diff --git "a/01.\345\210\206\346\236\220\345\211\215\350\277\207\346\273\244/QC_LD_filter.sh" "b/01.\345\210\206\346\236\220\345\211\215\350\277\207\346\273\244/QC_LD_filter.sh" index 57a5f23..4852a40 100644 --- "a/01.\345\210\206\346\236\220\345\211\215\350\277\207\346\273\244/QC_LD_filter.sh" +++ "b/01.\345\210\206\346\236\220\345\211\215\350\277\207\346\273\244/QC_LD_filter.sh" @@ -21,7 +21,7 @@ out=$5 # Check if the input file is vcf file, to geno and maf if [[ "${file##*.}" = "vcf" ]]; then plink --allow-extra-chr --chr-set $chr -vcf $file --double-id --geno $geno --maf $maf --make-bed --out $out -else; +else plink --allow-extra-chr --chr-set $chr -bfile $file --geno $geno --maf $maf --make-bed --out $out fi