0 @@ -/* test/test-regidx.c -- Regions index test harness. - - gcc -g -Wall -O0 -I. -I../htslib/ -L../htslib regidx.c -o test-regidx test-regidx.c -lhts - - Copyright (C) 2014,2016,2018, 2020, 2023 Genome Research Ltd. - - Author: Petr Danecek - - Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy - of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal - in the Software without restriction, including without limitation the rights - to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell - copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is - furnished to do so, subject to the following conditions: - - The above copyright notice and this permission notice shall be included in - all copies or substantial portions of the Software. - - THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR - IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY, - FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL THE - AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER - LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING FROM, - OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER DEALINGS IN - THE SOFTWARE. -*/ - -#include -#include -#include -#include -#include -#include -#include -#include - -#include "../htslib/kstring.h" -#include "../htslib/regidx.h" -#include "../htslib/hts_defs.h" -#include "../textutils_internal.h" - -static int verbose = 0; - -HTS_FORMAT(HTS_PRINTF_FMT, 1, 2) -static void debug(const char *format, ...) -{ - if ( verbose<2 ) return; - va_list ap; - va_start(ap, format); - vfprintf(stderr, format, ap); - va_end(ap); -} - -HTS_FORMAT(HTS_PRINTF_FMT, 1, 2) -static void info(const char *format, ...) -{ - if ( verbose<1 ) return; - va_list ap; - va_start(ap, format); - vfprintf(stderr, format, ap); - va_end(ap); -} - -HTS_NORETURN HTS_FORMAT(HTS_PRINTF_FMT, 1, 2) -static void error(const char *format, ...) -{ - va_list ap; - va_start(ap, format); - vfprintf(stderr, format, ap); - va_end(ap); - exit(-1); -} - -int custom_parse(const char *line, char **chr_beg, char **chr_end, hts_pos_t *beg, hts_pos_t *end, void *payload, void *usr) -{ - // Use the standard parser for CHROM,FROM,TO - int i, ret = regidx_parse_tab(line,chr_beg,chr_end,beg,end,NULL,NULL); - if ( ret!=0 ) return ret; - - // Skip the fields that were parsed above - char *ss = (char*) line; - while ( *ss && isspace_c(*ss) ) ss++; - for (i=0; i<3; i++) - { - while ( *ss && !isspace_c(*ss) ) ss++; - if ( !*ss ) return -2; // wrong number of fields - while ( *ss && isspace_c(*ss) ) ss++; - } - if ( !*ss ) return -2; - - // Parse the payload - char *se = ss; - while ( *se && !isspace_c(*se) ) se++; - char **dat = (char**) payload; - *dat = (char*) malloc(se-ss+1); - memcpy(*dat,ss,se-ss+1); - (*dat)[se-ss] = 0; - return 0; -} -void custom_free(void *payload) -{ - char **dat = (char**)payload; - free(*dat); -} - -void test_sequential_access(void) -{ - // Init index with no file name, we will insert the regions manually - regidx_t *idx = regidx_init(NULL,custom_parse,custom_free,sizeof(char*),NULL); - if ( !idx ) error("init failed\n"); - - // Insert regions - kstring_t str = {0,0,0}; - int i, n = 10; - for (i=0; ibeg!=itr->end || itr->beg+1!=10*(i+1) ) error("listing failed, expected %d, found %"PRIhts_pos"\n",10*(i+1),itr->beg+1); - str.l = 0; - ksprintf(&str,"%"PRIhts_pos, itr->beg+1); - if ( strcmp(regitr_payload(itr,char*),str.s) ) error("listing failed, expected payload \"%s\", found \"%s\"\n",str.s,regitr_payload(itr,char*)); - i++; - } - if ( i!=n ) error("Expected %d regions, listed %d\n", n,i); - debug("ok: listed %d regions\n", n); - - // Clean up - regitr_destroy(itr); - regidx_destroy(idx); - free(str.s); -} - -void test_custom_payload(void) -{ - // Init index with no file name, we will insert the regions manually - regidx_t *idx = regidx_init(NULL,custom_parse,custom_free,sizeof(char*),NULL); - if ( !idx ) error("init failed\n"); - - // Insert regions - char *line; - line = "1 10000000 10000000 1:10000000-10000000"; if ( regidx_insert(idx,line)!=0 ) error("insert failed: %s\n", line); - line = "1 20000000 20000001 1:20000000-20000001"; if ( regidx_insert(idx,line)!=0 ) error("insert failed: %s\n", line); - line = "1 20000002 20000002 1:20000002-20000002"; if ( regidx_insert(idx,line)!=0 ) error("insert failed: %s\n", line); - line = "1 30000000 30000000 1:30000000-30000000"; if ( regidx_insert(idx,line)!=0 ) error("insert failed: %s\n", line); - line = "1 8000000000 8000000000 1:8000000000-8000000000"; if ( regidx_insert(idx,line)!=0 ) error("insert failed: %s\n", line); - - // Test - regitr_t *itr = regitr_init(idx); - hts_pos_t from, to; - - from = to = 10000000; - if ( !regidx_overlap(idx,"1",from-1,to-1,itr) ) error("query failed: 1:%"PRIhts_pos"-%"PRIhts_pos"\n",from,to); - if ( strcmp("1:10000000-10000000",regitr_payload(itr,char*)) ) error("query failed: 1:%"PRIhts_pos"-%"PRIhts_pos" vs %s\n", from,to,regitr_payload(itr,char*)); - if ( !regidx_overlap(idx,"1",from-2,to-1,itr) ) error("query failed: 1:%"PRIhts_pos"-%"PRIhts_pos"\n",from-1,to); - if ( !regidx_overlap(idx,"1",from-2,to+3,itr) ) error("query failed: 1:%"PRIhts_pos"-%"PRIhts_pos"\n",from-1,to+2); - if ( regidx_overlap(idx,"1",from-2,to-2,itr) ) error("query failed: 1:%"PRIhts_pos"-%"PRIhts_pos"\n",from-1,to-1); - - from = to = 20000000; - if ( !regidx_overlap(idx,"1",from-1,to-1,itr) ) error("query failed: 1:%"PRIhts_pos"-%"PRIhts_pos"\n",from,to); - - from = to = 20000002; - if ( !regidx_overlap(idx,"1",from-1,to-1,itr) ) error("query failed: 1:%"PRIhts_pos"-%"PRIhts_pos"\n",from,to); - - from = to = 30000000; - if ( !regidx_overlap(idx,"1",from-1,to-1,itr) ) error("query failed: 1:%"PRIhts_pos"-%"PRIhts_pos"\n",from,to); - - from = to = 8000000000; - if ( !regidx_overlap(idx,"1",from-1,to-1,itr) ) error("query failed: 1:%"PRIhts_pos"-%"PRIhts_pos"\n",from,to); - - // This shouldn't bring anything back - from &= 0xffffffffU; - to &= 0xffffffffU; - if ( regidx_overlap(idx,"1",from-1,to-1,itr) ) error("query should not succeed: 1:%"PRIhts_pos"-%"PRIhts_pos"\n",from,to); - - // Clean up - regitr_destroy(itr); - regidx_destroy(idx); -} - -void get_random_region(uint32_t min, uint32_t max, uint32_t *beg, uint32_t *end) -{ - uint64_t b = rand(), e = rand(); - *beg = min + (b * (max-min)) / RAND_MAX; - *end = *beg + (e * (max-*beg)) / RAND_MAX; -} - -void test_random(int nregs, uint32_t min, uint32_t max) -{ - min--; - max--; - - // Init index with no file name, we will insert the regions manually - regidx_t *idx = regidx_init(NULL,custom_parse,custom_free,sizeof(char*),NULL); - if ( !idx ) error("init failed\n"); - - // Test region - uint32_t beg,end; - get_random_region(min,max,&beg,&end); - - // Insert regions - int i, nexp = 0; - kstring_t str = {0,0,0}; - for (i=0; i=beg && b<=end ) nexp++; - } - - // Test - regitr_t *itr = regitr_init(idx); - int nhit = 0, ret = regidx_overlap(idx,"1",beg,end,itr); - if ( nexp && !ret ) error("query failed, expected %d overlap(s), found none: %d-%d\n", nexp,beg+1,end+1); - if ( !nexp && ret ) error("query failed, expected no overlaps, found some: %d-%d\n", beg+1,end+1); - while ( ret && regitr_overlap(itr) ) - { - str.l = 0; - ksprintf(&str,"1:%"PRIhts_pos"-%"PRIhts_pos"",itr->beg+1,itr->end+1); - if ( strcmp(str.s,regitr_payload(itr,char*)) ) - error("query failed, incorrect payload: %s vs %s (%d-%d)\n",str.s,regitr_payload(itr,char*),beg+1,end+1); - if ( itr->beg > end || itr->end < beg ) - error("query failed, incorrect hit: %d-%d vs %"PRIhts_pos"-%"PRIhts_pos", payload %s\n", beg+1,end+1,itr->beg+1,itr->end+1,regitr_payload(itr,char*)); - nhit++; - } - if ( nexp!=nhit ) error("query failed, expected %d overlap(s), found %d: %d-%d\n",nexp,nhit,beg+1,end+1); - debug("ok: found %d overlaps\n", nexp); - - // Clean up - regitr_destroy(itr); - regidx_destroy(idx); - free(str.s); -} -void test_explicit(char *tgt, char *qry, char *exp) -{ - regidx_t *idx = regidx_init(NULL,regidx_parse_reg,NULL,0,NULL); - - char *beg = tgt, *end, *exp_ori = exp; - kstring_t str = {0,0,0}; - while ( *beg ) - { - end = tgt; - while ( *end && *end!=';' ) end++; - str.l = 0; - kputsn(beg, end-beg, &str); - debug("insert: %s\n", str.s); - if ( regidx_insert(idx,str.s)!=0 ) error("insert failed: %s\n", str.s); - beg = *end ? end + 1 : end; - } - - beg = qry; - while ( *beg ) - { - end = qry; - while ( *end && *end!=';' ) end++; - str.l = 0; - kputsn(beg, end-beg, &str); - beg = *end ? end + 1 : end; - - char *chr_beg, *chr_end; - hts_pos_t reg_beg, reg_end; - if ( regidx_parse_reg(str.s, &chr_beg, &chr_end, ®_beg, ®_end, NULL, NULL)!=0 ) error("could not parse: %s in %s\n", str.s, qry); - chr_end[1] = 0; - int hit = regidx_overlap(idx,chr_beg,reg_beg,reg_end,NULL); - if ( *exp=='1' ) - { - if ( !hit ) - { - error("query failed, there should be a hit .. %s:%"PRIhts_pos"-%"PRIhts_pos"\n",chr_beg, reg_beg+1, reg_end+1); - } - else - { - debug("ok: overlap found for %s:%"PRIhts_pos"-%"PRIhts_pos"\n",chr_beg,reg_beg+1,reg_end+1); - } - } - else if ( *exp=='0' ) - { - if ( hit ) - { - error("query failed, there should be no hit .. %s:%"PRIhts_pos"-%"PRIhts_pos"\n",chr_beg,reg_beg+1,reg_end+1); - } - else - { - debug("ok: no overlap found for %s:%"PRIhts_pos"-%"PRIhts_pos"\n",chr_beg,reg_beg+1,reg_end+1); - } - } - else error("could not parse: %s\n", exp_ori); - exp++; - } - - free(str.s); - regidx_destroy(idx); -} - -void create_line_bed(char *line, size_t size, char *chr, int start, int end) -{ - snprintf(line,size,"%s\t%d\t%d\n",chr,start-1,end); -} -void create_line_tab(char *line, size_t size, char *chr, int start, int end) -{ - snprintf(line,size,"%s\t%d\t%d\n",chr,start,end); -} -void create_line_reg(char *line, size_t size, char *chr, int start, int end) -{ - snprintf(line,size,"%s:%d-%d\n",chr,start,end); -} - -typedef void (*set_line_f)(char *line, size_t size, char *chr, int start, int end); - -void test(set_line_f set_line, regidx_parse_f parse) -{ - regidx_t *idx = regidx_init(NULL,parse,NULL,0,NULL); - if ( !idx ) error("init failed\n"); - - char line[250], *chr = "1"; - int i, n = 10, start, end, nhit; - for (i=1; ibeg > end-1 || itr->end < start-1 ) error("query failed, incorrect region: %"PRIhts_pos"-%"PRIhts_pos" for %d-%d\n",itr->beg+1,itr->end+1,start,end); - debug("\t %"PRIhts_pos"-%"PRIhts_pos"\n",itr->beg+1,itr->end+1); - nhit++; - } - if ( nhit!=1 ) error("query failed, expected one hit, found %d: %s:%d-%d\n",nhit,chr,start,end); - - - // one hit - start = end = 10*i+1; - if ( !regidx_overlap(idx,chr,start-1,end-1,itr) ) error("query failed, there should be a hit: %s:%d-%d\n",chr,start,end); - debug("ok: overlap(s) found for %s:%d-%d\n",chr,start,end); - nhit = 0; - while ( regitr_overlap(itr) ) - { - if ( itr->beg > end-1 || itr->end < start-1 ) error("query failed, incorrect region: %"PRIhts_pos"-%"PRIhts_pos" for %d-%d\n",itr->beg+1,itr->end+1,start,end); - debug("\t %"PRIhts_pos"-%"PRIhts_pos"\n",itr->beg+1,itr->end+1); - nhit++; - } - if ( nhit!=1 ) error("query failed, expected one hit, found %d: %s:%d-%d\n",nhit,chr,start,end); - - - // two hits - start = 10*i; end = start+1; - if ( !regidx_overlap(idx,chr,start-1,end-1,itr) ) error("query failed, there should be a hit: %s:%d-%d\n",chr,start,end); - debug("ok: overlap(s) found for %s:%d-%d\n",chr,start,end); - nhit = 0; - while ( regitr_overlap(itr) ) - { - if ( itr->beg > end-1 || itr->end < start-1 ) error("query failed, incorrect region: %"PRIhts_pos"-%"PRIhts_pos" for %d-%d\n",itr->beg+1,itr->end+1,start,end); - debug("\t %"PRIhts_pos"-%"PRIhts_pos"\n",itr->beg+1,itr->end+1); - nhit++; - } - if ( nhit!=2 ) error("query failed, expected two hits, found %d: %s:%d-%d\n",nhit,chr,start,end); - - // fully contained interval, one hit - start = 20000*i - 5000; end = 20000*i + 3000; - set_line(line,sizeof(line),chr,start,end); - if ( !regidx_overlap(idx,chr,start-1,end-1,itr) ) error("query failed, there should be a hit: %s:%d-%d\n",chr,start,end); - debug("ok: overlap(s) found for %s:%d-%d\n",chr,start,end); - nhit = 0; - while ( regitr_overlap(itr) ) - { - if ( itr->beg > end-1 || itr->end < start-1 ) error("query failed, incorrect region: %"PRIhts_pos"-%"PRIhts_pos" for %d-%d\n",itr->beg+1,itr->end+1,start,end); - debug("\t %"PRIhts_pos"-%"PRIhts_pos"\n",itr->beg+1,itr->end+1); - nhit++; - } - if ( nhit!=1 ) error("query failed, expected one hit, found %d: %s:%d-%d\n",nhit,chr,start,end); - } - regitr_destroy(itr); - regidx_destroy(idx); -} - -static void usage(void) -{ - fprintf(stderr, "Usage: test-regidx [OPTIONS]\n"); - fprintf(stderr, "Options:\n"); - fprintf(stderr, " -h, --help this help message\n"); - fprintf(stderr, " -s, --seed random seed\n"); - fprintf(stderr, " -v, --verbose increase verbosity by giving multiple times\n"); - - exit(1); -} - -int main(int argc, char **argv) -{ - static struct option loptions[] = - { - {"help",0,0,'h'}, - {"verbose",0,0,'v'}, - {"seed",1,0,'s'}, - {0,0,0,0} - }; - int c; - int seed = (int)time(NULL); - while ((c = getopt_long(argc, argv, "hvs:",loptions,NULL)) >= 0) - { - switch (c) - { - case 's': seed = atoi(optarg); break; - case 'v': verbose++; break; - default: usage(); break; - } - } - - info("Testing sequential access\n"); - test_sequential_access(); - - info("Testing TAB\n"); - test(create_line_tab,regidx_parse_tab); - - info("Testing REG\n"); - test(create_line_reg,regidx_parse_reg); - - info("Testing BED\n"); - test(create_line_bed,regidx_parse_bed); - - info("Testing custom payload\n"); - test_custom_payload(); - - info("Testing cases encountered in past\n"); - test_explicit("12:2064519-2064763","12:2064488-2067434","1"); - - int i, ntest = 1000, nreg = 50; - srand(seed); - info("%d randomized tests, %d regions per test. Random seed is %d\n", ntest,nreg,seed); - for (i=0; i - -Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy -of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal -in the Software without restriction, including without limitation the rights -to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell -copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is -furnished to do so, subject to the following conditions: - -The above copyright notice and this permission notice shall be included in -all copies or substantial portions of the Software. - -THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR -IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY, -FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL -THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER -LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING -FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER -DEALINGS IN THE SOFTWARE. */ - -#include - -#include -#include -#include - -#include "../htslib/hts.h" -#include "../htslib/vcf.h" -#include "../htslib/kstring.h" -#include "../htslib/kseq.h" - -void HTS_FORMAT(HTS_PRINTF_FMT, 1, 2) error(const char *format, ...) -{ - va_list ap; - va_start(ap, format); - vfprintf(stderr, format, ap); - va_end(ap); - if (strrchr(format, '\n') == NULL) fputc('\n', stderr); - exit(-1); -} - -#define STRINGIFY(x) #x -#define check0(x) ((x) == 0 ? (void) 0 : error("Failed: %s", STRINGIFY(x))) - -static int check_alleles(bcf1_t *rec, const char **alleles, int num) { - int i; - if (rec->n_allele != num) { - fprintf(stderr, "Wrong number of alleles - expected %d, got %d\n", - num, rec->n_allele); - return -1; - } - if (bcf_unpack(rec, BCF_UN_STR) != 0) - return -1; - for (i = 0; i < num; i++) { - if (0 != strcmp(alleles[i], rec->d.allele[i])) { - fprintf(stderr, - "Mismatch for allele %d : expected '%s' got '%s'\n", - i, alleles[i], rec->d.allele[i]); - return -1; - } - } - return 0; -} - -static void test_update_alleles(bcf_hdr_t *hdr, bcf1_t *rec) -{ - // Exercise bcf_update_alleles() a bit - const char *alleles1[2] = { "G", "A" }; - const char *alleles2[3] = { "C", "TGCA", "CATG" }; -#define rep10(x) x x x x x x x x x x - const char *alleles3[3] = { rep10("ATTCTAGATC"), "TGCA", - rep10("CTATTATCTCTAATGACATG") }; -#undef rep10 - const char *alleles4[3] = { alleles3[2], NULL, alleles3[0] }; - // Add some alleles - check0(bcf_update_alleles(hdr, rec, alleles1, 2)); - check0(check_alleles(rec, alleles1, 2)); - // Erase them - check0(bcf_update_alleles(hdr, rec, NULL, 0)); - check0(check_alleles(rec, NULL, 0)); - // Expand to three - check0(bcf_update_alleles(hdr, rec, alleles2, 3)); - check0(check_alleles(rec, alleles2, 3)); - // Now try some bigger ones (should force a realloc) - check0(bcf_update_alleles(hdr, rec, alleles3, 3)); - check0(check_alleles(rec, alleles3, 3)); - // Ensure it works even if one of the alleles points into the - // existing structure - alleles4[1] = rec->d.allele[1]; - check0(bcf_update_alleles(hdr, rec, alleles4, 3)); - alleles4[1] = alleles3[1]; // Will have been clobbered by the update - check0(check_alleles(rec, alleles4, 3)); - // Ensure it works when the alleles point into the existing data, - // rec->d.allele is used to define the input array and the - // order of the entries is changed. The result of this should - // be the same as alleles2. - char *tmp = rec->d.allele[0] + strlen(rec->d.allele[0]) - 4; - rec->d.allele[0] = rec->d.allele[2] + strlen(rec->d.allele[2]) - 1; - rec->d.allele[2] = tmp; - check0(bcf_update_alleles(hdr, rec, (const char **) rec->d.allele, 3)); - check0(check_alleles(rec, alleles2, 3)); -} - -void write_bcf(char *fname) -{ - // Init - htsFile *fp = hts_open(fname,"wb"); - if (!fp) error("Failed to open \"%s\" : %s", fname, strerror(errno)); - bcf_hdr_t *hdr = bcf_hdr_init("w"); - if (!hdr) error("bcf_hdr_init : %s", strerror(errno)); - bcf1_t *rec = bcf_init1(); - if (!rec) error("bcf_init1 : %s", strerror(errno)); - - // Check no-op on fresh bcf1_t - check0(bcf_update_alleles(hdr, rec, NULL, 0)); - - // Create VCF header - kstring_t str = {0,0,0}; - check0(bcf_hdr_append(hdr, "##fileDate=20090805")); - check0(bcf_hdr_append(hdr, "##FORMAT=")); - check0(bcf_hdr_append(hdr, "##INFO=")); - check0(bcf_hdr_append(hdr, "##FILTER=")); - check0(bcf_hdr_append(hdr, "##unused=")); - check0(bcf_hdr_append(hdr, "##unused=")); - check0(bcf_hdr_append(hdr, "##unused=unformatted text 1")); - check0(bcf_hdr_append(hdr, "##unused=unformatted text 2")); - check0(bcf_hdr_append(hdr, "##contig=")); - check0(bcf_hdr_append(hdr, "##source=myImputationProgramV3.1")); - check0(bcf_hdr_append(hdr, "##reference=file:///seq/references/1000GenomesPilot-NCBI36.fasta")); - check0(bcf_hdr_append(hdr, "##contig=")); - check0(bcf_hdr_append(hdr, "##phasing=partial")); - check0(bcf_hdr_append(hdr, "##INFO=")); - check0(bcf_hdr_append(hdr, "##INFO=")); - check0(bcf_hdr_append(hdr, "##INFO=")); - check0(bcf_hdr_append(hdr, "##INFO=")); - check0(bcf_hdr_append(hdr, "##INFO=")); - check0(bcf_hdr_append(hdr, "##INFO=")); - check0(bcf_hdr_append(hdr, "##INFO=")); - check0(bcf_hdr_append(hdr, "##FILTER=")); - check0(bcf_hdr_append(hdr, "##FILTER=")); - check0(bcf_hdr_append(hdr, "##FORMAT=")); - check0(bcf_hdr_append(hdr, "##FORMAT=")); - check0(bcf_hdr_append(hdr, "##FORMAT=")); - check0(bcf_hdr_append(hdr, "##FORMAT=")); - check0(bcf_hdr_append(hdr, "##FORMAT=")); - - // Try a few header modifications - bcf_hdr_remove(hdr, BCF_HL_CTG, "Unused"); - check0(bcf_hdr_append(hdr, "##contig=")); - bcf_hdr_remove(hdr, BCF_HL_FMT, "TS"); - check0(bcf_hdr_append(hdr, "##FORMAT=")); - bcf_hdr_remove(hdr, BCF_HL_INFO, "NEG"); - check0(bcf_hdr_append(hdr, "##INFO=")); - bcf_hdr_remove(hdr, BCF_HL_FLT, "s50"); - check0(bcf_hdr_append(hdr, "##FILTER=")); - - check0(bcf_hdr_add_sample(hdr, "NA00001")); - check0(bcf_hdr_add_sample(hdr, "NA00002")); - check0(bcf_hdr_add_sample(hdr, "NA00003")); - check0(bcf_hdr_add_sample(hdr, NULL)); // to update internal structures - if ( bcf_hdr_write(fp, hdr)!=0 ) error("Failed to write to %s\n", fname); - - - // Add a record - // 20 14370 rs6054257 G A 29 PASS NS=3;DP=14;NEG=-127;AF=0.5;DB;H2 GT:GQ:DP:HQ 0|0:48:1:51,51 1|0:48:8:51,51 1/1:43:5:.,. - // .. CHROM - rec->rid = bcf_hdr_name2id(hdr, "20"); - // .. POS - rec->pos = 14369; - // .. ID - check0(bcf_update_id(hdr, rec, "rs6054257")); - // .. REF and ALT - test_update_alleles(hdr, rec); - const char *alleles[2] = { "G", "A" }; - check0(bcf_update_alleles_str(hdr, rec, "G,A")); - check0(check_alleles(rec, alleles, 2)); - // .. QUAL - rec->qual = 29; - // .. FILTER - int32_t tmpi = bcf_hdr_id2int(hdr, BCF_DT_ID, "PASS"); - check0(bcf_update_filter(hdr, rec, &tmpi, 1)); - // .. INFO - tmpi = 3; - check0(bcf_update_info_int32(hdr, rec, "NS", &tmpi, 1)); - tmpi = 500; - check0(bcf_update_info_int32(hdr, rec, "DP", &tmpi, 1)); - tmpi = 100000; - check0(bcf_update_info_int32(hdr, rec, "DP", &tmpi, 1)); - tmpi = 14; - check0(bcf_update_info_int32(hdr, rec, "DP", &tmpi, 1)); - tmpi = -127; - check0(bcf_update_info_int32(hdr, rec, "NEG", &tmpi, 1)); - float tmpf = 0.5; - check0(bcf_update_info_float(hdr, rec, "AF", &tmpf, 1)); - check0(bcf_update_info_flag(hdr, rec, "DB", NULL, 1)); - check0(bcf_update_info_flag(hdr, rec, "H2", NULL, 1)); - // .. FORMAT - int32_t *tmpia = (int*)malloc(bcf_hdr_nsamples(hdr)*2*sizeof(int)); - tmpia[0] = bcf_gt_phased(0); - tmpia[1] = bcf_gt_phased(0); - tmpia[2] = bcf_gt_phased(1); - tmpia[3] = bcf_gt_phased(0); - tmpia[4] = bcf_gt_unphased(1); - tmpia[5] = bcf_gt_unphased(1); - check0(bcf_update_genotypes(hdr, rec, tmpia, bcf_hdr_nsamples(hdr)*2)); - tmpia[0] = 48; - tmpia[1] = 48; - tmpia[2] = 43; - check0(bcf_update_format_int32(hdr, rec, "GQ", tmpia, bcf_hdr_nsamples(hdr))); - tmpia[0] = 0; - tmpia[1] = 0; - tmpia[2] = 1; - check0(bcf_update_format_int32(hdr, rec, "DP", tmpia, bcf_hdr_nsamples(hdr))); - tmpia[0] = 1; - tmpia[1] = 100000; - tmpia[2] = 1; - check0(bcf_update_format_int32(hdr, rec, "DP", tmpia, bcf_hdr_nsamples(hdr))); - tmpia[0] = 1; - tmpia[1] = 8; - tmpia[2] = 5; - check0(bcf_update_format_int32(hdr, rec, "DP", tmpia, bcf_hdr_nsamples(hdr))); - tmpia[0] = 51; - tmpia[1] = 51; - tmpia[2] = 51; - tmpia[3] = 51; - tmpia[4] = bcf_int32_missing; - tmpia[5] = bcf_int32_missing; - check0(bcf_update_format_int32(hdr, rec, "HQ", tmpia, bcf_hdr_nsamples(hdr)*2)); - char *tmp_str[] = {"String1","SomeOtherString2","YetAnotherString3"}; - check0(bcf_update_format_string(hdr, rec, "TS", (const char**)tmp_str, 3)); - tmp_str[0] = "LongerStringRequiringBufferReallocation"; - check0(bcf_update_format_string(hdr, rec, "TS", (const char**)tmp_str, 3)); - tmp_str[0] = "String1"; - check0(bcf_update_format_string(hdr, rec, "TS", (const char**)tmp_str, 3)); - if ( bcf_write1(fp, hdr, rec)!=0 ) error("Failed to write to %s\n", fname); - - // 20 1110696 . A G,T 67 . NS=2;DP=10;NEG=-128;AF=0.333,.;AA=T;DB GT 2 1 ./. - bcf_clear1(rec); - rec->rid = bcf_hdr_name2id(hdr, "20"); - rec->pos = 1110695; - check0(bcf_update_alleles_str(hdr, rec, "A,G,T")); - rec->qual = 67; - tmpi = 2; - check0(bcf_update_info_int32(hdr, rec, "NS", &tmpi, 1)); - tmpi = 10; - check0(bcf_update_info_int32(hdr, rec, "DP", &tmpi, 1)); - tmpi = -128; - check0(bcf_update_info_int32(hdr, rec, "NEG", &tmpi, 1)); - float *tmpfa = (float*)malloc(2*sizeof(float)); - tmpfa[0] = 0.333; - bcf_float_set_missing(tmpfa[1]); - check0(bcf_update_info_float(hdr, rec, "AF", tmpfa, 2)); - check0(bcf_update_info_string(hdr, rec, "AA", "SHORT")); - check0(bcf_update_info_string(hdr, rec, "AA", "LONGSTRING")); - check0(bcf_update_info_string(hdr, rec, "AA", "T")); - check0(bcf_update_info_flag(hdr, rec, "DB", NULL, 1)); - tmpia[0] = bcf_gt_phased(2); - tmpia[1] = bcf_int32_vector_end; - tmpia[2] = bcf_gt_phased(1); - tmpia[3] = bcf_int32_vector_end; - tmpia[4] = bcf_gt_missing; - tmpia[5] = bcf_gt_missing; - check0(bcf_update_genotypes(hdr, rec, tmpia, bcf_hdr_nsamples(hdr)*2)); - if ( bcf_write1(fp, hdr, rec)!=0 ) error("Failed to write to %s\n", fname); - - free(tmpia); - free(tmpfa); - - // Clean - free(str.s); - bcf_destroy1(rec); - bcf_hdr_destroy(hdr); - int ret; - if ( (ret=hts_close(fp)) ) - { - fprintf(stderr,"hts_close(%s): non-zero status %d\n",fname,ret); - exit(ret); - } -} - -void bcf_to_vcf(char *fname) -{ - htsFile *fp = hts_open(fname,"rb"); - if (!fp) error("Failed to open \"%s\" : %s", fname, strerror(errno)); - bcf_hdr_t *hdr = bcf_hdr_read(fp); - if (!hdr) error("bcf_hdr_read : %s", strerror(errno)); - bcf1_t *rec = bcf_init1(); - if (!rec) error("bcf_init1 : %s", strerror(errno)); - - char *gz_fname = (char*) malloc(strlen(fname)+4); - if (!gz_fname) error("malloc : %s", strerror(errno)); - snprintf(gz_fname,strlen(fname)+4,"%s.gz",fname); - htsFile *out = hts_open(gz_fname,"wg"); - if (!out) error("Couldn't open \"%s\" : %s\n", gz_fname, strerror(errno)); - - bcf_hdr_t *hdr_out = bcf_hdr_dup(hdr); - if (!bcf_hdr_get_hrec(hdr_out, BCF_HL_STR,"ID","BB","unused")) - error("Missing header ##unused="); - bcf_hdr_remove(hdr_out,BCF_HL_STR,"BB"); - if (bcf_hdr_get_hrec(hdr_out, BCF_HL_STR,"ID","BB","unused")) - error("Got pointer to deleted header ##unused="); - - if (!bcf_hdr_get_hrec(hdr_out,BCF_HL_GEN,"unused","unformatted text 1",NULL)) - error("Missing header ##unused=unformatted text 1"); - bcf_hdr_remove(hdr_out,BCF_HL_GEN,"unused"); - if (bcf_hdr_get_hrec(hdr_out,BCF_HL_GEN,"unused","unformatted text 1",NULL)) - error("Got pointer to deleted header ##unused=unformatted text 1"); - - if (!bcf_hdr_get_hrec(hdr_out,BCF_HL_FLT,"ID","Flt",NULL)) - error("Missing header ##FILTER="); - bcf_hdr_remove(hdr_out,BCF_HL_FLT,"Flt"); - if (bcf_hdr_get_hrec(hdr_out,BCF_HL_FLT,"ID","Flt",NULL)) - error("Got pointer to deleted header ##FILTER="); - - if (!bcf_hdr_get_hrec(hdr_out,BCF_HL_INFO,"ID","UI",NULL)) - error("Missing header ##INFO="); - bcf_hdr_remove(hdr_out,BCF_HL_INFO,"UI"); - if (bcf_hdr_get_hrec(hdr_out,BCF_HL_INFO,"ID","UI",NULL)) - error("Got pointer to deleted header ##INFO="); - - if (!bcf_hdr_get_hrec(hdr_out,BCF_HL_FMT,"ID","UF",NULL)) - error("Missing header ##INFO="); - bcf_hdr_remove(hdr_out,BCF_HL_FMT,"UF"); - if (bcf_hdr_get_hrec(hdr_out,BCF_HL_FMT,"ID","UF",NULL)) - error("Got pointer to deleted header ##INFO="); - - if (!bcf_hdr_get_hrec(hdr_out,BCF_HL_CTG,"ID","Unused",NULL)) - error("Missing header ##contig="); - bcf_hdr_remove(hdr_out,BCF_HL_CTG,"Unused"); - if (bcf_hdr_get_hrec(hdr_out,BCF_HL_FMT,"ID","Unused",NULL)) - error("Got pointer to header ##contig="); - - if ( bcf_hdr_write(out, hdr_out)!=0 ) error("Failed to write to %s\n", fname); - int r; - while ((r = bcf_read1(fp, hdr, rec)) >= 0) - { - if ( bcf_write1(out, hdr_out, rec)!=0 ) error("Failed to write to %s\n", fname); - - // Test problems caused by bcf1_sync: the data block - // may be realloced, also the unpacked structures must - // get updated. - check0(bcf_unpack(rec, BCF_UN_STR)); - check0(bcf_update_id(hdr, rec, 0)); - check0(bcf_update_format_int32(hdr, rec, "GQ", NULL, 0)); - - bcf1_t *dup = bcf_dup(rec); // force bcf1_sync call - if ( bcf_write1(out, hdr_out, dup)!=0 ) error("Failed to write to %s\n", fname); - bcf_destroy1(dup); - - check0(bcf_update_alleles_str(hdr_out, rec, "G,A")); - int32_t tmpi = 99; - check0(bcf_update_info_int32(hdr_out, rec, "DP", &tmpi, 1)); - int32_t tmpia[] = {9,9,9}; - check0(bcf_update_format_int32(hdr_out, rec, "DP", tmpia, 3)); - - if ( bcf_write1(out, hdr_out, rec)!=0 ) error("Failed to write to %s\n", fname); - } - if (r < -1) error("bcf_read1"); - - bcf_destroy1(rec); - bcf_hdr_destroy(hdr); - bcf_hdr_destroy(hdr_out); - int ret; - if ( (ret=hts_close(fp)) ) - { - fprintf(stderr,"hts_close(%s): non-zero status %d\n",fname,ret); - exit(ret); - } - if ( (ret=hts_close(out)) ) - { - fprintf(stderr,"hts_close(%s): non-zero status %d\n",gz_fname,ret); - exit(ret); - } - - - // read gzip, write stdout - htsFile *gz_in = hts_open(gz_fname, "r"); - if ( !gz_in ) - { - fprintf(stderr,"Could not read: %s\n", gz_fname); - exit(1); - } - - kstring_t line = {0,0,0}; - while ( hts_getline(gz_in, KS_SEP_LINE, &line)>0 ) - { - kputc('\n',&line); - fwrite(line.s,1,line.l,stdout); - } - - if ( (ret=hts_close(gz_in)) ) - { - fprintf(stderr,"hts_close(%s): non-zero status %d\n",gz_fname,ret); - exit(ret); - } - free(line.s); - free(gz_fname); -} - -void iterator(const char *fname) -{ - htsFile *fp = hts_open(fname, "r"); - if (!fp) error("Failed to open \"%s\" : %s", fname, strerror(errno)); - bcf_hdr_t *hdr = bcf_hdr_read(fp); - if (!hdr) error("bcf_hdr_read : %s", strerror(errno)); - hts_idx_t *idx; - hts_itr_t *iter; - - bcf_index_build(fname, 0); - idx = bcf_index_load(fname); - - iter = bcf_itr_queryi(idx, bcf_hdr_name2id(hdr, "20"), 1110600, 1110800); - bcf_itr_destroy(iter); - - iter = bcf_itr_querys(idx, hdr, "20:1110600-1110800"); - bcf_itr_destroy(iter); - - hts_idx_destroy(idx); - bcf_hdr_destroy(hdr); - int ret; - if ( (ret=hts_close(fp)) ) - { - fprintf(stderr,"hts_close(%s): non-zero status %d\n",fname,ret); - exit(ret); - } -} - -void test_get_info_values(const char *fname) -{ - htsFile *fp = hts_open(fname, "r"); - if (!fp) error("Failed to open \"%s\" : %s", fname, strerror(errno)); - bcf_hdr_t *hdr = bcf_hdr_read(fp); - if (!hdr) error("bcf_hdr_read : %s", strerror(errno)); - bcf1_t *line = bcf_init(); - if (!line) error("bcf_init : %s", strerror(errno)); - int r; - while ((r = bcf_read(fp, hdr, line)) == 0) - { - float *afs = 0; - int32_t *negs = NULL; - int count = 0; - int ret = bcf_get_info_float(hdr, line, "AF", &afs, &count); - - if (line->pos == 14369) - { - if (ret != 1 || afs[0] != 0.5f) - { - fprintf(stderr, "AF on position 14370 should be 0.5\n"); - exit(-1); - } - } - else - { - if (ret != 2 || afs[0] != 0.333f || !bcf_float_is_missing(afs[1])) - { - fprintf(stderr, "AF on position 1110696 should be 0.333, missing\n"); - exit(-1); - } - } - - free(afs); - - int32_t expected = (line->pos == 14369)? -127 : -128; - count = 0; - ret = bcf_get_info_int32(hdr, line, "NEG", &negs, &count); - if (ret != 1 || negs[0] != expected) - { - if (ret < 0) - fprintf(stderr, "NEG should be %d, got error ret=%d\n", expected, ret); - else if (ret == 0) - fprintf(stderr, "NEG should be %d, got no entries\n", expected); - else - fprintf(stderr, "NEG should be %d, got %d entries (first is %d)\n", expected, ret, negs[0]); - exit(1); - } - free(negs); - } - if (r < -1) error("bcf_read"); - - bcf_destroy(line); - bcf_hdr_destroy(hdr); - hts_close(fp); -} - -void write_format_values(const char *fname) -{ - // Init - htsFile *fp = hts_open(fname, "wb"); - if (!fp) error("Failed to open \"%s\" : %s", fname, strerror(errno)); - bcf_hdr_t *hdr = bcf_hdr_init("w"); - if (!hdr) error("bcf_hdr_init : %s", strerror(errno)); - bcf1_t *rec = bcf_init1(); - if (!rec) error("bcf_init1 : %s", strerror(errno)); - - // Create VCF header - check0(bcf_hdr_append(hdr, "##contig=")); - check0(bcf_hdr_append(hdr, "##FORMAT=")); - check0(bcf_hdr_add_sample(hdr, "S")); - check0(bcf_hdr_add_sample(hdr, NULL)); // to update internal structures - if ( bcf_hdr_write(fp, hdr)!=0 ) error("Failed to write to %s\n", fname); - - // Add a record - // .. FORMAT - float test[4]; - bcf_float_set_missing(test[0]); - test[1] = 47.11f; - bcf_float_set_vector_end(test[2]); - test[3] = -1.2e-13; - check0(bcf_update_format_float(hdr, rec, "TF", test, 4)); - if ( bcf_write1(fp, hdr, rec)!=0 ) error("Failed to write to %s\n", fname); - - bcf_destroy1(rec); - bcf_hdr_destroy(hdr); - int ret; - if ((ret = hts_close(fp))) - { - fprintf(stderr, "hts_close(%s): non-zero status %d\n", fname, ret); - exit(ret); - } -} - -void check_format_values(const char *fname) -{ - htsFile *fp = hts_open(fname, "r"); - bcf_hdr_t *hdr = bcf_hdr_read(fp); - bcf1_t *line = bcf_init(); - - while (bcf_read(fp, hdr, line) == 0) - { - float *values = 0; - int count = 0; - int ret = bcf_get_format_float(hdr, line, "TF", &values, &count); - - // NOTE the return value from bcf_get_format_float is different from - // bcf_get_info_float in the sense that vector-end markers also count. - if (ret != 4 || - count < ret || - !bcf_float_is_missing(values[0]) || - values[1] != 47.11f || - !bcf_float_is_vector_end(values[2]) || - !bcf_float_is_vector_end(values[3])) - { - fprintf(stderr, "bcf_get_format_float didn't produce the expected output.\n"); - exit(-1); - } - - free(values); - } - - bcf_destroy(line); - bcf_hdr_destroy(hdr); - hts_close(fp); -} - -void test_get_format_values(const char *fname) -{ - write_format_values(fname); - check_format_values(fname); -} - -void test_invalid_end_tag(void) -{ - static const char vcf_data[] = "data:," - "##fileformat=VCFv4.1\n" - "##contig=\n" - "##INFO=\n" - "#CHROM\tPOS\tID\tREF\tALT\tQUAL\tFILTER\tINFO\n" - "X\t86470037\trs59780433a\tTTTCA\tTGGTT,T\t.\t.\tEND=85725113\n" - "X\t86470038\trs59780433b\tT\tTGGTT,T\t.\t.\tEND=86470047\n"; - - htsFile *fp; - bcf_hdr_t *hdr; - bcf1_t *rec; - int ret; - int32_t tmpi; - enum htsLogLevel logging = hts_get_log_level(); - - // Silence warning messages - hts_set_log_level(HTS_LOG_ERROR); - - fp = hts_open(vcf_data, "r"); - if (!fp) error("Failed to open vcf data : %s", strerror(errno)); - rec = bcf_init1(); - if (!rec) error("Failed to allocate BCF record : %s", strerror(errno)); - - hdr = bcf_hdr_read(fp); - if (!hdr) error("Failed to read BCF header : %s", strerror(errno)); - - check0(bcf_read(fp, hdr, rec)); - // rec->rlen should ignore the bogus END tag value on the first read - if (rec->rlen != 5) { - error("Incorrect rlen - expected 5 got %"PRIhts_pos"\n", rec->rlen); - } - - check0(bcf_read(fp, hdr, rec)); - // While on the second it should use it - if (rec->rlen != 10) { - error("Incorrect rlen - expected 10 got %"PRIhts_pos"\n", rec->rlen); - } - - // Try to break it - will change rlen - tmpi = 85725113; - check0(bcf_update_info_int32(hdr, rec, "END", &tmpi, 1)); - - if (rec->rlen != 1) { - error("Incorrect rlen - expected 1 got %"PRIhts_pos"\n", rec->rlen); - } - - ret = bcf_read(fp, hdr, rec); - if (ret != -1) { - error("Unexpected return code %d from bcf_read at EOF", ret); - } - - bcf_destroy1(rec); - bcf_hdr_destroy(hdr); - ret = hts_close(fp); - if (ret != 0) { - error("Unexpected return code %d from hts_close", ret); - } - - hts_set_log_level(logging); -} - -void test_open_format(void) { - char mode[5]; - int ret; - strcpy(mode, "r"); - ret = vcf_open_mode(mode+1, "mode1.bcf", NULL); - if (strncmp(mode, "rb", 2) || ret) - error("Mode '%s' does not match the expected value '%s'", mode, "rb"); - mode[1] = 0; - ret = vcf_open_mode(mode+1, "mode1.vcf", NULL); - if (strncmp(mode, "r", 1) || ret) - error("Mode '%s' does not match the expected value '%s'", mode, "r"); - mode[1] = 0; - ret = vcf_open_mode(mode+1, "mode1.vcf.gz", NULL); - if (strncmp(mode, "rz", 2) || ret) - error("Mode '%s' does not match the expected value '%s'", mode, "rz"); - mode[1] = 0; - ret = vcf_open_mode(mode+1, "mode1.vcf.bgz", NULL); - if (strncmp(mode, "rz", 2) || ret) - error("Mode '%s' does not match the expected value '%s'", mode, "rz"); - mode[1] = 0; - ret = vcf_open_mode(mode+1, "mode1.xcf", NULL); - if (!ret) - error("Expected failure for wrong extension 'xcf'"); - mode[1] = 0; - ret = vcf_open_mode(mode+1, "mode1.vcf.gbz", NULL); - if (!ret) - error("Expected failure for wrong extension 'vcf.gbz'"); - mode[1] = 0; - ret = vcf_open_mode(mode+1, "mode1.bvcf.bgz", NULL); - if (!ret) - error("Expected failure for wrong extension 'vcf.bvcf.bgz'"); -} - -int main(int argc, char **argv) -{ - char *fname = argc>1 ? argv[1] : "rmme.bcf"; - - // format test. quiet unless there's a failure - test_get_format_values(fname); - - // main test. writes to stdout - write_bcf(fname); - bcf_to_vcf(fname); - iterator(fname); - - // additional tests. quiet unless there's a failure. - test_get_info_values(fname); - test_invalid_end_tag(); - test_open_format(); - return 0; -} diff --git a/src/htslib-1.21/test/test-vcf-api.out b/src/htslib-1.21/test/test-vcf-api.out deleted file mode 100644 index dd2f4f9..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/test-vcf-api.out +++ /dev/null @@ -1,29 +0,0 @@ -##fileformat=VCFv4.2 -##FILTER= -##fileDate=20090805 -##unused= -##source=myImputationProgramV3.1 -##reference=file:///seq/references/1000GenomesPilot-NCBI36.fasta -##contig= -##phasing=partial -##INFO= -##INFO= -##INFO= -##INFO= -##INFO= -##INFO= -##FILTER= -##FORMAT= -##FORMAT= -##FORMAT= -##FORMAT= -##FORMAT= -##INFO= -##FILTER= -#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT NA00001 NA00002 NA00003 -20 14370 rs6054257 G A 29 PASS NS=3;DP=14;NEG=-127;AF=0.5;DB;H2 GT:GQ:DP:HQ:TS 0|0:48:1:51,51:String1 1|0:48:8:51,51:SomeOtherString2 1/1:43:5:.,.:YetAnotherString3 -20 14370 . G A 29 PASS NS=3;DP=14;NEG=-127;AF=0.5;DB;H2 GT:DP:HQ:TS 0|0:1:51,51:String1 1|0:8:51,51:SomeOtherString2 1/1:5:.,.:YetAnotherString3 -20 14370 . G A 29 PASS NS=3;DP=99;NEG=-127;AF=0.5;DB;H2 GT:DP:HQ:TS 0|0:9:51,51:String1 1|0:9:51,51:SomeOtherString2 1/1:9:.,.:YetAnotherString3 -20 1110696 . A G,T 67 . NS=2;DP=10;NEG=-128;AF=0.333,.;AA=T;DB GT 2 1 ./. -20 1110696 . A G,T 67 . NS=2;DP=10;NEG=-128;AF=0.333,.;AA=T;DB GT 2 1 ./. -20 1110696 . G A 67 . NS=2;DP=99;NEG=-128;AF=0.333,.;AA=T;DB GT:DP 2:9 1:9 ./.:9 diff --git a/src/htslib-1.21/test/test-vcf-hdr-in.vcf b/src/htslib-1.21/test/test-vcf-hdr-in.vcf deleted file mode 100644 index 1aba1f4..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/test-vcf-hdr-in.vcf +++ /dev/null @@ -1,25 +0,0 @@ -##fileformat=VCFv4.1 -##fileDate=20150126 -##reference=hs37d5 -##phasing=partial -##FILTER= 200.0"> -##FILTER= -##FILTER= -##FILTER= -##INFO= -##FORMAT= -##FORMAT= -##FORMAT= -##FORMAT= -##FORMAT= -#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT NA00001 -1 12065947 PTV001 C T,A 29 PASS . GT:GATK:AD:DP:GQ 0/1:0/1:3,2:5:19 -1 109817590 PTV002 G T 77 PASS . GT:GATK:AD:DP:GQ 0/1:0/1:3,2:5:20 -1 153791300 PTV003 CTG C 81 PASS . GT:GATK:AD:DP:GQ 0/1:0/1:3,2:5:21 -1 156104666 PTV004 TTGAGAGCCGGCTGGCGGAT TCC 30 PASS . GT:GATK:AD:DP:GQ 0/1:0/1:3,2:5:22 -1 156108541 PTV005 G GG 31 PASS . GT:GATK:AD:DP:GQ 0/1:0/1:3,2:5:23 -1 161279695 PTV006 T C,A 32 PASS . GT:GATK:AD:DP:GQ 0/1:0/1:3,2:5:24 -1 169519049 PTV007 T . 35 PASS . GT:GATK:AD:DP:GQ 0/1:0/1:3,2:5:24 -1 226125468 PTV097 G A 99 PASS . GT:GATK:AD:DP:GQ 0/1:0/1:3,2:5:109 -16 2103394 PTV056 C T 68 PASS . GT:GATK:AD:DP:GQ 0/1:0/1:3,2:5:72 -4 31789170 PTV021 G . 77 PASS . GT:GATK:AD:DP:GQ 0/1:0/1:3,2:5:38 diff --git a/src/htslib-1.21/test/test-vcf-hdr.out b/src/htslib-1.21/test/test-vcf-hdr.out deleted file mode 100644 index 578ef39..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/test-vcf-hdr.out +++ /dev/null @@ -1,16 +0,0 @@ -##fileformat=VCFv4.1 -##FILTER= -##fileDate=20150126 -##reference=hs37d5 -##phasing=partial -##FILTER= 200.0"> -##FILTER= -##FILTER= -##FILTER= -##INFO= -##FORMAT= -##FORMAT= -##FORMAT= -##FORMAT= -##FORMAT= -#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT NA00001 diff --git a/src/htslib-1.21/test/test-vcf-sweep.c b/src/htslib-1.21/test/test-vcf-sweep.c deleted file mode 100644 index 40ee4e4..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/test-vcf-sweep.c +++ /dev/null @@ -1,115 +0,0 @@ -/* test/test-vcf-sweep.c -- VCF test harness. - - Copyright (C) 2013-2014 Genome Research Ltd. - - Author: Petr Danecek - -Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy -of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal -in the Software without restriction, including without limitation the rights -to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell -copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is -furnished to do so, subject to the following conditions: - -The above copyright notice and this permission notice shall be included in -all copies or substantial portions of the Software. - -THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR -IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY, -FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL -THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER -LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING -FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER -DEALINGS IN THE SOFTWARE. */ - -#include - -#include - -#include "../htslib/vcf_sweep.h" - -int main(int argc, char **argv) -{ - if ( argc!=2 ) - { - fprintf(stderr,"Usage: test-vcf-sweep \n"); - return 1; - } - - // Init variables. The checksum is just for this test program to output - // something and verify that all sites are read in both passes - fwd and - // bwd. - bcf_sweep_t *sw = bcf_sweep_init(argv[1]); - bcf_hdr_t *hdr = bcf_sweep_hdr(sw); - int chksum = 0; - - // First we must sweep forward and read the whole file to build an index. - // If this is undesirable, we can require the presence of a .gzi index - // which can be created with `bgzip -r` from the samtools/htslib package - bcf1_t *rec; - while ( (rec = bcf_sweep_fwd(sw)) ) chksum += rec->pos+1; - printf("fwd position chksum: %d\n", chksum); - - // Now sweep backward. - chksum = 0; - while ( (rec = bcf_sweep_bwd(sw)) ) chksum += rec->pos+1; - printf("bwd position chksum: %d\n", chksum); - - // And forward and backward again, this time summing the PL vectors - int i,j, mPLs = 0, nPLs; - int32_t *PLs = NULL; - chksum = 0; - while ( (rec = bcf_sweep_fwd(sw)) ) - { - // get copy of the PL vectors - nPLs = bcf_get_format_int32(hdr, rec, "PL", &PLs, &mPLs); - if ( nPLs <= 0 ) continue; // PL not present - - // how many values are there per sample - int nvals = nPLs / bcf_hdr_nsamples(hdr); - - int32_t *ptr = PLs; - for (i=0; i -# -# Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy -# of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal -# in the Software without restriction, including without limitation the rights -# to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell -# copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is -# furnished to do so, subject to the following conditions: -# -# The above copyright notice and this permission notice shall be included in -# all copies or substantial portions of the Software. -# -# THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR -# IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY, -# FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL -# THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER -# LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING -# FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER -# DEALINGS IN THE SOFTWARE. - -use strict; -use warnings; -use Carp; -use FindBin; -use lib "$FindBin::Bin"; -use Getopt::Long; -use File::Temp qw/ tempfile tempdir /; -use IO::Handle; - -my $opts = parse_params(); -srand($$opts{seed}); - -run_test('test_bgzip',$opts, 0); -run_test('test_bgzip',$opts, 4); - -run_test('ce_fa_to_md5_cache',$opts,needed_by=>'test_index'); -run_test('test_index',$opts, 0); -run_test('test_index',$opts, 4); - -run_test('test_multi_ref',$opts,0); -run_test('test_multi_ref',$opts,4); - -run_test('test_view',$opts,0); -run_test('test_view',$opts,4); - -run_test('test_MD',$opts); - -run_test('test_vcf_api',$opts,out=>'test-vcf-api.out',needed_by=>'test_vcf_sweep'); -run_test('test_bcf2vcf',$opts); -run_test('test_vcf_sweep',$opts,out=>'test-vcf-sweep.out'); -run_test('test_vcf_various',$opts); -run_test('test_bcf_sr_sort',$opts); -run_test('test_bcf_sr_no_index',$opts); -run_test('test_bcf_sr_range', $opts); -run_test('test_command',$opts,cmd=>'test-bcf-translate -',out=>'test-bcf-translate.out'); -run_test('test_convert_padded_header',$opts); -run_test('test_rebgzip',$opts); -run_test('test_logging',$opts); -run_test('test_plugin_loading',$opts); -run_test('test_realn',$opts); -run_test('test_bcf_set_variant_type',$opts); -run_test('test_annot_tsv',$opts); - -print "\nNumber of tests:\n"; -printf " total .. %d\n", $$opts{nok}+$$opts{nfailed}; -printf " passed .. %d\n", $$opts{nok}; -printf " failed .. %d\n", $$opts{nfailed}; -print "\n"; - -exit ($$opts{nfailed} > 0); - -#-------------------- - -sub error -{ - my (@msg) = @_; - if ( scalar @msg ) { confess @msg; } - print - "About: samtools/htslib consistency test script\n", - "Usage: test.pl [OPTIONS]\n", - "Options:\n", - " -f, --fail-fast Fail-fast mode: exit as soon as a test fails.\n", - " -F, --function LIST Run only the listed tests (e.g. 'annot_tsv')\n", - " -r, --redo-outputs Recreate expected output files.\n", - " -s, --random-seed Initialise rand() with a different seed.\n", - " -t, --temp-dir When given, temporary files will not be removed.\n", - " -h, -?, --help This help message.\n", - "\n"; - exit 1; -} - -sub cygpath { - my ($path) = @_; - $path = `cygpath -m $path`; - $path =~ s/\r?\n//; - return $path -} - -sub safe_tempdir -{ - my $dir = tempdir(CLEANUP=>1); - if ($^O =~ /^msys/) { - $dir = cygpath($dir); - } - return $dir; -} - -sub parse_params -{ - my $opts = { keep_files=>0, nok=>0, nfailed=>0, seed=>42 }; - my $help; - Getopt::Long::Configure('bundling'); - my $ret = GetOptions ( - 't|temp-dir:s' => \$$opts{keep_files}, - 'r|redo-outputs' => \$$opts{redo_outputs}, - 's|random-seed=i' => \$$opts{seed}, - 'f|fail-fast' => \$$opts{fail_fast}, - 'F|function:s' => \$$opts{function}, - 'h|?|help' => \$help - ); - if ( !$ret or $help ) { error(); } - $$opts{tmp} = $$opts{keep_files} ? $$opts{keep_files} : safe_tempdir(); - if ( $$opts{keep_files} ) { cmd("mkdir -p $$opts{keep_files}"); } - $$opts{path} = $FindBin::RealBin; - $$opts{bin} = $FindBin::RealBin; - $$opts{bin} =~ s{/test/?$}{}; - if ($^O =~ /^msys/) { - $$opts{path} = cygpath($$opts{path}); - $$opts{bin} = cygpath($$opts{bin}); - } - if ($$opts{function}) { - $$opts{run_function} = { map {$_=>1} split(/,/,$$opts{function}) }; - } - - return $opts; -} -sub run_test -{ - my ($name,$opts,@args) = @_; - if ( $$opts{run_function} ) - { - my $run = 0; - if ( exists($$opts{run_function}{$name}) ) { $run = 1; } - if ( !$run ) - { - my %args; - if (!(scalar @args % 2)) # check that a hash was passed - { - %args = @args; - } - for my $func (keys %{$$opts{run_function}}) - { - if ((exists($args{cmd}) && $args{cmd}=~/$func/) || - (exists($args{needed_by}) && $args{needed_by}=~/$func/)) { - $run = 1; - } elsif ( $name=~/$func/ ) { - $$opts{run_function}{$name} = 1; - $run = 1; - } - last if ($run); - } - } - if ( !$run ) { return; } - } - my $sym = ${main::}{$name}; # Symbol table look-up, works with "use strict" - &$sym($opts,@args); -} -sub _cmd -{ - my ($cmd) = @_; - my $kid_io; - my $out; - my $pid = open($kid_io, "-|"); - if ( !defined $pid ) { error("Cannot fork: $!"); } - if ($pid) - { - # parent - local $/; # Read entire input - $out = <$kid_io>; - close($kid_io); - } - else - { - # Example of how to embed Valgrind into the testing framework. - # TEST_PRECMD="valgrind --leak-check=full --suppressions=$ENV{HOME}/valgrind.supp" make check - $cmd = "$ENV{TEST_PRECMD} $cmd" if exists $ENV{TEST_PRECMD}; - - # child - exec('bash', '-o','pipefail','-c', $cmd) or error("Cannot execute the command [/bin/sh -o pipefail -c $cmd]: $!"); - } - return ($? >> 8, $out); -} -sub _cmd3 -{ - my ($cmd) = @_; - - $cmd = "$ENV{TEST_PRECMD} $cmd" if exists $ENV{TEST_PRECMD}; - - my $tmp = "$$opts{tmp}/tmp"; - system('bash', '-o','pipefail','-c', "($cmd) 2>$tmp.e >$tmp.o"); - - my $status = $? >> 8; - - my ($out,$err); - local $/; # Read entire input - if ( open(my $fh,'<',"$tmp.o") ) - { - $out = <$fh>; - close($fh) or error("Failed to close $tmp.o"); - } - if ( open(my $fh,'<',"$tmp.e") ) - { - $err = <$fh>; - close($fh) or error("Failed to close $tmp.e"); - } - unlink("$tmp.o"); - unlink("$tmp.e"); - - return ($status,$out,$err); -} -sub cmd -{ - my ($cmd) = @_; - my ($ret,$out) = _cmd($cmd); - if ( $ret ) { error("The command failed [$ret]: $cmd\n", $out); } - return $out; -} -sub test_cmd -{ - my ($opts,%args) = @_; - if ( !exists($args{out}) ) - { - if ( !exists($args{in}) ) { error("FIXME: expected out or in key\n"); } - $args{out} = "$args{in}.out"; - } - my ($package, $filename, $line, $test)=caller(1); - $test =~ s/^.+:://; - - print "$test:\n"; - print "\t$args{cmd}\n"; - - my ($ret,$out,$err) = _cmd3("$args{cmd}"); - if ( $err ) { $err =~ s/^/\t\t/mg; $err .= '\n'; } - if ( $ret ) { failed($opts,$test,"Non-zero status $ret\n$err"); return; } - if ( $$opts{redo_outputs} && -e "$$opts{path}/$args{out}" ) - { - rename("$$opts{path}/$args{out}","$$opts{path}/$args{out}.old"); - open(my $fh,'>',"$$opts{path}/$args{out}") or error("$$opts{path}/$args{out}: $!"); - print $fh $out; - close($fh); - my ($ret,$out) = _cmd("cmp $$opts{path}/$args{out} $$opts{path}/$args{out}.old"); - if ( !$ret && $out eq '' ) { unlink("$$opts{path}/$args{out}.old"); } - else - { - print "\tthe expected output changed, saving:\n"; - print "\t old .. $$opts{path}/$args{out}.old\n"; - print "\t new .. $$opts{path}/$args{out}\n"; - } - } - my $exp = ''; - if ( open(my $fh,'<',"$$opts{path}/$args{out}") ) - { - local $/; # Read entire file - $exp = <$fh>; - $exp =~ s/\015?\012/\n/g; - close($fh); - } - elsif ( !$$opts{redo_outputs} ) { failed($opts,$test,"$$opts{path}/$args{out}: $!"); return; } - - (my $out_lf = $out) =~ s/\015?\012/\n/g; - if ( $exp ne $out_lf ) - { - open(my $fh,'>',"$$opts{path}/$args{out}.new") or error("$$opts{path}/$args{out}.new"); - print $fh $out; - close($fh); - if ( !-e "$$opts{path}/$args{out}" ) - { - rename("$$opts{path}/$args{out}.new","$$opts{path}/$args{out}") or error("rename $$opts{path}/$args{out}.new $$opts{path}/$args{out}: $!"); - print "\tthe file with expected output does not exist, creating new one:\n"; - print "\t\t$$opts{path}/$args{out}\n"; - } - else - { - my $diff = `diff $$opts{path}/$args{out} $$opts{path}/$args{out}.new`; - $diff =~ s/^/\t\t/mg; - chomp($diff); - failed($opts,$test,"${err}The outputs differ:\n\t\t$$opts{path}/$args{out}\n\t\t$$opts{path}/$args{out}.new\n$diff\n"); - } - return; - } - passed($opts,$test); -} - -# Run cmd, producing file out, and compare contents against exp -sub test_compare -{ - my ($opts,$cmd,$exp_fn,$out_fn, %args) = @_; - my ($package, $filename, $line, $test)=caller(1); - $test =~ s/^.+:://; - - print "$test:\n\t$cmd\n"; - - my ($ret,$stdout) = _cmd($cmd); - if ( $ret ) { failed($opts,$test); return; } - - local $/; - my ($exp,$out) = ("",""); - if ( exists($args{"gz"}) ) { - if ( open(my $fh,'-|',"$$opts{bin}/bgzip -d < $exp_fn") ) { - $exp = <$fh>; - close($fh); - } else { - failed($opts,$test,"bgzip -d < $exp_fn $!"); return; - } - } else { - if ( open(my $fh,'<',$exp_fn) ) { - $exp = <$fh>; - close($fh); - } else { - failed($opts,$test,"$exp_fn $!"); return; - } - } - - if ( exists($args{"gz"}) ) { - if ( open(my $fh,'-|',"$$opts{bin}/bgzip -d < $out_fn") ) { - $out = <$fh>; - close($fh); - } else { - failed($opts,$test,"bgzip -d < $out_fn $!"); return; - } - } else { - if ( open(my $fh,'<',$out_fn) ) { - $out = <$fh>; - close($fh); - } else { - failed($opts,$test,"$out_fn $!"); return; - } - } - - if (exists($args{fix_newlines})) { - $exp =~ s/\015\012/\n/g; - $out =~ s/\015\012/\n/g; - } - - if ( $exp ne $out ) - { - failed($opts,$test,"The outputs differ:\n\t\t$exp_fn\n\t\t$out_fn"); - return; - } - passed($opts,$test); -} -sub failed -{ - my ($opts,$test,$reason) = @_; - $$opts{nfailed}++; - print "\n"; - STDOUT->flush(); - if ( defined $reason ) { print STDERR "\t$reason\n"; } - print STDERR ".. failed ...\n\n"; - STDERR->flush(); - if ($$opts{fail_fast}) { - die "\n"; - } -} -sub passed -{ - my ($opts,$test) = @_; - $$opts{nok}++; - print ".. ok\n\n"; -} -sub is_file_newer -{ - my ($afile,$bfile) = @_; - my (@astat) = stat($afile) or return 0; - my (@bstat) = stat($bfile) or return 0; - if ( $astat[9]>$bstat[9] ) { return 1 } - return 0; -} - -sub ce_fa_to_md5_cache { - my ($opts) = @_; - - # These should really be worked out from the file contents, but - # pre-calculating them avoids a dependency on Digest::MD5 - my %csums = (CHROMOSOME_I => '8ede36131e0dbf3417807e48f77f3ebd', - CHROMOSOME_II => '8e7993f7a93158587ee897d7287948ec', - CHROMOSOME_III => '3adcb065e1cf74fafdbba1e8c352b323', - CHROMOSOME_IV => '251af66a69ee589c9f3757340ec2de6f', - CHROMOSOME_V => 'cf200a65fb754836dcc56b24b3170ee8', - CHROMOSOME_X => '6f9368fd2192c89c613718399d2d31fc', - CHROMOSOME_MtDNA => 'cd05857ece6411f40257a565ccfe15bb'); - - my $m5_dir = "$$opts{tmp}/md5"; - if (!-d $m5_dir) { - mkdir($m5_dir) || die "Couldn't make directory $m5_dir\n"; - } - my $out; - open(my $fa, '<', "$$opts{path}/ce.fa") - || die "Couldn't open $$opts{path}/ce.fa : $!\n"; - my $name = ''; - while (<$fa>) { - chomp; - if (/^>(\S+)/) { - if ($out) { - close($out) || die "Error closing $m5_dir/$csums{$name} : $!\n"; - } - $name = $1; - if (!exists($csums{$name})) { - die "Unexpected fasta entry : $name\n"; - } - open($out, '>', "$m5_dir/$csums{$name}") - } else { - if (!$out) { - die "$$opts{path}/ce.fa : Got data before fasta header\n"; - } - $_ = uc($_); - s/\s+//g; - print $out $_; - } - } - if ($out) { - close($out) || die "Error closing $m5_dir/$csums{$name} : $!\n"; - } - close($fa) || die "Error reading $$opts{path}/ce.fa : $!\n"; - $$opts{m5_dir} = $m5_dir; -} - - -# The tests -------------------------- - -sub test_bgzip { - my ($opts, $threads) = @_; - - my $at = $threads ? "-@ $threads" : ''; - my $data = "$$opts{path}/ce.fa"; - my $compressed = "$$opts{tmp}/ce.fa.$threads.gz"; - my $compressed_copy = "$$opts{tmp}/ce.fa.$threads.copy.gz"; - my $uncompressed = "$$opts{tmp}/ce.fa.$threads.uncomp"; - my $offset = 1055584; # Start of MT in ce.fa - my $uncompressed_part = "$$opts{tmp}/ce.fa.$threads.part"; - my $uncompressed_part2 = "$$opts{tmp}/ce.fa.$threads.part2"; - my $expected_part = "$$opts{tmp}/ce.fa.$threads.tail"; - my $index = "${compressed}.gzi"; - my $test = sprintf('%s %2s threads', 'bgzip round-trip', - $threads ? $threads : 'no'); - my $uncompressed1 = "$$opts{tmp}/ce.fa.$threads"; - my $uncompressed1_copy = "$$opts{tmp}/ce.fa.$threads.copy"; - - # Round-trip test - print "$test: "; - my $c = "$$opts{bin}/bgzip $at -i -I '$index' < '$data' > '$compressed'"; - my ($ret, $out) = _cmd($c); - if ($ret) { - failed($opts, $test, "non-zero exit from $c"); - return; - } - $c = "$$opts{bin}/bgzip $at -d < '$compressed' > '$uncompressed'"; - ($ret, $out) = _cmd($c); - if ($ret) { - failed($opts, $test, "non-zero exit from $c"); - return; - } - $c = "cmp '$data' '$uncompressed'"; - ($ret, $out) = _cmd($c); - if ($ret) { - failed($opts, $test, $out ? $out : "'$data' '$uncompressed' differ"); - return; - } - passed($opts,$test); - - # Round-trip test of text in binary mode - $test = sprintf('%s %2s threads', 'bgzip text mode round-trip', - $threads ? $threads : 'no'); - print "$test: "; - $c = "$$opts{bin}/bgzip $at --binary -i -I '$index' < '$data' > '$compressed'"; - ($ret, $out) = _cmd($c); - if ($ret) { - failed($opts, $test, "non-zero exit from $c"); - return; - } - $c = "$$opts{bin}/bgzip $at -d < '$compressed' > '$uncompressed'"; - ($ret, $out) = _cmd($c); - if ($ret) { - failed($opts, $test, "non-zero exit from $c"); - return; - } - $c = "cmp '$data' '$uncompressed'"; - ($ret, $out) = _cmd($c); - if ($ret) { - failed($opts, $test, $out ? $out : "'$data' '$uncompressed' differ"); - return; - } - passed($opts,$test); - - # Extract from an offset - $test = sprintf('%s %2s threads', 'bgzip -b', - $threads ? $threads : 'no'); - print "$test: "; - $c = sprintf("tail -c +%d '%s' > '%s'", $offset + 1, $data, $expected_part); - ($ret, $out) = _cmd($c); - if ($ret) { - failed($opts, $test, "non-zero exit from $c"); - return; - } - $c = "$$opts{bin}/bgzip $at -b $offset -d '$compressed' > $uncompressed_part"; - ($ret, $out) = _cmd($c); - if ($ret) { - failed($opts, $test, "non-zero exit from $c"); - return; - } - $c = "cmp '$expected_part' '$uncompressed_part'"; - ($ret, $out) = _cmd($c); - if ($ret) { - failed($opts, $test, - $out ? $out : "'$expected_part' '$uncompressed_part' differ"); - return; - } - passed($opts,$test); - - # Extract from an offset with named index - $test = sprintf('%s %2s threads', 'bgzip -b -I', - $threads ? $threads : 'no'); - print "$test: "; - $c = "cp '$compressed' '$compressed_copy'"; - ($ret, $out) = _cmd($c); - if ($ret) { - failed($opts, $test, "non-zero exit from $c"); - return; - } - $c = "$$opts{bin}/bgzip $at -b $offset -d -I '$index' '$compressed_copy' > $uncompressed_part2"; - ($ret, $out) = _cmd($c); - if ($ret) { - failed($opts, $test, "non-zero exit from $c"); - return; - } - $c = "cmp '$expected_part' '$uncompressed_part2'"; - ($ret, $out) = _cmd($c); - if ($ret) { - failed($opts, $test, - $out ? $out : "'$expected_part' '$uncompressed_part2' differ"); - return; - } - passed($opts,$test); - - # multi file test, expects compressed files from previous tests - # bgzip should return failure if both inputs not present - $test = sprintf('%s %2s threads', 'bgzip multifile', - $threads ? $threads : 'no'); - print "$test: "; - - #decompress and remove - $c = "$$opts{bin}/bgzip $at -d '$compressed' '$compressed_copy'"; - ($ret, $out) = _cmd($c); - if ($ret) { - failed($opts, $test, "non-zero exit from $c"); - return; - } - #check both files present and matches or not - $c = "cmp '$data' '$uncompressed1'"; - ($ret, $out) = _cmd($c); - if ($ret) { - failed($opts, $test, - $out ? $out : "'$data' '$uncompressed1' differ"); - return; - } - $c = "cmp '$data' '$uncompressed1_copy'"; - ($ret, $out) = _cmd($c); - if ($ret) { - failed($opts, $test, - $out ? $out : "'$data' '$uncompressed1_copy' differ"); - return; - } - #compress and remove - $c = "$$opts{bin}/bgzip $at '$uncompressed1' '$uncompressed1_copy'"; - ($ret, $out) = _cmd($c); - if ($ret) { - failed($opts, $test, "non-zero exit from $c"); - return; - } - #decompress again to ensure successful compression - $c = "$$opts{bin}/bgzip $at -d '$compressed' '$compressed_copy'"; - ($ret, $out) = _cmd($c); - if ($ret) { - failed($opts, $test, "non-zero exit from $c"); - return; - } - passed($opts,$test); - - # try writing to an explicit file name, round trip test - $test = sprintf('%s %2s threads', 'bgzip --output', - $threads ? $threads : 'no'); - print "$test: "; - - my $compressed_op = "$$opts{tmp}/arbitrary.$threads.gz"; - my $uncompressed_op = "$$opts{tmp}/arbitrary.$threads.txt"; - - $c = "$$opts{bin}/bgzip $at '$data' -o '$compressed_op'"; - - ($ret, $out) = _cmd($c); - if ($ret) { - failed($opts, $test, "non-zero exit from $c"); - return; - } - $c = "$$opts{bin}/bgzip $at -d $compressed_op --output '$uncompressed_op'"; - - ($ret, $out) = _cmd($c); - if ($ret) { - failed($opts, $test, "non-zero exit from $c"); - return; - } - $c = "cmp '$data' '$uncompressed_op'"; - ($ret, $out) = _cmd($c); - if ($ret) { - failed($opts, $test, $out ? $out : "'$data' '$uncompressed_op' differ"); - return; - } - passed($opts,$test); -} - -my $test_view_failures; -sub testv { - my ($opts, $cmd) = @_; - print " $cmd\n"; - my ($ret, $out) = _cmd($cmd); - if ($ret != 0) { - STDOUT->flush(); - print STDERR "FAILED\n$out\n"; - STDERR->flush(); - $test_view_failures++; - if ($$opts{fail_fast}) { - die "\n"; - } - } -} - -sub fake_multi_ref_data -{ - open(SAM, ">multi_ref.tmp.sam") || die; - for (my $r=0;$r<1000;$r++) { - print SAM "\@SQ\tSN:c$r\tLN:10000\n"; - } - - # Single ref - my $rnum=0; - for (my $p=1;$p<1000;$p++) { - print SAM "X\t0\tc$rnum\t$p\t40\t10M\t*\t0\t0\tCCTAGCCCTA\tB?8B?BACCD\n"; - } - - # Multi ref; 1 seq per ref - for (my $r=1;$r<300;$r++) { - print SAM "X\t0\tc$rnum\t1\t40\t10M\t*\t0\t0\tCCTAGCCCTA\tB?8B?BACCD\n"; - $rnum++; - } - - # Single ref again - for (my $p=1;$p<1000;$p++) { - print SAM "X\t0\tc$rnum\t$p\t40\t10M\t*\t0\t0\tCCTAGCCCTA\tB?8B?BACCD\n"; - } - - # Multi ref; 1 seq per ref - for (my $r=1;$r<300;$r++) { - print SAM "X\t0\tc$rnum\t1\t40\t10M\t*\t0\t0\tCCTAGCCCTA\tB?8B?BACCD\n"; - $rnum++; - } - close(SAM); -} - -sub test_multi_ref -{ - my ($opts, $nthreads) = @_; - my $tv_args = $nthreads ? "-\@$nthreads" : ""; - - fake_multi_ref_data; - print "test_view testing multi-ref CRAM modes:\n"; - $test_view_failures = 0; - - for (my $mf = -1; $mf <= 1; $mf++) { - testv $opts, "./test_view $tv_args -o seqs_per_slice=100 -o no_ref=1 -o multi_seq_per_slice=$mf -S -C multi_ref.tmp.sam > multi_ref.tmp.cram"; - testv $opts, "./test_view $tv_args multi_ref.tmp.cram > multi_ref.tmp.sam_"; - testv $opts, "./compare_sam.pl multi_ref.tmp.sam multi_ref.tmp.sam_"; - } - - if ($test_view_failures == 0) { - passed($opts, "multi-ref conversions"); - } else { - failed($opts, "multi-ref conversions", "$test_view_failures subtests failed"); - } -} - -sub test_view -{ - my ($opts, $nthreads) = @_; - my $tv_args = $nthreads ? "-\@$nthreads" : ""; - - # Files appropriate for CRAM V3.1 and V4.0 testing - my %cram31 = ("auxf#values.sam" => 1, - "c1#pad3.sam" => 1, - "ce#5.sam" => 1, - "ce#1000.sam", => 1, - "ce#large_seq.sam", => 1, - "ce#supp.sam", => 1, - "xx#MD.sam", => 1, - "xx#blank.sam", => 1, - "xx#large_aux.sam", => 1, - "xx#pair.sam", => 1, - "xx#tlen.sam" => 1); - - # Files appropriate for CRAM multi-ref containers - my %cram_ms = ("ce#1000.sam" => 1, - "ce#5.sam" => 1, - "ce#5b.sam" => 1, - "ce#unmap.sam" => 1, - "ce#unmap1.sam" => 1, - "ce#unmap2.sam" => 1, - "xx#blank.sam" => 1, - "xx#minimal.sam" => 1, - "xx#tlen.sam" => 1, - "xx#tlen2.sam" => 1, - "xx#triplet.sam" => 1); - - foreach my $sam (glob("*#*.sam")) { - my ($base, $ref) = ($sam =~ /((.*)#.*)\.sam/); - $ref .= ".fa"; - - my $bam = "$base.tmp.bam"; - my $cram = "$base.tmp.cram"; - - my $md = "-nomd"; - if ($sam =~ /^md/) { - $md = ""; - } - - print "test_view testing $sam, ref $ref:\n"; - $test_view_failures = 0; - - # SAM -> BAM -> SAM - if ($sam eq "ce#1000.sam") { - testv $opts, "./test_view $tv_args -S -b $sam > $bam"; - testv $opts, "./test_view $tv_args $bam > $bam.sam_"; - testv $opts, "./compare_sam.pl $sam $bam.sam_"; - } - - # SAM -> BAMu -> SAM - testv $opts, "./test_view $tv_args -S -l0 -b $sam > $bam"; - testv $opts, "./test_view $tv_args $bam > $bam.sam_"; - testv $opts, "./compare_sam.pl $sam $bam.sam_"; - - # SAM -> CRAM2 -> SAM - testv $opts, "./test_view $tv_args -t $ref -S -C -o VERSION=2.1 $sam > $cram"; - testv $opts, "./test_view $tv_args -D $cram > $cram.sam_"; - testv $opts, "./compare_sam.pl $md $sam $cram.sam_"; - - # SAM -> CRAM3u -> SAM - if ($sam eq "ce#1000.sam") { - $cram = "$base.tmp.cram"; - testv $opts, "./test_view $tv_args -t $ref -S -l0 -C -o VERSION=3.0 $sam > $cram"; - testv $opts, "./test_view $tv_args -D $cram > $cram.sam_"; - testv $opts, "./compare_sam.pl $md $sam $cram.sam_"; - } - - # BAM -> CRAM3 -> SAM - $cram = "$bam.cram"; - testv $opts, "./test_view $tv_args -t $ref -C -o VERSION=3.0 $bam > $cram"; - testv $opts, "./test_view $tv_args $cram > $cram.bam.sam_"; - testv $opts, "./compare_sam.pl $md $sam $cram.bam.sam_"; - - # CRAM3 -> CRAM3 + multi-slice - if (exists($cram_ms{$sam}) && $nthreads > 0) { - testv $opts, "./test_view $tv_args -t $ref -C -o VERSION=3.0 -o seqs_per_slice=7 -o slices_per_container=5 $cram > $cram.ms"; - testv $opts, "./test_view $tv_args $cram.ms > $cram.sam_"; - testv $opts, "./compare_sam.pl $md $sam $cram.sam_"; - } - - if (exists($cram31{$sam}) && $nthreads > 0) { - ## Experimental CRAM 3.1 support. - # SAM -> CRAM31 -> SAM - my @p = $sam eq "ce#1000.sam" - ? (qw/fast normal small archive/) - : (qw/archive/); - foreach my $profile (@p) { - $cram = "$base.tmp.cram"; - testv $opts, "./test_view $tv_args -t $ref -S -l7 -C -o VERSION=3.1 -o $profile $sam > $cram"; - testv $opts, "./test_view $tv_args -D $cram > $cram.sam_"; - testv $opts, "./compare_sam.pl $md $sam $cram.sam_"; - } - - ## Experimental CRAM 4.0 support. - # SAM -> CRAM40 -> SAM - @p = $sam eq "ce#large_seq.sam" || $sam eq "xx#large_aux.sam" - ? (qw/fast normal small archive/) - : (qw/archive/); - foreach my $profile (@p) { - $cram = "$base.tmp.cram"; - testv $opts, "./test_view $tv_args -t $ref -S -l7 -C -o VERSION=4.0 -o $profile $sam > $cram"; - testv $opts, "./test_view $tv_args -D $cram > $cram.sam_"; - testv $opts, "./compare_sam.pl $md $sam $cram.sam_"; - } - } - - # Java pre-made CRAM -> SAM - my $jcram = "${base}_java.cram"; - if (-e $jcram) { - my $jsam = "${base}_java.tmp.sam_"; - testv $opts, "./test_view $tv_args -i reference=$ref $jcram > $jsam"; - testv $opts, "./compare_sam.pl -Baux $md $sam $jsam"; - } - - if ($test_view_failures == 0) - { - passed($opts, "$sam conversions"); - } - else - { - failed($opts, "$sam conversions", "$test_view_failures subtests failed"); - } - } - - # BAM files with alignment records that span BGZF blocks - # HTSlib starts a new block if an alignment is likely to overflow the - # current one, so for its own data this will only happen for records - # longer than 64kbytes. As other implementations may not do this, - # check that reading works correctly on some BAM files where records - # have been deliberately split between BGZF blocks. - print "test_view testing BAM records in multiple BGZF blocks:\n"; - $test_view_failures = 0; - my $src_sam = "ce#1.sam"; - foreach my $test_bam (qw(bgzf_boundaries/bgzf_boundaries1.bam - bgzf_boundaries/bgzf_boundaries2.bam - bgzf_boundaries/bgzf_boundaries3.bam)) { - testv $opts, "./test_view $tv_args -p $test_bam.tmp.sam $test_bam"; - testv $opts, "./compare_sam.pl $test_bam.tmp.sam $src_sam"; - } - - # Test a file with a long alignment record. Boundaries hit in the middle of - # the CIGAR data, and in the sequence. Generate the test file here as it's - # big, but with fairly simple contents. - $src_sam = "bgzf_boundaries/large_rec.tmp.sam"; - open(my $test_sam, '>', $src_sam) || die "Couldn't open $src_sam : $!\n"; - print $test_sam "\@HD\tVN:1.6\tSO:coordinate\n"; - print $test_sam "\@SQ\tSN:ref\tLN:100000\n"; - print $test_sam "read\t0\tref\t1\t60\t", "1M1I" x 16000, "\t*\t0\t0\t", "A" x 32000, "\t", "Q" x 32000, "\n"; - close($test_sam) || die "Error on closing $src_sam : $!\n"; - - testv $opts, "./test_view $tv_args -b -l 0 -p $src_sam.bam $src_sam"; - testv $opts, "./test_view $tv_args -p $src_sam.bam.sam $src_sam.bam"; - testv $opts, "./compare_sam.pl $src_sam $src_sam.bam.sam"; - - if ($test_view_failures == 0) { - passed($opts, "BAM records spanning multiple BGZF block tests"); - } else { - failed($opts, "BAM records spanning multiple BGZF block tests", - "$test_view_failures subtests failed"); - } - - # embed_ref=2 mode - print "test_view testing embed_ref=2:\n"; - $test_view_failures = 0; - my $ersam = "ce#1000.sam"; - my $ercram = "ce#1000_er.tmp.cram"; - my $ersam2 = "${ercram}.sam"; - testv $opts, "./test_view $tv_args -C -p $ercram $ersam"; - testv $opts, "./test_view $tv_args -p $ersam2 $ercram"; - testv $opts, "./compare_sam.pl $ersam $ersam2"; - if ($test_view_failures == 0) { - passed($opts, "embed_ref=2 tests"); - } else { - failed($opts, "embed_ref=2 tests", "$test_view_failures subtests failed"); - } - - # BAM and CRAM range queries on prebuilt BAM and CRAM - # The cram file has @SQ UR: set to point to an invalid location to - # force the reference to be reloaded from the one given on the - # command line and nowhere else. REF_PATH should also point to nowhere - # (currently done by the Makefile). This is to test the refseq reference - # counting and reload (Issue #654). - print "test_view testing region queries:\n"; - $test_view_failures = 0; - - my $regions = "CHROMOSOME_II:2980-2980 CHROMOSOME_IV:1500-1500 CHROMOSOME_II:2980-2980 CHROMOSOME_I:1000-1100"; - testv $opts, "./test_view $tv_args -i reference=ce.fa range.cram $regions > range.tmp"; - testv $opts, "./compare_sam.pl range.tmp range.out"; - - testv $opts, "./test_view $tv_args range.bam $regions > range.tmp"; - testv $opts, "./compare_sam.pl range.tmp range.out"; - - # Regression check for out-of-bounds read on regions list (see - # samtools#2063). As reg_insert() allocates at least four slots - # for chromosome regions, we need more than that many in the second - # chr. requested to ensure it has a bigger array. - - $regions = "CHROMOSOME_I:1122-1122 CHROMOSOME_II:1136-1136 CHROMOSOME_II:1241-1241 CHROMOSOME_II:1267-1267 CHROMOSOME_II:1326-1326 CHROMOSOME_II:1345-1345 CHROMOSOME_II:1353-1353 CHROMOSOME_II:1366-1366 CHROMOSOME_II:1416-1416 CHROMOSOME_II:1459-1459 CHROMOSOME_II:1536-1536"; - testv $opts, "./test_view $tv_args -i reference=ce.fa -M range.cram $regions > range.tmp"; - testv $opts, "./compare_sam.pl range.tmp range.out2"; - - testv $opts, "./test_view $tv_args -M range.bam $regions > range.tmp"; - testv $opts, "./compare_sam.pl range.tmp range.out2"; - - if ($test_view_failures == 0) { - passed($opts, "range.cram tests"); - } else { - failed($opts, "range.cram tests", "$test_view_failures subtests failed"); - } - - # Test BAM files with references in targets list but no corresponding @SQ - # lines in the text header. - print "test_view testing BAM files with absent \@SQ lines:\n"; - $test_view_failures = 0; - testv $opts, "./test_view $tv_args -p no_hdr_sq_1.tmp.sam no_hdr_sq_1.bam"; - testv $opts, "./compare_sam.pl no_hdr_sq_1.tmp.sam no_hdr_sq_1.expected.sam"; - - # Try a range query to ensure id <-> name mapping works - # Input only has reads from CHROMOSOME_I, so same "expected" file is used - testv $opts, "./test_view $tv_args -p no_hdr_sq_1.chr1.tmp.sam no_hdr_sq_1.bam CHROMOSOME_I"; - testv $opts, "./compare_sam.pl no_hdr_sq_1.chr1.tmp.sam no_hdr_sq_1.expected.sam"; - if ($test_view_failures == 0) { - passed($opts, "no_hdr_sq tests"); - } else { - failed($opts, "no_hdr_sq tests", "$test_view_failures subtests failed"); - } - - # File with large (> 2Gbases) positions - # Only works for SAM at the moment, but we can still round-trip it. - print "test_view testing large (> 2Gbases) positions:\n"; - $test_view_failures = 0; - testv $opts, "./test_view $tv_args -z -p longrefs/longref.tmp.sam.gz -x longrefs/longref.tmp.sam.gz.csi.otf -m 14 longrefs/longref.sam"; - testv $opts, "./test_view $tv_args -p longrefs/longref.tmp.sam_ longrefs/longref.tmp.sam.gz"; - testv $opts, "./compare_sam.pl longrefs/longref.sam longrefs/longref.tmp.sam_"; - - # CRAM disabled for now as the positions cannot be 32-bit. (These tests are useful for - # checking SQ headers only.) - # testv $opts, "./test_view $tv_args -C -o no_ref -p longrefs/longref.tmp.cram longrefs/longref.sam"; - # testv $opts, "./test_view $tv_args -p longrefs/longref.tmp.sam_ longrefs/longref.tmp.cram"; - # testv $opts, "./compare_sam.pl longrefs/longref.sam longrefs/longref.tmp.sam_"; - - # Build index and compare with on-the-fly one made earlier. - test_compare $opts, "$$opts{path}/test_index -c longrefs/longref.tmp.sam.gz", "longrefs/longref.tmp.sam.gz.csi.otf", "longrefs/longref.tmp.sam.gz.csi", gz=>1; - - # Large position iterator tests - testv $opts, "./test_view $tv_args -p longrefs/longref_itr.tmp.sam longrefs/longref.tmp.sam.gz CHROMOSOME_I:10000000000-10000000003"; - testv $opts, "./compare_sam.pl longrefs/longref_itr.expected.sam longrefs/longref_itr.tmp.sam"; - testv $opts, "./test_view $tv_args -M -p longrefs/longref_multi.tmp.sam longrefs/longref.tmp.sam.gz CHROMOSOME_I:10000000000-10000000003 CHROMOSOME_I:10000000100-10000000110"; - testv $opts, "./compare_sam.pl longrefs/longref_multi.expected.sam longrefs/longref_multi.tmp.sam"; - - # 64-bit positions are currently not compiled in by default for VCF - # # VCF round trip - # unlink("longrefs/index.tmp.vcf.gz.csi"); # To stop vcf_hdr_read from reading a stale index - # testv $opts, "./test_view $tv_args -z -p longrefs/index.tmp.vcf.gz -x longrefs/index.tmp.vcf.gz.csi.otf -m 14 longrefs/index.vcf"; - # testv $opts, "./test_view $tv_args -p longrefs/index.tmp.vcf_ longrefs/index.tmp.vcf.gz"; - # testv $opts, "cmp longrefs/index.vcf longrefs/index.tmp.vcf_"; - # - # # Build index and compare with on-the-fly one made earlier. - # test_compare $opts, "$$opts{path}/test_index -c longrefs/index.tmp.vcf.gz", "longrefs/index.tmp.vcf.gz.csi.otf", "longrefs/index.tmp.vcf.gz.csi", gz=>1; - # - # # test_view can't do indexed look-ups on vcf, but we can use tabix - # test_compare $opts, "$$opts{bin}/tabix longrefs/index.tmp.vcf.gz 1:10010000100-10010000105 > longrefs/index.tmp.tabix1.vcf", "longrefs/index.expected1.vcf", "longrefs/index.tmp.tabix1.vcf", fix_newlines => 1; - # test_compare $opts, "$$opts{bin}/tabix longrefs/index.tmp.vcf.gz 1:10010000120-10010000130 > longrefs/index.tmp.tabix2.vcf", "longrefs/index.expected2.vcf", "longrefs/index.tmp.tabix2.vcf", fix_newlines => 1; - - if ($test_view_failures == 0) { - passed($opts, "large position tests"); - } else { - failed($opts, "large position tests", "$test_view_failures subtests failed"); - } -} - -# Tests CRAM's ability to correctly preserve MD and NM, irrespective of whether -# they are correct. -sub test_MD -{ - my ($opts) = @_; - - foreach my $sam (glob("*#MD*.sam")) { - my ($base, $ref) = ($sam =~ /((.*)#.*)\.sam/); - $ref .= ".fa"; - - my $bam = "$base.tmp.bam"; - my $cram = "$base.tmp.cram"; - - print "\ntest_MD testing $sam, ref $ref:\n"; - $test_view_failures = 0; - $cram = "$base.tmp.cram"; - - # Forcibly store MD and NM and don't auto-generate. - # ALL NM/MD should match and be present only when originally present - testv $opts, "./test_view -o store_nm=1 -o store_md=1 -t $ref -C $sam > $cram"; - testv $opts, "./test_view -i decode_md=0 -D $cram > $cram.sam_"; - testv $opts, "./compare_sam.pl $sam $cram.sam_"; - - # Skip auto-MD generation; check MD iff in output file. - # (NB this does not check that all erroneous values are stored.) - testv $opts, "./test_view -t $ref -C $sam > $cram"; - testv $opts, "./test_view -i decode_md=0 -D $cram > $cram.sam_"; - testv $opts, "./compare_sam.pl -partialmd=2 $sam $cram.sam_"; - - # Also check we haven't added NM or MD needlessly for xx#MD.sam. - # This file has no errors so without auto-generation there must be - # no NM or MD records. - if ($sam eq "xx#MD.sam") { - print " Checking for MD/NM in $sam\n"; - open(my $fh, "<$cram.sam_") || die; - while (<$fh>) { - if (/(MD|NM):/) { - print STDERR "Failed\nLine contains MD/NM:\n$_"; - $test_view_failures++; - last; - } - } - close($fh); - } - - # Force auto-MD generation; check MD iff in input file. - # This will ensure any erroneous values have been round-tripped. - testv $opts, "./test_view -t $ref -C $sam > $cram"; - testv $opts, "./test_view -i decode_md=1 -D $cram > $cram.sam_"; - testv $opts, "./compare_sam.pl -partialmd=1 $sam $cram.sam_"; - - if ($test_view_failures == 0) { - passed($opts, "$sam MD tests"); - } else { - failed($opts, "$sam MD tests", "$test_view_failures subtests failed"); - } - } -} - -sub test_index -{ - my ($opts, $nthreads) = @_; - $nthreads = $nthreads ? "-\@$nthreads" : ""; - - # BAM - test_compare($opts,"$$opts{path}/test_view $nthreads -l 0 -b -m 14 -x $$opts{tmp}/index.bam.csi $$opts{path}/index.sam > $$opts{tmp}/index.bam", "$$opts{tmp}/index.bam.csi", "$$opts{path}/index.bam.csi", gz=>1); - unlink("$$opts{tmp}/index.bam.csi"); - test_compare($opts,"$$opts{path}/test_index -c $$opts{tmp}/index.bam", "$$opts{tmp}/index.bam.csi", "$$opts{path}/index.bam.csi", gz=>1); - test_compare($opts,"$$opts{path}/test_view $nthreads -l 0 -b -m 0 -x $$opts{tmp}/index.bam.bai $$opts{path}/index.sam > $$opts{tmp}/index.bam", "$$opts{tmp}/index.bam.bai", "$$opts{path}/index.bam.bai"); - unlink("$$opts{tmp}/index.bam.bai"); - test_compare($opts,"$$opts{path}/test_index -b $$opts{tmp}/index.bam", "$$opts{tmp}/index.bam.bai", "$$opts{path}/index.bam.bai"); - - # SAM - test_compare($opts,"$$opts{path}/test_view $nthreads -l 0 -z -m 14 -x $$opts{tmp}/index.sam.gz.csi $$opts{path}/index.sam > $$opts{tmp}/index.sam.gz", "$$opts{tmp}/index.sam.gz.csi", "$$opts{path}/index.sam.gz.csi", gz=>1); - unlink("$$opts{tmp}/index.bam.bai"); - test_compare($opts,"$$opts{path}/test_index -c $$opts{tmp}/index.sam.gz", "$$opts{tmp}/index.sam.gz.csi", "$$opts{path}/index.sam.gz.csi", gz=>1); - test_compare($opts,"$$opts{path}/test_view $nthreads -l 0 -z -m 0 -x $$opts{tmp}/index.sam.gz.bai $$opts{path}/index.sam > $$opts{tmp}/index.sam.gz", "$$opts{tmp}/index.sam.gz.bai", "$$opts{path}/index.sam.gz.bai"); - unlink("$$opts{tmp}/index.sam.gz.bai"); - test_compare($opts,"$$opts{path}/test_index -b $$opts{tmp}/index.sam.gz", "$$opts{tmp}/index.sam.gz.bai", "$$opts{path}/index.sam.gz.bai"); - - # SAM DOS LINE ENDINGS (\r\n) - test_compare($opts,"$$opts{path}/test_view $nthreads -l 0 -z -m 14 -x $$opts{tmp}/index.sam.gz.csi $$opts{path}/index_dos.sam > $$opts{tmp}/index.sam.gz", "$$opts{tmp}/index.sam.gz.csi", "$$opts{path}/index.sam.gz.csi", gz=>1); - unlink("$$opts{tmp}/index.bam.bai"); - test_compare($opts,"$$opts{path}/test_index -c $$opts{tmp}/index.sam.gz", "$$opts{tmp}/index.sam.gz.csi", "$$opts{path}/index.sam.gz.csi", gz=>1); - test_compare($opts,"$$opts{path}/test_view $nthreads -l 0 -z -m 0 -x $$opts{tmp}/index.sam.gz.bai $$opts{path}/index_dos.sam > $$opts{tmp}/index.sam.gz", "$$opts{tmp}/index.sam.gz.bai", "$$opts{path}/index.sam.gz.bai"); - unlink("$$opts{tmp}/index.sam.gz.bai"); - test_compare($opts,"$$opts{path}/test_index -b $$opts{tmp}/index.sam.gz", "$$opts{tmp}/index.sam.gz.bai", "$$opts{path}/index.sam.gz.bai"); - - # CRAM - local $ENV{REF_PATH} = $$opts{m5_dir}; - test_compare($opts,"$$opts{path}/test_view $nthreads -l 0 -C -x $$opts{tmp}/index.cram.crai $$opts{path}/index.sam > $$opts{tmp}/index.cram", "$$opts{tmp}/index.cram.crai", "$$opts{path}/index.cram.crai", gz=>1); - unlink("$$opts{tmp}/index.cram.crai"); - test_compare($opts,"$$opts{path}/test_index $$opts{tmp}/index.cram", "$$opts{tmp}/index.cram.crai", "$$opts{path}/index.cram.crai", gz=>1); - - # BCF - test_compare($opts,"$$opts{path}/test_view $nthreads -l 0 -b -m 14 -x $$opts{tmp}/index.bcf.csi $$opts{path}/index.vcf > $$opts{tmp}/index.bcf", "$$opts{tmp}/index.bcf.csi", "$$opts{path}/index.bcf.csi", gz=>1); - unlink("$$opts{tmp}/index.bcf.csi"); - test_compare($opts,"$$opts{path}/test_index -c $$opts{tmp}/index.bcf", "$$opts{tmp}/index.bcf.csi", "$$opts{path}/index.bcf.csi", gz=>1); - - # VCF - test_compare($opts,"$$opts{path}/test_view $nthreads -l 0 -z -m 14 -x $$opts{tmp}/index.vcf.gz.csi $$opts{path}/index.vcf > $$opts{tmp}/index.vcf.gz", "$$opts{tmp}/index.vcf.gz.csi", "$$opts{path}/index.vcf.gz.csi", gz=>1); - unlink("$$opts{tmp}/index.vcf.gz.csi"); - test_compare($opts,"$$opts{path}/test_index -c $$opts{tmp}/index.vcf.gz", "$$opts{tmp}/index.vcf.gz.csi", "$$opts{path}/index.vcf.gz.csi", gz=>1); - test_compare($opts,"$$opts{path}/test_view $nthreads -l 0 -z -m 0 -x $$opts{tmp}/index.vcf.gz.tbi $$opts{path}/index.vcf > $$opts{tmp}/index.vcf.gz", "$$opts{tmp}/index.vcf.gz.tbi", "$$opts{path}/index.vcf.gz.tbi", gz=>1); - unlink("$$opts{tmp}/index.vcf.gz.tbi"); - test_compare($opts,"$$opts{path}/test_index -t $$opts{tmp}/index.vcf.gz", "$$opts{tmp}/index.vcf.gz.tbi", "$$opts{path}/index.vcf.gz.tbi", gz=>1); - - # Tabix and custom index names - _cmd("$$opts{bin}/tabix -fp vcf $$opts{tmp}/index.vcf.gz"); - my $wtmp = $$opts{tmp}; - if ($^O =~ /^msys/) { - $wtmp =~ s/\//\\\\/g; - } - test_cmd($opts,out=>'tabix.out',cmd=>"$$opts{bin}/tabix $wtmp/index.vcf.gz##idx##$wtmp/index.vcf.gz.tbi 1:10000060-10000060"); - - cmd("$$opts{path}/test_view -b -p $$opts{tmp}/index2.bam -x $$opts{tmp}/index2.bam.bai $$opts{path}/index2.sam"); - for (my $tid = 1; $tid <= 2; $tid++) { - for (my $pos = 1; $pos <= 2; $pos++) { - # All queries should return exactly two sequences. - # The input data consists of mapped/unmapped and unmapped/mapped - # in both orders. - # Done verbatim as test_cmd cannot return $out for us to check. - my $test = "$$opts{path}/test_view $$opts{tmp}/index2.bam $tid:${pos}000000-${pos}000000"; - print "test_index:\n\t$test\n"; - my ($ret, $out) = _cmd($test); - if ($ret ne 0) { - failed($opts, $test); - } else { - my $rnum = ($out =~ s/^[^@].*\n//gm); - if ($rnum ne 2) { - failed($opts, $test); - } else { - passed($opts, $test); - } - } - } - } - unlink("$$opts{tmp}/index2.bam"); - unlink("$$opts{tmp}/index2.bam.bai"); -} - -sub test_bcf2vcf -{ - my ($opts) = @_; - test_cmd($opts, - out => "tabix/vcf_file.vcf", - cmd => "$$opts{path}/test_view $$opts{path}/tabix/vcf_file.bcf"); -} - -sub test_vcf_api -{ - my ($opts,%args) = @_; - test_cmd($opts,%args,cmd=>"$$opts{path}/test-vcf-api $$opts{tmp}/test-vcf-api.bcf"); -} - -sub test_vcf_sweep -{ - my ($opts,%args) = @_; - test_cmd($opts,%args,cmd=>"$$opts{path}/test-vcf-sweep $$opts{tmp}/test-vcf-api.bcf"); -} - -sub test_vcf_various -{ - my ($opts, %args) = @_; - - # Excess spaces in header lines - test_cmd($opts, %args, out => "test-vcf-hdr.out", - cmd => "$$opts{bin}/htsfile -ch $$opts{path}/test-vcf-hdr-in.vcf"); - - # Various VCF parsing issues - test_cmd($opts, %args, out => "formatcols.vcf", - cmd => "$$opts{bin}/htsfile -c $$opts{path}/formatcols.vcf"); - test_cmd($opts, %args, out => "noroundtrip-out.vcf", - cmd => "$$opts{bin}/htsfile -c $$opts{path}/noroundtrip.vcf"); - test_cmd($opts, %args, out => "formatmissing-out.vcf", - cmd => "$$opts{bin}/htsfile -c $$opts{path}/formatmissing.vcf"); - test_cmd($opts, %args, out => "vcf_meta_meta.vcf", - cmd => "$$opts{bin}/htsfile -c $$opts{path}/vcf_meta_meta.vcf"); - - # VCF file with contig IDX=1, simulating an edited BCF file - # See htslib issue 1534 - test_cmd($opts, %args, out => "modhdr.expected.vcf", - cmd => "$$opts{path}/test_view $$opts{path}/modhdr.vcf.gz chr22:1-2"); -} - -sub write_multiblock_bgzf { - my ($name, $frags) = @_; - - my $tmp = "$name.tmp"; - open(my $out, '>', $name) || die "Couldn't open $name $!\n"; - for (my $i = 0; $i < @$frags; $i++) { - local $/; - open(my $f, '>', $tmp) || die "Couldn't open $tmp : $!\n"; - print $f $frags->[$i]; - close($f) || die "Error writing to $tmp: $!\n"; - open(my $bgz, '-|', "$$opts{bin}/bgzip -c $tmp") - || die "Couldn't open pipe to bgzip: $!\n"; - my $compressed = <$bgz>; - close($bgz) || die "Error running bgzip\n"; - if ($i < $#$frags) { - # Strip EOF block - $compressed =~ s/\x1f\x8b\x08\x04\x00{5}\xff\x06\x00\x42\x43\x02\x00\x1b\x00\x03\x00{9}$//; - } - print $out $compressed; - } - close($out) || die "Error writing to $name: $!\n"; - unlink($tmp); -} - -sub test_rebgzip -{ - my ($opts, %args) = @_; - - # Write a file that should match the one we ship - my @frags = qw(1 22 333 4444 55555); - my $mb = "$$opts{path}/bgziptest.txt.tmp.gz"; - write_multiblock_bgzf($mb, \@frags); - - # See if it really does match - my ($ret, $out) = _cmd("cmp $mb $$opts{path}/bgziptest.txt.gz"); - - if (!$ret && $out eq '') { # If it does, use the original - test_cmd($opts, %args, out => "bgziptest.txt.gz", - cmd => "$$opts{bin}/bgzip -I $$opts{path}/bgziptest.txt.gz.gzi -c -g $$opts{path}/bgziptest.txt"); - } else { - # Otherwise index the one we just made and test that - print "test_rebgzip: Alternate zlib/deflate library detected\n"; - cmd("$$opts{bin}/bgzip -I $mb.gzi -r $mb"); - test_cmd($opts, %args, out => "bgziptest.txt.tmp.gz", - cmd => "$$opts{bin}/bgzip -I $mb.gzi -c -g $$opts{path}/bgziptest.txt"); - } -} - -sub test_convert_padded_header -{ - my ($opts, %args) = @_; - - $args{out} = "headernul.tmp.cram"; - cmd("$$opts{path}/test_view -t ce.fa -C ce#1.sam > $args{out}"); - - foreach my $nuls (0, 1, 678) { - my $nulsbam = "$$opts{tmp}/headernul$nuls.bam"; - cmd("$$opts{path}/test_view -b -Z $nuls ce#1.sam > $nulsbam"); - test_cmd($opts, %args, - cmd => "$$opts{path}/test_view -t ce.fa -C $nulsbam"); - } -} - -sub test_bcf_sr_sort -{ - my ($opts, %args) = @_; - for (my $i=0; $i<10; $i++) - { - my $seed = int(rand(100000000)); - my $test = 'test-bcf-sr'; - my $cmd = "$$opts{path}/test-bcf-sr.pl -t $$opts{tmp} -s $seed"; - print "$test:\n"; - print "\t$cmd\n"; - my ($ret,$out) = _cmd($cmd); - if ( $ret ) { failed($opts,$test); } - else { passed($opts,$test); } - } -} - -sub test_bcf_sr_no_index { - my ($opts) = @_; - - my $test = "test_bcf_sr_no_index"; - - my $vcfdir = "$$opts{path}/bcf-sr"; - - # Positive test - test_cmd($opts, out => "bcf-sr/merge.noidx.abc.expected.out", - cmd => "$$opts{path}/test-bcf-sr --no-index -p all --args $vcfdir/merge.noidx.a.vcf $vcfdir/merge.noidx.b.vcf $vcfdir/merge.noidx.c.vcf 2> $$opts{tmp}/no_index_1.err"); - - # Check bad input detection - - my @bad_file_tests = (["out-of-order header", - ["merge.noidx.a.vcf", "merge.noidx.hdr_order.vcf"]], - ["out-of-order records", - ["merge.noidx.a.vcf", "merge.noidx.rec_order.vcf"]], - ["out-of-order records", - ["merge.noidx.rec_order.vcf", "merge.noidx.a.vcf"]]); - my $count = 2; - foreach my $test_params (@bad_file_tests) { - my ($badness, $inputs) = @$test_params; - my @ins = map { "$vcfdir/$_" } @$inputs; - - my $cmd = "$$opts{path}/test-bcf-sr --no-index -p all --args @ins > $$opts{tmp}/no_index_$count.out 2> $$opts{tmp}/no_index_$count.err"; - print "$test:\n\t$cmd (expected fail)\n"; - my ($ret) = _cmd($cmd); - if ($ret == 0) { - failed($opts, $test, "Failed to detect $badness: $cmd\n"); - } else { - passed($opts, $test); - } - $count++; - } -} - -sub test_bcf_sr_range { - my ($opts) = @_; - - my $test = "test_bcf_sr_range"; - - my $vcfdir = "$$opts{path}/bcf-sr"; - - my @tests = (['r', '1', 'weird-chr-names.vcf', 'weird-chr-names.1.out'], - ['r', '1:1-2', 'weird-chr-names.vcf', 'weird-chr-names.1.out'], - ['r', '1:1,1:2', 'weird-chr-names.vcf', 'weird-chr-names.1.out'], - ['r', '1:1-1', 'weird-chr-names.vcf', 'weird-chr-names.2.out'], - ['r', '{1:1}', 'weird-chr-names.vcf', 'weird-chr-names.3.out'], - ['r', '{1:1}:1-2', 'weird-chr-names.vcf', 'weird-chr-names.3.out'], - ['r', '{1:1}:1,{1:1}:2', 'weird-chr-names.vcf', 'weird-chr-names.3.out'], - ['r', '{1:1}:1-1', 'weird-chr-names.vcf', 'weird-chr-names.4.out'], - ['r', '{1:1-1}', 'weird-chr-names.vcf', 'weird-chr-names.5.out'], - ['r', '{1:1-1}:1-2', 'weird-chr-names.vcf', 'weird-chr-names.5.out'], - ['r', '{1:1-1}:1,{1:1-1}:2', 'weird-chr-names.vcf', 'weird-chr-names.5.out'], - ['r', '{1:1-1}:1-1', 'weird-chr-names.vcf', 'weird-chr-names.6.out'], - ['r', '{1:1-1}-2', 'weird-chr-names.vcf', undef], # Expected failure - ['t', '1', 'weird-chr-names.vcf', 'weird-chr-names.1.out'], - ['t', '1:1-2', 'weird-chr-names.vcf', 'weird-chr-names.1.out'], - ['t', '1:1,1:2', 'weird-chr-names.vcf', 'weird-chr-names.1.out'], - ['t', '1:1-1', 'weird-chr-names.vcf', 'weird-chr-names.2.out'], - ['t', '{1:1}', 'weird-chr-names.vcf', 'weird-chr-names.3.out'], - ['t', '{1:1}:1-2', 'weird-chr-names.vcf', 'weird-chr-names.3.out'], - ['t', '{1:1}:1,{1:1}:2', 'weird-chr-names.vcf', 'weird-chr-names.3.out'], - ['t', '{1:1}:1-1', 'weird-chr-names.vcf', 'weird-chr-names.4.out'], - ['t', '{1:1-1}', 'weird-chr-names.vcf', 'weird-chr-names.5.out'], - ['t', '{1:1-1}:1-2', 'weird-chr-names.vcf', 'weird-chr-names.5.out'], - ['t', '{1:1-1}:1,{1:1-1}:2', 'weird-chr-names.vcf', 'weird-chr-names.5.out'], - ['t', '{1:1-1}:1-1', 'weird-chr-names.vcf', 'weird-chr-names.6.out'], - ['t', '{1:1-1}-2', 'weird-chr-names.vcf', undef] # Expected failure - ); - - my $count = 0; - my %converted; - foreach my $tst (@tests) { - my ($option, $range, $in, $exp_out) = @$tst; - $count++; - if (!$converted{$in}) { - my $cmd = "$$opts{path}/test_view -b -p $$opts{tmp}/$in.bcf -x $$opts{tmp}/$in.bcf.csi $vcfdir/$in"; - print "$test:\n\t$cmd\n"; - my ($ret) = _cmd($cmd); - if ($ret) { - failed($opts, $test); - $converted{$in} = 'fail'; - next; - } else { - passed($opts, $test); - $converted{$in} = "$$opts{tmp}/$in.bcf"; - } - } - next if ($converted{$in} eq 'fail'); - my $cmd = "$$opts{path}/test-bcf-sr -O vcf -o $$opts{tmp}/range_test_$count.out.vcf -$option '$range' --args $converted{$in}"; - if ($exp_out) { - test_compare($opts, $cmd, "$vcfdir/$exp_out", - "$$opts{tmp}/range_test_$count.out.vcf", - fix_newlines => 1); - } else { - print "$test:\n\t$cmd (expected fail)\n"; - my ($ret) = _cmd($cmd); - if ($ret) { - passed($opts, $test); - } else { - failed($opts, $test); - } - } - } -} - -sub test_command -{ - my ($opts, %args) = @_; - my $cmd = "$$opts{path}/$args{cmd}"; - test_cmd($opts, %args, cmd=>$cmd); -} - -sub test_logging -{ - my ($opts) = @_; - my $test = 'test-logging'; - my $cmd = "$$opts{path}/test-logging.pl"; - print "$test:\n"; - print "\t$cmd\n"; - my ($ret,$out) = _cmd($cmd); - if ( $ret ) { - print $out; - failed($opts,$test); - } - else { passed($opts,$test); } -} - -sub test_plugin_loading { - my ($opts) = @_; - - my $test = "test_plugin_loading"; - - unless (-e "$$opts{bin}/hfile_libcurl.so" || -e "$$opts{bin}/hfile_libcurl.bundle") { - print "$test: .. skipping\n\n"; - return; - } - - # Test that plugins can be loaded from an executable statically linked to libhts.a - my $url = "https://localhost:99999/invalid_port"; - my $cmd = "HTS_PATH=$$opts{bin} $$opts{path}/with-shlib.sh $$opts{bin}/htsfile $url"; - print "$test:\n\t$cmd\n"; - my ($ret, $out) = _cmd("$cmd 2>&1"); - if ($ret == 0) { failed($opts, $test, "successful exit status"); } - elsif ($out =~ /couldn't register/i || $out =~ /not supported/i) { failed($opts, $test, $out); } - else { passed($opts, $test); } -} - -sub test_realn { - my ($opts) = @_; - - my $test_realn = "$$opts{path}/test_realn"; - # Calculate BAQ - test_cmd($opts, cmd => "$test_realn -f $$opts{path}/realn01.fa -i $$opts{path}/realn01.sam -o -", out => "realn01_exp.sam"); - test_cmd($opts, cmd => "$test_realn -f $$opts{path}/realn02.fa -i $$opts{path}/realn02.sam -o -", out => "realn02_exp.sam"); - - # Calculate and apply BAQ - test_cmd($opts, cmd => "$test_realn -a -f $$opts{path}/realn01.fa -i $$opts{path}/realn01.sam -o -", out => "realn01_exp-a.sam"); - test_cmd($opts, cmd => "$test_realn -a -f $$opts{path}/realn02.fa -i $$opts{path}/realn02.sam -o -", out => "realn02_exp-a.sam"); - - # Calculate extended BAQ - test_cmd($opts, cmd => "$test_realn -e -f $$opts{path}/realn01.fa -i $$opts{path}/realn01.sam -o -", out => "realn01_exp-e.sam"); - test_cmd($opts, cmd => "$test_realn -e -f $$opts{path}/realn02.fa -i $$opts{path}/realn02.sam -o -", out => "realn02_exp-e.sam"); - - # Recalculate BAQ - test_cmd($opts, cmd => "$test_realn -r -f $$opts{path}/realn02.fa -i $$opts{path}/realn02-r.sam -o -", out => "realn02_exp.sam"); - - # Apply from existing BQ tags - test_cmd($opts, cmd => "$test_realn -a -f $$opts{path}/realn02.fa -i $$opts{path}/realn02_exp.sam -o -", out => "realn02_exp-a.sam"); - - # Revert quality values (using data in ZQ tags) - test_cmd($opts, cmd => "$test_realn -f $$opts{path}/realn02.fa -i $$opts{path}/realn02_exp-a.sam -o -", out => "realn02_exp.sam"); - - # Make sure multiple matches are treated the same way as a single match of the same length. - test_cmd($opts, cmd => "$test_realn -f $$opts{path}/realn03.fa -e -i $$opts{path}/realn03.sam -o -", out => "realn03_exp.sam"); -} - -sub test_bcf_set_variant_type -{ - my ($opts) = @_; - my $test = 'test-bcf_set_variant_type'; - my $cmd = "$$opts{path}/test-bcf_set_variant_type"; - print "$test:\n"; - print "\t$cmd\n"; - my ($ret,$out) = _cmd($cmd); - if ( $ret ) { - print $out; - failed($opts,$test); - } else { passed($opts,$test); } -} - -sub run_annot_tsv -{ - my ($opts,%args) = @_; - my $exe = "$$opts{bin}/annot-tsv"; - my $dat = "$$opts{path}/annot-tsv"; - my $args = exists($args{args}) ? $args{args} : ''; - $args{out} = "annot-tsv/$args{out}"; - test_cmd($opts,%args,cmd=>"$exe $args -s $dat/$args{src} -t $dat/$args{dst}"); - test_cmd($opts,%args,cmd=>"cat $dat/$args{dst} | $exe $args -s $dat/$args{src}"); - test_cmd($opts,%args,cmd=>"cat $dat/$args{src} | $exe $args -t $dat/$args{dst}"); -} - -sub test_annot_tsv -{ - my ($opts) = @_; - run_annot_tsv($opts,src=>'src.1.txt',dst=>'dst.1.txt',out=>'out.1.1.txt',args=>'-f smpl:overlap --allow-dups'); - run_annot_tsv($opts,src=>'src.1.txt',dst=>'dst.1.txt',out=>'out.1.2.txt',args=>'-f smpl:overlap'); - run_annot_tsv($opts,src=>'src.1.txt',dst=>'dst.1.txt',out=>'out.1.2.txt',args=>'-f smpl:overlap -c chr,beg,end'); - run_annot_tsv($opts,src=>'src.1.txt',dst=>'dst.1.txt',out=>'out.1.3.txt',args=>'-f smpl,value:overlap,value'); - run_annot_tsv($opts,src=>'src.1.txt',dst=>'dst.1.txt',out=>'out.1.4.txt',args=>'-f smpl:overlap -O 0.5'); - run_annot_tsv($opts,src=>'src.1.txt',dst=>'dst.1.txt',out=>'out.1.5.txt',args=>'-f smpl:overlap -rO 0.5'); - run_annot_tsv($opts,src=>'src.1.txt',dst=>'dst.1.txt',out=>'out.1.6.txt',args=>'-f smpl:overlap --allow-dups --max-annots 2'); - run_annot_tsv($opts,src=>'src.2.txt',dst=>'dst.2.txt',out=>'out.2.1.txt',args=>'-c 1,2,3:1,2,3 -f 4:5 --allow-dups'); - run_annot_tsv($opts,src=>'src.2.txt',dst=>'dst.2.txt',out=>'out.2.2.txt',args=>'-c 1,2,3:1,2,3 -f 4:5'); - run_annot_tsv($opts,src=>'src.2.txt',dst=>'dst.2.txt',out=>'out.2.3.txt',args=>'-c 1,2,3:1,2,3 -f 4,value:5,value'); - run_annot_tsv($opts,src=>'src.2.txt',dst=>'dst.2.txt',out=>'out.2.4.txt',args=>'-c 1,2,3:1,2,3 -f value,4:value,5'); - run_annot_tsv($opts,src=>'src.2.txt',dst=>'dst.2.txt',out=>'out.2.5.txt',args=>'-c 1,2,3:1,2,3 -f value,4:value,5 -a nbp,frac'); - run_annot_tsv($opts,src=>'src.2.txt',dst=>'dst.2.txt',out=>'out.2.6.txt',args=>'-c 1,2,3:1,2,3 -f 4:5 --allow-dups --max-annots 2'); - run_annot_tsv($opts,src=>'src.3.txt',dst=>'dst.3.txt',out=>'out.3.1.txt',args=>'-f smpl:overlap -a nbp,frac'); - run_annot_tsv($opts,src=>'src.4.txt',dst=>'dst.4.txt',out=>'out.4.1.txt',args=>'-c 2,3,4:2,3,4 -m 1:1 -f 1:1 -a nbp,frac'); - run_annot_tsv($opts,src=>'src.5.txt',dst=>'dst.5.txt',out=>'out.5.1.txt',args=>'-c 2,3,4:2,3,4 -a nbp,frac'); - run_annot_tsv($opts,src=>'src.6.txt',dst=>'dst.6.txt',out=>'out.6.1.txt',args=>'-c 1,2,2:1,2,2 -a nbp'); - run_annot_tsv($opts,src=>'src.7.txt',dst=>'dst.7.txt',out=>'out.7.1.txt',args=>'-c 1,2,2:1,2,2 -f overlap -H'); - run_annot_tsv($opts,src=>'src.8.txt',dst=>'dst.8.txt',out=>'out.8.1.txt',args=>'-c chr,beg,end:chr,start,end -m sample -f is_tp'); - run_annot_tsv($opts,src=>'src.9.txt',dst=>'dst.9.txt',out=>'out.9.1.txt',args=>'-c 1,2,3:chr,beg,end -a nbp,frac,cnt'); - run_annot_tsv($opts,src=>'src.10.txt',dst=>'dst.10.txt',out=>'out.10.1.txt',args=>'-f smpl'); - run_annot_tsv($opts,src=>'src.10.txt',dst=>'dst.10.txt',out=>'out.10.2.txt',args=>''); - run_annot_tsv($opts,src=>'src.10.txt',dst=>'dst.10.txt',out=>'out.10.3.txt',args=>'-x'); - run_annot_tsv($opts,src=>'src.10.txt',dst=>'dst.10.txt',out=>'out.10.4.txt',args=>'-m smpl -f smpl'); - run_annot_tsv($opts,src=>'src.10.txt',dst=>'dst.10.txt',out=>'out.10.5.txt',args=>'-m smpl '); - run_annot_tsv($opts,src=>'src.10.txt',dst=>'dst.10.txt',out=>'out.10.6.txt',args=>'-m smpl -x'); - run_annot_tsv($opts,src=>'src.11.txt',dst=>'dst.11.txt',out=>'out.11.1.txt',args=>'-c 1,2,3:1,2,3 -f 4:5 -h 0:0'); - run_annot_tsv($opts,src=>'src.11.txt',dst=>'dst.11.txt',out=>'out.11.1.txt',args=>'-c chr1,beg1,end1:chr,beg,end -f smpl1:src_smpl -h 2:2 -II'); - run_annot_tsv($opts,src=>'src.11.txt',dst=>'dst.11.txt',out=>'out.11.1.txt',args=>'-c chr1,beg1,end1:chr,beg,end -f smpl1:src_smpl -h 2:-1 -II'); - run_annot_tsv($opts,src=>'src.11.txt',dst=>'dst.11.txt',out=>'out.11.2.txt',args=>'-c chr1,beg1,end1:chr,beg,end -f smpl1:src_smpl -h 2:2'); - run_annot_tsv($opts,src=>'src.11.txt',dst=>'dst.11.txt',out=>'out.11.2.txt',args=>'-c chr2,beg2,end2:chr,beg,end -f smpl2:src_smpl -h 3:2'); - run_annot_tsv($opts,src=>'src.11.txt',dst=>'dst.11.txt',out=>'out.11.3.txt',args=>'-c chr1,beg1,end1:chr,beg,end -f smpl1:src_smpl -h 2:2 -I'); - run_annot_tsv($opts,src=>'src.11.txt',dst=>'dst.11.txt',out=>'out.11.3.txt',args=>'-c chr2,beg2,end2:chr,beg,end -f smpl2:src_smpl -h 3:2 -I'); - run_annot_tsv($opts,src=>'src.12.txt',dst=>'dst.12.txt',out=>'out.12.1.txt',args=>'-c 1,2,3:1,2,3 -f 4:5 -h 0:0 -d ,'); - run_annot_tsv($opts,src=>'src.12.txt',dst=>'dst.11.txt',out=>'out.11.1.txt',args=>q[-c 1,2,3:1,2,3 -f 4:5 -h 0:0 -d $',:\t']); - run_annot_tsv($opts,src=>'src.13.txt',dst=>'src.13.txt',out=>'out.13.1.txt',args=>q[-c 1,2,3 -f 4:5]); - run_annot_tsv($opts,src=>'src.13.txt',dst=>'src.13.txt',out=>'out.13.1.txt',args=>q[-c 1,2,3 -f 4:5 -O 0.5]); - run_annot_tsv($opts,src=>'src.13.txt',dst=>'src.13.txt',out=>'out.13.2.txt',args=>q[-c 1,2,3 -f 4:5 -O 0.5 -r]); - run_annot_tsv($opts,src=>'src.13.txt',dst=>'src.13.txt',out=>'out.13.2.txt',args=>q[-c 1,2,3 -f 4:5 -O 0.5,0.5]); - run_annot_tsv($opts,src=>'src.13.txt',dst=>'src.13.txt',out=>'out.13.3.txt',args=>q[-c 1,2,3 -f 4:5 -O 0,1]); - run_annot_tsv($opts,src=>'src.13.txt',dst=>'src.13.txt',out=>'out.13.4.txt',args=>q[-c 1,2,3 -f 4:5 -O 1,0]); -} diff --git a/src/htslib-1.21/test/test_bgzf.c b/src/htslib-1.21/test/test_bgzf.c deleted file mode 100644 index bda68d1..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/test_bgzf.c +++ /dev/null @@ -1,1162 +0,0 @@ -/* test/test_bgzf.c -- bgzf unit tests - - Copyright (C) 2017, 2019, 2022-2024 Genome Research Ltd - - Author: Robert Davies - -Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy -of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal -in the Software without restriction, including without limitation the rights -to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell -copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is -furnished to do so, subject to the following conditions: - -The above copyright notice and this permission notice shall be included in -all copies or substantial portions of the Software. - -THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR -IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY, -FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL -THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER -LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING -FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER -DEALINGS IN THE SOFTWARE. - */ - -#include - -#include -#include -#include -#include -#include -#include -#include -#include -#include - -#include "../htslib/bgzf.h" -#include "../htslib/hfile.h" -#include "../htslib/hts_log.h" -#include "../hfile_internal.h" - -const char *bgzf_suffix = ".gz"; -const char *idx_suffix = ".gzi"; -const char *tmp_suffix = ".tmp"; - -#define BUFSZ 32768 - -typedef struct { - char *src_plain; - char *src_bgzf; - char *src_idx; - char *tmp_bgzf; - char *tmp_idx; - FILE *f_plain; - FILE *f_bgzf; - FILE *f_idx; - const unsigned char *text; - size_t ltext; -} Files; - -typedef enum { - USE_BGZF_OPEN, - USE_BGZF_DOPEN, - USE_BGZF_HOPEN -} Open_method; - -static FILE * try_fopen(const char *name, const char *mode) { - FILE *f = fopen(name, mode); - if (!f) { - fprintf(stderr, "Couldn't open %s : %s\n", name, strerror(errno)); - return NULL; - } - return f; -} - -static int try_fclose(FILE **file, const char *name, const char *func) { - FILE *to_close = *file; - *file = NULL; - if (fclose(to_close) != 0) { - fprintf(stderr, "%s : Error on closing %s : %s\n", - func, name, strerror(errno)); - return -1; - } - - return 0; -} - -static ssize_t try_fread(FILE *in, void *buf, size_t len, - const char *func, const char *fname) { - size_t got = fread(buf, 1, len, in); - if (got == 0 && ferror(in)) { - fprintf(stderr, "%s : Error reading from %s : %s\n", - func, fname, strerror(errno)); - return -1; - } - return got; -} - -static int try_fseek_start(FILE *f, const char *name, const char *func) { - if (0 != fseek(f, 0, SEEK_SET)) { - fprintf(stderr, "%s : Couldn't seek on %s : %s\n", - func, name, strerror(errno)); - return -1; - } - return 0; -} - -static BGZF * try_bgzf_open(const char *name, const char *mode, - const char *func) { - BGZF * bgz = bgzf_open(name, mode); - if (!bgz) { - fprintf(stderr, "%s : Couldn't bgzf_open %s with mode %s : %s\n", - func, name, mode, strerror(errno)); - return NULL; - } - return bgz; -} - -static BGZF * try_bgzf_dopen(const char *name, const char *mode, - const char *func) { - BGZF *bgz = NULL; - int fd = open(name, hfile_oflags(mode), 0666); - if (fd < 0) { - fprintf(stderr, "%s : Failed to open %s with mode %s : %s\n", - func, name, mode, strerror(errno)); - return NULL; - } - - bgz = bgzf_dopen(fd, mode); - if (!bgz) { - fprintf(stderr, "%s : bgzf_dopen failed on %s mode %s : %s\n", - func, name, mode, strerror(errno)); - close(fd); - return NULL; - } - - return bgz; -} - -static BGZF * try_bgzf_hopen(const char *name, const char *mode, - const char *func) { - hFILE *hfp = hopen(name, mode); - BGZF *bgz = NULL; - - if (!hfp) { - fprintf(stderr, "%s : hopen failed on %s mode %s : %s\n", - func, name, mode, strerror(errno)); - return NULL; - } - - bgz = bgzf_hopen(hfp, mode); - if (!bgz) { - fprintf(stderr, "%s : bgzf_hopen failed on %s mode %s : %s\n", - func, name, mode, strerror(errno)); - hclose_abruptly(hfp); - return NULL; - } - - return bgz; -} - -static int try_bgzf_close(BGZF **bgz, const char *name, const char *func, int expected_fail) { - BGZF *to_close = *bgz; - *bgz = NULL; - if (bgzf_close(to_close) != 0) { - if (!expected_fail) - fprintf(stderr, "%s : bgzf_close failed on %s%s%s\n", - func, name, - errno ? " : " : "", - errno ? strerror(errno) : ""); - return -1; - } else if (expected_fail) { - fprintf(stderr, "%s : bgzf_close worked on %s, but expected failure\n", - func, name); - } - return 0; -} - -static ssize_t try_bgzf_read(BGZF *fp, void *data, size_t length, - const char *name, const char *func) { - ssize_t got = bgzf_read_small(fp, data, length); - if (got < 0) { - fprintf(stderr, "%s : Error from bgzf_read %s : %s\n", - func, name, strerror(errno)); - } - return got; -} - -static ssize_t try_bgzf_write(BGZF *fp, const void *data, size_t length, - const char *name, const char *func) { - ssize_t put = bgzf_write_small(fp, data, length); - if (put < (ssize_t) length) { - fprintf(stderr, "%s : %s %s : %s\n", - func, put < 0 ? "Error writing to" : "Short write on", - name, strerror(errno)); - return -1; - } - - return put; -} - -static int try_bgzf_compression(BGZF *fp, int expect, - const char *name, const char *func) { - int res = bgzf_compression(fp); - if (res != expect) { - fprintf(stderr, - "%s : Unexpected result %d from bgzf_compression on %s; " - "expected %d\n", - func, res, name, expect); - return -1; - } - return 0; -} - -static int try_bgzf_mt(BGZF *bgz, int nthreads, const char *func) { - if (bgzf_mt(bgz, nthreads, 64) != 0) { - fprintf(stderr, "%s : Error from bgzf_mt : %s\n", - func, strerror(errno)); - return -1; - } - return 0; -} - -static int try_bgzf_index_build_init(BGZF *bgz, - const char *name, const char *func) { - if (bgzf_index_build_init(bgz) != 0) { - fprintf(stderr, "%s : Error from bgzf_index_build_init on %s : %s\n", - func, name, strerror(errno)); - return -1; - } - return 0; -} - -static int try_bgzf_index_load(BGZF *fp, const char *bname, const char *suffix, - const char *func) { - if (bgzf_index_load(fp, bname, suffix) != 0) { - fprintf(stderr, "%s : Couldn't bgzf_index_load %s%s : %s\n", - func, bname, suffix ? suffix : "", strerror(errno)); - return -1; - } - return 0; -} - -static int try_bgzf_index_dump(BGZF *fp, const char *bname, const char *suffix, - const char *func) { - if (bgzf_index_dump(fp, bname, suffix) != 0) { - fprintf(stderr, "%s : Couldn't bgzf_index_dump %s%s : %s\n", - func, bname, suffix ? suffix : "", strerror(errno)); - return -1; - } - return 0; -} - -static int64_t try_bgzf_tell(BGZF *fp, const char *name, const char *func) { - int64_t told = bgzf_tell(fp); - if (told < 0) { - fprintf(stderr, "%s : %s %s : %s\n", - func, "Error telling in", - name, strerror(errno)); - return -1; - } - - return told; -} - -static int64_t try_bgzf_tell_expect(BGZF *fp, int64_t expected, const char *name, const char *func) { - int64_t told = try_bgzf_tell(fp, name, func); - if (told != expected) { - fprintf(stderr, "%s : Unexpected value (%" PRId64 ") from bgzf_tell on %s; " - "expected %" PRId64 "\n", - func, told, name, expected); - return -1; - } - return told; -} - -static int try_bgzf_seek(BGZF *fp, int64_t pos, int whence, - const char *name, const char *func) { - if (bgzf_seek(fp, pos, whence) < 0) { - fprintf(stderr, "%s : Error from bgzf_seek(%s, %" PRId64 ", %d) : %s\n", - func, name, pos, whence, strerror(errno)); - return -1; - } - return 0; -} - -static int try_bgzf_useek(BGZF *fp, long uoffset, int where, - const char *name, const char *func) { - if (bgzf_useek(fp, uoffset, where) < 0) { - fprintf(stderr, "%s : Error from bgzf_useek(%s, %ld, %d) : %s\n", - func, name, uoffset, where, strerror(errno)); - return -1; - } - return 0; -} - -static int try_bgzf_getc(BGZF *fp, size_t pos, int expected, - const char *name, const char *func) { - int c = bgzf_getc(fp); - if (c != expected) { - fprintf(stderr, - "%s : Unexpected value (%d) from bgzf_getc on %s pos %zu; " - "expected %d\n", - func, c, name, pos, expected); - return -1; - } - return c; -} - -static int try_skip(BGZF *fp, size_t count, - const char *name, const char *func) { - size_t i; - int c; - for (i = 0; i < count; i++) { - c = bgzf_getc(fp); - if (c < 0) { - fprintf(stderr, - "%s : Error from bgzf_getc on %s\n", - func, name); - return -1; - } - } - return 0; -} - -static int compare_buffers(const unsigned char *b1, const unsigned char *b2, - size_t l1, size_t l2, - const char *name1, const char *name2, - const char *func) { - if (l1 != l2) { - fprintf(stderr, "%s : EOF on %s\n", func, l1 < l2 ? name1 : name2); - return -1; - } - if (memcmp(b1, b2, l1) != 0) { - fprintf(stderr, "%s : difference between %s and %s\n", - func, name1, name2); - return -1; - } - - return 0; -} - -static void cleanup(Files *f, int retval) { - /* Remove temp files if successful. If not, leave them for inspection */ - if (retval == EXIT_SUCCESS) { - unlink(f->tmp_bgzf); - unlink(f->tmp_idx); - } - if (f->f_plain) fclose(f->f_plain); - if (f->f_bgzf) fclose(f->f_bgzf); - if (f->f_idx) fclose(f->f_idx); - free(f->src_plain); - free((unsigned char *) f->text); -} - -static int setup(const char *src, Files *f) { - size_t len = (strlen(src) + strlen(bgzf_suffix) + strlen(idx_suffix) - + strlen(tmp_suffix) + 8); - char *mem, *text; - const unsigned int max = 50000; - unsigned int i; - size_t text_sz = max * 8 + 1; - - mem = calloc(5, len); - if (mem == NULL) { - perror(__func__); - return -1; - } - - snprintf(mem, len, "%s", src); - snprintf(mem + len * 1, len, "%s%s", src, bgzf_suffix); - snprintf(mem + len * 2, len, "%s%s%s", src, bgzf_suffix, idx_suffix); - snprintf(mem + len * 3, len, "%s%s%s", src, tmp_suffix, bgzf_suffix); - snprintf(mem + len * 4, len, "%s%s%s%s", - src, tmp_suffix, bgzf_suffix, idx_suffix); - - f->src_plain = mem; - f->src_bgzf = mem + len * 1; - f->src_idx = mem + len * 2; - f->tmp_bgzf = mem + len * 3; - f->tmp_idx = mem + len * 4; - - text = malloc(text_sz); - if (!text) { - perror(__func__); - goto fail; - } - for (i = 0; i < max; i++) snprintf(text + i*8, text_sz - i*8, "%07u\n", i); - f->text = (unsigned char *) text; - f->ltext = text_sz - 1; - - if ((f->f_plain = try_fopen(f->src_plain, "rb")) == NULL) goto fail; - if ((f->f_bgzf = try_fopen(f->src_bgzf, "rb")) == NULL) goto fail; - if ((f->f_idx = try_fopen(f->src_idx, "rb")) == NULL) goto fail; - - return 0; - - fail: - return -1; -} - -static int test_read(Files *f) { - BGZF* bgz; - ssize_t bg_got, f_got; - unsigned char bg_buf[BUFSZ], f_buf[BUFSZ]; - - errno = 0; - bgz = try_bgzf_open(f->src_bgzf, "r", __func__); - if (!bgz) return -1; - - do { - bg_got = try_bgzf_read(bgz, bg_buf, BUFSZ, f->src_bgzf, __func__); - if (bg_got < 0) goto fail; - - f_got = try_fread(f->f_plain, f_buf, BUFSZ, __func__, f->src_plain); - if (f_got < 0) goto fail; - - if (compare_buffers(f_buf, bg_buf, f_got, bg_got, - f->src_plain, f->src_bgzf, __func__) != 0) { - goto fail; - } - } while (bg_got > 0 && f_got > 0); - - if (try_bgzf_close(&bgz, f->src_bgzf, __func__, 0) != 0) return -1; - if (try_fseek_start(f->f_plain, f->src_plain, __func__) != 0) return -1; - - return 0; - - fail: - if (bgz) bgzf_close(bgz); - return -1; -} - -static int test_write_read(Files *f, const char *mode, Open_method method, - int nthreads, int expected_compression) { - BGZF* bgz = NULL; - ssize_t bg_put, bg_got; - size_t pos = 0; - unsigned char bg_buf[BUFSZ]; - - switch (method) { - case USE_BGZF_DOPEN: - bgz = try_bgzf_dopen(f->tmp_bgzf, mode, __func__); - break; - case USE_BGZF_HOPEN: - bgz = try_bgzf_hopen(f->tmp_bgzf, mode, __func__); - break; - default: - bgz = try_bgzf_open(f->tmp_bgzf, mode, __func__); - break; - } - if (!bgz) goto fail; - - if (nthreads > 0 && try_bgzf_mt(bgz, nthreads, __func__) != 0) goto fail; - - bg_put = try_bgzf_write(bgz, f->text, f->ltext, f->tmp_bgzf, __func__); - if (bg_put < 0) goto fail; - - if (try_bgzf_close(&bgz, f->tmp_bgzf, __func__, 0) != 0) goto fail; - - switch (method) { - case USE_BGZF_DOPEN: - bgz = try_bgzf_dopen(f->tmp_bgzf, "r", __func__); - break; - case USE_BGZF_HOPEN: - bgz = try_bgzf_hopen(f->tmp_bgzf, "r", __func__); - break; - default: - bgz = try_bgzf_open(f->tmp_bgzf, "r", __func__); - break; - } - if (!bgz) goto fail; - - if (nthreads > 0 && try_bgzf_mt(bgz, nthreads, __func__) != 0) goto fail; - - if (try_bgzf_compression(bgz, expected_compression, - f->tmp_bgzf, __func__) != 0) { - goto fail; - } - - do { - bg_got = try_bgzf_read(bgz, bg_buf, BUFSZ, f->tmp_bgzf, __func__); - if (bg_got < 0) goto fail; - - if (pos < f->ltext && - memcmp(f->text + pos, bg_buf, - pos + bg_got < f->ltext ? bg_got : f->ltext - pos) != 0) { - fprintf(stderr, "%s : Got wrong data from %s, pos %zu\n", - __func__, f->tmp_bgzf, pos); - goto fail; - } - pos += bg_got; - } while (bg_got > 0); - - if (pos != bg_put) { - fprintf(stderr, "%s : bgzf_read got %zd bytes; expected %zd\n", - __func__, pos, bg_put); - goto fail; - } - - if (try_bgzf_close(&bgz, f->tmp_bgzf, __func__, 0) != 0) goto fail; - - return 0; - - fail: - if (bgz) bgzf_close(bgz); - return -1; -} - -static int test_embed_eof(Files *f, const char *mode, int nthreads) { - BGZF* bgz = NULL; - ssize_t bg_put, bg_got; - size_t pos = 0, half = BUFSZ < f->ltext ? BUFSZ : f->ltext / 2; - char append_mode[16]; - unsigned char bg_buf[BUFSZ]; - - for (pos = 0; pos < sizeof(append_mode) - 1 && mode[pos] != 0; pos++) { - append_mode[pos] = mode[pos] == 'w' ? 'a' : mode[pos]; - } - append_mode[pos] ='\0'; - - // Write first half - bgz = try_bgzf_open(f->tmp_bgzf, mode, __func__); - if (!bgz) goto fail; - - if (nthreads > 0 && try_bgzf_mt(bgz, nthreads, __func__) != 0) goto fail; - - bg_put = try_bgzf_write(bgz, f->text, half, f->tmp_bgzf, __func__); - if (bg_put < 0) goto fail; - - if (try_bgzf_close(&bgz, f->tmp_bgzf, __func__, 0) != 0) goto fail; - - - // Write second half. Append mode, so an EOF block should be in the - // middle. - bgz = try_bgzf_open(f->tmp_bgzf, append_mode, __func__); - if (!bgz) goto fail; - - if (nthreads > 0 && try_bgzf_mt(bgz, nthreads, __func__) != 0) goto fail; - - bg_put = try_bgzf_write(bgz, f->text + half, f->ltext - half, f->tmp_bgzf, - __func__); - if (bg_put < 0) goto fail; - - if (try_bgzf_close(&bgz, f->tmp_bgzf, __func__, 0) != 0) goto fail; - - // Try reading - pos = 0; - bgz = try_bgzf_open(f->tmp_bgzf, "r", __func__); - if (!bgz) goto fail; - - if (nthreads > 0 && try_bgzf_mt(bgz, nthreads, __func__) != 0) goto fail; - - do { - bg_got = try_bgzf_read(bgz, bg_buf, BUFSZ, f->tmp_bgzf, __func__); - if (bg_got < 0) goto fail; - - if (pos < f->ltext && - memcmp(f->text + pos, bg_buf, - pos + bg_got < f->ltext ? bg_got : f->ltext - pos) != 0) { - fprintf(stderr, "%s : Got wrong data from %s, pos %zu\n", - __func__, f->tmp_bgzf, pos); - goto fail; - } - pos += bg_got; - } while (bg_got > 0); - - if (pos != f->ltext) { - fprintf(stderr, "%s : bgzf_read got %zd bytes; expected %zd\n", - __func__, pos, f->ltext); - goto fail; - } - - if (try_bgzf_close(&bgz, f->tmp_bgzf, __func__, 0) != 0) goto fail; - - return 0; - - fail: - if (bgz) bgzf_close(bgz); - return -1; -} - -static int test_index_load_dump(Files *f) { - BGZF* bgz = NULL; - FILE *fdest = NULL; - unsigned char buf_src[BUFSZ], buf_dest[BUFSZ]; - ssize_t got_src, got_dest; - - bgz = try_bgzf_open(f->src_bgzf, "r", __func__); - if (!bgz) return -1; - - if (try_bgzf_index_load(bgz, f->src_bgzf, idx_suffix, __func__) != 0) { - goto fail; - } - - if (try_bgzf_index_dump(bgz, f->tmp_bgzf, idx_suffix, __func__) != 0) { - goto fail; - } - - fdest = try_fopen(f->tmp_idx, "r"); - do { - got_src = try_fread(f->f_idx, buf_src, BUFSZ, __func__, f->src_idx); - if (got_src < 0) goto fail; - got_dest = try_fread(fdest, buf_dest, BUFSZ, __func__, f->tmp_idx); - if (got_dest < 0) goto fail; - if (compare_buffers(buf_src, buf_dest, got_src, got_dest, - f->src_idx, f->tmp_idx, __func__) != 0) goto fail; - } while (got_src > 0 && got_dest > 0); - if (try_fclose(&fdest, f->tmp_idx, __func__) != 0) goto fail; - - if (try_bgzf_close(&bgz, f->src_bgzf, __func__, 0) != 0) goto fail; - - return 0; - - fail: - if (fdest) fclose(fdest); - if (bgz) bgzf_close(bgz); - return -1; -} - -static int test_check_EOF(char *name, int expected) { - BGZF *bgz = try_bgzf_open(name, "r", __func__); - int eof; - if (!bgz) return -1; - eof = bgzf_check_EOF(bgz); - if (eof != expected) { - fprintf(stderr, "%s : Unexpected result %d from bgzf_check_EOF on %s; " - "expected %d\n", - __func__, eof, name, expected); - bgzf_close(bgz); - return -1; - } - - return try_bgzf_close(&bgz, name, __func__, 0); -} - -static int test_index_useek_getc(Files *f, const char *mode, - int cache_size, int nthreads) { - BGZF* bgz = NULL; - ssize_t bg_put; - size_t i, j, k, iskip = f->ltext / 10; - int is_uncompressed = strchr(mode, 'u') != NULL; - size_t offsets[3] = { 0, 100, 50 }; - - bgz = try_bgzf_open(f->tmp_bgzf, mode, __func__); - if (!bgz) goto fail; - - if (try_bgzf_index_build_init(bgz, f->tmp_bgzf, __func__) != 0) goto fail; - - if (nthreads > 0 && try_bgzf_mt(bgz, nthreads, __func__) != 0) goto fail; - - bg_put = try_bgzf_write(bgz, f->text, f->ltext, f->tmp_bgzf, __func__); - if (bg_put < 0) goto fail; - - if (!is_uncompressed) { - if (try_bgzf_index_dump(bgz, f->tmp_idx, NULL, __func__) != 0) { - goto fail; - } - } - - if (try_bgzf_close(&bgz, f->tmp_bgzf, __func__, 0) != 0) goto fail; - - bgz = try_bgzf_open(f->tmp_bgzf, "r", __func__); - if (!bgz) goto fail; - - if (nthreads > 0 && try_bgzf_mt(bgz, nthreads, __func__) != 0) goto fail; - - if (!is_uncompressed) { - if (try_bgzf_index_load(bgz, f->tmp_bgzf, idx_suffix, __func__) != 0) { - goto fail; - } - } - - for (i = 0; i < f->ltext; i += iskip) { - for (k = 0; k < sizeof(offsets) / sizeof(offsets[0]); k++) { - size_t o = offsets[k]; - if (try_bgzf_useek(bgz, i + o, SEEK_SET, f->tmp_bgzf, __func__) != 0) { - goto fail; - } - - for (j = 0; j < 16 && i + o + j < f->ltext; j++) { - if (try_bgzf_getc(bgz, i + o + j, f->text[i + o + j], - f->tmp_bgzf, __func__) < 0) goto fail; - } - } - } - - if (try_bgzf_useek(bgz, 0, SEEK_SET, f->tmp_bgzf, __func__) != 0) { - goto fail; - } - for (j = 0; j < 70000 && j < f->ltext; j++) { // Should force a block load - if (try_bgzf_getc(bgz, j, f->text[j], - f->tmp_bgzf, __func__) < 0) goto fail; - } - - if (cache_size > 0) { - size_t mid = f->ltext / 2; - bgzf_set_cache_size(bgz, cache_size); - - for (i = 0; i < 10; i++) { - if (try_bgzf_useek(bgz, 0, SEEK_SET, f->tmp_bgzf, __func__) != 0) { - goto fail; - } - for (j = 0; j < 64 && j < f->ltext; j++) { - if (try_bgzf_getc(bgz, j, f->text[j], - f->tmp_bgzf, __func__) < 0) goto fail; - } - - if (try_bgzf_useek(bgz, mid, SEEK_SET, - f->tmp_bgzf, __func__) != 0) { - goto fail; - } - for (j = 0; j < 64 && j + mid < f->ltext; j++) { - if (try_bgzf_getc(bgz, j + mid, f->text[j + mid], - f->tmp_bgzf, __func__) < 0) goto fail; - } - } - } - - if (try_bgzf_close(&bgz, f->tmp_bgzf, __func__, 0) != 0) goto fail; - - return 0; - - fail: - if (bgz) bgzf_close(bgz); - return -1; -} - -static int test_tell_seek_getc(Files *f, const char *mode, - int cache_size, int nthreads) { - - BGZF* bgz = NULL; - ssize_t bg_put; - size_t num_points = 10; - size_t i, j, k, iskip = f->ltext / num_points; - size_t offsets[3] = { 0, 100, 50 }; - size_t points[num_points]; - int64_t point_vos[num_points]; - - bgz = try_bgzf_open(f->tmp_bgzf, mode, __func__); - if (!bgz) goto fail; - - for (i = 0; i < num_points; i++) { - point_vos[i] = try_bgzf_tell(bgz, f->tmp_bgzf, __func__); - if (point_vos[i] < 0) goto fail; - points[i] = i * iskip; - bg_put = try_bgzf_write(bgz, f->text + i * iskip, iskip, f->tmp_bgzf, __func__); - if (bg_put < 0) goto fail; - } - - if (try_bgzf_close(&bgz, f->tmp_bgzf, __func__, 0) != 0) goto fail; - - bgz = try_bgzf_open(f->tmp_bgzf, "r", __func__); - if (!bgz) goto fail; - - if (nthreads > 0 && try_bgzf_mt(bgz, nthreads, __func__) != 0) goto fail; - - for (i = 0; i < f->ltext; i += iskip) { - for (k = 0; k < sizeof(offsets) / sizeof(offsets[0]); k++) { - size_t o = offsets[k]; - - if (try_bgzf_seek(bgz, point_vos[i/iskip], SEEK_SET, f->tmp_bgzf, __func__) != 0) { - goto fail; - } - if (try_bgzf_tell_expect(bgz, point_vos[i/iskip], f->tmp_bgzf, __func__) < 0) { - goto fail; - } - - if (try_skip(bgz, o, f->tmp_bgzf, __func__) != 0) { - goto fail; - } - for (j = 0; j < 16 && i + o + j < f->ltext; j++) { - if (try_bgzf_getc(bgz, i + o + j, f->text[i + o + j], - f->tmp_bgzf, __func__) < 0) goto fail; - } - } - } - - if (try_bgzf_seek(bgz, 0, SEEK_SET, f->tmp_bgzf, __func__) != 0) { - goto fail; - } - if (try_bgzf_tell_expect(bgz, 0, f->tmp_bgzf, __func__) < 0) { - goto fail; - } - for (j = 0; j < 70000 && j < f->ltext; j++) { // Should force a block load - if (try_bgzf_getc(bgz, j, f->text[j], - f->tmp_bgzf, __func__) < 0) goto fail; - } - - if (cache_size > 0) { - size_t mid = points[num_points / 2]; - int64_t mid_vo = point_vos[num_points / 2]; - bgzf_set_cache_size(bgz, cache_size); - - for (i = 0; i < 10; i++) { - if (try_bgzf_seek(bgz, 0, SEEK_SET, f->tmp_bgzf, __func__) != 0) { - goto fail; - } - if (try_bgzf_tell_expect(bgz, 0, f->tmp_bgzf, __func__) < 0) { - goto fail; - } - for (j = 0; j < 64 && j < f->ltext; j++) { - if (try_bgzf_getc(bgz, j, f->text[j], - f->tmp_bgzf, __func__) < 0) goto fail; - } - - if (try_bgzf_seek(bgz, mid_vo, SEEK_SET, - f->tmp_bgzf, __func__) != 0) { - goto fail; - } - if (try_bgzf_tell_expect(bgz, mid_vo, f->tmp_bgzf, __func__) < 0) { - goto fail; - } - for (j = 0; j < 64 && j + mid < f->ltext; j++) { - if (try_bgzf_getc(bgz, j + mid, f->text[j + mid], - f->tmp_bgzf, __func__) < 0) goto fail; - } - } - } - - if (try_bgzf_close(&bgz, f->tmp_bgzf, __func__, 0) != 0) goto fail; - - return 0; - - fail: - if (bgz) bgzf_close(bgz); - return -1; -} - -static int test_tell_read(Files *f, const char *mode) { - - BGZF* bgz = NULL; - ssize_t bg_put; - size_t num_points = 10; - size_t i, iskip = f->ltext / num_points; - int64_t point_vos[num_points]; - - unsigned char *bg_buf = calloc(iskip+1,1); - if (!bg_buf) return -1; - - bgz = try_bgzf_open(f->tmp_bgzf, mode, __func__); - if (!bgz) goto fail; - - for (i = 0; i < num_points; i++) { - point_vos[i] = try_bgzf_tell(bgz, f->tmp_bgzf, __func__); - if (point_vos[i] < 0) goto fail; - bg_put = try_bgzf_write(bgz, f->text + i * iskip, iskip, f->tmp_bgzf, __func__); - if (bg_put < 0) goto fail; - } - - if (try_bgzf_close(&bgz, f->tmp_bgzf, __func__, 0) != 0) goto fail; - - bgz = try_bgzf_open(f->tmp_bgzf, "r", __func__); - if (!bgz) goto fail; - - for (i = 0; i < f->ltext; i += iskip) { - if (try_bgzf_tell_expect(bgz, point_vos[i/iskip], f->tmp_bgzf, __func__) < 0) { - goto fail; - } - if (try_bgzf_read(bgz, bg_buf, iskip, f->tmp_bgzf, __func__) < 0) { - goto fail; - } - if (compare_buffers(f->text+i, bg_buf, iskip, iskip, - f->tmp_bgzf, f->tmp_bgzf, __func__) != 0) { - goto fail; - } - } - - if (try_bgzf_close(&bgz, f->tmp_bgzf, __func__, 0) != 0) goto fail; - free(bg_buf); - return 0; - - fail: - fprintf(stderr, "%s: failed\n", __func__); - if (bgz) bgzf_close(bgz); - free(bg_buf); - return -1; -} - -static int test_useek_read_small(Files *f, const char *mode) { - - BGZF* bgz = NULL; - char bg_buf[99]; - - bgz = try_bgzf_open(f->tmp_bgzf, mode, __func__); - if (!bgz) goto fail; - - - if (try_bgzf_write(bgz, "#>Hello, World!\n", 16, - f->tmp_bgzf, __func__) != 16) - goto fail; - if (try_bgzf_close(&bgz, f->tmp_bgzf, __func__, 0) != 0) goto fail; - - bgz = try_bgzf_open(f->tmp_bgzf, "r", __func__); - if (!bgz) goto fail; - - if (try_bgzf_getc(bgz, 0, '#', f->tmp_bgzf, __func__) < 0 || - try_bgzf_getc(bgz, 1, '>', f->tmp_bgzf, __func__) < 0) - goto fail; - - if (try_bgzf_read(bgz, bg_buf, 5, f->tmp_bgzf, __func__) != 5) - goto fail; - if (memcmp(bg_buf, "Hello", 5) != 0) - goto fail; - - if (try_bgzf_useek(bgz, 9, SEEK_SET, f->tmp_bgzf, __func__) < 0) - goto fail; - - if (try_bgzf_read(bgz, bg_buf, 5, f->tmp_bgzf, __func__) != 5) - goto fail; - if (memcmp(bg_buf, "World", 5) != 0) - goto fail; - - if (try_bgzf_close(&bgz, f->tmp_bgzf, __func__, 0) != 0) goto fail; - return 0; - - fail: - fprintf(stderr, "%s: failed\n", __func__); - if (bgz) bgzf_close(bgz); - return -1; -} - -static int test_bgzf_getline(Files *f, const char *mode, int nthreads) { - BGZF* bgz = NULL; - ssize_t bg_put; - size_t pos; - kstring_t str = { 0, 0, NULL }; - const char *text = (const char *) f->text; - - bgz = try_bgzf_open(f->tmp_bgzf, mode, __func__); - if (!bgz) goto fail; - - if (nthreads > 0 && try_bgzf_mt(bgz, nthreads, __func__) != 0) goto fail; - - bg_put = try_bgzf_write(bgz, f->text, f->ltext, f->tmp_bgzf, __func__); - if (bg_put < 0) goto fail; - - if (try_bgzf_close(&bgz, f->tmp_bgzf, __func__, 0) != 0) goto fail; - - bgz = try_bgzf_open(f->tmp_bgzf, "r", __func__); - if (!bgz) goto fail; - - if (nthreads > 0 && try_bgzf_mt(bgz, nthreads, __func__) != 0) goto fail; - - for (pos = 0; pos < f->ltext; ) { - const char *end = strchr(text + pos, '\n'); - size_t l = end ? end - (text + pos) : f->ltext - pos; - int res; - - if ((res = bgzf_getline(bgz, '\n', &str)) < 0) { - fprintf(stderr, "%s : %s from bgzf_getline on %s : %s\n", - __func__, res < -1 ? "Error" : "Unexpected EOF", - f->tmp_bgzf, res < -1 ? strerror(errno) : "EOF"); - goto fail; - } - - if (str.l != l || memcmp(text + pos, str.s, l) != 0) { - fprintf(stderr, - "%s : Unexpected data from bgzf_getline on %s\n" - "Expected : %.*s\n" - "Got : %.*s\n", - __func__, f->tmp_bgzf, (int) l, (char *) f->text + pos, - (int) str.l, str.s); - goto fail; - } - - pos += l + 1; - } - - if (try_bgzf_close(&bgz, f->tmp_bgzf, __func__, 0) != 0) goto fail; - free(ks_release(&str)); - return 0; - - fail: - if (bgz) bgzf_close(bgz); - free(ks_release(&str)); - return -1; -} - -static int test_bgzf_getline_on_truncated_file(Files *f, const char *mode, int nthreads) { - BGZF* bgz = NULL; - ssize_t bg_put; - size_t pos; - kstring_t str = { 0, 0, NULL }; - const char *text = (const char *) f->text; - - // Turn off bgzf errors as they're expected. - enum htsLogLevel lvl = hts_get_log_level(); - hts_set_log_level(HTS_LOG_OFF); - - bgz = try_bgzf_open(f->tmp_bgzf, mode, __func__); - if (!bgz) goto fail; - - if (nthreads > 0 && try_bgzf_mt(bgz, nthreads, __func__) != 0) goto fail; - - const char *text_line2 = strchr(text, '\n') + 1; - bg_put = try_bgzf_write(bgz, text, text_line2 - text, f->tmp_bgzf, __func__); - if (bg_put < 0) goto fail; - if (bgzf_flush(bgz) < 0) goto fail; - int64_t block2_start = bgz->block_address; - - const char *text_line3 = strchr(text_line2, '\n') + 1; - bg_put = try_bgzf_write(bgz, text_line2, text_line3 - text_line2, f->tmp_bgzf, __func__); - if (bg_put < 0) goto fail; - if (bgzf_flush(bgz) < 0) goto fail; - int64_t block3_start = bgz->block_address; - - if (try_bgzf_close(&bgz, f->tmp_bgzf, __func__, 0) != 0) goto fail; - - int64_t newsize; - for(newsize = block3_start - 1; newsize > block2_start; newsize--) { - //fprintf(stderr, "test_bgzf_getline_on_truncated_file : size truncated to %" PRId64 " with threads %d\n", newsize, nthreads); - - if (truncate(f->tmp_bgzf, newsize) != 0) goto fail; - - bgz = try_bgzf_open(f->tmp_bgzf, "r", __func__); - if (!bgz) goto fail; - - if (nthreads > 0 && try_bgzf_mt(bgz, nthreads, __func__) != 0) goto fail; - - for (pos = 0; pos < f->ltext; ) { - const char *end = strchr(text + pos, '\n'); - size_t l = end ? end - (text + pos) : f->ltext - pos; - - int res = bgzf_getline(bgz, '\n', &str); - if (res < -1) { - // ok, we expect error from truncated file - break; - } else if (res == -1) { - // truncated file should never return EOF since we do not truncate at block boundary - fprintf(stderr, "%s : %s from bgzf_getline on %s\n", - __func__, "Unexpected EOF", - f->tmp_bgzf); - goto fail; - } - - if (str.l != l || memcmp(text + pos, str.s, l) != 0) { - fprintf(stderr, - "%s : Unexpected data from bgzf_getline on %s\n" - "Expected : %.*s\n" - "Got : %.*s\n", - __func__, f->tmp_bgzf, (int) l, (char *) f->text + pos, - (int) str.l, str.s); - goto fail; - } - pos += l + 1; - } - - // verify error is persistent - int k; - for(k = 0; k < 3; k++) { - int res = bgzf_getline(bgz, '\n', &str); - if (res > -2) { - fprintf(stderr, "%s : unexpected bgzf_getline result %d\n", __func__, res); - goto fail; - } - } - // closing a stream with error returns error - if (try_bgzf_close(&bgz, f->tmp_bgzf, __func__, 1) == 0) goto fail; - } - free(ks_release(&str)); - hts_set_log_level(lvl); - return 0; - - fail: - hts_set_log_level(lvl); - if (bgz) bgzf_close(bgz); - free(ks_release(&str)); - return -1; -} - -int main(int argc, char **argv) { - Files f = { NULL, NULL, NULL, NULL, NULL, NULL, NULL, NULL, NULL, 0 }; - int retval = EXIT_FAILURE; - - if (argc != 2) { - fprintf(stderr, "Usage: %s \n", argv[0]); - return EXIT_FAILURE; - } - - if (setup(argv[1], &f) != 0) goto out; - - // Try reading an existing file - if (test_check_EOF(f.src_bgzf, 1) != 0) goto out; - if (test_read(&f) != 0) goto out; - - // Try writing some data and reading it back - if (test_write_read(&f, "wu", USE_BGZF_OPEN, 0, 0) != 0) goto out; - if (test_check_EOF(f.tmp_bgzf, 0) != 0) goto out; - if (test_write_read(&f, "w", USE_BGZF_OPEN, 0, 2) != 0) goto out; - if (test_check_EOF(f.tmp_bgzf, 1) != 0) goto out; - if (test_write_read(&f, "w0", USE_BGZF_OPEN, 0, 2) != 0) goto out; - if (test_check_EOF(f.tmp_bgzf, 1) != 0) goto out; - if (test_write_read(&f, "w1", USE_BGZF_DOPEN, 0, 2) != 0) goto out; - if (test_check_EOF(f.tmp_bgzf, 1) != 0) goto out; - if (test_write_read(&f, "w9", USE_BGZF_HOPEN, 0, 2) != 0) goto out; - if (test_check_EOF(f.tmp_bgzf, 1) != 0) goto out; - if (test_write_read(&f, "wg", USE_BGZF_OPEN, 0, 1) != 0) goto out; - if (test_check_EOF(f.tmp_bgzf, 0) != 0) goto out; - - // Try writing and reading with threads - if (test_write_read(&f, "w", USE_BGZF_OPEN, 1, 2) != 0) goto out; - if (test_check_EOF(f.tmp_bgzf, 1) != 0) goto out; - if (test_write_read(&f, "w", USE_BGZF_OPEN, 2, 2) != 0) goto out; - if (test_check_EOF(f.tmp_bgzf, 1) != 0) goto out; - - // Embedded EOF block - if (test_embed_eof(&f, "w", 0) != 0) goto out; - if (test_embed_eof(&f, "w", 1) != 0) goto out; - if (test_embed_eof(&f, "w", 2) != 0) goto out; - - // Index load and dump - if (test_index_load_dump(&f) != 0) goto out; - - // Index building on the fly and bgzf_useek - if (test_index_useek_getc(&f, "w", 1000000, 0) != 0) goto out; - - // Index building on the fly and bgzf_useek, with threads - if (test_index_useek_getc(&f, "w", 1000000, 1) != 0) goto out; - if (test_index_useek_getc(&f, "w", 1000000, 2) != 0) goto out; - - // bgzf_useek on an uncompressed file - if (test_index_useek_getc(&f, "wu", 0, 0) != 0) goto out; - - // bgzf_tell and bgzf_seek - if (test_tell_seek_getc(&f, "w", 0, 0) != 0) goto out; - if (test_tell_seek_getc(&f, "wu", 0, 0) != 0) goto out; - if (test_tell_seek_getc(&f, "w", 1000000, 0) != 0) goto out; - if (test_tell_seek_getc(&f, "wu", 1000000, 0) != 0) goto out; - if (test_tell_seek_getc(&f, "w", 0, 1) != 0) goto out; - if (test_tell_seek_getc(&f, "w", 0, 2) != 0) goto out; - if (test_tell_seek_getc(&f, "wu", 0, 1) != 0) goto out; - if (test_tell_seek_getc(&f, "wu", 0, 2) != 0) goto out; - if (test_tell_seek_getc(&f, "w", 1000000, 1) != 0) goto out; - if (test_tell_seek_getc(&f, "w", 1000000, 2) != 0) goto out; - if (test_tell_seek_getc(&f, "wu", 1000000, 1) != 0) goto out; - if (test_tell_seek_getc(&f, "wu", 1000000, 2) != 0) goto out; - - // bgzf_tell and bgzf_read - if (test_tell_read(&f, "w") != 0) goto out; - if (test_tell_read(&f, "wu") != 0) goto out; - - // bgzf_useek and bgzf_read_small - if (test_useek_read_small(&f, "w") != 0) goto out; - if (test_useek_read_small(&f, "wu") != 0) goto out; - - // getline - if (test_bgzf_getline(&f, "w", 0) != 0) goto out; - if (test_bgzf_getline(&f, "w", 1) != 0) goto out; - if (test_bgzf_getline(&f, "w", 2) != 0) goto out; - - if (test_bgzf_getline_on_truncated_file(&f, "w", 0) != 0) goto out; - if (test_bgzf_getline_on_truncated_file(&f, "w", 1) != 0) goto out; - if (test_bgzf_getline_on_truncated_file(&f, "w", 2) != 0) goto out; - - retval = EXIT_SUCCESS; - - out: - cleanup(&f, retval); - return retval; -} diff --git a/src/htslib-1.21/test/test_expr.c b/src/htslib-1.21/test/test_expr.c deleted file mode 100644 index ecd1232..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/test_expr.c +++ /dev/null @@ -1,366 +0,0 @@ -/* test-expr.c -- Testing: filter expression parsing and processing. - - Copyright (C) 2020, 2022 Genome Research Ltd. - - Author: James Bonfield - -Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy -of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal -in the Software without restriction, including without limitation the rights -to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell -copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is -furnished to do so, subject to the following conditions: - -The above copyright notices and this permission notice shall be included in -all copies or substantial portions of the Software. - -THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR -IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY, -FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL -THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER -LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING -FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER -DEALINGS IN THE SOFTWARE. */ - -#include - -#include -#include -#include "../htslib/hts_expr.h" - -int lookup(void *data, char *str, char **end, hts_expr_val_t *res) { - int foo = 15551; // my favourite palindromic prime - int a = 1; - int b = 2; - int c = 3; - res->is_str = 0; - if (strncmp(str, "foo", 3) == 0) { - *end = str+3; - res->d = foo; - } else if (*str == 'a') { - *end = str+1; - res->d = a; - } else if (*str == 'b') { - *end = str+1; - res->d = b; - } else if (*str == 'c') { - *end = str+1; - res->d = c; - } else if (strncmp(str, "magic", 5) == 0) { - // non-empty string - *end = str+5; - res->is_str = 1; - kputs("plugh", ks_clear(&res->s)); - } else if (strncmp(str, "empty-but-true", 14) == 0) { - // empty string - *end = str+14; - res->is_true = 1; - res->is_str = 1; - kputs("", ks_clear(&res->s)); - } else if (strncmp(str, "empty", 5) == 0) { - // empty string - *end = str+5; - res->is_str = 1; - kputs("", ks_clear(&res->s)); - } else if (strncmp(str, "zero-but-true", 13) == 0) { - *end = str+13; - res->d = 0; - res->is_true = 1; - } else if (strncmp(str, "null-but-true", 13) == 0) { - *end = str+13; - hts_expr_val_undef(res); - res->is_true = 1; - } else if (strncmp(str, "null", 4) == 0) { - // null string (eg aux:Z tag is absent) - *end = str+4; - hts_expr_val_undef(res); - } else if (strncmp(str, "nan", 3) == 0) { - // sqrt(-1), 0/0 and similar - // Semantically the same operations as null. - *end = str+3; - hts_expr_val_undef(res); - - } else { - return -1; - } - - return 0; -} - -typedef struct { - int truth_val; - double dval; - char *sval; - char *str; -} test_ev; - -static inline int strcmpnull(const char *a, const char *b) { - if (!a && !b) return 0; - if (!a && b) return -1; - if (a && !b) return 1; - return strcmp(a, b); -} - -// Compare NAN as equal, for testing we returned the correct values -static inline int cmpfloat(double d1, double d2) { - // If needs be, can use DBL_EPSILON in comparisons here. - return d1 == d2 || (isnan(d1) && isnan(d2)); -} - -int test(void) { - // These are all valid expressions that should work - test_ev tests[] = { - { 1, 1, NULL, "1"}, - { 1, 1, NULL, "+1"}, - { 1, -1, NULL, "-1"}, - { 0, 0, NULL, "!7"}, - { 1, 1, NULL, "!0"}, - { 1, 1, NULL, "!(!7)"}, - { 1, 1, NULL, "!!7"}, - - { 1, 5, NULL, "2+3"}, - { 1, -1, NULL, "2+-3"}, - { 1, 6, NULL, "1+2+3"}, - { 1, 1, NULL, "-2+3"}, - { 0, NAN, NULL, "1+null" }, - { 0, NAN, NULL, "null-1" }, - { 0, NAN, NULL, "-null" }, - - { 1, 6, NULL, "2*3"}, - { 1, 6, NULL, "1*2*3"}, - { 0, 0, NULL, "2*0"}, - - { 1, 7, NULL, "(7)"}, - { 1, 7, NULL, "((7))"}, - { 1, 21, NULL, "(1+2)*(3+4)"}, - { 1, 14, NULL, "(4*5)-(-2*-3)"}, - - { 0, NAN, NULL, "2*null"}, - { 0, NAN, NULL, "null/2"}, - { 0, NAN, NULL, "0/0"}, - - { 1, 1, NULL, "(1+2)*3==9"}, - { 1, 1, NULL, "(1+2)*3!=8"}, - { 0, 0, NULL, "(1+2)*3!=9"}, - { 0, 0, NULL, "(1+2)*3==8"}, - - { 0, 0, NULL, "1>2"}, - { 1, 1, NULL, "1<2"}, - { 0, 0, NULL, "3<3"}, - { 0, 0, NULL, "3>3"}, - { 1, 1, NULL, "9<=9"}, - { 1, 1, NULL, "9>=9"}, - { 1, 1, NULL, "2*4==8"}, - { 1, 1, NULL, "16==0x10"}, - { 1, 1, NULL, "15<0x10"}, - { 1, 1, NULL, "17>0x10"}, - { 0, 0, NULL, "2*4!=8"}, - { 1, 1, NULL, "4+2<3+4"}, - { 0, 0, NULL, "4*2<3+4"}, - { 1, 8, NULL, "4*(2<3)+4"}, // boolean; 4*(1)+4 - - { 1, 1, NULL, "(1<2) == (3>2)"}, - { 1, 1, NULL, "1<2 == 3>2"}, - - { 0, NAN, NULL, "null <= 0" }, - { 0, NAN, NULL, "null >= 0" }, - { 0, NAN, NULL, "null < 0" }, - { 0, NAN, NULL, "null > 0" }, - { 0, NAN, NULL, "null == null" }, - { 0, NAN, NULL, "null != null" }, - { 0, NAN, NULL, "null < 10" }, - { 0, NAN, NULL, "10 > null" }, - - { 1, 1, NULL, "2 && 1"}, - { 0, 0, NULL, "2 && 0"}, - { 0, 0, NULL, "0 && 2"}, - { 1, 1, NULL, "2 || 1"}, - { 1, 1, NULL, "2 || 0"}, - { 1, 1, NULL, "0 || 2"}, - { 1, 1, NULL, "1 || 2 && 3"}, - { 1, 1, NULL, "2 && 3 || 1"}, - { 1, 1, NULL, "0 && 3 || 2"}, - { 0, 0, NULL, "0 && 3 || 0"}, - { 0, 0, NULL, " 5 - 5 && 1"}, - { 0, 0, NULL, "+5 - 5 && 1"}, - { 0, 0, NULL, "null && 1"}, // null && x == null - { 0, 0, NULL, "1 && null"}, - { 1, 1, NULL, "!null && 1"}, - { 1, 1, NULL, "1 && !null"}, - { 1, 1, NULL, "1 && null-but-true"}, - { 0, 0, NULL, "null || 0"}, // null || 0 == null - { 0, 0, NULL, "0 || null"}, - { 1, 1, NULL, "!null || 0"}, - { 1, 1, NULL, "0 || !null"}, - { 1, 1, NULL, "0 || null-but-true"}, - { 1, 1, NULL, "null || 1"}, // null || 1 == 1 - { 1, 1, NULL, "1 || null"}, - - { 1, 1, NULL, "3 & 1"}, - { 1, 2, NULL, "3 & 2"}, - { 1, 3, NULL, "1 | 2"}, - { 1, 3, NULL, "1 | 3"}, - { 1, 7, NULL, "1 | 6"}, - { 1, 2, NULL, "1 ^ 3"}, - { 0, NAN, NULL, "1 | null"}, - { 0, NAN, NULL, "null | 1"}, - { 0, NAN, NULL, "1 & null"}, - { 0, NAN, NULL, "null & 1"}, - { 0, NAN, NULL, "0 ^ null"}, - { 0, NAN, NULL, "null ^ 0"}, - { 0, NAN, NULL, "1 ^ null"}, - { 0, NAN, NULL, "null ^ 1"}, - - { 1, 1, NULL, "(1^0)&(4^3)"}, - { 1, 2, NULL, "1 ^(0&4)^ 3"}, - { 1, 2, NULL, "1 ^ 0&4 ^ 3"}, // precedence, & before ^ - - { 1, 6, NULL, "(1|0)^(4|3)"}, - { 1, 7, NULL, "1 |(0^4)| 3"}, - { 1, 7, NULL, "1 | 0^4 | 3"}, // precedence, ^ before | - - { 1, 1, NULL, "4 & 2 || 1"}, - { 1, 1, NULL, "(4 & 2) || 1"}, - { 0, 0, NULL, "4 & (2 || 1)"}, - { 1, 1, NULL, "1 || 4 & 2"}, - { 1, 1, NULL, "1 || (4 & 2)"}, - { 0, 0, NULL, "(1 || 4) & 2"}, - - { 1, 1, NULL, " (2*3)&7 > 4"}, - { 0, 0, NULL, " (2*3)&(7 > 4)"}, // C precedence equiv - { 1, 1, NULL, "((2*3)&7) > 4"}, // Python precedence equiv - { 1, 1, NULL, "((2*3)&7) > 4 && 2*2 <= 4"}, - - { 1, 1, "plugh", "magic"}, - { 1, 1, "", "empty"}, - { 1, 1, NULL, "magic == \"plugh\""}, - { 1, 1, NULL, "magic != \"xyzzy\""}, - - { 1, 1, NULL, "\"abc\" < \"def\""}, - { 1, 1, NULL, "\"abc\" <= \"abc\""}, - { 0, 0, NULL, "\"abc\" < \"ab\""}, - { 0, 0, NULL, "\"abc\" <= \"ab\""}, - - { 0, 0, NULL, "\"abc\" > \"def\""}, - { 1, 1, NULL, "\"abc\" >= \"abc\""}, - { 1, 1, NULL, "\"abc\" > \"ab\""}, - { 1, 1, NULL, "\"abc\" >= \"ab\""}, - - { 0, NAN, NULL, "null == \"x\"" }, - { 0, NAN, NULL, "null != \"x\"" }, - { 0, NAN, NULL, "null < \"x\"" }, - { 0, NAN, NULL, "null > \"x\"" }, - - { 1, 1, NULL, "\"abbc\" =~ \"^a+b+c+$\""}, - { 0, 0, NULL, "\"aBBc\" =~ \"^a+b+c+$\""}, - { 1, 1, NULL, "\"aBBc\" !~ \"^a+b+c+$\""}, - { 1, 1, NULL, "\"xyzzy plugh abracadabra\" =~ magic"}, - - { 1, 1, "", "empty-but-true" }, - { 0, 0, NULL, "!empty-but-true" }, - { 1, 1, NULL, "!!empty-but-true" }, - { 1, 1, NULL, "1 && empty-but-true && 1" }, - { 0, 0, NULL, "1 && empty-but-true && 0" }, - - { 0, NAN, NULL, "null" }, - { 1, 1, NULL, "!null" }, - { 0, 0, NULL, "!!null", }, - { 0, 0, NULL, "!\"foo\"" }, - { 1, 1, NULL, "!!\"foo\"" }, - - { 1, NAN, NULL, "null-but-true" }, - { 0, 0, NULL, "!null-but-true" }, - { 1, 1, NULL, "!!null-but-true" }, - { 1, 0, NULL, "zero-but-true" }, - { 0, 0, NULL, "!zero-but-true" }, - { 1, 1, NULL, "!!zero-but-true" }, - - { 1, log(2), NULL, "log(2)"}, - { 1, exp(9), NULL, "exp(9)"}, - { 1, 9, NULL, "log(exp(9))"}, - { 1, 8, NULL, "pow(2,3)"}, - { 1, 3, NULL, "sqrt(9)"}, - { 0, NAN, NULL, "sqrt(-9)"}, - - { 1, 2, NULL, "default(2,3)"}, - { 1, 3, NULL, "default(null,3)"}, - { 0, 0, NULL, "default(null,0)"}, - { 1, NAN, NULL, "default(null-but-true,0)"}, - { 1, NAN, NULL, "default(null-but-true,null)"}, - { 1, NAN, NULL, "default(null,null-but-true)"}, - - { 1, 1, NULL, "exists(\"foo\")"}, - { 1, 1, NULL, "exists(12)"}, - { 1, 1, NULL, "exists(\"\")"}, - { 1, 1, NULL, "exists(0)"}, - { 0, 0, NULL, "exists(null)"}, - { 1, 1, NULL, "exists(null-but-true)"}, - }; - - int i, res = 0; - hts_expr_val_t r = HTS_EXPR_VAL_INIT; - for (i = 0; i < sizeof(tests) / sizeof(*tests); i++) { - hts_filter_t *filt = hts_filter_init(tests[i].str); - if (!filt) - return 1; - if (hts_filter_eval2(filt, NULL, lookup, &r)) { - fprintf(stderr, "Failed to parse filter string %s\n", - tests[i].str); - res = 1; - hts_filter_free(filt); - continue; - } - - if (!hts_expr_val_exists(&r)) { - if (r.is_true != tests[i].truth_val || - !cmpfloat(r.d, tests[i].dval)) { - fprintf(stderr, - "Failed test: \"%s\" == \"%f\", got %s, \"%s\", %f\n", - tests[i].str, tests[i].dval, - r.is_true ? "true" : "false", r.s.s, r.d); - res = 1; - } - } else if (r.is_str && (strcmpnull(r.s.s, tests[i].sval) != 0 - || !cmpfloat(r.d, tests[i].dval) - || r.is_true != tests[i].truth_val)) { - fprintf(stderr, - "Failed test: \"%s\" == \"%s\", got %s, \"%s\", %f\n", - tests[i].str, tests[i].sval, - r.is_true ? "true" : "false", r.s.s, r.d); - res = 1; - } else if (!r.is_str && (!cmpfloat(r.d, tests[i].dval) - || r.is_true != tests[i].truth_val)) { - fprintf(stderr, "Failed test: %s == %f, got %s, %f\n", - tests[i].str, tests[i].dval, - r.is_true ? "true" : "false", r.d); - res = 1; - } - - hts_expr_val_free(&r); - hts_filter_free(filt); - } - - return res; -} - -int main(int argc, char **argv) { - if (argc > 1) { - hts_expr_val_t v = HTS_EXPR_VAL_INIT; - hts_filter_t *filt = hts_filter_init(argv[1]); - if (hts_filter_eval2(filt, NULL, lookup, &v)) - return 1; - - printf("%s\t", v.is_true ? "true":"false"); - - if (v.is_str) - puts(v.s.s); - else - printf("%g\n", v.d); - - hts_expr_val_free(&v); - hts_filter_free(filt); - return 0; - } - - return test(); -} diff --git a/src/htslib-1.21/test/test_faidx.c b/src/htslib-1.21/test/test_faidx.c deleted file mode 100644 index f73f973..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/test_faidx.c +++ /dev/null @@ -1,516 +0,0 @@ -/* test/test_fadix.c -- Test faidx interfaces - - Copyright (C) 2022 Genome Research Ltd. - - Author: Rob Davies - -Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy -of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal -in the Software without restriction, including without limitation the rights -to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell -copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is -furnished to do so, subject to the following conditions: - -The above copyright notice and this permission notice shall be included in -all copies or substantial portions of the Software. - -THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR -IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY, -FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL -THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER -LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING -FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER -DEALINGS IN THE SOFTWARE. */ - -#include - -#include -#include -#include - -#include "../htslib/faidx.h" - -int file_compare(const char *file1, const char *file2) { - FILE *f1 = NULL; - FILE *f2 = NULL; - unsigned int lno = 1; - size_t got1, got2, i; - char buf1[1024], buf2[1024]; - int ret = -1; - - f1 = fopen(file1, "rb"); - if (!f1) { - perror(file1); - goto out; - } - f2 = fopen(file2, "rb"); - if (!f2) { - perror(file2); - goto out; - } - - do { - got1 = fread(buf1, 1, sizeof(buf1), f1); - got2 = fread(buf2, 1, sizeof(buf2), f2); - - for (i = 0; i < got1 && i < got2 && buf1[i] == buf2[i]; i++) - lno += (buf1[i] == '\n'); - if (i < got1 || i < got2) { - fprintf(stderr, "%s and %s differ at line %u\n", - file1, file2, lno); - goto out; - } - } while (got1 > 0 && got2 > 0); - - if (ferror(f1)) { - perror(file1); - goto out; - } - if (ferror(f2)) { - perror(file2); - goto out; - } - - if (got1 > 0 || got2 > 0) { - fprintf(stderr, "EOF on %s at line %u\n", - got1 ? file2 : file1, lno); - goto out; - } - - ret = 0; - out: - if (f1) fclose(f1); - if (f2) fclose(f2); - return ret; -} - -faidx_t * load_index(const char *fn, const char *fnfai, const char *fngzi, - int flags, enum fai_format_options format) { - faidx_t *fai = fai_load3_format(fn, fnfai, fngzi, flags, format); - if (!fai) { - fprintf(stderr, "Failed: fai_load3(%s, %s, %s, %d, %d)\n", - fn, fnfai ? fnfai : "NULL", fngzi ? fngzi : "NULL", flags, - (int) format); - return NULL; - } - return fai; -} - -int do_retrieval(const char *fn, const char *fnfai, const char *fngzi, - int flags, enum fai_format_options format, const char *fnout, - const char *interface, int nreg, char **regions) { - int i, use_64bit = 1, use_parse_reg = 0, use_adjust_reg = 0; - faidx_t *fai = NULL; - FILE *out = stdout; - - if (interface) { - if (strcmp(interface, "fai_fetch") == 0) { - use_64bit = 0; - } else if (strcmp(interface, "faidx_fetch_seq") == 0) { - use_64bit = 0; - use_parse_reg = 1; - } else if (strcmp(interface, "faidx_fetch_seq64") == 0 - || strcmp(interface, "fai_parse_region") == 0) { - use_parse_reg = 1; - } else if (strcmp(interface, "fai_adjust_region") == 0) { - use_parse_reg = 1; - use_adjust_reg = 1; - } - } - - if (fnout) { - out = fopen(fnout, "wb"); - if (!out) { - perror(fnout); - return -1; - } - } - - fai = load_index(fn, fnfai, fngzi, flags, format); - if (!fai) - goto fail; - - for (i = 0; i < nreg; i++) { - hts_pos_t len = 0, pos, beg = 0, end = 0; - int tid = 0; - char *seq = NULL; - size_t l; - - if (use_parse_reg) { - const char *e = fai_parse_region(fai, regions[i], - &tid, &beg, &end, 0); - if (e == NULL) { - fprintf(stderr, "Failed: " - "fai_parse_region(fai, %s, &tid, &beg, &end, 0)\n", - regions[i]); - goto fail; - } - if (use_adjust_reg) { - hts_pos_t orig_beg = beg, orig_end = end; - int r = fai_adjust_region(fai, tid, &beg, &end); - if (r < 0 - || (((r & 1) != 0) ^ (beg != orig_beg)) - || (((r & 2) != 0) ^ (end != orig_end))) { - fprintf(stderr, "Failed: fai_adjust_region(fai, %d, " - "%"PRIhts_pos", %"PRIhts_pos") returned %d\n" - "After: beg = %"PRIhts_pos" end = %"PRIhts_pos"\n", - tid, orig_beg, orig_end, r, beg, end); - goto fail; - } - } - if (use_64bit) { - seq = faidx_fetch_seq64(fai, faidx_iseq(fai, tid), - beg, end - 1, &len); - } else { - int ilen = 0; - seq = faidx_fetch_seq(fai, faidx_iseq(fai, tid), - beg, end - 1, &ilen); - len = ilen; - } - if (!seq) { - fprintf(stderr, "Failed: faidx_fetch_seq%s(fai, %s, " - "%"PRIhts_pos", %"PRIhts_pos", &len)\n", - use_64bit ? "64" : "", faidx_iseq(fai, tid), beg, end); - goto fail; - } - } else { - if (use_64bit) { - seq = fai_fetch64(fai, regions[i], &len); - } else { - int ilen = 0; - seq = fai_fetch(fai, regions[i], &ilen); - len = ilen; - } - if (!seq) { - fprintf(stderr, "Failed: fai_fetch%s(fai, %s, &len)\n", - use_64bit ? "64" : "", regions[i]); - goto fail; - } - } - - l = strlen(seq); - fprintf(out, "%c%s length: %"PRIhts_pos"\n", - format == FAI_FASTQ ? '@' : '>', regions[i], len); - for (pos = 0; pos < l; pos += 50) { - fprintf(out, "%.*s\n", 50, seq + pos); - } - free(seq); - if (format == FAI_FASTQ) { - hts_pos_t qual_len = 0; - char *qual; - if (use_parse_reg) { - if (use_64bit) { - qual = faidx_fetch_qual64(fai, faidx_iseq(fai, tid), - beg, end - 1, &qual_len); - } else { - int ilen = 0; - qual = faidx_fetch_qual(fai, faidx_iseq(fai, tid), - beg, end - 1, &ilen); - qual_len = ilen; - } - } else { - if (use_64bit) { - qual = fai_fetchqual64(fai, regions[i], &qual_len); - } else { - int ilen = 0; - qual = fai_fetchqual(fai, regions[i], &ilen); - qual_len = ilen; - } - if (!qual) { - fprintf(stderr, "Failed: fai_fetchqual64(fai, %s, &len)\n", - regions[i]); - goto fail; - } - } - if (qual_len != len) { - fprintf(stderr, - "Sequence and quality lengths differ for %s %s\n", - fn, regions[i]); - free(qual); - goto fail; - } - fprintf(out, "+\n"); - l = strlen(qual); - for (pos = 0; pos < l; pos+=50) { - fprintf(out, "%.*s\n", 50, qual + pos); - } - free(qual); - } - } - - fai_destroy(fai); - - if (fnout) { - if (fclose(out) != 0) { - perror(fnout); - return -1; - } - } - return 0; - - fail: - if (fai) - fai_destroy(fai); - if (fnout) - fclose(out); - - return -1; -} - -int test_fai_line_length(const char *fn, const char *fnfai, const char *fngzi, - enum fai_format_options format, const char *expected, - const char *reg) { - hts_pos_t found_len; - faidx_t *fai = NULL; - - fai = load_index(fn, fnfai, fngzi, 0, format); - if (!fai) - return -1; - - found_len = fai_line_length(fai, reg); - fai_destroy(fai); - if (expected) { - long long exp_len = strtoll(expected, NULL, 10); - if (found_len != exp_len) { - fprintf(stderr, "Unexpected result %"PRIhts_pos" from " - "fai_line_length, expected %s\n", found_len, expected); - return -1; - } - } else { - printf("%"PRIhts_pos"\n", found_len); - } - return 0; -} - -int test_faidx_has_seq(const char *fn, const char *fnfai, const char *fngzi, - enum fai_format_options format, const char *expected, - const char *seq) { - int res; - faidx_t *fai = NULL; - - fai = load_index(fn, fnfai, fngzi, 0, format); - if (!fai) - return -1; - - res = faidx_has_seq(fai, seq); - fai_destroy(fai); - if (expected) { - long exp_res = strtol(expected, NULL, 10); - if (res != exp_res) { - fprintf(stderr, "Unexpected result %d from faidx_has_seq(%s) " - "expected %s\n", res, seq, expected); - return -1; - } - } else { - printf("%d\n", res); - } - return 0; -} - -int test_faidx_iseq(const char *fn, const char *fnfai, const char *fngzi, - enum fai_format_options format, const char *expected, - const char *index) { - const char *found_name = NULL; - int idx = atoi(index); - faidx_t *fai = NULL; - - fai = load_index(fn, fnfai, fngzi, 0, format); - if (!fai) - return -1; - - found_name = faidx_iseq(fai, idx); - - if (expected) { - if (!found_name || strcmp(found_name, expected) != 0) { - fprintf(stderr, "Unexpected result %s from faidx_iseq(fai, %d), " - "expected %s\n", found_name ? found_name : "(null)", - idx, expected); - fai_destroy(fai); - return -1; - } - } else { - printf("%s\n", found_name ? found_name : "(null)"); - } - - fai_destroy(fai); - return 0; -} - -int test_faidx_seq_len(const char *fn, const char *fnfai, const char *fngzi, - enum fai_format_options format, const char *expected, - const char *seq) { - int found_len; - faidx_t *fai = NULL; - - fai = load_index(fn, fnfai, fngzi, 0, format); - if (!fai) - return -1; - - found_len = faidx_seq_len(fai, seq); - fai_destroy(fai); - - if (expected) { - int exp_len = atoi(expected); - if (found_len != exp_len) { - fprintf(stderr, "Unexpected result %d from faidx_seq_len(fai, %s) " - "expected %s\n", found_len, seq, expected); - return -1; - } - } else { - printf("%d\n", found_len); - } - - return 0; -} - -int test_faidx_seq_len64(const char *fn, const char *fnfai, const char *fngzi, - enum fai_format_options format, const char *expected, - const char *seq) { - hts_pos_t found_len; - faidx_t *fai = NULL; - - fai = load_index(fn, fnfai, fngzi, 0, format); - if (!fai) - return -1; - - found_len = faidx_seq_len(fai, seq); - fai_destroy(fai); - - if (expected) { - long long exp_len = strtoll(expected, NULL, 10); - if (found_len != exp_len) { - fprintf(stderr, "Unexpected result %"PRIhts_pos - " from fai_seq_len64(fai, %s) expected %s\n", - found_len, seq, expected); - return -1; - } - } else { - printf("%"PRIhts_pos"\n", found_len); - } - - return 0; -} - -void usage(FILE *out, const char *arg0) { - fprintf(out, - "Usage: %s [-c] -i fasta/q [-f fai_file] [-g gzi_file] [-e expected_fai]\n" - " %s [-cQ] -i fasta/q [-f fai_file] [-g gzi_file] [region]\n" - " %s -t FUNC -i fasta/q [-f fai_file] [-g gzi_file] [-e expected] \n" - " %s -h\n", - arg0, arg0, arg0, arg0); -} - -void help(FILE *out, const char *arg0) { - usage(out, arg0); - fprintf(out, - "Options:\n" - " -i FILE Input file\n" - " -f FILE Fasta/q index file name\n" - " -g FILE Bgzip index file name\n" - " -o FILE Output file name\n" - " -e FILE|STR Expected output\n" - " -c Set FAI_CREATE flag\n" - " -Q Output fastq format\n" - " -t FUNC Test function\n" - " -h Print this help\n" - "\n" - "Expected output is compared to the FAI file in indexing mode;" - " the output file\n" - "in retrieval mode; " - "expected output for various -t function tests.\n" - "\n" - "Unit tests (-t option):\n" - " fai_line_length, faidx_has_seq, faidx_iseq, faidx_seq_len, faidx_seq_len64\n" - "In retrieval mode, -t can change the functions used to fetch data:\n" - " fai_fetch, fai_fetch64, faidx_fetch_seq, faidx_fetch_seq64,\n" - " fai_parse_region, fai_adjust_region\n" - "\n"); -} - -int main(int argc, char **argv) { - int opt; - const char *fn = NULL; - const char *fnout = NULL; - const char *fnfai = NULL; - const char *fngzi = NULL; - const char *expected = NULL; - const char *func = ""; - int flags = 0; - enum fai_format_options format = FAI_FASTA; - int res; - - while ((opt = getopt(argc, argv, "i:f:g:o:e:t:cQh")) > 0) { - switch (opt) { - case 'i': - fn = optarg; - break; - case 'f': - fnfai = optarg; - break; - case 'g': - fngzi = optarg; - break; - case 'o': - fnout = optarg; - break; - case 'e': - expected = optarg; - break; - case 'c': - flags |= FAI_CREATE; - break; - case 'Q': - format = FAI_FASTQ; - break; - case 't': - func = optarg; - break; - case 'h': - help(stdout, argv[0]); - return EXIT_SUCCESS; - default: - usage(stderr, argv[0]); - return EXIT_FAILURE; - } - } - - if (!fn) { - usage(stderr, argv[0]); - return EXIT_FAILURE; - } - - if (optind == argc) { - // Index building mode - res = fai_build3(fn, fnfai, fngzi); - if (res) { - fprintf(stderr, "Failed: fai_build3(%s, %s, %s)\n", - fn, fnfai ? fnfai : "NULL", fngzi ? fngzi : "NULL"); - } else if (expected) { - res = file_compare(fnfai, expected); - } - } else { - if (strcmp(func, "fai_line_length") == 0) { - res = test_fai_line_length(fn, fnfai, fngzi, format, expected, - argv[optind]); - } else if (strcmp(func, "faidx_has_seq") == 0) { - res = test_faidx_has_seq(fn, fnfai, fngzi, format, expected, - argv[optind]); - } else if (strcmp(func, "faidx_iseq") == 0) { - res = test_faidx_iseq(fn, fnfai, fngzi, format, expected, - argv[optind]); - } else if (strcmp(func, "faidx_seq_len") == 0) { - res = test_faidx_seq_len(fn, fnfai, fngzi, format, expected, - argv[optind]); - } else if (strcmp(func, "faidx_seq_len64") == 0) { - res = test_faidx_seq_len64(fn, fnfai, fngzi, format, expected, - argv[optind]); - } else { - res = do_retrieval(fn, fnfai, fngzi, flags, format, fnout, - func, argc - optind, &argv[optind]); - if (res == 0 && fnout && expected) { - res = file_compare(fnout, expected); - } - } - } - return res == 0 ? EXIT_SUCCESS : EXIT_FAILURE; -} diff --git a/src/htslib-1.21/test/test_index.c b/src/htslib-1.21/test/test_index.c deleted file mode 100644 index cc90f51..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/test_index.c +++ /dev/null @@ -1,83 +0,0 @@ -/* test/test_index.c -- simple tool to build an index, for the test harness. - - Copyright (C) 2018 Genome Research Ltd. - - Author: James Bonfield - -Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy -of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal -in the Software without restriction, including without limitation the rights -to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell -copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is -furnished to do so, subject to the following conditions: - -The above copyright notice and this permission notice shall be included in -all copies or substantial portions of the Software. - -THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR -IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY, -FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL -THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER -LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING -FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER -DEALINGS IN THE SOFTWARE. */ - -#include -#include -#include - -#include "../htslib/sam.h" -#include "../htslib/vcf.h" - -void HTS_NORETURN usage(FILE *fp) { - fprintf(fp, "Usage: test_index [opts] in.{sam.gz,bam,cram}|in.{vcf.gz,bcf}\n\n"); - fprintf(fp, " -b Use BAI index (BAM, SAM)\n"); - fprintf(fp, " -c Use CSI index (BAM, SAM, VCF, BCF)\n"); - fprintf(fp, " -t Use TBI index (VCF) \n"); - fprintf(fp, " -m bits Adjust min_shift; implies CSI\n"); - fprintf(fp, "\nThe default index format is CSI for sam/bam/vcf/bcf and CRAI for crams\n"); - exit(fp == stderr ? 1 : 0); -} - -int main(int argc, char **argv) { - int c, min_shift = 14; - - while ((c = getopt(argc, argv, "bctm:")) >= 0) { - switch (c) { - case 't': case 'b': min_shift = 0; break; - case 'c': min_shift = 14; break; - case 'm': min_shift = atoi(optarg); break; - case 'h': usage(stdout); - default: usage(stderr); - } - } - - if (optind >= argc) usage(stderr); - - htsFile *in = hts_open(argv[optind], "r"); - if (!in) { - fprintf(stderr, "Error opening \"%s\"\n", argv[optind]); - exit(1); - } - - int ret; - if (in->format.format == sam || - in->format.format == bam || - in->format.format == cram) { - ret = sam_index_build(argv[optind], min_shift); - } else { - ret = bcf_index_build(argv[optind], min_shift); - } - - if (ret < 0) { - fprintf(stderr, "Failed to build index for \"%s\"\n", argv[optind]); - exit(1); - } - - if (hts_close(in) < 0) { - fprintf(stderr, "Error closing \"%s\"\n", argv[optind]); - exit(1); - } - - return 0; -} diff --git a/src/htslib-1.21/test/test_introspection.c b/src/htslib-1.21/test/test_introspection.c deleted file mode 100644 index 843e45e..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/test_introspection.c +++ /dev/null @@ -1,87 +0,0 @@ -/* test/test_introspection.c -- demonstration of introspection function usage - - Copyright (C) 2020-2021 Genome Research Ltd. - - Author: James Bonfield - -Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy -of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal -in the Software without restriction, including without limitation the rights -to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell -copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is -furnished to do so, subject to the following conditions: - -The above copyright notice and this permission notice shall be included in -all copies or substantial portions of the Software. - -THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR -IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY, -FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL -THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER -LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING -FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER -DEALINGS IN THE SOFTWARE. */ - -#include -#include - -#include "../htslib/hts.h" -#include "../htslib/hfile.h" - -int main(void) { - printf("Version string: %s\n", hts_version()); - printf("Version number: %d\n", HTS_VERSION); - printf("\nhtscodecs version: %s\n", - hts_test_feature(HTS_FEATURE_HTSCODECS)); - - printf("\nCC: %s\n", hts_test_feature(HTS_FEATURE_CC)); - printf("CPPFLAGS: %s\n", hts_test_feature(HTS_FEATURE_CPPFLAGS)); - printf("CFLAGS: %s\n", hts_test_feature(HTS_FEATURE_CFLAGS)); - printf("LDFLAGS: %s\n", hts_test_feature(HTS_FEATURE_LDFLAGS)); - - unsigned int feat = hts_features(); - printf("\nFeature number: 0x%x\n", feat); - if (feat & HTS_FEATURE_CONFIGURE) - printf(" HTS_FEATURE_CONFIGURE\n"); - if (feat & HTS_FEATURE_PLUGINS) - printf(" HTS_FEATURE_PLUGINS\n"); - if (feat & HTS_FEATURE_LIBCURL) - printf(" HTS_FEATURE_LIBCURL\n"); - if (feat & HTS_FEATURE_S3) - printf(" HTS_FEATURE_S3\n"); - if (feat & HTS_FEATURE_GCS) - printf(" HTS_FEATURE_GCS\n"); - if (feat & HTS_FEATURE_LIBDEFLATE) - printf(" HTS_FEATURE_LIBDEFLATE\n"); - if (feat & HTS_FEATURE_LZMA) - printf(" HTS_FEATURE_LZMA\n"); - if (feat & HTS_FEATURE_BZIP2) - printf(" HTS_FEATURE_BZIP2\n"); - if (feat & HTS_FEATURE_HTSCODECS) - printf(" HTS_FEATURE_HTSCODECS\n"); - - printf("\nFeature string: %s\n", hts_feature_string()); - - - // Plugins and schemes - printf("\nPlugins present:\n"); - const char *plugins[100]; - int np = 100, i, j; - - if (hfile_list_plugins(plugins, &np) < 0) - return 1; - - for (i = 0; i < np; i++) { - const char *sc_list[100]; - int nschemes = 100; - if (hfile_list_schemes(plugins[i], sc_list, &nschemes) < 0) - return 1; - - printf(" %s:\n", plugins[i]); - for (j = 0; j < nschemes; j++) - printf("\t%s\n", sc_list[j]); - puts(""); - } - - return 0; -} diff --git a/src/htslib-1.21/test/test_kfunc.c b/src/htslib-1.21/test/test_kfunc.c deleted file mode 100644 index 30da877..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/test_kfunc.c +++ /dev/null @@ -1,88 +0,0 @@ -/* test_kfunc.c -- kt_fisher_exact() unit tests - - Copyright (C) 2020 University of Glasgow. - - Author: John Marshall - -Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy -of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal -in the Software without restriction, including without limitation the rights -to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell -copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is -furnished to do so, subject to the following conditions: - -The above copyright notice and this permission notice shall be included in -all copies or substantial portions of the Software. - -THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR -IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY, -FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL -THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER -LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING -FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER -DEALINGS IN THE SOFTWARE. */ - -#include - -#include -#include -#include - -#include "../htslib/kfunc.h" - -int differ(double obs, double expected) -{ - return fabs(obs - expected) > 1e-8; -} - -int nfailed = 0; - -void fail(const char *test, double obs, double expected, - int n11, int n12, int n21, int n22) -{ - fprintf(stderr, "[%d %d | %d %d] %s: %g (expected %g)\n", - n11, n12, n21, n22, test, obs, expected); - nfailed++; -} - -void test_fisher(int n11, int n12, int n21, int n22, - double eleft, double eright, double etwo, double eprob) -{ - double prob, left, right, two; - prob = kt_fisher_exact(n11, n12, n21, n22, &left, &right, &two); - if (differ(left, eleft)) fail("LEFT", left, eleft, n11, n12, n21, n22); - if (differ(right, eright)) fail("RIGHT", right, eright, n11, n12, n21, n22); - if (differ(two, etwo)) fail("TWO-TAIL", two, etwo, n11, n12, n21, n22); - if (differ(prob, eprob)) fail("RESULT", prob, eprob, n11, n12, n21, n22); -} - -int main(int argc, char **argv) -{ - test_fisher(2, 1, 0, 31, 1.0, 0.005347593583, 0.005347593583, 0.005347593583); - test_fisher(2, 1, 0, 1, 1.0, 0.5, 1.0, 0.5); - test_fisher(3, 1, 0, 0, 1.0, 1.0, 1.0, 1.0); - test_fisher(3, 15, 37, 45, 0.021479750169, 0.995659202564, 0.033161943699, 0.017138952733); - test_fisher(12, 5, 29, 2, 0.044554737835, 0.994525206022, 0.080268552074, 0.039079943857); - - test_fisher(781, 23171, 4963, 2455001, 1.0, 0.0, 0.0, 0.0); - test_fisher(333, 381, 801722, 7664285, 1.0, 0.0, 0.0, 0.0); - test_fisher(4155, 4903, 805463, 8507517, 1.0, 0.0, 0.0, 0.0); - test_fisher(4455, 4903, 805463, 8507517, 1.0, 0.0, 0.0, 0.0); - test_fisher(5455, 4903, 805463, 8507517, 1.0, 0.0, 0.0, 0.0); - - test_fisher(1, 1, 100000, 1000000, 0.991735477166, 0.173555146661, 0.173555146661, 0.165290623827); - test_fisher(1000, 1000, 100000, 1000000, 1.0, 0.0, 0.0, 0.0); - test_fisher(1000, 1000, 1000000, 100000, 0.0, 1.0, 0.0, 0.0); - - test_fisher(49999, 10001, 90001, 49999, 1.0, 0.0, 0.0, 0.0); - test_fisher(50000, 10000, 90000, 50000, 1.0, 0.0, 0.0, 0.0); - test_fisher(50001, 9999, 89999, 50001, 1.0, 0.0, 0.0, 0.0); - test_fisher(10000, 50000, 130000, 10000, 0.0, 1.0, 0.0, 0.0); - - if (nfailed > 0) { - const char *plural = (nfailed == 1)? "" : "s"; - fprintf(stderr, "Failed %d test case%s\n", nfailed, plural); - return EXIT_FAILURE; - } - return EXIT_SUCCESS; -} diff --git a/src/htslib-1.21/test/test_khash.c b/src/htslib-1.21/test/test_khash.c deleted file mode 100644 index a2e80b5..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/test_khash.c +++ /dev/null @@ -1,502 +0,0 @@ -/* test_khash.c -- khash unit tests - - Copyright (C) 2024 Genome Research Ltd. - Copyright (C) 2024 Centre for Population Genomics. - - Author: Rob Davies - -Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy -of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal -in the Software without restriction, including without limitation the rights -to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell -copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is -furnished to do so, subject to the following conditions: - -The above copyright notice and this permission notice shall be included in -all copies or substantial portions of the Software. - -THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR -IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY, -FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL -THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER -LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING -FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER -DEALINGS IN THE SOFTWARE. */ - -#include - -#include -#include -#include -#include -#include -#include -#ifdef HAVE_CLOCK_GETTIME_CPUTIME -#include -#else -#include -#endif -#include -#include -#include - -#include -#include - -#define MAX_ENTRIES 99999999 - -KHASH_MAP_INIT_STR(str2int, int) - -static void write_stats_str2int(khash_t(str2int) *h) { - khint_t empty = 0, deleted = 0, hist_size = 0, *hist = NULL; - - if (kh_stats(str2int, h, &empty, &deleted, &hist_size, &hist) == 0) { - khint_t i; - printf("n_buckets = %u\n", - kh_n_buckets(h)); - printf("empty = %u\n", empty); - printf("deleted = %u\n", deleted); - for (i = 0; i < hist_size; i++) { - printf("dist[ %8u ] = %u\n", i, hist[i]); - } - free(hist); - } -} - -char * make_keys(size_t num, size_t kl) { - size_t i; - char *keys; - - if (num > MAX_ENTRIES) return NULL; - keys = malloc(kl * num); - if (!keys) { - perror(NULL); - return NULL; - } - for (i = 0; i < num; i++) { - if (snprintf(keys + kl * i, kl, "test%zu", i) >= kl) { - free(keys); - return NULL; - } - } - - return keys; -} - -static int add_str2int_entry(khash_t(str2int) *h, char *key, khint_t val) { - int ret = 0; - khint_t k = kh_put(str2int, h, key, &ret); - - if (ret != 1 && ret != 2) { - fprintf(stderr, "Unexpected return from kh_put(%s) : %d\n", key, ret); - return -1; - } - kh_val(h, k) = val; - return 0; -} - -static int check_str2int_entry(khash_t(str2int) *h, char *key, khint_t val, - uint8_t is_deleted) { - khint_t k = kh_get(str2int, h, key); - if (is_deleted) { - if (k < kh_end(h)) { - fprintf(stderr, "Found deleted entry %s in hash table\n", key); - return -1; - } else { - return 0; - } - } - - if (k >= kh_end(h)) { - fprintf(stderr, "Couldn't find %s in hash table\n", key); - return -1; - } - if (strcmp(kh_key(h, k), key) != 0) { - fprintf(stderr, "Wrong key in hash table, expected %s got %s\n", - key, kh_key(h, k)); - return -1; - } - if (kh_val(h, k) != val) { - fprintf(stderr, "Wrong value in hash table, expected %u got %u\n", - val, kh_val(h, k)); - return -1; - } - return 0; -} - -static int del_str2int_entry(khash_t(str2int) *h, char *key) { - khint_t k = kh_get(str2int, h, key); - if (k >= kh_end(h)) { - fprintf(stderr, "Couldn't find %s to delete from hash table\n", key); - return -1; - } - kh_del(str2int, h, k); - return 0; -} - -static int test_str2int(size_t max, size_t to_del, int show_stats) { - const size_t kl = 16; - size_t mask = max; - char *keys = make_keys(max, kl); - uint8_t *flags = NULL; - khash_t(str2int) *h; - khint_t i; - uint32_t r = 0x533d; - - if (!keys) return -1; - - h = kh_init(str2int); - if (!h) goto memfail; - - // Add some entries - for (i = 0; i < max; i++) { - if (add_str2int_entry(h, keys + i * kl, i) != 0) - goto fail; - } - - // Check they exist - for (i = 0; i < max; i++) { - if (check_str2int_entry(h, keys + i * kl, i, 0) != 0) - goto fail; - } - - if (show_stats) { - printf("Initial fill:\n"); - write_stats_str2int(h); - } - - // Delete a random selection - flags = calloc(max, sizeof(*flags)); - if (!flags) { - perror(""); - goto fail; - } - - kroundup_size_t(mask); - --mask; - - // Note that this method may become slow for a high %age removed - // as it searches for the last available entries. Despite this, it - // seems to be acceptable for the number of entries allowed. - for (i = 0; i < to_del; i++) { - khint_t victim; - // LFSR, see http://users.ece.cmu.edu/~koopman/lfsr/index.html - do { - r = (r >> 1) ^ ((r & 1) * 0x80000057U); - victim = (r & mask) - 1; - } while (victim >= max || flags[victim]); - if (del_str2int_entry(h, keys + victim * kl) != 0) - goto fail; - flags[victim] = 1; - } - - // Check correct entries are present - for (i = 0; i < max; i++) { - if (check_str2int_entry(h, keys + i * kl, i, flags[i]) != 0) - goto fail; - } - - if (show_stats) { - printf("\nAfter deletion:\n"); - write_stats_str2int(h); - } - - // Re-insert deleted entries - for (i = 0; i < max; i++) { - if (flags[i] && add_str2int_entry(h, keys + i * kl, i) != 0) - goto fail; - } - - // Ensure they're all back - for (i = 0; i < max; i++) { - if (check_str2int_entry(h, keys + i * kl, i, 0) != 0) - goto fail; - } - - if (show_stats) { - printf("\nAfter re-insert:\n"); - write_stats_str2int(h); - } - - kh_destroy(str2int, h); - free(keys); - free(flags); - - return 0; - - memfail: - perror(NULL); - fail: - kh_destroy(str2int, h); - free(keys); - free(flags); - return -1; -} - -static size_t read_keys(const char *keys_file, char **keys_out, - char ***key_locations_out) { - FILE *in = fopen(keys_file, "r"); - char *keys = NULL, *key, *end; - size_t keys_size = 1000000; - size_t keys_used = 0; - size_t avail, got, nkeys = 0; - char **key_locations = NULL; - struct stat fileinfo = { 0 }; - - if (!in) - return 0; - - // Slurp entire file - if (fstat(fileno(in), &fileinfo) < 0) { - if (fileinfo.st_size > keys_size) - keys_size = (size_t) fileinfo.st_size; - } - - keys = malloc(keys_size + 1); - if (!keys) - goto fail; - - do { - avail = keys_size - keys_used; - if (avail == 0) { - size_t new_size = keys_size + 1000000; - char *new_keys = realloc(keys, new_size + 1); - if (!new_keys) - goto fail; - keys = new_keys; - keys_size = new_size; - avail = keys_size - keys_used; - } - got = fread(keys + keys_used, 1, avail, in); - keys_used += got; - } while (got == avail); - keys[keys_used] = '\0'; - - if (ferror(in)) - goto fail; - if (fclose(in) < 0) - goto fail; - in = NULL; - - // Split by line - end = keys + keys_used; - for (key = keys; key != NULL; key = memchr(key, '\n', end - key)) { - while (*key == '\n') key++; - if (key < end) nkeys++; - } - - key_locations = malloc(nkeys * sizeof(*key_locations)); - if (!key_locations) - goto fail; - - nkeys = 0; - for (key = keys; key != NULL; key = memchr(key, '\n', end - key)) { - while (*key == '\n') *key++ = '\0'; - if (key < end) { - key_locations[nkeys++] = key; - } - } - *keys_out = keys; - *key_locations_out = key_locations; - return nkeys; - - fail: - if (in) - fclose(in); - free(keys); - *keys_out = NULL; - *key_locations_out = NULL; - return 0; -} - -static long long get_time(void) { -#ifdef HAVE_CLOCK_GETTIME_CPUTIME - struct timespec ts; - if (clock_gettime(CLOCK_PROCESS_CPUTIME_ID, &ts) < 0) { - perror("clock_gettime"); - return -1; - } - return ts.tv_sec * 1000000000LL + ts.tv_nsec; -#else - struct timeval tv; - if (gettimeofday(&tv, NULL) < 0) { - perror("gettimeofday"); - return -1; - } - return tv.tv_sec * 1000000LL + tv.tv_usec; -#endif -} - -static char * fmt_time(long long elapsed) { - static char buf[64]; -#ifdef HAVE_CLOCK_GETTIME_CPUTIME - long long sec = elapsed / 1000000000; - long long nsec = elapsed % 1000000000; - snprintf(buf, sizeof(buf), "%lld.%09lld processor seconds", sec, nsec); -#else - long long sec = elapsed / 1000000; - long long usec = elapsed % 1000000; - snprintf(buf, sizeof(buf), "%lld.%06lld wall-time seconds", sec, usec); -#endif - return buf; -} - -static int benchmark(const char *keys_file) { - const size_t kl = 16; - size_t max = 50000000; - size_t i; - char *keys = NULL; - char **key_locations = NULL; - khash_t(str2int) *h; - long long start, end; - - if (keys_file) { - max = read_keys(keys_file, &keys, &key_locations); - } else { - keys = make_keys(max, kl); - } - - if (!keys) return -1; - - h = kh_init(str2int); - if (!h) goto fail; - - if ((start = get_time()) < 0) - goto fail; - - if (keys_file) { - for (i = 0; i < max; i++) { - int ret; - khint_t k = kh_put(str2int, h, key_locations[i], &ret); - if (ret < 0) { - fprintf(stderr, "Unexpected return from kh_put(%s) : %d\n", - key_locations[i], ret); - goto fail; - } - kh_val(h, k) = i; - } - } else { - for (i = 0; i < max; i++) { - int ret; - khint_t k = kh_put(str2int, h, keys + i * kl, &ret); - if (ret <= 0) { - fprintf(stderr, "Unexpected return from kh_put(%s) : %d\n", - keys + i * kl, ret); - goto fail; - } - kh_val(h, k) = i; - } - } - - if ((end = get_time()) < 0) - goto fail; - - printf("Insert %zu %s\n", max, fmt_time(end - start)); - - if ((start = get_time()) < 0) - goto fail; - - if (keys_file) { - for (i = 0; i < max; i++) { - khint_t k = kh_get(str2int, h, key_locations[i]); - if (k >= kh_end(h)) { - fprintf(stderr, "Couldn't find %s in hash table\n", - key_locations[i]); - goto fail; - } - } - } else { - for (i = 0; i < max; i++) { - khint_t k = kh_get(str2int, h, keys + i * kl); - if (k >= kh_end(h)) { - fprintf(stderr, "Couldn't find %s in hash table\n", - keys + i * kl); - goto fail; - } - } - } - - if ((end = get_time()) < 0) - goto fail; - - printf("Lookup %zu %s\n", max, fmt_time(end - start)); - - write_stats_str2int(h); - - kh_destroy(str2int, h); - free(keys); - free(key_locations); - - return 0; - fail: - kh_destroy(str2int, h); - free(keys); - return -1; -} - -static void show_usage(FILE *out, char *prog) { - fprintf(out, "Usage : %s [-t ] [-i ]\n", prog); - fprintf(out, " Options:\n"); - fprintf(out, " -t Test to run (str2int, benchmark)\n"); - fprintf(out, " -i Optional input file for benchmark\n"); - fprintf(out, " -n Number of items to add\n"); - fprintf(out, " -f Fraction to delete and re-insert\n"); - fprintf(out, " -d Dump hash table stats\n"); - fprintf(out, " -h Show this help\n"); -} - -int main(int argc, char **argv) { - int opt, res = EXIT_SUCCESS; - char *test = NULL; - char *input_file = NULL; - size_t max = 1000; - double del_frac = 0.25; - int show_stats = 0; - - while ((opt = getopt(argc, argv, "df:hi:n:t:")) != -1) { - switch (opt) { - case 'd': - show_stats = 1; - break; - case 'f': - del_frac = strtod(optarg, NULL); - if (del_frac < 0 || del_frac > 1.0) { - fprintf(stderr, "Error: -d must be between 0.0 and 1.0\n"); - return EXIT_FAILURE; - } - break; - case 'h': - show_usage(stdout, argv[0]); - return EXIT_SUCCESS; - case 'i': - input_file = optarg; - break; - case 'n': - max = strtoul(optarg, NULL, 0); - if (max == 0 || max > 99999999) { - fprintf(stderr, "Error: -n must be between 1 and %u\n", - MAX_ENTRIES); - return EXIT_FAILURE; - } - break; - case 't': - test = optarg; - break; - default: - show_usage(stderr, argv[0]); - return EXIT_FAILURE; - } - } - - if (!test || strcmp(test, "str2int") == 0) { - if (test_str2int(max, (size_t) (max * del_frac), show_stats) != 0) - res = EXIT_FAILURE; - } - - if (test && strcmp(test, "benchmark") == 0) { - if (benchmark(input_file) != 0) - res = EXIT_FAILURE; - } - - return res; -} diff --git a/src/htslib-1.21/test/test_kstring.c b/src/htslib-1.21/test/test_kstring.c deleted file mode 100644 index 8b6188b..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/test_kstring.c +++ /dev/null @@ -1,504 +0,0 @@ -/* test_kstring.c -- kstring unit tests - - Copyright (C) 2018, 2020, 2024 Genome Research Ltd. - - Author: Rob Davies - -Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy -of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal -in the Software without restriction, including without limitation the rights -to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell -copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is -furnished to do so, subject to the following conditions: - -The above copyright notice and this permission notice shall be included in -all copies or substantial portions of the Software. - -THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR -IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY, -FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL -THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER -LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING -FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER -DEALINGS IN THE SOFTWARE. */ - -#include - -#include -#include -#include -#include -#include -#include - -#include "../htslib/kstring.h" - -static inline void clamp(int64_t *val, int64_t min, int64_t max) { - if (*val < min) *val = min; - if (*val > max) *val = max; -} - -static int test_kroundup_size_t(int verbose) { - size_t val, exp; - int ret = 0; - - val = 0; - kroundup_size_t(val); - if (verbose) { - printf("kroundup_size_t(0) = 0x%zx\n", val); - } - if (val != 0) { - fprintf(stderr, "kroundup_size_t(0) produced 0x%zx, expected 0\n", val); - ret = -1; - } - - for (exp = 0; exp < sizeof(val) * 8; exp++) { - size_t expected = ((size_t) 1) << exp; - ssize_t delta; - for (delta = exp > 1 ? -1 : 0; delta <= (exp < 2 ? 0 : 1); delta++) { - size_t val_in = expected + delta; - val = val_in; - kroundup_size_t(val); - if (verbose) { - printf("kroundup_size_t(0x%zx) = 0x%zx\n", val_in, val); - } - if (delta <= 0) { - if (val != expected) { - fprintf(stderr, "kroundup_size_t(0x%zx) produced 0x%zx, " - "expected 0x%zx\n", - val_in, val, expected); - ret = -1; - } - } else { - expected *= 2; - if (!expected) --expected; - if (val != expected) { - fprintf(stderr, "kroundup_size_t(0x%zx) produced 0x%zx, " - "expected 0x%zx\n", - val_in, val, expected); - ret = -1; - } - } - } - } - return ret; -} - -static int test_kroundup_signed(int verbose) { - int32_t val, ret = 0; - size_t exp; - for (exp = 0; exp < sizeof(val) * 8 - 1; exp++) { - uint32_t expected = ((uint32_t) 1) << exp; - ssize_t delta; - for (delta = exp > 1 ? -1 : 0; delta <= (exp < 2 ? 0 : 1); delta++) { - int32_t val_in = expected + delta; - val = val_in; - kroundup32(val); - if (verbose) { - printf("kroundup32(%d) = %d\n", val_in, val); - } - if (delta <= 0) { - if ((uint32_t) val != expected) { - fprintf(stderr, "kroundup32(%d) produced %d, expected %u\n", - val_in, val, expected); - ret = -1; - } - } else { - if (exp < sizeof(val) * 8 - 2) { - expected *= 2; - } else { - expected = ((expected - 1) << 1 | 1); - } - if ((uint32_t) val != expected) { - fprintf(stderr, "kroundup32(%d) produced %d, expected %u\n", - val_in, val, expected); - ret = -1; - } - } - } - } - return ret; -} - -static int test_kputuw_from_to(kstring_t *str, unsigned int s, unsigned int e) { - unsigned int i = s; - - for (;;) { - str->l = 0; - memset(str->s, 0xff, str->m); - if (kputuw(i, str) < 0 || !str->s) { - perror("kputuw"); - return -1; - } - if (str->l >= str->m || str->s[str->l] != '\0') { - fprintf(stderr, "No NUL termination on string from kputuw\n"); - return -1; - } - if (i != strtoul(str->s, NULL, 10)) { - fprintf(stderr, - "kputuw wrote the wrong value, expected %u, got %s\n", - i, str->s); - return -1; - } - if (i >= e) break; - i++; - } - return 0; -} - -static int test_kputuw(int64_t start, int64_t end) { - kstring_t str = { 0, 0, NULL }; - int64_t val; - - str.s = malloc(2); - if (!str.s) { - perror("malloc"); - return -1; - } - str.m = 2; - - for (val = 0; val < UINT_MAX; val = val == 0 ? 1 : val * 10) { - unsigned int s = val == 0 ? 0 : val - 5; - unsigned int e = val + 5; - - if (test_kputuw_from_to(&str, s, e) < 0) { - free(ks_release(&str)); - return -1; - } - } - - if (test_kputuw_from_to(&str, UINT_MAX - 5, UINT_MAX) < 0) { - free(ks_release(&str)); - return -1; - } - - str.m = 1; // Force a resize - clamp(&start, 0, UINT_MAX); - clamp(&end, 0, UINT_MAX); - - if (test_kputuw_from_to(&str, start, end) < 0) { - free(ks_release(&str)); - return -1; - } - - free(ks_release(&str)); - - return 0; -} - -static int test_kputw_from_to(kstring_t *str, int s, int e) { - int i = s; - - for (;;) { - str->l = 0; - memset(str->s, 0xff, str->m); - if (kputw(i, str) < 0 || !str->s) { - perror("kputw"); - return -1; - } - if (str->l >= str->m || str->s[str->l] != '\0') { - fprintf(stderr, "No NUL termination on string from kputw\n"); - return -1; - } - if (i != strtol(str->s, NULL, 10)) { - fprintf(stderr, - "kputw wrote the wrong value, expected %d, got %s\n", - i, str->s); - return -1; - } - if (i >= e) break; - i++; - } - return 0; -} - -static int test_kputw(int64_t start, int64_t end) { - kstring_t str = { 0, 0, NULL }; - int64_t val; - - str.s = malloc(2); - if (!str.s) { - perror("malloc"); - return -1; - } - str.m = 2; - - for (val = 1; val < INT_MAX; val *= 10) { - if (test_kputw_from_to(&str, val > 5 ? val - 5 : 0, val + 5) < 0) { - free(ks_release(&str)); - return -1; - } - } - - for (val = -1; val > INT_MIN; val *= 10) { - if (test_kputw_from_to(&str, val - 5, val < -5 ? val + 5 : 0) < 0) { - free(ks_release(&str)); - return -1; - } - } - - if (test_kputw_from_to(&str, INT_MAX - 5, INT_MAX) < 0) { - free(ks_release(&str)); - return -1; - } - - if (test_kputw_from_to(&str, INT_MIN, INT_MIN + 5) < 0) { - free(ks_release(&str)); - return -1; - } - - str.m = 1; // Force a resize - clamp(&start, INT_MIN, INT_MAX); - clamp(&end, INT_MIN, INT_MAX); - - if (test_kputw_from_to(&str, start, end) < 0) { - free(ks_release(&str)); - return -1; - } - - free(ks_release(&str)); - - return 0; -} - -static int test_kputll_from_to(kstring_t *str, long long s, long long e) { - long long i = s; - - for (;;) { - str->l = 0; - memset(str->s, 0xff, str->m); - if (kputll(i, str) < 0 || !str->s) { - perror("kputll"); - return -1; - } - if (str->l >= str->m || str->s[str->l] != '\0') { - fprintf(stderr, "No NUL termination on string from kputll\n"); - return -1; - } - if (i != strtoll(str->s, NULL, 10)) { - fprintf(stderr, - "kputll wrote the wrong value, expected %lld, got %s\n", - i, str->s); - return -1; - } - if (i >= e) break; - i++; - } - return 0; -} - -static int test_kputll(long long start, long long end) { - kstring_t str = { 0, 0, NULL }; - unsigned long long val; - - str.s = malloc(2); - if (!str.s) { - perror("malloc"); - return -1; - } - str.m = 2; - - for (val = 1; val < INT64_MAX-5; val *= 10) { - if (test_kputll_from_to(&str, val >= 5 ? val - 5 : val, val) < 0) { - free(ks_release(&str)); - return -1; - } - } - - for (val = 1; val < INT64_MAX-5; val *= 10) { - long long valm = -val; - if (test_kputll_from_to(&str, valm >= 5 ? valm - 5 : valm, valm) < 0) { - free(ks_release(&str)); - return -1; - } - } - - if (test_kputll_from_to(&str, INT64_MAX - 5, INT64_MAX) < 0) { - free(ks_release(&str)); - return -1; - } - - if (test_kputll_from_to(&str, INT64_MIN, INT64_MIN + 5) < 0) { - free(ks_release(&str)); - return -1; - } - - str.m = 1; // Force a resize - int64_t start2 = (int64_t)start; // no larger on our platforms - int64_t end2 = (int64_t)end; - clamp(&start2, INT64_MIN, INT64_MAX); - clamp(&end2, INT64_MIN, INT64_MAX); - - if (test_kputll_from_to(&str, start, end) < 0) { - free(ks_release(&str)); - return -1; - } - - free(ks_release(&str)); - - return 0; -} - -// callback used by test_kgetline -static char *mock_fgets(char *str, int num, void *p) { - int *mock_state = (int*)p; - (*mock_state)++; - switch (*mock_state) { - case 1: - case 4: - case 7: - // a few characters, no endline - strcpy(str, "ABCD"); - break; - case 2: - case 3: - // \n endline - strcpy(str, "\n"); - break; - case 5: - case 6: - // \r\n endline - strcpy(str, "\r\n"); - break; - default: - // eof - return 0; - } - - return str; -} - -static int test_kgetline(void) { - kstring_t s = KS_INITIALIZE; - int mock_state = 0; - - // normal line, \n terminated, called with non-empty s - kputs("_", &s); - if (0 != kgetline(&s, mock_fgets, &mock_state) || 0 != strcmp("_ABCD", s.s) || 5 != s.l) return -1; - s.l = 0; - // empty line, \n terminated - if (0 != kgetline(&s, mock_fgets, &mock_state) || 0 != strcmp("", s.s) || 0 != s.l) return -1; - s.l = 0; - // normal line, \r\n terminated - if (0 != kgetline(&s, mock_fgets, &mock_state) || 0 != strcmp("ABCD", s.s) || 4 != s.l) return -1; - s.l = 0; - // empty line, \r\n terminated - if (0 != kgetline(&s, mock_fgets, &mock_state) || 0 != strcmp("", s.s) || 0 != s.l) return -1; - s.l = 0; - // line terminated by EOF - if (0 != kgetline(&s, mock_fgets, &mock_state) || 0 != strcmp("ABCD", s.s) || 4 != s.l) return -1; - s.l = 0; - // EOF - if (EOF != kgetline(&s, mock_fgets, &mock_state) || 0 != s.l) return -1; - - ks_free(&s); - return EXIT_SUCCESS; -} - -// callback used by test_kgetline2 -static ssize_t mock_fgets2(char *str, size_t num, void *p) { - int *mock_state = (int*)p; - (*mock_state)++; - switch (*mock_state) { - case 1: - case 4: - case 7: - // a few characters, no endline - strcpy(str, "ABCD"); - break; - case 2: - case 3: - // \n endline - strcpy(str, "\n"); - break; - case 5: - case 6: - // \r\n endline - strcpy(str, "\r\n"); - break; - default: - // eof - return 0; - } - - return strlen(str); -} - -static int test_kgetline2(void) { - kstring_t s = KS_INITIALIZE; - int mock_state = 0; - - // normal line, \n terminated, called with non-empty s - kputs("_", &s); - if (0 != kgetline2(&s, mock_fgets2, &mock_state) || 0 != strcmp("_ABCD", s.s) || 5 != s.l) return -1; - s.l = 0; - // empty line, \n terminated - if (0 != kgetline2(&s, mock_fgets2, &mock_state) || 0 != strcmp("", s.s) || 0 != s.l) return -1; - s.l = 0; - // normal line, \r\n terminated - if (0 != kgetline2(&s, mock_fgets2, &mock_state) || 0 != strcmp("ABCD", s.s) || 4 != s.l) return -1; - s.l = 0; - // empty line, \r\n terminated - if (0 != kgetline2(&s, mock_fgets2, &mock_state) || 0 != strcmp("", s.s) || 0 != s.l) return -1; - s.l = 0; - // line terminated by EOF - if (0 != kgetline2(&s, mock_fgets2, &mock_state) || 0 != strcmp("ABCD", s.s) || 4 != s.l) return -1; - s.l = 0; - // EOF - if (EOF != kgetline2(&s, mock_fgets2, &mock_state) || 0 != s.l) return -1; - - ks_free(&s); - return EXIT_SUCCESS; -} - -int main(int argc, char **argv) { - int opt, res = EXIT_SUCCESS; - int64_t start = 0; - int64_t end = 0; - char *test = NULL; - int verbose = 0; - - while ((opt = getopt(argc, argv, "e:s:t:v")) != -1) { - switch (opt) { - case 's': - start = strtoll(optarg, NULL, 0); - break; - case 'e': - end = strtoll(optarg, NULL, 0); - break; - case 't': - test = optarg; - break; - case 'v': - verbose++; - break; - default: - fprintf(stderr, "Usage : %s [-s ] [-e ] [-t ]\n", - argv[0]); - return EXIT_FAILURE; - } - } - - if (!test || strcmp(test, "kroundup_size_t") == 0) - if (test_kroundup_size_t(verbose) != 0) res = EXIT_FAILURE; - - if (!test || strcmp(test, "kroundup_signed") == 0) - if (test_kroundup_signed(verbose) != 0) res = EXIT_FAILURE; - - if (!test || strcmp(test, "kputuw") == 0) - if (test_kputuw(start, end) != 0) res = EXIT_FAILURE; - - if (!test || strcmp(test, "kputw") == 0) - if (test_kputw(start, end) != 0) res = EXIT_FAILURE; - - if (!test || strcmp(test, "kputll") == 0) - if (test_kputll(start, end) != 0) res = EXIT_FAILURE; - - if (!test || strcmp(test, "kgetline") == 0) - if (test_kgetline() != 0) res = EXIT_FAILURE; - - if (!test || strcmp(test, "kgetline2") == 0) - if (test_kgetline2() != 0) res = EXIT_FAILURE; - - return res; -} diff --git a/src/htslib-1.21/test/test_mod.c b/src/htslib-1.21/test/test_mod.c deleted file mode 100644 index ebe9b2a..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/test_mod.c +++ /dev/null @@ -1,230 +0,0 @@ -/* test/test_mod.c -- testing of base modification functions - - Copyright (C) 2020-2021, 2023 Genome Research Ltd. - - Author: James Bonfield - -Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy -of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal -in the Software without restriction, including without limitation the rights -to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell -copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is -furnished to do so, subject to the following conditions: - -The above copyright notice and this permission notice shall be included in -all copies or substantial portions of the Software. - -THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR -IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY, -FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL -THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER -LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING -FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER -DEALINGS IN THE SOFTWARE. */ - -/* -This tests multiple APIs. The simplest is to parse the MM/ML tags with -bam_parse_basemod and then call bam_mods_at_next_pos once for each base in -the bam sequence to check for modifications. - -Ie: - - hts_base_mod_state *m = hts_base_mod_state_alloc(); - bam_parse_basemod(b, m); // b=bam1_t pointer - hts_base_mod mods[5]; - for (i = 0; i < b->core.l_qseq; i++) { - n = bam_mods_at_next_pos(b, m, mods, 5); - for (j = 0; j < n && j < 5; j++) { - // Report 'n'th mod at seq pos 'i'. - // mods[j].modified_base holds the base mod itself, with - // mods[j].canonical_base, mods[j].strand and mods[j].qual - // also present in hts_base_mod struct. - // ... - } - } - hts_base_mod_state_free(m); - -The extended mode has the same loop above, but calls bam_mods_query_type -to return additional meta-data including the strand, canonical base and -whether the base modification is recorded implicitly or explicitly: - - int ret = bam_mods_query_type(m, mods[j].modified_base, - &m_strand, &m_implicit, - &m_canonical); - -Looping over every base in the sequence is not particularly efficient -however unless this fits your natural processing order. The alternative -is to call bam_next_base_mod to iterate only over modified locations: - - hts_base_mod_state *m = hts_base_mod_state_alloc(); - bam_parse_basemod(b, m); // b=bam1_t pointer - hts_base_mod mods[5]; - while ((n=bam_next_basemod(b, m, mods, 5, &pos)) > 0) { - for (j = 0; j < n && j < 5; j++) { - // Report 'n'th mod at sequence position 'pos' - } - } - hts_base_mod_state_free(m); - -*/ - -#include -#include - -#include "../htslib/sam.h" - -static char *code(int id) { - static char code[20]; - if (id > 0) { - code[0] = id; - code[1] = 0; - } else { - snprintf(code, sizeof(code), "(%d)", -id); - } - - return code; -} - -int main(int argc, char **argv) { - int extended = 0; - uint32_t flags = 0; - - if (argc > 1 && strcmp(argv[1], "-x") == 0) { - extended = 1; - argv++; - argc--; - } - - if (argc > 2 && strcmp(argv[1], "-f") == 0) { - flags = atoi(argv[2]); - argv+=2; - argc-=2; - } - - if (argc < 2) - return 1; - - samFile *in = sam_open(argv[1], "r"); - if (!in) - return 1; - - bam1_t *b = bam_init1(); - sam_hdr_t *h = sam_hdr_read(in); - hts_base_mod_state *m = hts_base_mod_state_alloc(); - if (!h || !b || !m) - goto err; - - int r; - while ((r = sam_read1(in, h, b)) >= 0) { - if (bam_parse_basemod2(b, m, flags) < 0) { - fprintf(stderr, "Failed to parse MM/ML aux tags\n"); - goto err; - } - - // per-base iterator - int i, j, n; - hts_base_mod mods[5]; - for (i = 0; i < b->core.l_qseq; i++) { - char sp = '\t'; - n = bam_mods_at_next_pos(b, m, mods, 5); - printf("%d\t%c", i, seq_nt16_str[bam_seqi(bam_get_seq(b), i)]); - for (j = 0; j < n && j < 5; j++) { - char qstr[10]; - if (mods[j].qual == HTS_MOD_UNCHECKED) - qstr[0] = '#', qstr[1] = 0; - else if (mods[j].qual == HTS_MOD_UNKNOWN) - qstr[0] = '.', qstr[1] = 0; - else - snprintf(qstr, 10, "%d", mods[j].qual); - - if (extended) { - int m_strand, m_implicit; - char m_canonical; - int ret = bam_mods_query_type(m, mods[j].modified_base, - &m_strand, &m_implicit, - &m_canonical); - if (ret < 0 || - m_canonical != mods[j].canonical_base || - m_strand != mods[j].strand) - goto err; - printf("%c%c%c%s%c%s", - sp, mods[j].canonical_base, - "+-"[mods[j].strand], - code(mods[j].modified_base), - "?."[m_implicit], - qstr); - } else { - printf("%c%c%c%s%s", - sp, mods[j].canonical_base, - "+-"[mods[j].strand], - code(mods[j].modified_base), - qstr); - } - sp = ' '; - } - putchar('\n'); - } - - puts("---"); - - bam_parse_basemod2(b, m, flags); - - // List possible mod choices. - int *all_mods; - int all_mods_n = 0; - all_mods = bam_mods_recorded(m, &all_mods_n); - printf("Present:"); - for (i = 0; i < all_mods_n; i++) { - int m_strand, m_implicit; - char m_canonical; - bam_mods_queryi(m, i, &m_strand, &m_implicit, &m_canonical); - printf(all_mods[i] > 0 ? " %c" : " #%d", all_mods[i]); - putchar("?."[m_implicit]); - } - putchar('\n'); - - int pos; - while ((n=bam_next_basemod(b, m, mods, 5, &pos)) > 0) { - char sp = '\t'; - printf("%d\t%c", pos, - seq_nt16_str[bam_seqi(bam_get_seq(b), pos)]); - for (j = 0; j < n && j < 5; j++) { - char qstr[10]; - if (mods[j].qual == HTS_MOD_UNCHECKED) - qstr[0] = '#', qstr[1] = 0; - else if (mods[j].qual == HTS_MOD_UNKNOWN) - qstr[0] = '.', qstr[1] = 0; - else - snprintf(qstr, 10, "%d", mods[j].qual); - - printf("%c%c%c%s%s", - sp, mods[j].canonical_base, - "+-"[mods[j].strand], - code(mods[j].modified_base), - qstr); - sp = ' '; - } - putchar('\n'); - } - - if (n < 0) - goto err; - - puts("\n===\n"); - } - fflush(stdout); - int ret = 0; - if (sam_close(in) != 0 || r < -1) - ret = 1; - - bam_destroy1(b); - sam_hdr_destroy(h); - hts_base_mod_state_free(m); - return ret; - - err: - bam_destroy1(b); - sam_hdr_destroy(h); - hts_base_mod_state_free(m); - return sam_close(in) != 0 ? 1 : 2; -} diff --git a/src/htslib-1.21/test/test_nibbles.c b/src/htslib-1.21/test/test_nibbles.c deleted file mode 100644 index 1ef3456..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/test_nibbles.c +++ /dev/null @@ -1,164 +0,0 @@ -/* test/test_nibbles.c -- Test SIMD optimised function implementations. - - Copyright (C) 2024 Centre for Population Genomics. - - Author: John Marshall - -Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy -of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal -in the Software without restriction, including without limitation the rights -to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell -copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is -furnished to do so, subject to the following conditions: - -The above copyright notice and this permission notice shall be included in -all copies or substantial portions of the Software. - -THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR -IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY, -FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL -THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER -LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING -FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER -DEALINGS IN THE SOFTWARE. */ - -#include - -#include -#include -#include -#include - -#ifdef HAVE_CLOCK_GETTIME_CPUTIME -#include -#else -#include -#endif - -#include "../htslib/sam.h" -#include "../sam_internal.h" - -long long gettime(void) { -#ifdef HAVE_CLOCK_GETTIME_CPUTIME - struct timespec ts; - clock_gettime(CLOCK_PROCESS_CPUTIME_ID, &ts); - return ts.tv_sec * 1000000000LL + ts.tv_nsec; -#else - struct timeval tv; - gettimeofday(&tv, NULL); - return tv.tv_sec * 1000000LL + tv.tv_usec; -#endif -} - -char *fmttime(long long elapsed) { - static char buf[64]; - -#ifdef HAVE_CLOCK_GETTIME_CPUTIME - long long sec = elapsed / 1000000000; - long long nsec = elapsed % 1000000000; - sprintf(buf, "%lld.%09lld processor seconds", sec, nsec); -#else - long long sec = elapsed / 1000000; - long long usec = elapsed % 1000000; - sprintf(buf, "%lld.%06lld wall-time seconds", sec, usec); -#endif - - return buf; -} - -void nibble2base_single(uint8_t *nib, char *seq, int len) { - int i; - for (i = 0; i < len; i++) - seq[i] = seq_nt16_str[bam_seqi(nib, i)]; -} - -unsigned char nibble[5000]; -char buf[10000]; - -int validate_nibble2base(void) { - char defbuf[500]; - int i, start, len; - unsigned long long total = 0, failed = 0; - - for (i = 0; i < sizeof nibble; i++) - nibble[i] = i % 256; - - for (start = 0; start < 80; start++) - for (len = 0; len < 400; len++) { - memset(defbuf, '\0', sizeof defbuf); - nibble2base_single(&nibble[start], defbuf, len); - - memset(buf, '\0', sizeof defbuf); - nibble2base(&nibble[start], buf, len); - - total++; - if (strcmp(defbuf, buf) != 0) { - printf("%s expected\n%s FAIL\n\n", defbuf, buf); - failed++; - } - } - - if (failed > 0) { - fprintf(stderr, "Failures: %llu (out of %llu tests)\n", failed, total); - return 1; - } - - return 0; -} - -int time_nibble2base(int length, unsigned long count) { - unsigned long i, total = 0; - - for (i = 0; i < length; i++) - nibble[i] = i % 256; - - printf("Timing %lu nibble2base iterations with read length %d...\n", count, length); - long long start = gettime(); - - for (i = 0; i < count; i++) { - nibble2base(nibble, buf, length); - total += buf[i % length]; - } - - long long stop = gettime(); - printf("%s (summing to %lu)\n", fmttime(stop - start), total); - return 0; -} - -int main(int argc, char **argv) { - int readlen = 5000; - unsigned long count = 1000000; - int status = 0; - int c; - - if (argc == 1) - printf( -"Usage: test_nibbles [-c NUM] [-r NUM] [-n|-v]...\n" -"Options:\n" -" -c NUM Specify number of iterations [%lu]\n" -" -n Run nibble2base speed tests\n" -" -r NUM Specify read length [%d]\n" -" -v Run all validation tests\n" -"", count, readlen); - - while ((c = getopt(argc, argv, "c:nr:v")) >= 0) - switch (c) { - case 'c': - count = strtoul(optarg, NULL, 0); - break; - - case 'n': - status += time_nibble2base(readlen, count); - break; - - case 'r': - readlen = atoi(optarg); - break; - - case 'v': - status += validate_nibble2base(); - break; - } - - return status; -} diff --git a/src/htslib-1.21/test/test_realn.c b/src/htslib-1.21/test/test_realn.c deleted file mode 100644 index 3f51170..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/test_realn.c +++ /dev/null @@ -1,170 +0,0 @@ -/* test/test_realn.c -- test sam_prob_realn() function - - Copyright (C) 2018 Genome Research Ltd. - - Author: Rob Davies - -Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy -of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal -in the Software without restriction, including without limitation the rights -to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell -copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is -furnished to do so, subject to the following conditions: - -The above copyright notice and this permission notice shall be included in -all copies or substantial portions of the Software. - -THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR -IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY, -FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL -THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER -LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING -FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER -DEALINGS IN THE SOFTWARE. */ - -#include - -#include -#include -#include -#include -#include -#include - -#include "../htslib/sam.h" -#include "../htslib/hts.h" -#include "../htslib/faidx.h" - -void usage(const char *prog) { - fprintf(stderr, "Usage: %s -i -o -f \n", prog); -} - -int main(int argc, char **argv) { - htsFile *in = NULL; - htsFile *out = NULL; - char *in_name = "-"; - char *out_name = "-"; - char *ref_name = NULL; - char *ref_seq = NULL; - char modew[8] = "w"; - faidx_t *fai = NULL; - sam_hdr_t *hdr = NULL; - bam1_t *rec = NULL; - int c, res, last_ref = -1, ref_len = 0; - int adjust = 0, extended = 0, recalc = 0, flags = 0; - - while ((c = getopt(argc, argv, "aef:hi:o:r")) >= 0) { - switch (c) { - case 'a': adjust = 1; break; - case 'e': extended = 1; break; - case 'f': ref_name = optarg; break; - case 'h': usage(argv[0]); return EXIT_SUCCESS; - case 'i': in_name = optarg; break; - case 'o': out_name = optarg; break; - case 'r': recalc = 1; break; - default: usage(argv[0]); return EXIT_FAILURE; - } - } - - if (!ref_name) { - usage(argv[0]); - return EXIT_FAILURE; - } - - flags = (adjust ? 1 : 0) | (extended ? 2 : 0) | (recalc ? 4 : 0); - - fai = fai_load(ref_name); - if (!fai) { - fprintf(stderr, "Couldn't load reference %s\n", ref_name); - goto fail; - } - - rec = bam_init1(); - if (!rec) { - perror(NULL); - goto fail; - } - - in = hts_open(in_name, "r"); - if (!in) { - fprintf(stderr, "Couldn't open %s : %s\n", in_name, strerror(errno)); - goto fail; - } - - hdr = sam_hdr_read(in); - if (!hdr) { - fprintf(stderr, "Couldn't read header for %s\n", in_name); - goto fail; - } - - out = hts_open(out_name, modew); - if (!out) { - fprintf(stderr, "Couldn't open %s : %s\n", out_name, strerror(errno)); - goto fail; - } - - if (sam_hdr_write(out, hdr) < 0) { - fprintf(stderr, "Couldn't write header to %s : %s\n", - out_name, strerror(errno)); - goto fail; - } - - while ((res = sam_read1(in, hdr, rec)) >= 0) { - if (rec->core.tid >= hdr->n_targets) { - fprintf(stderr, "Invalid BAM reference id %d\n", rec->core.tid); - goto fail; - } - if (last_ref != rec->core.tid && rec->core.tid >= 0) { - free(ref_seq); - ref_seq = faidx_fetch_seq(fai, hdr->target_name[rec->core.tid], - 0, INT_MAX, &ref_len); - if (!ref_seq) { - fprintf(stderr, "Couldn't get reference %s\n", - hdr->target_name[rec->core.tid]); - goto fail; - } - last_ref = rec->core.tid; - } - if (rec->core.tid >= 0) { - res = sam_prob_realn(rec, ref_seq, ref_len, flags); - if (res <= -4) { - fprintf(stderr, "Error running sam_prob_realn : %s\n", - strerror(errno)); - goto fail; - } - } - if (sam_write1(out, hdr, rec) < 0) { - fprintf(stderr, "Error writing to %s\n", out_name); - goto fail; - } - } - res = hts_close(in); - in = NULL; - if (res < 0) { - fprintf(stderr, "Error closing %s\n", in_name); - goto fail; - } - - res = hts_close(out); - out = NULL; - if (res < 0) { - fprintf(stderr, "Error closing %s\n", out_name); - goto fail; - } - - sam_hdr_destroy(hdr); - bam_destroy1(rec); - free(ref_seq); - fai_destroy(fai); - - return EXIT_SUCCESS; - - fail: - if (hdr) sam_hdr_destroy(hdr); - if (rec) bam_destroy1(rec); - if (in) hts_close(in); - if (out) hts_close(out); - free(ref_seq); - fai_destroy(fai); - return EXIT_FAILURE; -} diff --git a/src/htslib-1.21/test/test_str2int.c b/src/htslib-1.21/test/test_str2int.c deleted file mode 100644 index 70e7991..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/test_str2int.c +++ /dev/null @@ -1,225 +0,0 @@ -/* test/test_str2int.c -- Test integer string conversion (and safe printing) - - Copyright (C) 2019-2020 Genome Research Ltd. - - Author: Rob Davies - -Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy -of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal -in the Software without restriction, including without limitation the rights -to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell -copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is -furnished to do so, subject to the following conditions: - -The above copyright notice and this permission notice shall be included in -all copies or substantial portions of the Software. - -THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR -IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY, -FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL -THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER -LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING -FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER -DEALINGS IN THE SOFTWARE. */ - - -#include -#include -#include -#include -#include -#include -#include - -#include "../textutils_internal.h" - -// Test hts_str2int() and hts_str2uint() on various values around the -// maximum (or minimum for negative numbers) allowed for the given -// number of bits. Ensures that the failed flag is set when the output -// isn't going to fit, that the correct value is returned and that -// 'end' points to the character following the number. -static int check_str2int(int verbose) { - char buffer[64], *end; - int64_t val; - uint64_t num, uval; - int failed = 0, efail, i, offset; - const char sentinel = '#'; - - // Positive value (unsigned) - for (i = 1; i < 64; i++) { - num = (1ULL << i) - 1; - for (offset = i < 5 ? -(1LL << (i - 1)) : -16; offset <= 30; offset++) { - efail = (offset > 0); - snprintf(buffer, sizeof(buffer), "%" PRIu64 "%c", - num + offset, sentinel); - - uval = hts_str2uint(buffer, &end, i, &failed); - if (failed != efail || uval != (!efail ? num + offset : num) - || *end != sentinel) { - fprintf(stderr, "hts_str2uint failed: %d bit " - "%s %"PRIu64" '%c' %d (%d)\n", - i, buffer, uval, *end, failed, efail); - return -1; - } else if (verbose) { - fprintf(stderr, "hts_str2uint OK: %d bit " - "%s %"PRIu64" '%c' %d (%d)\n", - i, buffer, uval, *end, failed, efail); - } - failed = 0; - } - - // Positive value (signed) - for (offset = i < 5 ? -(1LL << (i - 1)) : -16; offset <= 30; offset++) { - efail = (offset > 0); - snprintf(buffer, sizeof(buffer), "%" PRIu64 "%c", - num + offset, sentinel); - - val = hts_str2int(buffer, &end, i + 1, &failed); - if (failed != efail || val != (!efail ? num + offset : num) - || *end != sentinel) { - fprintf(stderr, - "hts_str2int failed: %d bit " - "%s %"PRId64" '%c' %d (%d)\n", - i + 1, buffer, val, *end, failed, efail); - return -1; - } else if (verbose) { - fprintf(stderr, "hts_str2int OK: %d bit " - "%s %"PRId64" '%c' %d (%d)\n", - i + 1, buffer, val, *end, failed, efail); - } - failed = 0; - } - - // Negative value (signed) - for (offset = i < 5 ? -(1LL << (i - 1)) : -16; offset <= 30; offset++) { - efail = (offset > 0); - snprintf(buffer, sizeof(buffer), "-%" PRIu64 "%c", - num + offset + 1, sentinel); - - val = hts_str2int(buffer, &end, i + 1, &failed); - // Cast of val to unsigned in this comparison avoids undefined - // behaviour when checking INT64_MIN. - if (failed != efail - || -((uint64_t) val) != (!efail ? num + offset + 1 : num + 1) - || *end != sentinel) { - fprintf(stderr, - "hts_str2int failed: %d bit " - "%s %"PRId64" '%c' %d (%d)\n", - i + 1, buffer, val, *end, failed, efail); - return -1; - } else if (verbose) { - fprintf(stderr, "hts_str2int OK: %d bit " - "%s %"PRId64" '%c' %d (%d)\n", - i + 1, buffer, val, *end, failed, efail); - } - failed = 0; - } - } - - // Special case for UINT64_MAX - for (offset = 0; offset <= 999; offset++) { - efail = offset > 615; - snprintf(buffer, sizeof(buffer), "18446744073709551%03d%c", - offset, sentinel); - uval = hts_str2uint(buffer, &end, 64, &failed); - if (failed != efail - || uval != (efail ? UINT64_MAX : 18446744073709551000ULL + offset) - || *end != sentinel) { - fprintf(stderr, "hts_str2uint failed: 64 bit %s " - "%"PRIu64" '%c' %d (%d)\n", - buffer, uval, *end, failed, efail); - return -1; - } else if (verbose) { - fprintf(stderr, "hts_str2uint OK: 64 bit " - "%s %"PRIu64" '%c' %d (%d)\n", - buffer, uval, *end, failed, efail); - } - } - return 0; -} - -static int -check_strprint2(int verbose, const char *str, size_t len, size_t destlen, - char quote, const char *expect) { - char buf[100]; - hts_strprint(buf, destlen, quote, str, len); - if (strcmp(buf, expect) != 0) { - fprintf(stderr, "hts_strprint failed: length %zu: got \"%.*s\", " - "expected \"%s\"\n", destlen, (int) destlen, buf, expect); - return -1; - } - else if (verbose) { - fprintf(stderr, "hts_strprint OK: length %zu: got \"%s\"\n", - destlen, expect); - } - return 0; -} - -static int -check_strprint1(int v, const char *str, size_t destlen, const char *expect) { - return check_strprint2(v, str, SIZE_MAX, destlen, '\0', expect); -} - -static int -check_strprintq(int v, const char *str, size_t destlen, char quote, - const char *expect) { - return check_strprint2(v, str, SIZE_MAX, destlen, quote, expect); -} - -static int check_strprint(int v) { - int res = 0; - - res |= check_strprint1(v, "chr10", 9, "chr10"); - res |= check_strprint1(v, "chr10", 6, "chr10"); - res |= check_strprint1(v, "chr10", 5, "c..."); - res |= check_strprint1(v, "chr10", 4, "..."); - res |= check_strprint1(v, "tab\twxyz",10, "tab\\twxyz"); - res |= check_strprint1(v, "tab\twxyz", 9, "tab\\t..."); - res |= check_strprint1(v, "tab\twxyz", 8, "tab\\..."); - res |= check_strprint1(v, "tab\twxyz", 7, "tab..."); - res |= check_strprint1(v, "tab\twxyz", 6, "ta..."); - res |= check_strprint1(v, "\xab", 5, "\\xAB"); - res |= check_strprint1(v, "\xab", 4, "..."); - res |= check_strprint1(v, "hello\xff", 40, "hello\\xFF"); - res |= check_strprint1(v, "hello\xff", 10, "hello\\xFF"); - res |= check_strprint1(v, "hello\xff", 9, "hello..."); - res |= check_strprint1(v, "hello\t", 40, "hello\\t"); - res |= check_strprint1(v, "hello\t", 8, "hello\\t"); - res |= check_strprint1(v, "hello\t", 7, "hel..."); - res |= check_strprint1(v, "\t", 40, "\\t"); - res |= check_strprint1(v, "", 40, ""); - - res |= check_strprintq(v, "chr10", 9, '\'', "'chr10'"); - res |= check_strprintq(v, "chr10", 8, '\'', "'chr10'"); - res |= check_strprintq(v, "chr10", 7, '\'', "'c'..."); - res |= check_strprintq(v, "chr10", 6, '\'', "''..."); - res |= check_strprintq(v, "quo'wxyz",12, '\'', "'quo\\'wxyz'"); - res |= check_strprintq(v, "quo'wxyz",11, '\'', "'quo\\''..."); - res |= check_strprintq(v, "quo'wxyz",10, '\'', "'quo\\'..."); - - res |= check_strprint2(v, "foo\0bar", SIZE_MAX, 10, '\0', "foo"); - res |= check_strprint2(v, "foo\0bar", 7,10, '\0', "foo\\0bar"); - res |= check_strprint2(v, "foo\0bar", 7, 9, '\0', "foo\\0bar"); - res |= check_strprint2(v, "foo\0bar", 7, 8, '\0', "foo\\..."); - - return res; -} - -int main(int argc, char **argv) { - int verbose = 0, opt, res; - - while ((opt = getopt(argc, argv, "v")) != -1) { - switch (opt) { - case 'v': - verbose = 1; - break; - default: - fprintf(stderr, "Usage: %s [-v]\n", argv[0]); - return EXIT_FAILURE; - } - } - - res = check_str2int(verbose); - res |= check_strprint(verbose); - return res ? EXIT_FAILURE : EXIT_SUCCESS; -} diff --git a/src/htslib-1.21/test/test_time_funcs.c b/src/htslib-1.21/test/test_time_funcs.c deleted file mode 100644 index 0e05129..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/test_time_funcs.c +++ /dev/null @@ -1,125 +0,0 @@ -/* test_time_compat.c -- Test time functions - - Copyright (C) 2022 Genome Research Ltd. - - Author: Rob Davies - -Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy -of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal -in the Software without restriction, including without limitation the rights -to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell -copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is -furnished to do so, subject to the following conditions: - -The above copyright notice and this permission notice shall be included in -all copies or substantial portions of the Software. - -THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR -IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY, -FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL -THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER -LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING -FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER -DEALINGS IN THE SOFTWARE. */ - -#include -#include -#include -#include -#include -#include -#include -#include - -#include "../hts_time_funcs.h" - -int test_normalised(time_t start, time_t end, time_t incr) { - time_t i, j; - struct tm *utc; - - for (i = start; i < end; i += incr) { - utc = gmtime(&i); - j = hts_time_gm(utc); - if (i != j) { - fprintf(stderr, - "hts_time_gm() failed, got %"PRId64" expected %"PRId64"\n", - (int64_t) j, (int64_t) i); - return 1; - } - } - return 0; -} - -int test_specific(int year, int mon, int mday, int hour, int min, int sec, - time_t expected) { - struct tm utc = { sec, min, hour, mday, mon - 1, year - 1900, 0, 0, 0 }; - time_t res = hts_time_gm(&utc); - if (res != expected) { - fprintf(stderr, - "hts_time_gm() failed for %4d/%02d/%02d %02d:%02d:%02d :" - " got %"PRId64" expected %"PRId64"\n", - year, mon, mday, hour, min, sec, - (int64_t) res, (int64_t) expected); - return 1; - } - return 0; -} - -int main(int argc, char **argv) { - int res = 0; - - if (test_normalised(0, INT_MAX - 1000, 1000) != 0) - return EXIT_FAILURE; - if (sizeof(time_t) >= 8) { - if (test_normalised(INT_MAX - 1000, - (time_t)((int64_t) INT_MAX * 2), 1000) != 0) - return EXIT_FAILURE; - } - - // 2022-06-14 12:32:10 - res |= test_specific(2022, 6, 14, 12, 32, 10, 1655209930); - // 2022-06-14 12:32:10 - res |= test_specific(1993, 9, 10514, 12, 32, 10, 1655209930); - // 2022-02-28 12:00:00 - res |= test_specific(2020, 2, 28, 12, 0, 0, 1582891200); - // 2022-02-29 12:00:00 - res |= test_specific(2020, 2, 29, 12, 0, 0, 1582977600); - // 2022-03-01 12:00:00 - res |= test_specific(2020, 2, 30, 12, 0, 0, 1583064000); - // 2022-02-29 12:00:00 - res |= test_specific(2020, 3, 0, 12, 0, 0, 1582977600); - // 2020-02-01 12:00:00 - res |= test_specific(2019, 14, 1, 12, 0, 0, 1580558400); - // 2020-03-01 12:00:00 - res |= test_specific(2019, 15, 1, 12, 0, 0, 1583064000); - // 2021-03-01 12:00:00 - res |= test_specific(2019, 27, 1, 12, 0, 0, 1614600000); - // 2024-02-01 12:00:00 - res |= test_specific(2019, 62, 1, 12, 0, 0, 1706788800); - // 2024-03-01 12:00:00 - res |= test_specific(2019, 63, 1, 12, 0, 0, 1709294400); - // 2020-12-31 23:59:59 - res |= test_specific(2021, 0, 31, 23, 59, 59, 1609459199); - // 2020-03-01 12:00:00 - res |= test_specific(2021, -9, 1, 12, 0, 0, 1583064000); - // 2020-02-01 12:00:00 - res |= test_specific(2021, -10, 1, 12, 0, 0, 1580558400); - // 2019-02-01 12:00:00 - res |= test_specific(2021, -22, 1, 12, 0, 0, 1549022400); - // 1970-01-01 00:00:00 - res |= test_specific(1970, 1, 1, 0, 0, 0, 0); - // 2038-01-19 03:14:07 - res |= test_specific(1970, 1, 1, 0, 0, INT_MAX, INT_MAX); - // 2038-01-19 03:14:07 - res |= test_specific(2038, 1, 19, 3, 14, 7, INT_MAX); - if (sizeof(time_t) < 8) { - // 2038-01-19 03:14:08 - res |= test_specific(2038, 1, 19, 3, 14, 8, (time_t) -1); - } else { - // 2038-01-19 03:14:08 - res |= test_specific(2038, 1, 19, 3, 14, 8, - (time_t)((int64_t) INT_MAX + 1)); - } - - return res == 0 ? EXIT_SUCCESS : EXIT_FAILURE; -} diff --git a/src/htslib-1.21/test/test_view.c b/src/htslib-1.21/test/test_view.c deleted file mode 100644 index c899ff9..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/test_view.c +++ /dev/null @@ -1,440 +0,0 @@ -/* test/test_view.c -- simple view tool, purely for use in a test harness. - - Copyright (C) 2012 Broad Institute. - Copyright (C) 2013-2020 Genome Research Ltd. - - Author: Heng Li - -Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy -of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal -in the Software without restriction, including without limitation the rights -to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell -copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is -furnished to do so, subject to the following conditions: - -The above copyright notice and this permission notice shall be included in -all copies or substantial portions of the Software. - -THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR -IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY, -FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL -THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER -LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING -FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER -DEALINGS IN THE SOFTWARE. */ - -#include - -#include -#include -#include -#include -#include -#include - -#include "../cram/cram.h" -#include "../htslib/sam.h" -#include "../htslib/vcf.h" -#include "../htslib/hts_log.h" - -struct opts { - char *fn_ref; - int flag; - int clevel; - int ignore_sam_err; - int nreads; - int extra_hdr_nuls; - int benchmark; - int nthreads; - int multi_reg; - char *index; - int min_shift; -}; - -enum test_op { - READ_COMPRESSED = 1, - WRITE_BINARY_COMP = 2, // eg bam, bcf - READ_CRAM = 4, - WRITE_CRAM = 8, - WRITE_UNCOMPRESSED = 16, - WRITE_COMPRESSED = 32, // eg vcf.gz, sam.gz, fastq.gz - WRITE_FASTQ = 64, - WRITE_FASTA = 128, -}; - -int sam_loop(int argc, char **argv, int optind, struct opts *opts, htsFile *in, htsFile *out) { - int r = 0; - sam_hdr_t *h = NULL; - hts_idx_t *idx = NULL; - bam1_t *b = NULL; - - h = sam_hdr_read(in); - if (h == NULL) { - fprintf(stderr, "Couldn't read header for \"%s\"\n", argv[optind]); - return EXIT_FAILURE; - } - h->ignore_sam_err = opts->ignore_sam_err; - if (opts->extra_hdr_nuls > 0) { - char *new_text = realloc(h->text, h->l_text + opts->extra_hdr_nuls); - if (new_text == NULL) { - fprintf(stderr, "Error reallocing header text\n"); - goto fail; - } - h->text = new_text; - memset(&h->text[h->l_text], 0, opts->extra_hdr_nuls); - h->l_text += opts->extra_hdr_nuls; - } - - b = bam_init1(); - if (b == NULL) { - fprintf(stderr, "Out of memory allocating BAM struct\n"); - goto fail; - } - - /* CRAM output */ - if ((opts->flag & WRITE_CRAM) && opts->fn_ref) { - // Create CRAM references arrays - int ret = hts_set_fai_filename(out, opts->fn_ref); - - if (ret != 0) - goto fail; - } - - if (!opts->benchmark && sam_hdr_write(out, h) < 0) { - fprintf(stderr, "Error writing output header.\n"); - goto fail; - } - - if (opts->index) { - if (sam_idx_init(out, h, opts->min_shift, opts->index) < 0) { - fprintf(stderr, "Failed to initialise index\n"); - goto fail; - } - } - - if (optind + 1 < argc && !(opts->flag & READ_COMPRESSED)) { // BAM input and has a region - int i; - if ((idx = sam_index_load(in, argv[optind])) == 0) { - fprintf(stderr, "[E::%s] fail to load the BAM index\n", __func__); - goto fail; - } - if (opts->multi_reg) { - hts_itr_t *iter = sam_itr_regarray(idx, h, &argv[optind + 1], argc - optind-1); - if (!iter) - goto fail; - while ((r = sam_itr_next(in, iter, b)) >= 0) { - if (!opts->benchmark && sam_write1(out, h, b) < 0) { - fprintf(stderr, "Error writing output.\n"); - hts_itr_destroy(iter); - goto fail; - } - if (opts->nreads && --opts->nreads == 0) - break; - } - hts_itr_destroy(iter); - if (r < -1) { - fprintf(stderr, "Error reading input.\n"); - goto fail; - } - } else { - for (i = optind + 1; i < argc; ++i) { - hts_itr_t *iter; - if ((iter = sam_itr_querys(idx, h, argv[i])) == 0) { - fprintf(stderr, "[E::%s] fail to parse region '%s'\n", __func__, argv[i]); - goto fail; - } - while ((r = sam_itr_next(in, iter, b)) >= 0) { - if (!opts->benchmark && sam_write1(out, h, b) < 0) { - fprintf(stderr, "Error writing output.\n"); - hts_itr_destroy(iter); - goto fail; - } - if (opts->nreads && --opts->nreads == 0) - break; - } - hts_itr_destroy(iter); - if (r < -1) { - fprintf(stderr, "Error reading input.\n"); - goto fail; - } - } - } - hts_idx_destroy(idx); idx = NULL; - } else while ((r = sam_read1(in, h, b)) >= 0) { - if (!opts->benchmark && sam_write1(out, h, b) < 0) { - fprintf(stderr, "Error writing output.\n"); - goto fail; - } - if (opts->nreads && --opts->nreads == 0) - break; - } - - if (r < -1) { - fprintf(stderr, "Error parsing input.\n"); - goto fail; - } - - if (opts->index) { - if (sam_idx_save(out) < 0) { - fprintf(stderr, "Error saving index\n"); - goto fail; - } - } - - bam_destroy1(b); - sam_hdr_destroy(h); - - return 0; - fail: - if (b) bam_destroy1(b); - if (h) sam_hdr_destroy(h); - if (idx) hts_idx_destroy(idx); - - return 1; -} - -int vcf_loop(int argc, char **argv, int optind, struct opts *opts, htsFile *in, htsFile *out) { - bcf_hdr_t *h = bcf_hdr_read(in); - bcf1_t *b = bcf_init1(); - hts_idx_t *idx; - int i, exit_code = 0, r = 0; - - if (!h) - return 1; - if (!b) - return 1; - - if (!opts->benchmark && bcf_hdr_write(out, h) < 0) - return 1; - - if (opts->index) { - if (bcf_idx_init(out, h, opts->min_shift, opts->index) < 0) { - fprintf(stderr, "Failed to initialise index\n"); - return 1; - } - } - - if (optind + 1 < argc) { - // A series of regions. - if ((idx = bcf_index_load(argv[optind])) == 0) { - fprintf(stderr, "[E::%s] fail to load the BVCF index\n", __func__); - return 1; - } - - for (i = optind + 1; i < argc; i++) { - hts_itr_t *iter; - if ((iter = bcf_itr_querys(idx, h, argv[i])) == 0) { - fprintf(stderr, "[E::%s] fail to parse region '%s'\n", __func__, argv[i]); - exit_code = 1; - break; - } - while ((r = bcf_itr_next(in, iter, b)) >= 0) { - if (!opts->benchmark && bcf_write1(out, h, b) < 0) { - fprintf(stderr, "Error writing output.\n"); - exit_code = 1; - break; - } - if (opts->nreads && --opts->nreads == 0) - break; - } - if (r < -1) { - fprintf(stderr, "Error reading input.\n"); - exit_code = 1; - } - hts_itr_destroy(iter); - if (exit_code != 0) break; - } - - hts_idx_destroy(idx); - - } else { - // Whole file - while ((r = bcf_read1(in, h, b)) >= 0) { - if (!opts->benchmark && bcf_write1(out, h, b) < 0) { - fprintf(stderr, "Error writing output.\n"); - exit_code = 1; - break; - } - if (opts->nreads && --opts->nreads == 0) - break; - } - if (r < -1) { - fprintf(stderr, "Error reading input.\n"); - exit_code = 1; - } - } - - if (exit_code == 0 && opts->index) { - if (bcf_idx_save(out) < 0) { - fprintf(stderr, "Error saving index\n"); - exit_code = 1; - } - } - - bcf_destroy1(b); - bcf_hdr_destroy(h); - return exit_code; -} - -int main(int argc, char *argv[]) -{ - htsFile *in, *out; - char moder[8]; - char modew[800]; - int c, exit_code = EXIT_SUCCESS; - hts_opt *in_opts = NULL, *out_opts = NULL; - char *out_fn = "-"; - - struct opts opts; - opts.fn_ref = NULL; - opts.flag = 0; - opts.clevel = -1; - opts.ignore_sam_err = 0; - opts.nreads = 0; - opts.extra_hdr_nuls = 0; - opts.benchmark = 0; - opts.nthreads = 0; // shared pool - opts.multi_reg = 0; - opts.index = NULL; - opts.min_shift = 0; - - while ((c = getopt(argc, argv, "DSIt:i:bzCfFul:o:N:BZ:@:Mx:m:p:v")) >= 0) { - switch (c) { - case 'D': opts.flag |= READ_CRAM; break; - case 'S': opts.flag |= READ_COMPRESSED; break; - case 'I': opts.ignore_sam_err = 1; break; - case 't': opts.fn_ref = optarg; break; - case 'i': if (hts_opt_add(&in_opts, optarg)) return 1; break; - case 'b': opts.flag |= WRITE_BINARY_COMP; break; - case 'z': opts.flag |= WRITE_COMPRESSED; break; - case 'C': opts.flag |= WRITE_CRAM; break; - case 'f': opts.flag |= WRITE_FASTQ; break; - case 'F': opts.flag |= WRITE_FASTA; break; - case 'u': opts.flag |= WRITE_UNCOMPRESSED; break; // eg u-BAM not SAM - case 'l': opts.clevel = atoi(optarg); break; - case 'o': if (hts_opt_add(&out_opts, optarg)) return 1; break; - case 'N': opts.nreads = atoi(optarg); break; - case 'B': opts.benchmark = 1; break; - case 'Z': opts.extra_hdr_nuls = atoi(optarg); break; - case 'M': opts.multi_reg = 1; break; - case '@': opts.nthreads = atoi(optarg); break; - case 'x': opts.index = optarg; break; - case 'm': opts.min_shift = atoi(optarg); break; - case 'p': out_fn = optarg; break; - case 'v': hts_verbose++; break; - } - } - if (argc == optind) { - fprintf(stderr, "Usage: test_view [-DSI] [-t fn_ref] [-i option=value] [-bC] [-l level] [-o option=value] [-N num_reads] [-B] [-Z hdr_nuls] [-@ num_threads] [-x index_fn] [-m min_shift] [-p out] [-v] || [region]\n"); - fprintf(stderr, "\n"); - fprintf(stderr, "-D: read CRAM format (mode 'c')\n"); - fprintf(stderr, "-S: read compressed BCF, BAM, FAI (mode 'b')\n"); - fprintf(stderr, "-I: ignore SAM parsing errors\n"); - fprintf(stderr, "-t: fn_ref: load CRAM references from the specified fasta file instead of @SQ headers when writing a CRAM file\n"); - fprintf(stderr, "-i: option=value: set an option for CRAM input\n"); - fprintf(stderr, "\n"); - fprintf(stderr, "-b: write binary compressed BCF, BAM, FAI (mode 'b')\n"); - fprintf(stderr, "-z: write text compressed VCF.gz, SAM.gz or FASTQ.gz (mode 'z')\n"); - fprintf(stderr, "-C: write CRAM format (mode 'c')\n"); - fprintf(stderr, "-f: write FASTQ format (mode 'f')\n"); - fprintf(stderr, "-l 0-9: set zlib compression level\n"); - fprintf(stderr, "-o option=value: set an option for CRAM output\n"); - fprintf(stderr, "-N: num_reads: limit the output to the first num_reads reads\n"); - fprintf(stderr, "\n"); - fprintf(stderr, "-B: enable benchmarking\n"); - fprintf(stderr, "-M: use hts_itr_multi iterator\n"); - fprintf(stderr, "-Z hdr_nuls: append specified number of null bytes to the SAM header\n"); - fprintf(stderr, "-@ num_threads: use thread pool with specified number of threads\n\n"); - fprintf(stderr, "-x fn: write index to fn\n"); - fprintf(stderr, "-m min_shift: specifies BAI/CSI bin size; 0 is BAI(BAM) or TBI(VCF), 14 is CSI default\n"); - fprintf(stderr, "-p out_fn: output to out_fn instead of stdout\n"); - fprintf(stderr, "-v: increase verbosity\n"); - fprintf(stderr, "The region list entries should be specified as 'reg:beg-end', with intervals of a region being disjunct and sorted by the starting coordinate.\n"); - return 1; - } - strcpy(moder, "r"); - if (opts.flag & READ_CRAM) strcat(moder, "c"); - else if ((opts.flag & READ_COMPRESSED) == 0) strcat(moder, "b"); - - in = hts_open(argv[optind], moder); - if (in == NULL) { - fprintf(stderr, "Error opening \"%s\"\n", argv[optind]); - return EXIT_FAILURE; - } - - strcpy(modew, "w"); - if (opts.clevel >= 0 && opts.clevel <= 9) - snprintf(modew + 1, sizeof(modew) - 1, "%d", opts.clevel); - if (opts.flag & WRITE_CRAM) strcat(modew, "c"); - else if (opts.flag & WRITE_BINARY_COMP) strcat(modew, "b"); - else if (opts.flag & WRITE_COMPRESSED) strcat(modew, "z"); - else if (opts.flag & WRITE_UNCOMPRESSED) strcat(modew, "bu"); - if (opts.flag & WRITE_FASTQ) strcat(modew, "f"); - else if (opts.flag & WRITE_FASTA) strcat(modew, "F"); - out = hts_open(out_fn, modew); - if (out == NULL) { - fprintf(stderr, "Error opening standard output\n"); - return EXIT_FAILURE; - } - - // Process any options; currently cram only. - if (hts_opt_apply(in, in_opts)) - return EXIT_FAILURE; - hts_opt_free(in_opts); - - if (hts_opt_apply(out, out_opts)) - return EXIT_FAILURE; - hts_opt_free(out_opts); - - // Create and share the thread pool - htsThreadPool p = {NULL, 0}; - if (opts.nthreads > 0) { - p.pool = hts_tpool_init(opts.nthreads); - if (!p.pool) { - fprintf(stderr, "Error creating thread pool\n"); - exit_code = 1; - } else { - hts_set_opt(in, HTS_OPT_THREAD_POOL, &p); - hts_set_opt(out, HTS_OPT_THREAD_POOL, &p); - } - } - - int ret; - switch (hts_get_format(in)->category) { - case sequence_data: - ret = sam_loop(argc, argv, optind, &opts, in, out); - break; - - case variant_data: - ret = vcf_loop(argc, argv, optind, &opts, in, out); - break; - - default: - fprintf(stderr, "Unsupported or unknown category of data in input file\n"); - return EXIT_FAILURE; - } - - if (ret != 0) - exit_code = EXIT_FAILURE; - - ret = hts_close(out); - if (ret < 0) { - fprintf(stderr, "Error closing output.\n"); - exit_code = EXIT_FAILURE; - } - ret = hts_close(in); - if (ret < 0) { - fprintf(stderr, "Error closing input.\n"); - exit_code = EXIT_FAILURE; - } - - if (p.pool) - hts_tpool_destroy(p.pool); - - if (fclose(stdout) != 0 && errno != EBADF) { - fprintf(stderr, "Error closing standard output.\n"); - exit_code = EXIT_FAILURE; - } - - return exit_code; -} diff --git a/src/htslib-1.21/test/thrash_threads1.c b/src/htslib-1.21/test/thrash_threads1.c deleted file mode 100644 index aeff903..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/thrash_threads1.c +++ /dev/null @@ -1,48 +0,0 @@ -/* The MIT/Expat License - -Copyright (C) 2017 Genome Research Ltd. - -Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy -of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal -in the Software without restriction, including without limitation the rights -to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell -copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is -furnished to do so, subject to the following conditions: - -The above copyright notice and this permission notice shall be included in -all copies or substantial portions of the Software. - -THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR -IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY, -FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL -THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER -LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING -FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER -DEALINGS IN THE SOFTWARE. - */ -// Test extreme rapid turnover of readers, to check for -// race conditions between reader thread launching and file close. - -#include - -#include -#include -#include - -#include "../htslib/bgzf.h" - -int main(int argc, char *argv[]) { - if (argc <= 1) { - fprintf(stderr, "Usage: thrash_threads1 input.bam\n"); - exit(1); - } - - int i; - for (i = 0; i < 10000; i++) { - printf("i=%d\n", i); - BGZF *fpin = bgzf_open(argv[1], "r"); - bgzf_mt(fpin, 2, 256); - if (bgzf_close(fpin) < 0) abort(); - } - return 0; -} diff --git a/src/htslib-1.21/test/thrash_threads2.c b/src/htslib-1.21/test/thrash_threads2.c deleted file mode 100644 index 09fb436..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/thrash_threads2.c +++ /dev/null @@ -1,46 +0,0 @@ -/* The MIT/Expat License - -Copyright (C) 2017 Genome Research Ltd. - -Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy -of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal -in the Software without restriction, including without limitation the rights -to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell -copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is -furnished to do so, subject to the following conditions: - -The above copyright notice and this permission notice shall be included in -all copies or substantial portions of the Software. - -THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR -IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY, -FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL -THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER -LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING -FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER -DEALINGS IN THE SOFTWARE. - */ -// Test extreme rapid turnover of writers, to check for -// race conditions between reader thread launching and file close. - -#include - -#include -#include -#include - -#include "../htslib/bgzf.h" -#include "../htslib/thread_pool.h" - -int main(int argc, char *argv[]) { - int i; - for (i = 0; i < 1000; i++) { - printf("i=%d\n", i); - BGZF *fp = bgzf_open("/dev/null", "w"); - bgzf_mt(fp, 8, 256); - if (bgzf_close(fp)) - abort(); - } - - return 0; -} diff --git a/src/htslib-1.21/test/thrash_threads3.c b/src/htslib-1.21/test/thrash_threads3.c deleted file mode 100644 index 446a313..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/thrash_threads3.c +++ /dev/null @@ -1,51 +0,0 @@ -/* The MIT/Expat License - -Copyright (C) 2017 Genome Research Ltd. - -Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy -of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal -in the Software without restriction, including without limitation the rights -to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell -copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is -furnished to do so, subject to the following conditions: - -The above copyright notice and this permission notice shall be included in -all copies or substantial portions of the Software. - -THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR -IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY, -FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL -THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER -LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING -FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER -DEALINGS IN THE SOFTWARE. - */ -// Simple open,read,close thrash. - -#include - -#include -#include -#include - -#include "../htslib/bgzf.h" - -int main(int argc, char *argv[]) { - char buf[1000000]; - int i; - - if (argc <= 1) { - fprintf(stderr, "Usage: thrash_threads3 input.bam\n"); - exit(1); - } - - for (i = 0; i < 10000; i++) { - printf("i=%d\n", i); - BGZF *fpin = bgzf_open(argv[1], "r"); - if (bgzf_read(fpin, buf, i*10) < 0) abort(); - bgzf_mt(fpin, 8, 256); - if (bgzf_read(fpin, buf, i*10) < 0) abort(); - if (bgzf_close(fpin) < 0) abort(); - } - return 0; -} diff --git a/src/htslib-1.21/test/thrash_threads4.c b/src/htslib-1.21/test/thrash_threads4.c deleted file mode 100644 index de86333..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/thrash_threads4.c +++ /dev/null @@ -1,69 +0,0 @@ -/* The MIT/Expat License - -Copyright (C) 2017 Genome Research Ltd. - -Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy -of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal -in the Software without restriction, including without limitation the rights -to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell -copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is -furnished to do so, subject to the following conditions: - -The above copyright notice and this permission notice shall be included in -all copies or substantial portions of the Software. - -THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR -IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY, -FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL -THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER -LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING -FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER -DEALINGS IN THE SOFTWARE. - */ -// Spam seeks -#include - -#include -#include -#include - -#include "../htslib/bgzf.h" -#include "../htslib/thread_pool.h" - -int main(int argc, char *argv[]) { - if (argc <= 1) { - fprintf(stderr, "Usage: thrash_threads4 input.bam\n"); - exit(1); - } - - // Find a valid seek location ~64M into the file - int i; - BGZF *fpin = bgzf_open(argv[1], "r"); - char buf[65536]; - for (i = 0; i < 1000; i++) - if (bgzf_read(fpin, buf, 65536) < 0) - abort(); - int64_t pos = bgzf_tell(fpin); - bgzf_close(fpin); - -#define N 1000 - - // Spam seeks - for (i = 0; i < 1000; i++) { - printf("i=%d\n", i); - fpin = bgzf_open(argv[1], "r"); - bgzf_mt(fpin, 8, 256); - if (bgzf_seek(fpin, pos, SEEK_SET) < 0) puts("!");//abort(); - usleep(N); - //if (bgzf_read(fpin, buf, 65536) < 0) abort(); - //write(1, buf, 65536); - if (bgzf_seek(fpin, 0LL, SEEK_SET) < 0) puts("!");//abort(); - usleep(N); - //if (bgzf_read(fpin, buf, 65536) < 0) abort(); - //write(1, buf, 65536); - if (bgzf_close(fpin)) - abort(); - } - - return 0; -} diff --git a/src/htslib-1.21/test/thrash_threads5.c b/src/htslib-1.21/test/thrash_threads5.c deleted file mode 100644 index ce5df6e..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/thrash_threads5.c +++ /dev/null @@ -1,67 +0,0 @@ -/* The MIT/Expat License - -Copyright (C) 2017 Genome Research Ltd. - -Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy -of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal -in the Software without restriction, including without limitation the rights -to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell -copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is -furnished to do so, subject to the following conditions: - -The above copyright notice and this permission notice shall be included in -all copies or substantial portions of the Software. - -THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR -IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY, -FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL -THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER -LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING -FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER -DEALINGS IN THE SOFTWARE. - */ -// A basic 'zcat filename [N-threads]' - -#include - -#include -#include -#include - -#include "../htslib/bgzf.h" -#include "../htslib/thread_pool.h" - -#define N 1000 -int main(int argc, char *argv[]) { - char buf[N]; - ssize_t l, t = 0; - - if (argc < 2 || isatty(STDOUT_FILENO)) { - fprintf(stderr, - "Usage: thrash_threads5 input.bam num_threads | md5sum\n"); - exit(1); - } - - BGZF *fpin = bgzf_open(argv[1], "r"); - hts_tpool *p = NULL; - if (argc > 2) { - p = hts_tpool_init(atoi(argv[2])); - bgzf_thread_pool(fpin, p, 0); - } - int n = rand()%(N-1)+1; - while ((l = bgzf_read(fpin, buf, n)) > 0) { - if (l != write(STDOUT_FILENO, buf, l)) abort(); - t += l; - if (l != n) { - fprintf(stderr, "expected %d bytes, got %d\n", n, (int)l); - break; - } - n = rand()%(N-1)+1; - } - fprintf(stderr, "close=%d\n", (int)bgzf_close(fpin)); - if (p) hts_tpool_destroy(p); - - fprintf(stderr, "wrote %d bytes\n", (int)t); - - return 0; -} diff --git a/src/htslib-1.21/test/thrash_threads6.c b/src/htslib-1.21/test/thrash_threads6.c deleted file mode 100644 index f7b68d2..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/thrash_threads6.c +++ /dev/null @@ -1,109 +0,0 @@ -/* The MIT/Expat License - -Copyright (C) 2017 Genome Research Ltd. - -Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy -of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal -in the Software without restriction, including without limitation the rights -to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell -copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is -furnished to do so, subject to the following conditions: - -The above copyright notice and this permission notice shall be included in -all copies or substantial portions of the Software. - -THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR -IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY, -FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL -THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER -LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING -FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER -DEALINGS IN THE SOFTWARE. - */ -// Spam seeks -#include - -#include -#include -#include - -#include "../htslib/bgzf.h" -#include "../htslib/thread_pool.h" - -int main(int argc, char *argv[]) { - if (argc <= 1) { - fprintf(stderr, "Usage: thrash_threads4 input.bam\n"); - exit(1); - } - - // Find a valid seek location ~64M into the file - int i; - ssize_t got; - BGZF *fpin = bgzf_open(argv[1], "r"); - uint64_t upos = 0, uend = 0; - char buf[100000]; - for (i = 0; i < 100; i++) { - if ((got = bgzf_read(fpin, buf, 65536)) < 0) - abort(); - upos += got; - } - int64_t pos = bgzf_tell(fpin); - while ((got = bgzf_read(fpin, buf, 65536)) > 0) { - uend += got; - } - if (got < 0) abort(); - int64_t end = bgzf_tell(fpin); - bgzf_close(fpin); - - // Ensure input is big enough to avoid case 3,4 below going off the end - // of the file - if (uend < upos + 10000000) { - fprintf(stderr, "Please supply a bigger input file\n"); - exit(1); - } - -#define N 1000 - - // Spam random seeks & reads - for (i = 0; i < 1000; i++) { - printf("i=%d\t", i); - fpin = bgzf_open(argv[1], "r"); - int j, eof = 0, mt = 0; - for (j = 0; j < 80; j++) { - int n = rand() % 7; - putchar('0'+n); fflush(stdout); - switch (n) { - case 0: // start - if (bgzf_seek(fpin, 0LL, SEEK_SET) < 0) puts("!");//abort(); - eof = 0; - break; - case 1: // mid - if (bgzf_seek(fpin, pos, SEEK_SET) < 0) puts("!");//abort(); - eof = 0; - break; - case 2: // eof - if (bgzf_seek(fpin, end, SEEK_SET) < 0) puts("!");//abort(); - eof = 1; - break; - case 3: case 4: { - int l = rand()%(n==3?100000:100); - if (bgzf_read(fpin, buf, l) != l*(1-eof)) abort(); - break; - } - case 5: - usleep(N); - break; - case 6: - if (!mt) - bgzf_mt(fpin, 8, 256); - mt = 1; - break; - } - } - printf("\n"); - if (bgzf_close(fpin)) - abort(); - } - - return 0; -} diff --git a/src/htslib-1.21/test/thrash_threads7.c b/src/htslib-1.21/test/thrash_threads7.c deleted file mode 100644 index 8536c73..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/thrash_threads7.c +++ /dev/null @@ -1,120 +0,0 @@ -/* The MIT/Expat License - -Copyright (C) 2017-2018 Genome Research Ltd. - -Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy -of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal -in the Software without restriction, including without limitation the rights -to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell -copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is -furnished to do so, subject to the following conditions: - -The above copyright notice and this permission notice shall be included in -all copies or substantial portions of the Software. - -THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR -IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY, -FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL -THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER -LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING -FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER -DEALINGS IN THE SOFTWARE. - */ -/* - * Test for thread lock-ups caused by a race condition on the queue list - * where the process tpool_worker is working on could get detached just - * after it finished running a job. This would result on the pointer - * to the next process to be searched for work being set to NULL, which - * stopped all the workers from finding anything to do. - */ - - -#include - -#include -#include -#include -#include -#include - -#include "../htslib/thread_pool.h" - - -void *job(void *v) { - unsigned int *usecs = (unsigned int *) v; - usleep(*usecs); - return NULL; -} - -int main(int argc, char *argv[]) { - int run_for_secs = 120; - int num_threads = 8; - int num_jobs = 8, count = 0, n_proc = 8, i; - struct timeval end, now; - hts_tpool *p = NULL; - hts_tpool_process *q[n_proc]; - - p = hts_tpool_init(num_threads); - if (!p) { - perror("hts_tpool_init"); - exit(EXIT_FAILURE); - } - - for (i = 0; i < n_proc; i++) { - q[i] = hts_tpool_process_init(p, 10, 1); - if (!q[i]) { - perror("hts_tpool_process_init"); - exit(EXIT_FAILURE); - } - } - - if (gettimeofday(&end, NULL) != 0) { - perror("gettimeofday"); - exit(EXIT_FAILURE); - } - - end.tv_sec += run_for_secs; - - do { - unsigned int *t; - int qnum = rand() % n_proc; - t = malloc(num_jobs * sizeof(*t)); - if (!t) { - perror("malloc"); - exit(EXIT_FAILURE); - } - if ((count++ & 15) == 0) { - fprintf(stderr, "\r%d ", count); - alarm(10); - } - for (i = 0; i < num_jobs; i++) { - t[i] = 1000; - if (hts_tpool_dispatch(p, q[qnum], job, &t[i]) < 0) { - perror("hts_tpool_dispatch"); - exit(EXIT_FAILURE); - } - } - hts_tpool_process_flush(q[qnum]); - hts_tpool_process_destroy(q[qnum]); - free(t); - q[qnum] = hts_tpool_process_init(p, 10, 1); - if (!q[qnum]) { - perror("hts_tpool_process_init"); - exit(EXIT_FAILURE); - } - - if (gettimeofday(&now, NULL) != 0) { - perror("gettimeofday"); - exit(EXIT_FAILURE); - } - } while (now.tv_sec < end.tv_sec - || (now.tv_sec == end.tv_sec && now.tv_usec < end.tv_usec)); - for (i = 0; i < n_proc; i++) { - hts_tpool_process_flush(q[i]); - hts_tpool_process_destroy(q[i]); - } - hts_tpool_destroy(p); - fprintf(stderr, "\n"); - - return EXIT_SUCCESS; -} diff --git a/src/htslib-1.21/test/thread_pool.md b/src/htslib-1.21/test/thread_pool.md deleted file mode 100644 index 1a596c9..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/thread_pool.md +++ /dev/null @@ -1,58 +0,0 @@ -Thread pool tests -================= -The thread_pool.c file has a built-in test program which is enabled when compiling with TEST_MAIN defined. The test program can be run in four different modes by giving a command-line parameter: unordered, ordered1, ordered2, and pipe. The modes and their expected outputs are described below. - -unordered ---------- -Dispatches TASK_SIZE (=1000) jobs to the thread pool and waits for them to finish. The job index (0..TASK_SIZE-1) is passed as a parameter. The job function is doit_square_u, which sleeps for a while and then prints the square of its input parameter to stdout. - -Expected output when n = 1: -``` -RESULT: 0 -... -RESULT: 998001 -``` - -Expected output when n > 1: same, but in jumbled up order. - -ordered1 --------- -Dispatches TASK_SIZE (=1000) jobs to the thread pool in non-blocking mode. Results are returned on the result queue and are pulled in order. The job index (0..TASK_SIZE-1) is passed as a parameter. The job function is doit_square, which sleeps for a while and then returns the square of its input parameter as a result. Some of the jobs take way longer than the others to finish. - -The expected output is the results printed in order, regardless of n. - -ordered2 --------- -Starts a dispatcher thread which dispatches jobs to the thread pool. After all regular jobs have been dispatched, a sentinel job follows where the input parameter is set to -1, which receives special handling in doit_square to return the -1 as the result. - -Results are consumed on the main thread using hts_tpool_next_result_wait, until the end-of-job marker is found. - -The expected output is the results printed in order, regardless of n. - -pipe ----- -This program uses one thread pool (hts_tpool) and three queues (hts_tpool_process) shared across threads using a pipe_opt struct. There are four threads: input, stage1to2, stage2to3, and output. - -The input thread (pipe_input_thread procedure) dispatches jobs to the thread pool with the job number (1..TASK_SIZE) and an end-of-job flag as parameters. The jobs are executed by the pipe_stage1 procedure, which multiplies by 256 and sleeps for a short while. - -The stage1to2 thread (pipe_stage1to2 procedure) pulls results from the first queue (q1) and passes them to new jobs in the thread pool. These jobs are executed by the pipe_stage2 procedure, which does the same as pipe_stage1, only slower. - -The stage2to3 thread is similar to the stage1to2 thread. It pulls from the second queue and dispatches new jobs to be executed by the pipe_stage3 procedure. pipe_stage3 is similar to pipe_stage1. - -The output thread pulls from the third queue. - -Expected output: -``` -I 00000001 -1 00000100 -2 00010000 -O 01000000 -... -I 000003e8 -1 0003e800 -2 03e80000 -O e8000000 -``` -...but not in order, because the input queues might be served in any order. - -However, if only the lines from the output thread are printed, they should be in order regardless of the number of threads. diff --git a/src/htslib-1.21/test/usepublic.cpp b/src/htslib-1.21/test/usepublic.cpp deleted file mode 100644 index 5dcd861..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/usepublic.cpp +++ /dev/null @@ -1,75 +0,0 @@ -/* test/usepublic.cpp -- Test compiling public headers with a C++ compiler. - - Copyright (C) 2023 Centre for Population Genomics. - - Author: John Marshall - -Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy -of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal -in the Software without restriction, including without limitation the rights -to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell -copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is -furnished to do so, subject to the following conditions: - -The above copyright notice and this permission notice shall be included in -all copies or substantial portions of the Software. - -THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR -IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY, -FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL -THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER -LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING -FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER -DEALINGS IN THE SOFTWARE. */ - -#include - -// Include *all* the public HTSlib headers. - -#include "../htslib/bgzf.h" -#include "../htslib/cram.h" -#include "../htslib/faidx.h" -#include "../htslib/hfile.h" -#include "../htslib/hts.h" -#include "../htslib/hts_defs.h" -#include "../htslib/hts_endian.h" -#include "../htslib/hts_expr.h" -#include "../htslib/hts_log.h" -#include "../htslib/hts_os.h" -#include "../htslib/kbitset.h" -#include "../htslib/kfunc.h" -#include "../htslib/khash.h" -#include "../htslib/khash_str2int.h" -#include "../htslib/klist.h" -#include "../htslib/knetfile.h" -#include "../htslib/kroundup.h" -#include "../htslib/kseq.h" -#include "../htslib/ksort.h" -#include "../htslib/kstring.h" -#include "../htslib/regidx.h" -#include "../htslib/sam.h" -#include "../htslib/synced_bcf_reader.h" -#include "../htslib/tbx.h" -#include "../htslib/thread_pool.h" -#include "../htslib/vcf.h" -#include "../htslib/vcf_sweep.h" -#include "../htslib/vcfutils.h" - -// Instantiate macro-based klib facilities so the resulting function -// definitions are seen by the C++ compiler. - -KHASH_SET_INIT_STR(strhash) - -#define noop_free(ptr) -KLIST_INIT(intlist, int, noop_free) - -KSORT_INIT_STR - -struct myFILE; -extern int myread(struct myFILE *, void *, int); -KSEQ_INIT2(, struct myFILE *, myread) - -int main() -{ - return 0; -} diff --git a/src/htslib-1.21/test/vcf_meta_meta.vcf b/src/htslib-1.21/test/vcf_meta_meta.vcf deleted file mode 100644 index 43aba73..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/vcf_meta_meta.vcf +++ /dev/null @@ -1,9 +0,0 @@ -##fileformat=VCFv4.3 -##FILTER= -##META= -##META= -##META= -##META= -##contig= -#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO -1 123 . TC T . . . diff --git a/src/htslib-1.21/test/with-shlib.sh b/src/htslib-1.21/test/with-shlib.sh deleted file mode 100755 index a5fd7e2..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/with-shlib.sh +++ /dev/null @@ -1,65 +0,0 @@ -#!/bin/sh -e -# test/with-shlib.sh -- make shared libhts available via $LD_LIBRARY_PATH etc. -# -# Copyright (C) 2020 University of Glasgow. -# -# Author: John Marshall -# -# Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy -# of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal -# in the Software without restriction, including without limitation the rights -# to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell -# copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is -# furnished to do so, subject to the following conditions: -# -# The above copyright notice and this permission notice shall be included in -# all copies or substantial portions of the Software. -# -# THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR -# IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY, -# FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL -# THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER -# LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING -# FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER -# DEALINGS IN THE SOFTWARE. - -libdir=${0%/*}/libdir-$$.tmp -case $libdir in -/*) abslibdir=$libdir ;; -*) abslibdir=$PWD/$libdir ;; -esac - -# Create a directory containing *only* the shared libhts, and add it -# to the platform-appropriate $LD_LIBRARY_PATH environment variable. - -mkdir $libdir - -case `uname -s` in -Darwin) - (cd $libdir; ln -s ../../libhts.*.dylib .) - export DYLD_LIBRARY_PATH=$abslibdir${DYLD_LIBRARY_PATH:+:$DYLD_LIBRARY_PATH} - ;; - -*CYGWIN*) - (cd $libdir; ln -s ../../cyghts-*.dll .) - export PATH="$abslibdir${PATH:+;$PATH}" - ;; - -*MSYS*|*MINGW*) - (cd $libdir; cp -p ../../hts-*.dll .) - export PATH="$abslibdir${PATH:+;$PATH}" - ;; - -*) - (cd $libdir; ln -s ../../libhts.so.* .) - export LD_LIBRARY_PATH=$abslibdir${LD_LIBRARY_PATH:+:$LD_LIBRARY_PATH} - ;; -esac - -status=0 -"$@" || status=$? - -rm $libdir/*hts* -rmdir $libdir - -exit $status diff --git a/src/htslib-1.21/test/xx#MD.sam b/src/htslib-1.21/test/xx#MD.sam deleted file mode 100644 index 7f70f37..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/xx#MD.sam +++ /dev/null @@ -1,22 +0,0 @@ -@SQ SN:zz LN:30 -@CO All MD and NM should match the stored values -a1 0 zz 6 1 10M * 0 0 AAAAATTTTT * co:Z:no fields -a2 0 zz 6 1 10M * 0 0 AAAAGGTTTT * -a3 0 zz 6 1 10M * 0 0 GAAAATTTTG * -i1 0 zz 6 1 5M1I5M * 0 0 AAAAAGTTTTT * -i2 0 zz 6 1 5M3I5M * 0 0 AAAAAGGGTTTTT * -i3 0 zz 6 1 10M2I * 0 0 AAAAATTTTTCC * -i4 0 zz 6 1 10M2P2I * 0 0 AAAAATTTTTCC * -d1 0 zz 6 1 5M10D5M * 0 0 AAAAACCCCC * -d2 0 zz 6 1 5M10N5M * 0 0 AAAAACCCCC * -sid 0 zz 6 1 1S4M10D5I4M1S * 0 0 AAAAAGGGGGCCCCC * -A1 0 zz 6 1 10M * 0 0 AAAAATTTTT * MD:Z:10 NM:i:0 co:Z:correct fields -A2 0 zz 6 1 10M * 0 0 AAAAGGTTTT * MD:Z:4A0T4 NM:i:2 -A3 0 zz 6 1 10M * 0 0 GAAAATTTTG * MD:Z:0A8T0 NM:i:2 -I1 0 zz 6 1 5M1I5M * 0 0 AAAAAGTTTTT * MD:Z:10 NM:i:1 -I2 0 zz 6 1 5M3I5M * 0 0 AAAAAGGGTTTTT * MD:Z:10 NM:i:3 -I3 0 zz 6 1 10M2I * 0 0 AAAAATTTTTCC * MD:Z:10 NM:i:2 -I4 0 zz 6 1 10M2P2I * 0 0 AAAAATTTTTCC * MD:Z:10 NM:i:2 -D1 0 zz 6 1 5M10D5M * 0 0 AAAAACCCCC * MD:Z:5^TTTTTTTTTT5 NM:i:10 -D2 0 zz 6 1 5M10N5M * 0 0 AAAAACCCCC * MD:Z:10 NM:i:0 -SID 0 zz 6 1 1S4M10D5I4M1S * 0 0 AAAAAGGGGGCCCCC * MD:Z:4^ATTTTTTTTT0T3 NM:i:16 diff --git a/src/htslib-1.21/test/xx#MD2.sam b/src/htslib-1.21/test/xx#MD2.sam deleted file mode 100644 index b586b35..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/xx#MD2.sam +++ /dev/null @@ -1,20 +0,0 @@ -@SQ SN:zz LN:30 -@CO All MD and/or NM should differ to the stored values -a1 0 zz 6 1 10M * 0 0 AAAAATTTTT * MD:Z:9 NM:i:0 co:Z:MD incorrect fields -a2 0 zz 6 1 10M * 0 0 AAAAGGTTTT * MD:Z:4A0A4 NM:i:2 -a3 0 zz 6 1 10M * 0 0 GAAAATTTTG * MD:Z:0G8T0 NM:i:2 -i1 0 zz 6 1 5M1I5M * 0 0 AAAAAGTTTTT * MD:Z:11 NM:i:1 -i2 0 zz 6 1 5M3I5M * 0 0 AAAAAGGGTTTTT * MD:Z:1A1 NM:i:3 -i3 0 zz 6 1 10M2I * 0 0 AAAAATTTTTCC * MD:Z:12 NM:i:2 -d1 0 zz 6 1 5M10D5M * 0 0 AAAAACCCCC * MD:Z:5^CTTTTTTTTT5 NM:i:10 -d2 0 zz 6 1 5M10N5M * 0 0 AAAAACCCCC * MD:Z:9 NM:i:0 -sid 0 zz 6 1 1S4M10D5I4M1S * 0 0 AAAAAGGGGGCCCCC * MD:Z:4^TTTTTTTTT0T3 NM:i:16 -A1 0 zz 6 1 10M * 0 0 AAAAATTTTT * MD:Z:10 NM:i:1 co:Z:NM incorrect fields -A2 0 zz 6 1 10M * 0 0 AAAAGGTTTT * MD:Z:4A0T4 NM:i:0 -A3 0 zz 6 1 10M * 0 0 GAAAATTTTG * MD:Z:0A8T0 NM:i:0 -I1 0 zz 6 1 5M1I5M * 0 0 AAAAAGTTTTT * MD:Z:10 NM:i:0 -I2 0 zz 6 1 5M3I5M * 0 0 AAAAAGGGTTTTT * MD:Z:10 NM:i:0 -I3 0 zz 6 1 10M2I * 0 0 AAAAATTTTTCC * MD:Z:10 NM:i:0 -D1 0 zz 6 1 5M10D5M * 0 0 AAAAACCCCC * MD:Z:5^TTTTTTTTTT5 NM:i:11 -D2 0 zz 6 1 5M10N5M * 0 0 AAAAACCCCC * MD:Z:10 NM:i:1 -SID 0 zz 6 1 1S4M10D5I4M1S * 0 0 AAAAAGGGGGCCCCC * MD:Z:4^ATTTTTTTTT0T3 NM:i:1 diff --git a/src/htslib-1.21/test/xx#blank.sam b/src/htslib-1.21/test/xx#blank.sam deleted file mode 100644 index df02675..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/xx#blank.sam +++ /dev/null @@ -1 +0,0 @@ -@CO No useful headers or records (0-length file is not considered SAM) diff --git a/src/htslib-1.21/test/xx#large_aux.sam b/src/htslib-1.21/test/xx#large_aux.sam deleted file mode 100644 index 93fb8cf..0000000 --- a/src/htslib-1.21/test/xx#large_aux.sam +++ /dev/null @@ -1,4 +0,0 @@ -@SQ SN:xx LN:20 -a1 16 xx 1 1 10M * 0 0 AAAAAAAAAA * aa:i:1 ab:i:1 ac:i:1 ad:i:1 ae:i:1 af:i:1 ag:i:1 ah:i:1 ai:i:1 aj:i:1 ak:i:1 al:i:1 am:i:1 an:i:1 ao:i:1 ap:i:1 aq:i:1 ar:i:1 as:i:1 at:i:1 au:i:1 av:i:1 aw:i:1 ax:i:1 ay:i:1 az:i:1 ba:i:1 bb:i:1 bc:i:1 bd:i:1 be:i:1 bf:i:1 bg:i:1 bh:i:1 bi:i:1 bj:i:1 bk:i:1 bl:i:1 bm:i:1 bn:i:1 bo:i:1 bp:i:1 bq:i:1 br:i:1 bs:i:1 bt:i:1 bu:i:1 bv:i:1 bw:i:1 bx:i:1 by:i:1 bz:i:1 ca:i:1 cb:i:1 cc:i:1 cd:i:1 ce:i:1 cf:i:1 cg:i:1 ch:i:1 ci:i:1 cj:i:1 ck:i:1 cl:i:1 cm:i:1 cn:i:1 co:i:1 cp:i:1 cq:i:1 cr:i:1 cs:i:1 ct:i:1 cu:i:1 cv:i:1 cw:i:1 cx:i:1 cy:i:1 cz:i:1 da:i:1 db:i:1 dc:i:1 dd:i:1 de:i:1 df:i:1 dg:i:1 dh:i:1 di:i:1 dj:i:1 dk:i:1 dl:i:1 dm:i:1 dn:i:1 do:i:1 dp:i:1 dq:i:1 dr:i:1 ds:i:1 dt:i:1 du:i:1 dv:i:1 dw:i:1 dx:i:1 dy:i:1 dz:i:1 ea:i:1 eb:i:1 ec:i:1 ed:i:1 ee:i:1 ef:i:1 eg:i:1 eh:i:1 ei:i:1 ej:i:1 ek:i:1 el:i:1 em:i:1 en:i:1 eo:i:1 ep:i:1 eq:i:1 er:i:1 es:i:1 et:i:1 eu:i:1 ev:i:1 ew:i:1 ex:i:1 ey:i:1 ez:i:1 fa:i:1 fb:i:1 fc:i:1 fd:i:1 fe:i:1 ff:i:1 fg:i:1 fh:i:1 fi:i:1 fj:i:1 fk:i:1 fl:i:1 fm:i:1 fn:i:1 fo:i:1 fp:i:1 fq:i:1 fr:i:1 fs:i:1 ft:i:1 fu:i:1 fv:i:1 fw:i:1 fx:i:1 fy:i:1 fz:i:1 ga:i:1 gb:i:1 gc:i:1 gd:i:1 ge:i:1 gf:i:1 gg:i:1 gh:i:1 gi:i:1 gj:i:1 gk:i:1 gl:i:1 gm:i:1 gn:i:1 go:i:1 gp:i:1 gq:i:1 gr:i:1 gs:i:1 gt:i:1 gu:i:1 gv:i:1 gw:i:1 gx:i:1 gy:i:1 gz:i:1 ha:i:1 hb:i:1 hc:i:1 hd:i:1 he:i:1 hf:i:1 hg:i:1 hh:i:1 hi:i:1 hj:i:1 hk:i:1 hl:i:1 hm:i:1 hn:i:1 ho:i:1 hp:i:1 hq:i:1 hr:i:1 hs:i:1 ht:i:1 hu:i:1 hv:i:1 hw:i:1 hx:i:1 hy:i:1 hz:i:1 ia:i:1 ib:i:1 ic:i:1 id:i:1 ie:i:1 if:i:1 ig:i:1 ih:i:1 ii:i:1 ij:i:1 ik:i:1 il:i:1 im:i:1 in:i:1 io:i:1 ip:i:1 iq:i:1 ir:i:1 is:i:1 it:i:1 iu:i:1 iv:i:1 iw:i:1 ix:i:1 iy:i:1 iz:i:1 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