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ABACUS 代码存放规范

作者：路登辉，邮箱：[email protected]；赵天琦，邮箱：[email protected]

审核：陈默涵，邮箱：[email protected]

最后更新时间：2023/11/09

一、背景

截止到 ABACUS 3.4 版本，ABACUS 的 Github 仓库（https://github.com/deepmodeling/abacus-develop）代码已超过 30万 行，涉及上千个源代码文件，有时一周内在 Github 仓库上就会 Merge 近 20 个 PR，涉及数千乃至上万行代码的修改。随着社区规模不断壮大，为了更好的在各个开发者之间协同合作，在过去已有的一些代码管理的共识的基础上，我们提出这个代码存放规范文档。

二、代码目录

进入主仓库之后，ABACUS 的源代码目录位于 source 文件夹下：

$ tree source -d -L 1
source
├── module_base            #基础模块
├── module_basis           #LCAO和PW基组模块
├── module_cell            #晶胞模块
├── module_elecstate       #电子波函数相关性质模块
├── module_esolver         #能量求解器模块
├── module_hamilt_general  #对于PW和LCAO基组共享的哈密顿量模块
├── module_hamilt_lcao     #LCAO基组下哈密顿量的相关模块
├── module_hamilt_pw       #PW基组下哈密顿量求解的相关模块
├── module_hsolver         #对角化求解矩阵特征值/特征向量等哈密顿求解器模块
├── module_io              #输入输出模块
├── module_md              #分子动力学模块
├── module_psi             #波函数模块
├── module_relax           #结构优化模块
├── module_ri              #Resolution of identity相关的Beyond DFT的模块

其中，14 个主模块的核心功能如上面注释所言，代码存放建议按照模块化管理，相关功能的代码存放到对应的模块当中。如果需要涉及到新建模块以及更新模块位置等需求，应该按照 ABACUS 的 Github 仓库 Issues 处理流程 · GitBook 中相关规范要求去 Github 仓库提交 ISSUE 并邀请开发者讨论来进行。

2.1 模块内部代码存放规范

以 module_base 目录为例，该目录下包含了 ABACUS 中内存管理，错误处理，基础通讯以及基础算法等等功能的代码实现，是 ABACUS 中最底层的代码，其他模块大多依赖于 module_base。该模块中的代码分布如下，相应文件夹功能如注释所言：

$ tree source/module_base -d -L 1
source/module_base
CMakeLists.txt
├── abfs-vector3_order.cpp      #基础代码
├── abfs-vector3_order.h        #基础代码
├── ... 
├── CMakeLists.txt              #负责module_base中cmake编译的CMakeLists.txt
├── kernels                     #module_base中的异构计算代码
├── libm                        #libm模块，包含一些优化过后的数学库运算
├── module_container            #ABACUS中底层容器Tensor的实现
├── module_mixing               #charge-mixing实现
├── test                        #module_base中的单元测试
├── test_parallel               #module_base中并行相关的单元测试
├── ...
├── ylm.cpp                     #基础代码
└── ylm.h                       #基础代码

我们提出如下的模块代码存放规范：

  1. 基础代码存放规范：模块中的基础代码（除去部分特殊代码外的大部分代码）应直接存放到当前模块目录下，头文件以 .h 命名；源文件以 .cpp 命名；代码规范应该遵循 ABACUS 开源项目 C++ 代码规范 · GitBook 中的要求。

  2. 异构计算代码存放规范：模块中涉及到异构计算（CPU 结合GPU计算）部分的代码应直接存放于当前模块的 kernels 目录下；这部分代码的结构将会在稍后详细介绍。

  3. 子模块代码存放规范：

    1. 在主模块下同样可能存在一些子模块，它们通常是具有特定功能的代码的集合：以 module_base 举例，libm，module_container 以及 module_mixing 分别表示了 libm 模块（后续建议改成 module_libm 模块），ABACUS 中底层 Tensor 容器模块（用来方便在不同硬件上存放数据）以及 charge-mixing 相关的功能模块，它们为 module_base 模块下的子模块，子模块中同样也可能有类似于主模块的文件代码排布。
    2. 如果要在当前模块中新建或者调整子模块应当去 Github 仓库提交相关的 ISSUE 讨论。

  4. 单元测试代码存放规范：

    1. 模块中代码的单元测试应当存放到当前模块的 test 目录下，特殊情况可以存放到以 test 开头的目录下面。例如，test_parallel 存放了一些并行计算的单元测试，因为 test 目录下面的 CMakeList 文件有时候会把 MPI 宏定义去除，再比如 test_mpi 里面只测试了 mpi 代码，没有打开 OPENMP。module_base 下面还有一个针对数值精度的测试，命名成了 test_precision。
    2. 当前模块的子模块的单元测试应当存放到相应子模块的 test 目录下；

  5. CMakeLists.txt 存放规范：各个模块以及子模块通过各自目录中的 CMakeLists.txt 管理 CMake 编译结构，添加或修改代码要注意维护 CMake 编译的完备性，此外还应该维护 Makefile 编译的实现，确保代码可以通过 Github 的 CI 测试。

2.2 异构计算代码存放规范

当前 ABACUS 中 PW 部分代码已经实现了初步的 GPU 化，Source 目录中包含 GPU 的 module 如下，相应文件夹功能如注释所言：

├── module_base           #基础模块
│   ├── kernels           #module_base模块下的异构计算代码
│   │   ├── cuda          #module_base/kernels中函数的CUDA实现
│   │   ├── rocm          #module_base/kernels中函数的ROCm/DCU实现
│   │   └── test          #module_base/kernels中函数的单元测试
│   ├── libm              #子模块libm
│   │   └── test          #libm的单元测试
│   ├── module_container  #子模块，负责实现ABACUS中的底层Tensor容器
│   │   ├── ATen          #定义了Tensor容器的基本实现
│   │   ├── base          #定义了一些Tensor对象无关的基础函数
│   │   └── test          #module_container的单元测试
│   ├── test              #module_base的单元测试
│   │   └── data          #module_base的但愿测试依赖的数据        
│   └── test_parallel     #module_base的并行测试
├── <strong>...</strong>
├── module_elecstate      #电子波函数相关性质模块
│   ├── kernels           #module_elecstate中相关的异构计算代码
│   │   ├── cuda
│   │   ├── rocm
│   │   └── test
│   ├── module_charge     #charge子模块
│   ├── module_dm         #dm子模块
│   │   └── test          #module_dm的单元测试
│   ├── potentials        #potentials子模块
│   ├── test              #module_elecstate中的单元测试
│   │   └── support       #放置单元测试需要的输入文件
│   └── test_mpi          #只测试mpi并行代码的单元测试
├── <strong>...</strong>
├── module_hamilt_pw      #PW基组下哈密顿量求解的相关模块
│   ├── hamilt_ofdft      #OFDFT子模块
│   ├── hamilt_pwdft      #PWDFT子模块
│   │   ├── kernels
│   │   ├── operator_pw
│   │   └── test
│   └── hamilt_stodft       
├── module_hsolver        #对角化求解矩阵特征值/特征向量的模块
│   ├── genelpa
│   ├── kernels
│   │   ├── cuda
│   │   ├── rocm
│   │   └── test
│   └── test
├── <strong>...</strong>
├── module_psi            #波函数存储模块
│   ├── kernels
│   │   ├── cuda
│   │   ├── rocm
│   │   └── test
│   └── test
│       └── support
└── <strong>...</strong>

为了更进一步的规范异构计算代码在 ABACUS 中的维护和管理，以 module_base/kernels 举例，针对异构计算代码的位置和目录结构做出如下规范：

module_base/kernels/
├── cuda                     #存放算子的CUDA实现
│   └── math_op.cu           #算子的CUDA实现存放于cuda目录下
├── math_op.cpp              #算子的CPU实现
├── math_op.h                #算子的声明
├── rocm                     #存放算子的ROCM实现
│   └── math_op.hip.cu       #算子的ROCM实现存放于rocm目录下
└── test                     #提供了算子的单元测试
    ├── CMakeLists.txt       
    └── math_op_test.cpp
  1. 异构计算代码存放规范：在每个 module 下，异构计算相关的代码都应该存放在 kernels 目录下。异构计算代码都是以算子（OP）的形式存在的，一个算子包含了：CPU，CUDA 以及 ROCM 的实现，使得该算子可以作为统一的计算接口供 ABACUS 调用。
  2. 算子的声明和 CPU 实现存放规范：以 module_base 目录举例：module_base/kernels 目录应该直接存放当前 module 中涉及到的异构计算算子的声明 .h 文件和其 CPU 实现 .cpp 文件；
  3. 算子的CUDA实现存放规范：kernels 目录下的 cuda 子目录中相应的 .cu 文件存放算子的 CUDA 实现；
  4. 算子的 ROCM 实现存放规范：kernels 目录下的 rocm 子目录存放算子的 ROCM 实现；
  5. 算子的单元测试存放规范：kernels 子目录下的 test 目录存放当前 kernels 中涉及到的全部算子的单元测试。

三、总结

我们提倡在 ABACUS 中将各个模块的代码按照上述规范建议进行存放，目录结构可以延续上述风格以便代码识别；涉及到代码目录的问题欢迎到 Github 仓库进行讨论交流。