MTAG.md

mtag (Multi-Trait Analysis of GWAS)

使用GWAS概括新数据进行多表型联合分析的方法，相比于单表型的GWAS， MTAG可以利用关联表型的信息提升目标表型的检验统计power

核心假设: 对于不同表型，所有的SNP都共享同一个效应量的方差协方差矩阵

需要python2.7环境，及几个特定版本的python包

数据格式： snpid    chr    bpos    a1    a2    freq   z   pval    n
可用 BETA和SE代替z， --use_beta_se 这个参数有问题，因此作者建议使用 Z，Z=BETA/SE

数据可以指定表头名，且多个数据以逗号,分开

conda activate mtag

python mtag.py --sumstats trait1.txt,trait2.txt \
               --stream_stdout \
               --n_min 0.0 \
               --out mtag.result

输入文件很多时的简单方法（没办法，太懒了，不想一个一个加）

input_str=`ls *.mtag | tr '\n' ',' | sed 's/,$//'`

python mtag.py --sumstats $input_str  \
           --stream_stdout \
           --n_min 0.0 \
           --out mtag.result